3G0ZA

Structure of s. pombe pop2p - zn2+ and mn2+ bound form
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
SPIRDVWSTNLQQEMNLIMSLIERYPVVSMDTEFPGVVARPLGVFKSSDDYHYQTLRANVDSLKIIQIGLALSDEEGNAPVEACTWQFNFTFNLQDDMYAPESIELLTKSGIDFKKHQEVGIEPADFAELLIGSGLVLQEEVTWITFHSGYDFAYLLKAMTQIPLPAEYEEFYKILCIYFPKNYDIKYIMKSVLNNSKGLQDIADDLQIHRIGPQHQAGSDALLTARIFFEIRSRYFDGSIDSRMLNQLYGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase, gene regulation
molecule keywords CCR4-Not complex subunit Caf1
publication title The activity and selectivity of fission yeast Pop2p are affected by a high affinity for Zn2+ and Mn2+ in the active site
pubmed doi rcsb
source organism Schizosaccharomyces pombe
total genus 85
structure length 252
sequence length 252
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2009-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3g0zA00
4BDYA 5C24A 2HNDA 4FXDA 4R5PA 3OJSA 2G8HA 2X6SA 3K5LA 4ID1A 4FJGA 1T8EA 3KK2A 1EP4A 3SYZA 1HMVA 1KCFA 2WOMA 4PWDA 4IBNA 4DTUA 4BDZA 3DRRA 3V81A 4B9NA 3OYKA 3K5MA 4B3OA 4IDKA 3VQ6A 4CE9A 2Z1IA 3ZSVA 3L2UA 2KFNA 3VA3A 3AO5A 2YHAA 3CFOA 1VRTA 3LP0A 2OPQA 3S9HA 3C95A 3CYMA 4KTQA 4KHWA 1TKXA 1Y97A 3HK2A 3IAYA 3SNNA 4E7LA 2KZMA 3QIPA 3K5OA 4CIEA 3QLHA 3I8DA 4Y1CA 1NK4A 2IC3A 4RW6A 1HYSA 4YNQA 3KKRA 4DSKA 3HO1A 3HPHA 3TANA 1JLFA 2OA8A 5KRSA 3ZT3A 4F3TA 1XHZA 3IS9A 4NCAA 4FYDA 2HHVA 2YHBA 4RW7A 3O3HA 2G8UA 4KTZA 3QNNA 4B08A 3G0ZA 3SZ2A 4O4GA 4M41A 4KKOA 3V9WA 1SL2A 3ZSWA 4C8MA 1VSJA 4Z4HA 4N5SA 3EZ5A 1RBRA 3RR8A 4O55A 3NAEA 3PUFA 3U3GA 4DU4A 1NK5A 3AO1A 2Z1JA 3I0RA 2GUIA 1IKYA 1S1WA 3E01A 1LV5A 1RTDA 3HL8A 3AA4A 4YFUA 3AVAA 1U45A 4KFBA 4DQIA 2HHXA 4KAZA 3HM9A 3TAEA 4CHNA 2ZE2A 3OJUA 2HMIA 4B9MA 4CERA 4JS4A 4ELTA 1BISA 4DTNA 3ZSXA 3OYFA 4FM0A 3SUQA 2X6NA 1RNHA 