3DFP | Genus

Total Genus 138

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	138
sequence length	363
structure length	350
Chain Sequence	PHSHPALTPEQKKELSDIAHRIVAPGKGILAANESTGSIAKRLQSIGTENTEENRRFYRQLLLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQVIKSKGGVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKIGEHTPSALAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHIYLEGTLLKPNMVTPGHACTQKYSHEEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINKCPLLKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKENLKAAQEEYVKRALANSLACQGKYTPSSNHAY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase A
publication title	Charge stabilization and entropy reduction of central lysine residues in fructose-bisphosphate aldolase pubmed doi rcsb
source organism	Oryctolagus cuniculus
total genus	138
structure length	350
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3dfpA00

1QWGA 3TROA 4WZHA 3HF3A 4GJ1A 3W7PA 2WKJA 3LLDA 1QOQA 3HMJG 4LUIA 1LORA 2RDUA 1JRCA 5TIMA 1YDOA 1H7RA 2EF9A 2GVJA 4WXZA 3W74A 3CIXA 1WQ5A 1FCQA 1ZENA 4DO6A 1XUZA 3G1YA 4WOQA 4IWWA 4RZ4A 2Y7GA 4N6EA 5HWNA 3W73A 1TPUA 1TRIA 3JRKA 3O63A 3NNTA 3W2NA 2ZTKA 3CWNA 1GEQA 1PIIA 3LDVA 1TV8A 4LV4A 4Q33A 1XC4A 1XDMA 3DAQA 4NZJA 2NV1A 3E96A 3PY2A 4IMEA 2WJZA 1AW2A 1KV8A 2QEZA 3W7OA 3QPYA 4DQWA 4HPJA 1EWDA 4ZQPA 4O54A 3MI3A 1O4UA 4O4WA 1P1XA 2CZ5A 4ADTA 2P1FA 4MYXA 3W1TA 3LV6A 2OT0A 1KLZA 3HPXA 1VLIA 1F6KA 1ICQA 4N9EA 1YXYA 3R89A 1KM5A 4QISA 5F2GA 3L5AA 3NQ6A 3STEA 1C8VA 4X22A 5C55A 3M41A 3U6WA 4FIRA 1CW2A 2JKPA 2VEMA 4P2VA 1YTEA 2J9ZA 1FQ0A 5U4NA 1H7OA 5D38A 3N2XA 1MEWA 1OX5A 1JQVA 2QCFA 3YPIA 1XUUA 1TJRA 2OX1A 4NQ1A 1W5MA 2ZZ3A 1RPXA 4L4MA 1QOPA 3NL2A 1F5ZA 3W2JA 5LHEA 3CC1A 1SZEA 3JS3A 1N7KA 3ABSA 4M6PA 4DPQA 2E6YA 4A3UA 5AHIA 1I2QA 3EWYA 2VEKA 5CZTA 3FYPA 3L0NA 3Q58A 1A5CA 3H55A 3TKFA 2J9YA 5HJLA 1QPNA 1EX5A 1VLWA 3G24A 5EA9A 5IM51 4UTLA 1TQJA 5F1UA 1EP3A 1LRTA 3PF3A 3KVMA 1VH7A 3QEZA 3W1LA 1SW3A 5FF2A 4EIVA 4Y96A 3WK1A 4FB7A 1ZALA 4Z1DA 1SO4A 2I14A 4MJMA 5K3VA 1F6PA 4JIPA 4U4MA 3KFTA 1ALDA 