3EE8A

Structure of ns1 effector domain
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
122
structure length
122
Chain Sequence
TPASRYITDMTIEELSRDWFMLMPKQKVEGPLCIRIDQAIMDKNIMLKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSFPGHTIEDVKNAIGVLIGGLEWNDNTVRVSKTLQRFAWGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords Non-structural protein 1
publication title Structure of NS1A effector domain from the influenza A/Udorn/72 virus.
pubmed doi rcsb
source organism Influenza a virus (a/udorn/307/1972(h3n2))
total genus 33
structure length 122
sequence length 122
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-09-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ee8A00
3EE8A 3D6RA 3M5RA 3OA9A 3EE9A 4OPAA 3O9TA 3O9SA 3L4QA 3O9QA 2RHKA 2GX9A 3P38A 4OPHA 2KKZA 3P31A 3RVCA 3P39A 3KWIA 3KWGA 3O9UA 3O9RA 3F5TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q0UA 5CE3A 3LDSA 1VRTA 3NMUA 4FK2A 3C6HA 2IVNA 4FLUA 3VTIA 3QFPA 3QBWA 4B9UA 4JI4K 5M1FA 3M8QA 1QTMA 3VA0A 3TTCA 4BR2A 2BGGA 1Q81O 3DOLA 1I94K 3QLHA 4LD0A 4FSVA 4B9NA 4ZHRA 3V9WA 4DR7K 1IKYA 4B9LA 4LF8K 1UWBA 3DAWA 3VQPA 3QMLA 1XI1A 4OX9K 3AGKA 3L4IA 2NUBA 4DLEA 4A61A 1BWFO 4JHDA 1NBWA 3W0LA 4BVOA 4B3TK 1VQ6N 3CIPA 4DV3K 3QICA 4FWOA 1RTJA 4DV2K 3D0PA 3TAQA 4PKIA 2O4GA 4RW6A 3HP9A 2GWJA 3EEQA 4B1VA 1DTQA 3V9UA 3TAPA 4YDUA 4FK0A 4AHRA 4HUFA 1EWQA 3SK3A 1TVRA 1H1VA 1W7AA 3MK6A 1J5EK 3MAQA 5C0YA 3AVNA 3JXUA 3ZCMA 4JLHA 4YOVA 3H45C 1WB9A 2FLOA 4CERA 1Q82O 5CYMA 3UKUA 3DLHA 1HNWK 3HTVA 3ENHA 3AVHA 3CJ9A 4KTQA 3CQXA 4W5QA 3EYZA 1E3MA 3P5JA 2PAVA 4H0OA 1NJXA 1VSHA 2KQ2A 3UB5A 1BO5O 4O8UA 4KHNA 3CD6N 1EETA 1RCHA 1U49A 3I33A 4DSEA 1S1UA 4X64K 3VQ7A 3HK2A 2O8BB 3U6FA 4GKKK 2ZGYA 3OYGA 4IG3A 1IG8A 1MU2A 2QKKA 3KTQA 4FM2A 1ZBLA 2JLEA 1LWCA 3R9PA 4HUGA 1TKXA 2QWPA 4CJKA 3LP0A 2E5LK 2RHKA 1T8EA 4FWRA 1VQNN 3WNHA 2P5GA 2NRTA 4FO0A 3ZX0A 3MECA 1BG3A 5HRRA 1Q86O 1CLQA 2UXCK 