3DBEA

Crystal structure of an activated (thr->asp) polo-like kinase 1 (plk1) catalytic domain in complex with compound 557
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
287
structure length
284
Chain Sequence
KEIPDVLVDPRTMKRYMRGRFLGKGGFAKCYEITDMDTKEVFAGKVVPKSMLLKPHQKEKMSTEIAIHKSLDNPHVVGFHGFFEDDDFVYVVLEICRRRSLLELHKRRKAVTEPEARYFMRQTIQGVQYLHNNRVIHRDLKLGNLFLNDDMDVKIGDFGLATKIEFDGERKKDLPNYIAPEVLCKKGHSFEVDIWSLGCILYTLLVGKPPFETSCLKETYIRIKKNEYSVPRHINPVASALIRRMLHADPTLRPSVAELLTDEFFTSGYAPMRLPTSCLTVPPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Polo-like kinase 1
publication title Design and synthesis of 2-amino-pyrazolopyridines as Polo-like kinase 1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Danio rerio
total genus 73
structure length 284
sequence length 287
ec nomenclature ec 2.7.11.21: Polo kinase.
pdb deposition date 2008-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3dbeA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3dbeA01
4H36A 5GHVA 4YTFA 3F3TA 3O23A 5I5ZA 5IQBA 4R1YA 3R83A 5HVKA 4J99A 3W18A 4CMTA 3PJ1A 4UX9A 2OF2A 2XNGA 3NUSA 5C9CA 3RM7A 3SDJA 3UIMA 2C6EA 2BDFA 5J1WA 1F0QA 4BI1A 2YCFA 4XS2A 4AZTA 3FI8A 3FMJA 4D55A 4PWNA 3TZ8A 3C4EA 1IA8A 2YCQA 1JKSA 3FYKX 4G6OA 3RTPA 3V51A 5IMEA 3AT4A 4CSVA 5LVOA 2YJSA 4FE2A 2C5NA 3DKGA 3IG7A 5AAEA 1MP8A 1ZXEA 4BR3A 3D0EA 4DCAA 3FYJX 4TNDA 5M55A 3FL4A 4AZSA 4APPA 5HO8A 1OPLA 2YEXA 2OG8A 2UV2A 1LEWA 2R9SA 4O7YA 4IC8A 3Q5IA 3BRBA 4FYOA 3Q52A 2PVFA 3F2NA 5AP2A 2JD5A 1UNHA 4Q9SA 4WIHA 2ZOQA 5M44A 4XOZA 5DYJA 3NMUF 3VS7A 3WF6A 2XIXA 1UU3A 4GU6A 4O2ZA 3OCGA 5EG3A 4DEEA 3C50A 4O7TA 3PLAE 4NCTC 4TXCA 4OAVB 2EB2A 5C1QB 1H26A 5KX8A 4IQ6A 3ORKA 3BLQA 5JRQA 4FTCA 2XIYA 2J0JA 2GS2A 3LOKA 4J52A 1M52A 4ITHA 5AAFA 4FEQA 3V8TA 4A4OA 4DFYA 5J9ZA 5E8VA 4FL3A 3PSBA 2BUJA 4PTCA 1Z5MA 3S0OA 2J5EA 2I1MA 3ORTA 4Y46A 4FVQA 4OGRA 4O0RA 3FWQA 3FLSA 3LAUA 3Q04A 4NK9A 5DWRA 4J53A 5AWMA 2IW6A 4YJQA 2VWIA 3FSKA 3LM5A 4I0TA 5HE2A 3P86A 3ZRKA 4BBFA 4EHVA 5CI6A 2UZNA 3ORLA 2ZV8A 4QYYA 5AADA 3HMMA 4D1XA 4TYGA 2VAGA 3Q4TA 3MIYA 4XG4A 2WMVA 3DB8A 