3E12A

Cu2+ substituted aquifex aeolicus kdo8ps in complex with kdo8p
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
263
structure length
257
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQAKVIYDATHSVQLPGGGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
publication title Electronic structure of the metal center in the Cd(2+), Zn(2+), and Cu(2+) substituted forms of KDO8P synthase: implications for catalysis.
pubmed doi rcsb
source organism Aquifex aeolicus
total genus 90
structure length 257
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2008-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3e12A00
3AO0A 3TQKA 1GT8A 4NQ1A 3N19B 1OFBA 4O1DA 3M16A 3HQ1A 1QAPA 2VFDA 1XDMA 1NEYA 3UWUA 4PC8A 3W1AA 3IVUA 2FLIA 4JY9A 3LB0A 4EWND 2NUYA 1LBFA 3L9CA 3NO5A 2Q3OA 3B03A 3EXSA 5BRBA 4UTJA 5MHBA 1KM1A 4O1BA 3A24A 1EWDA 4HT3A 2A0NA 3DFTA 2ALDA 2VEPA 3IGXA 4AHPA 1VR6A 2V81A 3T40A 2QCDB 1TCDA 3DFNA 4FIRA 3LTYA 4RV8A 3B0UX 4JX6A 2Y62A 1FCUA 4GBUA 2B7QA 4TR9A 4IMFA 5HJLA 3CEPA 3IIVA 4FIQA 4AEOA 2ZRZA 4DF0A 5EY5A 4WY0B 3AJXA 2VFFA 1PE1A 3P5ZA 1DJNA 2AQWA 4NT0A 3BARA 3N14A 1FXQA 1LBMA 1OFPA 4S2BA 3OEXA 1QR7A 1KFEA 3W74A 2HS8A 2Y7GA 5L9FA 5G5IA 3M5VA 1VLWA 4DPQA 2ZZ7A 1AL7A 3DHFA 4KFPA 1X1OA 3W1QA 3SR7A 3W07A 1VHNA 4RR4A 3FYOA 3NL5A 1H7OA 1IXOA 1W5OA 1ZAHA 3NL6A 5D09A 2J9ZA 3O05A 4CLMA 2VEKA 3G0XA 1W5NA 2DJXA 4DO4A 3E12A 3MW7A 1JCJA 2Z6IA 3H54A 3LTSA 1KTBA 2ZZ2A 5LNSA 3IIZA 3CWNA 1MZHA 4FNSA 2CLOA 3BVJA 4AB4A 3S0CA 2NWRA 2AAMA 3UD6A 2ZA3A 3LOTA 4UNKA 1TSIA 2W6RA 3FIGA 2NXGA 2Z2UA 4GUJA 4UCGA 3JR2A 3EWZA 1U83A 3P8JA 3NQ2A 3W7PA 1I2OA 3WJWA 4LS1A 4OQVA 4XBKA 2HMCA 4XUGA 2WNZA 4JTTA 1B4KA 1KBIA 1S5VA 3IIXA 3Q2DA 1T96A 2WNNA 4BWLA 4QNWA 4M6VA 4DBDA 3I7SA 2V5BA 1DV7A 3VE9A 2YFNA 2BTMA 3RLUA 5FEZA 4OHQA 3LI1A 4JTLA 3W7GA 