The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
204
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sequence length |
562
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structure length |
559
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Chain Sequence |
SMSYTWTGALITPCAAEESKLPINALSNSLLRHHNMVYATTSRSAGLRQKKVTFDRLQVLDDHYRDVLKEMKAKASTVKAKLLSVEEACKLTPPHSAKSKFGYGAKDVRNLSSKAVNHIHSVWKDLLEDTVTPIDTTIMAKNEVFCVQPGRKPARLIVFPDLGVRVCEKMALYDVVSTLPQVVMGSSYGFQYSPGQRVEFLVNTWKSKKNPMGFSYDTRCFDSTVTENDIRVEESIYQCCDLAPEARQAIKSLTERLYIGGPLTNSKGQNCGYRRCRASGVLTTSCGNTLTCYLKASAACRAAKLQDCTMLVNGDDLVVICESAGTQEDAASLRVFTEAMTRYSAPPGDPPQPEYDLELITSCSSNVSVAHDASGKRVYYLTRDPTTPLARAAWETARHTPVNSWLGNIIMYAPTLWARMILMTHFFSILLAQEQLEKALDCQIYGACYSIEPLDLPQIIERLHGLSAFSLHSYSPGEINRVASCLRKLGVPPLRVWRHRARSVRARLLSQGGRAATCGKYLFNWAVKTKLKLTPIPAASQLDLSGWFVAGYSGGDIYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transferase
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| molecule keywords |
RNA-directed RNA polymerase
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| publication title |
Structure-based design, synthesis, and biological evaluation of 1,1-dioxoisothiazole and benzo[b]thiophene-1,1-dioxide derivatives as novel inhibitors of hepatitis C virus NS5B polymerase.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Hepatitis c virus (isolate bk)
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| total genus |
204
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| structure length |
559
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| sequence length |
562
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2008-05-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00998 | RdRP_3 | Viral RNA dependent RNA polymerase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1RYR A; 2HND B; 3KLV A; 3DOK B; 1SH2 A; 1XR6 A; 4ICL A; 2JC0 A; 4R8U B; 2DPJ A; 1QUV A; 3EPG A; 4ED7 A; 2HWI A; 4NLP A; 1S10 A; 1TL1 B; 3QO9 A; 1HNV B; 2ZD1 A; 5DGB A; 1HMV B; 4RW9 B; 4F50 A; 2FLN A; 5F9L A; 3LP1 B; 4ZHR A; 1RT2 A; 4I2Q B; 2WOM A; 3GIL A; 2I1R A; 3PW0 A; 5KG7 A; 5DG9 A; 2BE2 B; 1S97 A; 2D3U A; 2UVW A; 4WXO A; 4J9R A; 1TQL A; 3IS9 A; 1S9E A; 3T5H A; 1FKO A; 2D41 A; 1SUQ B; 4URG