The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
251
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sequence length |
1119
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structure length |
1119
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Chain Sequence |
MEIKRFGRIREVIPLPPLTEIQVESYRRALQADVPPEKRENVGIQAAFRETFPIEEEDKGKGGLVLDFLEYRLGEPPFPQDECREKDLTYQAPLYARLQLIHKDTGLIKEDEVFLGHIPLMTEDGSFIINGADRVIVSQIHRSPGVYFTPDPARPGRYIASIIPLPKRGPWIDLEVEPNGVVSMKVNKRKFPLVLLLRVLGYDQETLARELGAYGELVQGLMDESVFAMRPEEALIRLFTLLRPGDPPKRDKAVAYVYGLIADPRRYDLGEAGRYKAEEKLGIRLSGRTLARFEDGEFKDEVFLPTLRYLFALTAGVPGHEVDDIDHLGNRRIRTVGELMTDQFRVGLARLARGVRERMLMGSEDSLTPAKLVNSRPLEAAIREFFSRSQLSQFKDETNPLSSLRHKRRISALGPGGLTRERAGFDVRDVHRTHYGRICPVETPEGANIGLITSLAAYARVDELGFIRTPYRRVVGGVVTDEVVYMTATEEDRYTIAQANTPLEGNRIAAERVVARRKGEPVIVSPEEVEFMDVSPKQVFSVNTNLIPFLEHDDANRALMGSNMQTQAVPLIRAQAPVVMTGLEERVVRDSLAALYAEEDGEVAKVDGNRIVVRYEDGRLVEYPLRRFYRSNQGTALDQRPRVVVGQRVRKGDLLADGPASENGFLALGQNVLVAIMPFDGYNFEDAIVISEELLKRDFYTSIHIERYEIEARDTKLGPERITRDIPHLSEAALRDLDEEGVVRIGAEVKPGDILVGRTSFKGESEPTPEERLLRSIFGEKARDVKDTSLRVPPGEGGIVVRTVRLRRGDPGVELKPGVREVVRVYVAQKRKLQVGDKLANRHGNKGVVAKILPVEDMPHLPDGTPVDVILNPLGVPSRMNLGQILETHLGLAGYFLGQRYISPIFDGAKEPEIKELLAQAFEVYFGKRKGEGFGVDKREVEVLRRAEKLGLVTPGKTPEEQLKELFLQGKVVLYDGRTGEPIEGPIVVGQMFIMKLYHMVEDKMHARSTGPYSLITQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAHTLQEMLTLKSDDIEGRNAAYEAIIKGEDVPEPSVPESFRVLVKELQALALDVQTLDEKDNPVDIFEGLASKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription,transferase
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| molecule keywords |
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha; CHAIN A, B, K, L
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| publication title |
The RNA polymerase "switch region" is a target for inhibitors.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
251
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| structure length |
1119
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| sequence length |
1119