4N41A 1S9GA 4DSLA 1JXEA 3NF6A 3DRSA 4B9TA 4FW2A 3VQ4A 4AHVA 3L2VA 4J2EA 3PX4A 4MFBA 2HNYA 4CEZA 1NKCA 2FC0A 3HSTB 5SWMA 5J1EA 4I7FA 2G8VA 1C6VA 3K59A 2Y1JA 3VQCA 1BGXT 4CK1A 1NK0A 4FLZA 3ZT2A 5FRNA 2ITGA 3QEPA 2BGGA 4Q0BA 1TAUA 2YV0X 4CEEA 5KGXA 4OLBA 4IFYA 4O0JA 3VQ9A 4GVMA 3DOLA 4CJTA 3ZSYA 3RRGA 1LWFA 3ZT0A 4FJJA 4CK2A 2ATQA 1BCOA 3F73A 1NOYA 1VSFA 1BHLA 4CEQA 2HHQA 2HHSA 3EYZA 4E3SA 2FBYA 4LSNA 4IG0A 3OYJA 4FK2A 1CXQA 1EETA 4CGHA 1A5XA 2FBVA 4HUGA 3U6FA 3LALA 3TAPA 3LZIA 3M8PA 4BWJA 3WNEA 3DI6A 5C42A 4NCGA 4N47A 4W5RA 2A1SA 2GBZA 4PA1A 1A5WA 3AVGA 4DQRA 1WSFA 4FCYA 1KFSA 3C6TA 3TI0A 4HCBA 4M3TA 2D0BA 4CJRA 5JS2A 4QCLA 4CEAA 3PV8A 3MXIA 1L3VA 4NYNA 4LD0A 2D0CA 4FJIA 4E19A 1RDAA 2DFEA 2RPIA 4DTPA 3ASMA 4ZHRA 3P83D 3RMCA 4Z4FA 3AA3A 4RW8A 1MU2A 3DRPA 3QEWA 2YNIA 1R0AA 3TWHA 1ASWA 1EX4A 2G8KA 4PY5A 2HHWA 2P5GA 4OLAA 3RMAA 4EZ9A 1UAXA 4AHUA 4JS5A 4KHUA 1TK0A 4E0DA 1EKEA 3KK1A 4DSEA 3RRHA 1JLGA 3OYGA 4FJXA 2DFHA 2E6MA 4LH5A 3ISNC 2BANA 2PYLA 4FZXC 3DOKA 4CFAA 5C25A 5DMRA 2IAJA 3AO3A 4E1NA 1S1VA 4FLWA 4KHSA 1TKTA 3CM5A 3L2WA 1TKDA 4DS5A 4FVMA 5EU7A 4CJEA 5FROA 5JS1A 5SZTA 1X9WA 1REVA 2F96A 3DM2A 4CFCA 1JLAA 2EHGA 5T7BA 1UA0A 2VWJA 3NGYA 4G1QA 1W0HA 4OKJA 4FLUA 2XY5A 3RMBA 1SL0A 1N5YA 1Q9YA 1N6QA 1VSEA 1KVBA 2JGUA 4CJVA 3QEVA 3LPUA 3V1RA 1RDCA 3NDKA 3LAMA 1NOZA 1CXUA 1C1CA 2VG6A 3HVTA 3NHGA 1X9MA 1O1WA 4DTSA 4DFKA 4H8KA 3UIQA 3DLGA 1HQEA 1LAWA 2OPSA 4QAGA 4HVJA 4KHYA 3RTVA 4RW9A 4CK3A 4AHTA 3NF8A 1XC9A 4RG8A 3TARA 3KD1E 3DMJA 3AVIA 2YNHA 3HP9A 3DYAA 4HCCA 2HHTA 5J2PA 1WSIA 1UA1A 1HYVA 4DWIA 2KZZA 1RDBA 1QHTA 4DU3A 1TAQA 1KVCA 4DU1A 1JLQA 1RTIA 1J9AA 4FJ5A 1JLEA 3P1GA 4DS4A 1RTHA 1HPZA 2ZD1A 3MEDA 1F21A 3C94A 1C0TA 1LW2A 4DTMA 2NUBA 1WNSA 3VQBA 3OY9A 4DFPA 1WSGA 3T3FA 4C8LA 3M8SA 1LWEA 3SUPA 3NE6A 1QSYA 