3D45A

Crystal structure of mouse parn in complex with m7gpppg
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
505
structure length
383
Chain Sequence
GPMEIIRSNFKINLHKVYQAIEEADFFAIDGEFSGISDSGFDTPEERYQKLKKHSMDFLLFQFGLCAFKYDHTDSKHVTKSFNFYVFPKPFSRSSPDVKFVCQSSSIDFLASQGFDFNKVFCSGIPYLNQEEERQLREQFDEYTKEQEELNDAVGFSRVIHAIANSGKLVVGHNMLLDVMHTIHQFYCPLPADLNEFKEMAICVFPRLLDTKLMASTQPFKDIINNTSLAELEKRLKETPFDPPKVESAEGFPSYDQLHEAGYDAYITGLCFISMANYLGSSARSKLIEPFFNKLFLMRVMDIPYLNLEGPDLQPKRDHVLHVTFPKEWKTSDLYQLFSAFGNIQISWIDDTSAFVSLSQPEQVQIAVNTSKYAESYRIQTYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Poly(A)-specific ribonuclease PARN
publication title Structural basis of m(7)GpppG binding to poly(A)-specific ribonuclease.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 105
structure length 383
sequence length 505
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2008-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01424 R3H R3H domain
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3d45A01
2A1SA 1QQCA 3QO9A 1N6QA 4DQSA 4HCBA 4H8KA 3RMAA 4FLZA 3RRHA 1U47A 2D0CA 3PY8A 2QXFA 1NJZA 3VQCA 1VRUA 2ITGA 3IG1A 4QOZB 3RWUA 4BWJA 2D5RA 3CM5A 1RNHA 4I2PA 1NOZA 1YT3A 3IRXA 3DLGA 1UWBA 4FW1A 4F2RA 3AVCA 4FLXA 1JXBA 4DTOA 1ZBUA 4BDPA 3ITHA 4DFMA 3MXIA 4NCAA 4B8AB 2PYLA 3OYHA 1C1BA 1BQMA 3TAQA 3AO4A 1J5OA 3LWLA 1KSPA 2QKKA 1LAVA 4DF4A 2OZSA 3IAYA 2RPIA 4DS4A 3OVNA 2IOCA 5K14A 4PA1A 3V1RA 4J2BA 1NOYA 3AVGA 4RW8A 3KK1A 3AVKA 1K6YA 5JS2A 4DS5A 3QEWA 3CQ8A 1S1WA 3V9WA 1RDBA 3KLIA 4CGHA 3ZSVA 1RDAA 3I0RA 4O55A 4O0IA 4W5TA 3VQQA 4LSLA 3OYCA 3QINA 4CFDA 2P1JA 1WLJA 3O3HA 3E01A 1HPZA 4WE1A 1HMVA 1IKYA 2IC3A 2B5JA 4IG0A 3O4QA 3KKRA 1WSFA 5KGWA 3VQ6A 3V9ZA 5DMRA 4CESA 1X9MA 1NKBA 1WSGA 3OYEA 1A5XA 1IKVA 3S3MA 3PO5A 4KFBA 1LWEA 5HRRA 5J1EA 1C1AA 1EXQA 