3EO3A

Crystal structure of the n-acetylmannosamine kinase domain of human gne protein
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
312
structure length
288
Chain Sequence
TLSALAVDLGGTNLRVAIVSMKGEIVKKYTQFNPKTYEERINLILQMCVEAAAEAVKLNCRILGVGISTDLRTPLSDTLHLPVWVDNDGNCAALAERKFGQGKGLENFVTLITGTGIGGGIIHQHELIHGSSFCAAELGHLVVSLDGPDCSCGSHGCIEAYASGMALQREAKKLHDEDLLLVEGMSVPKDEAVGALHLIQAAKLGNAKAQSILRTAGTALGLGVVNILHTMNPSLVILSGVLASHYIHIVKDVIRQQALSSVQDVDVVVSDLVDPALLGAASMVLDYT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Isomerase, transferase
molecule keywords Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase/N-acetylman
publication title Crystal structure of the N-acetylmannosamine kinase domain of GNE.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 86
structure length 288
sequence length 312
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.1.60: N-acylmannosamine kinase.
pdb deposition date 2008-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3eo3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3eo3A02
5AQMA 1IJJA 1Z05A 4C23A 2QWQA 3R9PA 5AQNA 4FWMA 3M1FA 1BOTO 3P4IA 3R8EA 3UKUA 4GNIA 1NGJA 1NLVA 1J6ZA 1QZ6A 2P9IA 3H1QA 3LL3A 4B1UB 4K41A 3CJBA 2HMPA 4B1VA 1QHAA 3S41A 3LDPA 2GELA 3RSEA 1JCGA 1LOTB 2UYTA 5AFUH 5AQRA 3VGKA 4DQ8A 3CJ1A 3MN6A 1HJOA 2YJFA 2I7PA 4XH4A 1KAYA 4PL7A 4CZLA 2ASOA 5AQIA 5FPDA 5AQWA 1KAXA 3H3NO 3O5BA 1CZAN 2E2QA 5BRFA 4CJ7A 4GY2B 2CH6A 4MO5A 3D2EB 4H0PA 4CZJA 3G25A 2E2PA 2QWLA 4F9OA 1KXPA 2P9LB 5AQKA 3UKUB 2P9IB 4BGAA 1SZ2A 4BR4A 2QWOA 1X3MA 3ZX0A 3SJHA 4BRQA 3WXKA 2P9SB 3BP8A 3LDNA 1DGKN 1YUWA 4BROA 2Q0RA 3TU5A 3WQUA 1ESVA 2D4WA 1U2VA 4CZMA 5BPMA 5KPRA 3UKRA 2D0PA 4PKIA 1Z6RA 3VGLA 2WUSA 4JAXA 3HM8A 2Q36A 1T44A 3BUZB 4BR9A 4EFHA 4BRNA 5FPEA 5FPMA 5KQ8A 3VOVA 3MDQA 2ZF5O 4Z94A 1KAZA 1QQOA 3FZHA 4HTLA 4RWTA 4H0YB 4XH5A 3EKUA 4CZEA 3LDQA 4YDUC 2FXUA 3M3ZA 4Y0WA 3H3OB 5AQTA 4DHYA 3FZKA 1NGHA 1GLLO 1NMDA 3ZETA 1QQNA 5AQPA 3FR0A 2V7ZA 5E26A 2D0OA 1YVNA 5AZIA 1ZBSA 5EX5A 3J8AA 2YHYA 3QICA 3FZLA 2CGLA 1GLEG 3ZX3A 2QM1A 4WQ5C 1GLJO 3CETA 3SLCA 4MLHA 4CI6A 2VYPA 2CGJA 1HKCA 4B9QA 4MO4A 3WUHA 3CIPA 