3FZVA

Crystal structure of pa01 protein, putative lysr family transcriptional regulator from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
297
structure length
285
Chain Sequence
YTLRQLKYFVTTVECGSVAEASRKLYIAQSISTAVKGLEESFVQLFLTPAGARFYRKAQELLRMAHEFEQNLADNDVIAGQIDIGCFETVAPLYLPGLIAGFRQAYPGVEIRIRDGEQQELVQGLTSGRFDLAFLYEHDLDSTIETEPLMPPQRPHALLPEGHRFAGQAQVSLRDLCLEPMILLDVQPSRTYFVSLFEELGLTPNIAFSSPSIEMVRGMVGQGFGFSLLVTRPHSECTYDGKKVVMVDLAEPVSTSGLAAAWLKRAQLTKPARLFVDYCREQLGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transcription regulator
molecule keywords Probable transcriptional regulator
publication title Crystal structure of PA01 protein, putative LysR family transcriptional regulator from Pseudomonas aeruginosa
rcsb
source organism Pseudomonas aeruginosa pa01
total genus 68
structure length 285
sequence length 297
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3fzvA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fzvA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3fzvA03
1E2XA 4QF9A 1RZ4A 4P55A 2ZMEB 4DDDA 1XT8A 5HLIA 2CMOA 2W85A 4GFRA 5K2XA 3GFIA 4Q0CA 1N7XA 2A07F 2HQ0A 5KZTA 3HSEA 5ISUA 4H67A 1ZLJA 4KN7X 2UVHA 3MZBA 1B2HA 3LSLA 1YW8A 3H03A 2IPQX 1IN5A 1X3UA 1YTYA 1MXYA 2O1LA 4JDFA 4TOZA 3IX1A 2PT1A 5LGTA 1SD5A 5AE4A 3IAZA 1AH5A 1QKBA 3U9GA 3DXJF 1N3WA 4RGSA 5K5OA 2VC0A 1KQ8A 1SFUA 2HAUA 3I59B 2GA2A 2H99A 3H92A 3WTTC 3JTGA 2Y84A 4PFUA 4RYAA 5DDGA 2F5EA 3LQRA 2DAOA 5H8NA 4UHTA 1QKAA 5CM6A 3V83A 2QBYA 1OYYA 1EZPA 4K2EA 2M8EA 1R58A 1XGMA 5TP9A 1URDA 5E1ZB 2JPCA 2AS5F 1A8EA 4EXLA 3G3IA 1A8FA 2OD5A 1P99A 2HAVA 3E5XA 4KMFA 1AL3A 2HCAA 1HXDA 1J7KA 3PPRA 2RF1A 5I58B 1PDNC 1XDUA 3VVFA 5H6QA 4LONB 4F7ZA 3KFWX 2OAZA 5EEGA 4F39A 2XXXA 2BEOA 5H6RA 3K1PA 1DTGA 1BN5A 1IUDA 2RINA 2QWWA 1XGSA 2XX8A 5D5VB 3C36A 1B58A 4P96A 2F5CA 4KYWA 3DP8A 1MQGA 3GYHX 1S9TA 1Y3NA 2QQBA 2FNPA 3RKXA 2RQPA 2XGXA 1KU7A 1BI1A 1S50A 2F7AA 4LG0A 1SYHA 1FCKA 2UVJA 2H6CA 1KYWA 2RKMA 4RA1A 4HX8A 4G4PA 2KIFA 4CDGA 1HSLA 1IF1A 2YR2A 2HDCA 1BP5A 2GQQA 4JBAA 2QRYA 1RYXA 4DXUA 1EZ9A 2XAFA 3TEPA 3CG1A 3ELKA 2PBIA 