5D3GA 4CEEA 3CFPA 3OYFA 3LZJA 1QS4A 1U04A 4OLBA 5I42A 4MFBA 3VQ9A 4KHYA 4M3ZA 1LV5A 4AH9A 4KTWA 4GVMA 1TKZA 4KI6A 4CJVA 3AVJA 4B9MA 4IBNA 1X9WA 1TGOA 1UOCA 4LY7A 1RTHA 1WAFA 3CYMA 3HO1A 5J2NA 4W5RA 4DLEA 3QIPA 4FJIA 1KLMA 4DTMA 3TAGA 4CF9A 3SUNA 4CF1A 3A2FA 4DTJA 4B9LA 3F73A 1LAWA 1KVCA 1HYZA 3LALA 2YV0X 2DFEA 4OKKA 4LD0A 4E7HA 1IO2A 4CEZA 3OYLA 4EP4A 4GW6A 2XHBA 3K57A 4DU4A 1QSSA 3PV8A 4G1QA 3AVMA 1WSEA 3ZT3A 2PY5A 2BANA 4FJGA 3CFOA 2OYQA 4CF0A 2QK9A 3EZ5A 3L3UA 3MEGA 3TAPA 4YFUA 3DRPA 1JXEA 3L3VA 4CFAA 3T3FA 4AILC 1JLEA 4IDKA 2YNHA 1RBUA 1Y97A 3JYTA 3KK3A 4FJNA 5C42A 1BISA 2O4IA 2IDOA 3LP2A 4CECA 1SL2A 4DFJA 2FBVA 4OKJA 4LH5A 4CJFA 1C0TA 3NE6A 3K5NA 4FK4A 3OYAA 1C0UA 3DRRA 3AA3A 3SV4A 2X6NA 4LH4A 5E41A 3MXMA 1Q9YA 2HHWA 3HPOA 4DTRA 2YNGA 3C94A 3KLHA 3LDSA 5J2MA 4ELVA 4EZ9A 1NK7A 2Z1IA 2G8HA 4DQRA 3AVFA 2G8KA 2ZD1A 2JLEA 1JLFA 4KO0A 3AVNA 2KFNA 3LPUA 1ZBLA 4O44A 4AHRA 4J2DA 5CZ1A 1VSFA 4KI4A 3RMDA 4DSFA 4CIGA 2XY6A 3QNOA 4HUGA 4W5QA 3AA5X 3PX0A 2E6MA 1NJWA 4ELTA 3NCIA 4CERA 3EYZA 3V81A 1SL0A 2EHGA 4KTZA 2WONA 2ZE2A 4Z4HA 3ZSRA 3L8BA 3K5MA 3SQ1A 3NF8A 4CF2A 1I3AA 1REVA 1YTAA 3OYJA 4E1NA 3DLKA 4XIUA 3NH1A 3NBPA 4ID5A 4FZYA 1FKPA 3P5JA 3QERA 4FK0A 4KRFA 3TANA 2P51A 3DRSA 1ITGA 4CJUA 4OPKA 4ZTJA 1UA0A 2PYJA 2ZQBA 3ULDA 3KKSA 1BIUA 4KTQA 4FLVA 2XY7A 3O4NA 3DI6A 3ALYA 4FLYA 3V6DA 3RMBA 1Z25A 3AA2A 4I7FA 5KGXA 4DQQA 1IG9A 4CJ5A 2BDPA 2QKBA 4N47A 1XWLA 3LPTA 1BI4B 4LSNA 1KTQA 1QE1A 4M45A 3OY9A 3HP6A 4F2SA 4OLAA 4I2QA 3DOLA 3VA3A 4KHUA 1DTTA 3ZT1A 3F9KA 1WSHA 3T1AA 4DU1A 4DTPA 1NK8A 3C6TA 2KZZA 4JRPA 1NK9A 4HCCA 3MAQA 1BHLA 4FJMA 4Z4EA 4FJHA 4E19A 4CHQA 3L2VA 3U3YA 1GOCA 4AHVA 3HT3A 1ZBIA 1RBVA 1S9EA 1VSLA 3S9HA 3RRGA 1JLQA 1RTIA 4CEDA 4HTUA 4OVLA 2HW3A 3G0ZA 3VQPA 2VWJA 4B9SA 2YKMA 3V9UA 4DQIA 3VQ8A 1ZBFA 5SWMA 4CJWA 3M8PA 4CK1A 