3DBDA

Crystal structure of an activated (thr->asp) polo-like kinase 1 (plk1) catalytic domain in complex with compound 094
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
287
structure length
261
Chain Sequence
KEIPDVLVDPRTMKRYMRGRFLGKGGFAKCYEITDMDTKEVFAGKVVPKSMLLKPHQKEKMSTEIAIHKSLDNPHVVGFHGFFEDDDFVYVVLEICRRRSLLELHKRRKAVTEPEARYFMRQTIQGVQYLHNNRVIHRDLKLGNLFLNDDMDVKIGDFGLATKIHSFEVDIWSLGCILYTLLVGKPPFETSCLKETYIRIKKNEYSVPRHINPVASALIRRMLHADPTLRPSVAELLTDEFFTSGYAPMRLPTSCLTVPPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Polo-like kinase 1
publication title Design and synthesis of 2-amino-pyrazolopyridines as Polo-like kinase 1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Danio rerio
total genus 73
structure length 261
sequence length 287
ec nomenclature ec 2.7.11.21: Polo kinase.
pdb deposition date 2008-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3dbdA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3dbdA01
2RFNA 2PMNX 5KZ0A 4P5QA 4NJDA 5AWMA 1H28A 3SRVA 3ZYAA 4PPCA 5M4CA 4U7ZA 4EKKA 1H00A 1G8SA 2X9FA 5JZJA 5C1QB 2OU7A 2R3QA 4ZSAA 1J1CA 2JDTA 3P08A 3HP2A 3R7GA 4XJ0A 3T9IA 4EK6A 3AG9A 4ZMFA 1XH7A 2JGZA 5HX6A 4KIOA 4U0IA 2UW8A 3EWHA 4A9SA 3A7FA 2F2UA 4Z7HA 4IADA 4FKQA 5HTBA 3AMYA 3PWDA 4APPA 5J1VA 1U5RA 2X7GA 3BZ3A 3D14A 5CVHA 5BYYA 3MY1A 3FQHA 3TM0A 3CY2A 1L8TA 1ZOEA 3TACA 1BX6A 3FHRA 4AS0A 1A9UA 3S1HA 5IQIA 1OMWA 2G2HA 2BRMA 4WRSA 5CI6A 2XKDA 3G5DA 5FGKA 4YJQA 5L4QA 5JT2A 2AYPA 3LCSA 4RGJA 3C4FA 5DLSA 4DGMA 5GZ8A 3GI3A 4N0SA 2YDIA 5AUXA 3IONA 2H96A 4E7WA 5TO8A 2HZ0A 4L68A 3QL8A 4S2ZA 3EQHA 1PXNA 4LRMA 2C47A 3RNIA 3EQDA 3LFNA 2Q83A 3UGCA 3FMDA 4FTTA 4F1TA 3S3IA 3P23A 4E3CA 2BMCA 5J95A 2GNLA 3O23A 4B4LA 3RHKA 4U79A 4X3FA 4AW5A 5J9YA 4FF8A 2ETKA 1H0VA 2R3OA 4JG8A 5EHLA 1TVOA 3UBDA 2UW4A 5A46A 3QQHA 4OW8A 4NW6A 3LFEA 1GZ8A 4I94A 4P4CA 1PXMA 3QTZA 5F94A 3A4OX 2PVFA 