3D5WA

Crystal structure of a phosphorylated polo-like kinase 1 (plk1) catalytic domain in complex with adp.
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
287
structure length
284
Chain Sequence
KEIPDVLVDPRTMKRYMRGRFLGKGGFAKCYEITDMDTKEVFAGKVVPKSMLPHQKEKMSTEIAIHKSLDNPHVVGFHGFFEDDDFVYVVLEICRRRSLLELHKRRKAVTEPEARYFMRQTIQGVQYLHNNRVIHRDLKLGNLFLNDDMDVKIGDFGLATKIEFDGERKKLCGTPNYIAPEVLCKKGHSFEVDIWSLGCILYTLLVGKPPFETSCLKETYIRIKKNEYSVPRHINPVASALIRRMLHADPTLRPSVAELLTDEFFTSGYAPMRLPTSCLTVPPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Polo-like kinase 1
publication title Structures of the wild-type and activated catalytic domains of Brachydanio rerio Polo-like kinase 1 (Plk1): changes in the active-site conformation and interactions with ligands.
pubmed doi rcsb
source organism Danio rerio
total genus 77
structure length 284
sequence length 287
ec nomenclature ec 2.7.11.21: Polo kinase.
pdb deposition date 2008-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3d5wA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3d5wA01
5FTOA 2XA4A 3BLRA 3CQEA 4I21A 4DGNA 4O81A 4RT7A 4QMYA 1PW2A 5CAQA 4RIYB 5J9ZA 5DYJA 2ITWA 4AOJA 2G2IA 5KKRC 4FYNA 4BRXA 2PVMA 5F95A 2UW7A 3NS9A 4AW2A 5K4IA 5FP6A 2OZOA 4K8AA 1VEBA 1QPJA 3PY1A 4FZFB 4W8EA 4L46A 4U45A 3HL7A 4FSMA 1MP8A 2CGVA 1KWPA 4FTRA 2JIVA 2G2HA 4FKLA 4UZHA 1XH6A 1PYEA 2W96B 2Z2WA 4E5BA 3A7IA 1OUKA 3ORXA 2QOQA 1JSUA 3BEAA 4G6NA 4V0GB 3GQIA 4FKSA 3ORZA 2VO3A 4LL5A 4YHJA 4F7SA 3TIYA 1G8SA 3DDPA 3H3CA 2PVHA 3P7AA 2NRYA 3D9VA 5IA3A 2WMSA 1H00A 3DQXA 3BPRA 3H0ZA 5CVFA 1H24A 3OXZA 3LCDA 4UWBA 2G2FA 4G3GA 4WNOA 3VQUA 4EOIA 4RLLA 3FSFA 1JSVA 3CP9A 3LFQA 3DFCB 4BBMA 4IC8A 4A9RA 3VQHA 4F0FA 4ZLYA 5JFWA 5KO1A 5CT0A 5AUWA 1OGUA 3IGOA 1SVGA 3WZEA 3F7WA 4FEQA 1HCKA 5KCVA 3EKNA 3F7ZA 1OKWA 4GS6A 4BICA 2OLCA 2YJRA 2HK5A 4D0WA 5LVOA 4O7SA 3VS4A 4E93A 3AD6A 2QR7A 2XF0A 4MVFA 3V6RA 3OBJA 2BRNA 2QR8A 2YCFA 1PY5A 3CR0A 4IM3A 2GNFA 4BBFA 1M2RA 3TKHA 2HW7A 3TV4A 1LP4A 4FI1A 4F09A 1W8CA 1CKIA 2CHLA 3EJ1A 2QOHA 3R9DA 3N9XA 2XP2A 4G3FA 3RHKA 2J0JA 3NNWA 4DCEA 3LZBA 2R3FA 3C7QA 5FP5A 