3E96A

Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from bacillus clausii
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
PLAKALETISGIPITPFRKSDGSIDWHHYKETVDRIVDNGIDVIVPCGNTSEFYALSLEEAKEEVRRTVEYVHGRALVVAGIGYATSTAIELGNAAKAAGADAVMIHMPIHPYVTAGGVYAYFRDIIEALDFPSLVYFKDPEISDRVLVDLAPLQNLVGVKYAINDLPRFAKVVRSIPEEHQIAWICGTAEKWAPFFWHAGAKGFTSGLVNLLPQKAVEMLEALRNNDNDAVWRIWEDIVPFEDLRGKYNQGNNVVVIKEAMEMLRQNAGVTRAPVNELSNEDKQLVTELLSSWKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
publication title Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from bacillus clausii
rcsb
source organism Bacillus clausii ksm-k16
total genus 112
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2008-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3e96A00
3SJ3A 3L21A 3HG5A 4EWND 2ZZ5A 1LTDA 3H53A 5D04C 4N02A 3A23A 3GR7A 1KTCA 3M6YA 3RLUA 4LOCA 2J9ZA 3CTLA 4A2RA 4RZ5A 2YXGA 4JS3A 3OVRA 4N2YA 3LTPA 1GG0A 1FBAA 4FNRA 5AHLA 2NUWA 3O16A 3MO7A 3W83A 1QO2A 3MI6A 1ZJIA 2PRHA 1W56A 3HPXA 3BW3A 1KM6A 1G4PA 2ZFAA 4AMAA 3FJLA 5D05A 3EX1A 4XZ9A 2ZRUA 1QNVA 2IQTA 4JYFA 3H54A 3CHVA 2ZZ6A 5FEZA 4DF2A 4Y6GA 1VJIA 3T55A 3W7QA 4MZ1A 3MW7A 4JNMA 1TPFA 1W3IA 1V7YA 5DXXA 4EF9A 1H7RA 1KM4A 1OFAA 3LCHA 4XQ6A 1OFBA 5BW6A 3HG4A 1DJNA 1O94A 2QKFA 3GDTA 3LHYA 4AWSA 5EYWA 1HTIA 4CNOA 4RXGA 3LCLA 1W5QA 3N14A 1ZALA 1PS9A 3WK0A 1W3TA 1WOAA 3PY2A 2I14A 1DQWA 1HO4A 3W1XA 3LHUA 3NQAA 3IGUA 4UNKA 1SZNA 2Q8ZA 4ONVA 3OBKA 4LV9A 1E51A 3W1UA 4NVTA 4AHQA 1PCKA 4M19A 2DZVA 2ZYFA 4NNBA 4WOQA 3GDRA 2OJPA 1G7UA 1UUMA 1SR9A 2V9DA 3G0XA 4FEZA 1WYIA 4GUIA 1TREA 2HTMA 1Z41A 4JTGA 2QDGA 2R94A 3KVJA 3LXAA 3SR7A 1N8FA 1ZAJA 1TPWA 3L0NA 1G69A 4LVDA 3O6CA 4M7SA 1RZMA 4IMGA 3N34A 1TTIA 2OCZA 2GVJA 1LORA 1ZFJA 2Y70A 2YFNA 4PH6A 1H1YA 3PUDA 3FKKA 4ZQOA 5FF3A 1XKYA 3QSRA 4W9TA 3W7LA 2GQAA 3HJZA 4TMBA 2X2GA 3TSDA 3E0IA 2Z1BA 4TO8A 1ZAHA 2ATSA 3W23A 4O52A 3PG8A 3LTSA 3SZ8A 2XFWA 4FXSA 4N9CA 1O95A 2ZRYA 3MHGA 4PODA 1K8XA 1QPQA 5K9CA 1WDWA 1QWGA 3KVLA 4S1FA 1OFDA 3NQDA 3NPXA 2H3DA 4LS0A 2YFOA 