The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
111
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sequence length |
333
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structure length |
332
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Chain Sequence |
SSGLVPRGSHMNNIDFDSIAKMLLIKYKDFILSKFKKAAPVENIRFQNLVHTNQFAQGVLGQSQHLCTVYDNPSWHSIVLETLDLDLIYKNVDKEFAKDGHAEGENIYTDYLVKELLRYFKQDFFKWCNKPDCNHCGQNTSENMTPLGSQGPNGEESKFNCGTVEIYKCNRCGNITRFPRYNDPIKLLETRKGRGEWCNLFTLILKSFGLDVRYVWNREDHVWCEYFSNFLNRWVHVDSCEQSFDQPYIYSINWNKKMSYCIAFGKDGVVDVSKRYILQNELPRDQIKEEDLKFLCQFITKRLRYSLNDDEIYQLACRDEQEQIELIRGKTQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
Peptide-N(4)-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase
|
| publication title |
Structural and mutational studies on the importance of oligosaccharide binding for the activity of yeast PNGase.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| total genus |
111
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| structure length |
332
|
| sequence length |
333
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| ec nomenclature |
ec
3.5.1.52: Peptide-N(4)-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase. |
| pdb deposition date | 2008-10-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03835 | Rad4 | Rad4 transglutaminase-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Single Sheet | N-terminal domain of TfIIb | N-terminal domain of TfIIb | ||
| Alpha Beta | Roll | C8orf32 fold | C8orf32 fold |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1K83 I; 3I4M I; 2ZK9 X; 1QYP A; 4A3I I; 3GTP I; 5C44 I; 1ZB8 A; 3GTM I; 2PK7 A; 4XX2 A; 2F4O A; 3HOW I; 1TWF I; 4A3D I; 3S2D I; 4A3F I; 2JR6 A; 2NVQ I; 4BXX I; 3I07 A; 3ISR A; 1SFO I; 2JA8 I; 3S1Q I; 4NOZ A; 3FKI I; 1WW9 A; 2DE7 A; 2R7Z I; 1Y1V I; 4BY7 I; 3S1R I; 2NVX I; 3K7A I; 2E2J I; 3VMH A; 3VB9 A; 2JA7 I; 1USP B; 2E2H I; 3RZD I; 4FGO A; 3RZO I; 1VLA A; 4NBG A; 1RLY A; 