3DFN | Genus

Total Genus 142

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	142
sequence length	363
structure length	350
Chain Sequence	PHSHPALTPEQKKELSDIAHRIVAPGKGILAANESTGSIAKRLQSIGTENTEENRRFYRQLLLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQVIKSKGGVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKIGEHTPSALAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHIYLEGTLLKPNMVTPGHACTQKYSHEEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINKCPLLKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKENLKAAQEEYVKRALANSLACQGKYTPSSNHAY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase A
publication title	Charge stabilization and entropy reduction of central lysine residues in fructose-bisphosphate aldolase pubmed doi rcsb
source organism	Oryctolagus cuniculus
total genus	142
structure length	350
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3dfnA00

3VE7A 2J6XA 4HN4A 2DZTA 3NQFA 2Y7GA 2BXVA 1RPXA 1YLVA 3S5YA 4HNVA 1SQ7A 3BO9A 3NQMA 3HG5A 1FUYA 2OJPA 5I3JA 2CZ5A 3L2IA 1VGAA 3W71A 1FWTA 4LS0A 5CG7A 4JX4A 4XUGA 3STGA 3P8JA 1H1ZA 4Z1CA 1TMHA 4GUGA 4NNAA 5DY2A 4JY9A 1TB3A 3QC3A 1H7PA 4I7WA 4WX2A 3FKRA 2RDUA 5L9FA 3KOFA 1QFEA 1H7NA 1LLZA 1W8SA 1XDMA 3EX4A 3LHTA 3M16A 4AHOA 3TQ0A 1FDZA 3IGXA 1MEIA 2GJLA 2GVGA 2ZRUA 3LI1A 4HSNA 3U6WA 3MWAA 4JYDA 4W9TA 4ZQPA 3GX9A 4HSOA 4NJKA 4MJMA 5EL1A 1I4NA 1KV5A 4WY0A 3EXTA 2CLOA 3ABSA 2A2IA 2YW4A 2ISSA 3M6YA 2J9ZA 1QAPA 1QDSA 3TMLA 1F76A 1LRNA 5LNSA 3FS2A 1VYPX 3GIYA 1EX5A 3GKAA 3KRSA 4HT3A 3N9SA 7TIMA 5DCBA 3TXVA 4N2YA 2WNQA 5CPNA 1K02A 3P62A 5KITA 3Q37A 3TE9A 3W7RA 3LLDA 4RV8A 5K4XA 2Y88A 2J24A 5A5WA 1VZWA 3U2OA 5K9CA 1AL7A 2V0TA 4IMFA 4AF0A 5AHEA 3O07A 2OX1A 5HINA 3W75A 3W7DA 3R13A 1XCFA 3R12A 1DL3A 4RR4A 3DAQA 3M5YA 1XBVA 1H7XA 3FYPA 4MVAA 3UZJA 2Z6IA 3Q2DA 1UJPA 3QMTA 3W1QA 2R94A 2ZRVA 3WK0A 5CZ0A 3EX3A 