3ENBA

Crystal structure of prp8 core domain iv
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
LFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Rna binding protein
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
publication title Structural elucidation of a PRP8 core domain from the heart of the spliceosome.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 62
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-09-25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3enbA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3enbA01
3SBGA 4JKGA 3SBTA 3E66A 4JKAA 4ILGB 4JK9A 3ENBA 3E9LA 4JKBA 4ILJA 3E9OA 4ILHA 4JKGB 4JKCA 3E9PA 4JKDA 4JKFA 4JKEA 4JKHA 4JK7A 4JK8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E4LA 3V9ZA 3LZIA 3K5NA 1IBMK 3MWPA 1C1AA 3CJAA 1KRPA 3ZSZA 4YDUC 4JYAK 4CZGA 3CG7A 3ULEB 2O8BB 4CEOA 4YOYA 1VSKA 1VQ9N 4BRLA 1JKHA 1GG3A 1FK9A 5EOYA 2D2QA 3THXB 3H45C 1ZBIA 5HRRA 4H5WA 3DJCA 2F7TA 4ISGA 2NRTA 3LDQA 3L8BA 4FLWA 2G8VA 4CFBA 3GE1A 3JSMA 3EL2A 2RE2A 3V1OA 1IV0A 4N47A 4AILC 4JKBA 4DFJA 4JV5K 3VA3A 4BWMA 3WNHA 4H0YB 3PZDA 3B6OA 2O8DB 2WUSA 4H8KA 3QB0A 3DLHA 4CK2A 2ZPYA 2W6KA 4KRFA 3OA9A 4WFNL 3ZX0A 4FM2A 2ASOA 3TU5A 3GDQA 5HRNA 2KFZA 2EWSA 3OTOK 2HW3A 5H1SQ 4A57A 2ZJPL 3ENBA 3ZT1A 4DSIA 1NWKA 2IC3A 4ISFA 1MK9B 1LWFA 1OH8A 5CY4A 4M3WA 2O4IA 4MLEA 4Q5VA 2VG6A 2VG5A 3K0SA 2HNDA 4E0DA 4CJSA 2O8CB 3SMSA 1D8YA 4BR9A 3CMEN 3U8XA 2XY8A 5HP1A 2UUBK 1WOQA 4N41A 1HNZK 4JK9A 2HBKA 2KZZA 2NRRA 3VERA 1O13A 2WFBA 1E4FT 4W5QA 2XHBA 4BR7A 2HHXA 2DPNA 3L2VA 3FZKA 1YTUA 4CZJA 4HUFA 4JI8K 2Q97A 1BOTO 4OLAA 4U67L 3EZWA 5LY3A 3ZT2A 1N6QA 3ITHA 1VQKN 3NVKA 5AQVA 4FPAA 4JAXA 3VPZA 4C1NK 1EX4A 4JRPA 3VMFB 5KPRA 1FJGK 5JVLA 