5I56B 4A5MA 2LDUA 4RGRA 3OV8A 3IORA 2V3UA 4KFCA 1PP8F 4KIFA 4NB5A 2L4AA 4POXA 5D6EA 2NRAC 2ONSA 3WODF 1KA8A 3LA7A 4Y15A 1USYH 1ZJLA 1MY1A 4G68A 4H8IA 3WTVC 1SD3A 2RN7A 4HCYA 3OD7A 4FT8A 4EQ9A 2HOEA 3LQQA 4XIGQ 1P4WA 4ESFA 1P2FA 1O3RA 1NH8A 4A2UA 1ON1A 3FATA 3KN7A 1S6LA 1MDMA 3KBRA 1J1NA 2HEUA 4R6KA 1USTA 3UP9A 4KYSA 2RC7A 1WI9A 3GWZA 3T93B 3CR9A 2VXZA 2Q8KA 2F36A 1FOKA 2Q0OA 1LB2A 2IVMA 4P9UA 5CMBA 1H9GA 4R79A 4WWCA 2VT2A 4GF8A 3RTFB 1SD4A 5A2QZ 1KU3A 1K7AA 4EJVA 2XKOA 2DWAA 1NNFA 1OVTA 2F34A 2GXBA 1ZMGA 2Z23A 2IEEA 5ITOA 1LB9A 3KEOA 2DQRA 3G7WA 4UV8A 3WU1B 5AA1A 5ICGA 4IRGA 1P4AA 2YU3A 3LWFA 3EPEA 1EU8A 2A6EF 3M3KA 4IPAA 4GIZA 2PMHA 3OOPA 4OENA 4LP2B 4IO4A 2NS0A 1MJ9A 4N07A 5H8QA 3I6VA 3R6UA 1N0TA 3RI4A 1GV8A 2DO7A 2GXGA 2DVZA 4HTGA 1YW7A 4YIIA 2COMA 3EYYA 2E7XA 4N9HA 4L17A 2D21A 5JTYB 2HFBA 1SD7A 2DFIA 1R9QA 3FUZA 3HSTA 1IQ7A 2Q89A 3FF5A 2OQRA 3ZS6A 3TTNA 3JTHA 2OZZA 5IKBA 4ZDMA 3TTRA 5E1XA 4HAMA 4OMZA 2QUFA 4M6XA 1P92A 3WE2A 3CUOA 1B0LA 4MHGA 2G9WA 2VHAA 3EHSA 3N4MA 2HZKA 5IT9K 2DE3A 2EFWA 1S3JA 4ELRA 4WKMA 2P0SA 2ETHA 4EGZA 5HS7A 3KP2A 3V8LA 2F35A 4M74A 2KJCA 5LEKA 1FTJA 3QYTA 1U5TB 4TV7A 4C0RA 1IN8A 1SYIA 5H8FB 1HW1A 1O7LA 2M30A 1MY2A 1P4XA 4X48A 4CYDA 3UGWA 4RGUA 3EHTA 4OQOA 5DVIA 2D5WA 3SERA 2Z5UA 3MFKA 4NF8A 1MJAA 3H06B 1YQAA 3K9TA 4F3SA 3CDHA 1N84A 3RY3A 5KDTB 3RGYA 2NOOA 5HDNA 3I58A 3RDIA 4ELPA 3IL2A 1LAFE 3RNNA 5DD4A 2UXAA 4U4XA 1TNTA 1US4A 3M3LA 3DP6A 4GO1A 2DWHA 3RN8A 4CICA 2QQAA 4GLIA 4EUOA 3LC8A 2FE3A 2IA4A 3TCHA 1LJ9A 2O51A 3OOAA 2CGPA 5CJ9A 3MVYA 3ZMSA 4DLDA 2K27A 4ZE9A 2XV4S 4EDPA 5AA2A 2GHBA 3OMBA 4HX7A 4DE8A 1AOYA 1U3EM 1W4MA 3MWBA 3R26A 2THIA 1IXHA 4C1UA 3GEZA 1ZN2A 4AWXB 2HZTA 4I2OA 1ZTYA 3K2DA 4R72A 4F2OA 3G3JA 2W84A 4PGGA 3TOAA 1YYVA 3QPTA 4M9SA 1MH3A 5K5QA 1MQIA 3RJPA 1UHMA 3QK6A 5LBQA 4BHBA 1LQ1A 1Y1ZA 3VEPA 3S9LC 1IW7F 3H3GA 2DPUA 3FV2A 4YB5A 3IL1B 2QZ8A 4GGGA 3DKWA 2DVCA 4MBPA 3OO7A 4IGTA 3MVXA 4EM1A 3I53A 2XXVA 3TTMA 4HQMA 1CE2A 4LA9A 2ZO4A 2XX9A 1CF7A 2VODA 4MEYF 1URGA 4K3FA 4EGYA 1DPPA 2Z22A 4JB7A 1IN6A 5L9MA 1ZAOA 3I5OA 4X1BA 2QMXA 1IN4A 2ZCWA 1I27A 