3F4NA

Crystal structure of pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxj from yersinia pestis
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
242
structure length
242
Chain Sequence
ADLLLGVNIDHIATLRNARGTIYPDPVQAAFIAEQAGADGITVHLREDRRHITDRDVRILRQTIQTRMNLEMAVTDEMVDIACDIKPHFCCLVPEKRQEVTTEGGLDVAGQVDKMTLAVGRLADVGILVSLFIDADFRQIDAAVAAGAPYIEIHTGAYADASTVLERQAELMRIAKAATYAAGKGLKVNAGHGLTYHNVQPIAALPEMHELNIGHAIIGQAVMTGLAAAVTDMKVLMREARR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Biosynthetic protein, transferase
molecule keywords Pyridoxine 5'-phosphate synthase
publication title Crystal Structure of Pyridoxal Phosphate Biosynthetic Protein PdxJ from Yersinia pestis
rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 100
structure length 242
sequence length 242
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.6.99.2: Pyridoxine 5'-phosphate synthase.
pdb deposition date 2008-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03740 PdxJ Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxJ
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3f4nA00
1T96A 4G1KA 4N6FA 3M47A 1MEIA 3GKAA 3IVSA 3PB0A 4K7VA 3NQDA 2JGQA 4RJEA 1KFBA 3NR0A 2YPIA 3M9YA 4O0ZA 1OFPA 2VFEA 4A22A 1IXNA 1W37A 4UFMA 3ABRA 4WUIA 3QZEA 1PCKA 4JTKA 1F05A 3MHUA 4DBDA 2B7OA 3NQ8A 4QM1A 4O10A 3ZS4A 5SWUA 1TYGA 3QEZA 4DQWA 3LCGA 3QH2A 3L5MA 1KLZA 1DQWA 2C15A 1S5WA 5HR7A 3QJAA 1QCWA 4LRTA 4IMEA 3UQNA 2FB2A 1C9DA 1X7FA 2WOQA 3P82A 5F1UA 2V8ZA 3GDLA 2OT1A 3CB8A 3W73A 2ISVA 1MSSA 4UMAA 2BZNA 2VELA 2Y63A 1KTNA 4WY0F 1FCUA 4O15A 1QPOA 4HSNA 1OFEA 1O5KA 1Y0EA 3M0ZA 3DENA 2Q3OA 4DPQA 3BO9A 3TAKA 4JTIA 4HNVA 3LHYA 2ZTJA 4A29A 1FX6A 1JVNA 5AHNA 3NPVA 3A23A 3P80A 3W1PA 3N2MA 1ICQA 3NZRA 2TMDA 5CSRA 2BX7A 3B06A 2HS6A 2I14A 2W79A 3P62A 1N8FA 3UWZA 2Y7GA 1L9WA 4DBEA 2VOMA 2BWGA 3EKZA 3N14A 1WOAA 3W7JA 3ELFA 1JQXA 2A85A 2V9DA 3O07A 