The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
114
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structure length |
114
|
Chain Sequence |
YITDMSIEEISREWYMLMPRQKITGGLMVKMDQAIMDKRITLKANFSVLFDQLETLVSLRAFTDDGAIVAEISPIPSMPGHSTEDVKNAIGILIGGLEWNDNSIRASENIQRFA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
Non-structural protein 1
|
| publication title |
Structure of an avian influenza A virus NS1 protein effector domain.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Influenza a virus
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| total genus |
33
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| structure length |
114
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| sequence length |
114
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-05-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3P38 A; 3KWI A; 3O9U A; 3OA9 A; 4OPA A; 3M5R A; 3L4Q A; 3P39 A; 3P31 A; 3F5T A; 2GX9 A; 2KKZ A; 3D6R A; 4OPH A; 3O9Q A; 3RVC A; 3KWG A; 2RHK A; 3EE9 A; 3EE8 A; 3O9S A; 3O9R A; 3O9T A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KO0 A; 4LD0 A; 4CJ4 A; 1GLB G; 4KHW A; 1C0M A; 2O8D B; 5H1S Q; 3VGL A; 5AQU A; 4FZZ A; 1NGA A; 3RMC A; 3MAQ A; 2HF3 A; 4Z0U A; 3AO5 A; 1Q9X A; 1NK0 A; 1F21 A; 3CJA A; 4CFD A; 3ATU A; 3SAH A; 1RTJ A; 3V9W A; 5KQD A; 1KAZ A; 1BOT O; 1ZBL A; 4EHU A; 1JCE A; 3L8B A; 3VTH A; 1NWK A; 3T1Y K; 2HHV A; 3VOV A; 4BRC A; 5J2M A; 1EP4 A; 1NM1 A; 2YHW A; 3JXU A; 4ILG B; 5KQ8 A; 3HPH A; 3VES A; 1VSH A; 2IGI A; 3FR0 A; 1NJY A; 5ELZ A; 1IG9 A; 3ZEU A; 2AA4 A; 1BHL A; 2AJQ A; 3U6F A; 2P9N B; 3QLH A; 5AQT A; 3A2F A; 1XI1 A; 5E84 A; 4LSL A; 1SS6 A; 2IOC A; 1BIZ A; 1GLF O; 1OKJ A; 4DV2 K; 4AQY K; 1BUP A; 1YJ9 N; 4LF9 K; 3VTI A; 4UQG A; 1K9M O; 3H1Q A; 3JSM A; 3QML A; 5KGW A; 4AM6 A; 4FW1 A; 2Q0R A; 4PHT X; 1YT3 A; 5E41 A; 1KCF A; 4CZJ A; 3SYZ A; 3SMP A; 3VF2 A; 4CCH A; 2A6A A; 4TSX A; 4JK9 A; 4FJJ A; 1Y97 A; 1OVY A; 3NVM A; 3ZX3 A; 3WXM B; 4OKJ A; 3C6A A; 4KPY A; 1KFD A; 2X74 A; 3F2K A; 5A2Q O; 5KPR A; 