3G18A

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
220
structure length
211
Chain Sequence
RRVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 74
structure length 211
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g18A00
1X7FA 5AHNA 3TSDA 2VXNA 4HKPA 6ALDA 1P0NA 3GKAA 1XC4A 1XUZA 4AF0B 1XBVA 3QJAA 4NX0A 2NX9A 3C3NA 1MXSA 2NZLA 1GPWA 3W1NA 2Q3OA 1MZHA 3O6CA 1LTDA 2TSYA 2ZRVA 3NDOA 5LNUA 5CZTA 3GNDA 1GG0A 3QF0A 3NL2A 3DFTA 2DU2A 3NM3A 3T55A 4DO5A 2WSQA 1EA0A 3ZWSA 4TMCA 3A5FA 4O16A 3GDMA 2ZRUA 3LRMA 3RMJA 5HJLA 4GRSA 3S6DA 2A7NA 4FNPA 2WV8A 3PR2A 1YPIA 3TA6A 3G0XA 3MMTA 3LLFA 4FEZA 5K2ZA 4CCEA 1BWKA 4O53A 4I7WA 1J4EA 3NVTA 4K8EA 4LS1A 1X1ZA 1RQBA 2WPBA 4ICNA 1L9WA 1JUKA 3TQVA 2ZRWA 1FCQA 4O1CA 2NX3A 2Y7FA 5KZMA 4LU0A 4GUFA 4HNNA 5DELA 4JY9A 4GUJA 5F2GA 1YXDA 1B4EA 2EGZA 2C13A 1KV5A 1SFJA 1I2RA 1PV8A 4UTLA 2ABAA 1PHWA 5D2WA 4K39A 3L0GA 4IPIA 1OG0A 1R2TA 1MEIA 2GPTA 1OFPA 2E77A 3LDVA 3MBDA 5D04C 5EKYA 3TW7A 4AB4A 5E1QA 3DBPA 2YW4A 4FIQA 3R2GA 2QR6A 5K7JA 1KFKA 3NQ7A 3GAYA 3LX9A 4HNUA 5L9FA 1A53A 2Y6ZA 1D3GA 3W1TA 1FXPA 2QEZA 2GJLA 3W7NA 1K03A 5ABTA 1G67A 4JTUA 3HG5A 3NQFA 2TMDA 3G1FA 4RK8A 3W3OA 4Y6GA 1XDMA 2ZCGA 1KFCA 3GVGA 3KVLA 1K8XA 4Z1AA 1KV8A 1AMKA 4QNEA 2ISSA 2ZZ2A 4UTTC 3U6WA 1ALDA 1KM3A 1H63A 4MFEA 2FIQA 4JN6A 4D2JA 5F2LA 4HN4A 1D3HA 3W2MA 2R8WA 4MY9A 5G2WA 1EEPA 3STEA 5HUPA 3FYPA 1QO2A 3S1VA 5CSSA 4Y9AA 1S3HA 1GTEA 1TPH1 3M5ZA 2RH9A 5LZLA 1OX4B 2FPTA 2P10A 1R47A 1DKWA 3GAKA 5DN1A 3E96A 1OF8A 1L6YA 4GUGA 3W22A 3MI3A 3BGGA 3PVFA 4N9BA 2YCEA 3C2FA 1M7PA 3HG4A 1QPNA 3PULA 3QMRA 4O1BA 5BMWA 4ADTA 5EL1A 4BI6A 1XKYA 5E93A 1OYBA 4TO8A 1TRIA 3LTPA 3PS7A 2H3DA 1F5ZA 4UFLA 5L6UA 4DF2A 2V5LA 2TYSA 4Q32A 3BLFA 5I3HA 1KFBA 2A7RA 3M5XA 1LZOA 1G7VA 3N73A 1HTIA 3TIMA 3LXAA 3DFOA 3TKFA 1DJQA 1FCVA 1Z42A 2GUUA 3AO0A 2ZA2A 1PIIA 4IXXA 4CQ8A 3M44A 2ZZ1A 3L2IA 2GVGA 1TQXA 2HMCA 1OF6A 4DPPA 4OGZA 