3EXTA

Crystal structure of kgpdc from streptococcus mutans
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
218
structure length
211
Chain Sequence
QLPNLQVALDHSNLKGAITAAVSVGNEVDVIEAGTVCLLQVGSELVEVLRSLFPDKIIVADTKCADAGGTVAKNNAVRGADWMTCICSATIPTMKAARKAIEDINPDKGEIQVELYGDWTYDQAQQWLDAGISQAIYHQSRTWGEKDLNKVKKLIEMGFRVSVTGGLSVDTLKLFEGVDVFTFIAGRGITEAKNPAGAARAFKDEIKRIWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Lyase
molecule keywords RmpD (Hexulose-6-phosphate synthase)
publication title Open-closed conformational change revealed by the crystal structures of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase from Streptococcus mutans
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus mutans
total genus 80
structure length 211
sequence length 218
ec nomenclature ec 4.1.1.85: 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2008-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3extA00
3PY2A 5L9FA 2OMAA 4CNPA 2Y70A 5HWJA 4JIQA 3CB8A 3GZ3A 2Z6JA 1B9BA 2E5BA 3TCEA 3N2MA 2FPYA 3DKJA 5D32A 2QCGA 1TREA 2E6DA 3EX3A 4AWUA 4ONVA 1VZWA 1I2OA 3KOFA 1YXCA 3TAKA 1KM6A 3E9AA 1W3NA 3W1UA 1KFJA 4N9EA 4W9TA 3YPIA 2XN0A 5EL1A 4GUHA 4UMBA 2NXHA 3B4UA 3I65A 1SZNA 2WKJA 4M7TA 4O50A 3F4WA 4UFHA 1ZCOA 3L5LA 3B0PA 5A8GA 3DFOA 4LVBA 4CCCA 1PCKA 4IGHA 1ME9A 3M5VA 3GXNA 2Y7GA 1K8XA 4DF2A 1GG0A 3EWWA 5D38A 3P82A 5FEZA 4K7VA 1TPB1 4Q32A 4FF7A 3NYZA 4PL2A 3DFTA 4O19A 3G8EA 2WNQA 2GOUA 3S1VA 3OG3A 1UBSA 1GYNA 3LXCA 1F2JA 5CPOA 4B5NA 3NM1A 5D05A 3G3MA 3LI1A 1J2WA 4PA8A 1LLZA 4R53A 3UWYA 1J5TA 1WOBA 1OG0A 3SGZA 3B03A 4MLRA 4Z1CA 3JS3A 3NL5A 1JJKA 3QF0A 3UPWA 1QMLA 4NQ1A 1EB3A 2GJNA 2E6AA 4NJGA 3P67A 3NAVA 1PV8A 3F03K 4RKAA 4YLWA 5G1YA 3EWBX 1FWSA 1X7FA 3LTYA 2GQ8A 4DPPA 1YLVA 1DKWA 3CEPA 1Z44A 1KLZA 3TIMA 3TC6A 1OFEA 5LGZA 2OZ0A 2V5LA 3LRLA 5CZTA 4IXXA 1KM4A 4L4MA 2ZFAA 4I7VA 1DHPA 1T0OA 3I7SA 3R2GA 3W86A 2A5HA 2P0OA 2ZCGA 3L9CA 3GK0A 3TXVA 3FEMA 2V2CA 3T4CA 4M7SA 3S1WA 4UFKA 1W3TA 3RU6A 5AFDA 3DH7A 1RZMA 3IVSA 3NQ7A 4M5PA 1A5AA 3W83A 4O4WA 4JIPA 4EIVA 4CQ9A 3I7RA 4UFMA 1L9WA 