4JDBA 1I2QA 2CW6A 2CZDA 4NQ1A 1CI1A 1FX6A 3HPXA 3M9YA 3QQ0A 3C0JA 5FEWA 2FPYA 4DF2A 4O1BA 3LGEA 2GOUA 4UFIA 4XTDA 5K3VA 2DP3A 5KSWA 1O95A 1AW2A 1H1YA 1EA0A 4JIQA 5LHFA 4M7SA 3BG9A 2R14A 3LCGA 1SSDA 1OFRA 3NM3A 1VS1A 2E6YA 3A5FA 3W74A 4PFMA 3S5OA 3W7JA 3NQ2A 1AW5A 4YCPA 3PF3A 4JTSA 1LBMA 3EXSA 3E49A 2QCNA 5BNKA 3KHJA 1M6JA 3W84A 5F2MA 4LS1A 2Z0IA 1FWRA 1HTIA 2VEIA 1LP6A 4MFDA 4UUIA 4CNOA 1WX0A 4JIPA 1JR1A 4JTFA 5L6UA 4CNNA 1NAL1 2C6QA 1YXYA 1A53A 1PV8A 5FF0A 4IMEA 3I7RA 3F1QA 1GVFA 3QH2A 4TO8A 4K7YA 4O18A 3N19B 1XM3A 3NM1A 1UUOA 4M5PA 3MHGA 3MO7A 3ANYA 1JRBA 4U28A 2QCCA 4PC8A 3NQ7A 3TC7A 3MW7A 4NNCA 2NXGA 4JTEA 1SR9A 4IUOA 5K4ZA 3I68A 5K7JA 4IOTA 2Y7EA 2ZCGA 1FCBA 3O15A 4Y90A 1TTQA 2NZLA 3Q94A 4LRSA 1H7RA 5LGXA 5I3IA 2CLEA 2PE4A 5AYZA 3INPA 3M5XA 5LNRA 3RFAA 4XQ6A 4XZ9A 3CT7A 3P5YA 5BMXA 2Y61A 4RLIA 1YXDA 3NQ6A 1SO5A 2H8XA 3EWYA 3UXAA 5D09A 2NXIA 5FF4A 3F4WA 3BARA 3I65A 3BK0A 5D32A 4JY8A 3TROA 4O11A 1KM4A 2H3DA 4MY9A 4OWGA 4S2CA 3O63A 4O13A 3W7GA 1GVQA 3NZ1A 3W7HA 5TIMA 3CWOX 3DENA 3MYOA 3QMRA 4JYFA 4H6KA 5HJLA 3NPWA 4S1FA 2H8ZA 1FCQA 2AGKA 3HIJA 5T26A 1K3UA 2C16A 4Q4KA 3L21A 1XC4A 2OCZA 1SO6A 3QPYA 2RDWA 1WV2A 1FDJA 3PUDA 3G1VA 2V2DA 3THQA 3W1NA 3NQAA 1RQBA 2A7RA 3LRMA 5D30A 1ZAIA 2CWNA 4JTIA 1W3TA 3OA3A 1OJXA 1G4TA 2OZ0A 4NT0A 4Y8FA 3STCA 2QCLA 1Z48A 1PCWA 2YXGA 3UY7A 1P4CA 2W79A 4JR5A 3CPRA 3N2MA 1PHQA 1WOAA 4OV4A 1U5JA 2DORA 4FNPA 2NV1A 3DGRA 3L0GA 5AC6A 3R5EA 2CLIA 4AAJA 2CLHA 1J5TA 3HB9A 2YSWA 4JICA 1JCNA 3PAJA 2CU0A 4EVZA 1F5ZA 1ME7A 3QZEA 3WJXA 3G8EA 3DHFA 4POCA 1FY6A 1SO3A 5EKYA 3HBLA 4Y6GA 5F2GA 5AYYA 3PBYA 5HWJA 3DFTA 4JX5A 3LTYA 4C1LA 2QCFA 1VH7A 4IPJA 1IXOA 3GYEA 3MMTA 3N73A 1HG3A 1J4EA 3CU2A 1KBIA 2E5CA 3QPZA 1B4EA 3GNNA 1JCYA 4Z0SA 5KZMA 1JCLA 1RR2A 1YTKA 5HR7A 3W76A 1C9DA 1K8ZA 3GR8A 2V2CA 4MZ1A 4LUIA 3W1UA 1G69A 3OVQA 3TK7A 3MP5A 2P0OA 1UASA 4X22A 3IVTA 3LXAA 