2RDWA 2VXNA 5AHEA 5C6MA 1S5TA 4ONVA 4TR9A 1TQJA 2QJHA 3OA3A 4PC8A 3P61A 2VEPA 3PWAA 3LHWA 5KSWA 3FYOA 1UJPA 3RLVA 3HGJA 4JTLA 3AJXA 3W1QA 1BKSA 3D0CA 4UTUA 1QPNA 3S1VA 4LOCA 4Z0JA 3GAYA 2WO5A 5LGZA 2ZZ2A 4EF8A 3W71A 4WXZA 3O6CA 1KM5A 4AHOA 4GNJA 1ONRA 3HBLA 3TCEA 3C2VA 5LZLA 3W87A 2R14A 3ABOA 4RKAA 1G4TA 2NX9A 1NFBA 4MZYA 1JUKA 1UBSA 4A2RA 4XUGA 2QDHA 3G22A 1SO4A 1LRQA 1K8ZA 1TREA 3MI6A 4UFHA 2E5BA 3L9CA 4H6KA 5KITA 1SFLA 3TSDA 2P1FA 4FIRA 4M7SA 3W7GA 1QNVA 3HF3A 3W72A 5I3JA 3QW3A 1FY6A 2AAMA 3IIPA 4DF2A 4YL2A 1OFOA 1R2RA 4Z1BA 2TRSA 4LVDA 3W7HA 3S6DA 3W86A 1B4EA 5D04C 5CZTA 4MFEA 3C2OA 3JR2A 5AB3A 4CQAA 1QMLA 3G1YA 3LGEA 4EWND 1R2TA 3T40A 3WK0A 4LC6A 2ZA1A 1OX4B 3WK1A 3TR2A 3GX9A 2ZA3A 3SY5A 1I2NA 1WA3A 4UTKA 4ORIA 1TIMA 3L0KA 3S0CA 1X1OA 1TPB1 1FDJA 3M43A 4JTTA 2PE4A 1SSDA 3N3MA 4JTEA 2ATMA 4Z08A 4O19A 4N9CA 4BF9A 3GKFA 4RK8A 5DCDA 3A24A 1IIHA 3HPSA 3Q94A 3EWXA 4NZFA 3TQVA 3R13A 3R5EA 1P1XA 3B05A 5I3FA 1EP1A 3PUOA 5D33A 3B04A 3O6YX 1SZEA 4E2DA 1TPUA 3C61A 1JCLA 1XBXA 5LNSA 3DH7A 2HMCA 4GC4A 3P84A 5AHIA 1F6KA 4LV9A 5HR6A 3PC0A 4LY8A 1FDZA 3NQAA 5E0KA 4XTIA 1SFJA 4U4MA 5D30A 1M5WA 4O1AA 3L0NA 3KVJA 1RZMA 2ZCGA 3LXBA 3I6RA 2E5CA 3CEUA 1RQBA 1EB3A 3C2EA 4DXVA 5LSMA 4BFAA 1W54A 4JS3A 3G18A 1OK6A 3SI9A 3LTPA 4NNBA 4GE8A 2YYUA 5CZSA 3W7IA 3EWZA 3RK8A 5AC8A 1HUVA 1JCNA 4FNTA 2WSRA 1LDCA 2GOUA 3GYEA 4AHQA 2PCQA 4GUGA 3MJYA 2RDTA 3NVTA 3Q2DA 2FJKA 1ZALA 3W7QA 4K6AA 3NAVA 5BMWA 1OJXA 2CLHA 1K03A 3LCWA 2B7NA 4AB4A 1ML1A 1UASA 3MWAA 4UNKA 2H90A 3PBUA 4ALDA 3S1WA 3W1XA 3TUUA 1MO0A 3I7SA 3T55A 3R8RA 1P0KA 1KM2A 4IJBA 4JYEA 2V2CA 1JULA 1SW0A 3M5VA 1A53A 4P61A 1YDNA 5FEPA 4UTIA 2DZVA 3SGUA 1UUMA 4JYFA 3W1MA 1XUUA 5C55A 1BWKA 3DFPA 3GIYA 2QCFA 1SUXA 3N9RA 4UR7A 1W8SA 3C52A 1AK5A 4GBUA 1UUOA 5KMYA 4Q32A 3VNDA 3G8RA 2ZZ7A 1XL9A 1YXYA 3P8IA 5CKSA 5LNWA 3KRUA 1OFAA 4A21A 3EXRA 2QCCA 3HG2A 5EKYA 4B5NA 1RV8A 5D2YA 5D03A 1SW7A 