The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
52
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sequence length |
202
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structure length |
202
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Chain Sequence |
KEKARYFTFLLYPESIPSDWELKLETLGVPMAISPLHDKDKSSIKGQKYKKAHYHVLYIAKNPVTADSVRKKIKLLLGEKSLAMVQVVLNVENMYLYLTHESKDAIAKKKHVYDKADIKLINNFDIDRYVTLDVEEKTELFNVVVSLIRAYTLQNIFDLYDFIDENGETYGLTINLVNEVIAGKTGFMKLLFDGAYQRSKRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Replication
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| molecule keywords |
Replication protein repB
|
| publication title |
Plasmid replication initiator RepB forms a hexamer reminiscent of ring helicases and has mobile nuclease domains
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Streptococcus agalactiae
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| total genus |
52
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| structure length |
202
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| sequence length |
202
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01719 | Rep_2 | Plasmid replication protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Arc Repressor Mutant, subunit A | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Replication Protein E1; Chain: A, | Replication Protein E1; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4U87 A; 3DKY A; 3DKX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CCY A; 3H1C A; 3MD2 A; 5F04 A; 1QQI A; 3CMM A; 4IOC F; 2EIN H; 3FMQ A; 3GTO J; 2FNP A; 3HKZ N; 2FEZ A; 1U8R A; 3FBI B; 2COB A; 2QEX I; 4AID A; 1REP C; 2BZT A; 1BR2 A; 4BQA A; 5TRD A; 4C9Y A; 4AYB A; 3K0L A; 3QU6 A; 1JKQ C; 4FTH A; 3CUQ A; 3K69 A; 3S8P A; 1XGO A; 3RYP A; 2OC6 A; 5DM7 F; 2KKO A; 3MN2 A; 1VQ8 I; 5H6R A; 2KRH A; 2KFD A; 4PJL A; 1IAW A; 4KUM A; 2DFE A; 5TIS C; 4EJV A; 3N05 A; 4XLN F; 3PM1 A; 2DI3 A; 1OR7 A; 5D8K B; 3ZQL A; 4IJA A; 1PP8 F; 1FYM A; 1IXC A; 1WJC A; 2P5K A; 3F9K A; 3O8H A; 1B72 A; 2HFH A; 2Q2E B; 4ZDO A; 1JT6 A; 3VFZ A; 2ICW G; 1T95 A; 2P8T A; 1LEA