The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
|
sequence length |
93
|
structure length |
93
|
Chain Sequence |
KIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| molecule keywords |
Caspase-3
|
| publication title |
Structural basis for executioner caspase recognition of P5 position in substrates.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
20
|
| structure length |
93
|
| sequence length |
93
|
| chains with identical sequence |
D
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2008-09-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HBZ B; 1F9E B; 3P4U B; 1RHR B; 2QL7 B; 2HBR B; 1IBC B; 2CDR B; 3EDR B; 4ZVR B; 1SC3 B; 3D6M B; 3P45 B; 3R7B B; 2H4Y B; 2C2O B; 2DKO B; 2H54 B; 1RWP B; 1NME B; 4DCJ B; 2QL9 B; 4JB8 B; 2C2M B; 1RWM B; 1RHM B; 1RWO B; 2HBY B; 3KJQ B; 2XYP B; 1RWV B; 4ZVP B; 3R5J B; 1I51 B; 3GJT B; 1RHJ B; 2H5I B; 3D6F B; 2CJX B; 3GJR B; 4LSZ B; 1SC4 B; 1SC1 B; 2QLF B; 2C1E B; 2CNL B; 2CNO B; 3GJQ B; 3D6H B; 1I3O B; 1PYO B; 3RJM B; 2C2K B; 2XYG B; 2CNN B; 2FQQ B; 3KJF B; 2H51 B; 2HBQ B; 2H5J B; 3IBF B; 1RHK B; 2QLB B; 5IC6 B; 1ICE B; 2H4W B; 1GFW B; 1RHU B; 3EDQ B; 2P2C B; 2XZD B; 2H65 B; 2C2Z B; 2Y1L B; 4ZVO B; 3R7N B; 3R6L B; 1PAU B; 3SIP B; 1RWN B; 4DCO B; 4ZVQ B; 3NS7 B; 2H48 B; 3R7S B; 2CJY B; 2QL5 B; 5K20 B; 1QDU B; 1RWX B; 4ZVU B; 3IBC B; 1QTN B; 2XYH B; 1BMQ B; 2Y0B B; 3GJS B; 5IC4 B; 1RWK B; 1RHQ B; 4ZVT B; 3KJN B; 2CNK B; 1RWW B; 3QNW B; 2QLJ B; 3R6G B; 4ZVS B; 4DCP B; 1RE1 B; 2XZT B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DLE B; 5CYJ A; 1OMS A; 2KYX A; 4NAS A; 1HNZ F; 2W7P A; 4O23 A; 1JLG A; 2UUC J; 4K4U A; 2KG0 A; 2E9R X; 2LQ5 A; 4TY8 B; 1TMM A; 4OYX A; 2FGC A; 1EAR A; 1UZD A; 2I2Y A; 2E5H A; 3UR3 C; 3QJJ A; 1ZA2 B; 3TOQ A; 2IYI A; 1X31 C; 3EE3 A; 3QJP A; 3PV8 A; 