4C8N A; 4BRH A; 4K43 A; 4CEC A; 3M8R A; 1L3T A; 1BA1 A; 2P5O A; 5GAE P; 2BH1 A; 1GOA A; 2FC0 A; 4IOA L; 3K9J A; 3OS0 A; 3QNN A; 3WNE A; 1XC9 A; 3A8Y A; 1B9D A; 2O8B A; 4BWJ A; 5SZT A; 5DM6 L; 3T19 A; 3WQT A; 2FF3 B; 3DRP A; 3P38 A; 3K5M A; 3K58 A; 5C15 A; 1W2B M; 4PUO A; 3SJJ A; 4C8L A; 2VCP A; 5BRH A; 4FJN A; 1JLB A; 1SL1 A; 2O8C B; 3IRX A; 1I39 A; 4CJU A; 1QHT A; 1NU0 A; 4FLZ A; 3ZCM A; 4DTR A; 4PKI A; 2PY5 A; 1K8A O; 1SZ2 A; 3KJV A; 5GIN A; 5M1Q A; 4FJ8 A; 4EZ6 A; 4JD2 A; 1GLJ O; 3LAL A; 4KTW A; 3ZSX A; 2HNZ A; 1NG9 A; 4Z4C A; 3OYG A; 3ZET A; 3DM2 A; 3CET A; 3AA3 A; 1VK0 A; 3I8B A; 3SAG A; 4F4K A; 4DLE A; 4M3U A; 2IVO A; 2F7T A; 3SUO A; 1ZBU A; 1BI4 B; 4MDB A; 1HPZ A; 3OYD A; 3MX2 A; 2GV9 A; 4M63 C; 1X1P A; 3LM2 A; 4C8K A; 3ITH A; 3K5N A; 1C1C A; 1ZBF A; 3EN9 A; 4CEB A; 2YHX A; 4FVM A; 1SAZ A; 1MWM A; 1S9G A; 3DLE A; 4LF7 K; 3OBW A; 3KK7 A; 5CZ1 A; 1GLL O; 4FOE A; 4KH4 A; 5M1K A; 2O4G A; 1XMQ K; 4K0K K; 4O8U A; 4FWP A; 2PAV A; 3LPT A; 4H5V A; 1EO1 A; 4YDU C; 3MCA B; 3VQB A; 4X66 K; 1XNQ K; 3PIO L; 5SWM A; 3VQ4 A; 1RBS A; 1S9E A; 4NLB A; 4WFB L; 3CCS N; 4FPB A; 4JYA K; 4O55 A; 3O9T A; 5BRF A; 2P9P A; 4IEE A; 1HKC A; 2A5X A; 1SQK A; 1S1V A; 4BRO A; 3VET A; 4N5S A; 1S1T A; 3SUN A; 2EHG A; 5F1X A; 5FPD A; 3PIP L; 3BZC A; 3BDP A; 3AVI A; 4G9Z A; 1HQE A; 5LJV A; 1VQ9 N; 5LY3 A; 1IJJ A; 3NCI A; 4CJ3 A; 5JMV A; 4O0I A; 1ESV A; 1UAX A; 4KTZ A; 3TAE A; 3VA3 A; 2O8D A; 4DB3 A; 2HBM A; 3O9R A; 2QA4 N; 3CJC A; 3AO2 A; 5FPE A; 3O08 A; 2EWS A; 1ITG A; 1WAF A; 4HUG A; 1OH8 A; 4CF2 A; 3UKR B; 3QEP A; 4U7B A; 4K8X A; 3RR7 A; 3VQE A; 4OO1 J; 3ZT2 A; 5B8H A; 5CE3 A; 2KLA A; 3OW2 M; 4JI4 K; 5LMU K; 1HYV A; 3CER A; 5ADX H; 2KHO A; 3O3H A; 4M7X A; 5EVZ A; 4BDY A; 1RBV A; 1YVN A; 3HT3 A; 2ZQB A; 4IBN A; 4M3W A; 3NF6 A; 3HBT A; 2IAJ A; 1JLE A; 4N41 A; 4H4O A; 4LH5 A; 4KTQ A; 3AGR A; 3ZX0 A; 2QK9 A; 4FOI A; 4KH6 A; 3L4Q A; 1D9D A; 4CVN E; 1JLQ A; 3AVG A; 1J54 A; 4K42 A; 4FK4 A; 2G8I A; 4FM1 A; 2KW4 A; 1IG8 A; 2VGN A; 1SL0 A; 5CR4 A; 1RDB A; 3C7N B; 2DFF A; 3QIC A; 2ZF5 