3UMWA 4FBXA 3NUXA 5HQ0A 4ZY6A 5DN3A 4D9TA 4W4YA 1PMUA 3NAYA 4FYNA 4I6QA 5AR8A 4D1ZA 1KV2A 3EQGA 3HUBA 5E8ZA 3PXFA 3TKHA 4EK6A 2PVHA 3QRJA 3AGLA 3QCXA 5M4IA 3GOKA 3VUIA 5GJFA 3IDPA 3NNUA 2RG5A 3KFAA 3HNGA 3MVMA 3ZC5A 3D5VA 1PF8A 3BGZA 4C33A 1S9JA 2PE0A 3ULZA 3KGAA 1Q62A 5IQHA 2F57A 4I5CA 3QQKA 4AA4A 3UQCA 5J9LA 1ZMWA 3EQFA 3RCDA 4BCOA 5IEYA 5AMNA 3OUNB 3S95A 4M97A 1H24A 5JGBA 3T3VA 4EEVA 3TNPC 3UOJA 4AOIA 1DAWA 3VUMA 5AR5A 5AP3A 5CQWA 2CN8A 3LFFA 3Q6WA 4LGHA 4RA4A 3EZVA 4RFZA 3PY3A 4FZ6A 4AXAA 4WO5A 4XP3A 4HJOA 5AAGA 1OIYA 5TE0A 5JFSA 4XG8A 3F3VA 4RX7A 4L52A 1RE8A 5LVLA 3RALA 2H9VA 3Q60A 5BYZA 3D7TB 5L6WL 2YISA 4MCVA 4O7VA 3Q2MA 2P0CA 2ZV2A 3FXWA 4L9IA 4ZTNA 4EORA 3LKMA 4M68A 4EWHA 4BY9E 2YM3A 4XV9A 4JQ8A 5AUVA 3E8NA 1NA7A 3LXPA 4IIRA 3QQHA 5JQ5A 3FQSA 3JUHA 4USDA 4CFWA 1KE9A 4WOVA 4YUQA 2IZTA 3QL8A 1BL6A 1FBNA 2E9NA 2BCJA 3A7IA 3P4KA 4FKQA 4FUYA 3JS2A 3NS9A 4O22A 4ZIMA 4PNKA 4FK3A 3ZLXA 5HE3A 4NYEA 2XM9A 4Q5HA 2VWBA 1WBNA 5CASA 5KO1A 2O3PA 4L01A 3BU5A 3QAME 3RAHA 4PDOA 3F6XA 3EFJA 4S30A 4ZK5A 4D0XA 4IEBA 5LMBA 2W5AA 2QOLA 3A7FA 1BI8A 4QYFA 1ZY4A 3TI1A 1KOAA 2UVXA 3CPCA 3MVLA 3GVUA 3KRXA 3LFCA 4NM3A 2B0QA 3PIYA 4I23A 2R3FA 3C4FA 4MKCA 5CSWA 1H0WA 2CPKE 2C68A 4JIAA 4BZNA 2QO7A 2R3OA 3HRFA 4TNBA 5TT7A 3H9FA 3OW3A 3KF4A 2V7OA 4I1ZA 4XLVA 1HOWA 5FQDC 3DZOA 1MRVA 3PYYA 3UIBA 3FQHA 4IX3A 4L46A 3GT8A 4WG5A 5M57A 4I41A 2R64A 4UMRA 4LRJA 2FB8A 2WMQA 2QKRA 5FM2A 2BR1A 3ORNA 3C0HA 1OBGA 4G31A 3SXFA 2YIQA 3E7VA 3KRWA 4IB5A 4HYHA 2OGVA 3GENA 3QD0A 3LXNA 5IKWA 4C4HA 4YLKA 4BDBA 4KA3A 4CRLA 4CXAA 4ZSEA 5A54A 4QYHA 5D41A 3W16A 4G6LA 3H30A 3HYHA 1SVGA 2EXEA 4W4WA 2HZ0A 4RJ3A 3RBWA 3TZMA 2JKMA 3VBWA 4ZMFA 5EM7A 5HU3A 2LGCA 3ZEWA 3F66A 3G2FA 3D7TA 3QWJA 3LJ1A 4BCQA 4BYIA 2WMXA 3UG2A 4G3FA 3UGCA 2ITNA 3ZLSA 5GJDA 1W98A 3MY0A 3TIZA 1YDTE 4GYGA 1GY3A 1YI4A 5H9BA 1JAMA 4DFXE 4FV8A 5I0BA 3BBTB 1OUYA 1OITA 5BNJA 4F9CA 5FGKA 3ZM4A 3KY2A 5IA4A 1EH4A 3GU6A 5F20A 4D2SA 1AD5A 1YXVA 3EQDA 2V55A 3PJ2A 4ID7A 4M7IA 4MF0A 1Q3DA 3MPAA 3L8SA 4OLIA 4ANQA 4MTAA 2Y0AA 3TZ7A 4AT3A 2QHNA 4GCJA 4LMNA 4PTEA 4CQGA 3BGQA 