The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
66
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structure length |
66
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Chain Sequence |
VDMSNVVKTYDLQDGSKVHVFKDGKMGMENKFGKSMNMPEGKVMETRDGTKIIMKGNEIFRLDEAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Metal binding protein
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| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein copK
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| publication title |
Unprecedented binding cooperativity between Cu(I) and Cu(II) in the copper resistance protein CopK from Cupriavidus metallidurans CH34: implications from structural studies by NMR spectroscopy and X-ray crystallography
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Ralstonia metallidurans
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| total genus |
12
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| structure length |
66
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| sequence length |
66
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-07-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF11525 | CopK | Copper resistance protein K |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3DSO A; 3N7D A; 3N7E A; 2LEL A; 2KM0 A; 3DSP A; 2K0Q A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OHH D; 1CHG A; 4X2W A; 1XUJ A; 3OX7 U; 1V2Q T; 2WSS D; 1Y8T A; 1IHT H; 2QY0 B; 3PRO A; 2F83 A; 3OFN D; 2G4T A; 5DP8 A; 1C5Q A; 6LPR A; 1DM4 B; 3UUZ A; 5E0J A; 3RMN H; 3CEN A; 1TMU H; 4GPG A; 1NRS H; 3FO8 D; 2BD3 A; 5E0H A; 4IMQ A; 1BBR K; 1DUE A; 1V2T T; 2J4I A; 1PPG E; 1S81 A; 1A46 H; 1FZZ A; 2ZDK A; 3E1X B; 4NSV A; 1C1S A; 1GI9 B; 1C1N A; 1IAU A; 3BTW E; 3V7T A; 4K5Z A; 3ZZB A; 5LH8 A; 1XXF A; 2QE7 D; 1G3C A; 3MO9 A; 2O8M A; 2UWP A; 1YLC A; 1ELT A; 1V2U T; 3HKI B; 3TJO A; 3KQ5 A; 1P8V C; 1FAX A; 2ZHF H; 4ZXY H; 3TJU A; 2ZDM A; 3UTU H; 1AZ8 A; 2FEQ H; 1ZLR A; 3M5O A; 3DUX H; 1K28 D; 1EFR D; 1O38 A; 1O0D H; 5B6L A; 4I8K A; 2FOB A; 3U8R H; 1CVW H; 1O34 A; 1QL8 A; 1GHX H; 2FYR A; 2R2W U; 1ZPZ A; 1JBU H; 1C5N H; 1JWT A; 4U32 A; 1PPE E; 4ISH H; 4X6P A; 4Y79 A; 3NKK A; 1RTK A; 1E37 B; 1SI5 H; 4BAN B; 3KHV A; 4ZH8 A; 2BQ6 B; 2J34 A; 4D7G A; 2QV1 A; 1TLD A; 7EST E; 1EP6 A; 3A7W A; 4GHQ A; 3KYF A; 2WHX A; 4VGC C; 1KXC A; 1E34 B; 1FI8 A; 5L2Z H; 3GOV