1IIGA 1QNVA 3OVQA 3DHDA 5HULA 4WJEA 3L68A 3HF3A 1EWDA 2Y61A 1WXJA 3CWNA 4OE7A 4FX7A 3PBUA 5HWJA 2ALDA 1TPC1 1U5JA 5DXXA 1VYPX 1VH7A 3BG5A 3MHGA 3LXCA 3LHWA 1JULA 3EX3A 4N9DA 2A6LA 1GWJA 3VI2A 1SZEA 1VQTA 2Y7GA 2H90A 5DY2A 1K3UA 1UB3A 2O7SA 4XKYB 4KFOA 4UTTA 1YADA 3O06A 3B0VC 4MZ1A 5DXYA 1U83A 3QZEA 4MZYA 2ZQ0A 1PL9A 3TJLA 4FNRA 2H3BA 1W56A 4BI5A 4HIBA 1M7OA 2VEPA 3HB9A 3W1QA 8TIMA 4JX6A 4IMCA 1P4CA 3G8EA 3A22A 1TJRA 4IJBA 3TAOA 3DH7A 2XN2A 1VYRA 1O4UA 4C1KA 3UWUA 1MSSA 2WQPA 1JRCA 3UNDA 2ZZ7A 3N2MA 3PUOA 3G0UA 4GC4A 3DFQA 1IXOA 1WDWA 2V81A 3KVKA 4PC8A 1I45A 4JTGA 1JCNA 1KTBA 1NEYA 1LLZA 3G0SA 3V1PA 3EB2A 4DBDA 1WA3A 3SECA 5AFDA 1LOQA 1G4SA 1XI3A 4E0CA 2A6NA 1TPFA 4O4VA 4QAIA 4LVDA 1EX5A 3CLMA 3FKRA 3MO7A 2YXGA 2PCQA 1W1ZA 4CQ9A 1LP6A 4JX5A 4N6FA 4KWWA 4LV4A 4GBUA 1M6JA 3UQNA 3GNNA 5D2XA 1H7XA 2PRHA 3JR2A 3LRKA 1GG1A 3WJYA 3SFKA 3LTSA 1I2OA 3GXNA 3R12A 4UTIA 4RKAA 4UNLA 3HJZA 1G4PA 2Y89A 1TSIA 2CZEA 2H8XA 3CIXA 3NL6A 4NNBA 4Z08A 3I68A 5FF2A 3TU9A 1F6KA 1O94A 1YDOA 4LT9A 1JCYA 1FWTA 3NEVA 5C54A 4DQWA 2V0TA 1EP2A 4PL2A 1VGAA 4TR9A 3W7OA 3W83A 3LHYA 3QPZA 3TQKA 5FESA 1LROA 1DJNA 3MBFA 3M47A 3DAQA 1L6SA 1SU5A 4FB7A 2Y88A 3HPSA 1H7RA 3LOTA 2OT0A 3H55A 5EMUA 4EWND 3TMQA 4E2BA 1JCLA 2BSLA 4PCFA 2YYTA 2EKCA 4N9CA 3NQEA 2NUYA 2PURA 3TSMA 3ZR4A 3L5AA 4O28A 3C2OA 3P7YA 1NFBA 2BX7A 4CQAA 1QFEA 1TIMA 3HO8A 5F4WA 1T99A 1RQHA 2YDAA 3EWYA 2EPHA 1ZFJA 4MY1A 1HO1A 4FX6M 4N4PA 3GX9A 3IV3A 5KINA 1DV7A 4LY8A 3GDKA 1ZAHA 2X1TA 3TFCA 2NXHA 3S1XA 3NQ8A 2VFDA 3LV6A 1Q6QA 2A21A 3B0PA 3CWOX 1AW1A 3GLCA 3M43A 4EIVA 3W7MA 3NYZA 1N7KA 3HQ1A 4JNMA 2D73A 4H3DA 3G1SA 2NUXA 3W1LA 3L5LA 5KMYA 3LTYA 2VELA 3BW2A 1JQVA 1GQNA 1TTQA 5AHIA 4UMBA 1PCKA 3P8JA 1FWWA 3UPWA 1KLYA 2NLIA 3S5OA 2DZWA 1HO4A 4NJJA 1LBMA 5BW6A 1T0OA 4EF9A 2I14A 1WAUA 2JK2A 3W76A 4M5PA 4KFNA 2VKZG 3BLIA 4BK9A 3IGSA 2JKPA 3RLVA 2OMAA 3LHZA 3M41A 2JKEA 5FF0A 5D05A 