3DFQ | Genus

Total Genus 144

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	144
sequence length	363
structure length	350
Chain Sequence	PHSHPALTPEQKKELSDIAHRIVAPGKGILAASESTGSIAKRLQSIGTENTEENRRFYRQLLLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQVIKSKGGVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKIGEHTPSALAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHIYLEGTLLKPNMVTPGHACTQKYSHEEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINKCPLLKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKENLKAAQEEYVKRALANSLACQGKYTPSSNHAY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase A
publication title	Charge stabilization and entropy reduction of central lysine residues in fructose-bisphosphate aldolase pubmed doi rcsb
source organism	Oryctolagus cuniculus
total genus	144
structure length	350
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3dfqA00

3UQNA 1DQXA 3W7GA 5F4XA 5IBXA 2BXVA 1Q6QA 4X9SA 3OG3A 2DP3A 1W54A 5K9CA 1OABA 5DLCA 3W76A 2O7QA 2ISSA 3IIZA 4JTIA 4GUGA 3JR2A 3HQ1A 1LP6A 3EXTA 1GG1A 1L2UA 3DI1A 3QPZA 3LLFA 4RXGA 3RMJA 1SFJA 1XM3A 5DXYA 3A21A 5G1TA 3LHTA 3KVJA 2A85A 3NL2A 4PODA 5CPMA 3TK7A 5H2ZA 4GUIA 2VENA 4QM1A 4KWWA 4IPJA 4N9EA 3ZWSA 4AHOA 3MWAA 4JY9A 4NVTA 3S6DA 1VH7A 2QUUA 4I7WA 1KFBA 4PEKA 4LNYA 3GKAA 2ISWA 3STFA 4JTKA 3S42A 2YW3A 4CQ8A 4LWWA 1WQ5A 2A1YA 2X16A 4YL2A 3W7LA 5LSMA 4BFAA 1P0KA 3F03K 4JICA 1VHCA 3UWWA 4UMCA 3OBKA 2XN2A 4K36A 3FYOA 1AMKA 1FDZA 4JYDA 1SW7A 2RKXA 3LI1A 4CCEA 4N6FA 3S1XA 2C0AA 3V1PA 3GDKA 3PF3A 4LUIA 1LOLA 2Y85A 3UWUA 3W7IA 4G1KA 2C15A 2ZTKA 1RR2A 4XUGA 3GK0A 4MIMA 3QH2A 2DJXA 4O57A 1A5AA 3W74A 3W7NA 5G2HA 1K8YA 5CGQA 3CEPA 1R46A 2A5HA 1KM4A 4M7TA 2CLFA 3S8HA 1G69A 4JY8A 1H7WA 4A3UA 4MKNA 4POCA 7TIMA 4O1CA 4JTLA 1OX4A 3GZ3A 1FY6A 5KSWA 2QCFA 3IGSA 4XBSA 3DFQA 4QIUA 1GEQA 2ABBA 1NF7A 5AYZA 2WPBA 1FWSA 1FWWA 3TMLA 1DJNA 3LOTA 3KRUA 2O7SA 1P4CA 3KVLA 3R2GA 4IMGA 4NZFA 2WNZA 1OG0A 3N2XA 3NEVA 4LVFA 1VPXA 4KKXA 4JN6A 4ZQOA 2OMAA 1BWLA 3TCEA 3ANYA 3O15A 3PSVA 4A21A 5D09A 2R94A 1EP3A 2AAMA 