A; 4ECQ A; 3KOA A; 4YR3 A; 1TL3 B; 1JKH A; 3MR2 A; 3BSN A; 5DGA A; 5KFX A; 1TV6 B; 3DLE B; 1RTH A; 5C25 A; 4F4Y A; 2JEF A; 2WON A; 1RT1 A; 2HMI A; 4ECZ A; 1RT7 A; 3GIM A; 2YNG A; 4ED6 A; 5L1I A; 3OL8 A; 1IKX B; 3PJX A; 4IKA A; 4NLR A; 2BQR A; 1IKV B; 4IG3 A; 4G1Q A; 4NZ0 A; 3E51 A; 1HYS B; 1C1B A; 1DLO A; 1RT6 A; 3ISN C; 4KE5 A; 2AGO A; 3RAQ A; 1JLF B; 1JLA A; 1S1V B; 3NGD A; 2GIQ A; 1VRU A; 4ID5 A; 2YNH B; 3LP0 B; 3NAH A; 1N6Q A; 3EZU A; 1QE1 B; 2YNF B; 4R0E A; 1RT3 B; 5F8L A; 3GII A; 4M95 A; 4PQU A; 1TKZ A; 4IOB A; 1TP7 A; 5KFJ A; 3KK2 A; 2YKM B; 4ZHR B; 4IRK A; 3M8Q A; 4X2B A; 4KFB B; 4QW8 A; 1FK9 A; 1QAI A; 3MED B; 4RW4 A; 4O3Q A; 5I42 B; 1JLQ A; 3MEC B; 5EWG A; 3DRP A; 3BSO A; 5KFC A; 3MEG B; 4XPC A; 4I7F A; 4FBT A; 2DPI A; 3T5L A; 3H5U A; 4NLS A; 1S0N A; 5KT2 A; 3KLF B; 1LW0 B; 4WFY A; 2WON B; 3V4I A; 4XO0 A; 5KT7 A; 5KG5 A; 5DG7 A; 1BQN A; 5I3U A; 1S1U B; 5J2P B; 3M8P A; 3H59 A; 2VG5 A; 2VG7 B; 4QW9 A; 1ZTW A; 4Q8F A; 3IRX B; 4O44 B; 3IGV A; 3ITH B; 4TQR A; 4PUO A; 1KHW A; 3DLK B; 5CYM A; 1JLA B; 2IJF A; 4RW6 B; 4YME A; 4JV1 A; 1EP4 A; 2JC1 A; 5HBM B; 3V81 A; 2IA6 A; 1SH0 A; 1TKX B; 3C6T A; 4TY8 A; 2BRK A; 3GV7 B; 4PQU B; 2D7S A; 1TKZ B; 1XR5 A; 4ECR A; 2ATL A; 1N5Y B; 4HKQ A; 4H4O A; 2FVC A; 5J1E B; 1TKT A; 3ICL A; 4K4W A; 3T5K A; 4O4G B; 1LWF A; 1S0O A; 1C2P A; 3BGR A; 2CJQ A; 2YNI B; 3CJ4 A; 4LQ9 A; 2HNZ A; 1S9G B; 4I7F B; 5D3G B; 1JLB A; 4DL7 A; 4J9S A; 4MIA A; 1S6P A; 4WZM A; 2R8H A; 3M9N B; 3DI6 B; 2WTF A; 2F8E X; 3I5B A; 3KLH A; 4TN2 A; 3IN5 A; 4NLV A; 5J2M B; 1N4L A; 5KT4 A; 5HLF B; 4NRT A; 4YQW A; 2QE5 A; 5DQH A; 1LW2 B; 5DQI A; 4O3N A; 2XCP A; 2J6U A; 2XWY A; 3LAL A; 1J5O A; 4LSL B; 4ZVE A; 1EP4 B; 4KB7 A; 5KFG A; 3MEE A; 5J2Q B; 2RKI A; 2UVV A; 3DLG A; 2BAN A; 2IC3 A; 1HQE A; 4IFY A; 4J9K A; 4KV8 A; 4ZP6 A; 3GIJ A; 5KFO A; 3HVT A; 1S1W A; 3KJV A; 4YP3 A; 2ILY A; 3I0S A; 5KFT A; 1HQU A; 1LWC B; 3PJW A; 4Q43 A; 5HP1 A; 5FDL B; 2JEG A; 2UVR A; 2E9T A; 2R2U A; 1IKY B; 2W9A A; 5KG0 A; 4K4S A; 2I5J A; 4OL8 A; 5KFE A; 3KLH B; 3E01 A; 3FSI A; 1RTD A; 4ECS A; 5KFP A; 2FVR A; 3Q8S B; 4TYB A; 1R0A B; 1K1Q A; 4RW8 A; 1RT5 B; 3C6U A; 3FRZ A; 3NBP B; 1U09 A; 1MU2 A; 5C24 A; 3QZ8 A; 3BQ1 A; 3PW2 A; 2AGP A; 3NMA A; 1T03 B; 3DMJ B; 2ZE2 B; 2CKW A; 3MEE B; 4B3O