4RC2A 2XEZA 4C02A 5HQ0A 4KKHA 4RPVA 2BZIB 2XIRA 4AQCA 4FTIA 4JXFA 3MIAA 4BFMA 2QC6A 4IQ6A 3JVSA 5BUEA 3GCSA 3P86A 4FTUA 2ITQA 1SM2A 2ITTA 5DFPA 4ACDA 5LVMA 5K0KA 1OB3A 4HCVA 4O0XA 4EK3A 3W16A 2YIRA 1JKSA 2A1AB 3BZ3A 2HYYA 4X3FB 4AT5A 4F65A 5C03A 5HU3A 4R3RA 5AM7A 5M55A 3EQPA 3HV3A 4AGCA 1GIHA 3ZSHA 5IQAA 2XK3A 4UMPA 3AC5A 1ZZLA 3VWAA 4E8AA 4A4XA 4MTAA 4KUJA 2XK4A 4GUEA 5HCZA 4RIOA 2IW9A 1P14A 2UW6A 4I24A 1XBAA 2YAKA 2OK1A 2IVTA 4U44A 1OI9A 4W4YA 3VBVA 2A27A 3ZRKA 3D0EA 5CF8A 5HBJA 4X2KA 3ETAA 1OITA 2J0IA 5DE2A 2P2HA 2XIKA 3BE2A 2YABA 3NIEA 4H3QA 4N4SA 3WI6A 3CTHA 3RZFA 4CNHA 4EBWA 3MY1A 3R2YA 5EFQA 1QPDA 2BRMA 3MW1A 1NVQA 2C6OA 1UWJA 4L45A 5TE0A 5H8EA 2OXYA 3I4BA 3GBZA 3WIGA 2HY0A 3ZSGA 1TKIA 4HGTA 4RZVA 4F9BA 2YJSA 3PPJA 4O0TA 3BU5A 4MXCA 4E26A 4CFWA 2XNNA 3COMA 2GPHA 3HMPA 5CNOA 1YXXA 4F63A 1PXJA 2BDJA 1JNKA 4Y5HA 5E8YA 3MSSA 3ZCLA 4ERWA 5BVDA 4D1SA 3QZGA 5CI6A 1NVSA 2XNBA 3FMJA 1OECA 2XB7A 3GC9A 4G34A 4IZAA 4EYMA 4BCPA 3LW0A 4A7CA 3SXFA 3ATTA 2H9VA 3HKOA 4O84A 4YU2A 4RX7A 3BHHA 2WMBA 3AC4A 1CM8A 1WVYA 2E2BA 4JS8A 3QD0A 5EYDA 1DAWA 2F4JA 2Y7JA 3HP2A 3PG1A 4MK0A 4NIFB 2VWYA 4YTFA 2ESMA 2GTNA 2WXVA 1M17A 3GT8A 3Q4CA 4O0UA 4C4HA 3IG7A 3JS2A 2X81A 3R8LA 1PMEA 3FSKA 5JH6A 5DI1A 5KMOA 3OWLA 3EMGA 3DGKA 1UNGA 2BVAA 1FVRA 4P90A 2YITA 3R7IA 4DTKA 4JDHA 4YUQA 4A4LA 4P2KA 3T9TA 4E6DA 1STCE 3D7TB 5KBQA 4EH3A 3UOHA 3DLZA 2FGIA 3FWQA 2X4FA 3U4WA 5LMKC 3FY0A 5M07A 1VZOA 5L6PA 3TTIA 4FEXA 1O9UA 5FBNC 2BUJA 3K2LA 4YSJA 1OPJA 4EONA 3KVWA 3OT8A 3QRJA 3CS9A 4X6RA 2RIOA 4QP7A 2X2LA 3QWKA 3WYXA 2BDFA 4D4RA 4HVSA 4C4FA 2BHEA 4V0GA 5EKOA 2XK6A 2PUPA 2CNVA 4M0ZA 2JDVA 5H8GA 3ZLSA 3DAJA 5HNBA 5IUHA 3BQCA 2BIKB 3OWJA 1APME 4RBLA 2YA9A 3W10A 3QCYA 3QQHA 3EFJA 4YJQA 3FKLA 3RM6A 2XBAA 2I0HA 1JPAA 1BYGA 4I41A 4JQ8A 2FSLX 4KABA 5AAFA 2R5TA 4G2FA 3AQVA 5FDXA 4WG3A 3SAYA 2W05A 2J6MA 5A9UA 4ZSGA 1KE9A 5EW9A 4AT4A 1ZOHA 4E1ZA 5CSXA 2GFCA 4J71A 4R7BA 4K1BA 2KTYA 4RWLA 1IRKA 3DXQA 4DH7A 1Y6AA 2QOCA 2UW9A 4X2NA 4FA2A 5KUPA 3NVKI 4WOVA 4JIKA 3W8QA 4QPAA 4RRVA 4AZVA 4QO9A 3NAXA 4FT9A 3A2CA 2NRUA 2W99B 3GI3A 3Q9ZA 1Q8YA 3IONA 3ZONA 