3TZY A; 5DGA A; 1DFD A; 4DSL A; 4Z7C A; 1E6Y B; 3CJ0 A; 1KS2 A; 1NK6 A; 4I0W A; 2Z4P A; 1SB6 A; 2FHJ A; 2OPS B; 3H4D A; 4WYW A; 5DGB A; 1IKX B; 2EFG A; 1YZ6 A; 1N6Q A; 1TEL A; 2ZKT A; 4DFP A; 1XNQ F; 3H5Y A; 2XMA A; 1AB8 A; 2GVD A; 2L48 A; 4F4Y A; 3QGH A; 2AJ4 A; 2PSZ A; 1ZM4 A; 3NCQ A; 2HWI A; 4L3K A; 1EHW A; 4DL3 A; 4RPF A; 5IV4 A; 2HFU A; 5F41 A; 3JSY A; 4EZ6 A; 3F44 A; 3V4I B; 2B6A A; 1T02 A; 3TA1 A; 1NHU A; 3SQO P; 4NZ0 A; 2YPZ A; 4FVC A; 3I9Z A; 3EZ5 A; 2J9E A; 2M2B A; 3DDN A; 2R8I A; 3MWB A; 3TUI C; 3BSC A; 1K73 T; 3C14 B; 4PYD A; 2IA6 A; 3OJU A; 1IR1 A; 1XMO F; 5CCL A; 1YG0 A; 1G7C B; 3KLE B; 4RJV A; 1U1M A; 4LQ3 A; 2WVD A; 1HQU B; 2RSQ A; 1WC0 A; 2E5G A; 4NLU A; 4ILR A; 4DQS A; 3CCJ S; 2W9A A; 1TVR A; 1D09 B; 3H7H B; 5KFM A; 1HBN A; 4DV7 J; 2D3Z A; 3MR7 A; 3UW1 A; 5C25 A; 1VQP S; 4L6V 3; 2E7X A; 5HN0 A; 3PW2 A; 2CJY B; 3D67 A; 3HM9 A; 4CIO A; 1QTM A; 3O44 A; 1N4L A; 4LBH A; 2HUR A; 1K1S A; 3QNW B; 4O4G B; 1KEK A; 2DNK A; 5KG7 A; 1I94 F; 4JI2 J; 2V67 A; 3NBP B; 4DS5 A; 4K5R A; 1YK9 A; 1HI0 P; 4MKB A; 1SL2 A; 2BQU A; 4EYI B; 5B0A A; 2AGO A; 1K8A T; 5IWA J; 3M2R A; 3NAH A; 3ADA C; 4ZPA A; 2NPF A; 1LWX A; 5AXL A; 3PDN A; 4ED7 A; 5KFR A; 1UJ4 A; 2DH8 A; 4KGZ B; 4DSJ A; 3QWP A; 1S6O A; 3TZZ A; 2WW8 A; 2HBQ B; 4WP3 A; 1X5S A; 4DUY F; 5KFN A; 3HSZ A; 2O66 A; 4QPX A; 4M1K A; 1EP4 B; 5JVH Q; 1JLA B; 3A8K A; 2RD5 C; 2O3D A; 3IR7 B; 3CT9 A; 2UU9 J; 4FXW A; 4B3T F; 4KKO A; 3HT3 A; 1DTT A; 1NB2 A; 4Q43 A; 4DN9 A; 1FVQ A; 2VG5 B; 1HNX J; 2F9J A; 2XY7 A; 4IDK B; 1VQN S; 2RQK A; 3PW0 A; 1VBX A; 4IG0 A; 2NSB A; 1F3F A; 3C46 A; 3I0R A; 2H54 B; 4NA2 A; 4DBQ A; 1FRX A; 4PUO A; 3OXG A; 3J7Z T; 4OYW A; 2R3V A; 1FWK A; 4WP9 A; 2YNF B; 4JI5 J; 1KON A; 4B3R F; 1ZAW A; 3RAQ A; 2E7V A; 1BQM A; 2XI2 A; 2XGQ A; 1S1U B; 4CO4 A; 1Y5N B; 1JLC B; 1HWL A; 1YJT