A; 4LSN A; 5EUH A; 4QWC A; 2BQ3 A; 5HRO B; 2R8I A; 1C1C B; 1DTT A; 5KFN A; 5KFL A; 2ASL A; 1S1T B; 3DRR B; 1FKP A; 3TAM A; 2XC9 A; 3OSP A; 4MH8 A; 2UUW A; 3DYA B; 4KV8 B; 1S9F A; 4TLR A; 3QGH A; 2VA3 A; 1REV A; 3I0R A; 2OPR A; 3KMQ A; 5C5J A; 2JLE A; 3ISN D; 5C42 A; 5EDW A; 3KJV B; 3EPI A; 3I0S B; 1IM4 A; 1RTI A; 5HP1 B; 3KLG A; 4GC7 A; 4WYL A; 5JXS A; 4DL5 A; 4EYI B; 5DLF A; 2OPP B; 4IH6 A; 4RZR A; 4J9P A; 2OPS B; 2W9B A; 2W8L A; 4J9L A; 3BRE A; 5KT3 A; 4ZMM A; 1S6Q B; 4NLY A; 5EWE A; 4I2P B; 3H4D A; 4J9N A; 5KFU A; 3OHB A; 4Q0B A; 4NLX A; 3QGG A; 4ICL B; 4NLT A; 4DG1 A; 2OPQ A; 4IH7 A; 5KFD A; 3M9O B; 3H5X A; 5KFV A; 2B5J A; 2W9C A; 3PW4 A; 2AU0 A; 5L1J A; 4O3R A; 5CYQ A; 4R5P A; 3BQ0 A; 3QO9 B; 2ZD1 B; 1JLE A; 4IDK A; 2HNY A; 3KK1 A; 3UPF A; 4O3O A; 4DL6 A; 4Q45 A; 4RW7 A; 1RT2 B; 5F8N A; 3JYT A; 2WOM B; 2IAJ A; 4GC6 A; 1SH3 A; 3KLE A; 4ZP7 A; 3IS9 B; 1S9E B; 2WHO A; 1FKO B; 1BQM A; 4RNF A; 5KFF A; 4TY9 A; 2V4R A; 4ECT A; 2C2D A; 4K4V A; 4RUA A; 1JLG A; 3LP2 A; 1JKH B; 2ZKU A; 2RDJ A; 4KO0 A; 4G3I A; 2IM3 A; 4FS2 A; 1RDR A; 1RTH B; 3I5C A; 5C25 B; 3RB6 A; 1RT1 B; 2HMI B; 1RT7 B; 4ED2 A; 3V6D A; 2YNG B; 3OL9 A; 2IJN A; 1SV5 A; 4QWB A; 5J2N A; 2FLP A; 4EBE A; 3KHH A; 4RU9 A; 4IG3 B; 5KFM A; 5DG8 A; 4G1Q B; 3BR9 A; 3FFI A; 1C1B B; 4KAI A; 1DLO B; 1RT6 B; 4M94 A; 2OPQ B; 1KLM A; 3H5S A; 1EET A; 3IGN A; 1VRU B; 2BRL A; 3QIP A; 4NLW A; 2B43 A; 4ID5 B; 5KFB A; 4ED3 A; 2BQU A; 3RB4 A; 2QV6 A; 4K4Z A; 1N6Q B; 4KKO A; 4K4T A; 3V6K A; 1JLE B; 2B6A A; 4IDK B; 2XCA A; 1CSJ A; 1HNI A; 3KK1 B; 4ECU A; 3RBE A; 1D0E A; 4KBI A; 4RW7 B; 3KK2 B; 2WRM A; 3M8Q B; 3M9M B; 3MTK A; 1FK9 B; 1C0T A; 1VRT A; 2IAJ B; 3CIZ A; 1UWB A; 3RB3 A; 4RW4 B; 3QID A; 3CWJ A; 4O4R A; 4EO8 A; 1JLQ B; 2AX1 A; 1LWE A; 2VG6 A; 1RYS A; 3DRP B; 1DTQ A; 3SFU A; 1T05 A; 1JLG B; 3DOL A; 3DDK A; 4IG0 A; 4KSE B; 3V6J A; 2C28 A; 1ZET A; 4KO0 B; 5L1K A; 3SI8 A; 3T1A A; 3RAX A; 4J9O A; 3HHK A; 3Q8Q B; 5KFY A; 4JV0 A; 3PZP A; 3H40 A; 3V4I B; 2GC8 A; 2J6T A; 4ECV A; 1C0U A; 3GYN A; 4WXW A; 3NKY A; 1BQN B; 2IM1 A; 5I3U B; 1N56 A; 1S0M A; 3M8P B; 4J9M A; 2D3Z A; 2VG5 B; 4NRU A; 4F4Z A; 4NYZ A; 4MFB A; 4ZPB A; 3DM2 A; 3D5M A; 5DQG A; 5KFK A; 1HAR A; 4PUO B; 4IFV A; 4LQ3 A; 1TVR A; 4QWE A; 5KG1 A; 1GX5 A; 1KLM B; 5CYM