1VHNA 3ZWTA 2BSLA 3W2NA 1ALDA 2RDUA 4LWWA 3STFA 3EXTA 4N4PA 3W83A 3THAA 4YCOA 1W5MA 4DPPA 5DBTA 3QPZA 3GXPA 4X2RA 1GOXA 3E12A 1HO4A 4WOZA 1ME9A 3HG5A 4Y9AA 1GG1A 4AWTA 5DCBA 4IXXA 1XFBA 2DZWA 2WNZA 4K8EA 5F2LA 2YDAA 2WV8A 1HTIA 4ZQCA 5TQLA 2DP3A 3G8EA 3OVPA 1WOBA 4LV4A 5LHEA 3MUXA 4UIOA 3BV4A 1OFRA 1SW3A 4K37A 3SIZA 2QCEA 4Y90A 1GEQA 4JICA 1JJKA 3G1AA 1EP2A 4OV9A 1LTDA 3EX1A 3C6CA 1DHPA 2Y89A 3LHVA 1W3NA 1ZAIA 1KFCA 4IQLA 1LM1A 3UY8A 5K7JA 2OZ0A 4PEKA 2E1DA 5HINA 3QM3A 4NJHA 3RU6A 3CIXA 1H50A 3W2LA 1L6SA 1LROA 2GUUA 1A5SA 1DVJA 4M6PA 4M6VA 2YW3A 3G1SA 4QISA 2NXIA 1SPQA 4QITA 5D2XA 3W6YA 5C54A 3O06A 1VHCA 2R8WA 1NSJA 2E5DA 1QAPA 2Z0IA 1GVRA 3ANYA 3TXVA 3UYCA 1U5JA 5HMSA 5BMXA 7TIMA 1M7OA 4MLRA 3L66A 4LU0A 2CLIA 3W2MA 3G1HA 1H7OA 5D32A 3AO0A 3JS3A 2NUWA 3OG3A 4X22A 3B4UA 2C16A 3F4NA 2QDGA 4JX5A 1RQEA 4OT7A 4LS0A 5EL1A 4BI5A 5E1QA 1HG3A 3TU9A 4MLJA 2DZXA 2ZRVA 4FXRA 4QIUA 4GRSA 3QQ0A 2G96A 1H7XA 2Y7EA 3LBMA 3Q58A 3DHDA 3LLDA 1YDVA 2JK2A 3TQ0A 3P60A 1TTQA 1QO5A 1SU5A 4HNNA 1WYIA 4Q4KA 3UXDA 1ZAHA 2YW4A 3P8JA 4UMCA 2GJNA 4NU7A 3LCHA 1K7EA 1TB3A 1V5XA 5HWMA 4LNYA 1HFBA 2A2IA 2FQIA 1DBTA 4FO4A 4O16A 1EIXA 2AGKA 4HPJA 3PVFA 3SECA 1G7UA 4UFKA 3FJ6A 3TXZA 4CCEA 3UWWA 2WNNA 1UCWA 1OK4A 2ZRUA 1TTIA 4U28A 4EOUA 5FF0A 1DJNA 3TROA 2VENA 3C8FA 2QAFA 2H3DA 3NQ2A 4JDBA 1M7PA 4HIBA 4ZQPA 2Z6JA 4O50A 1FWSA 1YDOA 3ZR4A 3W7CA 2ZA2A 1TPVA 4RZ4A 1PL9A 1KFEA 4N6EA 4UNLA 3TSBA 3BARA 2TYSA 3O16A 3NGJA 2C6QA 3DXIA 4HN4A 3C4UA 2W6RA 4FX6M 1KTCA 3A21A 3S5ZA 2YFNA 1JUBA 5I3HA 5KTLA 1W5NA 2QEZA 4I7WA 3STGA 4YCPA 3LRLA 3W9ZA 2A7RA 5DELA 5DY3A 1OFDA 2J9YA 2ZZ5A 3VE7A 1H60A 3IV3A 1LORA 2QCGA 1W56A 1DOSA 1JR1A 1O4UA 3TE9A 3O6DA 2X1TA 5AC7A 3P81A 1TO3A 5LNRA 2ZZ6A 4UFIA 5BNKA 3F1QA 1DORA 2E68A 4MOZA 4ADSA 4OE7A 2HSAA 3S5OA 4NZJA 3LERA 5L6UA 4EF9A 3TKFA 4ZQRA 4FB7A 3VI2A 1W1ZA 1LCOA 1WV2A 5LGXA 1MEHA 2H8XA 2HS8A 3S1XA 3NQGA 1YPIA 2PC4A 1B3OA 