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| chains with identical sequence |
M
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.6: DNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2008-07-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF00562 | RNA_pol_Rpb2_6 | RNA polymerase Rpb2, domain 6 |
| C | PF04560 | RNA_pol_Rpb2_7 | RNA polymerase Rpb2, domain 7 |
| C | PF04561 | RNA_pol_Rpb2_2 | RNA polymerase Rpb2, domain 2 |
| C | PF04563 | RNA_pol_Rpb2_1 | RNA polymerase beta subunit |
| C | PF04565 | RNA_pol_Rpb2_3 | RNA polymerase Rpb2, domain 3 |
| C | PF10385 | RNA_pol_Rpb2_45 | RNA polymerase beta subunit external 1 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 | Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 | DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 | Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 | RNA polymerase Rpb2, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VR5 A; 3QIA A; 2YYZ A; 3HOZ B; 2R93 B; 2JEA I; 1EWH A; 3IKJ A; 4A93 B; 5KND A; 3FPP A; 4A3J B; 4A3B B; 3L7Z C; 4KKS A; 5C4X B; 2R7Z B; 4H0L C; 3I72 A; 3VR4 A; 2O5I C; 3S1N B; 2B8F A; 3MFY A; 2R6G A; 2QF7 A; 4A3G B; 1CI3 M; 2NN6 H; 1YNN C; 3D31 A; 2EJF C; 1G29 1; 4BA2 I; 2NVY B; 2R92 B; 3SE0 A; 3M4Y A; 1OXX K; 2NVT B; 3GQB A; 1PMR A; 3PUX A; 2AUK A; 4C2M B; 4DNT B; 3PUY A; 1DXM A; 2VUM B; 3VR6 A; 5A35 A; 2Q8I B; 1Y8O B; 1I6V C; 2A6H D; 3GTL B; 3RZO B; 3CRL C; 3M3Y B; 5BN4 A; 3GTP B; 2A69 C; 1DCZ A; 2EDG A; 3PO2 B; 2DN8 A; 3A8K E; 1B9N A; 3PV0 A; 1I6H B; 3GTJ B; 3RZD B; 4DK1 A; 1Q1E A; 3T53 B; 1T5E A; 3AB9 A; 1TWF B; 3HKZ B; 3A8I E; 1TWA B; 2PPB C; 4A3I B; 1IW7 D; 3LWU A; 1OXV A; 2DNE A; 4HR7 B; 5JEA G; 2WB1 B; 2AWO A; 2E74 C; 4XIG S; 2E75 C; 3S1Q B; 3OPO A; 5K36 G; 3GD7 A; 4KBJ A; 1Q90 A; 1Q12 A; 3EQL C; 1GUT A; 4RCN A; 1Y8N B; 3S1R B; 1VDZ A; 5C0X G; 1HQM C; 5BN3 A; 1GUG A; 4BA1 I; 4LK1 C; 1Y1V B; 4G7Z C; 4BY1 B; 2BE5 C; 5C44 B; 3GTM B; 3QG1 A; 3QJY A; 1FR3 A; 3MXU A; 2D62 A; 2KA7 A; 2AUJ D; 2BA1 A; 3S15 B; 4XTC S; 1H9S A; 3I4N B; 1SFO