4MF0A 4CYIA 5AAEA 4C36A 4FZDB 4IC7A 1W8CA 2HOGA 4F9WA 3ANRA 3BLRA 2P3GX 3RZFA 3OWKA 4EH6A 4Z16A 5AA9A 2FA2A 2QVSE 4GK4A 4IWDA 3QQUA 4M84A 1ATPE 5K3YA 4I0SA 3A7IA 4ASDA 4CFWA 3ZRKA 2X2LA 3E64A 4CFNA 2GSFA 2OIBA 2BILB 3KULA 4RWLA 2PWLA 4BCNA 2VWXA 4E4LA 2UW6A 3TUDA 4DE4A 2ZM3A 3EQGA 2H8HA 5EYMA 4W8DA 4IW0A 3WF9A 3ZFXA 2GNJA 4BKYA 3M2WA 3VS4A 3T3VA 4RX9A 4EQCA 5KMIA 2QR7A 5B2KA 5JFVA 3I6WA 3N9XA 4F08A 4PDSA 3A61A 4XYFA 3K54A 3EN5A 1WZYA 2W9ZB 4IBMA 3SKCA 3COMA 2XJ0A 2KULA 3QTIA 4ZTMA 5A4LA 5FP5A 2PVKA 4FV7A 5EQEA 3LVPA 4WG3A 4PNKA 4R1VA 2BRBA 1Z9XA 4AGCA 3C4XA 4UXLA 3BHUA 3FC1X 2WTKB 2CKQA 3FPMA 3OWLA 1REJA 4RIOA 4WHZA 3K5VA 3OUKA 2RL5A 4XG9A 4U40A 3U54A 2VTMA 4YNOA 1M2QA 4AFEA 1YXSA 4YHTA 5L8LA 4O38A 1FGIA 5I9VA 3R8LA 1XQZA 4FEWA 5EKNA 3F7ZA 3Q96A 4ZLYA 1E1XA 3BLQA 3LFAA 4IX4A 3OG7A 3HECA 2YFXA 2O0UA 4AZTA 4RJ8A 5CEMA 4MAOA 5CI7A 2WQOA 4PNIA 3CC6A 2PMLX 5C01A 2ESMA 2VX0A 4PMMA 4BZDA 2XK4A 2UVXA 4YLKA 4F6SA 4OGRA 3R7EA 4BICA 3SGCA 4LRJA 2G9XA 1MQ4A 3LE6A 4IDTA 4WD5A 3IQ7A 3QYWA 1Q3WA 4IFGA 4X7QA 3C50A 5D7VA 4QMUA 4O0TA 5JRSA 2HENA 3ALOA 4ZK5A 1KE9A 4FNZA 4FEVA 5FUTA 5HU9A 3HRCA 4L7SA 3Q9ZA 1YW2A 1KV2A 2QR8A 3UP2A 1CKJA 1TQPA 3R00A 3R30A 4RIYB 2I0VA 3PJ2A 3DA6A 3Q3BA 4KA3A 4O0VA 5EDQA 3UIBA 4CEGA 4FEXA 4Y72A 4TY1A 3B8RA 4G2FA 2J0KA 3O7LB 2VX3A 4TTHB 4U42A 1ZMWA 1PMUA 2RFSA 5DT3A 3WOWA 5K5XA 3CQWA 1PRYA 4P5ZA 5M4IA 3CPCA 4C4GA 5D9HA 4G31A 2PE2A 4AF3A 3MS9A 3BPRA 4GYGA 3FI3A 4Y8DA 5HCXA 4B9DA 4I93A 4LYNA 4H58A 4MD9E 2XM9A 1K3AA 2XP2A 4WUNA 5AUYA 4YP8A 5KKRC 3O50A 4XV3A 2EB3A 4RVKA 5DOSA 4MKCA 4CZTA 3I4BA 4EKLA 5HIEA 4IM3A 4L67A 4BCHA 1QPCA 3IW6A 3V5PA 2WNTA 4CQGA 3C7QA 3DJ5A 5HE3A 4F0GA 3FMNA 3V5QA 4F7SA 3TNWA 3WIKA 1YWVA 5GJDA 4L7FA 3LQ3A 2XB7A 1SVHA 2XNOA 4CG9A 4BWPA 3VF8A 4U97A 2CN8A 5JGBA 2X4FA 4BDHA 2BKKA 3L9LA 4Z55A 3OROA 2W1GA 1J3HA 3L9PA 3LMGA 1ZZLA 4YBKA 2C6MA 2YACA 3EZRA 3KRXA 