4KWVA 4OE7A 2XN1A 3TFCA 2DZTA 2X1RA 3HGSA 2NXIA 4ZQPA 2NLIA 1X8FA 1VRDA 2ATSA 2DZPA 2QAFA 5LNSA 2DJLA 2NUWA 3NZRA 1AW2A 3LERA 4MLJA 4HNUA 5HUPA 1WXJA 2NV1A 3G18A 4O54A 3LX9A 2E77A 5AHIA 3W2NA 4ZZ9A 1ME7A 1I45A 3WK3A 2ZYFA 4NNAA 1B3OA 3QPYA 3O05A 2TPSA 5AC8A 3S1VA 5BMXA 1X1ZA 3M9YA 4IMEA 1IF2A 1M7OA 1H61A 1TV8A 3BPWA 4XKYA 1VLWA 3ZS4A 1Q6OA 3SW6A 4UTWC 1XBXA 1LDCA 1PHQA 3N34A 3HPXA 2Q3OA 2V9DA 4HIBA 1I2OA 3GR8A 4MY9A 2C3ZA 4LW7A 2J24A 1L6YA 4JEQA 4LVAA 1DBTA 3BV4A 1C9DA 5D03A 1C29A 2B7OA 3CIXA 3LHZA 1FWNA 3E12A 1WOAA 1TIMA 1GVFA 4WXZA 1HO1A 2EPHA 1B57A 1MXSA 1T96A 3G1HA 3SR7A 2A21A 3FYPA 3PG8A 3G1SA 4IMCA 2DZVA 2ZCGA 4LS2A 3OVPA 3EWBX 1SZNA 4JTGA 3P62A 4K37A 3M41A 3B8DA 4AHQA 3G0SA 1LBLA 5T26A 5F4SA 2YW4A 4XTIA 3G8EA 3LRKA 2KZHA 3BG9A 1D9EA 1QR7A 4LRSA 3NO5A 1JCMP 1S5TA 4HSOA 3C2OA 4IMFA 5CZTA 3BW2A 3P8JA 2VXNA 3LI0A 2I1OA 3LGEA 4WY0B 4I7VA 3NGJA 1OFPA 2CU0A 2ZFAA 4JR5A 2PC4A 1LOSA 3BGGA 1DKWA 4LS1A 4NJKA 3KAOA 1AW1A 1EP1A 3W88A 8TIMA 5EBUA 3WJZA 3VI2A 1H63A 2IQTA 1W31A 3NQ7A 4OV4A 2F84A 2X1SA 3UWZA 5A8GA 3NYZA 4NXKA 5SWUA 2E6AA 3W7EA 3MUXA 2EGZA 2E1DA 1EB3A 5D2VA 3VE9A 3QQ0A 4UFJA 2VFIA 1DORA 3B0VC 1KTCA 3GYEA 1VCVA 4M6QA 1SO5A 1B9BA 2NX3A 1KTNA 3U6WA 2JGQA 4NNBA 1TREA 4Q4KA 2VFEA 1W3NA 3EWZA 3T40A 4JX4A 1G4TA 3IIOA 4DO6A 5K9DA 2NWRA 3PG9A 5F2LA 1G6CA 3FIGA 5FF2A 4IOTA 1SZEA 3M5ZA 3UWYA 3WJYA 1VZWA 3NQCA 1W5PA 4OGZA 4MYXA 1TPVA 4UNKA 2ZZ7A 3L5AA 3B05A 3THQA 4FX6M 1GVQA 1ZJIA 4WX2A 4R7JA 2HTMA 2GJLA 2FPVA 3DBPA 1RVGA 2E6YA 3S9YA 4K6AA 4LT9A 3B04A 3PUEA 4H3DA 4NJGA 3UY8A 2Y7DA 1TV5A 3FA5A 3PM6A 3FEMA 1RV8A 3P7YA 3A22A 3SSJA 1TTIA 3USBA 3G1YA 3UWVA 3KVMA 3PWAA 3W7MA 1I2RA 1TV7A 4S1FA 1HFBA 4QJ1A 1P1XA 1LLZA 2GQ8A 1B4KA 5HJLA 3W6YA 4K38A 4A2SA 1TMHA 1FX6A 2A7PA 1RD5A 4IJBA 3EKLA 2WNNA 3GXPA 3KOFA 2OX1A 1R2SA 4UTJA 2G97A 5D2XA 2CLKA 5F4WA 4ORMA 5D2WA 1P0NA 3R8RA 3C2FA 1VQTA 1QNVA 3TIMA 1SZFA 3L0KA 1XBVA 1XBZA 4FXSA 5K9XA 1BWKA 2Y88A 1U83A 3UYCA 3L0GA 1X6UA 3MO7A 1IIHA 5HR6A 3EKZA 1PHWA 1M6JA 1OX6A 1HO4A 2YPIA 4LS0A 4O12A 2TYSA 3QRHA 4AWUA 1TRDA 2C13A 2RHGA 1ZCOA 