3TE9A 1H7XA 4O1DA 4RV8A 3U8GA 3QZEA 1B57A 3T4CA 5CZJA 2FB2A 4O19A 1W54A 2J9XA 5CGQA 4GRSA 2VFDA 1KM5A 3F4NA 4PL2A 1JCJA 4ZMGA 3IRDA 3UWYA 1NFBA 3GKAA 2NX9A 4JTHA 3W2LA 5AYXA 2P10A 4HNUA 3RLVA 3EB2A 4K36A 2DJLA 1G7VA 3M7WA 2V0TA 3W7NA 4EVZA 4FX8A 5D2WA 3CT7A 1SO5A 2Z0IA 3EWXA 1ADOA 3MHUA 3C52A 2ISVA 4O10A 1GOXA 1N55A 1JRCA 1GJPA 1DOSA 4O53A 1KTNA 1LLWA 2VFHA 4KWVA 5D2TA 1SO4A 1T99A 1LM1A 1VGAA 3C8FA 5HMSA 3W7HA 3G0UA 3P82A 4NX0A 4TX9A 2WNQA 4XKYA 4A29A 1YXDA 4UTWC 3BLEA 4CNNA 2O7SA 3LCXA 5DCDA 1A53A 1XBYA 1KLYA 4GUJA 2CLEA 1TPVA 1H51A 4MYXA 4LUJA 1ZHAA 3S6DA 3MI3A 4DBDA 4RLIA 1KLZA 5D33A 3A9IA 4CQ8A 1T0OA 1FCBA 1HO1A 1OK4A 3UZ5A 4QSHA 4NXSA 3P60A 5K7JA 1L6WA 2QCMA 5HR6A 4JYDA 2WNZA 1LRTA 2V5LA 1EWEA 2YX0A 4NT0A 1YTEA 2EAWA 3W2UA 2A6NA 2JKPA 3UWVA 3THQA 4IMEA 4DF0A 3W1RA 2O7QA 3PB2A 5I3HA 2P0OA 5TQLA 1EPXA 4AF0A 1PE1A 4HSOA 2A5HA 1VLWA 3G22A 3NPVA 3PR2A 3SFKA 3TSMA 4QQ3A 4NNAA 1HFBA 3DFSA 3JRKA 1VQTA 4UFMA 3STEA 3LV6A 5EL1A 4LRSA 4X22A 5F2LA 1ZNNA 3K30A 3TQ0A 4JXCA 4UTKA 1K8YA 3W1LA 2A1YA 2Z6JA 1R2SA 4M6PA 1VPXA 2CLLA 1AL8A 3NQGA 4UTJA 3C2EA 4NU7A 3W76A 3S1UA 3I65A 1OYAA 4UIOA 2NXGA 5CPMA 5F1VA 3S0CA 1JQXA 4UNLA 4IOTA 3W7PA 3G1XA 3NDOA 1D3GA 3PC0A 1TPDA 4WQ6A 3TCEA 1JULA 3LTYA 1WXJA 3M43A 4ADUA 3TROA 3KVMA 1FDYA 2AGKA 4JTLA 1KFCA 3TQKA 5FEWA 3GAYA 5KTLA 5LSMA 4O16A 3W73A 1SW7A 1NEYA 1V5XA 5CPNA 4LC6A 1FWWA 2Y61A 2QAPA 3PBVA 2W6RA 1OX4B 3P5YA 2V2HA 4OBTA 4CCEA 2C0AA 3W7IA 1YXCA 1FWSA 4GC4A 3G1DA 3JS3A 1AK5A 3G18A 1DJQA 2WSQA 1TMHA 3GAKA 5IBXA 4M5PA 3NXFA 2ZA2A 1ZCOA 2QJGA 4JX6A 3W1PA 2RKXA 2Y62A 3STFA 1DKWA 4FIRA 4BI5A 2CFFA 4R34A 4MYAA 3L2IA 5K9DA 1A5BA 1FWRA 1GT8A 4XTDA 4PEKA 3FIGA 1B3OA 2WSRA 3PAJA 5G1TA 5HWNA 2QEZA 4Z1CA 1R47A 3G8EA 4BI7A 1C8VA 1XUZA 2WKJA 4OWGA 5E0KA 5KITA 2Q3OA 1EX5A 5D38A 4OV9A 3S1VA 3G1HA 1OVDA 1KM1A 5H91A 2DZWA 3QSTA 2G97A 3M1ZA 3CC1A 3VE7A 3MP5A 3LERA 5EPDA 1SFJA 4NXKA 1FXQA 3B0VC 4O11A 2VC6A 1NVMA 3W86A 1PHQA 4WXYA 2YW4A 3B4UA 1NF0A 3M41A 2QUTA 4FX6M 4Z1DA 3NG3A 5I3KA 3GZ3A 3LGEA 3IVTA 2VXNA 2ZZ2A 