A; 4IO9 F; 4HV6 A; 4XOR A; 4Y13 A; 2QF7 A; 3SZG A; 3SFZ A; 1MNM C; 5E79 C; 3H5N A; 3QQA A; 3KEY A; 1H88 C; 1YIJ I; 2DLL A; 4EJO A; 5K5Q A; 4P9F A; 2TCT A; 2GA1 A; 2O8K A; 4YG2 F; 3SFI A; 2ELJ A; 1TBD A; 1WI9 A; 5E8I A; 1E3O C; 9ANT A; 3CJQ B; 3GZ6 A; 2PQ8 A; 1XCB A; 5LRS A; 2HOE A; 2R7U A; 3PUF A; 5CVU A; 4UUS B; 3LFU A; 1WH7 A; 4W97 A; 1GV2 A; 3AG4 H; 3BTI A; 2K3P A; 3HUG A; 3LST A; 3LA3 A; 3TQN A; 5D5X B; 4JBA A; 3CMA I; 2GWR A; 2E60 A; 1EF4 A; 2PJR A; 5LGT A; 5IT9 Z; 2Y31 A; 2KMU A; 4EQQ A; 2VT2 A; 2IEK A; 1AHD P; 1A35 A; 1N25 A; 3OS0 A; 2ZXW H; 2EBI A; 4ESB A; 3G73 A; 3TL4 X; 3NWS A; 3UR3 C; 1H89 C; 2VKH A; 5H6Q A; 1DPU A; 3ELK A; 3M1E A; 5HOO A; 1I27 A; 3BZ6 A; 3HRM A; 5D5W B; 1YX3 A; 5BOX A; 2ZKZ A; 2BYV E; 4IL6 C; 4ANJ A; 3CCJ I; 4F93 B; 1M1E B; 4PFP A; 3J80 K; 3OL4 A; 2NAZ A; 5J40 A; 3J81 K; 3QWL A; 1UB9 A; 1X3W B; 2JRM A; 2F48 A; 4D7N A; 3DPU A; 1L2M A; 3MKY B; 2K7L A; 4Z6Y A; 4ZDP A; 4JYK A; 2TDX A; 1W5S A; 2EJR A; 3HTS B; 3V8K A; 2F4O B; 3NQO A; 2NVQ J; 2OQG A; 3CCL I; 2XKP A; 3TO7 A; 3LSG A; 1ZH5 A; 4FCY A; 1L5I A; 4NHJ A; 1ETY A; 3WTT C; 5D4S A; 1V55 H; 2MA3 A; 5IT3 A; 2DDB A; 2ZO4 A; 5JLX A; 2JRT A; 5F27 A; 2Y0S A; 2ADU A; 3HOY J; 1IN8 A; 4ZTF A; 5EZH A; 2A6E F; 4IRG A; 4CSW A; 3FHZ A; 1JHH A; 4U7B A; 1WVR A; 5EJC A; 2L7Z A; 2BGC A; 2XAJ A; 2IS1 A; 2KZV A; 2FOK A; 2JUG A; 2DA2 A; 1DDN A; 3FWE A; 4RB0 A; 2PBI A; 5DDG A; 2HTS A; 2HTJ A; 2QBY A; 3OYE A; 2CSO A; 5DS9 A; 5CJ9 A; 3PO3 J; 2X6O A; 5CVJ A; 2GXB A; 1HC8 A; 3TGN A; 2LD5 A; 5LEJ A; 1D8J A; 2W4S A; 3LAJ A; 2KDZ A; 2L7M P; 3VSL A; 2VXD A; 2B9S A; 5E1Z B; 2WC2 A; 3AL0 B; 1VQ9 I; 4ENJ A; 1MJ9 A; 2FBI A; 3IAM 2; 2A5W A; 3CUO A; 3OWT A; 4KIG A; 1R1V A; 4A0X A; 4PDK A; 4XN3 A; 3IH3 A; 3FKJ A; 3GLL A; 3R6S A; 1J7K A; 2B7E A; 2OZ6 A; 4A3D J; 3M3Y J; 2V9V A; 3DFG A; 3GXO A; 5EGO B; 3KYC B; 1O7F A; 4BNC A; 2DDA A; 3W2W A; 2NVY J; 3GCM A; 3S3M A; 4G7O F; 1R7J A; 2K9S A; 2R7R A; 2QSF X; 3HOT A; 3BDD A; 3JTG A; 4UB8 C; 2HVS A; 5HS7 A; 1I3Q J; 2VIX A; 2MLK A; 5GAH J; 5FRO A; 3BRO A; 2UXN A; 3H9J A; 4PUS A; 4F55 A; 1LDJ A; 5CYV A; 2UXX A; 2WA0 A; 1K78 B; 2VUM J; 1ETQ A; 5JVT A; 4G8X A; 3FX3 A; 2DYR