1KLYA 1DHPA 3W1RA 3LXBA 2WPBA 4KFNA 5HWMA 1D3GA 1L6WA 1Q6QA 3C2OA 1OFAA 3KVJA 3VI2A 4GUJA 1HFBA 1B4KA 1QPQA 3W86A 1O4UA 4JTGA 3GXTA 4UTWC 2VENA 2WNZA 1AK5A 2VFFA 3NEVA 3HMJG 3DU0A 2C14A 3E12A 3RLUA 5IBXC 1A5AA 2V81A 4IX0A 5F2IA 4QAIA 3B8DA 5AHIA 1IF2A 2A0NA 3E9AA 4I7VA 2TSYA 2NWRA 2NV2A 1I2PA 2FPTA 3B04A 3KRZA 1EEPA 3AO0A 3C2EA 3LB0A 3QYQA 4LV9A 3U8GA 5CZSA 1SZFA 4HNTA 1TPWA 2E77A 1LDCA 5D38A 2WNNA 4AWTA 2HS8A 4UFJA 3B06A 3MI3A 1A5CA 3UWVA 1KLZA 5G2HA 1N8FA 3DI0A 3EWXA 3NQVA 4Z1AA 1V7YA 1BWKA 1TV8A 3R89A 1GJPA 3PY2A 3L5MA 3AJXA 2V9DA 3NOEA 1TTPA 3QM3A 4A29A 3IEBA 3S42A 2HS6A 1SSGA 4B5NA 4N6FA 3N14A 3EWWA 1KFCA 1PE1A 2XN0A 4IX2A 3G1YA 3W85A 4HHPA 4Z1DA 1A5SA 3CIWA 3NQGA 3G1HA 5BMWA 4NVTA 1GYLA 5AB3A 4OT7A 5FF2A 2X1UA 4FNRA 1X1ZA 2G97A 2JK2A 1OYCA 3QRHA 3E96A 3S9YA 4WJEA 2G95A 3C2FA 4ZQOA 5LNWA 2QUTA 1C8VA 5U7SA 1NF0A 2QDHA 1KM3A 4N4QA 3B05A 3MI2A 1QPOA 3FJ6A 1VCFA 4J9JA 1P0KA 2TRSA 3ZWSA 4O8RA 1FWNA 3CM4A 2E5DA 2OT0A 5FF3A 4UXDA 2X1TA 3G3DA 3GNDA 4Z1BA 5F4SA 2EHHA 3T7VA 4O0KA 3O6CA 1AW1A 4JXCA 3UZ5A 2E6FA 1W1ZA 3TJXA 2TYSA 3TSMA 3UXDA 3DXIA 1ADOA 4DPQA 1XI3A 1WA3A 3THAA 4RZ4A 3GDMA 4FX6M 4AF0B 2PRLA 2ZBTA 1EUAA 3BVJA 3STEA 1IXNA 5DBTA 4DXVA 2DZWA 3TNOA 4LVGA 2GPTA 1VYRA 5K2ZA 1GEQA 3TKFA 4FB7A 3NG3A 4PA8A 3NGJA 4WUIA 4DQWA 1DBTA 1OYAA 3TQKA 4LVAA 5G5IA 1IXPA 3TW6A 5AC8A 1ME8A 3BG5A 3LDVA 3HGRA 4FNSA 3S1VA 1WOBA 2CLFA 5AHNA 3JR2A 4M7TA 1OFPA 3BW2A 4FX8A 1MEWA 1VJIA 4YXGA 1GQNA 3NO5A 3QEZA 3VE9A 1GWJA 1LTDA 1X7FA 4OV9A 4LV4A 1F05A 4HIBA 3NXFA 3KVMA 2Z1BA 1LBLA 1L9WA 2I9EA 3HG2A 4IJBA 3NNTA 3MYPA 3T40A 3P81A 4DO4A 3LOTA 1OABA 3GAKA 2H90A 2VC6A 2ZA2A 3HOJA 1G4EA 1QO5A 2NX1A 3SGZA 1TREA 1GVSA 3MJYA 2Y89A 5CZJA 4PCFA 4AXKA 4QNWA 3V75A 1LOSA 1S3HA 4BI6A 4EF9A 1LORA 1OX5A 1W5MA 4N9DA 3O6DA 1JCXA 1MZHA 1Q6OA 6ALDA 2ZFAA 4P2VA 5G1YA 2YFOA 4O54A 1HL2A 1B9BA 4QISA 2NLIA 4UTWA 3UNDA 1QO2A 