3F9KA

Two domain fragment of hiv-2 integrase in complex with ledgf ibd
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
204
structure length
204
Chain Sequence
KIEPAQEEHEKYHSNVKELSHKFGIPNLVARQIVNSCAQCQQKGEAIHGQVNAELGTWQMDCTHLEGKIIIVAVHVASGFIEAEVIPQESGRQTALFLLKLASRWPITHLHTDNGANFTSQEVKMVAWWIGIEQSFGVPYNPQSQGVVEAMNHHLKNQISRIREQANTIETIVLMAVHCMNFKRRGGIGDMTPSERLINMITTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein, recombination
molecule keywords Integrase
publication title A novel co-crystal structure affords the design of gain-of-function lentiviral integrase mutants in the presence of modified PSIP1/LEDGF/p75
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 2
total genus 74
structure length 204
sequence length 204
chains with identical sequence B, E, F, I, J, M, N, Q, R, U, V, Y, Z, c, d, g, h, k, l, o, p, s, t
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3f9kA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3f9kA02
3O3GA 4WE1A 4FK0A 3L2RA 4C8KA 2XY8A 3AVIA 4OLAA 4DF8A 4CHYA 4LSLA 3NGIA 3OYHA 1JXEA 2HHTA 3LPUA 3QNNA 4QOZB 1EKEA 4J2BA 3AV9A 4CIEA 3I0SA 4NCGA 5E41A 4DMNA 4C8OA 3K58A 1LWEA 4IG0A 1FK9A 4G1QA 2YNIA 3MXMA 2W42A 4KREA 3MXIA 3O4NA 4KPYA 4CJTA 4E0DA 2VG7A 4DU3A 1J54A 5CZ2A 2B6AA 4CF9A 4DSEA 2WONA 2OYQA 2HHSA 1HMVA 1RDAA 1TKTA 1UWBA 2DFFA 3L3UA 2XHBA 3K5MA 3TAQA 4PQUA 1ASVA 3KKSA 3HP9A 1QSSA 5HP1A 1UAXA 4DS5A 2D5RA 1VRUA 3WNGA 4F8RA 3SQ4A 3ZSQA 3HVTA 4FM2A 1BIUA 1S1UA 3SQ0A 4FLZA 1VSHA 3C6UA 1SL2A 3KK2A 4DTNA 1ZBHA 2VWJA 1W9HA 4CJKA 4BE0A 3HSTB 2B5JA 3M8PA 1WJFA 4OGCA 4W5RA 3NDKA 3F73A 2IDOA 4GVMA 3SV3A 3DLHA 1BCOA 4H4MA 4NCBA 3NBPA 4AHSA 1WSJA 1CZBA 3AVBA 2Z1IA 3U3GA 4CJEA 3NCIA 3KD1E 3S3NA 3AVNA 1TK5A 3NF8A 1JLEA 1A5WA 4O55A 3V4IA 1JLFA 4Q5VA 1NJXA 2Z1JA 1IO2A 4O0JA 4EP5A 1D8YA 1QQCA 4YFUA 4DLEA 