3WUHA 4Z4EA 4KHYA 3IFRA 1NTIA 1JLQA 2ITMA 4JLHA 2IDOA 3O4QA 4E1JA 1S9GA 4B9LA 1NKEA 3DRSA 4M7XA 2NLXA 1RTIA 4JK7A 3TSUA 3SUNA 1BI4A 4YOXA 4BDZA 1X9MA 1C0UA 4CF9A 3D2EB 1S1UA 5AQSA 4B3MK 3CJ7A 3O4WA 3NGIA 1JL1A 3KLIA 2CQUA 4KB1A 3O8MA 1TAQA 3SNNA 2O8FB 4CCHA 2E8AA 2VCPA 1W0HA 3ENHA 4XIUA 3OS2A 3SJHA 4FLVA 3H1QA 3CETA 1NJIO 2O8BA 4FWPA 1T44A 3I8DA 2ABDA 5GAEP 4ZRJA 4BRIA 1LW2A 3THXA 3DLKA 5JS1A 3CJ9A 1TL1A 4KHPK 5KPZA 3VA0A 1ATNA 1SKSA 5LMUK 1HB6A 2YHAA 3C6UA 1G99A 3D2FB 2RHKA 4M3ZA 3C7NB 4RW9A 3MECA 5FLXO 1ASWA 3GL1A 4CBXA 4LF8K 3H46O 2D4WA 1LV5A 2EMTA 4DUZK 1HYZA 2O8DA 1GOBA 2X6NA 4CEAA 5AJ3K 3PY8A 1LAVA 2RKIA 1CZBA 5JVGL 3RTVA 1W2BM 2O4GA 4FJNA 1BIZA 4JI7K 5M1NA 1RTHA 4N76A 1WBBA 5J1EA 4CHZA 1L3VA 1NJXA 4GW6A 3L2UA 4CJQA 1RDWX 3L2RA 1HUXA 5GINA 4G9ZA 3QFPA 4FCYA 3M8RA 3LDLA 4KHUA 3QEVA 2HMPA 4DB3A 1IKXA 3UB5A 3L0QA 1ST7A 1QZ5A 2YKNA 2VYPA 4O5FA 4MQ3A 4OPAA 3AGRA 2O8CA 2AL6A 5BPMA 4WFBL 5I3UA 1YTAA 4Z4FA 1TVRA 4DV1K 4O0IA 3FLCO 3VQPA 4H0PA 2UXDK 1HMVA 4YNQA 2WC9A 4B1VA 1OVYA 2YNHA 5ELZA 2KLAA 3CHWA 5LJWA 5KGWA 3LM9A 1S6PA 4JN4A 1S6QA 1MK7B 3LZJA 2UXBK 3F9MA 4JI2K 4M3UA 3ULDA 1DIKA 4E1NA 3ID6A 3V4IA 4PHTX 4F3TA 3NF7A 1ESVA 5SWMA 4K8XA 4NLBA 3OYJA 3BINA 4CJLA 3E66A 2PZSA 3QBWA 4RW4A 4A61A 4DV4K 4Z94A 2CH6A 3PIOL 1OKJA 3CCEN 1YHQN 3AVCA 4DSLA 1JCFA 4I2PA 5E26A 1DTTA 4FLUA 1QQMA 4JEPA 3CC7N 3K2PA 2UUCK 2O8FA 1S5JA 4DV6K 1YT3A 4KREA 3T3FA 3ZYYX 3MXIA 3T1YK 4AHSA 3U9ZA 4CGIA 4K25A 3K5LA 4FWSA 2E88A 1L3SA 1NMNA 1NK0A 2A6AA 4FSVA 1W7AA 1D5AA 4EHTA 4BE2A 1X9JA 1TAUA 5AQJA 3I8BA 1G15A 2ASMA 4AHRA 2YJEA 1P90A 4LF5K 4E7JA 4O5BA 4B9MA 4FJ8A 3MX5A 1TL3A 3DXKB 4BR0A 5AZJA 4DLEA 3SBGA 4YOUA 4DTXA 3D2FA 1U49A 1IJJA 3C7NA 3I33A 5FDLA 1GC7A 3AO1A 4DF8A 5HLFA 