3C52A 1KBIA 1LCOA 4IPJA 1HFBA 3R8RA 4GNJA 5LZLA 4O8RA 2Y7DA 1LM1A 3S5OA 2FDSA 1HUVA 2QDGA 4HSOA 1AK5A 1TIMA 2Q3OA 4S2BA 2B0MA 3N3MA 3TQKA 3HPSA 3LI1A 2H90A 5DCEA 1PL9A 1OFDA 4O0ZA 3LHZA 5K4ZA 5D03A 2KZHA 3W70A 3M47A 2ZZ2A 1FX6A 4AHOA 4UTTC 2X16A 3EX2A 3HOJA 5CPNA 3TCEA 1KFEA 3O07A 3LHVA 3M9YA 5EMUA 3SR7A 5LNSA 3L67A 2BTMA 4OV4A 2EHHA 5LNUA 4NXKA 1WBJA 1KV5A 5EYWA 4RK8A 4JYEA 3UQNA 3UWVA 1SW0A 3NQEA 5F4WA 4POCA 3MI6A 3FA5A 2HTMA 4GUHA 1OFEA 3GNDA 2WSQA 3MHUA 3LCLA 5FEXA 5HUPA 4MY9A 4IJBA 2WNNA 3P8JA 5D2YA 3DFOA 4JDYA 3TK7A 3W7HA 3GDLA 3TAKA 1UUOA 2C13A 3O15A 2FTPA 3N2MA 3ABRA 3B0VC 3PM6A 4O1DA 4XUGA 3NYZA 4I7WA 3LGEA 4OE7A 3C8FA 2C19A 3PVFA 4PEKA 2B7QA 3RU6A 1GOXA 2A4AA 1WOBA 3N19B 4DO5A 1KM0A 3P81A 2YX0A 3TW7A 4UMBA 2WNZA 3F4WA 3Q37A 1GQNA 3SJ3A 1LLZA 3QM3A 5D2XA 4M7SA 3CM4A 3IGUA 1RR2A 4W9TA 3G1AA 4LVGA 4O13A 3IIOA 3TNOA 2ABAA 4O1CA 3L21A 2QCCA 1GJPA 1EA0A 1TQXA 5AN7A 2CU0A 1JULA 3CT7A 3F03K 4AHPA 5AYXA 2Q8LA 3L0GA 4AHQA 4AWTA 4K36A 4LRSA 4DO4A 5CG7A 3FOKA 1TPC1 3NGJA 1G6CA 4DELA 1LDCA 3UWWA 3LCIA 2HS8A 1JUBA 2A1YA 1XBVA 4BWLA 5KSWA 1DVJA 2RDWA 1FCBA 5H2ZA 2CZFA 1TPFA 3NPXA 1W56A 4O15A 1W5OA 2QF7A 2G97A 2CLFA 1MXSA 4Z1BA 1DL3A 3O6YX 4M6VA 3LX9A 1DJNA 3BVJA 2O7QA 5K9CA 5F1VA 3DFQA 3W7RA 4Z08A 1L6YA 4MLRA 4NX5A 3B04A 2R8WA 4H6KA 3IVUA 3HGRA 2B7PA 3CLMA 3KRSA 2HSAA 1W5QA 3STCA 1K8YA 3BW3A 4N6FA 2GJNA 2OT1A 3LOTA 1ME9A 2RDTA 3GDMA 4LVFA 3CTLA 3UY7A 1I2NA 4AWUA 3C61A 5I3KA 2E1DA 4DF1A 4O50A 3KAOA 4JICA 4K8EA 2WOQA 4JTEA 4TU1A 2Z6JA 5TQLA 3SSJA 1S3HA 1W3IA 3KRUA 1ZAIA 4O57A 4XTIA 5IBXA 5K9DA 1IGSA 5LNVA 3ZS4A 3WJYA 1LZOA 4M19A 4JYFA 1W37A 2NXIA 1H7WA 3W7CA 1H60A 3EEGA 3NM1A 1OABA 5F2IA 3S1WA 1YPFA 2A6LA 3LTPA 5L6UA 4AXKA 2CLIA 1GT8A 1ONRA 3A5FA 3LXBA 4XKYB 3VKJA 3O06A 2A2IA 3W2MA 4WY0A 3UXAA 1QCWA 1G67A 1C9DA 1WV2A 1EEPA 2XN1A 3W1AA 3LHTA 5G4EA 3PG8A 3W88A 3UYCA 3G18A 2FB2A 4MZYA 4N4PA 1WAUA 1K7EA 1LRQA 1MO0A 2Q3RA 4NNCA 2ATSA 3UPWA 1VS1A 1BWKA 5HULA 3UWUA 2ISWA 1YLVA 3SY5A 5EPDA 5KMYA 1R30A 4GUFA 4O16A 4CCCA 4AB4A 2RH9A 2YSWA 2R94A 4GUJA 4O12A 1ICPA 4UFLA 1H5YA 