3S3OA 2F96A 3QEPA 2G8VA 2X78A 1SV5A 2Y1JA 3KD5E 5CYMA 4DSEA 3HK2A 3TABA 4CF8A 3D0PA 3VQAA 3PO4A 1RBRA 1VSKA 3AA4A 4CK2A 3ISNC 2GV9A 4CJ4A 1TKTA 2VWKA 1RTJA 2LSNA 3NGYA 2E6LA 2XO7A 1U4BA 4CGIA 2YNIA 1KVAA 4FJXA 4H4MA 4F8RA 3SPZA 3KIOA 1ASVA 4C8LA 3TAMA 3DLEA 4RW6A 3VQBA 1HQEA 4JS4A 1B9DA 4B08A 1JKHA 1RT4A 5DK5A 2Q3SA 5HRSA 3SCXA 5HP1A 1TK5A 4KHQA 3RTVA 2WOMA 1IKXA 1S6PA 5HBMA 3HPHA 4M41A 3T19A 3S3NA 1ZYQA 4FJLA 1CLQA 1J54A 1RT2A 4OGCA 3G10A 4IFYA 4OPJA 3VQDA 4ICLA 1TK0A 3KLEA 2E4LA 3QNNA 4DLGA 3HXMA 3NHGA 4CGDA 4FLTA 1TV6A 3H08A 4Z4FA 1TAUA 1VSHA 2HVHA 2ETJA 3MEDA 5HROA 4W5NA 1RCHA 3DLHA 3KK2A 1DLOA 3SUPA 3KLGA 3TR8A 3HM9A 4E7IA 3ZCMA 1YVUA 1VSMA 3QIOA 4CE9A 4J2AA 3LAMA 2JGUA 1LW2A 3WNHA 3CG7A 3HYFA 4DSLA 4DWIA 4RW9A 4FM0A 1L3UA 1TKDA 2F8SA 3PUFA 2A1RA 2HHUA 1A5VA 4DMNA 3L2QA 3QETA 3QEXA 4FJ7A 3MEEA 2YKNA 1CZ9A 2HB5A 3EY1A 4KHWA 4RW7A 3TAFA 2RKIA 4Z4CA 1ZBHA 1JLBA 4NCBA 4MQ3A 4IG3A 1F21A 4IFVA 4AHTA 3KLFA 4FZZA 2RN2A 4CGFA 4FJKA 2F8TA 1NJXA 1HJRA 4CIFA 4E7KA 4FCYA 2G8WA 4PWDA 4KPYA 2HVIA 3AO1A 3V1QA 2P5OA 1S5JA 2DFFA 4FJJA 2FBTA 2RF2A 3AVBA 2G8UA 4FYDA 3HJFA 3L2UA 1S1TA 1L5UA 4ID1A 2VG5A 4M3RA 1JL2A 1SL1A 3VQ5A 3JSMA 3LP1A 4YNQA 1BCMA 3AVHA 2B4JA 3AVIA 3HVRA 4DG1A 3OJSA 1I39A 1LWFA 1IKWA 1D5AA 1RT7A 1SUQA 1TAQA 1WN7A 3K2PA 4KKOA 1BL3A 1EX4A 3ZSWA 4EP5A 4CHYA 4CHNA 4Q5VA 3M8RA 1Q9XA 3SJJA 4FJ5A 4KREA 2DY4A 4BE2A 3BDPA 4CJKA 3OS1A 4B9UA 3I0SA 3OYBA 1C6VA 4CGJA 1RBSA 1Z26A 3MECA 4FLWA 1EKEA 1L3SA 5FROA 4IKFA 3RMCA 3HSTB 4Q0BA 4BWMA 1CXUA 3DYAA 4CJTA 3K5OA 4C8OA 4W5OA 5SZTA 4KAZA 2VG7A 3BGRA 1WSJA 3SI6A 2DFHA 3AVAA 3TARA 4NYNA 1KFSA 3SYZA 4FZXC 1TVRA 1D9DA 1JLCA 2XY8A 4C8KA 2Z1GA 1J9AA 4CJ3A 3QESA 1HYVA 1SKWA 4B9NA 1A5WA 1CZBA 1RT1A 3VN5A 4N5SA 3OS2A 4HUEA 1T03A 4KHNA 4HHTA 3PX6A 1Q8IA 4I9QA 2Z1HA 1S6QA 1S1VA 3OS0A 1T8EA 3AO5A 1BQNA 