2BUPA 2DPNA 5BPLA 1BG3A 2A3ZA 5F0XA 3FFKB 3ATVA 3ZX2A 2Q97A 2W40A 3HZ6A 5F2RA 4PKGA 3SK3A 5F1XA 3W3DA 1TYQB 1G99A 4FWKA 3ZETB 4LC9B 3L6QA 4FPBA 3M6GA 5JICA 4BR0A 3WXLA 5AZIB 1HX1A 4ISEA 5LJVA 4IZ9A 1NGAA 3D7EO 4H5NA 2IVPA 3D2FA 4E1JA 1BWFO 4FOEA 3MK6A 2FSNA 2NRHA 4BC4A 1ZC6A 3FE1A 5ADXH 5BN9A 4I6MA 2A5XA 3UE5A 3VF4A 4CZGA 2NZTA 1RDWX 2PBDA 1HLUA 5TKYA 3O1BA 4H0TB 3VEYA 3DXMB 4O5FA 3SMPA 1P8ZA 5AQQA 3IDHA 1E4GT 1S3XA 4K25A 5E84A 3A5OC 3IUCA 3L0QA 5BN8A 2AA4A 2F9WA 1GLAG 3H1VX 3IMXA 4ISFA 4BC5A 2A6AA 1GLFO 2I7NA 4M7YA 4CZFA 1T6CA 3D2FB 4EIAA 3WQTA 1HKBA 4IWVA 1C0GA 2QWPA 3LDLA 4O8KA 4BRKA 2W41A 3H46O 2AP1A 2YHWA 4QS9A 3MN5A 3ENHA 5AQOA 4BVOA 1XUPO 3BF1A 2E1ZA 3QDKA 1YAGA 4B1WB 2P9KA 5I9EB 3H6EA 3HSCA 4BQZA 5JLFA 3VETA 2E8AA 3VENA 3RSEB 2HOEA 1MWKA 4BC3A 4IJAA 1NWKA 1V4TA 3WXJA 3C7NA 1BA0A 2E20A 2E1YA 4H5WA 2H3GX 4K42A 1V4SA 4WYBA 1BU6O 1JCEA 4BG8A 4BRCA 4FWSA 1HKGA 3GE1A 5AQSA 2J4RA 4CD3A 3DXKA 3L4IA 4J8FA 3VGMA 1HPMA 2GUPA 3LDOA 3EKSA 4FWPA 2FLOA 1Y64A 4JD2A 2P9PA 2QWNA 3O8MA 4WQ4A 4CD1A 4H5VA 4AM7A 2FF6A 3ULEA 4BR2A 1NGCA 5ADXA 4RCHA 3VF6A 1EQYA 5BR9A 3VPZA 3FZFA 3JXUA 4A2AA 3EO3A 1NGDA 4H03B 4BRAA 5KPZA 3ZEUA 1U2VB 3MCPA 3I8BA 4PKHA 3UKRB 1ATNA 1SQKA 3EN9A 5AFUA 5BPNA 3CI5A 1GLCG 4RTFD 1MWMA 1ZXOA 4A62A 5CE3A 1BDGA 3FLCO 1TUUA 4CZHA 1S22A 3KHYA 2P9PB 1XC3A 1ATRA 4KBOA 4BRMA 2Q31A 3VERA 1TUYA 4BRIA 5KQDA 3BF3A 5ELZA 1X9JA 3VEOA 4BG9A 1K8KA 4BGBA 4FSVA 4PL8A 2NLXA 4H0VB 2V51B 4BRHA 2V7YA 3CJ7A 4A61A 2IVOA 3HTVA 2YI1A 2ZGZA 5AQVA 3ENOA 1RGIA 2GEMA 1BA1A 3O1WA 4B1YB 3A5LC 3GDQA 1NGIA 2KHOA 1X3NA 3FZMA 3HI0A 2CH5A 3WEEA 4MLEA 3MN9A 3KZBA 2ITMA 3GG4A 3SMSA 4M63C 3CHWA 3VESA 2FSJA 5EVZA 2YHXA 4M7XA 3AY9A 3LM9A 4CBWA 4JN4A 4IXCA 1GLDG 4BC2A 3FGUA 2GTDA 4JHDA 4K43A 2D1KA 3ID8A 4H5RA 3IFRA 3D2EA 3WT0A 1K8KB 5LJWA 3VEVA 1NBWA 4DB3A 5BRDA 4NO7A 1MA9B 4NB4A 1QQMA 5AQGA 3CQYA 2FSKA 2P9LA 2VCPA 3UB5A 3U8XA 3AARA 4A2BA 5B8HA 3U4LA 4FWRA 4BRPA 5JMVA 4H0OA 4FOIA 5FPNA 2QWRA 1T6DA 2HF3A 4YDUA 1NGEA 3WEEB 3H45C 5KPTA 2P9SA 4I6MB 4IO8A 1GLBG 3HBTA 3EL2A 4FL9A 5EY4A 5BREA 3MN7A 5AZJA 5JLHA 4H0XB 3B8AX 1Q18A 3VF2A 4BRGA 4JHDB 2VWBA 1DKGD 1BO5O 5AR0A 