3DWLA

Crystal structure of fission yeast arp2/3 complex lacking the arp2 subunit
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
420
structure length
355
Chain Sequence
SFNVPIIMDNGTGYSKLGYAGNDAPSYVFPTVIATRTEDLDFFIGNDALKKASAGYSLDYPIRHGQIENWDHMERFWQQSLFKYLRCEPEDHYFLLTEPPLNPPENRENTAEIMFESFNCAGLYIAVQAVLALAASWTSSKVTDRSLTGTVVDSGDGVTHIIPVAEGYVIGSSIKTMPLAGRDVTYFVQSLLRLKTAERIKEECCYVCPDIVKEFSRFDRLKYASIDVGFERFLAPEIFFNPEIASSDFLTPLPELVDNVVQSSPIDVRKGLYKNIVLSGGSTLFKNFGNRLQRDLKRIVDERGVDVNVISHKRQRNAVWFGGSLLAQTPEFGSYCHTKADYEEYGASIARRYQI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords Actin-related protein 3
publication title Structure and biochemical properties of fission yeast arp2/3 complex lacking the arp2 subunit.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 355
sequence length 420
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dwlA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3dwlA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3dwlA03
2VWBA 4ISFA 4BVPA 1GLAG 4H0PA 5F2RA 1DEJA 2HF4A 3MN6A 4B1XB 2UYTA 4BRCA 5E84A 2ZGZA 3LDPA 3ZETA 5BN8A 4RWTA 4H5TA 4H0VB 3MN5A 5AQRA 3AAPA 4RCHA 4A62A 1LOTB 2CH5A 3BUZB 3M6GA 3WEEB 2FSJA 1BA0A 2PBDA 2FSKA 3LDOA 2GTDA 3CJCA 3FGUA 3ZEUA 3MN7A 3CQXA 3SLCA 3HBTA 4AM6A 3A0IX 3D7EO 3MCPA 4FWSA 4FWLA 4XH5A 3IDHA 2E88A 3WXJA 1K8KB 3QMLA 4K42A 3WXIA 4FWMA 2YJFA 3LDLA 4E1JA 4FWQA 4DCHA 1YVNA 3FFKB 4B1UB 4H5NA 1MA9B 2A6AA 1HX1A 3SK3A 1LCUA 2F9TA 1GLDG 1NGCA 3QBWA 1U2VA 1GLLO 1HKBA 5BRDA 2W41A 4AM7A 1NGIA 1NGBA 3QICA 4WQ5C 4EFHA 4YDUC 3U4LA 5I9EB 3CERA 1G99A 3W0LA 1T44A 3ID8A 3MDQA 2QM1A 3QFUA 4CJ7A 3HSCA 4FWOA 4PKHA 3RSEB 3O5BA 4BRKA 4DHYA 2P9KB 2QWLA 1HKGA 4IWVA 5E26A 2P9PB 3CI5A 3C7NB 2E1YA 3H46O 1X3MA 2QWPA 5AQWA 2H3GX 1KAYA 4BRPA 4K25A 1V4TA 4CZLA 2QW9A 1ZBSA 3DXMA 3UKUA 3VF2A 4FL9A 1X9JA 3M3ZA 1KXPA 1NMDA 4BC5A 1NLVA 4FOIA 5CE3A 3LDQA 5BPLA 5JMVA 1RDWX 2F9WA 4C23A 2P9NA 1TUYA 5AFUA 4BG9A 3VGLA 5ADXH 3BF1A 3I33A 3EZWA 4BRGA 4DQ8A 3FZMA 3O80A 4WQ4C 1Q18A 3O1WA 4YDUA 2P9LB 3FR0A 3FZHA 4JHDA 1NGGA 4RTFD 1JCFA 2GUPA 1CZAN 1T6CA 3UKRA 4NO7A 3B8AX 1RGIA 1YXQA 5FPNA 2IVNA 