B; 3VA7 A; 4BY7 B; 5KNB A; 1A6X A; 1OXS C; 5JEA H; 3RLF A; 2D2C C; 2A68 C; 1IYU A; 3SDZ A; 3S17 B; 2KCC A; 1LAC A; 3U9S A; 3CRK C; 3CQZ B; 5K36 H; 4L8J A; 5M5X B; 2JA6 B; 1ZYR C; 3A8J E; 2IT1 A; 5C0X H; 5M5Y B; 1VF5 C; 4IFD G; 5BN5 A; 5C3E B; 3HOX B; 3M4O B; 1HTP A; 3PUV A; 2A6E D; 4KKU A; 1H9S B; 1ONL A; 2D5D A; 4DNR B; 3VR3 A; 3D4R A; 1H9J A; 1TWC B; 2F1M A; 2ZT9 C; 2EJG C; 3S1M B; 2L5T A; 1H9M A; 5M3M B; 1FYC A; 4A3E B; 3HOY B; 4DK0 A; 3HGB A; 1V43 A; 2B63 B; 3S2H B; 3WOF A; 4LJZ C; 4C3I B; 2BA0 A; 3GTO B; 3WDN A; 3BDO A; 3GTG B; 3ND9 A; 4G7O C; 3H94 A; 1GUS A; 2A6H C; 1HCZ A; 2JXM B; 4BBS B; 3ND8 A; 3W3A A; 4IFD H; 1LAB A; 5KNC A; 1O7L A; 4I7Z C; 1YNJ C; 3M85 A; 2PNR C; 4A3K B; 1E2V A; 2JE6 I; 2E2I B; 1IW7 C; 1GJX A; 2V4D A; 3P20 A; 1Z7T A; 1GHJ A; 1I3Q B; 5M5W B; 3I4L A; 3DXJ C; 2O5J C; 3GTQ B; 3H0G B; 1R9T B; 3T56 B; 4H44 C; 1Q1B A; 5C4J B; 4JK1 C; 4TKO B; 1HPC A; 1TU2 B; 2LMC B; 1E2W A; 2JA8 B; 1H9K A; 3FKI B; 3T51 B; 3HOV B; 1QJO A; 4H13 C; 2E2J B; 2LY7 A; 3TBI B; 1CFM A; 1E2Z A; 1I50 B; 3HOW B; 4KKT A; 1OXU A; 2Y0S B; 4KN7 C; 3KLR A; 4QIW B; 2NN6 I; 2PCF B; 4Y7N B; 4KBM A; 4AYB B; 2NVX B; 1VCI A; 3LTI A; 3H3V C; 4C3J B; 1V8Q A; 4BBR B; 3S16 B; 2DNC A; 4JBW A; 3WOE A; 2K33 A; 1O78 A; 2E2H B; 2K32 A; 3I4M B; 4PV1 C; 1K8O A; 2EVB A; 1TKW B; 1Y69 U; 1CTM A; 1K8M A; 5M3F B; 2CW0 C; 2A69 D; 4KMU C; 4A3D B; 2WAQ B; 3IFT A; 2K7V A; 1GHK A; 4C3H B; 2JA7 B; 4TQU S; 3OOC A; 1Y8P B; 2EJM A; 2A6E C; 1GUO A; 1Y1W B; 3S14 B; 3I73 A; 3NE5 B; 3PO3 B; 4G7H C; 2B8G A; 3BG3 A; 4OO1 G; 1IYV A; 3N6R A; 1VF7 A; 3FMC A; 2E76 C; 4OGQ C; 3GTK B; 4KI0 A; 3LNN A; 4IQZ A; 4GZY C; 1OXT A; 2JEB I; 3PUW A; 4KN4 C; 2BE5 D; 3HOU B; 1H9R A; 3M7N A; 2PMZ B; 3A7A B; 1Z6H A; 4A3F B; 1TWH B; 3TZU A; 1K83 B; 1TWG B; 2YU9 B; 2NVQ B; 3VR2 A; 4A3M B; 2NN6 G; 1ZKO A; 3PUZ A; 1DD2 A; 2JA5 B; 1B9M A; 2BDO A; 3K7A B; 1GUN A; 2A68 D; 3A7L A; 1SMY C; 3OW7 A; 1BDO A; 4KHZ A; 3S2D B; 4OO1 H; 1WCM B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3PSI A; 1X54 A; 4X6A H; 2HT1 A; 2NTT A; 1KAA A; 3OHX C; 