2QJGA 3U8GA 1TJRA 3C2RA 3AO0A 4WZHA 3KRSA 3BG5A 4UNLA 1SW3A 2Q3RA 2QDHA 5DCDA 4NJJA 4ORIA 3S1WA 1KV5A 4Y90A 5AFDA 3CIWA 4RX0A 1K02A 2ZZ6A 1PIIA 1I2PA 2VC6A 2A6NA 3FJLA 2QCNA 3FOKA 4LVDA 1D3HA 2GQ9A 3GX9A 3TKFA 3THAA 4B5NA 1IIGA 1Q3NA 3OHIA 1YTEA 2OZ0A 5G4EA 3LB0A 2ALDA 1XI3A 3M5YA 3TMQA 4JXCA 3CWNA 3PULA 3GAYA 4FNUA 3T44A 1YXDA 1HUVA 2H3BA 2VFFA 5AHFA 1E51A 4N6EA 3LLDA 3L68A 3GR7A 3I6RA 2A7NA 1TPUA 3W2LA 4LC6A 3NQAA 5KINA 4CNNA 2Y7GA 3N2MA 5CPNA 3GVGA 3FJ6A 3T78A 5C6MA 2QCLA 1F73A 3TJLA 1H7PA 3G0UA 2UV8G 4MLRA 3S5NA 4O8RA 3W7KA 1LLWA 1K7FA 3LXAA 4LVGA 4JTJA 5I3KA 4L4MA 1F74A 3G1VA 3HGOA 1GT8A 5AYYA 1FWTA 2E5BA 2QF7A 5EPDA 4K7VA 4BR1A 5LHEA 2CWNA 4AWTA 1EEPA 2Q8ZA 4DO5A 1ICQA 3LCXA 4JTTA 4UUIA 2FPYA 3P5ZA 1FCBA 3TA6A 1DV7A 2CLMA 2PURA 3NXFA 3DXIA 1BKSA 1W5QA 3P60A 1H62A 1XDLA 5AC6A 1F76A 1KBIA 2NXGA 4CCDA 4RXFA 1UB3A 3UNDA 1OFOA 3TDFA 5CSRA 2GQAA 4OU1A 1RQEA 2NWSA 2PE4A 4O14A 3W1UA 2NUYA 4ICNA 3G0XA 4IWWA 4O50A 1JCLA 5LNUA 1PCKA 1O94A 2Z6JA 1GVRA 5IM51 3DKLA 2R14A 2YGYA 1R30A 2DORA 4XWUA 3PB2A 3IV3A 1GTHA 3SGZA 3UZ5A 4E38A 2YXGA 3W2KA 3LHWA 4GWEA 4KFOA 1Z44A 1PS9A 3ELFA 5G2WA 4YCOA 4X3ZA 1P5BA 1SO3A 3CHVA 3SZ8A 3NL6A 1A5BA 1Y0EA 2QCHA 3E49A 1X1OA 1GQNA 1OFBA 3IIVA 5AHNA 3QW4B 3DAQA 2QCMA 2QDGA 4LVBA 4ADSA 4O13A 3MBFA 1TQXA 4KFPA 5HUOA 4GJ1A 4N4QA 1TPFA 1VC4A 5LHFA 2QCDA 4JDYA 3B06A 5MHBA 3G1XA 4S2BA 1OF6A 1K03A 4WUIA 1F5ZA 3EX2A 1MEHA 1YXCA 2J6XA 1J2WA 2QCGA 4MY8A 3DI0A 3TQVA 1VGAA 5CG7A 1KM5A 1H51A 1Z41A 2P1FA 5BNKA 1ZY9A 3TC6A 2CFFA 1T8XA 3TW6A 3CWOX 5G4WA 4FXRA 2AQWA 2ZZ3A 4P2VA 5AHMA 5H91A 1SW0A 2NX9A 3S0CA 4IGHA 3EWXA 5FEZA 4O18A 3ABSA 1WDWA 5I3IA 1PV8A 4NX5A 3W1QA 2TRSA 1W0MA 3BW3A 1WX0A 3R13A 1EA0A 4UR8A 4XBKA 1K7XA 2D73A 3H55A 4M7SA 1IXPA 3W7HA 4QNWA 3TAOA 4PFMA 2OT0A 2CLHA 3NA8A 4GE8A 3M1ZA 5KITA 2Y63A 1OK6A 5D30A 4HPJA 3L5LA 4WOQA 1KFKA 3C0JA 1G4SA 1OX5A 1JQVA 1QPNA 1RQBA 1TCDA 2XFWA 4O53A 2VFHA 4Z0JA 2X1TA 2VFGA 4DBDA 5LNRA 1QO2A 2Y7FA 1NEYA 3DFTA 4JD4A 1YDVA 1ADOA 3G1FA 1TPWA 3DFPA 4NZJA 2WSRA 4UFIA 2V2CA 3NQVA 3P74A 2WV8A 4JNMA 4MZ8A 1WOBA 2GOUA 