1RDAA 2E20A 1Y19B 4QCLA 1J5OA 2OTJN 4CHNA 4FWMA 1Q9YA 2O8EB 4BRPA 3VQQA 2NRHA 2CGKA 4IWVA 1S1TA 2FSJA 3I0SA 1J53A 2CGLA 4CGGA 3HSTB 4FJJA 2BE2A 5TKWA 5KTQA 3S3OA 4LF6K 3O3GA 3ENOA 5HL7L 2A1SA 4GNIA 3SQ4A 3HOTA 4HTUA 3L2QA 1BCOA 2AA4A 4OGEA 1WSGA 2IOCA 1XWLA 3U6FA 3DMJA 1QVFM 1VK0A 4CJUA 3VQDA 4YHHK 5J2NA 1Z26A 4DSFA 2Q0RA 1LOTB 3DOLA 3H6EA 2HBJA 1JXBA 2ZWHA 3AY9A 4MDAA 2I7NA 3SQ1A 3TTCA 4FLYA 3FLVA 3FZFA 2KFNA 4FM1A 4ILHA 2EX3A 1WUAA 3MEDA 4I7FA 4CGJA 3AVBA 3HM9A 5KRTA 2PBDA 3AAQA 3DI6A 4LSLA 5C0YA 4A62A 1JCEA 3WNGA 2HHSA 3KTQA 1BL3A 5B8HA 1T05A 3EZ5A 1A5XA 2Y1IA 2Z1HA 1BGXT 4BWJA 4GVMA 3V6DA 4BRQA 1Q81O 3VEZA 4K43A 3E9OA 4IJAA 1Q9XA 4JS5A 4JKGB 4B9UA 1Q7YO 4KH6A 1R0AA 4JI6K 3DRPA 4CE9A 4M42A 5AQPA 1OVQA 4BRNA 3CFRA 1KD1O 3VESA 2OPRA 1VQON 3IDHA 4JI5K 2WONA 4PA1A 1NGAA 3CQ8A 1X3NA 4F2RA 4CJFA 3IVFA 1X3MA 1SS6A 5FPEA 1U4BA 1T03A 1NM1A 2FBVA 4IO9L 3RSEB 3F73A 3UIQA 2R7YA 1QZ6A 3AA5X 4JKCA 3KIOA 4LF7K 2OANA 1ZXOA 2QWPA 3T7ZA 5CE3A 1SL2A 4KTQA 5JLFA 3ATVA 3OYHA 1NK5A 3VN5A 3U7DA 4QS7A 4BRCA 5EVZA 1ACAA 1ZYQA 2GX9A 1SUQA 3WXJA 1RGIA 4BR2A 3V9SA 1NGCA 3VF6A 1VQ7N 2WTUA 1RTJA 4BREA 1XC9A 2IGIA 1GLLO 2HBMA 1UOCA 2IIRA 3AVAA 3DXKA 2HHTA 4CVNE 2V7ZA 1WSHA 2OYQA 4K0KK 1ITGA 3OYGA 4FLTA 1KCFA 1NGIA 4WCEL 3TTFA 5AQGA 1BA0A 4K8ZA 3O5BA 4GKKK 4JHDB 2O8EA 3CCRN 1KC8O 4BACA 3AO3A 3V1RA 5D3GA 1WBDA 1K73O 4OPHA 3AU5A 3AVIA 3HZ6A 4FYDA 2W41A 1W97L 3VEWA 4Y1DA 1HNIA 3NFAA 1JLCA 1YITN 2FBYA 2YJFA 1MU2A 4CJWA 3AVGA 3QDKA 1X9WA 4I2QA 5J2PA 3QNOA 3DXMB 2X6SA 3WNEA 4NCBA 2F8TA 3U3GA 4NO7A 1HNWK 2VWJA 5BRDA 4ELVA 4ELUA 1K8KB 2HSTA 1M90O 1GOAA 2D0CA 1HPZA 1HRHA 3M1FA 3CQXA 3MXMA 4A5AA 2HVHA 3T1HK 3U3YA 3H3OB 1QTMA 3KD1E 4CHQA 1VQ4N 1FW6A 3AVJA 3O4NA 4CD1A 2EMSA 1TUUA 