3WFAA 2V2DA 4OV9A 3B8DA 4WXYA 3U8GA 1IF2A 5KTLA 3EWXA 3O63A 4LVGA 2Y7DA 3KVMA 3QRHA 4Q33A 1LOSA 2I9EA 2VC6A 2OCZA 2Y62A 3BK0A 3TC6A 4UCGA 1BTMA 1LYXA 3ABQA 3N34A 1SO6A 3N14A 4TIMA 3W7LA 4RXFA 1HG3A 1JUBA 1E51A 4O10A 4O0ZA 4BFAA 3A21A 1WQ5A 5T26A 3NM1A 3EX6A 3GDRA 4CCCA 1WV2A 2QDGA 3GK0A 2AGKA 4NJHA 2ZZ3A 3G8RA 4LUIA 3UY8A 3HOJA 5G4WA 1V7YA 3MWAA 1NSJA 1RPXA 5LKYA 2J9XA 3ZWTA 4IOTA 4QJ1A 5AHEA 2C14A 1KBIA 1FDYA 4BF9A 1YDNA 1RVGA 4ALDA 3MJYA 3DU0A 3DHFA 1UJPA 3IIPA 1GVSA 3M6YA 1Q6LA 3O8AA 3A9IA 3PBYA 3W87A 3RK8A 1QO5A 1JQXA 3I7QA 2R94A 2HS8A 4IX0A 3HPZA 3NAVA 2A5HA 4DO6A 2P1FA 5FF4A 1QAPA 4N02A 1IXNA 3QPYA 1TJPA 1R30A 1JVNA 3EWBX 4N2YA 2BTMA 2YW3A 3PF3A 4NQ1A 4RX0A 2XN0A 4IPJA 3TQ0A 1ZCOA 3SW6A 5KITA 4LNYA 3I7RA 1GVRA 1AW5A 1TPB1 5G2IA 1UUOA 2HSAA 4EF8A 2Y63A 3G3DA 1TPUA 1VLWA 4K37A 1FCBA 1B3OA 1YXCA 1TPVA 1I8JA 5CZ0A 2H8ZA 3G18A 3C2EA 1Q3NA 1R2RA 4DF1A 3FFSA 3O6YX 3IRDA 1X1OA 2CZFA 4S2BA 3LLDA 2WSRA 2QCMA 2YGYA 5TBOA 2J24A 5C55A 2A2IA 2GOUA 2WNNA 3HGOA 5AB3A 1ONRA 3UWVA 1VLIA 3RU6A 2VFGA 4UXDA 2V30A 3TDFA 5FEZA 4QM1A 4ADSA 2A85A 1BEUA 4NZFA 1FX6A 3RNDA 1VJIA 3FS2A 2GJNA 3MI2A 1XM3A 4N6EA 3Q2DA 5K3VA 4HNTA 5GVJA 2XN1A 1GVFA 4AHQA 3BG9A 4YWIA 4XBSA 3NA8A 2E5DA 5EPDA 1RD5A 4FXSA 3FIGA 1H60A 4JIPA 2ZRYA 4FNSA 3QW4B 1EP3A 1SW7A 2CZDA 3ABOA 3QQ0A 2W6RA 1Y0EA 1I2PA 5A5WA 1FQ0A 1KBJA 4AWUA 3HBLA 1TB3A 3FJ6A 4LS0A 3W7RA 2QJHA 2WNZA 3P61A 3SZ8A 5K4XA 3H54A 2NXIA 4GJ1A 3T4CA 3IGXA 3LBCA 5FF7A 3S9YA 3BO9A 1XDLA 4NNCA 3T7VA 4UMCA 6TIMA 1GOXA 2A7PA 4QNWA 5KZDA 2X30A 3PUEA 4W9TA 4JTFA 3TX9A 1ZHAA 4POCA 3S1WA 4YCPA 4RZ5A 1H1YA 3ABRA 1I4NA 3KRZA 2VEKA 3DI0A 3V75A 5D33A 4UUIA 4GNJA 3DFPA 3P84A 1G4TA 1CW2A 3NPWA 1KM0A 3NR0A 1QPRA 3RFAA 4FF7A 5HMSA 2Y7EA 3NGJA 4WY0A 4MYAA 3TH6A 4UTUA 2QCDB 1THFD 3OA3A 1R2SA 3W7EA 3B0UX 1TREA 1CI1A 2C18A 1XBYA 3W7DA 3NQ2A 1ME7A 2W79A 1Z48A 3TMLA 3THAA 3CEUA 2OT1A 1SO4A 4JDYA 1PE1A 1DVJA 