1HQEA 1JKHA 3HJFA 4CESA 3VQEA 5D3GA 3HPGA 2G8WA 1D9DA 1NJYA 2HVHA 1VK0A 2FBTA 3QEIA 4FJ9A 3AA3A 4DFJA 1WJCA 4CFCA 1KVCA 2Z1HA 3K2PA 4E1NA 1KVAA 4B9SA 1IG9A 1UA1A 1YVUA 3DRSA 4CK2A 3OYLA 1B9DA 4JS5A 3DLGA 3O3HA 3TI0A 1BGXT 1T7PA 2G8FA 1RNHA 4M3TA 3OYIA 1I39A 2EHGA 2RKIA 4FM0A 1LWFA 1X9MA 2KFNA 1DTTA 2ZE2A 4LY7A 1SL0A 4FLTA 4M3UA 1DTQA 4W5QA 3OYFA 1BL3A 4E3SA 4KHUA 3DOKA 4CHQA 5C42A 3FFIA 3C95A 3HPHA 2E4LA 4B9MA 3V1QA 4E7KA 1TK0A 5KTQA 5FROA 3B6OA 1Z26A 4CGFA 3OYNA 3AVGA 3DLBA 1EXQA 1ZYQA 4F3QA 1RBRA 3RRGA 3TWHA 3V9SA 3T3FA 2A1RA 3CFRA 4F2RA 4FJNA 3SCXA 3KK3A 1NK4A 1GOAA 3HL8A 2FBVA 3DLEA 4B3OA 4DTSA 5KRTA 4M3YA 4AHCA 3KD5E 3KLEA 1I3AA 1BHLA 1WSEA 1TK8A 1RBSA 3HYFA 5KGWA 1S1VA 3SUNA 1IKYA 2VWKA 4FJKA 2XO7A 3HM9A 3TAGA 3K59A 4IDKA 1VSJA 1BI4B 4Y1DA 3V1RA 1NOYA 3BGRA 1XHXA 2R7YA 5HLFA 1N5YA 3OYCA 1JLQA 1RT1A 1RT2A 3AVKA 1JXBA 1XI1A 2BE2A 2XRIA 3D45A 1L5UA 4FK2A 4ZTJA 4ICLA 3TAFA 2FBXA 2DFEA 2X78A 1NKBA 3PO4A 3NH1A 2JGUA 1KVBA 4FYDA 4ZTFA 1TL1A 3NGYA 2HHQA 3RMAA 3CM6A 2BGGA 2LSNA 1HYVA 1YTUA 4BWMA 4J2EA 2KZMA 1SV5A 1IKXA 1Q9YA 2HNYA 4FZZA 3DRPA 2PYLA 3OYMA 1REVA 3CG7A 1UA0A 3H08A 1S9GA 4CK1A 3KLHA 4CHPA 1RILA 4B9LA 4FJ8A 3OYKA 5J2PA 1VSMA 4CJ5A 4FJJA 1UOCA 1XWLA 1ZBLA 4Z4IA 5HROA 1Q8IA 3ITHA 3KJVA 4B9UA 4HCCA 3TANA 5HRPA 3AO4A 3PO5A 3OVNA 3SYZA 2OPQA 3BDPA 1JLCA 4NCAA 1BIZA 1C1AA 1MU2A 4LH4A 1Y97A 1C0UA 1G15A 1LW0A 2OPPA 4KI6A 1KFSA 3AVHA 2HVIA 2Q3SA 1IKWA 2X6SA 2Z1GA 3L8BA 3ZT4A 3LP0A 1SKWA 4CK3A 4N5SA 3L2QA 4CJWA 4NYNA 5C25A 3MEEA 2GUIA 1FXXA 4EP4A 4CCHA 1WSHA 3JYTA 3AVFA 1HJRA 1YT3A 4AHTA 4IKFA 3VQ9A 4N41A 3S9HA 3HO1A 1LW2A 4E7IA 4K8XA 3PV8A 1XC9A 4FJ5A 2IS3A 3LAKA 3ZSVA 3DMJA 4CGJA 1KRPA 4N76A 3F9KA 4CEFA 4FLWA 4BDPA 4M3ZA 3SPYA 1WLJA 1Q9XA 1YTAA 5T7BA 3CM5A 4I9LA 2IAJA 3VQCA 3OYJA 2PZSA 2OPRA 3LP2A 1A5XA 3AA5X 3P5JA 1TVRA 4FW1A 