4FK0A 3RMAA 3S3MA 1TKXA 2H3GX 2IAJA 1JLEA 2HBLA 3ALYA 1WSFA 4DR2K 1RDBA 4XH1A 2XY5A 4E7HA 5J2MA 3J7AP 3ZETB 4EZ9A 4CJ7A 4BR5A 1I94K 2B6AA 3BGRA 3VQ7A 4DXAB 3HOSA 1TV6A 3WNFA 4FJKA 4ISEA 4JKGA 2HHUA 4Q0BA 5F2RA 4B9QA 3QNNA 4HDQA 4DQPA 1HYVA 4PKHA 2QM1A 1D4XA 5C15A 4CEQA 2FC0A 1RDUA 3EE9A 2BGGA 4LFAK 1JLGA 2FBXA 4LFBK 2VWBA 1BHLA 2FXUA 2UUAK 4CJ3A 4FOIA 2YHYA 2HHQA 3RVCA 3THWB 2Z1IA 4BRGA 4CGDA 3OYFA 1KFDA 3ZT4A 4F9OA 2UYTA 4QOZB 4WYBA 3RSEA 3DLRA 4F4KA 1H4RA 3MXJA 3SUOA 3DLEA 4LY7A 4I6MA 3H3NO 4EP4A 4DR7K 4Y0WA 2CH5A 4CECA 3L3VA 1MIZB 4CI6A 3SCXA 4DR5K 1TK0A 4ILJA 3QESA 3FFIA 4ZRKA 4BE0A 3VQBA 4IDHA 3VETA 2X0SA 4PKGA 3QMLA 3O1WA 2HHHK 4FJ5A 4NCAA 5KQ8A 1HYSA 3CCLN 5BRFA 4DTOA 1XQSC 1U47A 4IEIA 3OYCA 3P39A 3A5OC 3K57A 4DWIA 3V81A 1KAZA 1GC6A 4C8NA 3IS9A 1VSFA 1CLQA 5FROA 4RW6A 3K9KA 3H1VX 4JHDA 1FXXA 4WQ4A 2YVCA 4CIEA 1N36K 1X9SA 3HYFA 1VSHA 4K42A 4DV5K 3KJVA 2W42A 2VQEK 2YI1A 4YORA 3PX4A 2HOEA 1HBKA 3CCSN 1NLVA 3LDOA 3QIJA 5JS2A 2FJ9A 5C25A 1HB8A 1QSSA 2E6LA 2HF3A 2RQ1A 5BR8K 1UAXA 3DXMA 3V1QA 5LJVA 2E2QA 3J81O 4FK2A 1NJYA 3OYDA 5FRMA 1KVBA 4J2DA 4H4OA 4KKOA 1K8KA 3HP6A 1YJWN 3F2KA 2YX6A 4W5NA 3ZLJA 1NOZA 4DQIA 4YOWA 1KTQA 5AQFA 2OA8A 3KLHA 4CIGA 4KTWA 3C0BA 3HM8A 2W40A 5AQKA 4DKWA 2QK9A 2A41A 3CM6A 3K5OA 4YY3K 5BRHA 3OHRA 4CZIA 2HMIA 1IKWA 2OZSA 1NGFA 5AQRA 1XNQK 2P9PB 3B6PA 4CGFA 3OYNA 2P51A 4E7LA 1NBWA 4HCBA 3RR7A 5AQMA 2HHWA 5AFUH 3SV4A 4DTNA 3TAPA 4W5RA 3OYMA 2V51B 3HSCA 3W0LA 3HPHA 3TI0A 3OJSA 5LL6Z 3ZETA 4BG8A 3WXKA 1KAYA 4RWTA 5FPNA 1NJZA 1F21A 4GVEA 2P9SA 4OO1J 2P9KB 2YCHA 4DTUA 4B08A 4GV9A 2NUBA 1J54A 3BZCA 3SYZA 5M1OA 1KBLA 1VQMN 2D5RA 3WQUA 3TAEA 1YF5L 3A5LC 4JKHA 4CFAA 3OYLA 3MCAB 3ULEA 3OYKA 4CZFA 4DFPA 4WE1A 2JGUA 4H0OA 4FJXA 