A; 1D3W A; 4NYO A; 4GMK A; 2UUA F; 4HI1 A; 3OXF A; 2ZZM A; 1CBK A; 3AJD A; 2DNZ A; 5ETR A; 4NLW A; 4DR1 F; 3CED A; 4A8S A; 3NCP A; 2DO0 A; 5FLX Y; 2PN6 A; 1A9N B; 3CO0 P; 1DBD A; 4UW2 A; 4KB7 A; 4ZVQ B; 3HFK A; 3FBB A; 1SI9 A; 2A6O A; 2OGU A; 4PCQ A; 2RJZ A; 4G1I A; 1KNZ A; 3UVJ B; 3ITH B; 2VKZ G; 5ETT A; 2W24 A; 1ZM3 A; 2N3O A; 2V69 A; 5A0Y B; 4N47 A; 2OD4 A; 3HJF A; 1T03 B; 2WBM A; 2ZHO A; 3NY0 A; 3EVO A; 2FHO B; 2LEB A; 5BR8 J; 4QCL A; 3HP6 A; 1FJC A; 2KVQ E; 1SC6 A; 1S9E B; 3A13 A; 1U24 A; 1UZH A; 3Q89 A; 1K0T A; 2ASY A; 3BPD A; 1MWY A; 2M70 A; 1AYE A; 3BN7 A; 3IGN A; 2ZM6 J; 4N5S A; 1LOU A; 2YQ1 A; 3CXC R; 1TL1 B; 4MTP A; 1GAO A; 4YDD B; 3SXL A; 2I1R A; 2GVZ B; 2J7U A; 1GTE A; 4OYP A; 3VZH A; 3ZZU A; 1JQG A; 1QM9 A; 1VOM A; 3HKW A; 4DPO A; 4LRF A; 4Y6I A; 2QYG A; 3KHL A; 2OIH A; 1S49 A; 1SKW A; 3Q86 A; 3G87 A; 1WD6 A; 2XY5 A; 2V4J B; 2J8A A; 1L3T A; 5HBM A; 1RAI B; 4OZ0 A; 5K8P A; 1CG2 A; 3R3T A; 3CTR A; 3LPY A; 4FXV A; 3GR1 A; 3Q2S C; 4PAB A; 3FJ2 A; 3IG1 A; 4LR7 A; 3ZFV A; 4DF4 A; 3FFI A; 4ZJO A; 4DEZ A; 3JQJ A; 4FZV A; 3P4U B; 3T6B A; 4EBD A; 2DPJ A; 1FDB A; 4ELV A; 6AT1 B; 5HRO A; 3RW6 A; 4J9Q A; 1WOP A; 2HK2 A; 5C2G A; 3RRH A; 1OY9 A; 3GB0 A; 2M8D B; 3KHG A; 8ATC B; 1VMB A; 1N5T A; 2YWF A; 4C8N A; 2CPI A; 1AT1 B; 3S01 A; 1O5J A; 2MKK A; 3D1O A; 2VFT A; 4MAK A; 2HND A; 1VK3 A; 3CIM A; 2CPF A; 1NU4 A; 1GFW B; 4C8M A; 5DM7 Q; 3MM7 A; 1AZS A; 3LGN A; 3ZC4 A; 1YVF A; 2J8S A; 3BBF A; 2DYA A; 3O1L A; 1ZPV A; 3SCI E; 4DX5 A; 4W98 A; 1CC7 A; 1CQN A; 2LU2 A; 1N6Q B; 5LSR A; 3NGT A; 4P71 A; 3PYG A; 3J81 j; 4NLG A; 1X9S A; 1ZBT A; 3R2C J; 4TLQ A; 3MFH A; 2R2R A; 2GVD B; 3BBC A; 1NJZ A; 3KOA A; 2I0X A; 3HSG A; 5HLF B; 3GIL A; 4J9U E; 5FJ4 A; 3QWU A; 3TAP A; 4CLS A; 1SQF A; 2BKN A; 2XHC A; 1RWO B; 5LJ3 Y; 3QT5 A; 1Q82 T; 3OFE A; 4A8M