2R8WA 2X30A 1THFD 3W74A 4EF9A 1R30A 3IIOA 3TFXA 4NXKA 4NXSA 4UTWC 5HR7A 1LM1A 3CIWA 3PSWA 1LDCA 3STEA 4HNUA 1WBJA 2G96A 3IIZA 5KINA 2P10A 2VEKA 3C6CA 1ME7A 4HNVA 3MP3A 2NUXA 1SW7A 2TPSA 3G1HA 3RFAA 1SSDA 5F1VA 5D09A 2YW3A 3P61A 3GXPA 3TROA 1M7PA 3E0IA 1ICQA 1H60A 4XUGA 1G4PA 3QSTA 1XDMA 1ZNNA 1JRCA 1RQEA 2XN2A 3LTSA 1S5WA 3BLEA 3LRKA 2C19A 2WSQA 3W7LA 4IMGA 1T8XA 3C61A 1SZFA 3R8RA 3TU9A 1F73A 2VXNA 3LHUA 5T26A 3W76A 4A3UA 1XBZA 3MHFA 3GB6A 4HN4A 3G1DA 3W2MA 3DFPA 4TO8A 1CW2A 1FWRA 5AYXA 3UPBA 3NQ8A 1BWKA 1TYGA 4AF0A 5HQEA 1W5MA 5D03A 4FIRA 3TK7A 2WOQA 4YMZA 3DGRA 1QPOA 3CIXA 4JTJA 1QNVA 4FEZA 1MEIA 4IX2A 2ZTJA 1KM1A 1MZHA 1SO5A 4EVZA 2A1YA 2CU0A 5EA9A 3AO0A 1OK4A 2YXGA 3LV6A 3UD6A 4BK9A 4DBEA 2ISSA 5I3FA 2BLEA 2AGKA 1NEYA 3LI0A 3RNDA 3E12A 2AQWA 5TBOA 2QAPA 5E0KA 3W72A 3USBA 4MOZA 3E02A 5DN1A 5G2IA 2VFDA 1YTEA 3UXAA 1HG3A 3B0VC 3UNDA 1RR2A 1YDOA 4FIQA 4JICA 4Q33A 3TA6A 4JTGA 3MUXA 5F2MA 1GT8A 3CC1A 1XDLA 3KAOA 1JUKA 5HMSA 2JK2A 1LRQA 2RDUA 1QOPA 3V1PA 1AK5A 3UWVA 1D3HA 4N2YA 2B0MA 5LSMA 1I4NA 3LCLA 3R13A 4S1FA 3HGSA 1SQ7A 2B4GA 1GZGA 3H54A 5GVJA 5FF3A 1G7UA 3W73A 4QNEA 3W75A 3WJYA 5HULA 4JEQA 5KTLA 3P60A 1D9EA 5AC8A 3S9YA 3B0UX 2GPTA 4ADTA 1OF6A 1FDYA 4MKNA 4FNQA 3NQCA 3DU0A 4ZMGA 1DQXA 4AEOA 4OV4A 4HSOA 4GC4A 2Q3OA 2DZWA 3IGUA 2A7NA 4K7YA 5CSSA 4HKPA 1C8VA 3WJXA 2EHHA 2QCEA 2QF7A 3IGSA 5FF4A 3UY8A 2B7QA 3GDTA 2BX7A 3DI0A 1G4SA 3R12A 3KX6A 1KTCA 4WD0A 2LLEA 2EAWA 4IX0A 1IIGA 3G1SA 1R2TA 1EIXA 4O10A 1DV7A 4MPQA 4XTDA 3S5ZA 1LYXA 3TMLA 3O6YX 4DF1A 3N9SA 2V30A 1ZAHA 3NQAA 1K7XA 1JUBA 3P8IA 3FJLA 2ZZ6A 1T99A 4JGDA 4DO4A 1MEHA 2G95A 1L6SA 1UASA 1X1ZA 2QCDA 2DZSA 3R89A 2FPVA 3EB2A 5HWNA 1Q6OA 3SFKA 1LOQA 1Q6LA 3PBVA 4EF8A 2RDTA 2ZRZA 3NPWA 1H1YA 3W1PA 1OFQA 3S5OA 5TQLA 3GAYA 2JKEA 1OFBA 1H7XA 1S5VA 4MLJA 2A7RA 4UTJA 4JTFA 3M7WA 4H4IA 4GFSA 2CZEA 1P1XA 3F4NA 4JYDA 4EOUA 1UB3A 2R14A 1PIIA 3GDMA 1OF8A 3BG3A 1FCUA 3NQFA 3O63A 2CZDA 3NQ2A 3C2VA 4S2CA 1SU5A 4R34A 2Z6IA 3NQVA 4HHPA 2Z1BA 1PS9A 2C6QA 4NX5A 1NF0A 3QQ0A 1ICSA 3EWZA 4QISA 4UTTC 1Y0EA 5D30A 4D2JA 3AJXA 4UR7A 2ABAA 