B; 3VB6 A; 1A1R A; 3E6P H; 2KR7 A; 3LH1 A; 4O3U A; 3M3T A; 1PYT C; 4FU7 A; 5HIZ A; 5DKM A; 1GMH G; 1S83 A; 4ABB A; 1BUI A; 3OU0 A; 1BMN H; 2OLG A; 1G3E A; 2B0F A; 3T27 A; 2P3T B; 1O2Z A; 2PSX A; 4AGJ A; 2J9N A; 2ZU3 A; 3Q3X A; 3RMM H; 1HNE E; 4RN6 A; 3N7D A; 1XM1 A; 2ZDL A; 3T62 A; 4AFU A; 1BT7 A; 2A7H A; 1FY5 A; 1HBT H; 1Z1J A; 4P02 A; 5I46 H; 2ALV A; 2AGG X; 3O8B A; 2O8L A; 2J98 B; 1SOT A; 1VIT G; 2AMD A; 1EZX C; 1SGY E; 1FDP A; 4B6E A; 4UDW H; 1AWH B; 2QCY A; 2PUQ H; 2CF8 H; 3HGN A; 2BLQ A; 3UNQ A; 1O2T A; 1O32 A; 4AC9 A; 2EI7 A; 1GHA G; 1ZTJ A; 1L4Z A; 1BZX E; 3A8A A; 1NU7 B; 2BYA X; 3OYP A; 1A0H B; 2ZPS A; 1XKB C; 5JBA S; 3P70 B; 1O3H A; 4DW2 U; 2THF B; 3D23 A; 1AWF H; 3M5M A; 1EXF A; 3A8D A; 2VGC C; 2BD9 A; 3DD2 H; 3S69 A; 1NM6 A; 1NFY A; 1QRZ A; 3BTQ E; 1AMH A; 2G81 E; 4GSO A; 2NWN A; 4UON A; 2OC0 A; 1C2H A; 3ATW A; 4X1R U; 4KP0 A; 1T8M A; 1Y3U A; 3TJV A; 1XVM A; 3BSQ A; 3UB0 A; 1C1T A; 1O36 A; 3TVJ B; 1NU9 A; 1UTP A; 1O2H A; 1TE0 A; 1SGP E; 4P00 A; 1S5S A; 1DY9 A; 1DWE H; 4DY7 B; 4AG1 A; 1O2Y A; 3AW1 A; 4MTB A; 1ELV A; 2BX4 A; 5CE1 A; 3KL6 A; 3ZVD A; 2AMP A; 8LPR A; 2RDE A; 2CN0 H; 1TYN A; 3SHA H; 1DX5 M; 2ZWL H; 5A8Z A; 5DG6 A; 3S9C A; 1GVK B; 2FZZ A; 3ZIA D; 1ZHP A; 2Q6D A; 1D3T B; 2OC7 A; 4WMF A; 1S0R A; 1SGN E; 2PFE A; 3ENS B; 1QQ4 A; 1GVL A; 1RD3 B; 4INK A; 4ZRO A; 2AGI X; 3KQB A; 2PW8 H; 1FN8 A; 5DPA A; 1B0E A; 1OXG A; 3D49 H; 1O3G A; 1G30 B; 2FOF A; 3AAS A; 1GDQ A; 3GCT G; 4LZ1 H; 1D3Q B; 3T25 A; 2PHB A; 1O3P B; 4KEL A; 3RML H; 2QYI A; 1LKB A; 3LGU A; 5G4B A; 1LPG B; 1GMC F; 2BD2 A; 2VJ1 A; 1QB1 A; 3SOR A; 3F2G A; 1MUE B; 3GCN A; 1MTN C; 3SW2 B; 1ESB A; 2OBO A; 2ZHW H; 4FUE A; 3RXK A; 1GBT A; 3FP6 E; 2KM0 A; 3MH4 A; 1T8N A; 3M3S A; 1SC8 U; 2ZEC A; 3LGV A; 2A2X H; 1VCW A; 3UNS A; 1PFX C; 1TBR H; 2B5T B; 3S7H B; 1AN1 E; 1B5G H; 2ULL A; 4OGY A; 1BTU A; 3ZZ6 A; 3TGJ E; 2W6I D; 3EST A; 1A0J A; 1UCY E; 4INL A; 4ACB A; 2VBC A; 3P6Z B; 1UTL M; 2ZI2 H; 2WPL S; 2VWL A; 3PMH B; 5DN6 D; 1KXA A; 1O3C A; 1OWK A; 4Y0Y E; 5DP9 A; 3QTV H; 1KDQ B; 3LON A; 1Y59 T; 2P3U B; 1TPS A; 1FIZ A; 4DG4 A; 1SGI B; 2XOK D; 4ISN A; 1HGT H; 2STB E; 1NBM E; 2HVX A; 1YLD A; 1WSS H; 1VCP A; 3RC5 A; 2P8O B; 2ZC9 H; 3MOC A; 3GIC B; 4DGJ A; 1C5Z B; 2R3U A; 1GG6 B; 1LPK B; 4HGC A; 4AYY B; 3RXT A; 3Q76 A; 2C8Y B; 3EA9 A; 3ZV9 A; 4JK6 A; 4X1S U; 1EAX A; 1SG8 B; 3RM0 H; 3B8J A; 2UUF B; 2W3I A; 1LPZ B; 2G52 A; 3SO3 A; 