2VOOA 2F2EA 4M9XA 2IA1A 5I2NB 2P4WA 1M5DA 4OIQF 1EV7A 3LSTA 4O6JA 5CVVA 4AIJA 4PCQA 1ZH5A 1T0FA 5L9SA 1QW0A 2MBFA 3O3KA 2GH9A 3D5LA 3MPLA 4KNYA 3IR1A 3O97A 2JZYA 2HXWA 1MXWA 3RYRA 3TKYA 4LLGF 3TDUC 1LSTA 2GWRA 1R23A 2K4BA 5DCFA 1REPC 2XXHA 5AA3A 5ERIA 3P9IA 4KN4X 3O2AA 4R75A 4H0EA 1PEBA 4C1TA 4HLXA 3QIMA 5DYHA 4YZZA 3P9CA 2IRFG 4F1YA 3OELA 4AIHA 4KIGA 2P5KA 4M71A 4EQBA 3IJOB 3T8TA 2E1CA 3DP4A 4IB2A 3VB2A 1H45A 1J59A 2DPDA 3C9HA 2R7FA 4Z0IA 2DQVA 4U1ZA 3ONMA 1JW4A 3RYPA 2UYFA 2OK2A 2I6EA 2M5WA 4NF4B 1KQ0A 4O3MA 1MXZA 2DQLA 2RKHA 4IVNA 3HRSA 3GFLA 2P5LC 4H65A 2ESHA 4ESWA 2DU9A 4RY1A 4EV0A 3MW0A 2P8TA 4HQEA 4YKIA 3S4UA 1SW4A 2WTEA 1EH7A 4LZ7A 5AIQA 2XUBA 5KVRA 1JXSA 2FRHA 3PPOA 4P11A 3IB0A 1BBYA 1XN7A 1UIVA 5CBRA 1JEUA 4IY5A 1BC8C 3HYIA 3QUFA 1D9YA 3O6GA 4O5VA 4IHTA 3I3VA 3USDA 2CSOA 2YPRA 4U4SA 1PB8A 1K78B 2FEZA 2W57A 1H76A 2GAUA 3FD3A 5E1WA 1A54A 2R71A 2XAQA 1DDNA 4HA8A 4ELOA 3IK6B 3PFIA 3F72A 5CBSA 1ULYA 2D2WA 3ILTB 4G8NA 1LVAA 4YMBA 3C32A 2OU2A 2I0BA 3JV9A 2HZLA 3Q29A 1I5ZA 1LFHA 3KN3A 4HOBA 1PBPA 3FJGA 3FVKA 1B9MA 4IY6A 2DSFA 3DP7A 4YAHX 3ZMUA 1JQFA 4DNCA 3WTSC 3RKYA 2V1XA 4ON0A 4ESXA 5FD5A 3EYIA 3DLNA 3SESA 4G7OF 3MZHA 3CFXA 4WXJA 2PT2A 4L0YB 1LNWA 2QYOA 1MJBA 2XXTA 3TO9A 3MPKA 1ZARA 2A5TA 2NWJA 1XGNA 3SEXA 4XLNF 1N76A 1P1QA 2DP8A 2RGVA 4OTEA 3CSBA 2BYVE 3GLXA 3IRQA 1VTNC 4OVJA 1Y1MA 1OPCA 4N6PA 1GVCA 2BE5F 2F6PA 1YLFA 2X26A 2PFBA 4NF6A 2VD3A 4BDOA 2DK8A 3K4UA 5DUIA 3HRUA 2ISZA 1B5HA 1B7UA 2XAGA 1LBBA 3I4PA 1LLSA 1B3HA 2E7WA 4JXIA 3PD9A 1O3TA 4YFNF 2H25A 3L9FA 4U88A 3OENA 1D8JA 4GXSB 2HQNA 1TQIA 4IHSA 4I9DA 1ZHFA 4EQQA 1WVJA 2ZBKA 4RK2A 1ON2A 1RUNA 1TQMA 2DK5A 2YJPA 3A09A 2Y7WA 1MD0A 2RV8A 5LLQA 5FHMA 2D1HA 2O1MA 4HV5A 3EF7A 2UXNA 1Z7ME 1M5CA 2BV6A 1G3YA 3EQLF 1CGPA 1Q1HA 1R36A 2AL5A 4JBZA 1FYLA 2CFXA 4R9FA 2JTVA 4JK1X 4AVPA 3G3GA 3UORA 2EFQA 4ZZEA 1DUXC 4L9JA 4YIFA 2DXYA 3F23A 3M8UA 2FF4A 2QVOA 2P6SA 5H8NB 3DPLC 1PB7A 2UZKA 2QBYB 2IT0A 3HIFA 2O6GE 2ZYOA 5TP9B 4Z2YA 3Q26A 4PDKA 2Q2EA 1B05A 2ZNSA 3WAFA 1IXCA 4QSCA 1FX7A 4I01A 1PBQA 3KZYA 3FVGA 5EHSA 1BKAA 2G7UA 2DOJA 1YCJA 2PN6A 5H8HA 