1TSIA 3OVPA 2HTMA 2D73A 1XUUA 3MHUA 1YTDA 3G8RA 4A21A 4AHQA 3TH6A 1K8XA 1EWEA 2ZZ3A 3UWYA 1T96A 4NXSA 3NPXA 1KW1A 3PSVA 5IBXA 4E0CA 4GFSA 3TIMA 5CKSA 5DLCA 1G6CA 1W5NA 3O06A 1OX6A 2GQAA 1GZGA 4ZQNA 2V5BA 3P61A 1LROA 1THFD 1LRQA 3EWBX 3IV3A 2PCQA 1GOXA 1Q45A 1UUMA 3LCLA 4A22A 5AHLA 4N4PA 3M5ZA 5DXXA 4ONVA 1SZEA 1H63A 4LVDA 2EPHA 2FPVA 1EP2A 1ICQA 1XBYA 2C13A 4ZZ9A 1NVMA 1U83A 4R7JA 4PL1A 2VFEA 3CHVA 1W3NA 2FDSA 3M5VA 1IXQA 3HQ1A 3RMJA 3H54A 1RQHA 5D04C 2PRMA 3TC6A 1R47A 3PR2A 3G1AA 3B0PA 3EWZA 2E6DA 4PTNA 2V8ZA 1W3IA 3GKFA 2EGZA 1ICPA 3FYOA 4XTIA 5CPMA 3IIVA 3HG3A 3FIGA 2ZQ0A 2NUXA 1WXJA 4NUWA 1TPDA 2IQTA 4LUJA 4UNLA 5D02A 3EKLA 3TV8A 4QITA 4XKYA 1Y0EA 3GXPA 2ZA3A 1TCDA 3S1UA 3CEUA 1VHCA 2J9XA 3MP4A 1JQVA 3UPBA 1E51A 4UR8A 3DFNA 1H51A 1VQTA 3CC1A 2QF7A 3CWNA 5AOUA 1R2RA 4JD4A 1H61A 1KM1A 3GDTA 2Z6JA 4ORIA 4RCXA 1WAUA 1KM0A 4NJHA 1Z42A 2YYUA 4QJ1A 3DI1A 3IRDA 1LLWA 1L6SA 3STFA 3HGOA 3W7NA 4LTSA 3IGSA 2JKAA 3M1ZA 4GBUA 1FBAA 2ZTKA 1FXPA 1P1XA 5CPOA 4NXKA 1YADA 3FJLA 3M41A 5F4WA 2V2HA 2WOQA 1LOLA 2WKJA 3LV6A 2LLEA 3W7PA 1SW0A 3PVFA 3W2MA 4ZVJA 3S1XA 1TPVA 3UWZA 4PODA 4RKAA 2A7NA 1Q6RA 4TIMA 2DJXA 1QOPA 5DY3A 3DZ1A 1KFLA 1TV7A 2A1YA 1SZNA 3UYCA 4WZHA 3IIPA 4FNTA 3SR7A 2RHGA 1KFJA 1BWLA 1EP1A 3W1AA 3VCRA 4LVFA 4WOZA 4QIUA 5HMSA 4Y96A 3D0CA 3PB0A 1BTMA 4WOQA 3DHDA 5GVJA 3LCFA 5HQEA 4EF8A 3NPVA 4H4IA 1KA9F 2FTPA 2XN1A 1OF8A 1H60A 2AAMA 1VR6A 4CQAA 4N9BA 1OG0A 2W0UA 3PSWA 5K9DA 5MHBA 4E2BA 4GJ1A 1W37A 3CIXA 4NX0A 3PC0A 1EPXA 1ALDA 5LGZA 5G4WA 1HO1A 3NYZA 1M5WA 1DQXA 3G0XA 3W7CA 4MYXA 5FEXA 2ZRWA 2ZZ6A 2EKCA 4FF7A 5EPDA 2A5HA 3R2GA 5D2XA 5DELA 3TAOA 1PIIA 5I3GA 1XUZA 1R2TA 4NJJA 1LM1A 1I8JA 4P61A 3P80A 4DPPA 3QMSA 4ZQMA 4MOZA 4FNUA 2JBMA 3FKKA 4NJIA 1R46A 5DBUA 4GC4A 1LBFA 4FEZA 1C29A 1YXCA 2AQWA 2Q3RA 3W07A 1FQ0A 4GUHA 5LNVA 3CTLA 5C2XA 3ELFA 1BKSA 2V30A 3W2NA 2QCDA 1KTNA 2WQPA 1TPUA 