2V30A 3LI0A 4O10A 3KX6A 1Z48A 4FXSA 1AL8A 1LRNA 1FWTA 2R14A 2TSYA 2ZRZA 2FFCA 3QF0A 4LC8A 1KM2A 2QUUA 1X7FA 2Y88A 1SZGA 1XBZA 2NUYA 1UASA 2C15A 4NJGA 5GVJA 4E2DA 2ZA1A 3WJZA 4KFNA 5G1YA 2CLKA 4I7UA 4ONVA 3QMSA 2DZXA 2ZRWA 5HUOA 5D09A 3PWAA 1OYCA 3DFSA 2PURA 3IEBA 3FJLA 3F1QA 4IX2A 4PA8A 3T55A 1JCYA 1T99A 3GNNA 2FLIA 3MYOA 4QAIA 2E77A 2ZZ5A 5AOUA 2WO5A 4PL2A 2E6DA 1TYGA 2XN2A 3ELFA 3GVGA 1A5AA 2QCNA 3QZEA 4KFPA 1O5XA 1YDNA 1TPVA 2GQ8A 3C56A 1ME8A 1J2WA 4PCFA 2H3BA 2ZA2A 3S1XA 2WSYA 4ZQNA 4I9AA 5CZSA 4O19A 2Y85A 2JBMA 3KVJA 3GDRA 2D73A 2Y7EA 4EF9A 3P60A 1I2PA 2Y63A 4YL2A 2A7RA 3MWAA 3HG3A 2OZ0A 2EGZA 1P4CA 4JIQA 4RZ5A 4A29A 4UTHA 1X1ZA 4O1AA 4HT3A 3S0CA 2JKEA 1Z42A 1OFOA 3LHUA 1R2RA 4PTNA 1JJKA 1NSJA 1RVGA 4YWIA 1VC4A 4NX0A 3P62A 1OK4A 4UUIA 4E0CA 1HG3A 4IUOA 1SO6A 4LVBA 5F2LA 3NG3A 3W7DA 5DY2A 3I7QA 1ZHAA 3OVQA 3QH2A 3VE9A 4XBKA 2W79A 3EX1A 1M7OA 1NF7A 1SUXA 1PV8A 3PBWA 3TMLA 2EAWA 1F7BA 4R7JA 1XBYA 2C1HA 4MIMA 3PUOA 1IIGA 4LWWA 3DHDA 4NT0A 1O5KA 1JQXA 3IIPA 3DKJA 3W7GA 4JTSA 3THQA 1TB3A 4MZ1A 2XFWA 2H8XA 1PVNA 5D2VA 2QJIA 4GE8A 1B57A 3C2VA 4TIMA 2JK2A 3C2OA 1WX0A 3ABQA 2A0NA 3MJYA 3QSRA 3HB9A 3INPA 3TH6A 3TDFA 4XTDA 4ADUA 4CNPA 3IIXA 5E1QA 4J9JA 2B4GA 6TIMA 3GXTA 4QSHA 1T8XA 5CZ0A 4DF0A 1GPWA 2VOMA 3UXDA 1FDYA 2CZEA 3VNDA 1J5TA 1KLYA 3OIXA 1W8SA 1L9WA 4ZQMA 4FIQA 4MOZA 3PC0A 2ZTJA 4PC8A 5D2TA 5G5IA 5LKYA 1OFPA 4WJEA 1KFKA 2PCQA 4UTTA 4Z1CA 5KZMA 4JTIA 1LBLA 1D3HA 3G8RA 4MVAA 4H3DA 1LROA 2VENA 1VGAA 2EKCA 1U5JA 3L0KA 3U2OA 1B4EA 2BSLA 3CHVA 1GZGA 4RZ6A 2VC6A 3KOFA 4JYDA 5AC8A 3M5YA 3VE7A 3F4NA 1JCLA 4MLJA 4MJZA 4JEQA 3MO7A 4YLWA 3W7MA 4O17A 5G2HA 5FEZA 3I6RA 3TUUA 1JR1A 3NR0A 3B4UA 4DPPA 2ALDA 5DCDA 2H8ZA 3NL3A 3R5EA 4MYAA 3DENA 4ZQRA 2CZDA 3M5VA 3QJAA 3E0IA 1DKWA 4UNKA 4O11A 3MUXA 2CLLA 4UIOA 4C1KA 5DLCA 3LHWA 1F73A 1K02A 3NZRA 2YYTA 3EWWA 3BV4A 1IXNA 3E12A 1QPQA 4IGHA 1ME7A 2AQWA 5I3JA 2TYSA 3WK2A 5CSSA 3NQVA 3TJXA 2FPYA 3NL6A 5KZEA 5AHFA 5EBUA 4MY1A 4A21A 2VFIA 5MHBA 3NQAA 1JCJA 2V81A 2ZZ7A 4TO8A 3LV5A 4S1FA 2G5WA 3I7SA 4EF8A 4M6QA 5LNWA 1W5PA 2E5CA 2DZVA 