1ET6 A; 1LTS D; 2A8V A; 5M3F G; 5C4J H; 2EOT A; 4OX9 L; 3HZX A; 2JEA I; 2EYM A; 3IKJ A; 3P75 A; 3QWN A; 2ES2 A; 2BH8 A; 2MP1 A; 1PFB A; 1PRT B; 2AHO B; 2NZO A; 4UY8 C; 2FFK B; 3FKI H; 1EY6 A; 4EQP A; 3TRE A; 5KND A; 2Q8T A; 4JVZ A; 4A3J B; 2RQX A; 5ELF A; 2K4K A; 4K8I A; 4DUZ L; 1PRT D; 4WJ4 A; 3K0X A; 3MEF A; 4TSS A; 3K8A A; 2M2L A; 1O7I A; 2MO1 A; 4WRD A; 5D3D A; 3F1Z A; 1E1T A; 2F4V Q; 1LTT D; 5JEA J; 1UE5 A; 1S3O A; 3FEW X; 5BR8 Q; 2F0Q A; 3X3M A; 3HFZ B; 2NN6 H; 1YNN C; 3ERS X; 1KD1 C; 3D31 A; 5D3I B; 2F0D A; 2OXP A; 2XIW A; 3D8G A; 5ELC A; 2NVY B; 4CKE A; 5JJK A; 3F2U A; 3SHL A; 2Z6B A; 3CCV A; 1FD7 D; 5ISR A; 4JI7 L; 1JWM D; 1FNU A; 2PZU A; 1E7Z A; 4G4K A; 1VQG A; 2EPB A; 4DNT B; 1MBY A; 2VUM B; 3VR6 A; 2K1B A; 1PH3 A; 2B3G A; 3KLS A; 4HIK A; 2Q8I B; 3J80 i; 2PW5 A; 1RJT A; 4XT1 B; 1A3U A; 1SRU A; 1WOC A; 1D1I A; 2A69 C; 3GO5 A; 1OO9 B; 1PRT F; 3A54 A; 2DGY A; 3VYS A; 4DK1 A; 5IT9 E; 4IUQ A; 3T53 B; 1T5E A; 1HH2 P; 3NWT A; 5IT9 L; 1XPO A; 1BVS A; 4KTA A; 2Z0S A; 1QB5 D; 1PZJ D; 4FDB A; 1VQ5 A; 1V1P B; 5C3X A; 2B2Y C; 3K5N A; 5C5M A; 4O1N A; 2VUM H; 1AE3 A; 1PVO A; 1FNW A; 3LWU A; 1L1O B; 1OXV A; 3G6J B; 1SEB D; 2DNE A; 2HIX A; 4LUV A; 2PI2 A; 3MTS A; 2KEC A; 4X62 L; 4EQN A; 1ZEQ X; 4BY1 G; 3JAM L; 2B2T C; 4K5W A; 1NCV A; 1D5Z C; 2F0G A; 3EA6 A; 1K8G A; 2JYO A; 1KDA A; 2G5D A; 2SDF A; 4DXF A; 3SGI A; 1IBL L; 2CH4 W; 5IGE A; 1G2S A; 2CWP A; 5FLM G; 2ID0 A; 2BH2 A; 4J8Q A; 4UP9 A; 4GOP A; 2J7Z A; 2ZJP A; 1PH4 A; 5BN3 A; 2B2V A; 5KEE A; 2GVA A; 3I4N G; 4BA1 I; 4JI1 L; 4KD3 A; 1KHI A; 1VQK A; 4WOR A; 2BE5 C; 4IJL A; 1SJH D; 4J6H A; 2UXC Q; 2IX0 A; 4A3J G; 1SE3 A; 5C44 B; 1F2Z A; 1A2T A; 1OTC A; 1AEX A; 3GTM B; 3G7L A; 4XQN A; 4A3F H; 1BO0 A; 1XPR A; 2QGQ A; 3OW2 A; 4MTK A; 3E0E A; 4HID A; 1PH5 A; 1PV4 A; 3TP6 A; 1PFM A; 4KJO A; 4ZUI A; 3NHH A; 2CHB D; 4XTC S; 2NVQ H; 3KF6 B; 2EY2 A; 4HAE A; 2CKZ B; 1H9S A; 1SFO B; 1VQP A; 2CWA A; 3D6W A; 1HA6 A; 1U4L A; 1PXU A; 2ICI A; 1JC7 A; 1F2L A; 1D5X C; 1A6X A; 1I4Q A; 2UXB Q; 1EQR A; 4IOC A; 3RLF A; 2JA5 H; 3CCM A; 2K5W A; 