4EOOA 3FMKA 2GQSA 3GU5A 3OUNB 4LV8A 4ZOGA 4FTAA 4P7EA 4IANA 4TN6A 4F9AA 1A48A 3ID6C 1YRPA 4I92A 4LFIA 4BZDA 4DEBA 2W1FA 2XBJA 4O7RA 3U54A 3UJGA 2I40A 2RG6A 3HA6A 3UG2A 3ZFXA 4PL3A 3P5KA 3UVRA 5I9VA 3L9LA 5FDPA 2YHVA 4YTHA 1LR4A 4C4IA 4DC2A 2C5YA 2JKQA 2WIPA 4NYEA 5HEZA 1PXKA 3FMHA 4FOCA 1YOJA 2CJMA 4AG8A 4D4SA 1CMKE 3CQWA 2W4OA 3E93A 4A9YA 3KXGA 2OJIA 4BDHA 4Y5QA 3TG1A 4RJ8A 4RJ3A 4LYNA 5EI2A 2ZDUA 4ZMFA 3NW5A 4MXYA 3FYJX 4CZUA 4PMPA 5I9UA 1Y8GA 3OXIA 1J1CA 4X3FA 2X8EA 2YM3A 4ZJJA 4AX8A 2PHKA 3C0HA 3VRYA 3FZOA 3BGQA 3PXFA 4RX8A 3UPXA 5JQ8A 4OBQA 5HCYA 2B54A 5AIKA 3R7YA 2YZAA 3EQBA 4G6LA 4FGRA 4AZWA 3DK6A 3HV5A 4YJTA 3AT3A 3NUXA 2W1CA 3E8NA 3AC8A 4MQ2A 5M09A 3Q4ZA 3EB0A 3V51A 4CCUA 3NUAA 4F64A 4C7TA 2JITA 3ENMA 2CKQA 3HVCA 2B55A 2HZIA 4QP9A 4ZS0A 3DJ5A 3TNHA 4F9CA 5D10A 4UALA 3VUIA 1E1VA 3KXHA 3TNWA 4GJ2A 2QVSE 3CEKA 4Q9ZA 3TV7A 2GQGA 1OL5A 1P2AA 1GZ8A 2H96A 3QQKA 4RZWA 3AXWA 4ANNA 3CLYA 3EZVA 3PTGA 4CSVA 3DKFA 4QP4A 2ONLA 5B7VA 3TKUA 1CKPA 2BROA 3F61A 3HNGA 2OIQA 1WBVA 3AGMA 2HZNA 3KN6A 1JLUE 3NSZA 3QKLA 4FIIA 4XLVA 5CSVA 2YM8A 5E8TA 2J5FA 1XBCA 3RAKA 3V8SA 1Q3WA 2ITPA 4KB8A 4U3YA 3P4KA 2I0EA 2IVVA 2YAAA 3FYKX 4G3EA 4CQEA 5KMLA 2Y0AA 3UPZA 4DGOA 3FLYA 3PA4A 2YIQA 3KEXA 1DAYA 3AMAA 4F6SA 5JKGA 4Z9LA 3G0EA 4DBNA 2WTDA 3DAKA 4ASEA 3RALA 4NIFA 3PIYA 3MV5A 1UKIA 5HBEA 4EUUA 1YWRA 4XLIA 3EN6A 5KMMA 2YLFA 3D15A 3H10A 3QXOA 5EHLA 3K5UA 1H4LA 3C1XA 3GB2A 3U9CA 2VNWA 3O71A 4EOJA 3FJQE 3P7BA 3Q6WA 4XHKB 5AP7A 4RVTA 1JAMA 2VRXA 4YR8A 3QA0A 3TWJA 4QTBA 4GIHA 3D7TA 3ZC6A 3NUUA 1W98A 2FVDA 5H3QA 3CKXA 3OEZA 3RK5A 3HMNA 5K4JA 1B38A 4JOAA 2Y4IB 3A60A 3PPKA 3POOA 5CU3A 4I6QA 3DKCA 3JPVA 2RFSA 1XKKA 3OTUA 5CXZA 1YDTE 3NGAA 2ZB0A 2WQBA 4C0TA 3IDPA 4D2TA 5JZNA 3P08A 5HLWA 4F08A 3QC4A 1H28A 2WQNA 4LQMA 5LOHA 5M08A 3O0GA 1YHWA 4EC8A 4QQTA 5ANGA 4G6OA 3NR9A 2BR1A 3L9NA 3KRLA 4KRDA 4W4VA 5DLSA 4EKKA 2Q0NA 4XOZA 5IQIA 2QO2A 4EJ7A 2BFXA 5LVPA 3VS3A 4O91A 4TYGA 3BHVA 2ACXA 2C3IB 3MVMA 4ZSLA 2WMTA 4HVIA 1XO2B 3KKVA 2XK8A 3G5DA 3HEGA 2YCSA 3QRKA 5JSMA 4EH5A 4UMRA 3ZUTA 2P4IA 4BN1A 3SG8A 4YTCA 5LXMA 4EK5A 4EJNA 2AC5A 2GHLA 