P; 4HVZ A; 2B6A B; 2QSW A; 1U26 A; 5DQG A; 1YJ9 S; 1MN9 A; 1C1B A; 1HPZ A; 3NAI A; 1HWK A; 3VGU A; 3JTO A; 2JRS A; 1RB0 A; 3BJY A; 3N28 A; 1S6Q A; 4LF4 F; 4ALZ A; 2N3L A; 2Q3P A; 3IBF B; 4DV1 J; 2H4W B; 1NEE A; 2XS7 A; 4F4Z A; 1M5K C; 4WE1 A; 3PRB A; 4NI2 A; 5E5N A; 3D0G E; 2GHV C; 5HAN A; 2HEK A; 4C11 A; 4CO5 A; 2BOP A; 2XC9 A; 4WII A; 1BQN A; 3I4H X; 1TVR B; 1RWK B; 1QLN A; 4F26 A; 1VQ4 S; 1IWA A; 1NPP A; 3CVK A; 5C25 B; 4RW8 A; 1N32 F; 1KVI A; 1G4C A; 3AT1 B; 2YKA A; 3DLG A; 2BAN A; 4JI7 F; 2K1R B; 4DR5 F; 3KK1 A; 2UZA A; 2I38 A; 1OYD A; 3BH6 B; 4DR6 F; 4DPT A; 2JLE A; 2DHH A; 1PGZ A; 3MR6 A; 5DJB A; 4NZ6 A; 2BJ1 A; 4DI6 A; 3GTY X; 4ANC A; 2EPI A; 2HBY B; 4C6A A; 1UVI A; 4C4W A; 4QIG A; 3GFX A; 4DZD A; 4PG7 A; 1KLN A; 2IHR 1; 2HFS A; 1HNW J; 1RT3 A; 3M2R B; 1T9Y A; 2K8G A; 5HJX A; 2ZVS A; 4A46 A; 3GIK A; 4K0K F; 3VAK A; 5DRK A; 4QR0 A; 2AEF A; 3QAT A; 1S1W A; 1U8W A; 2D7S A; 1UJ5 A; 3PW7 A; 1CJK B; 2F5G A; 1K0V A; 3K8V A; 1RDR A; 4QWB A; 5HSP A; 4C3K A; 2XYH B; 4CQ1 A; 3U1N A; 3FMB A; 2K3I A; 2RAQ A; 5E3P A; 4ZVG A; 2QLJ B; 2MYF A; 3BGU A; 5KFO A; 3KDN A; 5L1K A; 4FF3 A; 4LRD A; 3WBZ A; 4B3S J; 1IBC B; 4RW4 A; 1U02 A; 2MDA A; 4KKO B; 2IBK A; 3PR5 B; 4YN3 B; 2VBX A; 1MWQ A; 2XSJ B; 2PO4 A; 3HVT A; 3GIJ A; 4WPA A; 3NEK A; 5DQI A; 2HFV A; 3GV7 B; 3ENQ A; 3L4B C; 4ZCM A; 3KK2 A; 3BF4 A; 3SEO A; 4IG0 B; 2MLY A; 5B0F A; 3W7B A; 3I0R B; 2EEY A; 3OW2 R; 1TV6 B; 4ILM A; 4KPY A; 3CCU S; 4PUO B; 1NHK L; 3D68 A; 3TW0 A; 3F73 A; 4N56 A; 3W8G A; 4RUA A; 4DL0 C; 4ZMM A; 2QMW A; 3PFE A; 4G65 A; 2X1F A; 2Y1L B; 2V4R A; 1X4B A; 2IMO A; 3C6T A; 1FRK A; 2FJB B; 2CQB A; 4DV7 F; 1RIS A; 2VFR A; 3AJ2 A; 3H42 A; 4NRT A; 2ILY A; 5HAT A; 2WVE A; 1XR5 A; 4IH5 A; 2HNZ A; 3G82 A; 3IRX A; 2CPD A; 5KFS A; 1SKU B; 4YY3 J; 4X62 J; 1NK0 A; 4HT7 A; 4EFA C; 3F0N A; 