4KH6A 3L2WA 1XMOK 4DR6K 3AO3A 4FJHA 4U7BA 2P9PB 5KQ8A 4DR2K 1VQ4N 2QK9A 1NK5A 4Y0WA 3DLEA 1JLEA 3IKMA 1BQNA 3G71N 3DLKA 3WNFA 4CIEA 4NXNK 4B9TA 4FJGA 4KHWA 3MN5A 3VETA 4DV0K 5HLFA 4E1NA 3KHYA 3C6UA 2EHGA 3OS1A 3OYLA 3BZCA 4DR5K 3HPGA 4BRMA 4FK4A 3MX2A 2HHHK 3VF2A 2D4WA 3M8RA 2E20A 3KJVA 1BQMA 2HOEA 2GELA 5AFUA 2PYLA 1X9JA 3AVBA 1NGCA 4B3RK 1NK0A 2IVPA 3MEGA 4KHSA 3V1RA 3K58A 3NGZA 1NKEA 3DRRA 2DFEA 1GLAG 4IBNA 3QIPA 5BRHA 3EY1A 1IJJA 2V52B 3KLIA 3K5NA 1UA0A 2NZTA 3ZT3A 4DMNA 3C7NB 1K6YA 5AQIA 2QKBA 2GUIA 4IO8A 4KH4A 1U04A 3QEIA 3NBPA 1ZXOA 3D2FB 2BTFA 2F9TA 3SI6A 1HNZK 4LF7K 4HHTA 2VQFK 3O6WA 4KHYA 2KHOA 3F73A 4CJVA 2O8CB 3B8AX 1LAVA 1C0TA 2QA4N 1QHAA 2HBKA 3SUNA 4K42A 4DQRA 4CJ7A 3HZ6A 4DTJA 3E1YA 1EX4A 3QEPA 3RSEA 3SPZA 1ZBSA 1C0FA 1TK5A 4WQ5A 5F1XA 2BH1A 2VG5A 1RNHA 5AFUH 3CC4N 4JRPA 3FZKA 4BRQA 3O3FA 1GLDG 1LV5A 3M1FA 4M3YA 2PBDA 3DRPA 2Y1IA 2YNIA 3KIOA 1KCFA 4BRAA 2KZZA 4CECA 1N32K 4KI6A 3ZX2A 1NKCA 4BR9A 3KLGA 3O80A 2VWKA 1U45A 1NMDA 3RMDA 3HJFA 3OS0A 1BIZA 1NKBA 1HLUA 3FFIA 1UAXA 1GLLO 3MCPA 3E9OA 3DMJA 1FK9A 3FZMA 2J4RA 1QQCA 4I6MA 3DI6A 1NK8A 2HMIA 4H0YB 1JLAA 3SUQA 3G10A 5KPTA 5J1EA 3ATVA 3SV3A 1ATSA 4H0TB 1N6QA 4CD1A 1JLFA 1T6CA 4OVLA 3S3OA 3SLCA 3THWB 3MEEA 4DQQA 2VG6A 3OJSA 3FZHA 5C25A 5EU7A 4O44A 4DG1A 4M63C 3KK2A 1O1WA 2O8BA 4XH1A 1FW6A 3AA4A 1NOZA 4B1YB 3A5NC 4M3RA 2WUSA 4GV3A 1Y64A 3CM6A 3IUCA 3IAYA 1RTIA 1TAQA 3K2PA 1TUYA 4CJWA 3KK1A 4O5BA 2NRZA 1SZ2A 1TYQB 3MXIA 2E6LA 4KO0A 4BWJA 3JSMA 4BR0A 3SQ1A 2P9PA 5CR4A 3SNNA 2NLXA 5ADXA 3ZSXA 1SQKA 4BC5A 4CK1A 5JLFA 1KVBA 2A5XA 3RMCA 4CJFA 3DM2A 1D4XA 3NH1A 1S3XA 4XIUA 1RDBA 1RBUA 1TKTA 2HMPA 3A5OC 1BOTO 3AAPA 5EX5A 1QE1A 1S6PA 1X9SA 3NCIA 4CE9A 2OZSA 1QZ5A 5CY4A 3BZKA 1C0GA 3M8PA 3FZFA 4RCHA 2UUBK 4BE0A 3KLEA 4WYBA 1VSMA 3CMEN 3CJ7A 3RVCA 4EFHA 4BVPA 4C8OA 5AQYA 4GW6A 4CW7B 1NGHA 4ISFA 4NLCA 2YNGA 1YT3A 3A0IX 4ELUA 2YHWA 1ILYA 2G8KA 1SKSA 1KVCA 5JS1A 4QS9A 3VQ8A 