O; 4X65 K; 4DTU A; 3B6P A; 3FZM A; 3VQ6 A; 4B08 A; 3CFR A; 2HHQ A; 4B9V A; 2G8U A; 2FSK A; 3DI6 A; 3KLG A; 3PO5 A; 2OZS A; 3IG1 A; 4DUZ K; 3SQ1 A; 5CYM A; 4PL7 A; 3E1Y A; 2QM1 A; 3GOI A; 4HVJ A; 3MDQ A; 3ZYY X; 2FSN A; 3MEE A; 5M1N A; 1KRP A; 4ELT A; 5AQM A; 3EKS A; 1LAW A; 3DLH A; 1T44 A; 2E6L A; 4CED A; 2D0O A; 4CJ7 A; 4DSI A; 3V9S A; 3M8S A; 3UE5 A; 4DSE A; 1HQU A; 2D0B A; 1XC3 A; 1C0G A; 3UB5 A; 4FWS A; 3K2P A; 4PKH A; 4CE9 A; 3PX6 A; 1C0F A; 1EWR A; 3H6E A; 2OPR A; 1ZBI A; 1QE1 A; 5JVH L; 2WBN A; 4KI6 A; 3J7Z O; 1DLO A; 4FLT A; 2XY5 A; 1J53 A; 1FK9 A; 1NGD A; 3NGZ A; 3BY5 A; 4FM0 A; 2O8C A; 3TAQ A; 4GNI A; 2YI1 A; 4F9O A; 4ISF A; 3DYA A; 1X9S A; 4FWM A; 3VQQ A; 3AA2 A; 3F5T A; 4AH9 A; 4JS5 A; 2Q36 A; 2BUP A; 2HB5 A; 4BR4 A; 2KKZ A; 4MLH A; 4BRF A; 3TPQ A; 2BE2 A; 5HBM A; 3MN9 A; 4M45 A; 2G8K A; 4FJM A; 4FJK A; 4KHY A; 2V52 B; 1C1A A; 3LWM A; 2HHT A; 2F4V K; 3PLA A; 3RMA A; 1JKH A; 4CFA A; 3NVK A; 2HND A; 4FLV A; 1BI4 A; 1FXX A; 1N34 K; 3EL2 A; 3L2U A; 4XH1 A; 4CK3 A; 1LW2 A; 4JKD A; 4H0O A; 4FJ7 A; 3OYF A; 4A2A A; 1RT2 A; 5LJW A; 1JXB A; 2HHS A; 3J81 O; 3CCJ N; 3FFI A; 2FBX A; 2QWM A; 2FBV A; 1HJR A; 4I2Q A; 1KD1 O; 2Q3S A; 3ZT3 A; 4DSJ A; 4KH5 A; 4CEZ A; 1KXP A; 5AQG A; 3MEG A; 4GKK K; 5C42 A; 1A5W A; 4IFV A; 1VSL A; 4PA1 A; 2AP1 A; 2Q31 A; 4Y1C A; 5EXW A; 1TK5 A; 4DV4 K; 4FZY A; 1RT6 A; 3EZW A; 1LWE A; 2JLE A; 2Q0U A; 3RMB A; 5AR0 A; 3LP1 A; 4FJ9 A; 4BWM A; 1V4T A; 3CXC M; 4DSL A; 1WSF A; 3HO1 A; 1ZBS A; 2QWQ A; 4BR0 A; 1RBT A; 5FRM A; 1OH6 A; 3GG4 A; 4AF1 A; 1BG3 A; 1TAU A; 3TU5 A; 3VF4 A; 4B1Z A; 4F2R A; 2ZGY A; 2VG6 A; 3OYB A; 2GUP A; 4DU4 A; 5GAH P; 4DTN A; 4A5A A; 4H03 B; 5D3G A; 4KHP K; 4DS4 A; 4BRP A; 4Z4I A; 4DV0 K; 1TKZ A; 4NCB A; 3UKR A; 3OYE A; 4W5R A; 1NK9 A; 2KZZ A; 3V1R A; 4BVP A; 3CCR N; 4JKF A; 1RBU A; 1K73 O; 3NF7 A; 4YOV A; 3HPO A; 5J2N A; 1ATR A; 4QS7 A; 4ILH A; 3AVC A; 1IH7 A; 3F73 A; 3MXJ A; 2QWN A; 4CW7 B; 2GTD A; 4B1X B; 3K9K A; 3HTV A; 5EY4 A; 5AQP A; 4CBW A; 4ZTF A; 2E5L K; 1G99 A; 3S9H A; 1HNV A; 4FJH A; 2P1J A; 