2QUVA 1QCWA 3HMJG 3PBUA 3CLMA 4NVTA 2NV2A 3QMSA 1JCXA 3GXTA 1XL9A 3M41A 4M5PA 4UTHA 2GOUA 3ZR4A 4DXVA 3L66A 4Y90A 4N2YA 2HTMA 1GTHA 3TQVA 1N7KA 5FI8A 4O0ZA 1WYIA 4CNNA 4LV4A 1OX4B 3W71A 1YXCA 5AB3A 3TXVA 3S5ZA 3M5YA 3FFSA 4LRTA 3H55A 3TW6A 3P84A 4NJHA 4LWWA 3W1LA 1RPXA 4ZQOA 3SSJA 4POCA 3ATYA 3DI1A 4TMBA 1I2RA 4O52A 4FHAA 3UY7A 1JCNA 2A6LA 1MEWA 1LCOA 1QFEA 1DQXA 2QUUA 3SGUA 2DZTA 3TSDA 1G4TA 3W7JA 4EOUA 3TUUA 4O14A 2QEZA 3PS7A 4QIUA 4WJEA 2QR6A 3OBKA 4OV4A 2QAFA 2ZA2A 4JR5A 5AOUA 4O1CA 1TPEA 3GYEA 3NL3A 4UFIA 1J5TA 1HO1A 5FF7A 4JTJA 4UC5A 3QQ0A 2WV8A 4E38A 2A5HA 4QSHA 4QM1A 1JVNA 4M7TA 4I7UA 5E93A 4X22A 1OHLA 4P2VA 1DQWA 4Z1BA 3C2EA 4LT9A 1OX5A 1TTJA 1TIMA 2ZTJA 4CCEA 3P60A 2YZRA 2NZLA 1DHPA 1KM2A 1O4UA 4PTNA 3BG9A 1XKYA 4R7JA 3I6RA 1F05A 3HO8A 1GOXA 3THAA 3CEUA 1PL9A 5FEXA 2FPYA 2J6XA 1B57A 3W83A 3L0KA 3O1NA 5DBTA 3QMRA 1KLZA 4UFMA 2DP3A 2X1UA 3UZ5A 3GDKA 1PCKA 1OFEA 1LROA 2EKCA 3FJ6A 4LNYA 3TAOA 2BLEA 4LC8A 2HS6A 1YADA 3HJZA 1XFBA 3C2FA 1UASA 3GZ3A 3W2KA 3LBCA 2OT0A 3KVJA 1SU5A 4ZQMA 5D04C 5D05A 2Y88A 1LYXA 5G4WA 2ISWA 2CLEA 1ZAJA 4HHPA 4MFEA 1YXDA 1KTCA 1SW3A 1IXNA 5LSMA 1PVNA 3HGJA 4JDBA 3KX6A 1R2SA 4PA8A 5GVJA 3N73A 4MY1A 3W1PA 2CLLA 2VENA 3W2LA 5LKYA 4Z0JA 1KM5A 3NM3A 3TU9A 3D0CA 1U5JA 4Y96A 1KFJA 2FQIA 1W3NA 3UQNA 3GB6A 3TSBA 4FX8A 4HNNA 3TQ0A 3KFTA 1Z44A 4JIPA 4O0KA 1N8FA 2NLIA 6ALDA 3N2MA 1JUKA 4LY8A 3NG3A 1HTIA 3TK7A 3L5LA 4RZ6A 3DFQA 4BR1A 1FX6A 4FO4A 3W7OA 4XQ6A 3O6CA 2GQ8A 1VYPX 4K36A 4O50A 3OVQA 4JTHA 3GKAA 1V5XA 3SI9A 3MMTA 3HPSA 2RDTA 1H51A 5CZSA 5G1TA 3NQAA 4JTEA 3TCEA 3KVMA 3DGRA 3MYOA 3RFAA 1UJPA 3OG3A 1FDJA 4LVGA 5J5DA 3GAKA 2R14A 3C3NA 4TU1A 2DZWA 4IMEA 4KFNA 1T8XA 5D37A 1GEQA 3CM4A 3GDMA 1OYCA 2VFEA 1VPXA 3NQFA 4I7VA 3I68A 5KINA 5F1UA 1F73A 2OZ0A 3C4UA 3HOJA 4HKPA 3P8IA 3G1FA 5LNWA 4ZMGA 1EPXA 1O95A 