1TV5A 4UR8A 5I3HA 1TQJA 3HF3A 1OFAA 1OYCA 3BG5A 1FXQA 3QW3A 1EUAA 3MYPA 4KKXA 4UC5A 1DJNA 4JTTA 3I68A 3STGA 3HG2A 3EKZA 3CWNA 2NV2A 2X1TA 4M19A 1I2PA 3GXTA 1Q6RA 2HS6A 4IXHA 5BMWA 3MBDA 5DCBA 2J24A 4JDYA 4OT7A 4M6QA 4XBKA 4BWLC 1L6YA 4U4MA 1K03A 2R91A 2C14A 4O15A 3FIGA 3O6DA 4LVFA 5L6UA 1MEWA 2NZLA 5I3JA 2VELA 3PBUA 3N2XA 3NQDA 4UTKA 3W7GA 3IIXA 4JD4A 1JRBA 3TQVA 2NLIA 3I6RA 3SECA 3HBLA 3TC7A 1BKSA 3HO8A 3W7QA 4MJZA 3C2EA 3LCFA 3OA3A 3GR8A 4CNOA 3SR7A 2CZFA 3FKKA 3A24A 1L6WA 3L68A 4QITA 8TIMA 4JTKA 2J88A 3G1YA 4TMBA 4NNCA 2RH9A 2FB2A 3SSJA 3G0UA 1HUVA 4OE7A 3BW4A 3QM3A 4RLIA 4DELA 5F4XA 2TMDA 3JR2A 4AMAA 1E51A 2PURA 1PL9A 1EEPA 3NM3A 1H7PA 4IMFA 2A4AA 4LUJA 4RXFA 4RCXA 5AHEA 3UWQA 6ALDA 3W7MA 1W1ZA 3T55A 3HQ1A 1TPEA 2F84A 4FX8A 4JX4A 1PHWA 5K7JA 4GXMA 4X22A 1Q45A 2B7NA 3LRMA 3EWXA 2V81A 3M0ZA 4XBSA 2GJLA 1TMHA 4C1LA 3UQNA 5AYZA 5EMUA 2TSYA 3TR2A 4NZJA 1HFBA 3HPXA 1VS1A 4AWSA 2GVLA 3OEXA 4JTEA 1KFBA 3HPSA 3ZR4A 4MZYA 4ZL1A 1TTPA 5AYYA 4UTLA 2J9ZA 1H50A 1VLWA 2QDHA 2W0UA 4HNNA 1KW1A 1XL9A 2OX1A 3BO9A 3VE7A 5CPNA 1SR9A 1R2SA 3NA8A 4M6VA 3SY5A 2NX3A 1FCVA 3DI1A 3LHZA 1KFEA 5K2ZA 1UUOA 2V9DA 1TPUA 4RK8A 2EKCA 3RLUA 2PCQA 3TX9A 1IXQA 3CPRA 3QH2A 1QOQA 2FDSA 2H6RA 2ZDRA 4UMCA 3W2KA 1N7KA 3M1ZA 4H6KA 1NFBA 4PC8A 5LNUA 3PULA 4L4LA 1P4CA 2KZHA 3VE9A 5E93A 4TU1A 1GQNA 5G5IA 1G67A 2YZRA 3O1NA 2YGYA 3NZRA 4WY0F 4JX5A 2CLMA 4O1BA 3OIXA 2Y85A 3KVMA 3CQ0A 5LNRA 3LCHA 4E0CA 5D2VA 3G22A 1OFOA 4ZQRA 1VC4A 5AHFA 3MWAA 2FTPA 2Y62A 1M6JA 1OYAA 4IMDA 4BI7A 1XI3A 3W2UA 2FJKA 3FJ6A 1TCDA 5C55A 4O1DA 1QO2A 5HNRA 5BMXA 3F1QA 5CKSA 3H53A 4I9AA 2FLIA 3ZWTA 1ALDA 1TSIA 2FB3A 1AW1A 1OVDA 1W54A 5FF2A 1JQXA 4A2SA 1TPWA 1AG1O 4YCOA 3DENA 4ZQCA 2CLEA 1KM5A 2I1OA 1H1ZA 4X3ZA 1SW0A 5D2YA 3W7IA 2Y61A 2P1FA 4AVFA 2ATMA 3ATZA 2ZTKA 4UTIA 2FFCA 1WV2A 3VNDA 4MYXA 1QDSA 4UMAA 4KWVA 5HUOA 5LNSA 1GVFA 3N14A 4TX9A 4N6FA 4S2BA 3KVLA 4LRSA 3QRHA 3DHDA 3M47A 3W22A 1ICPA 5C6MA 4O13A 3VFLA 1XBVA 4IWWA 3DBPA 3NR0A 4J9JA 3BGJA 3LM7A 4AHOA 4O18A 5EPDA 2NWRA 5AC7A 1EP2A 1VRDA 2C1HA 2C13A 1QO5A 3W7DA 5F2IA 5HJLA 3TW7A 