3G0S | Genus

Total Genus 112

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	112
sequence length	295
structure length	295
Chain Sequence	SNAMFTGSIVALVTPMDEKGNVSRSCLKKLIDYHVANGTSAIVSVGTTGESATLSHDEHGDVVMMTLELADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPTQEGLFQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDMLPETVGRLAEIKNIIAIKEATGNLTRVHQIKELVSDDFILLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAAREMADMCKLAAEGQFAEARAINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKALGLVATDTLRLPMTPITDHGRDIVKAALQHAGLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
publication title	X-ray crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from Salmonella typhimurium LT2. rcsb
source organism	Salmonella typhimurium lt2
total genus	112
structure length	295
sequence length	295
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2009-01-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3g0sA00

2VOMA 1JUBA 3S6DA 1AMKA 5C55A 2X1TA 3F03K 1JQVA 2FTPA 2QUVA 4XTIA 1LDCA 3EX2A 2TPSA 3P81A 4HNUA 2G5WA 1X1OA 3GNDA 5F4WA 4AEOA 1XBYA 3MMTA 4NVTA 4WXZA 4UFIA 3WJWA 3MI3A 1ZFJA 4RZ5A 5BMXA 1KM5A 2E1DA 3STGA 3ABRA 1OFBA 1UB3A 1TMHA 4LUJA 4BK9A 3GZ3A 3W88A 3TH6A 2H3DA 4Y8FA 1NEYA 3GDMA 5HR7A 2X1RA 3O1NA 1KA9F 1Y0EA 3O07A 3BW3A 1QPQA 4AH7A 2E09A 1RD5A 3QYQA 1DORA 1GG0A 4FX7A 6TIMA 3Q37A 1PCKA 4OT7A 2WOQA 3W1NA 4GFSA 3C2FA 2V0TA 1F2JA 4CNPA 3UWVA 1TPC1 1D3GA 4FIRA 1OX4A 1EUAA 1P1XA 1SO5A 4PFMA 5DN1A 1M7OA 3SIZA 1OFAA 4Q32A 1DBTA 4JIPA 4O11A 3QRHA 5F2MA 3TIMA 4M6VA 2H90A 5AHFA 5AB3A 1OFDA 2TSYA 4ZQRA 8TIMA 3NQ6A 5C2XA 2WSQA 1K7FA 3W1LA 1ZAHA 1AL7A 1X1ZA 3BO9A 3C0JA 4WXYA 1BWLA 1SSGA 2ZCGA 2JGQA 2A7NA 4FX8A 2ZYFA 1EA0A 3HG2A 2XN0A 4IMCA 1J5TA 1KM3A 3PUDA 2VFDA 5AOUA 3W84A 1IXOA 1SQ7A 1KM1A 2YX0A 1F6PA 4MKNA 4N6EA 1VCFA 2A5HA 1AG1O 4UTKA 5EMUA 1H7RA 1K8YA 5CPLA 5EY5A 1F73A 2Q8ZA 4UTJA 4TIMA 1EP1A 1HTIA 4FNPA 2AGKA 4ICNA 3NO5A 3PM6A 4KFPA 2LLEA 3S9YA 3DHDA 2ALDA 3MW7A 5CSSA 1OX6A 3DFPA 4Z1CA 3T55A 4O50A 4U4MA 5F4SA 2TYSA 2ZRXA 1RQEA 4HNVA 2QDHA 2WJZA 4R53A 4U28A 4AB4A 