3HOV I; 3ESW A; 5FLM I; 2NVY I; 3M3Y I; 1X3Z A; 1TWC I; 2BJO A; 1ZB9 A; 4A3B I; 1R9T I; 2K5R A; 2DE5 A; 4A3L I; 2JNY A; 5IP7 I; 1PFT A; 1I3Q I; 1I6H I; 3HOZ I; 2KPI A; 3D6W A; 3M4O I; 2YU9 I; 4Y52 I; 1DL6 A; 2AKL A; 2RBL A; 3GTJ I; 5IP9 I; 3S17 I; 4BBS I; 4A3E I; 2E2I I; 2HF1 A; 3HOX I; 4NBB A; 4NBD A; 4NB9 A; 3GTK I; 1N2F A; 4BBR I; 1L1O C; 2J6A A; 4NBC A; 2P3Y A; 4X6A I; 4A3G I; 2F4M A; 2JS4 A; 3VMG A; 1TFI A; 3GTL I; 5C4X I; 3S14 I; 4BY1 I; 2R93 I; 2JA6 I; 3S1M I; 3GTM S; 3A54 A; 4FGP A; 3VMI A; 4A3J I; 3S1N I; 3S15 I; 4A3M I; 1YUA A; 1NUI A; 2VUM I; 3GCF A; 3LUS A; 4NBE A; 1WCM I; 3GTG I; 1Y1V S; 4NBA A; 1I50 I; 1ML8 A; 3H3V J; 2R92 I; 3CQZ I; 5C3E I; 3U50 C; 2DE6 A; 4QTU A; 3S16 I; 3PO3 S; 4QTT A; 3GKQ A; 4NB8 A; 1TWA I; 3PO2 I; 1RO4 A; 3EER A; 4A3K I; 1LQL A; 4A3C I; 3KD4 A; 4A93 I; 1X3W A; 4FGQ A; 3A56 A; 5C4J I; 3H0G I; 3HOU I; 3HOY I; 3I4N I; 2JA5 I; 3GTO I; 3A55 A; 3Q87 A; 1Y1W I; 4MH4 A; 2NVT I; 1USP A; 1TWH I; 4Y7N I; 3PO3 I; 4NBF A; 5CM2 M; 3GTQ I; 2B63 I; 4NBH A; 4U65 E; 1TWG I; 2KSV A; 3S2H I; #chains in the Genus database with same CATH topology 1K83 I; 1JJ2 Z; 3D2L A; 2P28 A; 5D1O A; 4MRI A; 1VQ8 Z; 2F4O A; 1Q81 2; 4MON A; 3IX0 A; 2JR6 A; 2NVQ I; 3CC4 1; 1W2B Y; 2WAQ A; 2R7Z I; 3G4S Z; 1M90 2; 3S1R I; 3MZL B; 3K7A I; 2E2J I; 3VMH A; 3CXC Y; 2I3C A; 2JA7 I; 2M48 A; 2WB1 A; 3CCE Z; 4E2Y A; 3CCQ Z; 3CCR Z; 1VQN 1; 2V45 A; 1Q82 2; 3J80 b; 1FDO A; 5FLM I; 1TWC I; 2K5R A; 3JAM b; 4A3L I; 1P9N A; 1I3Q I; 4Y52 I; 4RV9 A; 1DL6 A; 3BG1 B; 2AKL A; 4BBS I; 3HOX I; 4W79 A; 2RT9 A; 4RS4 A; 4E31 A; 1FDI A; 3CME Z; 3FQQ A; 4A3G I; 1QF8 A; 2JS4 A; 4RVD A; 1TFI A; 5C4X I; 3S14 I; 1RO2 A; 1QXF A; 2NAP A; 2JIM A; 1YIJ 1; 1YUA A; 1VQN Z; 3GCF A; 1VQ9 1; 1YI2 Z; 1AA6 A; 1Y1V S; 4NBA A; 1YIT Z; 3CQZ I; 3G6E Z; 5IT9 f; 4E2W A; 1RO4 A; 1VQO Z; 1KD1 1; 3CCV 1; 4A93 I; 3NFZ A; 4FGQ A; 3MZK B; 3HOU I; 3HOY I; 1ZH1 A; 3GTO I; 3NH8 A; 3CCJ 1; 4E2Z A; 1QVF Z; 1TWH I; 3FQM A; 2QKD A; 2V8I A; 3QWU A; 3VTN A; 3IFU A; 3CC2 1; 