3AARA 3OJUA 2UXCK 2Y1JA 1JXEA 3JYTA 3F9KA 5LMNK 4N56A 2ZJRL 2XY7A 4FJ7A 4A2AA 3TAMA 1DLOA 4OKKA 1NGHA 5FPDA 3LPTA 1NKCA 4KB0A 3OY9A 4DTPA 3EYZA 2LSNA 1ZBSA 2VQFK 1VQNN 2JWLA 4NY0A 3C6AA 3SAFA 1DGKN 3KK7A 1KXPA 3ZT0A 3MMVA 4IXCA 1HJRA 3QBXA 1NU0A 5AQLA 3D45A 4J2BA 3LWLA 3HL8A 2J0MA 3FZLA 4TKNA 1IBLK 2G8FA 1XUPO 3U9DA 2QKKA 4LSNA 4M3XA 4JI1K 1BISA 3SQ0A 4X65K 1OH7A 1EF1A 1VSMA 3P31A 4IOXA 1LWEA 2ZE2A 2QWLA 3VGKA 4HVJA 4PUOA 1I3AA 4H0VB 2FBTA 2GTDA 1IO2A 1RT5A 3LDNA 4KV8A 4EKUA 4FZYA 4FJMA 2DIKA 3IKMA 1RBTA 3J80O 3I55N 4CYEA 1VHXA 3UE5A 1SGHA 4YL8A 4IO8A 5AQNA 3QEXA 4AHVA 2F4VK 3MCPA 4F7GA 1CZAN 3J7ZO 3N4QA 4B1UB 3RMDA 1ZBUA 4ID5A 3OBYA 2DY4A 1KQSM 3IAYA 4M3YA 3L4QA 4DV7K 3MAQA 4KH4A 4BRFA 3JXUA 3A5NC 3CF5L 4LF4K 5BR9A 4B8CA 4W5TA 1GGOA 3WA0A 5AQWA 5CHIA 2B5JA 3AVKA 2YNFA 4DSEA 4Z4CA 5SZTA 4IOCL 4LD0A 4OKJA 2P9PA 4FPBA 3VEVA 3P1GA 3MK6A 4CD3A 3M8QA 3PUFA 3U8ZA 2GWJA 4QS8A 3LAMA 4DF4A 4KAZA 1Z05A 5KGXA 4M3TA 3CFPA 3Q7BA 4PY5A 2D0PA 1HNXK 4QS9A 4OPJA 3R9PA 4IDKA 3D2EA 5CYQA 2D0OA 1OH5A 3RMBA 3Q7CA 4FXDA 3O9RA 4BDPA 4Y1CA 2A42A 4IOAL 4E89A 5GAHP 1SQKA 4C8KA 3S9HA 1WSJA 3KWIA 4HUGA 1S72N 1R59O 2W6LA 4LH4A 1KVCA 2V7YA 1GLBG 3CERA 4IBNA 3BF3A 3S3NA 2XO7A 1ILYA 3KLEA 4V19S 3VQ6A 5J2QA 2G8HA 3L2WA 4I9LA 1WN7A 3CJBA 3TAQA 3HRGA 4JKFA 3MWTA 3NCIA 3VF2A 4C1NI 2Q3SA 3VQ5A 1DKGD 3E1YA 5JVHL 3KLFA 2OTLN 1MA9B 4O55A 2HRJA 3KWGA 3QFUA 1WSIA 1LW0A 1IG8A 1RBUA 3J7YP 4N5SA 1FKOA 3PSIA 4CEDA 1WB9A 4DR1K 1EWQA 3IUCA 1W9HA 1JJ2M 5BPLA 3CYMA 1BWFO 3QEIA 5ADXH 1GLCG 4B3SK 4F3OA 4FVMA 4AHTA 4BRAA 5IWAK 4ZHRA 2I5JA 2OPSA 3HXMA 3G0ZA 3G71N 3O9UA 2NZTA 4EIAA 3KKRA 3BEXA 3BY5A 1M1KO 3WXIA 4XEIA 1QSLA 3I56N 1C0FA 1KLNA 2CGJA 5KRSA 4X66K 1QS4A 3VF4A 4JK8A 1RBSA 3WEEB 4FK4A 1HKBA 