1BU6 O; 1XWL A; 1LOT B; 1RDU A; 4DQP A; 4R79 A; 1WSG A; 4AHT A; 1EX4 A; 4A62 A; 3HVT A; 4CHY A; 4N56 A; 2V7Z A; 1UA0 A; 2NLX A; 1OVQ A; 2RHK A; 5AQX A; 1QSL A; 4J2B A; 4RWT A; 5GIP A; 4JKH A; 4JRP A; 5BR8 K; 3CHW A; 4CJF A; 3WUH A; 3O4Q A; 4FJX A; 1O13 A; 1NJW A; 3OJU A; 1X9W A; 2ZJR L; 1NGJ A; 4H0P A; 3ZSQ A; 5C2F A; 3C95 A; 5M1O A; 3K5L A; 3NGY A; 3KKR A; 1Z6R A; 4CJE A; 3OYK A; 4C1N I; 5BRE A; 3R9P A; 3ID6 A; 2QI2 A; 4JEP A; 3C6T A; 3RSE A; 4FSV A; 4GVM A; 4KAZ A; 1RIL A; 3HOT A; 2HBL A; 3IDH A; 2Z1H A; 2I7P A; 3G6E N; 3VQA A; 2BTF A; 3EYZ A; 4DS5 A; 1NGI A; 1I94 K; 2A41 A; 1QQO A; 3KVG A; 1BDG A; 5GAG P; 1HPM A; 1BGX T; 3LDQ A; 2F8S A; 3DLK A; 2A3Z A; 2HBK A; 1N32 K; 1QVG M; 4JN4 A; 1NGH A; 1J5E K; 2P9U B; 3AVH A; 3NFA A; 2NRZ A; 1Q9Y A; 4JLH A; 1YIT N; 1EWQ A; 5MLC Q; 3O3F A; 2X6N A; 4IXC A; 2YNG A; 4OKE A; 1U47 A; 3KTQ A; 3OVN A; 3EKU A; 1U2V B; 2ZM6 K; 1RBR A; 1M1K O; 4WCE L; 4HTU A; 5BPN A; 2G8V A; 4HTL A; 3HJF A; 1TAQ A; 4CER A; 1DGK N; 4DR5 K; 2HF4 A; 1L3S A; 3NBP A; 2RN2 A; 2CH5 A; 1VRU A; 4Z4E A; 2VG5 A; 4ID1 A; 3CFP A; 2HNY A; 2WUS A; 4CIE A; 3B8A X; 1WAJ A; 1L5U A; 1NJX A; 3BZK A; 3AO1 A; 4HCC A; 3KLH A; 1EET A; 4OKK A; 4N47 A; 4AHU A; 2GX9 A; 3OYL A; 3IKM A; 4CZE A; 2D0A A; 1ATS A; 3ZSR A; 4H5R A; 1SL2 A; 4JV5 K; 3R3L A; 1DKG D; 2HHH K; 3RVC A; 5CYQ A; 2O8E B; 4CGG A; 1QSY A; 3VF6 A; 2VG7 A; 1VSF A; 2YJE A; 2XRI A; 3I0S A; 4M7Y A; 3RR8 A; 4B9L A; 4BC3 A; 3LAM A; 1LW0 A; 3O1B A; 4DFJ A; 1RDD A; 2YHY A; 2ITG A; 3M6G A; 3LAN A; 2OCE A; 1NKE A; 4UY8 O; 4Y1D A; 4JI6 K; 4IOX A; 4BC5 A; 3U3G A; 3WT0 A; 2E1Z A; 4DV5 K; 3EE9 A; 1NKC A; 3WNG A; 3HXM A; 3HI0 A; 2YV0 X; 4JS4 A; 4BRL A; 1GLC G; 3DRS A; 1VQ8 N; 2I7N A; 3O1W A; 2Q2R A; 3LP3 A; 3L2R A; 1DEJ A; 4YY3 K; 4YOW A; 1BA0 A; 1VQM N; 1R59 O; 1VHX A; 2CGL A; 2NRH A; 4CBU A; 4HUF A; 3DAW A; 4FVU A; 3DXK B; 3H08 A; 4CJV A; 1T05 A; 4BE0 A; 2YHB A; 3CF5 L; 4FWL A; 3P5J A; 2KFZ A; 3AVN A; 3QEV A; 3RWU A; 4AIL C; 2NRR A; 4IFE A; 4IWV A; 4CEF A; 4IFY A; 1RT5 A; 4CGJ A; 1XQS C; 2ASO A; 1D4X A; 2CH6 