3WFAA 4L4MA 1Q6QA 1NAL1 1M7PA 4GUHA 4ZQMA 2Y6ZA 4D2JA 4IXXA 2B7QA 3L65A 3T44A 3LXBA 4RK8A 2EKCA 1KFKA 4FNPA 4IQLA 2NX3A 3SW6A 3STGA 2JKEA 4LVAA 1B4EA 3MBFA 4AHPA 3B05A 1J4EA 1O5KA 3DHFA 5AFDA 5FF7A 4RZ6A 5DXYA 5C55A 3CQ0A 4NZFA 4ORIA 4QNEA 4DO6A 5C54A 5FEXA 4JR5A 3IV3A 2RH9A 4JY9A 5AYYA 3GXNA 4JTIA 3LBMA 4UR7A 5BMWA 3VCRA 3ZWSA 3TSBA 1OF8A 1SFLA 4ZQPA 4PCFA 5AHEA 2WNNA 1PIIA 1RQHA 5F2GA 3M5YA 4MFEA 1EA0A 1GG1A 3D0CA 1EEPA 3P80A 3BLFA 4O15A 4QM1A 1KV5A 4YLWA 3CU2A 3LCWA 3AO0A 2W79A 3WK2A 1KBJA 1XM3A 1H7PA 5LGXA 1XBVA 3M9YA 3STCA 1ZY9A 3O05A 2YPIA 4MUZA 1F6PA 3GIYA 1DORA 4I9AA 4N4QA 1OYCA 3DXIA 1YTKA 1LRNA 1Q6RA 3IIOA 1P0NA 2B7NA 3NQEA 4FXRA 3NGJA 1HUVA 4O13A 2ZZ3A 3EX4A 5HNRA 2AAMA 1FX6A 1K7EA 3HMJG 1MSSA 3OVQA 3NQMA 2Y89A 3CEPA 2WSYA 1VR6A 4ZZ9A 1FY6A 2C19A 1XFBA 1GEQA 3RK8A 3NPUA 1JCNA 1S5WA 3P61A 1SQ7A 1THFD 2ABAA 2A21A 4JX5A 1TRIA 2NX1A 3BGJA 3DENA 2Y63A 2GJNA 3KHJA 5J5RA 1HG3A 1H7WA 5D03A 2NUXA 1XBXA 5FF0A 2EHHA 2RDUA 1F2JA 3QJAA 4XUGA 2P1FA 5G4EA 3ABQA 3F4WA 1TPUA 1EUNA 5L6UA 1MEWA 2E09A 4MOZA 4JTKA 4LT9A 5MHBA 3TXVA 1L6YA 3CIWA 4B5NA 4S2BA 2YGYA 3EKZA 5AOUA 2X16A 1WBJA 3GXPA 1LZOA 1PCWA 3KRSA 3L0GA 4MY1A 3PF3A 2QCDA 4RR4A 2CLIA 3PB0A 4DO5A 4LV4A 5KZDA 4EOUA 1BWLA 4JIPA 4HPXA 3UY8A 2E77A 5G5IA 5GVJA 5A5WA 5I3JA 4J9JA 2VFIA 4K7VA 1CX9A 2KZHA 3S9YA 3UD6A 3BW2A 4LWWA 2FLIA 4QJ1A 1UASA 3HGOA 1YYAA 1LBMA 2G5WA 5LKYA 3W7JA 3WJZA 1D3HA 1H62A 1ONRA 3L68A 2VOMA 3I68A 2GPTA 4ZL1A 4CQAA 1KW1A 2E5CA 4OQVA 3MBDA 1QMLA 3I6RA 3HOJA 3ATZA 5CG7A 3N2XA 4XWUA 1OFRA 3W2MA 1VCVA 2B0MA 4YCOA 3QC3A 3V1PA 3LBCA 2H6RA 3KRUA 2E1DA 1RR2A 5AC6A 2DZPA 2FJKA 2OT0A 1TV8A 3G3MA 3NL5A 1ZENA 4PFMA 4MY9A 5FEPA 1M6JA 4Z0JA 1TJPA 3W1QA 3EXRA 3NA8A 5U7SA 2VEKA 4UR8A 2R14A 3LCFA 4WX2A 1YTDA 3S5NA 1JUBA 3RU6A 1IXQA 3QM3A 2CLKA 3W75A 1ZAIA 4BR1A 3O07A 2X1SA 3YPIA 2NUYA 1DBTA 2XN2A 3UY7A 1KM2A 1RQBA 2DU2A 1ICQA 4X2RA 1YPFA 4LRTA 1AW2A 5DY2A 3UZJA 2ZTKA 3EX6A 5HJLA 3QEZA 2Z6IA 5BRBA 5EMUA 1JCXA 2DJXA 1GYNA 3OIXA 3BV4A 3TU9A 1ALDA 1LBFA 2A7PA 3T40A 3BPWA 4IX2A 1IIGA 