2VYPA 1GLEG 4BRFA 3P4IA 3DXKA 1XC3A 4KBOA 5JLFA 2ASOA 3DWLA 2P9UA 5EY4A 2P9IA 5AQZA 3D2FB 3WT0A 5JICA 1C0FA 1HLUA 4MLHA 2NRHA 4XH4A 2P9SA 3EL2A 4JD2A 1NM1A 4B9QA 5AQVA 5BPNA 1DGKN 3D2EB 1BO5O 3FZLA 4H0XB 4GY2B 4BGBA 1NGEA 2QXLA 3SMPA 3VEYA 1H1VA 2IIRA 1Z6RA 3EKSA 4CZJA 3KVGA 4BC2A 4DB3A 5AQLA 3LM9A 2D0OA 5FPEA 5KQ8A 3ENOA 4IZ9A 2I7PA 3GG4A 4IO8A 3ULEA 1OKJA 2EWSA 3LL3A 4B1VA 3H3NO 4IJAA 2E2OA 3QB0A 4MO5A 3ZETB 5AQGA 1JCEA 3GE1A 3QBXA 4BC4A 2Q2RA 1QQOA 3VENA 4CZEA 4I6MB 2CGLA 4XEIA 3A5NC 3VGKA 3WEEA 5BR9A 3HM8A 1QQMA 1XQSC 1BA1A 1TYQA 4M63C 3H45C 2NLXA 3WQUA 5LJWA 5EVZA 4IXCA 5B8HA 2VCPA 3O4WA 4BRNA 3S41A 2Q97A 2OANA 4BVOA 3VF4A 2KHOA 3KHYA 1MWMA 4BRMA 2Q0RA 1ATNA 3WXKA 1K8KA 4JAXA 1ESVA 3VERA 1ATSA 3QDKA 3HI0A 2ASMA 4FWKA 1P8ZA 3J8AA 4A2BA 3FZKA 5AZJA 1WOQA 3O1BA 4CBUA 4BG8A 1E4FT 3VEWA 1GLCG 3H1QA 3H6EA 3QFPA 3ZX3A 4MO4A 3WXLA 2V7ZA 2QWQA 2V7YA 4PKGA 4FO0A 3LDNA 4FOEA 4CBXA 4B1WB 4A61A 3L4IA 2YHWA 5LJVA 2GEMA 3CJ1A 1BU6O 3RSEA 1QHAA 2P9KA 1QZ5A 1Y64A 2P9PA 2A40A 3C7NA 1QQNA 2D4WA 5ELZA 4CI6A 3W3DA 5EOYA 3O08A 4H0TB 5FPDA 1KAXA 4QS8A 1J6ZA 2FSNA 4EHUA 2Q31A 2ITMA 4CZIA 4WQ5A 4F9OA 5F1XA 3G25A 1WUAA 4H5RA 2ZF5O 4WYBA 1XUPO 4BR9A 4L3QA 1U6ZA 5AZIB 5AQOA 3BEXA 3F9MA 4FWRA 2ZWHA 3GOIA 3VEVA 5EX5A 2CGKA 3IUCA 3H3OB 1S22A 2P9LA 3EN9A 3CJ9A 5AFUH 4BRQA 2HF3A 4BC3A 4H5WA 3R8EA 3O6WA 1KAZA 4BRAA 2E8AA 3AY9A 1TUUA 2BTFA 2FF6A 3GBTA 1BWFO 5AQYA 4QS9A 2YHYA 3AARA 5TKYA 3EO3A 3VGMA 2E2QA 2NZTA 4JN4A 3C0BA 2BUPA 1SQKA 3D2FA 3BF3A 4B1YB 2CGJA 4WQ4A 3CIPA 3CJBA 3D2EA 3ATVA 1DKGD 2V52B 1NGJA 2WUSA 5AQKA 3LM2A 1ZXOA 3U9DA 1ATRA 1HJOA 4BQLA 2HMPA 4HWIA 2Q1NA 4QS7A 1GLFO 2ASPA 3FZFA 2E20A 2QWRA 1HKCA 4CZMA 4JNEA 4CZFA 4EAHD 4A2AA 1BG3A 4BRHA 5KPZA 3MMVA 4BR2A 4M7XA 5KQDA 3ZEUB 5AQFA 4CZGA 3TPQA 4O5FA 1E4GT 4EIAA 5JLHA 4B1ZA 3R6MA 5AQJA 3IFRA 4K43A 1MDUB 5AQUA 3VEOA 5BRFA 4CD1A 1SAZA 3M1FA 4CZKA 2YHXA 5BREA 5AR0A 1IJJA 3DAWA 2DPNA 1S3XA 1X3NA 1TYQB 4I6MA 4LC9B 3CQYA 5KPRA 3A5OC 2QWMA 5AQQA 1RFQA 3A5MC 5AQMA 2GWJA 1BUPA 3GDQA 1U2VB 4XH1A 1GLBG 4BR4A 1T6DA 3H1VX 2D0PA 5AQSA 3WUHA 1D4XA 2A42A 4Y0WA 2GWKA 4EHTA 3OHRA 1NGHA 4BQZA 5AQHA 1MWKA 