2VGOA 2BKKA 2HIWA 5AEPA 1H1WA 1UNLA 3EQGA 3GNIB 1Q3DA 3BYVA 3D94A 4HCUA 4UYAA 3PP0A 4FC0A 4U8ZA 5IISA 4Y83A 3UP2A 3TCPA 1K3AA 1ZZ2A 2W17A 2B0QA 2C1AA 3DBEA 3VIDA 3VUMA 4BI0A 3A99A 1YHVA 4OBPA 1PJKA 3FBVA 3R2BA 2VGPA 4N57A 4GYGA 2V7AA 4QNYA 3BCEA 4XP2A 4ALUA 5A14A 2PULA 4O7VA 1GJOA 4L3JA 4GMYA 4IVBA 5K3YA 2GU8A 4YZCA 5HE3A 2R3QA 2ERZE 5E8WA 3KMWA 4YC8A 5GIPE 2VTMA 4R77A 3NX8A 2J7TA 3VBXA 4XS2A 4TY1A 5FWKK 4EWHA 4L42A 4YJSA 5HKMA 3FI3A 4FGBA 2Y9QA 4QMXA 5ACBC 3R7OA 1ATPE 4XJ0A 3ZU7A 4MD9E 3FI2A 1W0XC 2WTCA 1PRYA 5GIOE 4D2PA 1YI4A 2OGVA 4AAAA 3V3VA 4MXAA 5GJGA 4FTMA 1TVOA 2P3GX 3FXZA 3UNZA 1ZYCA 3R0TA 2Y4PA 2OXDA 4YZMA 3VS2A 1GAGA 4J53A 4C3PA 4CRLA 4M3QA 2WTJA 3R9HA 5J5SA 4O22A 4FKGA 4NT4A 4HZSA 3SD0A 4E5AX 1RQQA 2WAJA 5FM3A 2RFDA 5AR4A 3SQQA 4FSTA 4ERKA 1OL2A 4LM5A 4DAWA 1WVWA 4ORKA 4FNWA 2W06A 3B8RA 4HCTA 4NWMA 3FI8A 4CFVA 5AMNA 1P4FA 2REIA 4FV0A 3ORTA 4LUEA 5EOLA 5AX9A 5IQCA 5CU6A 4Z3VA 1YOLA 2B7AA 4J52A 1OVEA 2Q83A 3G9LX 1OL1A 2W0JA 1W7HA 5AV1A 4FTQA 3BELA 5IQDA 4FZ7A 4M66A 3UYTA 2FSOX 5DHJA 4AZTA 2OI4X 2VTQA 5HU9A 5L8JA 3CE3A 3KCKA 4G17A 1W82A 5IQFA 3ORMA 3PG3A 4FKRA 1QL6A 4K2RA 1U54B 1H26A 4GRBA 4EHVA 3JUHA 1XHAA 3QF9A 1J3HA 1Y8YA 2VTNA 4C3FA 4EZ7A 3KULB 1P4OA 4GFGA 5HZNA 4I20A 3H9OA 2WMQA 4U5JA 2VNYA 2WIHA 4PTEA 2VWBA 3PFQA 4O0SA 3ULIA 4B9DA 1V0OA 2ZVAA 3A4PA 4U79A 3SX9A 4RWJA 4ANSA 4IB3A 2CDZA 5FRIA 3DBQA 1YXSA 2VX3A 4LRJA 3Q5ZA 1ZY5A 3TXOA 4G9RA 5FEQA 3CTQA 5AR2A 4NM0A 4W9WA 4IAFA 3HLLA 5EH0A 5BVEA 4BTMA 4KWPA 4K33A 4BKJA 3QRIA 5A3XA 4DFZE 5EG3A 3CIKA 3AG9A 3NYXA 3IO7A 4DH5A 4C58A 1YOMA 4O0YA 5E1SA 3B8QA 2XNOA 3I6UA 3KVXA 3R8ZA 3BU3A 3DDQA 2C6EA 2XNMA 5IZFA 2WTKB 3IW6A 1U5RA 2QOOA 3VULA 4LL0A 4TL0A 2YIWA 4U80A 1BI8A 1URCA 4YJRA 1IA9A 2WPAA 3QFVA 5IEYA 3QUPA 4Y46A 4O21A 3HECA 2XJ0A 2BZJA 4PMSA 4ZY5A 1ZWSA 2X7FA 5IKWA 3WZJA 4MXXA 3TZ8A 3W2PA 4AN9A 4Z16A 3R04A 3MA3A 4J99A 4K0YA 4E6QA 2CKEA 2AC3A 3BYSA 3UQCA 4GKIA 1FMKA 4BDEA 4BDDA 3VS5A 3A7HA 4AXAA 4ITIA 4YHFA 3WYYA 5BQ0A 2CNQA 1PMNA 3COHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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