4HVGA 1QPJA 4GL9A 2ERKA 4R5SA 2R3MA 4W8DA 3RPSA 4IE9A 4GT4A 4BI0A 3DTCA 1JKTA 4E8AA 4EUTA 4O6EA 2OXDA 4N0SA 4FIEA 3UVPA 3QUDA 2GNJA 4JT3A 5IG1A 1OL6A 2OJJA 3OXIA 1PW2A 4QMNA 2G01A 5JKGA 2X81A 2X8DA 3RPRA 4EC8A 4L3LA 4U41A 2UW8A 4X3FA 2LAVA 5AUWA 4F4PA 2YIXA 2XYNA 3BV3A 2P2HA 3ATSA 3ACKA 2JLDA 4OBPA 3COKA 3LIJA 1PYXA 3RK9A 2VTOA 3RMFA 4BKYA 4C2VA 3NR9A 5HZNA 4I4FA 3RNYA 5J1VA 2VU3A 2R7IA 5LMKC 4PV0A 3BI6A 2ITTA 4XUFA 5CVHA 2W1DA 4DFLA 1M17A 2C3JA 2C5OA 3FKOA 4B6LA 5IEXA 4C59A 3NNVA 4ITIA 4E1ZA 4XG6A 4N57A 4AZEA 1H4LA 3HUCA 4FOCA 3N4UA 3FAAA 3PXRA 2O65A 3BX5A 1LPUA 4BGHA 2E9PA 3ENMA 5CF8A 3LFQA 4RFYA 2OH0E 3OY3A 5GZ8A 1JVPP 4UALA 5HESA 5L6PA 3CJFA 4BL1A 3HMOA 4TT7A 2C6TA 1WVWA 3TZ9A 1KV1A 2IN6A 3TN8A 4AGWA 2JIIA 4U44A 1YXXA 3U55A 1ZAOA 2A2AA 5FEEA 2P2IA 3BIZA 3HV5A 2J50A 2JBOA 4FSUA 2QR8A 3DPKA 3FSFA 2F9GA 3R71A 3T8OA 4QQCA 4X3JA 4ZTMA 2XNMA 4UZHA 2AUHA 2F7EE 3EZRA 3GC8A 4KKHA 4O0VA 5GNKA 4F99A 3PXKA 4WKQA 2R7BA 4CZYB 3PJ8A 4UN0C 3OY1A 4FKSA 3FMDA 3BCEA 4YHFA 3EYGA 2BRHA 3MB6A 4YJUA 3KF7A 2G15A 3COHA 3FY2A 3TJCA 4L3JA 3W2CA 3FUPA 4F6WA 5M09A 5DRDA 3UG1A 4C57A 3R8VA 2GFCA 4GUEA 4CFUA 4CCUA 5IQGA 2QO2A 4YZNA 2C1BA 4XNEA 5BVDA 1JSTA 4PL5A 4IAFA 4EOKA 3FJQE 2HW7A 3BWJA 4P7EA 2VX3A 5DVRA 3EN6A 1HCKA 2V7AA 3MY5A 2GNLA 4IANA 1MRUA 4MXAA 4EL9A 4PL4A 2A19B 3I0QA 2BHEA 4XYFA 3KN5A 3QTZA 4FZAB 2HXLA 4PDYA 4DE4A 4ZY5A 4GG7A 3TT0A 4EOMA 3MJ1A 3NNWA 4HGTA 4F1TA 5A14A 4KD1A 3MS9A 4IZYA 4U7ZA 4XV3A 4C4FA 5GZAA 2XEYA 5CEQA 3U8WA 2CKOA 2PZRA 3PSDA 4AN9A 5DT4A 4NIFA 5EM5A 4K0YA 4LL0A 1GIHA 4LOPA 3PSCA 4TYJA 5EYDA 3L8XA 2R3HA 2YM6A 3TXOA 4D58A 4R3CA 3OOGA 4IBMA 3DJ7A 3PP1A 4O82A 3G51A 5ANGA 4R77A 3DS6A 3AMAA 4HZSA 4QTBA 4ANOA 5AP1A 2VO0A 3PIZA 3FPQA 2W4JA 4ACCA 5DG5A 4CV8A 5EYKA 2GQRA 4M84A 3KMUA 4BFMA 3W2SA 4YBJA 1ZYDA 4IDTA 3Q4UA 3CY2A 3FZPA 4ZOGA 3TNHA 4JG8A 2BMCA 4FSNA 4BI2A 1YHVA 4X6QC 4DN5A 3ZC6A 3PVGA 5D9HA 4UY9A 1SMHA 2YDIA 4LMUA 4AZVA 4YSJA 2XK9A 5AJQA 3I60A 4B0GA 4V0GB 5CU6A 3PA5A 4NWMA 4EZ5A 3RVGA 2WTDA 4GK2A 1H1QA 3PPZA 3CGOA 1ZOGA 3FXZA 5AR7A 3R7VA 2CGWA 1OKWA 5CX9A 3UNZA 4CZTA 4GK4A 