H; 1MW7 A; 1W4M A; 1F4K A; 3H0G J; 4XOT A; 3ERM A; 1LFP A; 2HDC A; 2XV4 S; 1LE8 B; 2DT5 A; 3MFK A; 2XDV A; 3T8R A; 4FGN A; 2XAF A; 2WAQ N; 2CV2 A; 4MTE A; 3Q9V A; 1S9H A; 2IGK A; 4E7K A; 2P5L C; 5JHU A; 4A3E J; 1S7O A; 3IP4 B; 1R5H A; 3KP6 A; 4KT5 C; 5C4J J; 1YFH A; 1JE8 A; 2FUF A; 3V42 A; 4CGZ A; 3BG3 A; 5ICC A; 3GTJ J; 3IRR A; 1KGS A; 3A1Y A; 2Z1D A; 1LJ9 A; 1USS A; 2HPI A; 2EFW A; 4BBS J; 2ECC A; 1T98 A; 3OR2 C; 3F8F A; 1WJF A; 2Y0M A; 2DBB A; 2ZJP F; 4BGD A; 1AKH A; 5LHG A; 1IZ1 A; 3ZMD A; 4ASN A; 2HZD A; 3DTI A; 4CCK A; 2UWM A; 3LSR A; 2PMH A; 2IPR A; 1TW2 A; 4J00 A; 2E1M C; 5F0F A; 2ITL A; 4NC7 A; 5L3C A; 2AXT C; 3BZK A; 1AOY A; 2EFQ A; 3A01 A; 4E7I A; 1X3Z B; 1RUN A; 1WH5 A; 3WG7 H; 1UHM A; 2CFO A; 5DCM A; 2O5R A; 4CA0 A; 2IS6 A; 4CCM A; 4BL0 B; 2V9P A; 4LG0 B; 2JTV A; 3I54 A; 3WOD F; 1IXS B; 5KVR A; 2W25 A; 4CCN A; 3DLL F; 1Y8Q B; 3ZMV A; 5L3B A; 1T56 A; 2XHK A; 4J01 A; 4RDU A; 1WHU A; 2RAE A; 3WHB A; 3M1C A; 3L1P A; 3E3V A; 2DT7 B; 2E5N A; 1TL8 A; 1QVT A; 2ELK A; 1A6Q A; 1XG1 A; 2NS8 A; 4M9X A; 5FO5 A; 2M8E A; 5HOD A; 4HEA 2; 3IKT A; 3BCB A; 2PLY A; 2QEN A; 5DV5 A; 5DEQ A; 4AVP A; 1OPC A; 3LQQ A; 4QPQ A; 4I99 C; 4B4C A; 1YIO A; 1HKT A; 4QWQ A; 2EZK A; 3EUH A; 1ON2 A; 3WGH A; 1DP7 P; 4XKC A; 2YX4 A; 4B3X A; 1ODD A; 3AG2 H; 2DU9 A; 2DOD A; 5B1A H; 2RQP A; 4IPA A; 1G3S A; 3S15 J; 1V5F A; 3JCU C; 1BL0 A; 1QU3 A; 4A6D A; 4CO8 A; 4CZZ A; 3GTL J; 2ZCW A; 4BDY A; 1KSX A; 2DK8 A; 4AYB N; 2QZ8 A; 1XMK A; 3Q0W A; 3C2B A; 1YW9 A; 3TO6 A; 4ZZD A; 3ASO H; 1R36 A; 1S8N A; 4M9Z A; 4I0B A; 4M6Y A; 4WXH A; 1QA6 A; 2IA1 A; 2W7N A; 4F92 B; 4L9V A; 1H9G A; 3DPL C; 3G1M A; 1GUU A; 3DXJ F; 4PK4 A; 1OCP A; 3LSJ A; 1XX5 A; 3GFJ A; 2OTL I; 2NOJ B; 3G1O A; 4BXU A; 2L3D A; 4V2G A; 4BDZ A; 4M74 A; 2Q2E A; 4XR6 A; 4A3C J; 5JI6 A; 1GVJ A; 1FP1 D; 3WE2 A; 3WG9 A; 2F5E A; 2F5D A; 1X1P A; 2R4G A; 1Y0N A; 1LKX A; 4CZC A; 1XSV A; 3VPR A; 5M3M J; 3K2Z A; 3PIO F; 2CYY A; 3I0T A; 4BBR J; 5IYC J; 1FP2 A; 2KRF A; 2CUF A; 4YII A; 2EFN A; 3ZQH A; 3A03 A; 2MD5 A; 3IWZ A; 4PJM A; 6PAX A; 3F72 A; 1X58 A; 3CCV I; 5EZG A; 4UUS A; 4YFN F; 1QZE A; 4BHB A; 2DFF A; 2K27 A; 1I6H J; 5LBQ A; 