B; 1S1X A; 3IG1 A; 4RNH A; 3QIP B; 4ED0 A; 3GIK A; 1N48 A; 3DRS A; 3V81 B; 2GIR A; 4MK9 A; 3C6T B; 3Q8P B; 4TY8 B; 1HNI B; 1RT4 A; 3CDW A; 1GX6 A; 4K4Y A; 4Y2A A; 5F8J A; 3OSN A; 1IKW A; 3KLI A; 2ASJ A; 2J6S A; 4Q44 A; 4H4O B; 2W8K A; 3JSM A; 1TKT B; 3GQC A; 5F8H A; 1LWF B; 5KFA A; 4RNO A; 3PR5 B; 3BGR B; 4MIB A; 3UQS A; 3KK3 A; 4H4M A; 4MK7 A; 2AWZ A; 2HNZ B; 4WE1 A; 1JLB B; 3PW5 A; 2HND A; 3PHE A; 5KFQ A; 2WCX A; 3DOK A; 3H4B A; 3KHL A; 1QAJ A; 1S6P B; 3MR6 A; 4O3P A; 4R8U A; 3QYY A; 4IH5 A; 5F9N A; 3LAK A; 3KHG A; 2XI3 A; 3OLA A; 1S4F A; 1TL1 A; 1HNV A; 2IM2 A; 2O5D A; 1HMV A; 4RW9 A; 3LP1 A; 4DL3 A; 4I2Q A; 1MML A; 3TQ1 A; 1W25 A; 4TXS A; 5KFS A; 2BE2 A; 5T14 A; 4IFV B; 1TVR B; 3FQK A; 4KHR A; 3UDL A; 3KMS A; 2V4Q A; 2AQ4 A; 3OL7 A; 1J5O B; 1SUQ A; 2W7P A; 1TL3 A; 2ILZ A; 2E9R X; 1RTJ A; 3CO9 A; 4DEZ A; 3N6M A; 2JEI A; 2FJX A; 4MKA A; 2RKI B; 2YKN A; 4Y2C A; 3DLG B; 1TV6 A; 3DLE A; 1D1U A; 2VA2 A; 5KFW A; 2BAN B; 2IC3 B; 4IQX A; 3MFH A; 1HQE B; 3MR3 A; 3PR4 A; 4IFY B; 4ED8 A; 3MFI A; 2C2E A; 1RAJ A; 1HPZ A; 3LAM A; 1S49 A; 1YVF A; 4ED1 A; 1IKX A; 3HVT B; 1S1W B; 4U7C A; 2R8J A; 4H4M B; 1IKV A; 3H98 A; 3PW7 A; 1HQU B; 1HYS A; 4K4X A; 2R8K A; 3KHR A; 1JLF A; 1S1V A; 5KG3 A; 4IRC A; 2UUT A; 4FBU A; 3V6H A; 2YNH A; 2I5J B; 3LP0 A; 3CVK A; 3QLH A; 1QE1 A; 2YNF A; 1RT3 A; 3QZ7 A; 3E01 B; 1RTD B; 2RDI A; 1NHU A; 2YKM A; 3LAN A; 4QWA A; 4KFB A; 1RA6 A; 3TVK A; 2HWH A; 3MED A; 4NLU A; 1JLC A; 5I42 A; 3MEC A; 5L9X A; 4RW8 B; 2AX0 A; 4URS A; 3C6U B; 4KHM A; 2IM0 A; 3MEG A; 4WYW A; 1MU2 B; 5C24 B; 2R2S A; 1Z4U A; 1T3N A; 2E9Z A; 1RTJ B; 4U6P A; 4NLG A; 4B3O B; 4LSN B; 2HAI A; 2YKN B; 1JXL A; 3KLF A; 5EWF A; 1LW0 A; 1DTT B; 5L1L A; 2XGP A; 4ECW A; 1FKP B; 3TAM B; 1S1U A; 5J2P A; 1HPZ B; 2IBK A; 2VG7 A; 1REV B; 3I0R B; 2OPR B; 4ZVH A; 5KFI A; 1K1S A; 4ZVG A; 5C42 B; 1OS5 A; 5JUM A; 3IRX A; 4O44 A; 5KT6 A; 3GV8 B; 3PVX A; 2WK4 A; 3ITH A; 1RTI B; 5KG4 A; 2AGQ A; 3KLG B; 3BSC A; 4O3S A; 4ZP8 A; 3D28 A; 3DLK A; 2R2T A; 4RW6 A; 4F4X A; 5K14 A; 2WB4 A; 5KFH A; 4RNN A; 2W9B B; 1KHV A; 3QLH B; 5HBM A; 1TKX A; 2XI2 A; 3GV5 B; 3FDS A; 3T19 A; 4Q0B B; 4ECY A; 4PWD A; 3MF5 A; 3QGI A; 4NCG A; 3I5A A; 1N5Y A; 4DG1 B; 4EO6 A; 4H54 A; 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