4CESA 3UKUB 4DU1A 1Z25A 2ETJA 5FRNA 1SV5A 3F5TA 2VG7A 4FJ9A 3PO4A 2VGMA 1QHTA 3M8PA 2WH5A 2OPPA 1H1VA 3P38A 3GG4A 3ATUA 2YKMA 4OLBA 4JS4A 2PAVA 2YV0X 1GLFO 4NXNK 1P8ZA 2P9NB 2COPA 3U4LA 2P9LB 4CJVA 4DU3A 1GLDG 3OS1A 4FM0A 2DFFA 4EHUA 2HHVA 3IRXA 4J2EA 4DU4A 1B92A 4OJRA 2V52B 2YNIA 5K14A 1VQLN 1BO5O 4O8UA 4CJEA 4KI4A 3H08A 1RNHA 3HPOA 4WQ5A 4RCHA 4AHUA 1IKVA 4B1WB 4JI0K 1U48A 2G8IA 3W3DA 1S22A 3HVTA 4FWLA 3SPYA 1NGJA 4M7YA 2Z1JA 3ZEUB 4WF9L 4AQYK 2J4RA 5C42A 1NGGA 3KVGA 4B9SA 3NF8A 4L3QA 3TSPA 3FZMA 3ZX3A 2E2NA 5FPMA 4IEEA 3KK1A 4RW8A 1TKDA 4AHCA 4YFUA 4KPYA 3PV8A 4OPKA 3MN6A 4OGCA 3CCUN 3C94A 1L3UA 5HOOA 1RDDA 2J0JA 2QWRA 1VQ5N 4Z4GA 1RFQA 4FWQA 4RW7A 2HB5A 3CD6N 3RWUA 2IVNA 3KHYA 3O3HA 2KQ2A 1Y64A 4GV3A 5C2DA 2UU9K 3HT3A 3VQ4A 4BGAA 1VBHA 2GBZA 1YJNN 4WQ4C 3VQCA 1XNRK 4FWNA 2BUPA 4PL8A 2Q0UA 4A5BA 3SUPA 1XC3A 2OZMA 3K58A 1TKTA 3VEXA 4P7IA 1S1XA 4PL7A 4B3RK 3QINA 3FR0A 4E1MA 3OYEA 2P9UB 4O0JA 1K6YA 3FFKB 2ZGZA 5AQOA 3FP5A 4FJLA 4B3OA 4FJGA 3SV3A 1YUWA 3BF1A 4YOVA 4K41A 3THVA 4X64K 4GY2B 1LAWA 3L3UA 5IT9O 1VQ6N 3HVRA 1YVNA 4OKEA 5DM6L 4JNEA 3ZSQA 3ID8A 3SZ2A 4FLZA 4BRHA 5CYMA 1BCMA 3ZX2A 4BDYA 2FF3B 3SMPA 4DQQA 5T7BA 1EO1A 4BY9C 1E3MA 3AV9A 1BQMA 3DAWA 2QWNA 4JRQA 4O8KA 3WEEA 5TKYA 3G25A 3WXMB 1JL2A 5DMRA 3DRRA 4ICLA 4CFCA 4DHYA 3NH2A 3O3FA 3UKUA 4B9VA 4DS4A 1KFSA 2YHXA 4BC4A 4FW2A 1I39A 1EXQA 2FLOA 1SZ2A 2D0AA 3OYBA 2F9WA 3C6HA 4NB4A 3SBTA 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 3SBG A;  4JKG A;  3SBT A;  3E66 A;  4JKA A;  4ILG B;  4JK9 A;  3ENB A;  3E9L A;  4JKB A;  4ILJ A;  3E9O A;  4ILH A;  4JKG B;  4JKC A;  3E9P A;  4JKD A;  4JKF A;  4JKE A;  4JKH A;  4JK7 A;  4JK8 A; 
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