2ONKE 2KLFA 3FASA 4ZEBA 1FW0A 2Z8FA 3LR1A 3KSXA 4R74A 4YU0A 2Q2CA 2QL3A 5M2VA 1YFHA 2I49A 2MC3A 3CUQC 1QZZA 1F9BA 5AA4A 2GZWA 4F2QA 4YMAA 2DS9A 2HS5A 2HEOA 4LG0B 1AOVA 4KCDA 5JI6A 2XASA 3ECHA 4F31B 5DT6A 3S9EA 4AQ4A 2B3BA 4FIMA 2XRNA 5IT9Z 2VBYA 4GWOA 3QPHA 1IRGA 3F8MA 3GZ5A 1JW1A 2WC2A 4WXDA 3T66A 3A3CA 3GBAA 1AMFA 2LNBA 2RC4A 4G8HA 3ML6A 1Y4TA 2GIVA 1J2XA 1YTVA 1B46A 3G3FA 5CMCA 2L01A 4LGWA 3THIA 1L5TA 1WODA 1W5TA 4L18B 3MAMA 2LAOA 1US5A 1SD6A 4OIPF 4OMYA 1FTOA 2ABHA 4XKQA 1POTA 4CXFA 3G3ZA 4ZH4F 3HSRA 2D1VA 2ISYA 2O7UA 2C6YA 1B4AA 3MZ9A 1GGGA 1CB6A 3OO6A 1BI3A 4U22A 1M5EA 1B5JA 5ED4A 3PMWA 1MDMB 2L54A 5F64A 3J80K 2IP2A 1Z7NE 4L5JA 4XSXF 3W9VA 3S9MC 4EF2A 3H6UA 1A55A 4FE8A 3B6QA 1FNNA 3IC7A 4H0WA 1ATGA 1DTZA 2OA4A 5LHHA 3DELB 2R6GE 2VBWA 4U0VA 5F1QA 1B1BA 2A5SA 1I6AA 1AIVA 2WV0A 1F1ZA 4RXLA 3P7IA 2DLLA 2MH9A 1H44A 1R5GA 2QQ9A 2P2AA 4OOIA 3KCCA 5CI5A 3BPXA 3FM3A 3Q28A 2H6BA 2Z3YA 1TFDA 4ZE8A 4F19A 4S05A 3BZ6A 4WXCA 3BJOA 4R6HA 3WAEA 2FBHA 1OR7A 5H8QB 2B65A 5CMKA 1ZGAA 3M8FA 1B3LA 3IWZA 4UV9A 2FMYA 3ZN1A 2P5VA 5E17F 4XRFA 4JWYA 3FXUA 3HTSB 4KYDA 2A6HF 4LD5A 3V8JA 1IXIA 4GXAA 5JFRA 3GFJA 3VLVA 2OZ6A 1FBSA 3HCQA 3REOA 4IXAA 4MTEA 1MQJA 4UVBA 1MY3A 4R2FA 1HBXG 4MLVA 4KCCA 3UN6A 1ZLQA 4GL0A 5TJJA 2Y75A 5J6XA 4KYEA 3U93A 1B1XA 3TQLA 1BM9A 1D8KA 3HOSA 2KIMA 1J9IA 2Z33A 1I1SA 5I84A 3ZKLA 1FWZA 1GXQA 2KIUA 3HRMA 3HOTA 1SAXA 1OMPA 1T6SA 3IOTA 4NE4A 2EA2A 3OXNA 1FQDA 5DEXA 4ECFA 4NF8B 4G8XA 4OINF 3T96B 4E0XA 4BHPA 3C18A 1USSA 1Z7UA 2XXRA 3K1NA 2VGQA 2UVGA 2FOKA 2ALUA 3SETA 2TDXA 1MPDA 4X9TA 3V8XB 4E0WA 1XSVA 2CO5A 3FHZA 4WF2A 1EH8A 4I0AA 4JSOA 4QFOA 4OFJA 4THIA 2H5YA 2YX7A 3TKDA 1BLFA 3KN8A 1XSDA 4LLLA 4RB3C 1M5BA 4ZYDA 1G3SA 3GX4X 4NEDA 3T9XB 3K0LA 2STWA 2LF8A 2MD5A 4OYVA 4I98B 3W15C 5AA2B 4BDRA 4BDMA 2QPQA 1YS6A 2J5PA 4UUVA 1UTBB 3H3ZA 3T22A 1TBXA 4U7DA 3TQWA 5FFZA 2HWVA 2P1SA 2B0LA 4QRZA 4PFTA 5D6FA 3BFUA 4OETA 4U21A 1Z6RA 3L2CA 4QFKA 1LAHE 4GOTA 4S04A 4XKNA 3R61A 3CSGA 4QLCU 1O57A 2A5YB 2XD2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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