4BCIA 4QMPA 2PVNA 4AWIA 3BGPA 4HW7A 1FINA 4OTWA 3RM6A 4BKJA 4CV8A 4I6HA 3FLWA 2QHNA 4A4XA 5BMMA 4BIDA 5AV4A 4RC2A 2VU3A 3NVMB 4ZS4A 4BF2A 2OXYA 1Y8YA 1YDRE 4OAUC 2IW9A 3AC1A 3AMAA 3ORMA 5M4UA 3OW3A 1CTPE 2W4OA 3C5UA 4RSSA 3ORLA 2CLXA 4LUDA 3GCSA 3UPXA 3DK7A 1JQHA 2WXVA 4FVPA 4MBIA 3GU8A 4HNFA 4BTKA 4DGNA 4EC8A 4ENYA 4H1JA 4BIEA 3G51A 4ZIMA 3IDPA 3L8VA 3VBQA 4CT1A 3PUPA 3HNGA 2OFUA 4YTCA 2CGXA 1WBTA 3SD0A 4CKRA 2ZOQA 4TWOA 3FV8A 4OT5A 4KUJA 3I0QA 3EN6A 2V62A 2FGIA 2BZIB 3QXPA 1OVEA 3D2KA 1W84A 4IB3A 2YLEA 4F64A 3HUCA 3PRIA 4Y95A 3SRVB 4E5AX 5E4HA 4YU2A 2HWOA 3UNJA 4EBVA 4EOPA 3PTGA 3ENMA 4JBOA 5GIOE 2O8YA 2RFDA 3QC4A 5ANOA 4M66A 2C0OA 3BGZA 4D2RA 5G6VA 2H34A 4A4OA 2RGPA 2WD1A 3TNHA 4UMRA 3IO7A 4FSUA 3V6RA 1PYXA 2OSCA 2B4SB 2YHVA 2ERKA 4BY9E 3P78A 1YHVA 4Q5HA 4I5PA 3MH3A 3NRMA 2F7ZE 4F6UA 3W2SA 4Y46A 4PQNA 3WF7A 5I9ZA 5K4JA 3ZRMA 1WBSA 3U55A 3MBLA 1PKDA 3H0ZA 5DN3A 3PY0A 2QKWB 3VAPA 2C6KA 4YHFA 1ZRZA 3O2MA 5BUEA 3ZEPA 2QOIA 4XHKB 4TN6A 5LCJA 3CJFA 2Y4IC 1H08A 3KF7A 4YJOA 3SHEA 2CNUA 1PMEA 5TKDA 3F3ZA 4M0YA 4PDOA 4RX5A 5DFPA 2W5HA 2XRWA 4LV8A 4WKQA 4XG3A 4L3JA 4C8BA 3I5ZA 3BYSA 3DB6A 5HO7A 5HVYA 3UOKA 4MTAA 3S0OA 3A7JA 3T8OA 4OT6A 3ZLWA 4E73A 2BALA 4ZTLA 2E9NA 3HV3A 4XEYA 5FTOA 4E4MA 5HOAA 3F5XA 4DT9A 3U6HA 3PJ8A 2JFLA 4M0ZA 1J1BA 4ZTRA 4MBLA 3VO3A 5CNOA 5C4KA 5HTCA 4JBPA 3HLLA 2ZDTA 2JIVA 4FG9A 3RP9A 3VJOA 4OUCA 4CCBA 3DZQA 2EUFB 4EH8A 3E7VA 4OTHA 3QHWA 3GU7A 1PKGA 4KIPA 4TZRA 3ZZEA 3OCGA 4AW2A 4EHEA 5BVOA 5KMNA 5BVDA 2C5YA 5AP3A 2ITUA 3BGQA 4I6BA 4H3QA 2X2MA 2HY0A 4NWMA 1UWJA 5DRDA 4BIBA 1Z57A 4M69A 4TXCA 2WZJA 4R3CA 3JY9A 4RFYA 4ASXA 1V1KA 3Q6WA 4I20A 3RTPA 1PY5A 4O82A 3S4QA 4BZNA 2B54A 3CTHA 5EW8A 5HE1A 4ID7A 1FGKA 3PIYA 5EOBA 4RVMA 4O7WA 1WBOA 4FYNA 3RHXA 3R63A 2YIYA 2DUVA 3FYJX 4HGTA 4UMQA 3RINA 5JN2A 5CSVA 5AP6A 4L44A 5E91A 3UO6A 2GPHA 4ZAUA 3V51A 2OZOA 3KCKA 4K77A 4XG6A 3TNQB 2XYUA 