5CYQA 4BDYA 1L3SA 4F2SA 4KV8A 5I3UA 1BI4A 3NFAA 5FDLA 5SZTA 3K5NA 3OYEA 4ELTA 3IRXA 1HYZA 3AA4A 2G8HA 3B6PA 3I0RA 4IG3A 1KONA 3M8QA 1HNIA 3MEDA 1KFDA 3ZSZA 3V6DA 2OZMA 4DSLA 3L2UA 3OJUA 4DQSA 4C8MA 1WJAA 4CJQA 3L2VA 3SUPA 4FZXC 3DOLA 4NYFA 4KHSA 3EZ5A 1LAVA 1VRTA 2X6NA 3QLHA 4KTWA 5C24A 4BACA 1WN7A 5K14A 2VG5A 4CJLA 4DQQA 4B8AB 1EX4A 1RDCA 3VQDA 3SI6A 1HYSA 1Z25A 4JLHA 4CGIA 4AHRA 2OZSA 1U45A 4CJSA 2KFZA 4N56A 3S3OA 2GV9A 1RTIA 4OKJA 3PX4A 1TAQA 3NHGA 1FKOA 4E19A 4W5OA 3U3YA 5I42A 3OYBA 4HUFA 1TV6A 4CJFA 4MQ3A 1D9FA 3AO1A 4ZHRA 3DLRA 4PWDA 3AVMA 3K57A 1SKRA 3V9UA 3OYGA 4DTRA 4KRFA 2ETJA 4CGGA 1TAUA 1S1TA 3LANA 4DTMA 2D0BA 4FK4A 1WAFA 4OVLA 4JRPA 4DTPA 1KLMA 4DG1A 3ZT3A 2DFHA 3IS9A 4OKEA 4FLXA 4OLBA 3QESA 4CIFA 4CECA 4EZ6A 3D0PA 4E7LA 4FLUA 2P5GA 3I8DA 3AVCA 3EY1A 4FLVA 1U4BA 2KQ2A 3QERA 2KW4A 5DMRA 2QK9A 1LAWA 1WAJA 4DTXA 5HBMA 3VQQA 3C6TA 1JLBA 2O4GA 2HW3A 4Z4EA 1RT3A 3KLFA 4J2AA 4O0IA 2ZQBA 5CY4A 3PUFA 3LWMA 3NF7A 3V81A 2RPIA 2YV0X 1QSYA 1L3VA 4ELVA 4FVMA 1B9FA 1VSFA 3O4QA 1JLGA 3VQ4A 1RBUA 2WOMA 3KK1A 1U47A 2VG6A 3CFPA 2G8VA 5CYMA 3LPTA 4HHTA 2YNHA 1S6PA 2YHAA 2BDPA 4CHZA 2XY5A 5HRNA 2RN2A 2QKBA 4YNQA 3RR7A 1NK6A 2DY4A 1E0EA 1QE1A 1T03A 2P51A 4KHYA 4BE1A 2YKNA 4O44A 1VSDA 2P5OA 3ZSWA 3OJSA 3ALYA 4BDZA 3V9ZA 3RMDA 1RT7A 2YNFA 1X9SA 2GBZA 4RG8A 3T1AA 3OS0A 3MECA 2YNGA 4RW4A 4M42A 4DS4A 1RTHA 4OPKA 4DSIA 1HNVA 4AH9A 1MW7A 4B9VA 3PX0A 3EYZA 4PY5A 1LV5A 2IOCA 3VQPA 5HRSA 4ELUA 4I7FA 3NGZA 4DLGA 4E1MA 4FZYA 3RMBA 4KI4A 2HNZA 4PA1A 3TAMA 1CXQA 2IGIA 1QHTA 4F3TA 2F96A 4GW6A 4CE9A 3NE6A 1CXUA 2E6LA 3SZ2A 3SPZA 4CJVA 1S5JA 5FRMA 3CYMA 1RDDA 1ASWA 3M8SA 4DTJA 1IH7A 3L2WA 3SV4A 4CF0A 4CJ4A 2HHWA 2ITGA 2HNDA 3HVRA 1GOCA 2E6MA 2X74A 4FW2A 3SJJA 3PY8A 3LP1A 2DTUA 3VQ7A 4FJ7A 1J9AA 4I9QA 2OA8A 4RW8A 3DLKA 1S1XA 3IG1A 1WSFA 4RW6A 3WNEA 3NH2A 