3SUPA 4B9MA 1IV0A 2A6AA 5M1QA 4FWNA 4L3QA 2RPIA 4Z4CA 5TKYA 2IOCA 5ADXH 1RT2A 2CGLA 3DJCA 1L5UA 3W3DA 3C7NA 1GOBA 4BQLA 1NGJA 3VQBA 2ZQBA 1SL2A 2ZWHA 1FKOA 4NCAA 1JCFA 3F9MA 3ZT4A 5BRFA 3D2FA 2NRXA 1HJRA 4CHOA 4PY5A 2YV0X 4NO7A 1DEJA 4X65K 2O8FB 1WSEA 3THXB 3WEEB 4HCCA 1BHLA 3P38A 4DTXA 3DLLL 4IDKA 2EWSA 3LWMA 4JI2K 3SAGA 1NLVA 4M3TA 3VF4A 4JKGA 5KGXA 4YOXA 4DQSA 3I0SA 1OKJA 5I42A 1NJZA 2HHVA 1MWMA 3OYMA 3SBTA 4FW1A 1RBRA 2XRIA 3LPUA 2UUCK 3UIQA 4Z4FA 3LZJA 1Z6RA 3VEXA 4CF1A 4PQUA 2ITGA 3VEZA 2P1JA 3P1GA 3CCJN 4MO5A 3GG4A 3VQQA 4W5OA 4BDYA 1RDAA 1IG9A 4HUEA 3EZWA 2KFNA 4JI5K 5IWAK 1SAZA 2I7PA 1LAWA 1WSJA 1IBLK 2XY8A 4DV1K 4Z4GA 4YORA 3V4IA 4F4KA 5EVZA 2HBJA 3RRHA 3MN9A 1HQUA 1NWKA 4AHUA 1OH8A 5C15A 1QQOA 1NG9A 4C8KA 4E7LA 5M1NA 2YCHA 4CJLA 2OPRA 1W97L 4MLHA 4IZ9A 2ZJRL 4GY2B 3VQCA 1YIJN 2ZF5O 3AA5X 2P5OA 4CZJA 4WCEL 3ZSWA 2LSNA 4CIGA 2P9KA 2DFHA 4DV7K 2ZD1A 4O8KA 4TSXA 3TAMA 1U2VA 1TV6A 1OVYA 3ASMA 4FJ9A 4LFCK 1JLQA 1L3SA 3QERA 1ZBUA 3VN5A 4FWLA 4CZHA 4KPYA 2AP1A 4IWVA 4G1QA 3FE1A 3GL1A 3QO9A 1BI4A 1ITGA 3OW2M 3QDKA 2KZMA 3JS6A 5GAGP 1WSFA 5JS2A 4QAGA 3ZSQA 4DWIA 4F3TA 3DWLA 5ELZA 3T1HK 1QZ6A 3L3UA 3I8BA 3TAGA 4NXMK 1QS4A 4GVEA 1CZ9A 2NNWA 2W40A 3U9ZA 2OZMA 1WNSA 4CEOA 4N56A 1ASWA 2HHUA 2CH5A 4RG8A 1NGGA 3GE1A 1X3NA 4JKCA 5J2QA 1VQPN 3OYFA 3SBGA 4KRFA 1Z26A 4BE1A 4OO1J 4KH5A 1P8ZA 5AQTA 2WFBA 1EP4A 1REVA 3EKUA 4BC4A 5LY3A 4I9LA 4B9VA 4GV6A 4CK2A 1U47A 1JCEA 3P4IA 4B3SK 4FJ5A 4DR1K 1A5XA 4QS7A 5M1OA 5AQFA 4KBOA 3SQ4A 4DHYA 4BRKA 1BGXT 3AGRA 4RW4A 3LM9A 2QWOA 3VESA 3PSFA 4YOWA 2X6SA 2G8VA 1T05A 4LFBK 4W5NA 4CZMA 1EWRA 3KLHA 3IRXA 4B1ZA 3H3NO 4FLYA 1QQNA 4B9QA 2D0CA 2EX3A 4FJKA 3O3HA 3TU5A 2UUAK 3IG1A 2O8FA 1WBDA 2PFUA 3THXA 3WEEA 3O4WA 1D8YA 4W5TA 4RW7A 3NVKA 5DK5A 4JEPA 1CZAN 5GINA 4CZKA 3WXLA 3U3GA 2OA8A 4H5NA 1GOAA 2DPNA 2Z1HA 2HNDA 2W6LA 3MN6A 1ASVA 4E89A 4JRQA 3KZBA 4CFAA 3QNNA 3SCXA 1KFSA 4DSLA 4Y1CA 3EZ5A 2ZJQL 4K8ZA 