3FMLA 4EJNA 3A8WA 3KKVA 4IM0A 3HMOA 3TNPC 3H10A 2LGCA 3ORKA 1JKKA 3GC7A 3O8UA 5HIBA 3KMWA 3DY7A 4RIXA 5TR6A 4E6DA 3A7GA 3OOMA 3TV6A 4D1SA 4JAJA 4ZTSA 3AOXA 4AXAA 5L2WA 3G33A 2UW0A 2VTLA 1H1RA 3BYVA 2G01A 5EI6A 2I0EA 5AX9A 4LG4A 3MGYA 2RF9A 2ZDUA 4W4VA 3RPSA 3SV0A 2UZNA 2C69A 2QC6A 5IUIA 4ANOA 3SVVA 5EYKA 5HQ0A 3HKOA 2IN6A 1PJKA 4G6OA 5E8TA 3BYOA 4TYEA 4TYHB 3MIAA 3OT3A 2OBJA 3PXRA 4GG7A 5FG8A 4LFIA 5BVNA 5J79A 3SA0A 3SG8A 4YR8A 5CZIA 5AP7A 3RPYA 4EZ7A 3TV7A 3E63A 4HZSA 3NIEA 3W2PA 4B99A 4EOJA 2WFYA 5DT4A 3TJCA 4QMVA 3VRYA 4QMNA 4FTIA 3H30A 4X6QC 3EQCA 2OK1A 3E88A 5FM3A 4U44A 4WSQA 3UO5A 2R3KA 3QX2A 4OBQA 5CSXA 4DFUA 3F2RA 2I0HA 3BHHA 3U9CA 4GFMA 4H36A 3IOPA 2UZOA 3V5WA 2YDKA 3FQSA 2VNYA 2JDRA 5AUVA 3ITZA 4A07A 1PMVA 5HG9A 4L3LA 5EDRA 4KNBA 3MB6A 4C02A 4E5WA 3FI8A 4RC3A 3ORPA 2EWAA 4R5YA 4A06A 5CF5A 5M44A 3V5LA 4BCFA 4IWQA 4ZP5A 5L6WL 3R9DA 3BBWA 4D0WA 4BDKA 5JK3A 4L00A 5DEYA 1XO2B 3IGGA 3EMGA 4FKIA 4MNFA 2BIYA 3TXOA 5HZNA 5A4TA 3UPZA 5J87A 2JDOA 4N6YA 4AUAA 2UVYA 3A4PA 5A4CA 5I9WA 1OL5A 1G8AA 3IGOA 3FL4A 4O7LA 4U43A 3EL8A 2XIZA 3C0HA 1OGUA 2VWIA 1BLXA 3NEWA 2HELA 3VS6A 4H05A 4MCVA 3TIZA 3R01A 4EOLA 1LEWA 2HYYA 5F95A 1ZAOA 2X39A 4A4LA 2B0QA 3CD8A 4BDEA 2CGWA 3UO4A 5FEEA 3MPTA 4CFUA 2WQEA 4G3CA 2YAKA 3F61A 3H9OA 2R0UA 3R7UA 4FVQA 3DB8A 2NNWB 3NS9A 3HZTA 3A7HA 4GVAA 3O96A 4LM5A 2I0YA 2Y7JA 5IZFA 4FTKA 4JOAA 4CTBA 3LXLA 3UOJA 5TT7A 4J95A 5F20A 3EH9A 2ONLA 2XNMA 4KS8A 4XV2A 2J5EA 4YJTA 4F9CA 2OZAB 2ACXA 2BZKB 2YWVA 4QMXA 2QG5A 4QP2A 4BB4A 1IAJA 5EKOA 2W1EA 4G17A 5HE0A 4FSQA 3SXSA 3GQIA 4BDAA 3HV4A 2ZM4A 4QQ5A 4LL0A 2UZVA 4HZRA 3ZDUA 4C34A 2YISA 3REPA 4FKOA 4L52A 4QP6A 4YZ9A 2QODA 3HMNA 4HPUE 3SC1A 3ULZA 4BGGA 3QTRA 2IZRA 4FKRA 1O6LA 4FKUA 4GUEA 2A0CX 1GZKA 3TNIA 1TKIA 2XEYA 3UQCA 2Y4PA 2WTIA 2R3FA 4U41A 2J0MB 5J9LA 3BHTA 4O22A 4D5KA 4YSJA 3ZDIA 1F3MC 1VYZA 2VTAA 2WMWA 1UNLA 3R71A 4BHZA 4I3ZA 