1TK8A 2D5RA 3RWUA 2BDPA 1RDDA 1D5AA 2Z1GA 3PX6A 1SKWA 4ELVA 3KLHA 2B4JA 1IKXA 3TAMA 4KRFA 3NFAA 5I3UA 1Q8IA 3KLEA 4KB1A 1UWBA 1KLMA 1K6YA 4C8NA 3OS0A 4CJFA 4CJWA 3K57A 1CZ9A 1JLCA 3L3UA 4XIUA 3K58A 3PY8A 2KTQA 3B6OA 3H08A 2VG7A 1BIUA 4CHPA 4OGCA 3QEXA 3BDPA 1FK9A 4CECA 4DLGA 4FJLA 3L8BA 2HB5A 1B92A 3NGIA 1QE1A 5KTQA 4DQSA 1NK7A 2G8IA 5HBMA 4CF2A 4DSFA 5FDLA 4CJ4A 3JSMA 4FLVA 1S9EA 4ICLA 1C0MA 2P1JA 4BE1A 1IO2A 3O4QA 1ASVA 3WNFA 3L2RA 3ULDA 3V9SA 4OKKA 4DLEA 3MECA 4CHZA 3ZSOA 1VSMA 4IG3A 4CGDA 3QERA 5CYQA 4B9LA 4FJKA 2HVIA 1YVUA 3LP1A 1NK6A 4K8XA 4DF4A 4DTXA 5HRPA 1WAFA 1NJWA 4KO0A 4F2SA 4FLXA 3KTQA 1QSSA 2EX3A 4OKEA 1QTMA 4CHYA 1T03A 2OYQA 1IG9A 3OVNA 3VQQA 2ZQBA 4ID5A 3NGZA 4CGGA 1Q9XA 1TL1A 2F8SA 3SJJA 4PUOA 1T05A 2IOCA 1J54A 3G10A 4CJ5A 4W5TA 4B8AB 4M45A 5HP1A 4CF9A 3OS2A 1U4BA 1SKSA 1BIZA 3DLKA 2PY5A 2AJQA 1RT3A 1VRUA 1ITGA 3O3FA 5CYMA 3VQ7A 4FZZA 2Y1IA 1HNVA 1HYZA 2DFFA 3F9KA 3ZSZA 3VQPA 4CFDA 3KLFA 2A1RA 4DFJA 4J2AA 4OPJA 1DTQA 3MXMA 5E41A 1NJYA 4B9VA 1JLBA 4FJMA 4Z4EA 4WE1A 1DTTA 4EZ6A 1HQUA 4FLYA 4HUFA 1S6QA 1WLJA 1WSJA 4I2PA 3RMDA 1J5OA 4DQPA 3LP2A 2R7YA 3OYDA 3OYCA 2W42A 1TK5A 4J2BA 1TL3A 4KHNA 2YNGA 1UOCA 1LAVA 3HPOA 4NCBA 3NH1A 5DK5A 4ZTJA 1VSKA 4JRPA 3CQ8A 5K14A 3V1OA 4I9LA 1HRHA 3L3VA 3MXJA 2XY8A 4OVLA 1C1AA 4O5BA 1IKWA 1HNIA 3OYEA 1DLOA 2B6AA 2RKIA 3QEIA 4CF1A 4KPYA 5FRMA 4OJRA 2Z1HA 3DLRA 1KTQA 1IKVA 4LY7A 4EP5A 4FJ9A 2LSNA 4GW6A 4CESA 1X9SA 1L3TA 4CIGA 3PO4A 1WSHA 3AVMA 3SI6A 3O3GA 2QXFA 1ZBUA 3OYHA 3SQ0A 4FK4A 3CFPA 2RN2A 1QQCA 1RCHA 2IS3A 1L3UA 3KIOA 4I2QA 3T19A 1YT3A 2O4GA 4N56A 1S1TA 4FJ8A 4CIFA 4CEDA 3LZJA 3OYBA 5KI6A 1WSEA 3THVA 2WONA 2O4IA 1G15A 4CGIA 4CJKA 3WNHA 4AILC 4AHCA 1TGOA 3MEGA 3V9XA 4I9QA 4OPKA 5CZ1A 4CEBA 4M3ZA 2X78A 1QS4A 3VQ5A 1YTAA 4JRQA 4CFBA 3V4IA 1S1UA 3AVJA 