1LVB A; 3SNE A; 2ZFT A; 3N7O A; 2F9V A; 4MPV A; 4X1N U; 2NU2 E; 1MMJ N; 1YCP H; 4FVD A; 2W5E A; 2XC4 A; 1C5O H; 1UO6 A; 2XND D; 1GJA B; 1RJX B; 4GAW A; 5DP4 A; 3SJI A; 5L2Y H; 1O33 A; 1C5X B; 2AS9 A; 1S84 A; 1AUT C; 3RXI A; 3A81 A; 3ZZ3 A; 2BQ7 B; 1ETS H; 5JDU B; 1K2I 1; 2BTC E; 3UPE A; 1UTJ A; 4DT7 B; 1YKT A; 1FQ3 A; 4TT3 D; 1BTP A; 1QJ1 B; 3TIT A; 1QFK H; 3ZVC A; 1J15 A; 2BLW A; 3BEF B; 1GPZ A; 2XTT B; 5CHB A; 1EJA A; 3SNA A; 3HGP A; 3GY2 A; 2R0K A; 1HAP H; 1K1I A; 4NGA H; 2XRC A; 3RXE A; 1FPH H; 1BA8 B; 5HXF A; 5K7R A; 4OS6 A; 1QB9 A; 1DIT H; 1OKX A; 2ZGC A; 1LTO A; 1MAY A; 1O35 A; 3UOP A; 1NO9 H; 5FPY A; 1HAH H; 1W11 U; 3SU2 A; 2VH0 A; 3DHK H; 2TGA A; 3FN8 A; 4Q80 A; 2D1J A; 2GCH G; 1O3L A; 2KAI B; 1C1R A; 3L33 A; 4K1E A; 5C2Z A; 4IBL H; 1K1N A; 1AKS B; 3TNT A; 1UK4 A; 1DLE A; 1N8O B; 1RGQ A; 1RIW B; 1ELF A; 5FBE A; 2FX6 A; 4UFF H; 1YF4 A; 2BX3 A; 1EOJ A; 1P0S H; 1H8D H; 1SVP A; 2BMG B; 3BEU A; 1FX0 B; 1LQD B; 2V0B A; 5A0B A; 3K2U A; 2P59 A; 1SFQ B; 1O2N A; 3BTG E; 1V2R T; 1GHB F; 5B6O A; 3UWJ H; 2BXT H; 1KYN A; 1ZOM A; 2UUY A; 3UR6 A; 1G2L A; 1CT2 E; 2YNA A; 3SND A; 1SGD E; 5F8Z A; 1DE7 H; 1GI4 A; 1GHY H; 1ZGV A; 4NWK A; 1GI8 B; 3NCL A; 3B9F H; 3F2H A; 1O5D H; 2L74 A; 4BAM B; 1BMF D; 5EST E; 2ANK H; 5L6N H; 1WU1 A; 1CT4 E; 3FZD A; 4RSP A; 3FZZ A; 1TNH A; 1MBQ A; 3KCG H; 1HFD A; 3GDV A; 1NZQ H; 2FI3 E; 1T31 A; 2PUX B; 4B2B A; 3LC3 A; 4GHT A; 2FMJ A; 3SV2 H; 4ASU D; 3SGQ E; 1YP9 A; 2NU4 E; 2EST E; 2HNT F; 4X0W U; 2O8W A; 1ZSJ A; 1EPT A; 5BRR E; 1G32 B; 1YCP K; 3Q3K A; 1ZJD A; 2B8O H; 4IN2 A; 4WH8 A; 1NC6 A; 3ITI A; 3UR9 A; 1GBA A; 1UHB A; 2XBX A; 1JOU B; 4FXG H; 4Q7Y A; 1SSX A; 2JDI D; 1BTH H; 1YC0 A; 2AIP A; 2FOD A; 2ODY B; 2R2M B; 1UTN A; 2Z3D A; 1AE8 H; 1GG6 C; 1C5U A; 1OS8 A; 2FI5 E; 1RTF B; 2V7Q D; 2BY5 X; 1IQE A; 1AUJ A; 1CSO E; 1A0L A; 3KQE A; 2O8U A; 2VIV A; 1SPJ A; 1GBI A; 1O2V A; 2ILN A; 3DFJ A; 2OCV B; 2C93 B; 2H9H A; 1D6R A; 4CRC A; 4E7N A; 3HK6 B; 4BTT B; 1T4V H; 1O2J A; 2VH6 A; 2FOA A; 5AF9 H; 4YTA A; 1XKA C; 3SHC H; 2BDB A; 2ZGB H; 3SQE E; 2ZPR A; 1P9S A; 1LO6 A; 5T3H A; 4BOH A; 1P03 A; 1TMT H; 1HRT H; 9EST A; 1HXE H; 1YYY 1; 1C5S A; 2VIN A; 2J95 A; 1BRC E; 1VR1 H; 4CBO A; 4CRB A; 1ZML A; 3EE7 A; 3E91 A; 1ZHM A; 2LEL A; 2M2A A; 2QXI A; 2J94 A; 4UFD H; 5HM2 A; 5T6D A; 1A7S A; 2PGQ B; 1V2N T; 3PO1 C; 1EUF A; 1FY8 E; 2HVY B; 3SI4 H; 3P8O A; 2AIQ A; 3QZR A; 3N99 A; 1SGC A; 