2YCRA 3QU0A 3D15A 2F57A 4C37A 2VV9A 4RLLA 2ZB0A 4K2RA 4HCVA 1GZOA 4C62A 4ALUA 3GU5A 2BFXA 3POOA 4X2FA 3ETAA 4YZMA 3PA3A 4XRJA 3FZTA 5AP1A 4MNEB 3IW7A 5I9UA 3L8SA 2W4KA 3RK5A 4M3QA 3OT8A 2BFYA 5DA3A 4IHPA 3K3JA 3Q9YA 4CV9A 3C0GA 4IACA 2ETMA 3F3VA 4FKSA 5H9BA 3B2TA 5M56A 5JGDA 2P2HA 3TDWA 4AU8A 2I7QA 4NH1A 4DFBA 4L46A 3PLAE 3QQLA 3OZ6A 4QQJA 1LPUA 5L8JA 4M97A 5HBJA 5IA3A 2VWUA 2C1BA 4FTAA 1UU3A 4EUUA 2QO9A 4DEIA 4K18A 4LOPA 1YXVA 1XH5A 4BHNA 3LFFA 4R3PA 3AT4A 2R3NA 3DGKA 4O0WA 5CXZA 3C4EA 3PSBA 2VTTA 3UOLA 1FQ1B 4AN2A 4TNDA 4NJ3A 5FDXA 2O3PA 4AE9A 4CFVA 4DC2A 2C5VA 4FVRA 4ACHA 3HDMA 4M8TA 2C6OA 4MF1A 4E8AA 4BCKA 4DEEA 5IH5A 1UU9A 4J96A 3V8SA 2IZSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3P23 A;  4E3C A;  2BMC A;  5J95 A;  2GNL A;  3O23 A;  4B4L A;  3RHK A;  4U79 A;  4X3F A;  4AW5 A;  5J9Y A;  4FF8 A;  2ETK A;  1H0V A;  2R3O A;  4JG8 A;  5EHL A;  1TVO A;  3UBD A;  2UW4 A;  5A46 A;  3QQH A;  4OW8 A;  4NW6 A;  3LFE A;  1GZ8 A;  4I94 A;  4P4C A;  1PXM A;  3QTZ A;  5F94 A;  3A4O X;  2PVF A;  4MF0 A;  4CYI A;  5AAE A;  4C36 A;  4FZD B;  4IC7 A;  1W8C A;  2HOG A;  4F9W A;  3ANR A;  3BLR A;  2P3G X;  3RZF A;  3OWK A;  4EH6 A;  4Z16 A;  5AA9 A;  2FA2 A;  2QVS E;  4GK4 A;  4IWD A;  3QQU A;  4M84 A;  1ATP E;  5K3Y A;  4I0S A;  3A7I A;  4ASD A;  4CFW A;  3ZRK A;  2X2L A;  3E64 A;  4CFN A;  2GSF A;  2OIB A;  2BIL B;  3KUL A;  4RWL A;  2PWL A;  4BCN A;  2VWX A;  4E4L A;  2UW6 A;  3TUD A;  4DE4 A;  2ZM3 A;  3EQG A;  2H8H A;  5EYM A;  4W8D A;  4IW0 A;  3WF9 A;  3ZFX A;  2GNJ A;  4BKY A;  3M2W A;  3VS4 A;  3T3V A;  4RX9 A;  4EQC A;  5KMI A;  2QR7 A;  5B2K A;  5JFV A;  3I6W A;  3N9X A;  4F08 A;  4PDS A;  3A61 A;  4XYF A;  3K54 A;  3EN5 A;  1WZY A;  2W9Z B;  4IBM A;  3SKC A;  3COM A;  2XJ0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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