2OTL Z; 1KQS Y; 1TWG I; 2KSV A; 1K73 2; 3S2H I; 2ZK9 X; 3CCE 1; 1QYP A; 4A3I I; 5C44 I; 4XX2 A; 3TDH B; 3HOW I; 1TWF I; 4A3F I; 4BXX I; 3I07 A; 5T6B A; 1SFO I; 4NOZ A; 1WJ2 A; 3IF8 A; 2M6N A; 1Z02 A; 1Y1V I; 4E30 A; 4BY7 I; 2NVX I; 2IZ4 A; 2RIQ A; 2QRE B; 1VQL 1; 3VB9 A; 1USP B; 3RZD I; 3NH4 A; 1YHQ 1; 4FGO A; 5T67 A; 3RZO I; 1VLA A; 2RHB A; 1RLY A; 4NBG A; 3HOV I; 3CCV Z; 1X3Z A; 2BJO A; 1QVG Z; 5D1O B; 2DE5 A; 3CME 1; 3OW2 Y; 5IP7 I; 1JJ2 Y; 2KI7 B; 3CCJ Z; 1I6H I; 3HOZ I; 1Q86 1; 2VUG A; 2YU9 I; 1VQ6 1; 3CC2 Z; 1VQP Z; 4TNU A; 4A3E I; 1S7M A; 4NBD A; 4AYB A; 4NBC A; 2JIR A; 2IZ3 A; 4DGL A; 4HGZ A; 1YI2 1; 2E7Z A; 1VQ4 Z; 1YIT 1; 3G6E 1; 3GTL I; 3CPW Y; 3KIF A; 3TE5 B; 1VQO 1; 2W03 A; 2JA6 I; 2K3R A; 4EWC A; 3S1M I; 1M1K 1; 1VQL Z; 4DK1 A; 1YHQ Z; 2G2K A; 1VQ7 1; 3GTG I; 4MD9 A; 1M1K 2; 1I50 I; 3C9Q A; 2JIQ A; 2OOX B; 2R92 I; 3T4N B; 5C3E I; 2OTL 1; 3U50 C; 1TWA I; 3EER A; 4E32 A; 3KD4 A; 1VQ6 Z; 3A56 A; 3H0G I; 2JA5 I; 3A55 A; 3Q87 A; 1K8A 1; 2LIY A; 1YJ9 1; 4RVG A; 2LEX A; 1KC8 1; 2VPZ A; 3D9X A; 4NBF A; 5LL6 f; 1VQK Z; 4NBH A; 3HKZ A; 3G71 Z; 3I4M I; 1N8R 1; 2VPY A; 3GTP I; 2AYD A; 1VQ5 Z; 3S2D I; 3MON A; 2Y0S A; 3FKI I; 1WW9 A; 4HH4 A; 1VQ7 Z; 1KD1 2; 2E2H I; 1VQP 1; 1YJW 1; 4NH1 C; 4DQY B; 1QVF Y; 2QA4 Z; 3ESW A; 3CC7 Z; 5IT9 b; 2NVY I; 2JIO A; 2Q51 A; 1ZB9 A; 2QRC B; 2QRD B; 1YJN 1; 1VQ4 1; 3D6W A; 2VF1 A; 3M4O I; 5AN9 F; 1YJ9 Z; 1X0T A; 2RBL A; 4S1T A; 4E33 A; 5IP9 I; 1KRL A; 2GTH A; 3I55 1; 2E2I I; 2HF1 A; 2QEX Z; 4HGY A; 4NBB A; 4NFR A; 1Q7Y 1; 3GTK I; 4BBR I; 5FLX f; 2R6M A; 2J6A A; 3CCU Z; 2P3Y A; 2JUB A; 1S72 Z; 3CCL Z; 1NJI 1; 2PMZ A; 3VMG A; 1Y8C A; 1Z03 A; 1WII A; 2QLV B; 3CCS Z; 3CMA Z; 4BY1 I; 3IR7 A; 3GTM S; 1SIW A; 2OZK A; 3A54 A; 1QVG Y; 3S1N I; 1NUI A; 1YJW Z; 3LUS A; 1Q81 1; 4NBE A; 1WCM I; 2GU2 A; 5FLX b; 1Q86 2; 2ZAE B; 3H3V J; 3J80 f; 2DE6 A; 2LFU A; 1W2B Z; 3F3F C; 4RVF A; 4QTT A; 1VQK 1; 1M90 1; 1YJN Z; 3G71 1; 4MD8 A; 2OTJ Z; 2V8J A; 3JAM f; 5D1P A; 3CXC Z; 1X3W A; 1VQ5 1; 5C4J I; 