1T8L A; 5C1X A; 1HYL A; 3PM3 A; 3RXS A; 1C5P A; 3SGA E; 2SNW A; 3KF2 A; 5C5O A; 4B76 A; 1J14 A; 3CS7 A; 3L3T A; 1V3X A; 3Q00 A; 1Y5U T; 1H8E D; 3TK9 A; 3VB4 A; 4MNY A; 1TQ7 B; 1C1Q A; 4Q63 A; 1QA0 A; 3PRD A; 2RCE A; 3TH2 H; 2SGP E; 1N6Y A; 3ZZD A; 3W95 A; 3QK1 A; 1NFW A; 5EQQ A; 2F9P A; 4OGX A; 1GGD B; 8EST E; 3JZ2 B; 1CGH A; 1EX3 A; 1GI7 B; 4CRA A; 1ZMN A; 2HPQ H; 1EB2 A; 2GV6 A; 1DIC A; 3AK5 A; 1IQJ A; 5FPT A; 3MH7 A; 4ZKO U; 2QAA A; 1UMA H; 5CMX H; 5J4Q A; 2RA3 A; 4Y71 A; 1N8O C; 3S7K B; 2BVR H; 1RIW C; 3MU0 A; 1C2M A; 3RU4 T; 3UQO A; 2Y7X A; 3U28 C; 1QGF A; 3PTB A; 4ABA A; 1TPO A; 4ZKS U; 1WAY B; 5TJX A; 1C1W H; 1Z6E A; 3PMB B; 1O5E H; 3VFE A; 5DP6 A; 3U8O H; 3SUD A; 1O3M A; 5FCK A; 1OWD A; 3SUF A; 5HM9 A; 2UWO A; 4SGB E; 2HNT E; 3SBK A; 1D3P B; 3STI A; 1LHD H; 3URD A; 2WV5 A; 2FWW A; 3BG4 C; 4NFF A; 1EAS A; 2FOC A; 2XCF A; 1DS2 E; 1S0Q A; 1TRY A; 1P2M A; 2BDI A; 2GX4 A; 3GYL B; 3RLY H; 1DWC H; 2BDC A; 3GIS B; 5IDK A; 2QF0 A; 1MAX A; 3RXA A; 3H7O A; 1O2Q A; 2GZ7 A; 3I29 A; 3QZQ A; 5JYI A; 1LKA A; 1ETR H; 1XXD A; 1TX6 A; 4MNV A; 4RT0 A; 3MI4 A; 1LVM A; 2SGF E; 3T2N A; 3NXP A; 1S82 A; 1L2E A; 3H09 A; 3SZE A; 2GVF A; 3OAA D; 1F5L A; 4AFQ A; 4ABF A; 1HAV A; 1GJ6 A; 1BMA A; 1EOL A; 4K3J A; 5F8T A; 1FLE E; 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2A7C A; 1A2C H; 1K0H A; 2ZFS A; 4OS5 A; 1BHX B; 3F6U H; 4D9R A; 2CJI A; 3AAU A; 1BRA A; 4XE4 A; 5F53 A; 1O3J A; 1BRB E; 1MBM A; 2VIW A; 5FX6 A; 2OBQ A; 5ESB A; 3QDZ B; 1DWD H; 2RDL A; 1H9I E; 1MQ5 A; 2UUJ B; 3F68 H; 2A4R A; 5C67 A; 3PV5 A; 1HLT H; 5T6G A; 4OS4 A; 1ANC A; 1GJC B; 1AFQ B; 2A32 A; 2TBS A; 2ZQ2 A; 5A09 A; 4K8B A; 1RRK A; 2CHA B; 5GDS H; 3DT0 H; 5EXN A; 1OP8 A; 1NN6 A; 1GBH A; 1P12 E; 3VPK A; 3UOU A; 1X7A C; 1O3K A; 1W14 U; 3TJN A; 2KCY A; 1J9C H; 1GBC A; 1H1B A; 4A1X A; 1FON A; 3STJ A; 5KGO A; 3SNC A; 1P2K A; 1C2L A; 1UVO A; 1PQA A; 1O2L A; 1FY4 A; 4WJG 2; 2OQU A; 1ABJ H; 2FP7 B; 2K0Q A; 1TPP A; 1TNK A; 1TMB H; 1SHY A; 3K6Y A; 3SU4 A; 2NU1 E; 1ZMJ A; 1ZR0 A; 2ODP A; 2PWX A; 1AD8 H; 3FP8 E; 5F6M A; 4B74 A; 2W7S A; 3TK5 A; 4Y8Y A; 4NWL A; 1V2O T; 2QXG A; 1AGJ A; 2ZIQ H; 2Z9I A; 1P05 A; 4XFQ A; 4Y76 A; 3UQV A; 2QXJ A; 1TBZ H; 1ANB A; 1YPJ H; 1MTU A; 5EXL A; 3ZVF A; 1FUJ A; 1GMC G; 1SLX B; 3LJO A; 1K1L A; 1FAK H; 1E1R D; 1Z6J H; 5LPF A; 1A3B H; 2VIP A; 2EC9 H; 4GUX A; 4A6L A; 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