4KB0A 4DU3A 3OYDA 1RT3A 4KV8A 4DTXA 1KRPA 4BACA 1HNVA 1IH7A 1KVBA 1O1WA 1R0AA 3V9XA 2X6SA 1FXXA 1B9FA 1TKXA 1J53A 1FKOA 3QEIA 3ZSQA 3LWMA 2KFZA 4L8RB 3LP3A 1RDDA 1TL3A 1EP4A 2D0BA 3NF9A 3HP9A 4AHUA 1S9GA 4CEBA 3DMJA 1XC9A 3ZT2A 4F4KA 3K58A 4NYFA 4TSXA 1HRHA 2FBYA 1S1UA 4DTSA 2XY5A 1JLGA 4J2EA 3SQ4A 3ZSZA 3P83D 1NJYA 5CZ2A 4ELUA 3NFAA 1T7PA 4HUFA 4CFCA 1NK6A 3QEVA 3QLHA 4HVJA 4E1MA 2HHTA 4BDZA 3SPYA 4FM1A 4CEFA 4KB1A 3HVTA 1WSIA 4ZHRA 3OYMA 4O5BA 3VA0A 1W0HA 4CJPA 1QHTA 1HYSA 1ASWA 1UAXA 3WNFA 4OJRA 4PUOA 3P1GA 1HQUA 4CEOA 3DLRA 4OKEA 4CGGA 4FJ8A 1CXQA 3VQ4A 1JL1A 3O3FA 3K5LA 4F3TA 1NK5A 3NDKA 3OYGA 1BI4A 4CIEA 3M8SA 2B6AA 4H4OA 2NUBA 3FFIA 3NGZA 3OYKA 1LWCA 5KRSA 4FW2A 4DSJA 4CJLA 1WNSA 2HHQA 3CFRA 1VRTA 5KI6A 3OYNA 2OPRA 3TWHA 3SZ2A 1BCOA 2KTQA 4M3XA 2O4GA 2HNZA 4PQUA 1X9SA 1SKSA 4AHCA 2FBXA 4Y1DA 1WAJA 5EU7A 4DFKA 3SQ2A 4CEAA 1C1CA 3SNNA 1GOAA 2GUIA 4GMJB 5T7BA 1L3TA 4M3YA 4CK3A 2YNFA 4DTUA 4PY5A 2DTUA 3VQEA 3L2RA 4CEQA 3HPGA 1X1PA 3VQ7A 4QCLA 4I9LA 4FK2A 5FDLA 3M8QA 1RTDA 1SKRA 4QAGA 1S1XA 4RG8A 4K8XA 2YHAA 1W9HA 4DF8A 1L3VA 2G8FA 4FVMA 3HL8A 4N41A 4CJSA 3UIQA 2AJQA 1NKEA 1BIZA 1VSDA 3SUQA 4DSKA 2W42A 2KW4A 4BE0A 3DOKA 3I8DA 2YHBA 1G15A 4JLHA 4ZTFA 3U3GA 4CHOA 2FC0A 3NH0A 1BGXT 2Z1JA 4JRQA 4FLUA 1HNIA 4DFPA 3TI0A 3ZSOA 3U6FA 3THVA 1QSYA 2OZMA 1VSEA 3B6PA 3C6UA 3LP0A 5CYQA 1RT5A 3AV9A 3L2WA 3LZIA 4Y1CA 4E3SA 4JS5A 3B6OA 4K8ZA 1JLAA 4FJ9A 1ASUA 1YTUA 1VK0A 2OPSA 5C25A 5HLFA 2D0AA 4B9VA 3KTQA 3AO3A 3RR8A 3ZT0A 5HRNA 4B8CA 2R7YA 4E7JA 4FXDA 3ZSYA 2ATQA 2BGGA 4CCHA 2IGIA 1XI1A 5FRNA 1NK0A 3ZSXA 4B9TA 1FK9A 2XRIA 3AO2A 5C24A 1NK4A 4F3OA 1RILA 2HMIA 2HHVA 3NAEA 1D9FA 1KCFA 4DSIA 4Z4GA 1KLNA 5J2PA 1C0MA 3WNEA 5J2QA 4EZ6A 3O3GA 3ASMA 3SV3A 3DLBA 4M3UA 4O0JA 3TAEA 1MU2A 3C95A 1GOBA 1QSLA 4O4GA 4M3WA 1XHXA 3V1OA 3V9SA 1RT6A 3K59A 4DTNA 