3G1SA

Crystal structure of the mutant d70g of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
218
structure length
209
Chain Sequence
RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIAGFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 78
structure length 209
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g1sA00
2OZ0A 2ZA1A 4X22A 3S5YA 3THQA 2C19A 1TV7A 1TIMA 4N6FA 2NWRA 4POCA 2DZVA 4WXYA 1TO3A 4LRTA 4NNCA 3QW4B 4ZQRA 4LRSA 1YDNA 3KVKA 1FWSA 1TTPA 4G1KA 4NXSA 4UFKA 4AMAA 3HG2A 4NNBA 3RK8A 1SUXA 1UJPA 5C6MA 2W0UA 4MFEA 5F1VA 3U2OA 3M1ZA 3PULA 4HSOA 3P7YA 1THFD 1SW7A 3OVPA 4OHQA 4IXXA 3W2KA 3BARA 3B05A 3DH7A 5AOUA 3S42A 4JXCA 3P62A 3STCA 1F05A 3O63A 4NJJA 1FCVA 3NA8A 1L9WA 4UTWC 2DZUA 2GVLA 2QCGA 4JY8A 3M0ZA 3QH2A 3C4UA 4UTTC 1LOQA 5AFDA 2QJHA 3LHYA 3U8GA 1VYSX 4BFAA 2OT0A 1AG1O 2TPSA 4I7VA 3S0CA 4NZJA 2V2DA 1SZGA 1PL9A 1UB3A 3L65A 3EX4A 2R94A 1HL2A 2JBMA 4O14A 1A5SA 5C55A 3EWXA 4UUIA 5E1QA 3NPUA 5CZSA 4GUIA 3W87A 1WX0A 4UMAA 4DBDA 1OFOA 4U4MA 3QPYA 3O05A 1QCWA 4O0KA 1QMLA 3LXBA 3ANYA 4AVFA 1LBFA 4DO5A 1LRQA 3FJ6A 4JX5A 4O1AA 5HWMA 3W2LA 2AQWA 4MLRA 1Q6OA 3DFQA 4AEOA 5L9FA 3LLFA 4HKPA 3PVFA 3RLVA 2ZRWA 4A21A 4O17A 2C0AA 4HSNA 4WOQA 1T0OA 1ALDA 3HG3A 4HT3A 2VFFA 2ZRVA 3TC6A 4BI5A 1FWRA 5D2XA 5F1UA 2VEPA 2WOQA 1H7XA 4Q33A 4QISA 3MP4A 4M6PA 4KWWA 1HO1A 4XZ9A 5AB3A 3C2RA 4FNTA 3M5XA 1SW0A 1LLWA 1QO5A 3CIWA 3G3DA 3NNTA 5AC7A 3DFOA 1AW5A 1LOLA 3N34A 4B5NA 1V7YA 4LOCA 4ADUA 2Y61A 1VR6A 3MUXA 1YTEA 4UFLA 4AXKA 4U28A 1XBXA 4YL2A 4LWWA 3RU6A 5IBXC 2CLFA 1X1ZA 2C1HA 1LRTA 1WAUA 3F4NA 2A5HA 3TFCA 4QQ3A 1DBTA 1ZNNA 2QF7A 2GUUA 1XC4A 2PRMA 4UMCA 2VXNA 2BLEA 1FDJA 1DOSA 2Q8LA 3M5YA 4HNUA 2A7NA 4CQAA 2OJPA 1KTBA 3MMTA 5D37A 5A8GA 1LOSA 2FTPA 5D33A 5F4SA 1LTDA 1RZMA 3MYPA 4M5PA 2NV1A 4O53A 3VE7A 3L5AA 3GXPA 4J9JA 1H7PA 3UY7A 2JKPA 2GQ8A 3M44A 5D30A 3QM3A 2HS8A 1B4KA 5E93A 2V2HA 1FBAA 1XCFA 4N9EA 4JTUA 4ZQMA 3A23A 1W56A 4K38A 2QCMA 1C29A 4WQ6A 2QCCA 1M5WA 4IUOA 2P1FA 3GDRA 4XTIA 2DZTA 4MJMA 3C52A 4BR1A 1FCQA 2ZZ4A 3CQ0A 4K36A 2A0NA 4NXKA 3LCGA 2DP3A 3UNDA 4GUFA 1QDSA 5U7SA 1EP2A 4IPJA 3NEVA 3P74A 5AHNA 4JX4A 1GPWA 2QCDB 3W7CA 2EGZA 2GQAA 3EWYA 1HG3A 4WUIA 3KHJA 2NUYA 3EWUA 1YPFA 1HTIA 2YYUA 1FDYA 1LRNA 2FLIA 5F2LA 2TMDA 3V75A 2CFFA 3RF9A 2QUVA 1AMKA 4IXHA 3W1XA 3Q58A 2VEIA 1TTJA 4PA8A 3GR7A 3E96A 1WBJA 3DBPA 3LB0A 4FEZA 1QOPA 2VOMA 1CI1A 4H4IA 5C5YA 4MLJA 4FIQA 4JTSA 4P2VA 3W23A 1VQTA 3Q37A 3L2IA 1V5XA 2Y7FA 4QITA 2WPBA 5DELA 3S1WA 1RR2A 3WJXA 1OYAA 2C14A 4C1KA 4M6QA 2NV2A 1HFBA 3N2XA 3ABQA 4CCCA 1QFEA 