2YAD A; 4MXU A; 1Q82 1; 2EGT A; 3I4N I; 3I55 Z; 1Y1W I; 2QR1 B; 4Y7N I; 3PO3 I; 2Q4Z A; 3P5J B; 2O53 A; 2IV2 X; 3GTQ I; 2B63 I; 1WZN A; 2E9H A; 3CPW Z; 3NDI A; 3I56 Z; 1ZB8 A; 3GTM I; 2PK7 A; 4RVH A; 4A3D I; 2QA4 1; 3CC7 1; 3J7A 4; 2H85 A; 4CL1 A; 2JA8 I; 3ISR A; 3S1Q I; 2DE7 A; 1RQF A; 1Z01 A; 3CCM Z; 1VQM Z; 2V8K A; 2VPW A; 2QEX 1; 1K8A 2; 3CC4 Z; 3CD6 1; 1NP6 A; 3M3Y I; 1Q16 A; 5T64 A; 1KC8 2; 3F3P C; 2O4H A; 3CCU 1; 1R9T I; 4A3B I; 2JNY A; 1S72 1; 3CCL 1; 1PFT A; 2KPI A; 1N8R 2; 3CCS 1; 3NDJ A; 3CMA 1; 3GTJ I; 1RNI A; 3S17 I; 1K9M 1; 5A2Q f; 2VPX A; 1YUK A; 4NB9 A; 1N2F A; 1L1O C; 2HU9 A; 4X6A I; 3BG0 B; 1K9M 2; 2JMO A; 2F4M A; 4MD7 A; 2OOY B; 1VQ8 1; 4E2X A; 2R93 I; 2GTI A; 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1YIT Z; 3CQZ I; 3G6E Z; 5IT9 f; 4E2W A; 1RO4 A; 1VQO Z; 1KD1 1; 3CCV 1; 4A93 I; 3NFZ A; 4FGQ A; 3MZK B; 3HOU I; 3HOY I; 1ZH1 A; 3GTO I; 3NH8 A; 3CCJ 1; 4E2Z A; 1QVF Z; 1TWH I; 3FQM A; 2QKD A; 2V8I A; 3QWU A; 3VTN A; 3IFU A; 3CC2 1; 2OTL Z; 1KQS Y; 1TWG I; 2KSV A; 1K73 2; 3S2H I; 2ZK9 X; 3CCE 1; 1QYP A; 4A3I I; 5C44 I; 4XX2 A; 3TDH B; 3HOW I; 1TWF I; 4A3F I; 4BXX I; 3I07 A; 5T6B A; 1SFO I; 4NOZ A; 3IF8 A; 2M6N A; 1Z02 A; 1Y1V I; 4E30 A; 4BY7 I; 2NVX I; 2IZ4 A; 2RIQ A; 2QRE B; 1VQL 1; 3VB9 A; 1USP B; 3RZD I; 3NH4 A; 1YHQ 1; 4FGO A; 5T67 A; 3RZO I; 1VLA A; 2RHB A; 1RLY A; 4NBG A; 3HOV I; 3CCV Z; 1X3Z A; 2BJO A; 1QVG Z; 5D1O B; 2DE5 A; 3CME 1; 3OW2 Y; 5IP7 I; 1JJ2 Y; 2KI7 B; 3CCJ Z; 1I6H I; 3HOZ I; 1Q86 1; 2VUG A; 2YU9 I; 1VQ6 1; 3CC2 Z; 1VQP Z; 4TNU A; 4A3E I; 1S7M A; 4NBD A; 4AYB A; 4NBC A; 2IZ3 A; 4DGL A; 4HGZ A; 1YI2 1; 1VQ4 Z; 1YIT 1; 3G6E 1; 3GTL I; 3CPW Y; 3KIF A; 3TE5 B; 1VQO 1; 2W03 A; 2JA6 I; 2K3R A; 4EWC A; 3S1M I; 1M1K 1; 1VQL Z; 4DK1 A; 1YHQ Z; 2G2K A; 1VQ7 1; 3GTG I; 4MD9 A; 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4MH4 A; 1NJI 2; 2NVT I; 1USP A; 2W04 A; 3J81 b; 1JWH C; 5CM2 M; 3CCM 1; 4U65 E; 1VQM 1; 3OW2 Z;
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