4CHPA 4N56A 5JS1A 4DQPA 3KJVA 4CHZA 1VSIA 2BE2A 1U49A 1EETA 2I5JA 4NCGA 2OA8A 2KZMA 3PX4A 4N76A 4CJQA 2HHXA 4FM2A 3WNGA 4UQGA 3OJUA 3OYIA 4KHSA 1TK8A 3LAKA 2IAJA 3V4IA 4CFBA 4BDYA 3KD1E 2G8IA 4B3OA 3MXJA 4E7LA 3NGIA 4M3TA 4R5PA 1LW0A 1D8YA 1RDCA 2OPQA 3DM2A 2KQ2A 1NKCA 4OGEA 1T05A 2HNYA 3NF6A 5CY4A 2GBZA 2IS3A 4E89A 5KTQA 3RR7A 5KRTA 1DTQA 3IS9A 4C8MA 1TL1A 5HRPA 1XHZA 1B92A 1U45A 2HHSA 5FRMA 3NH2A 3D45A 3SUOA 4C8NA 4CJEA 3NF7A 1QTMA 4Z4IA 2PZSA 3AVLA 3CM6A 1U48A 2P5GA 1N5YA 2EX3A 4M42A 2X74A 1VSJA 4BE1A 5I3UA 1UA1A 4E0DA 3ZT4A 2VG6A 3SQ0A 2HNDA 4RW4A 1RBTA 3LANA 2Y1IA 4AHSA 2OPPA 1KFDA 4Z0UA 4CJRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A1SA 1QQCA 4AF1A 3A5MC 1N6QA 4H8KA 3RMAA 1U47A 4BR4A 3RRHA 4X66K 5F2RA 4QOZB 5AQGA 4BWJA 2D5RA 3S41A 3M3ZA 3CMAN 3IRXA 4FW1A 4IDHA 3CD6N 4BDPA 3ITHA 3OYHA 4H5VA 3HSCA 2QTDA 3LWLA 1LAVA 2YJEA 2OZSA 3IAYA 4DSLA 3OVNA 2IOCA 3V1RA 1NOYA 3P38A 3O9UA 1CZAN 3KLIA 3LDLA 1NM1A 4O55A 3QDKA 2FF6A 4LSLA 1WLJA 4WE1A 1IKYA 2IC3A 4ISFA 1NKBA 1A5XA 2WFBA 4KFBA 5ADXH 5HRRA 1V4SA 2OTJN 2E8AA 3OYFA 4FL9A 5H1SQ 4M3ZA 4AH9A 2NRXA 5M1FA 2NRHA 1X9WA 2ZGYA 1TGOA 1QQNA 3CYMA 3O5BA 4FJIA 4DTMA 4CF9A 4R79A 3A2FA 3ENOA 4JI7K 4GV6A 1LAWA 4U67L 3LALA 5TKYA 4YORA 1QSSA 3EE9A 2O8EA 2PY5A 1WSEA 3CFOA 4BRNA 4CF0A 2OYQA 3EZ5A 1YVNA 3JAMO 4YFUA 3DRPA 1JXEA 3L3VA 4CFAA 1JLEA 3UKUB 1QQMA 4H0OA 1P90A 1BISA 5JVGL 4O5FA 5AQXA 4RWTA 3EL2A 5C12A 3OYAA 1C0UA 1Q82O 2QWLA 3H1VX 4JI1K 1BOTO 4DQRA 2KFNA 1ZBLA 4O44A 4AHRA 4X62K 3E1YA 3RMDA 4DSFA 1W2BM 1HNXK 3QNOA 4HUGA 3PX0A 4G9ZA 3TU5A 3EYZA 1U6ZA 5AZJB 4YOUA 4CF2A 1XMOK 4EFHA 1VQ6N 3NBPA 3P5JA 3QERA 4FK0A 2CGKA 2PYJA 1BIUA 1ILYA 4AM6A 3DI6A 5KGXA 3PSIA 4DQQA 4CJ5A 2QKBA 3CPEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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