A; 3QET A; 3CCM N; 4JI2 K; 4GKJ K; 4JKA A; 1KTQ A; 2UXB K; 5BPM A; 1WBB A; 1WUA A; 2A42 A; 4BRD A; 2DFH A; 3HSC A; 4LF4 K; 4B9T A; 3O9U A; 5J1E A; 4BY9 C; 1WSJ A; 4LC9 B; 2FLO A; 4JNE A; 4H0X B; 4DFP A; 1VQP N; 2VWB A; 4DQ8 A; 4M42 A; 1OH5 A; 4CZI A; 3PO4 A; 4CHQ A; 5KTQ A; 3CG7 A; 5AQV A; 2IS3 A; 3C0B A; 3ISN C; 1S3X A; 1SUQ A; 3G25 A; 3R1X A; 3SI6 A; 4FYD A; 1NMD A; 3PY8 A; 1U4B A; 1T8E A; 1IO2 A; 1KAX A; 3D2F A; 4JI7 K; 2QKK A; 2OPQ A; 4CJK A; 5HRN A; 3VQ5 A; 4FLU A; 5TKW A; 1C0T A; 2E1Y A; 1Q18 A; 2ASM A; 3CI5 A; 3AO4 A; 4QCL A; 1RT4 A; 4E7I A; 3MX5 A; 1ASW A; 5J2P A; 1E4G T; 2YKM A; 1A5V A; 2NUB A; 1FKP A; 4MQ3 A; 2XY7 A; 5AQR A; 4CJS A; 1NJI O; 1KLM A; 1IBL K; 1NGG A; 5CHI A; 2GEL A; 2OA8 A; 1M90 O; 1WNS A; 3CPW M; 3F9M A; 5AQJ A; 3OHR A; 2P9U A; 4DMN A; 1SKR A; 4PWD A; 1T6D A; 2E8A A; 1QS4 A; 1NK5 A; 3P1G A; 4LFC K; 3DJC A; 4HHT A; 1JLF A; 4O5F A; 4CHO A; 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4WYB A; 5JVG L; 3GBT A; 4BE1 A; 4DTO A; 4U67 L; 3LDN A; 3CQX A; 5T7B A; 3MXI A; 3LP0 A; 3KK2 A; 3IMX A; 4DV3 K; 3SZ2 A; 2HMI A; 1JL2 A; 4OVL A; 1HMV A; 3RTV A; 3AVL A; 5I3U A; 1KLN A; 1LAV A; 5FPN A; 2VQE K; 1GOB A; 4DR1 K; 4LF5 K; 3DXM B; 1HLU A; 4CZM A; 4EZ9 A; 4FK0 A; 1VSE A; 2B6A A; 4CGF A; 4QAG A; 2D1K A; 3AAQ A; 1JXE A; 2OPS A; 5I9E B; 1L3V A; 4F8R A; 3UKU B; 3EE8 A; 1VSJ A; 1C0U A; 5AQF A; 3E9P A; 4DTS A; 1W0H A; 1CZB A; 1IBK K; 3M8P A; 3PSF A; 3FZF A; 4ISE A; 4B3T K; 1KVC A; 3Q7B A; 4BR7 A; 1IKW A; 5BN9 A; 3MN6 A; 4DV6 K; 2E2P A; 4PL8 A; 1WLJ A; 4IO8 A; 4Z4G A; 1VSM A; 4EFH A; 4BDZ A; 3K57 A; 4WQ4 C; 4YOR A; 1MDU B; 3CQY A; 3D45 A; 2PFU A; 4CGI A; 2XY6 A; 3ZX2 A; 2E2N A; 4RCH A; 1VAZ A; 4OJR A; 4I6M B; 3L2Q A; 3VN5 A; 2P5G A; 4GV3 A; 1ZYQ A; 3HPG A; 3VMF B; 4B9N A; 1I3A A; 3CQ8 A; 4Z94 A; 1TVR A; 1HRH A; 4EAH D; 3IAY A; 4Q5V A; 2VGM A; 4CES A; 1FKO A; 1QZ5 A; 2B5J A; 4A2B A; 1TK0 A; 2B4J A; 2W42 A; 3DLR A; 4GY2 B; 2E4L A; 1JLC A; 5HLF A; 4R5P A; 3BGR A; 4JHD B; 1QZ6 A; 3AVJ A; 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