5KINA 1P0KA 4LVBA 3IIPA 1RPXA 1RZMA 1JR1A 3NM3A 1BWKA 4M6PA 1IXQA 5D04C 3M9YA 4YCPA 2NUXA 5DCEA 5E0KA 3VE9A 1IIGA 4QQ3A 2QCDA 3NA8A 5CKSA 1RQHA 2NV2A 2Y7GA 3LHYA 5KITA 3HBLA 2CU0A 1R2TA 5ABTA 4TX9A 3TSDA 3L0KA 1I2RA 3G3MA 3LOTA 4R34A 1SZGA 5FF7A 1E51A 3W2KA 1GVFA 1XKYA 4IX0A 2ZA2A 4NJKA 4ZL1A 1LBLA 2YYTA 4O0ZA 2R91A 2EHHA 3E0IA 1B3OA 3HPSA 3SI9A 3TSBA 3W7EA 3R5EA 1EWDA 2C6QA 3QPYA 1OABA 5K9XA 4MY9A 4BR1A 2C18A 2J9YA 4BFAA 2VFHA 1LOQA 3TC6A 2DJXA 2H6RA 2F84A 2OX1A 4WOQA 4Q4KA 4BF9A 1LP6A 1Q6OA 1VCVA 4PA8A 3Q58A 2E5CA 2WO5A 4O19A 3NG3A 1T0OA 3OHIA 4ONVA 3DU0A 1K02A 4C1LA 4TO8A 3DFSA 4QSHA 1H5YA 4AF0B 1OFOA 2FB2A 5G2IA 4DEFA 2ABBA 3KRSA 4HKPA 4QISA 2VFEA 1AK5A 3THQA 3W6YA 1CX9A 4XKYB 3SECA 1ME9A 1X7FA 3LTYA 3NQCA 1ZHAA 3A5VA 4N6FA 3B05A 3LHTA 1LBMA 4DO6A 3N34A 4TMBA 3CHVA 4ZQMA 1HO4A 1G4EA 1GTHA 2VEMA 3HGSA 3QZEA 2YW3A 3NZ1A 3EKZA 1M5WA 4UMBA 1NFBA 3LHUA 1S5VA 3PBVA 4GUFA 2J24A 1AW5A 1GQNA 1SW7A 1NAL1 4IQLA 3KRZA 1H50A 1ZY9A 5D02A 3S1WA 3VI2A 3M47A 1HG3A 4WY0A 3GDLA 2V2CA 3W07A 4R7JA 3W2LA 1SZEA 4FXSA 4UFHA 5FF3A 2ZZ7A 1TPEA 3TQKA 1YYAA 1W56A 4UTUA 4JTTA 1B4KA 1W31A 1SPQA 2ZZ3A 2DZVA 3DBPA 1FUYA 1LRTA 4NT0A 1SW3A 4WY0F 3HG4A 2Y61A 5LHEA 3O6DA 4LVDA 3TJXA 3W83A 3G1HA 3NVTA 3A24A 4G1KA 1ICQA 4QM1A 4JIQA 5K4XA 1FXQA 1ALDA 1Z44A 2CLLA 4HIBA 3UYCA 4NNBA 3BW4A 5KTLA 1IIHA 4JTLA 1W5MA 2Y85A 2ABAA 3TQVA 3DKJA 1VCGA 1W8SA 3CU2A 2R14A 3GVGA 3THAA 2C16A 2Y7DA 5G1YA 1TPVA 4O4WA 3V1PA 2WNQA 5LZLA 3QMTA 3CWNA 3N2MA 1Z48A 3S1XA 4CNNA 4PCFA 1S3HA 1Q3NA 4O54A 4HSNA 1OK4A 3W7QA 3SGZA 1TO3A 2EF9A 2ZFAA 2ZA1A 4IWWA 4JTHA 5D05A 5FI8A 3FKKA 2RFGA 3RNDA 2QCGA 4AHQA 1T99A 3MP4A 4JEQA 3H55A 3W7MA 5D2VA 3UZ5A 2C13A 4ML9A 5CPMA 3HGJA 3W1UA 1H61A 5LKYA 3LRMA 3UY7A 1GVQA 4NX0A 2AQWA 1H7NA 2CFFA 3NQGA 2A21A 3NQAA 1SR9A 4MYAA 4JR5A 1XDMA 4RJEA 3ABSA 1LBFA 2A0NA 3LGEA 3CB8A 1F6KA 4MYXA 2DU2A 1P0NA 1Q45A 3QH2A 4A21A 5K9CA 1O5KA 3QJAA 2QAFA 3WJSA 5HNRA 5A8GA 3FYPA 2QCMA 1OYCA 4FO4A 1KLYA 1ML1A 3CTLA 1NVMA 2VENA 3W70A 5HULA 3F4WA 3VFLA 4IMFA 5TIMA 5HINA 3BARA 1TTJA 3HMJG 3L0GA 3T78A 3B03A 3C8FA 4DO5A 4QNWA 