4L8RB 2FBXA 5J2MA 3NF7A 3PX0A 1RBVA 4KB0A 1RT6A 4DTOA 3LDSA 3HXMA 1U49A 1RILA 3HPGA 1SV5A 4KREA 1FKPA 4M3YA 4DTRA 2E6LA 4DF8A 3ZT4A 4CJ3A 4CCHA 4W5OA 1RT4A 3VQAA 1BCMA 2G8WA 3NH0A 2G8FA 4HTUA 2XY7A 4CEOA 2BE2A 3QIOA 4CJPA 4DFMA 4CF8A 3AVHA 1VSDA 4TSXA 2QKKA 1VSHA 4NYFA 1WN7A 4RW4A 1L3SA 3T1AA 1JKHA 2VG5A 3OYMA 3V9ZA 3SCXA 2OZSA 3IG1A 1RBUA 1WAJA 3HVRA 4BE2A 3SV3A 3LWMA 1Z25A 2PZSA 4W5NA 3JYTA 3K5NA 3TABA 3EY1A 4KI6A 2QKBA 2IDOA 1GOCA 4FLTA 4FJHA 3O4NA 2JLEA 3DLBA 4CJLA 5J2NA 4Z4GA 2OPRA 3NCIA 5J2QA 4O0IA 2B5JA 3S3OA 4FZYA 3AVKA 1RT7A 4CHQA 4LH4A 1VSIA 5CZ2A 2HHUA 4DSJA 4KTWA 4CJSA 1YTUA 1RTJA 3QETA 1FKOA 1B9FA 3RR7A 2OPPA 3AO4A 4BWMA 5KRTA 4KI4A 3ALYA 4FM1A 2GV9A 1ASUA 3FFIA 4E7KA 4B9SA 4DSIA 1QSLA 2YKMA 1ZBFA 4IFVA 4CGJA 4E7JA 4M3XA 3TAQA 1HJRA 3B6PA 4FK0A 1RT5A 3HYFA 1KRPA 4JLHA 2PYJA 4PQUA 4E7IA 4Z4CA 3VQEA 3HT3A 4DG1A 1TV6A 4DTJA 4F8RA 1D9FA 1SKRA 2DTUA 1LW0A 3BGRA 4H4MA 3VQ8A 4F2RA 1JXBA 2YKNA 1S1XA 3NF9A 3LWLA 3SPZA 5HLFA 2F8TA 1U47A 4AHRA 4DQQA 3SUNA 3ZT1A 3SUOA 3AV9A 1TKZA 1NK8A 3IRXA 3ZCMA 3A2FA 3AVCA 4O44A 4BDPA 2QK9A 1CLQA 4E1MA 3KJVA 3CM6A 4QOZB 1D9DA 3AA2A 4KV8A 3MAQA 2KW4A 3AO2A 3SQ4A 1ZBLA 1KLNA 3TR8A 4UQGA 4M3WA 5D3GA 4CJQA 3DLEA 1C1BA 3KLIA 4AHSA 3CFRA 4GMJB 1KSPA 2HNZA 3VQDA 3OS1A 3OYNA 3VN5A 3NBPA 2P5OA 1NJXA 4CGFA 4F4KA 4FW1A 1EXQA 3PO5A 1RBSA 3KD5E 4BACA 4M3UA 4FJNA 4J2DA 1IH7A 2RF2A 3D0PA 4OGEA 1XHXA 3HJFA 5HROA 4N76A 4AH9A 3V9UA 3TAFA 4MQ3A 3VA0A 1U48A 3P5JA 4H4OA 1GOAA 1XWLA 1NKEA 3SPYA 3I0SA 3HP6A 3KKSA 3LP3A 1BL3A 2VWKA 3C6UA 2DY4A 1I3AA 4CEFA 4BE0A 1KFDA 2KFZA 2XHBA 4IKFA 3SQ2A 3DLHA 3QINA 3CG7A 3AVBA 4DMNA 5I42A 4LSLA 3AVNA 5HRNA 2ETJA 3OYLA 3L2QA 1FXXA 1S6PA 3AVLA 3SQ1A 1ZBIA 4B8CA 4Z0UA 1ZBHA 1RBTA 2Q3SA 1GOBA 5KGWA 4M3RA 1SL1A 2XO7A 3LAKA 3SV4A 1JL1A 1J53A 3KK3A 3K2PA 