3E49A 1GVSA 2YX0A 3SW6A 1O94A 2Y7EA 3NO5A 5A5WA 5FI8A 1FXPA 1TPDA 4RZ6A 1GJPA 3N9RA 4GUIA 1XKYA 3LBMA 3I7QA 3P84A 4O4VA 2QKFA 4RXGA 4HPXA 2H3DA 3GVGA 3LDVA 4GWEA 1SFJA 5KZDA 2NUWA 3TV8A 5CG7A 3HGRA 1OYBA 3KVJA 2EGZA 2J27A 5D33A 3B8DA 5KSWA 1RQBA 2FQIA 4JTUA 4AF0B 3LCGA 3KVKA 3MMTA 1P0KA 2HMCA 5DBUA 1SW3A 4XZ9A 5SWUA 1EP1A 2G5WA 3LCIA 4ZQPA 3P5YA 4BWLA 4XKYB 1OFPA 7TIMA 1K8ZA 3HGOA 3BG9A 4IMCA 2XN1A 4UFLA 3EXSA 3PWAA 3FKRA 3M16A 4X2RA 1K3UA 4UUIA 3W1TA 4KFNA 3W7KA 3ABSA 1T96A 3DXIA 3B06A 3LHYA 2GVJA 1BWLA 1TTQA 4P61A 3A5VA 5E1QA 4C1KA 3JRKA 3A22A 1IXPA 4UXDA 4RZ4A 2X1UA 4IPJA 2OJPA 2E09A 3TQ0A 1R2RA 1PHQA 1GVOA 5LHEA 4I7WA 2ISWA 4OV9A 5C2XA 3LLDA 1D3GA 3QFEA 3IGXA 3NGJA 1ZALA 3W7JA 3UY7A 5CZSA 4O11A 1P5BA 4HSNA 3NNTA 4XTIA 2YCEA 4DQWA 3RLVA 5AN7A 1I2RA 3A5FA 1SO6A 3L5AA 1Z48A 1F74A 2ALDA 5HINA 1VCFA 1O5XA 1Q3NA 5CGQA 5F2GA 1IXNA 4AH7A 4MZ8A 5FEPA 3NXFA 4YL2A 4CCEA 4K36A 5K4XA 1I2NA 4OHQA 3EXRA 1RD5A 2WNZA 1O60A 1ZENA 1OFRA 3SJ3A 1C29A 3EX6A 3OVQA 5F4SA 4A22A 3RK8A 4TMCA 1F6PA 1AMKA 4XKYA 4UFJA 5I3KA 4YXGA 3W07A 1ADOA 1DQWA 1JCJA 2Z2UA 3QEZA 1KTNA 3GX9A 3O05A 4N9CA 2WJZA 2QCHA 3PG9A 3NG3A 2NUYA 4IJBA 4N4QA 1G7VA 1LROA 4GBUA 2J6XA 4NX0A 3T7VA 1QPRA 3MBFA 2ZZ7A 1Z42A 4QJ1A 1TPH1 3HIJA 5G1TA 1H5YA 3M5YA 4NNBA 1EX5A 2ATSA 1TV8A 4O1CA 4PH6A 1EPXA 5G4EA 3KHJA 4Z0JA 3BARA 5DY3A 2PRLA 3P8JA 4CCDA 3EX2A 1FWWA 3W1AA 5KZMA 1OABA 2QCDB 2OCZA 2GUUA 1I8JA 3GNNA 3GKFA 3EXTA 4LU0A 5CPLA 4AHQA 4HIBA 3ATYA 3FLUA 4IPIA 3HJZA 2ZZ3A 4WY0B 1LP6A 3GKAA 4Z1DA 1IF2A 1LZOA 1DORA 2JKPA 3KRZA 1IGSA 2BSLA 4LS1A 2YFOA 3A9IA 2C15A 1FCQA 1W56A 3PG8A 4LVDA 2IQTA 1U5JA 3LOTA 4OU1A 1WQ5A 1Q6QA 1VQTA 3L0KA 3W1QA 3BGGA 2E77A 2RKXA 4UFIA 3G0XA 1TJRA 3LCWA 2ZZ1A 1SZGA 4NUWA 5LGXA 5HR6A 3BVJA 2V2HA 2A2IA 3P5ZA 4O1AA 5AHIA 1ONRA 5EKYA 1BTMA 3SIZA 4PTNA 3HG5A 5MHBA 4PFMA 1AW5A 3UWZA 4O0ZA 1N8FA 2E1DA 1VHNA 5J5RA 1O4UA 2NXGA 3L0GA 4ORIA 1VCGA 4YWIA 3SZ8A 6TIMA 4PL1A 1GEQA 3LERA 1LORA 5KZEA 1R47A 4RR4A 3O15A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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