5AQIA 4FSVA 2YI1A 3BP8A 3CHWA 4FWNA 1YAGA 1NGDA 2GELA 3JS6A 5AZJB 5F0XA 1V4SA 3EKUA 3A8YA 3U8XA 4Z94A 3DJCA 2QWNA 4BRDA 2Q0UA 1NBWA 2FF3B 4H5VA 2QWOA 4BR0A 4PKIA 2E2PA 2IVOA 5ADXA 2AP1A 3JXUA 3L0QA 4H0YB 3VESA 4HTLA 5AQTA 3VETA 3DXMB 1C0GA 4IJNA 2E1ZA 2YJEA 3UKUB 3TU5A 2I7NA 1SZ2A 4GNIA 1BDGA 2PAVA 4H0OA 1HUXA 2W40A 3VEXA 4BRIA 3SMSA 1NGAA 1NGFA 1GLJO 2P9NB 4BR7A 3HTVA 4CZHA 3FE1A 4BRLA 3O8MA 4ISEA 2AA4A 2HOEA 3HZ6A 5AQPA 1ZC6A 1YUWA 1QZ6A 4PL8A 1JCGA 2A5XA 4FPBA 4ISGA 4NB4A 5BRHA 4JHDB 5AQNA 3VOVA 3CJ7A 3FLCO 2ZGYA 3VEZA 5BPMA 3UKRB 4BGAA 4J8FA 2IVPA 2Q36A 2J4RA 4PL7A 3R9PA 2A3ZA 4K41A 5AZIA 3ZX0A 1EQYA 4MLEA 4O8KA 4BROA 4CD3A 3DXKB 5KPTA 1NWKA 3VPZA 2P9UB 1BOTO 3MN9A 3UB5A 2P9IB 5LY3A 4FWPA 3I8BA 4M7YA 4CBWA 3GL1A 2FXUA 1Z05A 4BR5A 5FPMA 2P9SB 3CETA 3IMXA 4JD2B 2A41A 3VF6A 3CJAA 5AQXA 3SJHA 1R59O 5BN9A 3L6QA 2FLOA 3ATUA 3A5LC 3AAQA 4FPAA 5EXWA 3WQTA 1IG8A 3UE5A 4BREA 2YCHA 2CH6A 3KZBA 3MK6A 2V51B 3ULEB 3U9ZA 4H03B 1HPMA 3ENHA 3ZX2A 2E2NA 2D1KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YHBA 2HNDA 4BVPA 3DOKA 3E1YA 1DEJA 4FLUA 4OKEA 4B1XB 1TKDA 4CEFA 3EE9A 4NYNA 1LOTB 2CH5A 3AVAA 2FSJA 4GMJB 2PBDA 1C1BA 4M42A 2IAJA 1W7AA 2W6KA 3DMJA 1D5AA 4MDAA 3CQXA 4ID1A 1T03A 5FRNA 3A0IX 3D7EO 1NK6A 3MCPA 4FWSA 4C8KA 4PY5A 1WAJA 4K42A 4CCHA 3VTIA 3MX2A 1A5WA 2YJFA 4FWMA 4FWQA 4JKFA 4AQYK 4C8NA 3SK3A 3VQ4A 3HT3A 3SJJA 1NGCA 1ZBHA 3E01A 3OJUA 2JGUA 3AVGA 1VQ5N 1DLOA 3LP1A 1X1PA 3QEPA 4IEIA 4WQ5C 3U4LA 3ZYYX 3BZKA 3S3NA 4NCAA 4U67L 4JI7K 4CJ7A 3HSCA 4PKHA 4BRKA 2P9KB 4CERA 4DR4K 2D0CA 3F2KA 4UY8O 1N36K 1RTHA 4M3TA 3TWHA 3AA2A 2H3GX 5I3UA 1EWRA 4BRPA 4K25A 4A57A 3PY8A 3K57A 4N76A 4FL9A 1X9JA 3ZT2A 1BI4B 4O5BA 5C42A 3PSFA 1RDWX 2F9WA 3VQ9A 2P9NA 1TUYA 5HBMA 4CHPA 5ADXH 2OA8A 4J2BA 4ID5A 4B3TK 3OYCA 3HSTB 3KLIA 3OS2A 1QVFM 4BDPA 2D5RA 3FZMA 4B9TA 1D8YA 3O1WA 3LZIA 4FM0A 3RMAA 1JXBA 4JV5K 3FR0A 3FZHA 3NH0A 3M8QA 3K2PA 1NGGA 2VGNA 3B6PA 1VQKN 4GVEA 4PQUA 3SBGA 2HHUA 4KHSA 1T6CA 3TABA 1YJNN 4NO7A 3V1QA 3ASMA 4ILJA 4DTNA 4OX9K 4FZZA 3P4IA 4KBOA 3J81O 1IBLK 4YOTA 3J7ZO 1ITGA 5JLFA 4DUYK 3DWLA 5EY4A 2P9IA 1S1WA 1HLUA 1ZBLA 1KC8O 