3O15A 2CLMA 4NXSA 1K7EA 2B7PA 2ZTKA 3B0VC 1ZAIA 2XN1A 1F6KA 3TV8A 3VI2A 1IXQA 5AC8A 3EKLA 1MO0A 3G1VA 3NPWA 1AW1A 4CCDA 3DZ1A 3W3OA 5TQLA 3W2UA 4Y8FA 1FWWA 1EB3A 4NU7A 4CQ8A 2JKEA 3U8GA 6TIMA 1A5AA 4NZJA 3O8AA 4MIMA 2V82A 4JX5A 5F2GA 3FEMA 4AHOA 4NX0A 3G22A 3RMJA 2PE4A 1KFKA 2KZHA 1IIGA 4A3UA 1J4EA 4HPJA 3MI2A 1L6SA 1KM4A 1H1YA 1WOAA 7TIMA 3W70A 2C19A 1QWGA 3LCFA 1AW5A 2I14A 5KZEA 4M6QA 4ML9A 1PS9A 4WXYA 3NQ8A 1E51A 1SW0A 3BLEA 1XI3A 1W3IA 2FB3A 1I8JA 3G24A 1Z42A 4N9BA 1PIIA 2ZRXA 1ZCOA 2Y63A 2CLFA 4EIVA 2C6QA 2A85A 4OWGA 3TA6A 4AH7A 1KFBA 3PR2A 4E2BA 3UPBA 1NF0A 3NPUA 5EYWA 1VRDA 3L2IA 1GVOA 1M7OA 4N9DA 2JGYA 2JK2A 4IQLA 4UTTC 4J9JA 3YPIA 3RK8A 3TX9A 5D2XA 4BF9A 4CQAA 1GVRA 1QPQA 3G1DA 5IBXA 4UTMA 3IIPA 4PFMA 4NJIA 2GVGA 4QAIA 1FDZA 2ZYFA 3C2VA 3EXTA 4DF1A 5FF2A 3BLIA 3B05A 3L0GA 3GAYA 1L6WA 4ZQPA 4Z1AA 2A1YA 3W72A 5CPOA 3W1MA 2QJGA 2G95A 1FWRA 1I2PA 1X1ZA 3M5ZA 1VC4A 3PG9A 2JKPA 5D2WA 2V0TA 1TPFA 1O5KA 2Q8ZA 3UWYA 2E5DA 5AYXA 1V7YA 4MPQA 4GE8A 1LOSA 3VKJA 2ZZ1A 4MZ8A 4LV9A 5I3IA 4DO5A 3G8RA 2E09A 5LHEA 4CNPA 4QISA 1TYGA 1FCVA 1SPQA 2NUXA 1QMLA 1WX0A 4OGZA 3STGA 4WD0A 4N9CA 4O10A 2WSYA 3W7LA 4ADTA 2V2CA 2A7RA 5LHFA 5D02A 4YLWA 3EX6A 3HF3A 1LDCA 1T99A 3IV3A 1FCBA 4MYAA 5KSWA 2B0MA 3GIYA 2P10A 4S2CA 3MP5A 5DXYA 3SY5A 1ML1A 1DBTA 3NQMA 1OFAA 2BXVA 4R53A 1VZWA 3E0IA 1XCFA 2ATMA 4IOTA 2YSWA 1XXXA 4L4MA 3USBA 4EF9A 4XTDA 4OU1A 1TPVA 3S6DA 1MSSA 1ME7A 3MHGA 1WOBA 2NX1A 5DY3A 1G4SA 4FX7A 1EEPA 2X1RA 1FBAA 4LRSA 2FPTA 3QFEA 5FEWA 1RZMA 1YTEA 3C52A 1P0KA 1XBZA 1W5MA 3EWWA 3RU6A 2J9YA 5F4WA 2UV8G 4AAJA 2RDWA 1SZFA 3HPZA 3ANYA 4UTWC 5FF3A 1ME9A 1I2NA 2BSLA 5CGQA 1K7XA 1YDOA 4IXXA 3M0ZA 3NNTA 4UTUA 4HNTA 2YW3A 1K8YA 5D03A 3R8RA 4H4IA 2E6AA 5K9DA 5KTLA 4MFDA 3LCHA 2ABAA 1KM0A 1BTMA 1H50A 5AFDA 4YCPA 1KBJA 1VCFA 3GR8A 3L5MA 2VFGA 2WSQA 2R91A 