5FF2A 3IIXA 4JTSA 3NQCA 1ZENA 4RZ5A 4O1CA 2KZHA 3PSWA 1H7NA 1TPH1 2Y85A 2RH9A 3TNOA 3TIMA 3W7LA 5K9CA 1AW2A 3FS2A 3OVQA 5IBXA 3TK7A 3HMJG 1XCFA 1RVGA 2QCHA 3NM1A 5IBXC 4MIMA 3I7QA 1X8FA 1OX6A 4JYDA 3W7NA 2ZRXA 2J24A 1RPXA 5D2VA 3LB0A 1FWWA 3STEA 1AG1O 3TQKA 2JKPA 3RNDA 1VPXA 4RZ6A 1LBLA 2QUVA 1L6YA 1VYPX 4AWSA 2CZ5A 5LNUA 4FNSA 2C0AA 5KINA 3U6WA 2E6DA 5HWNA 2I9EA 3MHGA 4FXSA 4LUJA 4BI7A 1DKWA 3BG9A 3W1RA 5FEWA 1PCWA 2O7QA 5GVJA 1M6JA 1KBJA 4XTDA 5EBUA 5AYZA 2YXGA 3SZ8A 2WPBA 3EWBX 5F4XA 1O60A 2CLOA 2ZRWA 1T0OA 1GWJA 2ZTKA 3QYQA 3LRMA 4Z0SA 2WSYA 1BTMA 3N73A 2CFFA 4MZ8A 2Y7DA 1XUZA 2H3BA 3A9IA 2DJLA 2X30A 3U8GA 5DLCA 5AHFA 1Z48A 1ICPA 2PRHA 1OX4A 4FNUA 3Q37A 4LRSA 3E9AA 4UTHA 3BLFA 2FDSA 2ZRZA 2OJPA 4NQ1A 4IPIA 2QJGA 5I3KA 2P0OA 2VEIA 3C2FA 3MO7A 3W7KA 1FWNA 3KFTA 5L9FA 3GXTA 1U83A 3A5VA 3GR7A 3PBVA 4O28A 1P0NA 3KVKA 4XQ6A 3BW2A 3O05A 4O4WA 3S9YA 3QFEA 4PL2A 1YXCA 5F4SA 3BPWA 1CX9A 1WAUA 3K30A 3PM6A 3S42A 5I3GA 5D09A 2EAWA 4WX2A 5FF3A 3HGRA 3LHTA 3M7WA 2X16A 3FOKA 4IXHA 4PFMA 1XBYA 3QF0A 1LRNA 5F4WA 2JKEA 1R30A 3HJZA 3DFTA 3SGZA 4M7TA 1H7RA 4X9SA 2ALDA 3CM4A 4A3UA 2JKAA 3LXCA 4ZL1A 1JCYA 4KWWA 4UR8A 2Y62A 5EMUA 2R91A 1UB3A 4UUIA 3VKJA 4S2BA 4GXMA 1T8XA 3RMJA 2BXVA 3SFKA 4NJKA 3C3NA 3R12A 3GXNA 3W1UA 1L2UA 1ZHAA 3W7DA 3U2OA 3L21A 4RCXA 1XKYA 5G4EA 3DHFA 1S5VA 2VEKA 4UC5A 3VE9A 3PB2A 1Q6OA 4OGZA 3QMTA 4O18A 5LNVA 3T4CA 4MY9A 3S8HA 2D73A 3HQ1A 1V7YA 3W1TA 2J6XA 2V5BA 4L4LA 2ZZ3A 1FXQA 3WJWA 4LW7A 1LLZA 4IPJA 4POCA 1B4KA 1LOQA 1QPRA 4E38A 2E77A 3L2IA 4H3DA 4AHPA 3TFCA 1LP6A 4NJGA 3TC6A 1TTPA 2ABBA 4N9BA 3P74A 3KRSA 1C8VA 4O11A 4RLIA 4XKYA 2NX3A 3DU0A 2WKJA 4MYAA 4PCFA 4O1DA 5G2IA 1LZOA 2QUUA 1HO1A 1G6CA 3IIVA 3TAOA 4OWGA 3N2XA 2EKCA 3QMRA 3CC1A 2JGYA 2QJIA 1GVSA 5D37A 2FLIA 3WJZA 3W7OA 1A5CA 3JRKA 1JCXA 1EUAA 1TV8A 1DL3A 2CZDA 2NXHA 3DGRA 3NQVA 5K4ZA 2A6LA 3TFXA 1OYAA 4IMFA 4ORMA 1BEUA 3R2GA 5CG7A 2E09A 