3M8RA 4C8NA 4HUEA 4FCYA 3TAPA 1HPZA 1KTQA 3AO3A 3HP6A 2OPSA 1SUQA 4CIGA 3AO2A 2G8KA 4KTQA 1RT6A 3VQ6A 3ZSOA 3VQAA 4DTUA 3LDSA 3QIOA 1RBTA 2JLEA 1XHZA 1F21A 4KO0A 3DI6A 4RW9A 3OS2A 3THVA 3E01A 3P83D 2HMIA 3HXMA 1S6QA 2NUBA 3L3VA 3V1OA 1NK7A 1U48A 1IKVA 4QCLA 3TABA 3QEVA 1ITGA 5J1EA 3SNNA 4DSFA 1VSKA 3TR8A 2XY6A 3KLGA 1L3TA 4CF8A 3MXJA 4C8LA 3ZSXA 5KGXA 1KLNA 4ID5A 1JL2A 4DQPA 4Z4HA 3DRRA 3DYAA 2XY7A 5SWMA 1B92A 1WSGA 3ULDA 2KZZA 3LZIA 3S3MA 4AHVA 1J53A 1L3UA 1EETA 4HUGA 4HCBA 3PX6A 3MEGA 4PUOA 3LALA 2P1JA 1JLAA 4RW7A 3SQ2A 3AVAA 1JL1A 1RT5A 3G0ZA 4DFMA 1TKZA 4E7JA 3KLIA 2I5JA 4LSNA 1NK5A 4UQGA 2PY5A 4TSXA 1EP4A 2D0CA 3MAQA 3HK2A 4I2PA 4CFDA 2AJQA 4B08A 3AO5A 1NK9A 4CEOA 3ZSYA 4CJPA 1BISA 4JRQA 1N6QA 2HHXA 1LWCA 1VSEA 4Y1CA 3LWLA 1T8EA 1SKSA 4M3RA 3OYDA 4CJUA 4Q0BA 1C1CA 1C0MA 2G8UA 3RRHA 4CEAA 4CF1A 1QS4A 5CZ1A 3O3FA 3LZJA 4DFPA 1ZBFA 3QEXA 1QTMA 4FJHA 2D0AA 1GOBA 1K6YA 4DSJA 4CJ3A 4BWJA 4O5BA 4CFBA 1TKXA 3QIPA 3T19A 3ZCMA 4CGHA 4DTOA 1NKCA 3G10A 4GMJB 4B8CA 3P1GA 1NKEA 1J5OA 2O4IA 3HPOA 3QINA 3SQ1A 2B4JA 3AA2A 3ZSRA 2EX3A 3ASMA 1ZBIA 1WJDA 2G8IA 3RTVA 5J2QA 2PYJA 1BCMA 1R0AA 4DQRA 1HQUA 1C6VA 3QNOA 4FJGA 4M3WA 5J2NA 1WNSA 5HRRA 4CEZA 4CEQA 3OYAA 3C94A 1RTDA 5FRNA 3QEPA 1A5VA 3VQBA 4KHNA 1VSLA 2BANA 3LP3A 4J2DA 1U04A 2YHBA 4CHOA 4DSKA 4EZ9A 4M45A 3CFOA 3UIQA 2ATQA 4LH5A 3U6FA 2HHVA 4IFVA 4B9NA 1TGOA 4FJIA 4F3OA 2Y1JA 4Z4FA 2QXFA 4BE2A 5KRSA 4CFAA 4F4KA 3NAEA 4KB0A 4W5NA 1S1WA 5JS2A 1LFPA 1RDBA 3NF6A 4IFYA 4CERA 3VA3A 2Y1IA 4AHUA 3JSMA 3SUQA 4E7HA 1NK0A 4KB1A 4CEEA 1TKDA 4I2QA 3WNFA 4OGEA 4L8RB 1FKPA 1BQNA 1D5AA 2YKMA 3TARA 1W0HA 3QEWA 4HVJA 3QETA 4Z4GA 2HHUA 3TAEA 1WSIA 2A1SA 4LD0A 3OY9A 4HTUA 3V9WA 2RF2A 3DM2A 1X9WA 3RMCA 4DU4A 4QAGA 4FM1A 1SL1A 4W5TA 4DQIA 4DWIA 1KCFA 5DK5A 4CEDA 1CZ9A 1ZBUA 1NOZA 1HRHA 1DLOA 4E89A 4OKKA 4N47A 3KKRA 