3KREA 2GNIA 2X4FA 3BU3A 4UYAA 2W17A 5AV0A 4FV7A 4D1SA 4RRVA 5HVYA 5KZ0A 3NLBA 4KIKB 3CR0A 4JIKA 1URCA 2PUUA 3DXNA 2KULA 5H8EA 4H58A 2PVMA 4TWCA 3LCOA 5ACBC 3UO4A 1YW2A 3CKWA 4O7SA 3ITZA 4L7FA 3GC9A 3LFSA 4FL1A 4G3EA 3TACA 3HRBA 4D2PA 4ERKA 5JT2A 1YWRA 4AT4A 2WIPA 1U59A 1ZMVA 4D2TA 2PU8A 4CG9A 4MBJA 2YM8A 1OIQA 5KZIA 5DIAA 2XB7A 3DK7A 2ITUA 5FM3A 5LVNA 4W4XA 3VWAA 2XKEA 3HA8A 4MQ1A 3T3UA 1H25A 4ENYA 5M4FA 4CGAA 2W1ZA 4AW1A 1L3RE 4KIQA 4BDKA 5IISA 3LCKA 2ZMCA 3TIYA 3FQEA 4MVFA 3P78A 2ZJWA 4TYIA 4YJTA 4A06A 5KMKA 4DG2E 1PXNA 3AC3A 4IAIA 4JXFA 4S2ZA 1BL7A 5JFWA 4TWPA 3IW5A 4H1JA 4AQCA 3P1AA 1JBPE 5K5NA 2BALA 1ZARA 4F9YA 3ATTA 3G9LX 2WU6A 5CNOA 4YZMA 1OZ1A 4YC8A 2E2BA 3HP2A 2E9OA 3MSSA 4FKWA 4YJVA 4ZJJA 3TEIA 3ZRMA 3DBFA 4O7RA 5A3XA 1U5RA 5FTGA 1B6CB 5HCZA 3U4UA 5HORA 2B9HA 3ZDUA 2CKQA 3Q4ZA 3P7BA 4DEDA 4II5A 2VTAA 5FP6A 2QR7A 3F2RA 4RIWB 2I6LA 4FNWA 5K0XA 2WHBA 3QTQA 4I3ZA 5J9YA 3QTSA 3ID6C 2BRMA 4ALVA 5HOAA 1V0OA 4AW0A 3S00A 4LOOA 1F5QA 4NTTA 1J91A 2UW7A 3ET7A 4CTBA 4YU2A 3UNKA 2Z60A 3MH2A 2GNGA 4L6QA 3TV4A 3V5LA 4AX8A 3OCSA 4ZY4A 2ITVA 4YLLA 1IASA 2C3KA 2PVJA 3QD3A 4R7HA 5HU9A 3PXQA 5HNGA 5K9IA 3TTJA 3U9NA 3EOCA 4PL3A 4QNAA 4CKIA 1PMEA 2QOFA 4NM0A 4YJNA 2JDRA 3K2LA 3TUBA 5TOZA 3HV7A 4H1MA 2W1EA 4JAIA 5BVNA 4FEUA 3OT8A 2PVRA 2J90A 2PZIA 5A4QA 4EJ7A 3MVJA 4KIKA 5CF4A 4EQUA 4HCVA 4GIHA 4YNEA 2O2UA 4L00A 4MK0A 5JMSA 3UYTA 2YERA 2XNNA 2XMYA 1Q8YA 3SGCA 3POOA 5FXSA 3LCTA 4WD5A 3NRMA 4FKOA 1A48A 3FMHA 2XNOA 5CT7A 2GU8A 1NXKA 2WZJA 3E3BX 3DGKA 2W9FB 2BTSA 4MHAA 3OF0A 3V6RA 3O8PA 3UZTA 4J97A 4YO6A 2JC6A 2PSQA 3UBDA 5EDRA 4GG5A 1JWHA 4WA9A 3EJ1A 1PXPA 4OTRA 3P9JA 4RVMA 4QD6A 4BWPA 4JG6A 3JXWA 2VTLA 5KMOA 3MN3A 5EI2A 3LCSA 1R1WA 2QOCA 5IQFA 2OJFE 4WNKA 3FLZA 3PG3A 4KRDA 2UZBA 4I6HA 4FT7A 4U0IA 4YZCA 3NSZA 3UVRA 3CLYA 4AE9A 5HTBA 3PFQA 2WFYA 3AD6A 4MWHA 4S34A 2XK3A 4HW7A 4RJ7A 3R9HA 2C0OA 3AGMA 1H28A 3QQLA 1Y8GA 4FV4A 5BUEA 4W4VA 2WMWA 2JDTA 3GCVA 5L3AA 2Z7SA 2ETRA 4MD7E 3R9RA 4IAKA 2R5TA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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