2YFOA 3P8IA 4YLWA 3FKKA 3LBCA 5FF0A 2RFGA 1JRCA 1FDJA 4AH7A 1QPOA 1M5WA 3C61A 3TROA 2PRMA 3F4NA 4UC5A 3CB8A 1FQ0A 4UMAA 1XL9A 3IVTA 3LV5A 5CPOA 1UCWA 3N73A 3W75A 2H90A 2JK2A 5G5IA 2NXHA 1TPEA 1RPXA 3QM3A 4QISA 2VEMA 1F2JA 4JX6A 4W9TA 1K7EA 2DZSA 5E0KA 3VKJA 1QCWA 3SY5A 5BRBA 4CCCA 4A2RA 4Z1BA 4ZQNA 4JYEA 2C6QA 1CW2A 4PC8A 4FX8A 3R89A 1OYBA 3M7WA 4JIQA 4UMBA 5LZLA 3L9CA 3PUDA 4O11A 3LTSA 4UTTC 3T4CA 3RLVA 4Y96A 4BI5A 2BLEA 3GDMA 2CZDA 2CW6A 4MOZA 3B0UX 5KTLA 3PBYA 5C55A 1IXNA 3N9RA 5C5YA 3RU6A 4MJMA 3K30A 2CZEA 3P81A 2H8XA 1OHLA 1NF0A 4ZVJA 3W87A 4AMAA 1DOSA 2W6RA 3IVSA 2GJNA 4NUWA 3NQFA 5KZDA 5F1UA 1EP2A 1EUAA 4DPQA 4ADTA 4MJZA 4MZ1A 1W1ZA 3NQEA 4UCGA 1GZGA 2E09A 3W72A 4RJEA 2WKJA 2Y62A 1TQJA 4FNTA 3G22A 3P67A 1KM2A 1I2QA 2E5DA 3NPXA 3PBVA 3W73A 4RKAA 4UR7A 3SI9A 3OA3A 4WY0F 3NVTA 4A29A 3LHYA 4HN4A 4OV9A 3D0CA 3LXCA 4TIMA 4AF0A 1LM1A 1Q45A 3HO8A 4MUZA 3GKFA 3R12A 4X22A 4C1LA 1TO3A 1GOXA 1KFLA 3UD6A 2BTMA 2V81A 5D37A 1TPC1 5D05A 2DZUA 2WO5A 1MEIA 3HIJA 2RDTA 1W3IA 3A9IA 2JKEA 3O6YX 5FF4A 1EWEA 1THFD 5I3JA 5DBTA 1A50A 1VYSX 5HMSA 1W56A 2J9YA 4Y6GA 2FIQA 2R8WA 4RK8A 5CZSA 5K2ZA 4XQ6A 4H4IA 4HPXA 1LRQA 2B0MA 1JUBA 1DL3A 1TSIA 4FB7A 3CC1A 2G95A 1AW5A 3EX4A 3ATYA 1FWRA 3QF0A 1G7VA 4E2DA 4M5PA 2FTPA 4QNEA 3NZ1A 2X1UA 3PY2A 1OX4B 3A23A 3O06A 3ABQA 3GLCA 2OJPA 4Z1DA 1A53A 2QJIA 1G4PA 2NUXA 4BWLC 3PAJA 4M19A 3QQ1A 4OHQA 3KXQA 4PL1A 4UFMA 4ZL1A 1I4NA 3PR2A 3TH6A 3HJZA 1L6WA 1O4UA 4AVFA 3CTLA 3TQKA 4ALDA 3C2EA 5L6UA 1F6KA 3HB9A 5HINA 3HGRA 4DXVA 3L5MA 3G1DA 3MJYA 4MFEA 1JVNA 1YTDA 3LTPA 3Q58A 5HULA 4O1AA 1YYAA 3M16A 3W1LA 4UFLA 5IBXC 4UXDA 3M43A 2QCCA 5U7SA 3LCGA 1YLVA 5L9FA 1YDOA 4DEFA 3N14A 5K4ZA 4EWND 5CZJA 3I7SA 3M5VA 3S5ZA 4H6KA 3IIPA 1QMLA 3C6CA 3TFXA 3NPUA 1JCXA 5K3VA 2JBMA 4HNVA 4XKYB 4LV9A 3OEXA 4L4LA 3FLUA 2CZFA 1V5XA 4AXKA 5DCBA 4CQ9A 4O16A 3DZ1A 3W3OA 4UTLA 4IUOA 1NSJA 4XTDA 3MI3A 1SZGA 4NJHA 1G4EA 1OFQA 1IXQA 2ZRZA 3HBLA 3W7OA 4FEZA 1DJQA 2Y7EA 3HOJA 3I7QA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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