4AWSA 1G69A 2IQTA 4P2VA 2GQ9A 3NZRA 5I3JA 1TTPA 1VHNA 3MHUA 4UIOA 4DELA 3UYCA 3C56A 5LHFA 1OFAA 2B7QA 5C2XA 3P81A 3DXIA 2C16A 2OX1A 1OK6A 1ZAIA 5BMXA 3TNOA 1SFLA 4E38A 2ZYFA 4AMAA 3MP3A 3QSRA 1KM6A 3OEXA 3PBVA 1PVNA 2TRSA 4QITA 1GYLA 4Z0SA 1F6PA 2V5BA 2QJGA 4N9EA 1HL2A 3P82A 2DZVA 1X8FA 5DLCA 1Q6OA 2WO5A 3G24A 5I3GA 3QC3A 1W3TA 1LORA 2DJXA 2O7QA 4B5NA 1AW2A 3LGEA 4Q4KA 1QR7A 3E02A 3OIXA 1KTCA 4AF0A 4GUIA 1I2NA 4OT7A 4JTKA 3GR8A 4WQ6A 4XTIA 4NJKA 3W7JA 4JTSA 3O6DA 2RKXA 2QF7A 5F2MA 3TC7A 3NNTA 1AK5A 2DZTA 3C4UA 3C52A 4FO4A 5SWUA 2ISVA 4MJZA 3W2JA 3NL5A 5AC6A 2VEIA 1WYIA 5HINA 1JCXA 1XCFA 3O15A 1B9BA 4K7VA 1OK4A 5IBXA 4LW7A 2JBMA 2E68A 1GJPA 2E1DA 5CPLA 3E0IA 3W07A 4AH7A 1ZAJA 3KOFA 3M9YA 4S2CA 4FHAA 3VE9A 3QFEA 2J88A 1SZFA 1DORA 2ZTJA 2CLEA 1H51A 5HWMA 1TTIA 1AG1O 3MP5A 4WXZA 1XXXA 4O18A 4CCDA 3W85A 4JX4A 3L21A 1IIHA 1EPXA 3N3MA 2WSYA 1AL7A 3P74A 3NO5A 3UD6A 2E6FA 3BLEA 4UFMA 2W0UA 1O60A 2B7NA 4DBEA 2YZRA 1SZGA 4BR1A 1H62A 3S5YA 4JYDA 2V2CA 5LHEA 4ONVA 1N8FA 1ZJIA 5C5YA 2E6YA 2VFIA 3N2XA 4UR8A 3NXFA 1OYCA 5D38A 2QCDA 3LBMA 2RDWA 4C1LA 1KFEA 4U4MA 4R7JA 1SSDA 1W5MA 3LRLA 1W3IA 5CPMA 4O57A 4MY8A 5D2VA 3M5YA 3I65A 1YLVA 4Y90A 1LRTA 5LNWA 3GXPA 2BLEA 3STGA 2ZRZA 3PWAA 3O1NA 1OVDA 1FDZA 1LBLA 4WOZA 2E6AA 3PG8A 1B4KA 4LV9A 4HHPA 3TUUA 3YPIA 2VFEA 3EEGA 2RHGA 3GR7A 5AC7A 5F1VA 3W2UA 3LERA 1OX4A 4H6KA 1FWRA 1LBFA 3NQ6A 3LCFA 4O12A 3W1UA 3ATZA 3BG3A 3KAOA 4IX2A 1W0MA 2X1UA 3G1HA 3W71A 3TE9A 4CNNA 1OJXA 3NQVA 2AQWA 3IVUA 2QDHA 5HR6A 5BOOA 4NJIA 4O54A 1OX6A 2ZBTA 4I7UA 4MFDA 4YCOA 3MUXA 3L9CA 5AYYA 3L5MA 3VFLA 1DBTA 2NX1A 2VENA 3IIOA 1TPEA 1JJKA 3UY7A 4UTMA 2BZNA 5LNRA 3BVJA 3JRKA 2FB3A 4RR4A 4K6AA 5H2ZA 1H61A 4DXVA 4FXRA 1YXYA 3S42A 1ICQA 1FBAA 1IGSA 1FY6A 4JTTA 1A5SA 3PB2A 4IGHA 1P0KA 1VRDA 4R34A 1C8VA 1K7FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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