3DAWA 4WQ5A 2QWMA 5EXWA 2PAVA 2GWJA 4AM6A 3MMVA 4BR5A 3QBXA 5EOYA 3QFPA 1RFQA 4BR7A 2ZGYA 2ZWHA 2E88A 4CZIA 1SAZA 2A41A 1IG8A 4B1XB 1BUPA 1OKJA 5BRHA 1XQSC 4BRLA 5AZJB 2P9NA 2P9KB 1E4FT 2CGKA 3CJCA 3OHRA 4JNEA 3A0IX 3DWLA 3C0BA 3JS6A 2P9UA 4EAHD 2Q2RA 3C7NB 4FWQA 3I33A 4CBUA 4BRDA 2QXLA 3CERA 1MDUB 3WXIA 1WUAA 5LY3A 2YCHA 5AQFA 3CJ9A 3LM2A 3DXKB 3BEXA 4B1ZA 3DJCA 1YXQA 1DEJA 3QBWA 2EWSA 3GL1A 1C0FA 2A42A 2OANA 2Q0UA 5AQJA 4BRFA 4CBXA 1H1VA 3O80A 3VEXA 2E2OA 2P9NB 1NM1A 3CJAA 4JD2B 1TYQA 4IJNA 5AQLA 3AAQA 5AQXA 3ULEB 3F9MA 5AQYA 4QS7A 3GOIA 2BTFA 1NGFA 2HF4A 2P9UB 2ASPA 2GWKA 3R6MA 3O6WA 4H5TA 3QB0A 4XH1A 2V52B 3W0LA 5AQHA 4QS8A 4L3QA 3ZEUB 3U9DA 2QW9A 3VEWA 4FWNA 1JCFA 3A5NC 2Q1NA 1NGGA 3ATUA 3AAPA 4FPAA 4HWIA 3A8YA 2FF3B 4EHTA 2E2NA 2YJEA 4CZKA 2ASMA 2IIRA 1R59O 1LCUA 1WOQA 5AQUA 1ATSA 1HUXA 3DXMA 3VEZA 1U6ZA 4FO0A 3TPQA 1D4XA 4FWOA 4WQ4C 4EHUA 4XEIA 3QFUA 4FWLA 3A5MC 3O08A 2IVNA 3O4WA 5AQZA 3KVGA 4BVPA 3GBTA 4DCHA 3CQXA 4BREA 1NGBA 3U9ZA 4BQLA 2F9TA 2A40A 4ISGA 3QMLA 1QZ5A 3EZWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VQFK 2VWKA 1YJWN 4C23A 3R9PA 3N4PA 3R8EA 3UKUA 2DY4A 4GNIA 3TSUA 1NLVA 1J6ZA 3LL3A 4FM2A 2O8DB 3BZKA 4FJLA 3S41A 2GELA 4DR4K 1LOTB 4DSEA 5AFUH 3NF9A 3HJFA 2F4VK 3PIOL 4WFNL 1KAYA 5AQIA 3TAFA 1TK8A 3CCEN 3H3NO 3O5BA 1CZAN 1A5XA 2E2QA 3VQ5A 3SUNA 4ID5A 4CJ7A 4MO5A 3D2EB 1VQPN 2XY8A 4LSLA 3OS2A 4E7LA 4C8OA 3CC7N 1QHTA 3DLBA 4Z4IA 4DS5A 4DV2K 4BGAA 1A5WA 1SZ2A 2QWOA 1TAUA 5JS2A 4BRQA 2P9SB 4PQUA 1OH6A 4Z4FA 2G8IA 1Q86O 4BROA 2Q0RA 5C10A 3KLGA 1U04A 3S3NA 4CZMA 3UKRA 3TABA 3KK2A 2WUSA 3LPUA 3HM8A 2Q36A 3KLFA 4DTSA 5LMNK 1LWFA 3VQQA 1ZBUA 1TK5A 2ZF5O 1IBMK 1KAZA 1QQOA 4OPAA 1QSLA 2HVIA 4XH5A 4JI3K 3LDQA 3M3ZA 3FZKA 1GLLO 1C1AA 1VQ4N 4KI4A 1QQNA 3FR0A 3QNOA 1TK0A 2KTQA 5FROA 5AZIA 1ZBSA 1HQEA 4YOWA 3QICA 4DF4A 3ZX3A 2QM1A 4OJRA 4FJ7A 1GLJO 3J7YP 1BQNA 4R79A 3FFKB 2P1JA 3K9JA 3ZX2A 2YX6A 1HNZK 1WNSA 1JXBA 4PKGA 3ZSRA 1WAFA 3WNEA 4M45A 1TYQB 1G99A 1T05A 1LAVA 3HM9A 3L6QA 5JICA 3RMAA 5CZ2A 3WXLA 4LFCK 4ISEA 3AA4A 5M1QA 4KREA 1HJRA 4RW8A 4LH5A 3SBGA 1C1CA 1BHLA 1BWFO 3RRHA 2NNWA 3AGKA 2NRHA 3LDSA 3OYHA 2A5XA 4IEEA 4NCGA 