4C8Z A; 4JI2 F; 1BXN A; 1GH8 A; 1S4E A; 5M2U A; 2SXL A; 1SKR A; 4JB8 B; 4DL6 A; 4X4N A; 2UXD J; 4FYW B; 2RUS A; 5DDR C; 5IWA F; 1U1O A; 3BGO P; 1NBE B; 2GQC A; 3QT8 A; 2BJE A; 2DO4 A; 3VAH A; 2GML A; 3MMA A; 4ZIW A; 3CJK B; 1RHK B; 5A8K A; 1S10 A; 3LAK A; 4OMF G; 4CLP A; 3SV3 A; 1KHW A; 1JJ2 R; 5K14 A; 1WHY A; 2ZOM A; 4TQS A; 3M1V A; 4KBI A; 2R9L A; 5HBM B; 4CLT A; 1VC0 A; 4URS A; 3FGV A; 1UVN A; 1FKA F; 2VQE J; 4J9M A; 3KYL A; 4EK2 A; 1SXL A; 1UKU A; 5IXU A; 2CG4 A; 1N5S A; 1HKA A; 4CLF A; 2IVM A; 4DU7 A; 3PIP Q; 3D28 A; 1YRT A; 1ZS6 A; 1RAF B; 1MN7 A; 1IBL J; 4RU9 A; 2CQ0 A; 4DMZ A; 1VQ9 S; 2OEL A; 5J2M A; 4RU2 A; 2ZUA A; 4M95 A; 2W2P P; 1WF2 A; 2E5I A; 4PPZ A; 1X7V A; 5CZX A; 4LRB A; 2X3G A; 1HR0 J; 1X5P A; 4A47 A; 1FX4 A; 5HRO B; 3I82 A; 4JI5 F; 3OR2 B; 3M8S A; 4QYZ K; 3CD6 S; 3BO2 A; 3P6Y C; 1KBR A; 2JNJ A; 5L46 A; 1V3S A; 4J5O A; 1YKW A; 5HQ8 A; 3MEG A; 3R5G A; 2MB0 B; 2R7V A; 2FZK B; 2ADB A; 4Q2L A; 2YQ0 A; 3OFG A; 2UUB J; 1YRX A; 5JUM A; 4HAC A; 4CZC A; 2YWE A; 2OEJ A; 2VIH A; 2M9K A; 3N9U C; 3MM7 B; 1AZS B; 5CXT A; 2OHD A; 2D3O R; 2EKY A; 3B54 A; 4ZVT B; 4AND A; 4M5H A; 1P1T A; 1XBW A; 2CG8 A; 2VFS A; 2JSX A; 2D69 A; 3LAL A; 1IBM J; 1VQK S; 1C2P A; 1FD8 A; 2QL7 B; 5CHC B; 4QOT A; 3AQP A; 3MPU B; 5CA5 A; 3P8B B; 4RUH A; 1FNO A; 2GHW A; 4OI4 A; 1VQ5 S; 2KFY A; 4MK8 A; 4DCJ B; 5J2P A; 1KQG B; 2ZM6 F; 5E2Q A; 3US5 A; 1MSW D; 5A2Q Y; 3PO5 A; 2YWG A; 2ZH1 A; 1X0P A; 4Z2X A; 4ED8 A; 4OX9 J; 1ZTW A; 3T1Y J; 4WXW A; 4Y0F A; 4N76 A; 2IC3 A; 4F36 A; 3I4P A; 5KT5 A; 1BWV A; 1TKX A; 4ZIV A; 1C1B B; 3WZ0 A; 4DJB A; 2RB7 A; 1UFL A; 4A48 A; 4RZR A; 3QPI A; 5A6W A; 3DRR A; 4LMZ A; 1Y5I B; 4AYB D; 3G2X A; 1S6Q B; 1OSD A; 1NJW A; 2Z0G A; 3MD3 A; 1U2R A; 1V3Z A; 1KQF B; 3E2E A; 4K59 A; 3G6V A; 2CZ4 A; 3JQM A; 4WE1 B; 4G1P A; 3UN2 A; 1TMJ A; 