4UR7A 2J9XA 3KAOA 1MXSA 4UTTC 3DZ1A 2VXNA 4RXGA 3RFAA 1FCQA 4AAJA 3OVRA 1XUUA 3QMRA 4MFDA 5HWNA 4LW7A 1KFCA 3DH7A 1KFJA 2PRMA 3TQ0A 1A5CA 2NV1A 2I9EA 3HG3A 4XQ6A 5KZEA 3L65A 4KFNA 1VGAA 5BRBA 3FKRA 3P60A 1W0MA 2HMCA 4FX6M 3LXBA 2VEIA 4MOZA 3R89A 3B0PA 3IGXA 4MUZA 3TE9A 1LCOA 3F1QA 4WD0A 5DY2A 4ZVJA 3STFA 1FY6A 2W0UA 2NXHA 5TBOA 3QFEA 5CPOA 3T7VA 5FEWA 4FNQA 3LX9A 5F1VA 3A23A 5G4WA 1CI1A 1X8FA 1Q6RA 2XN2A 3BVJA 1OFEA 3LHWA 5FF2A 3ABOA 2RDWA 5CPNA 3TAOA 2JBMA 3H54A 5D38A 1PV8A 3K30A 3PF3A 4E2DA 4L4LA 5I3GA 3OA3A 1J4EA 5D2WA 1OFQA 1F76A 4GUIA 4CQ9A 4JICA 5LHFA 1C9DA 5L9FA 2X1UA 4LS1A 1QPNA 3GXTA 2HS8A 2Y7EA 1QWGA 1I2OA 1LRQA 1YDNA 3WK2A 3BPWA 2CLKA 1EP3A 2YPIA 3RF9A 5G2WA 1EP2A 3PBWA 3W7PA 4NZJA 3A9IA 3PR2A 2RDUA 3L68A 1D3HA 1VS1A 4OQVA 1KFKA 1DOSA 4BWLC 3HGOA 4GC4A 1GYLA 3PULA 2I14A 4WQ6A 5FF4A 3PWAA 3NXFA 1EPXA 5I3FA 4Z0SA 3EWBX 4PL2A 1TV7A 4A22A 1LYXA 2FDSA 1W3IA 1K8ZA 4HNTA 4MY1A 1DV7A 4NX5A 3LHVA 2DZSA 1H1YA 5I3IA 4HNNA 3KHJA 1TQXA 4DBEA 3AO0A 1TPWA 1AW2A 1OF8A 4ZMGA 3QC3A 4XUGA 1WAUA 4UTTA 3QEZA 3L9CA 1JUEA 4GUHA 1P5BA 4MJZA 2E68A 1GT8A 2ISWA 4MLJA 2H3BA 2GPTA 4JTSA 3F4NA 5DXYA 3ZWTA 4QIUA 2YSWA 4WZHA 3NQ7A 3KOFA 1XL9A 2RH9A 5EBUA 1YLVA 3GNNA 1OFPA 3EX4A 2YGYA 4M5PA 1WOAA 3BK0A 2F7FA 4YXGA 4DXVA 3DXIA 1ZALA 1VYPX 3O63A 2A6LA 2VEPA 3P62A 4OU1A 3MHGA 1GYNA 2QDGA 2ATSA 1H63A 3LXAA 5GVJA 5LGZA 3GLCA 2PE4A 3FS2A 1U5JA 3A21A 2V2HA 4UTWC 4Y90A 1IGSA 3BV4A 5G2HA 3IVTA 2Q3RA 3MHFA 1W3NA 5AHIA 4RKAA 1FCVA 3TMQA 1SUXA 3HPZA 3IEBA 2QAPA 3C2VA 3U6WA 1H60A 3G1XA 4JS3A 4MLRA 1A5AA 4POCA 2WV8A 1GZGA 1YPIA 1QAPA 2ZTKA 4FNRA 3O6CA 4JNMA 3S8HA 3GDRA 1MO0A 1QPOA 2QCLA 3HJZA 1WXJA 5IBXC 1ZCOA 2A4AA 4RCXA 3KVMA 2KZHA 3C61A 2NWSA 4LY8A 4MY8A 1KM2A 4FXRA 1L6WA 4UFLA 3W72A 3QQ0A 3SJ3A 1TCDA 3H53A 3L21A 1Q6LA 4A2RA 1DHPA 1XUZA 3CC1A 5K2ZA 3OBKA 2ZRWA 1W5NA 1K7XA 1QPRA 3ZFHA 4GE8A 5BMWA 3CEPA 4IPIA 4EWND 4A29A 3MYPA 4EIVA 3N2XA 4AF0A 5DBTA 4Z1DA 3G1DA 3NL5A 5LNWA 1WOBA 4D2JA 2C1HA 4AWSA 3NM1A 1KFEA 1WA3A 4I7VA 3P80A 2ISSA 4XKYA 1YDOA 3LDVA 2V9DA 3W73A 3LV5A 1XDLA 5IM51 4K36A 3PUEA 5HUOA 2CW6A 