1Q6QA 5U4NA 5CPNA 3PUOA 1HO4A 1JJKA 2Y61A 1RQHA 1A5BA 1L2UA 3A5FA 5HQEA 3WJYA 2TYSA 1ALDA 3UNDA 4IMDA 3BPWA 4JTSA 1DVJA 1WDWA 4LVAA 2VFIA 3TJXA 4Y9AA 3F03K 3UXAA 5SWUA 1GPWA 1BKSA 4JGDA 5G2IA 4FXRA 4UUIA 3SW6A 2QCFA 4FXSA 3UY8A 1I4NA 3LHVA 1G67A 3T7VA 2CLIA 3TC6A 2GJNA 3GXNA 3P7YA 3NA8A 4BI7A 3LV5A 4AWUA 3PSWA 4FB7A 2Z0IA 1J2WA 2BX7A 1FXPA 4PODA 2FJKA 3LTPA 5EL1A 3DU0A 2VKZG 3MP3A 3RF9A 3LHYA 2CZFA 1MEHA 4GUFA 4PL1A 3UWQA 1TV8A 2A7NA 1JQVA 4O16A 3O07A 3P61A 3GDTA 1SZGA 3THQA 5AHNA 1HL2A 4JTFA 4UTKA 1H7WA 4Q33A 3STEA 1TQJA 1JULA 4FNRA 2E5CA 3W1RA 4O18A 1LRTA 3PB2A 5E0KA 3NVTA 4MUZA 2ZZ4A 4S1FA 1EP2A 4K7YA 2ISVA 3B0PA 1ICQA 4I9AA 5LNVA 1WAUA 1KTNA 1F2JA 5C54A 3W73A 5HWMA 2C1HA 2VEMA 3CIXA 3MBFA 5F1VA 1VGAA 4HPXA 3V75A 4MKNA 3T78A 1RQBA 2HSAA 3NAVA 3LX9A 5FF4A 2EAWA 5CZ0A 3MJYA 3PSVA 3MI3A 2EF9A 3P62A 1C8VA 3C6CA 4HSNA 3NGJA 3PAJA 3TC7A 3EKZA 1C29A 3STFA 2QCLA 3K30A 1G4PA 4QNEA 2DJLA 4UR8A 1TREA 1SO4A 2R94A 1DORA 4XKYA 1DOSA 2XFWA 3B06A 3MBDA 1XUUA 3GLCA 2A6NA 4RX0A 4U4MA 3NQGA 4DBEA 2C3ZA 3DFPA 3TMLA 4ZQRA 5D32A 1R47A 2YXGA 5HWJA 3QW3A 1AMKA 4LVFA 5D30A 2VELA 1G7UA 1R30A 1LOQA 3SFKA 3IVSA 3PF3A 3P80A 3WK2A 1RQEA 4JDYA 1LM1A 1OYAA 5K4XA 4LS0A 1TTIA 1ONRA 1MEIA 3WK0A 5DBUA 3W7RA 5AHFA 3F4NA 3OHIA 5EMUA 3NQEA 5I3KA 3NQVA 1F6PA 5ABTA 8TIMA 3LBMA 3QSRA 3M5XA 3A21A 1JCLA 1GQNA 1R2TA 2OMAA 1G7VA 4AMAA 2DZXA 2NX3A 3M7WA 3M1ZA 1H61A 3MYPA 3FKKA 3I7RA 1EUAA 2VC6A 2GVJA 4U28A 2GQAA 2ISSA 1GG0A 3C8FA 3QH2A 3WJXA 3KHJA 3BG5A 5LGXA 5H91A 2QDGA 3W6YA 3W7NA 3G1AA 4NX5A 2OX1A 3QYQA 1W37A 2I9EA 2WOQA 4JNMA 5I3GA 1XUZA 2AGKA 2ZRVA 1SZEA 2YGYA 3EEGA 1T0OA 3QRHA 4IJBA 3MWAA 3VE7A 4Z1CA 3N9RA 3W87A 3PWAA 2OJPA 1K3UA 3UWWA 1IF2A 4O4WA 3TFCA 3ABSA 3LCLA 1JQXA 4UIOA 2GVLA 3M44A 2FTPA 1SFLA 2ZA1A 1O5XA 3SZ8A 3W9ZA 1TRIA 1LP6A 2Y70A 3KVKA 3MHUA 4FX6M 