3DI1A 2CLEA 5F4SA 1PCKA 1RQEA 3G0UA 2GQAA 1OX4B 4MPQA 1L2UA 4NJHA 5LNRA 1LOSA 4R33A 4YCOA 1NF0A 2NXGA 2Y7FA 5CSRA 2YXGA 2GVGA 3G3DA 3V1PA 1KBJA 5D32A 3W72A 2E6FA 1SQ7A 3LERA 1OFQA 2IQTA 3P5ZA 4K7VA 5FF3A 1TREA 3C4UA 3QPZA 2VFDA 2NV2A 1FWNA 2E5DA 3FKKA 1UUMA 1EIXA 1FCVA 1ZNNA 4UTJA 4UR7A 2HMCA 3QYQA 1SFLA 3M5XA 4JTLA 4UFHA 1RQBA 3BARA 5K4XA 1W0MA 1WBHA 3NAVA 1OG0A 1RQHA 5KITA 4MFDA 2FJKA 2Z0IA 1Q6QA 1I2OA 4FXRA 3PB0A 1L6SA 3IGSA 3DGRA 3PUEA 1YTDA 1VJIA 3TW6A 1KTCA 3A9IA 2DP3A 2W0UA 5C54A 3MHFA 3EX3A 4IXHA 2VKZG 4X3ZA 2QCDA 1H7XA 3NPVA 4OU1A 3IVSA 1KA9F 2DZSA 4XQ6A 4TX9A 2VEIA 2GOUA 3W1QA 1W54A 3LXAA 3EWXA 3P61A 2E5BA 2JGQA 2QCGA 2Z2UA 3NQ8A 4BF9A 4WD0A 4AVFA 5G2IA 5CPLA 3IV3A 4HNNA 4NZFA 4K37A 2W6RA 3W7NA 3GAKA 4D2JA 2QKFA 3PAJA 1IXOA 5HWJA 4K38A 3SW6A 3EWUA 1B4KA 4K6AA 4LC6A 3A24A 1S5VA 2ZCGA 2ZZ4A 4GXMA 2YGYA 2ZZ6A 3AO0A 1AL7A 1R2SA 1OX6A 4RJEA 1M6JA 3NQFA 3M43A 3HJZA 5CGQA 2G95A 1R47A 1LTDA 1O94A 2WPBA 2VELA 1DQWA 4JX5A 5A8GA 3Q2DA 3MHGA 3QW3A 4FF7A 3M1ZA 4RLIA 4E2BA 5DN1A 1I4NA 3LCFA 2BX7A 4N02A 3R12A 3WK0A 2WQPA 4RXGA 1XDLA 4WY0F 4N9BA 3UWQA 3O16A 4ZQOA 1Q45A 1YXCA 4GBUA 4RKAA 1G69A 5U7SA 3LTYA 5BRBA 2DJLA 1PCWA 2YCEA 1GTHA 3W07A 4GUGA 3QRHA 4AF0A 1TV5A 2NWSA 4ZVJA 1BKSA 4A2SA 2QR6A 1NFBA 1GTEA 1TV7A 2R91A 3NXFA 4UNLA 2QJHA 3G1DA 4X9SA 4GRSA 2E09A 4N9CA 4QIUA 1IXPA 1NVMA 3L5MA 2V0TA 4AH7A 1ZAJA 3ZFHA 4LNYA 3MYPA 3PBYA 2NLIA 3W7IA 1LBMA 5D37A 4UC5A 4Y90A 1M7PA 4E38A 4LS2A 1SPQA 5LHFA 3W2UA 1G7VA 1N55A 1H7NA 3T44A 1PE1A 2V82A 2ZRYA 1WOAA 1PHQA 2QDHA 2VEPA 3I68A 1W1ZA 1K7XA 1KFLA 1VCGA 1BTMA 3GK0A 1XCFA 3W1XA 4FNRA 3W7EA 4JY8A 3NPWA 1IF2A 1QFEA 4RX0A 2ZQ0A 1YADA 5D05A 4XWUA 1EPXA 1V7YA 1P0NA 2FPTA 2ISVA 5K7JA 4NNAA 3BG9A 1GVRA 5AHEA 1QO2A 3W6YA 1WA3A 4FNUA 1W31A 4LVAA 2CWNA 4NNBA 4EWND 1KM6A 2TPSA 1VCVA 3GR8A 3S6DA 1VQTA 1R2TA 1XBXA 3PS7A 2DORA 2RFGA 4HNVA 1DQXA 1UCWA 4MFEA 5FEWA 3TC6A 2P0OA 4GFSA 1AMKA 4ORMA 3ZWSA 2VFFA 5C2XA 4ZMGA 1QMLA 4DXVA 2HS6A 3NL5A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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