3T78A 4HPXA 3NDOA 2VEKA 3T44A 1SUXA 1JJKA 1J2WA 3ZR4A 4MPQA 4LOCA 4OQVA 1SPQA 3FFSA 4G1KA 4IXXA 1ICSA 1XBXA 3ABOA 2ZRZA 4LU0A 1JULA 2B4GA 2JGQA 1FWSA 2YCEA 4UTLA 3W2JA 4QM1A 3VNDA 4RZ6A 3WFAA 3OG3A 4AVFA 4L4MA 3LTSA 2BZNA 2B7OA 4WXZA 5CSRA 2YR1A 3IIXA 3W7KA 3FA5A 3PM6A 4ML9A 1VCGA 3W22A 3RLVA 3UWQA 4GUFA 4JEQA 3RF9A 4AMAA 2B0MA 1TV5A 3T55A 4R34A 1YDVA 4OGZA 4UTTA 3GLCA 1K7XA 3N2XA 1DJQA 3CEPA 4O1DA 1JVNA 3MBDA 5EA9A 2QCMA 3A23A 3B4UA 4LY8A 3C3NA 3WJYA 2WSQA 3SSJA 3GAYA 4QQ3A 2YZRA 4JX6A 1OFDA 4M6QA 3W6YA 3FLUA 1GPWA 1YPIA 5G2WA 1S5WA 1LYXA 1OF6A 4ADTA 4IMGA 3O16A 3SW6A 1FCUA 3P74A 4MZ8A 1FWWA 4Q33A 1W5OA 5HUOA 5EBUA 2RKXA 1NFBA 1ZNNA 2G96A 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4FX7A 1UCWA 4GUIA 2VEPA 4S2BA 3G18A 2ALDA 1OYBA 1DOSA 1A5BA 2P1FA 3TFCA 1D9EA 1RD5A 3B0UX 3L65A 3LCXA 3PBVA 3W83A 5CSSA 2FQIA 3BPWA 1TRIA 1RQEA 1SW3A 3NL6A 3W1LA 4EOUA 5EMUA 2EAWA 4JTTA 4UTIA 4JDYA 5BRBA 2DZSA 3P7YA 4YCOA 3LRKA 1I2NA 4IGHA 3SI9A 4ZL1A 1KFBA 4NNBA 5LNUA 2FFCA 5LKYA 2ZRYA 1GYNA 3LTPA 1KBJA 3TXZA 3G24A 1DKWA 3WJSA 3BV4A 2DZXA 1O5KA 2X16A 1F2JA 3LERA 5LHEA 4O14A 4AB4A 1KM5A 1DVJA 5E93A 5CPLA 2DZUA 1QPNA 5HULA 1OK4A 3HO8A 4QSHA 4ZQRA 3W72A 4UTJA 3KVKA 3MUXA 3R8RA 5AHMA 1MEHA 3B0VC 4DO5A 1EP3A 3NQ8A 4IWWA 2GQ9A 4UR7A 3O05A 4NZFA 3NA8A 2QAPA 4X3ZA 3ABRA 3PB2A 1QPRA 1GTHA 1P0NA 3A21A 4KWWA 4LT9A 4AEOA 3ZWTA 3PS7A 3NL5A 4ZMGA 3H53A 4OE7A 2I1OA 3NPUA 2CZEA 1N55A 2QCEA 2QEZA 3LCIA 2WO5A 2PRHA 4GWEA 1QCWA 1VRDA 2Q8ZA 2WJZA 4IPIA 4K8EA 5DCDA 4WD0A 4DO6A 5BW6A 2NUWA 4GE8A 2BTMA 4EIVA 1JQXA 4K6AA 4O12A 3G0SA 1K7EA 4JNMA 4JTHA 4RJEA 3TU9A 3PUEA 4X2RA 2ZZ7A 3QSTA 4H3DA 4M6VA 3LCHA 5G1TA 1G67A 4IQLA 1KTCA 3BGJA 2KZHA 3PWAA 4TMBA 2GVJA 3BLEA 3WK1A 4UIOA 1DQWA 1QWGA 1WYIA 4WXYA 1SW7A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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