3TCEA 1TV5A 3NL6A 3U8GA 2E6AA 1S5TA 3TFCA 3M41A 4QJ1A 5F2GA 2C14A 3O6YX 4O52A 1VLWA 2Y88A 3UXDA 3T4CA 3M43A 4RK8A 5HWMA 1TRDA 3S0CA 3W1TA 5AHMA 3QPZA 4O1BA 3DFTA 3HOJA 5I3KA 1PCWA 4CNOA 1JJKA 5KZMA 1WV2A 2GVGA 3TXVA 3MP3A 3STEA 2E5DA 4UTMA 3VCRA 4UMAA 2CZFA 4O1DA 4XBKA 3UQNA 4K7VA 3IIZA 3IRDA 3PS7A 2OCZA 2EKCA 3FFSA 5HQEA 1TPH1 1TPB1 2ZRZA 2Q8LA 2V30A 3OIXA 5LNRA 1ADOA 3CIXA 3FLUA 5G1TA 3P8JA 3GK0A 3UZJA 3PB0A 3P5ZA 5F2LA 3O06A 1FWRA 4NJGA 3G22A 4LNYA 2P10A 3GYEA 1H7OA 4RX0A 3PAJA 2H8XA 2ZZ6A 3WFAA 1V7YA 3O05A 4X2RA 2FFCA 3LCLA 5BNKA 4CCDA 2GJNA 3PSVA 1GVOA 1JCXA 1MEIA 3EXTA 2B7PA 3IVUA 4C1KA 1SU5A 3KVLA 1UBSA 2XN1A 1PHWA 3MJYA 1FWNA 3NDOA 2E6YA 3LLFA 4XBSA 4M7TA 5EPDA 2DZUA 4LV4A 3N3MA 3T40A 3QW3A 3HQ1A 1FX6A 3PBYA 3C6CA 3NQ2A 3TMLA 1CW2A 1TPFA 3LRKA 3LI0A 3LI1A 3L2IA 3LM7A 2X16A 3GR8A 3SR7A 5TQLA 1K8XA 5AC7A 1R2SA 1JCYA 3TU9A 5LNSA 1TRIA 4P2VA 3FJ6A 3HB9A 4YLWA 5FF0A 1JCJA 3M5ZA 2Z6IA 1VJIA 4E38A 4ALDA 1RV8A 3TNOA 1O95A 3LERA 2G96A 4PL1A 4ORMA 5H91A 4LOCA 3W1QA 3NQMA 5E1QA 1ONRA 3I6RA 4IX2A 3GKFA 1B9BA 2VC6A 2WNZA 3HIJA 2WSRA 3IIXA 3M5VA 3CIWA 2NZLA 4IPJA 4IXXA 4OV9A 2X2GA 4FNSA 5FEPA 3IGSA 4CQAA 1RQBA 1GVSA 4JTKA 3GDTA 3PG8A 4NQ1A 2QKFA 2DP3A 4J9JA 3MP5A 1OJXA 3W2NA 2Y89A 4YMZA 1DQWA 2QCCA 2W6RA 3S1UA 1R2RA 1VRDA 2CZDA 4UTHA 2NXGA 3W7IA 3BG5A 2ZRVA 1EX5A 4GUJA 4L4MA 2NX1A 2PCQA 3HF3A 2X30A 2I1OA 2A6NA 3LCXA 1DJQA 1NF7A 1LLWA 2YW4A 5G5IA 3SW6A 1OVDA 2A7RA 3CWOX 4R33A 4UXDA 1S5WA 1I2PA 4FNTA 3LCWA 4X3ZA 1GJPA 1YTDA 3EWWA 1QOPA 4ZZ9A 4K38A 2ZZ1A 5DLCA 3W1XA 2VKZG 2RKXA 4JTGA 4IUOA 4UNLA 5LNUA 2ZDRA 5LSMA 4O8RA 1B57A 3Q94A 3KXQA 2QJIA 4LU0A 1KM4A 1TPUA 5D33A 3WJXA 5J5DA 4PTNA 3C2OA 4FNUA 4BI6A 2FB3A 3LTSA 1TTQA 3W2JA 4E0CA 5D2YA 1FWSA 1IXPA 1GVRA 3G1AA 3LV6A 3OVQA 5D03A 3C4UA 4JY9A 3R13A 4HT3A 4Z0JA 3W1AA 3P8IA 3P82A 1PL9A 4O12A 3JRKA 3TJLA 3M6YA 4JTFA 3FOKA 1VHNA 2C19A 1DKWA 1U83A 2CLMA 4Y96A 4KKXA 4BI7A 1SW0A 4DQWA 4JYDA 1SO4A 1HUVA 2PRHA 4EVZA 2E5BA 4NU7A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3G0SA

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