1IXNA 1YDOA 4PTNA 5H2ZA 5I3GA 1EIXA 3UNDA 3Q2DA 1PVNA 3INPA 2R91A 3W85A 1VCFA 5D2XA 4BFAA 3EWWA 3P84A 3C0JA 3MWAA 4HIBA 5KZEA 1QOPA 3TK7A 2ISWA 4R53A 3TC7A 1XL9A 2VFEA 2Y7DA 1Q6OA 4O4WA 2CLMA 3MYPA 2QCNA 4QNWA 3TJXA 4UC5A 4DO4A 3EWZA 1UUOA 1KFEA 3HB9A 1PV8A 4Z1BA 4NZJA 1SZGA 2YDAA 2JGYA 2ZRVA 3FS2A 3LHWA 1QCWA 2E6AA 1JCYA 3LHZA 4MJMA 3VKJA 5AC8A 5CKSA 4BK9A 2ZTJA 2QCCA 1G4TA 1XI3A 2FFCA 3ABOA 2FDSA 5LHFA 3C56A 1VC4A 1GPWA 4FO4A 4PL1A 4GUFA 1SZFA 4E0CA 4AH7A 3DFQA 3NQ2A 3NPWA 3W1NA 3M47A 3EKLA 4KFOA 3G1YA 1VYSX 3A22A 3N2MA 3C2VA 3L67A 4UFIA 1SO3A 3O15A 2BSLA 3NL3A 5FF4A 1AG1O 1YXYA 5AYZA 3G1SA 3FKRA 1D9EA 3HPZA 1FCVA 4HPJA 1VYRA 1XCFA 3EWBX 1CW2A 1DL3A 3NEVA 5EBUA 1TB3A 2HMCA 2WOQA 1MXSA 1A5SA 4NQ1A 3LI1A 1OABA 1C29A 1XC4A 3NQVA 4MZ8A 3BK0A 5A8GA 1TCDA 3KXQA 2A7RA 4K6AA 3LOTA 1FCUA 3TMQA 4AEOA 1K7XA 4RZ4A 4GJ1A 3HQ1A 1OHLA 3UWUA 2C15A 5HUPA 4Q32A 6TIMA 1NSJA 4NX5A 3IIPA 5F4XA 4UTWA 1FWTA 2ZA3A 3CPRA 1S5TA 2BXVA 1VS1A 1P1XA 3DFPA 3W3OA 2OZ0A 2GVGA 4WXZA 2PE4A 3QF0A 5I3FA 1UB3A 3QMSA 1UJPA 5BMXA 3GXTA 4A21A 1I2QA 4H6KA 3C2FA 1GVSA 3USBA 1F5ZA 3EXSA 4JTEA 5EA9A 2QUUA 5E1QA 4H4IA 1IXOA 1TPC1 2CZEA 5K4ZA 2YYTA 2DZSA 1G6CA 1QPNA 4WOZA 3O8AA 4YWIA 4MZYA 4HKPA 4JTSA 1OFEA 3NR0A 4Y96A 3HG3A 4Q4KA 3S1XA 1QAPA 1UBSA 1AW1A 1XUUA 3W7GA 4AWTA 4FNTA 3DFOA 2VFGA 4K7YA 1TRDA 5T26A 1N7KA 2JGQA 5CZSA 2C1HA 3A21A 3W70A 5AHNA 4JYEA 3ZWTA 3ABRA 2HSAA 3LX9A 1Z44A 3S8HA 2ZRWA 4RJEA 3IIZA 4U28A 4JTUA 2GVLA 3DU0A 3B03A 3DI1A 3W88A 1GQNA 4WJEA 2QCFA 3M5ZA 1DVJA 1IIHA 3B0UX 1O60A 4DPQA 5LZLA 4XKYB 3E49A 3CIXA 4UTUA 1WA3A 1M7OA 3TXZA 3QMTA 1Q45A 1W3NA 3L5MA 4MFDA 3TMLA 3LLDA 3TA6A 2ZCGA 5DCBA 5ABTA 3LRKA 5D37A 4A3UA 1GYLA 3FFSA 1VZWA 3P62A 3G8RA 3GNNA 2R8WA 1WV2A 5F4SA 1IGSA 3L0KA 1B9BA 3S5YA 5FESA 4WZHA 3KFTA 5LHEA 3IVSA 1TJRA 1RVGA 3LLFA 1TV7A 4GNJA 1KV8A 5HWJA 5KINA 3SSJA 4JX4A 4AXKA 3P74A 1SU5A 3U2OA 5AHFA 1QDSA 3TC6A 3TH6A 3OHIA 5DELA 1W5OA 1BWKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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