3DXMA 2YKMA 5J2MA 4IFEA 4BY9C 1CZBA 3K5OA 1JLBA 3NH2A 1GOCA 3PX0A 2OYQA 3TTFA 4UY8O 4KHUA 3QEXA 1I3AA 3BY5A 4CCHA 4JV5K 5HL7L 3SUOA 2Y1JA 2XY7A 3BF1A 3J80O 2KLAA 4OKJA 1HX1A 1SUQA 1HR0K 4CGHA 3TPQA 4DU3A 4H5WA 3OYDA 3ZETA 4WE1A 2OPPA 3RSEB 4A59A 4CGIA 3P83D 1T7PA 1HKGA 3R3LA 1YJNN 5E26A 5E84A 4ELTA 4IFYA 1TGOA 4K8XA 2F8TA 1QSLA 4B1UB 4Q5VA 3VEWA 3OYIA 3AVKA 4CJ4A 4DTMA 2FF6A 3ATUA 4DCHA 2QI2A 4BGBA 4CZGA 4R5PA 3TSPA 2P9LA 3Q7BA 2VWBA 1K8AO 4ID1A 3CFRA 3I8DA 4M3ZA 4FL9A 1J53A 4FJJA 2FSJA 2DFFA 3CFPA 2WOMA 4DTOA 3DLBA 4GVMA 4DFJA 3QBXA 2GBZA 4BRIA 3VENA 5F0XA 1RDDA 5EY4A 4CZEA 4BG8A 4I6MB 1BISA 3T1YK 4ILHA 4WFBL 4C23A 4IJAA 3CERA 5J2NA 4H4MA 1IBKK 1RFQA 4FLXA 3DOKA 1JL2A 4Z0UA 5FPMA 3NF7A 1ZYQA 3H1QA 1YUWA 4IG0A 3V1QA 4CEBA 1VQ7N 3HBTA 4MDBA 5AQLA 4RWTA 3HP6A 4OKKA 4IO9L 2HNZA 3PO5A 2OANA 4K41A 5LMUK 2E2NA 4X62K 4DSIA 3JYTA 1J6ZA 4YNQA 4CGGA 4GKJK 3E9LA 3S41A 4YFUA 3O9QA 2YHAA 5HBMA 3PO4A 3N4PA 3LDNA 4H03B 4I2QA 4YHHK 2BUPA 2I7NA 4WFAL 2A42A 3RR7A 1TAUA 1WBBA 3OYJA 3HT3A 4CF9A 4J2AA 2CH6A 2G8WA 3LP2A 5KGWA 4Z4EA 3G6EN 5E41A 2E8AA 4PHTX 2FBTA 3OVNA 3C6TA 4JI7K 1JKHA 3PIPL 1LCUA 3NF9A 2FF3B 3HRGA 3O9TA 4DF4A 4BC3A 4FOIA 5I9EB 3ITHA 4JD2B 4A2BA 5KRSA 1BCOA 5AQPA 3HM9A 1B92A 2Q36A 3CJAA 3AO2A 4B08A 4OJRA 1VSJA 4FLVA 4PUOA 4YY3K 4NCBA 3EO3A 4AH9A 5KTQA 3TTDA 1TK8A 3O4QA 3K57A 4CGJA 4BR7A 4HWIA 4GMJB 1WUAA 4UQGA 2ZM6K 4ISGA 4DFPA 3EE9A 4KV8A 1KAYA 3L0QA 4WQ4A 1N8RO 1YVUA 4BRHA 3O4NA 1YHQN 4J2BA 3AO4A 3SYZA 1VHXA 3VQEA 1N36K 1HYVA 3VGLA 2HBMA 3CCLN 4EHTA 2O8DB 3QINA 3HO1A 3K59A 4DQ8A 4M3UA 4I2PA 2E4LA 5GAHP 4E7IA 4OKEA 5JLHA 1NMNA 1N5YA 2NRWA 1DT9A 4MLEA 1ZBHA 4LF6K 3OBYA 4OPHA 4FM1A 3LP1A 4U67L 2Q0RA 3LALA 4B8CA 2KTQA 4I7FA 1JLGA 5AQRA 1X9MA 1OVQA 3HL8A 3E66A 5CYQA 5JMVA 4E1MA 1WOQA 2D0AA 1J5OA 3NE6A 1OH5A 2PYJA 1IKWA 4BR5A 3SV4A 4JKGB 3CHWA 1BL3A 3UKRA 3MEDA 5BR8K 2HNYA 2O8EB 5JICA 4XH4A 1KQSM 2PY5A 4BDZA 2YHYA 3J81O 4Z4HA 2D5RA 