1IYU A; 1NR4 A; 3Q24 A; 1IL8 A; 3S17 B; 1YIJ A; 4BWG B; 3U9S A; 3S2D H; 4XXE A; 3AU7 A; 3CRK C; 2A74 C; 2VQF Q; 5K36 H; 1BBU A; 3FPU B; 1GUW A; 4DUY Q; 1ZYR C; 1V1Q A; 4LFB Q; 1SBB B; 1A62 A; 2LKV A; 1N36 L; 3MFG A; 5BN5 A; 1U5K A; 3FDT A; 1VQO A; 1X3G A; 1HTP A; 5A2Q E; 5F2D A; 2F0L A; 2VL6 A; 2CFM A; 4KKU A; 3CC4 A; 2NWG A; 1YHA A; 4CDE C; 1IBM L; 4A3B H; 5FJ8 G; 2F0F A; 1MSG A; 1R4P B; 3S17 H; 2YTX A; 1II3 A; 1RKN A; 1VQ7 A; 4OXP A; 3H91 A; 2F0T A; 5K5P A; 1H95 A; 4X66 Q; 1CQF A; 1QUQ A; 5DM6 3; 3KJO A; 2N78 A; 1IBK L; 3PIP 3; 1FJG Q; 1MIU A; 3Q0A A; 3G6E A; 1EY4 A; 2KBN A; 5JPN C; 4DV7 Q; 2EY1 A; 4GNX B; 3PIP A; 4FNF A; 4DGZ A; 2K5Q A; 3T1Y L; 1TY2 A; 2I5H A; 3WOF A; 2NBF A; 5JJL A; 2N49 A; 4C3I B; 4XDX A; 4DPG A; 5DNF A; 3GTO B; 3IFD A; 4A3L H; 3M9B A; 2UXD Q; 1QVC A; 1VQ4 A; 5IYD G; 1B1Z A; 4DV0 L; 3H94 A; 1PLF A; 1STY A; 1G6P A; 4FO2 A; 1LUZ A; 3U4V A; 4WJ3 M; 3ND8 A; 4QJF A; 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1Q86 C; 4DR2 L; 3FHW A; 2KCN A; 1EQV A; 3TRZ A; 2ZXR A; 1EY0 A; 5CBA E; 4C3I G; 2CW0 C; 2Z1C A; 1UE6 A; 1I4P A; 2GN5 A; 4PNY A; 3CU7 A; 1EOT A; 3PO3 G; 1C48 A; 2KEN A; 3RMH A; 1DOM A; 2G9D A; 2JP1 A; 1UE1 A; 2OWO A; 2ALY B; 2PYK A; 2WIN B; 2FIN B; 5CR3 A; 1CA5 A; 1VQF A; 4R1J A; 5GAG C; 2JA7 B; 2NYZ D; 5LMU Q; 5JOB A; 2N3S A; 1O7Z A; 3K57 A; 1MD2 D; 1GUO A; 3SK8 A; 5EPL A; 5LMU L; 4LFC Q; 3VDY A; 2Q2T A; 1YEZ A; 3A0J A; 4IAL A; 4A3K G; 3NE5 B; 1PZK D; 3CW2 C; 4LUZ A; 1X32 A; 4Y52 H; 5EQ0 A; 2QW7 A; 1SR3 A; 2TMP A; 1TR5 A; 1DGS A; 2K14 A; 3DEP A; 4AYB E; 1HHV A; 4ZKC B; 2HHH Q; 3STB D; 4OWT B; 1RCV D; 5KIX A; 1LYL A; 4DAP A; 3NSW A; 4QUC A; 1WTV A; 4P2C B; 4JBK A; 1KAB A; 1VF7 A; 3GP7 A; 1N9W A; 2LS0 1; 4XT3 B; 4IQZ A; 1CKN A; 5KYL A; 2CQO A; 2ZXP A; 1GM5 A; 3L3O C; 1OXT A; 2VZA A; 3A56 A; 1NMF A; 4PMC A; 3UDX A; 5LMN Q; 1ENA A; 3M7N A; 3BZK A; 1R4Q B; 1B4O A; 4APV A; 2OQ0 A; 3AFP A; 4LF6 Q; 1PDQ A; 4CDF C; 2WAQ E; 3TZU A; 3I2Z A; 3VR2 A; 1PA6 A; 5ELO A; 2HDL A; 4YCV A; 2B2W A; 5FLX E; 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