4C8OA 4CJUA 1NK9A 4F3OA 4E7HA 4C8KA 3TAGA 4W5QA 4HUEA 1NKBA 1BQMA 3D45A 3MEEA 3QNOA 1D8YA 2YNFA 1RT2A 3QO9A 4ZTFA 1C0UA 1Z26A 3QESA 1VK0A 1NJZA 3S3NA 4HHTA 1T7PA 3WNGA 1A5VA 4E89A 2HVHA 4M42A 3KLGA 5HRRA 3OYIA 1JL2A 2I5JA 3AA5X 1RT1A 4EP4A 3ITHA 5HRSA 1VSLA 1BI4A 2X74A 4Q5VA 2FBTA 3M8RA 3AVFA 1TVRA 3S3MA 1KVAA 4Y1DA 3V1QA 1X1PA 1SUQA 1U04A 1S5JA 2P51A 2XRIA 3ZSRA 4CHOA 3LANA 1CZBA 1LWCA 1B9DA 3NH2A 3OYAA 1XI1A 1L5UA 4ELUA 4Z4IA 4K8ZA 4FJ7A 2XY6A 1ZYQA 2E4LA 4CF0A 1I39A 2KQ2A 3U3YA 3V6DA 3M8QA 3ZSQA 4B9UA 5CY4A 1BQNA 2IGIA 2D0AA 1BI4B 4FM2A 3LPTA 2HW3A 2OZMA 4KHQA 1W9HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EE8A 5EY4A 2HNDA 2G8HA 4GKJK 2X6SA 1BA1A 3S41A 4DKWA 3KZBA 3KK2A 1N33K 1HMVA 4PWDA 2HOEA 1VQLN 3WXLA 4DTUA 4BDZA 3DRRA 2PFUA 4B9NA 3FFKB 3O4WA 3OYKA 4B3OA 4IDKA 3CC7N 2O8BA 1E4FT 3U4LA 3LP0A 4FL9A 3CYMA 3ZETA 2P9IB 4GV6A 1OVYA 3BZKA 4LF5K 1Y97A 2QEXN 4E7LA 1XNRK 3PLAA 3IKMA 2BUPA 2Q36A 2IC3A 1NK4A 1HYSA 4BRGA 3KKRA 2FF3B 1JLFA 1QHAA 4AQYK 4FYDA 1XHZA 3IS9A 4BRKA 4KTZA 4B08A 3G0ZA 5F2RA 4CD3A 4IXCA 4O4GA 4KKOA 3V9WA 3ZSWA 5KPTA 4Z4HA 2ZJPL 3EEQA 1NK5A 3AO1A 2GUIA 3WQTA 1IKYA 3JS6A 1LV5A 1WBBA 5AQZA 3SBGA 4DQIA 1X3NA 3N4QA 4B9MA 4R79A 3ZSXA 1NGBA 1W7AA 4OPAA 1S9GA 3T1HK 3VQ4A 3PX4A 4MFBA 3CXCM 1T44A 5AQFA 3HSTB 2G8VA 1NGJA 1BGXT 4CK1A 4FLZA 2D0OA 2BGGA 1TAUA 4IFYA 4CJTA 3ZSYA 3ZT0A 4CK2A 3O9TA 3F73A 3CI5A 1VSFA 2F4VK 3CCEN 3THYA 3OYJA 5CE3A 4HUGA 1A5XA 2FBVA 1U6ZA 4JNEA 3LALA 3W0LA 3TAPA 5KPRA 1VQNN 3DI6A 2GBZA 4PA1A 1A5WA 1WSFA 3O9SA 1BG3A 2A3ZA 3C6TA 4M3TA 2D0BA 3CCMN 5JS2A 4CEAA 2FLOA 4NYNA 2NNWA 4CZKA 4CJ7A 4DTPA 3ASMA 3P83D 4Z4FA 3KK7A 1XUPO 1MU2A 3DRPA 4CBUA 3DAWA 1ASWA 4PKHA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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