3DLRA 3WXIA 4CHNA 1NK9A 1TL3A 3GBTA 3MXJA 3QEVA 3RR8A 4AHCA 1SL1A 1XQSC 4H4OA 4CZIA 4A5AA 4GNIA 4WF9L 3V9ZA 2ETJA 3DLGA 2OPSA 5TKWA 5MLCQ 2RKIA 3C65A 4CJ5A 4H5RA 4F8RA 4ZTJA 1HUXA 3KWGA 3VMFB 2W6KA 1T6DA 1KRPA 3NHGA 4LH4A 4DF8A 1K8KB 1X3MA 2FXUA 4FCYA 3WUHA 1X9WA 3AARA 2P51A 1IBMK 1EKEA 4B3OA 2QM1A 4JK9A 2E2OA 3BF3A 1RTDA 2P9KB 2PZSA 1RDWX 2HBLA 4LC9B 2ZGZA 1U2VB 2ASMA 2GEMA 3WQUA 2VWJA 3OYKA 1S1WA 2HHWA 1SKRA 1KTQA 2JWKA 1LWEA 2X78A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EE8 A;  3D6R A;  3M5R A;  3OA9 A;  3EE9 A;  4OPA A;  3O9T A;  3O9S A;  3L4Q A;  3O9Q A;  2RHK A;  2GX9 A;  3P38 A;  4OPH A;  2KKZ A;  3P31 A;  3RVC A;  3P39 A;  3KWI A;  3KWG A;  3O9U A;  3O9R A;  3F5T A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Q0U A;  5CE3 A;  3LDS A;  1VRT A;  3NMU A;  4FK2 A;  3C6H A;  2IVN A;  4FLU A;  3VTI A;  3QFP A;  3QBW A;  4B9U A;  4JI4 K;  5M1F A;  3M8Q A;  1QTM A;  3VA0 A;  3TTC A;  4BR2 A;  2BGG A;  1Q81 O;  3DOL A;  1I94 K;  3QLH A;  4LD0 A;  4FSV A;  4B9N A;  4ZHR A;  3V9W A;  4DR7 K;  1IKY A;  4B9L A;  4LF8 K;  1UWB A;  3DAW A;  3VQP A;  3QML A;  1XI1 A;  4OX9 K;  3AGK A;  3L4I A;  2NUB A;  4DLE A;  4A61 A;  1BWF O;  4JHD A;  1NBW A;  3W0L A;  4BVO A;  4B3T K;  1VQ6 N;  3CIP A;  4DV3 K;  3QIC A;  4FWO A;  1RTJ A;  4DV2 K;  3D0P A;  3TAQ A;  4PKI A;  2O4G A;  4RW6 A;  3HP9 A;  2GWJ A;  3EEQ A;  4B1V A;  1DTQ A;  3V9U A;  3TAP A;  4YDU A;  4FK0 A;  4AHR A;  4HUF A;  1EWQ A;  3SK3 A;  1TVR A;  1H1V A;  1W7A A;  3MK6 A;  1J5E K;  3MAQ A;  5C0Y A;  3AVN A;  3JXU A;  3ZCM A;  4JLH A;  4YOV A;  3H45 C;  1WB9 A;  2FLO A;  4CER A;  1Q82 O;  5CYM A;  3UKU A;  3DLH A;  1HNW K;  3HTV A;  3ENH A;  3AVH A;  3CJ9 A;  4KTQ A;  3CQX A;  4W5Q A;  3EYZ A;  1E3M A;  3P5J A;  2PAV A;  4H0O A;  1NJX A;  1VSH A;  2KQ2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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