3P7N A; 2EZL A; 4HZF A; 5BNG A; 4HOB A; 2HOA A; 3IWF A; 1O3S A; 2H27 A; 3JRF A; 3FXO A; 4BQQ A; 2R7V A; 2LRE A; 1K6O A; 5DUK A; 1YLF A; 3H3U A; 4I01 A; 2DQR A; 3LSP A; 2LKP A; 2XF6 A; 4U0V A; 3GZ5 A; 2V1X A; 2UZK A; 3QPL A; 4LFU A; 1DGR M; 2V1N A; 1BIB A; 2F5C A; 3CO7 C; 3LSK A; 1F5T A; 5EYR A; 4R8H A; 1Y8R B; 5EEA A; 5ILS A; 3S3O A; 3S2D J; 4A3I J; 2XGD A; 4MLO A; 1Z6R A; 2RNJ A; 5CLS A; 3BPV A; 3GYH X; 2FNA A; 2WV0 A; 1D1C A; 4G6T B; 4GYG A; 4UB6 C; 3RZO J; 5KHD A; 1P4A A; 2OAZ A; 3J7A Y; 2XGE A; 2R7S A; 2R3S A; 2WAE A; 1Z05 A; 1UEL B; 2BHZ A; 1ITY A; 4L9T A; 2CMP A; 3WGI A; 1ZG1 A; 1PUE E; 3BTJ A; 2VBX A; 4A3G J; 2HKO A; 4U88 A; 3RTR A; 3ERE D; 3CTA A; 4RB1 A; 2Y0S N; 2DAO A; 4E7Z A; 1TTY A; 2QVO A; 3DEE A; 4A93 J; 5CVV A; 3FMS A; 1PUF B; 4MQ9 F; 2DT6 A; 3MMY B; 3IV5 A; 1U6G A; 5E1W A; 2PN6 A; 2P6S A; 2FJ1 A; 2JSC A; 2K4B A; 3M8J A; 5FRN A; 3QPT A; 2Z16 A; 2XB5 A; 3A4C A; 4L9N A; 5IOY A; 3SJM A; 2KLO A; 2CQQ A; 3HEF A; 2DMQ A; 2JPB A; 3BQY A; 5F64 A; 2E19 A; 2MSY A; 2CV0 A; 1IRZ A; 3SEZ A; 4HV5 A; 4AWX B; 4DZJ A; 4X6A J; 3OS2 A; 2ZJQ F; 2QYO A; 4BYY A; 4D1Q A; 5DCX A; 4OWR B; 1O57 A; 4M3B A; 2UV1 A; 3G3Z A; 4RS8 A; 3DTE A; 1ZRD A; 1IW7 F; 4RAG A; 2VL8 A; 2P7C B; 5EGO A; 2K4J A; 3CF2 A; 3M07 A; 2NTC A; 1S3J A; 1SFO J; 2D5V A; 2L4A A; 4IRH A; 3JRG A; 3FXL A; 2JA6 J; 2JUC A; 1FMW A; 2XUB A; 3U1K A; 1E2X A; 1WWX A; 1XC5 A; 2BY0 A; 4AIK A; 3QYB A; 2UUZ A; 1JT0 A; 3H5A A; 5K5O A; 3QYF A; 4BY1 J; 1ZAR A; 1IC8 A; 1EH8 A; 1XS9 A; 3BC8 A; 5FFX A; 5LRR A; 3GBG A; 3V7R A; 2PX9 A; 1YTY A; 1A36 A; 2CW0 F; 3BPX A; 3CDH A; 1J0R A; 4C2M J; 1MJA A; 1D5V A; 1FOX A; 5BPD A; 1U8B A; 1LE8 A; 1FY7 A; 3Q0V A; 2ID3 A; 3CCR I; 3ZQC A; 5IP9 J; 2BEO A; 5FRM A; 1VFC A; 3WU0 A; 1R4M B; 2M45 A; 4DOZ A; 3RQ4 A; 3HIF A; 4PSX A; 4K2E A; 4CXF A; 1KON A; 2K40 A; 2GOX B; 1WI3 A; 4FT8 A; 4RBO A; 2E2H J; 5C44 J; 3M9A A; 2DTR A; 3TP0 A; 3MZH A; 2GQQ A; 3ZP5 A; 1MSF C; 1X1D A; 5E8G A; 3CCE I; 5M3F J; 1O3T A; 3IRQ A; 1ZGW A; 2CWE A; 1JGG A; 5HLT A; 3DWL E; 4OAY A; 2F4M B; 2YPR A; 1BI3 A; 2JVG A; 3VOE A; 2R5Z B; 5D5U B; 3TED A; 2WY8 Q; 2Y30 A; 1VQN I; 4U87 A; 4YIF A; 1XN7 A; 3JAM K; 4IHS A; 