4BE2A 3EL2A 3VQBA 1NM1A 4B9QA 3NMUA 1XWLA 4E1NA 3CMEN 4GY2B 1S9EA 2QXLA 3P38A 2IIRA 4Z4FA 4CZJA 2X74A 3KVGA 3LM9A 4I2QA 4JK9A 2XY7A 1GOAA 5KQ8A 1C6VA 4E7JA 1TKZA 5LMUK 3ENOA 4CECA 4IZ9A 4AHUA 1WSFA 3KIOA 3LL3A 4JKHA 1LAVA 1TL3A 1OVYA 3OY9A 2ZD1A 5H1SQ 1RT1A 4IJAA 1U45A 4TSXA 1JCEA 4HCCA 5T7BA 4XJXA 4B9NA 3SPYA 3QBXA 4F4KA 4FW1A 4MFBA 4FJXA 3WEEA 3D0PA 1FKOA 1QQMA 3K9JA 1TYQA 2Z1IA 3CF5L 5EVZA 4IXCA 3KK3A 1NJXA 1OH8A 2VCPA 4BRNA 4JI1K 5C2DA 4BRMA 1ATNA 4KH4A 3WXKA 2IS3A 1ATSA 1RDCA 1VHXA 3AA4A 3FFIA 1VRTA 1P8ZA 4EP5A 3O9RA 1UA0A 3CCQN 4AILC 4CBUA 4BG8A 3LAKA 1B9FA 1OH7A 3P5JA 1HYSA 2HNYA 5J2MA 3H1QA 3O3FA 3SYZA 4B08A 4WFBL 4PKGA 4FO0A 3VQCA 4CBXA 4CJKA 3CCSN 3O9SA 1HNXK 2YNIA 3SV4A 3NE6A 4CHZA 4DFPA 1BU6O 2VG5A 4GKJK 1Y64A 3HO1A 2P9PA 2BH1A 4JI3K 3C7NA 5C12A 3CFOA 1RBUA 1SKSA 4CF0A 1VSIA 2ZJQL 5EOYA 3DLRA 4WFAL 4RW4A 3BZCA 4LFCK 3SAGA 3MEGA 1C1AA 4R5PA 5J2QA 1NMNA 2Q31A 4DTOA 4B3SK 2ITMA 3CPWM 3NDKA 2ATQA 2OPSA 5F1XA 4CGHA 1WUAA 1RT3A 3NH2A 1OH6A 4B9VA 5SWMA 3F9MA 3THVA 1ASVA 1U49A 4KH5A 2ZWHA 4RG8A 1JJ2M 3VEVA 5EX5A 4NLBA 3SCXA 1YTUA 3VQ5A 3QESA 3EN9A 4BRQA 4OLBA 3OYMA 2R7YA 2PYLA 2GBZA 4DV1K 3O6WA 1EP4A 4K8XA 2O8BA 4BRAA 2E8AA 4KTWA 1KLNA 4AHTA 3AO2A 4JYAK 2E2QA 4DKWA 3HPGA 3QO9A 3ZCMA 4RW9A 1R0AA 1SQKA 3D2FA 1S9GA 4NLCA 4KV8A 3VTHA 3U3GA 3EY1A 2P5OA 2HHWA 1TK5A 2NRRA 4CHNA 3U9DA 1NGJA 1RTJA 3L2WA 1ZXOA 2ZJRL 4DR1K 1S1VA 4QS7A 4CIGA 1Q81O 1GLFO 2ASPA 1L3UA 2QWRA 1HYVA 4CJEA 2VG6A 1HKCA 3KLHA 4WE1A 4JNEA 3ZT0A 1LWEA 3VQPA 3TTCA 4M7XA 3ZEUB 5AQFA 3TPQA 1YHQN 4EIAA 5JLHA 5AQJA 3IFRA 4K43A 1MDUB 5AQUA 3VEOA 5BRFA 1SS6A 5GADP 3C6AA 1SAZA 3WXMB 4E3SA 4DV7K 2FBXA 5BREA 1IJJA 1TYQB 4DWIA 4LC9B 5HRRA 1JL1A 1RFQA 5AQMA 3CXCM 4IKFA 5LL6Z 1TKTA 4BR4A 3V9UA 3HP9A 1YF5L 3WUHA 3HK2A 1T7PA 4EHTA 3HJFA 1NGHA 5C10A 1MWKA 1YAGA 1NGDA 5GAEP 1TVRA 4M3ZA 3EKUA 4DTXA 1S5JA 4IOAL 1XHXA 1RBTA 5JVHL 2Q0UA 2KW4A 4FJHA 1LW2A 4MQ3A 4H5VA 4BR0A 4PKIA 2O8DB 1K9MO 3HYFA 5ADXA 3CFPA 3JXUA 3L0QA 1RTIA 1VK0A 4ZTJA 4KTZA 2E1ZA 3L3UA 4GNIA 4CEBA 2W40A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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