1Q3NA 2X1UA 4OV4A 3EWUA 1Z42A 2DZTA 2F7FA 4WZHA 3CHVA 4WY0B 3W2KA 2TPSA 4KFOA 1EA0A 1JRCA 1KLYA 1SR9A 2V0TA 4RR4A 1ME7A 1LOSA 4GWEA 3LDVA 3PUEA 1JQVA 1TPDA 4M19A 1VH7A 4LVFA 4E2BA 2DZPA 1D3GA 3B0PA 1ICSA 4UTTA 5MHBA 3MI3A 4NNCA 1ZCOA 4FIQA 3L5LA 3MW7A 4UTTC 1FWRA 1P4CA 3TJLA 3NPUA 1W5PA 3G3DA 5G2HA 2QAPA 2FTPA 1XBZA 4GJ1A 1LLWA 2FFCA 2DZUA 4XKYB 5G5IA 4JEQA 3BG3A 1ZAJA 1E51A 3I65A 3IEBA 3N19B 3PBYA 3FEMA 4Q33A 1AL7A 3GLCA 3DFNA 4IWWA 4OBTA 4W9TA 5CPNA 4PTNA 3HPZA 3KXQA 1CW2A 3LHZA 3PF3A 5TIMA 4J9JA 1OYCA 4O14A 1YTEA 1I2PA 2BLEA 4NUWA 2ZZ1A 3G0SA 5K2ZA 1ZNNA 3PBWA 2OT0A 2NUYA 1LBFA 3VCRA 3BLIA 4NX0A 1GPWA 4PL1A 1LYXA 3E02A 2V81A 4RX0A 4DO4A 1DJQA 1VQTA 1FWTA 1YTDA 5DXYA 4JTJA 4N9DA 3UWYA 4CQ9A 2QCLA 5K9DA 1VS1A 4TU1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4G1K A;  4EP8 C;  4GXP A;  3O3R A;  3FGC A;  4XZL X;  4GOA A;  3IVS A;  4MSS A;  2JGQ A;  4RJE A;  3BUR A;  1F3T A;  2W91 A;  1VJZ A;  5CLT A;  1W37 A;  3QZE A;  3VOC A;  2B7O A;  1YE4 A;  3NQ8 A;  5EGR A;  1B90 A;  3E6E A;  4LNC A;  4R7W A;  1V3H A;  4F0K A;  3PZN A;  3QH2 A;  3ZT5 A;  3L5M A;  2C15 A;  1S5W A;  4KIR A;  2D22 A;  1QCW A;  1RJP A;  4IME A;  2YLA A;  4CVW A;  1C9D A;  3AHZ A;  1NDV A;  3EPN A;  4HU8 A;  3QZA A;  2PTY A;  2PGE A;  1FWC C;  1HNY A;  3T2P A;  1MSS A;  1YEY A;  2NQH A;  3BH4 A;  1KTN A;  2G8Z A;  2DW7 A;  4O15 A;  4U2Z A;  1QPO A;  3WUG A;  3RCM A;  1WUF A;  1JIB A;  1Y0E A;  1OY0 A;  1IR2 A;  3KOW A;  3T8Q A;  3LHY A;  4HPH A;  2ZTJ A;  1XSK A;  4A29 A;  1FX6 A;  1RY0 A;  3WFL A;  4MWA E;  3W1P A;  2DH2 A;  1YBQ B;  3UG3 A;  1ICQ A;  4FXJ A;  1XLH A;  1JZ4 A;  2TMD A;  2BX7 A;  2QIW A;  3B97 A;  1UR4 A;  5CGT A;  3I10 A;  3CO4 A;  3EPO A;  3VMN A;  1N8F A;  4DBE A;  2BWG A;  1PO9 A;  1JQX A;  2V9D A;  3O07 A;  4JNY A;  4NZC A;  1S5T A;  4TR9 A;  3SFW A;  2V3F A; 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