3CC4N 4DSIA 1JLFA 1HLUA 4DTJA 3DXMB 4O5FA 4CEDA 3I0RA 5E84A 4A5AA 1IV0A 1GOAA 3L0QA 2AA4A 1J5EK 3LP2A 3TTFA 1UA0A 4B9LA 1GLFO 4IKFA 2F8SA 3WQTA 4JS5A 3DYAA 1VAZA 1WBDA 4K8XA 2W41A 3H46O 2AP1A 4BE0A 3SYZA 3ENHA 2O8FB 5AQOA 4BVOA 2P5OA 2FBVA 4JV5K 2E1ZA 2UUBK 2P9KA 3QIPA 3EEQA 3HSCA 4KTWA 3VETA 2HOEA 1RTHA 2GV9A 3L2WA 1JL1A 3N4QA 3WXJA 1Q8IA 1SKSA 1TAQA 2Y1IA 1V4SA 4CGIA 1JCEA 4Z4GA 2EX3A 4FWSA 3GE1A 2J4RA 5C25A 4CD3A 3DXKA 4J8FA 4X65K 3VGMA 1RCHA 5M1NA 1WSEA 3LZIA 2P9PA 2QWNA 3O8MA 4CD1A 1VSFA 1VSLA 4FJGA 2VG5A 4AM7A 4DR2K 4BR2A 4ZHRA 1EQYA 5D3GA 5JS1A 1NU0A 3HK2A 2OPRA 3I0SA 2KKZA 2VG7A 2KFNA 3MCPA 1RT1A 3UKRB 4B9TA 1ATNA 2O4GA 2YKNA 1RBTA 3MXIA 1GLCG 1HYVA 1VRUA 1S1XA 1ZXOA 5CE3A 3CCUN 4XIUA 3FLCO 3ZT2A 1TUUA 3VA3A 4FLTA 4CZHA 3KHYA 3CCVN 3IG1A 3QNNA 1Q81O 4HUEA 4FVMA 2IAJA 1XC3A 3KWGA 3G10A 4JKBA 3SCXA 3ITHA 4AH9A 3BF3A 5CR4A 4KB0A 3ZSZA 1TL1A 1X9JA 3ID6A 4BGBA 4PL8A 3TARA 2NLXA 2ITGA 4IDHA 4Z0UA 3ZYYX 1RGIA 3O1WA 1BA1A 4FLZA 3GDQA 1IBLK 4MFBA 3HI0A 2X78A 2O8BA 1SS6A 3VESA 1VSEA 2GX9A 3DI6A 4M7XA 3AY9A 5I42A 4CBWA 4AHRA 1GLDG 4BC2A 3P38A 3P31A 4KI6A 3KD5E 5K14A 3AO4A 5GIPA 1VQ8N 3TWHA 1E3MA 2PYJA 1LW0A 3L3VA 2FSKA 2RF2A 1CZ9A 1NJIO 1KQSM 2W6LA 3UB5A 4DV6K 4CJVA 3AARA 3DRRA 4A2BA 3VQDA 3KWIA 3U4LA 4IDKA 3HVTA 2QWRA 3F73A 3HBTA 3V1QA 3EL2A 1NK8A 1L3SA 2VGMA 5EY4A 1YVUA 5HRRA 3TAEA 1N6QA 3HRGA 3LP0A 3V1OA 4BRGA 2D5RA 3B6OA 4OGEA 2XY5A 3QEVA 4IOCL 1DKGD 5AR0A 2YNFA 3RVCA 2VQEK 4WQ5A 3DLRA 2QWMA 1VQMN 2GWJA 3CQ8A 1DTTA 3OJUA 4FLWA 4E0DA 3MEGA 2A1SA 3E9PA 4BR5A 2OTLN 3IS9A 3NH0A 1RFQA 2ZWHA 2HVHA 3P83D 1SAZA 4NXMK 3U6FA 4L8RB 1KD1O 1IG8A 3OYIA 5AZJB 4DTXA 4DFJA 2P9KB 1SUQA 2E5LK 1WSHA 1QVGM 3CJCA 4LF4K 3TAQA 3NFAA 3OYLA 3CFOA 2OPPA 1UAXA 1HPZA 4EAHD 1JLBA 1RT2A 4JRPA 4B9SA 4FWQA 4BRDA 2QXLA 3WXIA 1WUAA 3SAFA 5LY3A 2YCHA 4YORA 5AQFA 2VG6A 3CJ9A 3DXKB 3TSPA 4HCCA 5IT9O 1YXQA 3C94A 4OKJA 2HHHK 2EWSA 2YHBA 4BRFA 5HRNA 1H1VA 2DTUA 3VEXA 3VMFB 4JKAA 2HNDA 4IJNA 3O4NA 3AAQA 5AQXA 3F9MA 2ZD1A 3HOTA 2HF4A 4CECA 1NG9A 4DSJA 2P9UB 4OLAA 3VQ6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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