2JGQA 3ABQA 5EA9A 4NXKA 1X7FA 3ATZA 1TRDA 5K9XA 5AYZA 1P0NA 3KXQA 4MY8A 4N6EA 3NQDA 4FEZA 4NJJA 2LLEA 4X3ZA 1LTDA 3M47A 2CLHA 1ICPA 4K38A 2DZPA 2VXNA 2TSYA 4PH6A 1G6CA 1M5WA 4C1LA 4WXZA 2F7FA 3BK0A 3PVFA 1GYLA 1SO3A 3E02A 1KV8A 4JTIA 2CZ5A 3S5NA 1LRQA 3ZWTA 2H8XA 5T26A 1H7PA 4P61A 2EGZA 4O1AA 3NDOA 3G3MA 2Y85A 2E77A 4UTTA 2D73A 2ZCGA 3QC3A 3GR7A 5AC6A 4IGHA 3R13A 1WV2A 1W0MA 3HIJA 4GNJA 1Q6RA 3LRKA 4JTUA 1F76A 5LNRA 2J9XA 3TSMA 4DQWA 4ZZ9A 1K7FA 2VEIA 3NEVA 3W7CA 3C2OA 3MO7A 4TX9A 3KRUA 1FUYA 1GVFA 1Z41A 4EVZA 3LLDA 5LGZA 1VYRA 1BWKA 3DFSA 5DLCA 1N55A 3M6YA 4UNLA 2BWGA 2C13A 4MJZA 3RNDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AO0 A;  3NDZ A;  1N82 A;  3N19 B;  2AGT A;  4R3U A;  3R0U A;  4BEQ A;  3WMB A;  3WH6 A;  1QAP A;  3ARY A;  1S2A A;  1KR1 A;  2YKK A;  3ZVI A;  5C9R A;  1PKL A;  1RLC L;  1GQI A;  2OTD A;  5DF0 A;  2NUY A;  4B9Z A;  2OZ3 A;  2KAU C;  3M0M A;  3UP8 A;  2GSE A;  4XAZ A;  1S2U A;  4G5D A;  3QFW A;  1EWD A;  4IT1 A;  3U4A A;  2OKO A;  1CGX A;  2VEP A;  3IGX A;  4QQU A;  1OGG A;  4F2T A;  4NIL A;  4F0S A;  1VR6 A;  4ZO6 A;  3T40 A;  1IYX A;  4L4O A;  1CGV A;  4JX6 A;  3SCR A;  1VIW A;  4GBU A;  5HJL A;  3CEP A;  3MUI A;  4FIQ A;  5CBB A;  4HMC A;  2ZRZ A;  2FDM A;  1XSI A;  2PDL A;  3P5Z A;  1LWJ A;  5CPQ A;  3AXX A;  3DEQ A;  1V02 E;  1AQH A;  1ISV A;  1CPU A;  3OEX A;  1A5U A;  2PGR A;  2EXO A;  2Y7G A;  1RA0 A;  3DHF A;  3W1Q A;  3IJD A;  4RR4 A;  3FYO A;  3NL5 A;  4P5U A;  3NL6 A;  3WDR A;  2Z00 A;  5D09 A;  3H2C A;  3E2Q A;  1Q66 A;  5AC5 A;  4JIE A;  3E12 A;  1TUF A;  1S39 A;  2ZVR A;  1JCJ A;  3V5O A;  3LTS A;  4JFS A;  2ZZ2 A;  1UZ1 A;  4U3A A;  1X8C A;  4JTQ A;  3E0W A;  3S0C A;  1QI0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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