4C11 B; 1FD2 A; 1VDH A; 4UOH A; 2FHJ D; 1GX6 A; 2XI3 A; 1A7G E; 1BQN B; 2HW3 A; 1BWE A; 3QBC A; 4DQQ A; 4F3M A; 3EDR B; 1AFI A; 4RW8 B; 1NM2 A; 1KQK A; 3NGD A; 1NZA A; 2BAN B; 1ACM B; 4OZJ A; 1DLO A; 3BGR A; 5HMZ A; 2EC0 A; 1B4S A; 4LBI A; 3P3D A; 4C3L A; 3KK1 B; 4K4Z A; 3H5U A; 3TWZ A; 2XMT A; 1G3O A; 4KHR A; 2XMK A; 3M2U B; 5EDW A; 1Z2Z A; 5D0G A; 3OUY A; 2AX0 A; 1RT7 A; 3TYT A; 2ZJQ Q; 2PMW A; 2RDD A; 5FII A; 2F4V J; 5DLG A; 3BS9 A; 4ZDN A; 1GXU A; 2XNR A; 1PC5 A; 2EFO A; 3FVY A; 1RT3 B; 2QMX A; 1PYT A; 3ILJ A; 2WHO A; 4RW9 A; 1PJ6 A; 4X4U A; 1FKP A; 2CXE A; 2WTF A; 4MIA A; 3N6N A; 4IYQ A; 1AFJ A; 1X5O A; 1FRM A; 1T05 A; 2B4P A; 4P52 A; 1RBA A; 3DXB A; 5K8M A; 3JS9 A; 1D9D A; 3BH7 B; 3MM9 A; 4RKU C; 3VGS A; 2R7X A; 2XBP A; 4DF8 A; 2HBR B; 3ILO A; 2FHK A; 9ATC B; 5AXN A; 2H4Y B; 2OTJ S; 1XTZ A; 3BEG B; 5D4L A; 5L38 A; 1UVK A; 5HMY A; 3ZZ0 A; 4RW4 B; 4HDG A; 4OFZ A; 3HVT B; 1H98 A; 4USI A; 3TZX A; 4ID5 B; 2UVR A; 3KHH A; 4NPO A; 1R7I A; 2ACM A; 3RB0 A; 3LWL A; 3AY0 A; 3T5H A; 1XER A; 2DCU B; 4J91 A; 3I31 A; 1U2F A; 1H3D A; 2CZV C; 3WDO A; 4OHX A; 2VQF J; 3P96 A; 3QLH A; 2YKN A; 3E51 A; 3SIP B; 4ERD A; 1UTA A; 2ZH4 A; 3MEK A; 3J81 U; 2RVJ A; 3DMJ A; 2HZC A; 1XK8 A; 4OLP A; 5E41 A; 4NLT A; 1S6P B; 2MZT A; 1DQ8 A; 2OLW A; 2V63 A; 1MRO A; 2HHT A; 3SZ2 A; 3FCW A; 3NWR A; 1R8P A; 5HMX A; 2C3O A; 3BYR A; 2YWW A; 4Z7Y A; 3TUZ C; 3HF5 A; 2HNZ B; 3G82 B; 3W64 A; 4LF8 J; 4MKV A; 2FYX A; 2WCX A; 3RG6 A; 2C2D A; 1RAG B; 1D0E A; 2RQC A; 1HQE B; 4L72 B; 4PXB A; 2YXL A; 4C9D A; 2DNP A; 1FVS A; 3KG1 A; 1RYR A; 4J9L A; 2E44 A; 4Q0B A; 3IP0 A; 4CNZ A; 2IBO A; 2KZZ A; 1GEH A; 1Z1Z A; 2CZ9 A; 3JAM U; 4WKR A; 1HIY A; 3D3C J; 4P72 A; 2PDA A; 2JHE A; 1WTB A; 1MW7 A; 5HVH A; 3RB4 A; 2MHE A; 1UET A; 3MMA B; 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