3V9XA 1C1BA 4CEBA 2KTQA 3WNHA 3ZT2A 4FJXA 3SUOA 4CGDA 3LAMA 1NJZA 4ID1A 2IC3A 4DF4A 4H8KA 1X1PA 4CHNA 4AILC 1ASUA 1O1WA 3A2FA 2FC0A 1WJEA 3KIOA 3RR8A 4KAZA 1KSPA 4CF2A 4FXDA 3KTQA 5JS1A 4FJLA 1BQMA 1RT4A 4M3XA 1TL3A 1C0TA 4KKOA 3AVJA 4Z0UA 1RBVA 2ZD1A 5KI6A 3VQ5A 1T05A 4XIUA 3ZT1A 1QSLA 1WJBA 4O4GA 2HB5A 3ZT0A 4Z4CA 4CJRA 1U49A 3RWUA 1RTJA 4M41A 4JS4A 1VSIA 4R5PA 3VQ8A 1RCHA 4B9TA 3IAYA 3NF9A 3VN5A 3VA0A 1NK8A 1S9EA 3QO9A 4K8ZA 2F8SA 4H4OA 4KTZA 3K5OA 3NH0A 3HT3A 4FLYA 4DFKA 4DU1A 5J2MA 1NJWA 2QKKA 4KHQA 4IBNA 3K5LA 4FJMA 4OPJA 1CLQA 3ISNC 3AVLA 2FBYA 3CQ8A 4KHWA 4MFBA 3OS1A 5EU7A 2F8TA 4OJRA 4KFBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HF0A 4BRIA 4HSTA 3L9FA 5HODA 3QNNA 4ZYDA 1S72I 2E1MC 4KN7X 4RMNA 3L7WA 3IKVA 1APLC 1P8ZA 1EH6A 5CZ2A 4DZPA 3TOBA 1ZREA 3R9PA 2O9LA 2P9IA 3IH3A 4F8RA 4JK9A 4A3GJ 3FK6A 3KP6A 4U7DA 3KK2A 1IN7A 1LVKA 4DTNA 3O1BA 4ASNA 3SV3A 1WJFA 3F73A 4QPQA 3G4SN 3RPUD 2UV1A 3VYRB 1RDWX 3AVNA 1D8YA 3V4IA 2DDBA 4O0JA 4L3QA 2HBJA 2AQFA 3ZCOA 1FSEA 5E3LA 5EVZA 1KVCA 2L2OA 1J9IA 2Z1HA 2NRTA 1VQMI 3P9IA 4JS5A 3JSPA 2X51A 2O8CA 3IUOA 2V9VA 5TKYA 1E17A 3FFIA 2E4LA 2V9PA 3BG6A 3H46O 3DLBA 2YUSA 4KIFA 4HX8A 1TTYA 3KD5E 4YRVA 2L0KA 5LFAA 1VSJA 5B1AH 2F4IA 2P9SB 1T3VA 3NH1A 3S1RJ 1JCGA 1T98A 2EIJH 1IBMK 1SC7A 4XIDA 2E7WA 4GO1A 5D5UB 4IRIA 4KIGA 4Y4RA 5FGMA 1Q8IA 3TANA 2RREA 4EJTA 1OFCX 1VFCA 2CW8A 2HVIA 3CCSN 3L8BA 3O8HA 3LP0A 1SKWA 2VT3A 1D8JA 1BA0A 3QP5A 4UV9A 4E7IA 4H0PA 5CVRA 5F1JA 5GPCA 2CH6A 2X48A 3WXKA 3EUHC 3K1NA 3A01A 4F52A 4YDUA 2EZIA 1HYZA 3AA4A 2H09A 2E5ZA 1HNIA 2OC6A 4UB8C 3OJUA 2NS8A 1N32K 3EUKL 3QLHA 2ZGYA 3MZYA 3ONQA 5IWAK 4HQEA 4BNCA 2XAUA 1FKOA 4JHDA 4E19A 3DAWA 2AQEA 3S17J 2OUMA 3SFZA 4K43A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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