1EJ9 A; 1KU7 A; 3L09 A; 1H9T A; 3S2H J; 4FIS A; 3PJR A; 3BT9 A; 2BE5 F; 1QO0 D; 3ZQF A; 4LG0 A; 3KFW X; 1O3Q A; 3WTY C; 2DMP A; 3I71 A; 2X6Y A; 1W0U A; 3E6C C; 2ID6 A; 2HYF A; 4CUG A; 2W24 A; 1BI0 A; 3FM3 A; 1TT5 B; 3VYS B; 1IGN A; 1MD0 A; 1XSX A; 4UXN A; 1YS7 A; 4UV9 A; 1RKW A; 1U2W A; 4B1R A; 4ESJ A; 2IF9 A; 2IA2 A; 1T8I A; 2DMT A; 1R5G A; 2QKM B; 2QQA A; 1E0E A; 3C7J A; 3JR9 A; 2XRO A; 3CMY A; 3I59 B; 3QOE A; 2DFH A; 2A07 F; 1T08 B; 4XIC A; 1BJA A; 3WTS C; 3OSG A; 2YUS A; 3WTU C; 3A02 A; 3I9V 2; 2M34 A; 4F52 A; 2D2W A; 3GTP J; 2ECB A; 4IHX A; 1POG A; 4Y4R A; 2EQR A; 2HKX A; 2VPR A; 2JA7 J; 1BOB A; 4WXC A; 3CLQ A; 4D0P A; 4J19 A; 4Y7N J; 4XNF A; 3TW6 A; 4RM3 A; 3DLA A; 2XGX A; 2Z3Y A; 5J8C A; 4RM2 A; 3OYH A; 3K10 A; 1OCR H; 2H94 A; 3PL8 A; 1D0Y A; 4D5F A; 3SEQ A; 2NYX A; 1LVA A; 4OMY A; 2LSO A; 2P6T A; 2M1B A; 3HPH A; 3RKQ A; 2ELH A; 4HDV A; 3K6G A; 1FOK A; 3BG9 A; 4XLA A; 5ICF A; 4IQJ A; 4DW6 A; 3T5X A; 2D45 A; 2ITJ A; 4BS9 A; 2IAI A; 3C3W A; 3ASN H; 2PI0 A; 4MEX F; 1VQ5 I; 1V54 H; 2OCC H; 1NG7 A; 1Z3Y A; 2LYC A; 2M30 A; 4BH9 A; 5JR3 A; 3MKZ A; 2L5Q A; 1J9I A; 3I3L A; 2Y69 H; 2AQE A; 3LSM A; 3AFH A; 3ISP A; 4XLF A; 2XC7 A; 1ZRC A; 1JKP C; 2R5Y B; 3F8B A; 1J09 A; 1T2K A; 2HVR A; 2JJ7 A; 2KL4 A; 2HW0 A; 3LOC A; 2QQ9 A; 4HNV A; 2QSH X; 1DQU A; 2MH2 A; 2ME6 A; 4HX7 A; 1R5I D; 3L2U A; 1YRN B; 5J6X A; 3IHU A; 3W6J B; 5ILU A; 4Q48 A; 3AL0 C; 3OOU A; 2CS3 A; 2LF8 A; 4BU2 A; 3CME I; 1ETX A; 5B3S H; 1M55 A; 1G4D A; 1YG2 A; 2LBF B; 1QPM A; 1SVL A; 3CP2 A; 2WAD A; 5IPA A; 4ZH4 F; 2HNH A; 3WU1 B; 1IUY A; 4RMN A; 2DQL A; 2IA0 A; 2LMD A; 3BZC A; 4LIF A; 4B8X A; 1Z6T A; 5M5Y J; 2E5Z A; 2DN0 A; 2LTP A; 3KZZ A; 2GIV A; 3LQR A; 1R9W A; 3OMY A; 4NBP A; 4KIB A; 5FLX Z; 1X4O A; 3E5U A; 2GZW A; 1PP7 U; 2O0Y A; 2YSR A; 3QPS A; 2FE3 A; 2CV1 A; 4XKV A; 1SVM A; 4LK1 F; 3MAJ A; 2X1D A; 3ESW B; 4OU0 A; 3OYJ A; 1FTT A; 3RKW A; 4C3H J; 3PSI A; 3HG9 A; 3F6O A; 1SEU A; 2HYG D; 4Q5S F; 1GLN A; 3DCF A; 4QSH A; 3BG6 A; 1W0T A; 1SFU A; 2X9D A; 3BG7 A; 2K3F A; 4HW0 A; 4P55 A; 1P4W A; 5A2Q Z; 1MJB A; 1BI1 A; 1X1C A; 3OYG A; 2VJI A; 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