2X1RA 4PODA 3S8HA 4GBUA 4S1FA 3ZFHA 2ATSA 1AK5A 1TB3A 2HMCA 4YCOA 4NX5A 5LGXA 2V8ZA 1K3UA 3HMJG 3M47A 1C8VA 1SO3A 2E6YA 3L68A 5IBXA 5G2WA 1QO2A 2WV8A 3TAKA 3C2OA 5K7JA 3NQEA 4MIMA 4Z08A 4DEFA 3PBUA 5I3FA 2OX1A 1SU5A 4RK8A 4JNMA 4Z1CA 4LNYA 2XN1A 1W3NA 2VFDA 4IMDA 1KLYA 4H3DA 3E0IA 5F2GA 2RFGA 2DZPA 3S9YA 2GJNA 1RV8A 3DAQA 5G1TA 4JN6A 2E5DA 2QCLA 4O28A 4UNKA 1X1OA 3ZS4A 1JCXA 2BZNA 1N55A 1OFBA 5KMYA 3SI9A 1EEPA 3HQ1A 1TV5A 3MW7A 4GJ1A 1W3TA 4NVTA 1IXPA 3W72A 1EPXA 5K4XA 3KFTA 2NLIA 3THAA 4AH7A 5I3IA 1YXCA 2GPTA 4N9CA 5F4WA 2J9ZA 1LROA 4UMBA 2YXGA 1EP1A 3L5MA 4JICA 1RQBA 2WNZA 2C6QA 4I7WA 3HPZA 3NL6A 1BWLA 5AHFA 1R46A 2Q3RA 3MI3A 3SR7A 2CLEA 1XBVA 4ADTA 3W1AA 2Y70A 1FUYA 4ZMGA 1ZJIA 2A6LA 5LNRA 4DF2A 4RX0A 2QCNA 4L4LA 3B04A 1XI3A 2FIQA 3PR2A 4EVZA 3ATYA 2FJKA 3T44A 3EXTA 2H6RA 5DCDA 1WXJA 2RKXA 4HIBA 5F2IA 4E0CA 4N4QA 3MO7A 2B7QA 1GVOA 5HWJA 3E9AA 3L21A 4DO6A 5H91A 1DJQA 4NZFA 1JCNA 3S1VA 1A5BA 2I9EA 4WD0A 4FXSA 3L5LA 4UFJA 2ZYFA 3W86A 4Y96A 2ZDRA 4LUJA 1H7RA 3NPWA 3B8DA 1B3OA 1OFQA 3K30A 3MBFA 3MWAA 3R2GA 3JRKA 2BTMA 1WOBA 4QM1A 1JCJA 4ONVA 2G95A 1L6SA 2VKZG 1NFBA 3MHFA 3N3MA 4KFOA 4O54A 5FEXA 4A29A 4LVGA 4OQVA 2QUTA 3O06A 3IEBA 5CPLA 1RPXA 4UTUA 2GVJA 1AW2A 3F03K 3LERA 3UY8A 3PWAA 3T78A 1IXQA 3LTPA 5HWNA 2LLEA 3P5ZA 1VZWA 1NVMA 1T8XA 4Y6GA 5CG7A 1OHLA 3TA6A 1H5YA 4QIUA 3TJLA 4CNNA 3DGRA 4FNRA 3GVGA 1GZGA 3UXAA 1LP6A 1FDZA 2C15A 4FXRA 3DHFA 4R33A 3UPBA 2BWGA 4RXGA 3W1QA 3LRLA 1RVGA 5ABTA 4JTHA 3CEPA 3BV4A 1L6WA 2CZ5A 2ZRXA 1MXSA 3OIXA 1EA0A 1M7OA 1H50A 2ZA2A 1GTEA 4DPQA 2J27A 1C9DA 3LBMA 5CPNA 2ZTKA 1F6PA 4MFDA 3FKRA 4EWND 2YFOA 5FI8A 3EWBX 2PCQA 3LHZA 4IX2A 4TMCA 1I2OA 5LNVA 4DO4A 4GUJA 2W6RA 1KBJA 1ICPA 3CPRA 4IOTA 4AWTA 3LHVA 3C0JA 2WO5A 4WOZA 1AW1A 1I45A 3MBDA 2C3ZA 4QNWA 1XM3A 3RMJA 1IIHA 2ISWA 3NQGA 3WK3A 3W71A 1XXXA 5G2IA 3S5ZA 4EOUA 5HNRA 3OHIA 3DHDA 5BOOA 3CB8A 3LHTA 4WXZA 5BRBA 3LRMA 4Y9AA 4TU1A 3TK7A 3B0UX 4RXFA 1KV5A 1JRBA 3T7VA 1K8XA 3L0GA 4K39A 1O60A 1K8ZA 1SZNA 7TIMA 3N19B 5HQEA 3TNOA 3EWZA 1TPDA 4CCDA 3G0XA 4TIMA 4NUWA 1LM1A 3W1LA 3TCEA 3WJZA 3IRDA 1W5PA 3QMSA 3NO5A 5LSMA 1LCOA 4K7YA 3TMQA 3O6YX 3UXDA 1Z41A 5CSSA 3TC7A 3W73A 1JCYA 1X8FA 4GC4A 4CLMA 1RQEA 5D2VA 3CC1A 3P81A 1GTHA 3LLDA 4QSHA 1ZY9A 2H8XA 3LV5A 1LORA 2VFGA 1VCGA 1YDOA 3R5EA 3W2MA 4X2RA 1IIGA 5CKSA 2X1SA 4YXGA 2ZZ5A 1CW2A 3USBA 3FIGA 1W37A 1SW3A 5I3JA 1OK6A 4UFHA 1VS1A 2VELA 3QRHA 2FFCA 3OBKA 4LW7A 4DF0A 3NQFA 2P10A 1JR1A 4YLWA 3EX6A 4O12A 3I68A 3N9SA 1OJXA 5D38A 2O7QA 5K9XA 4BI6A 3CT7A 3UWZA 4IGHA 3TSMA 2V82A 3GAYA 3BG5A 3QQ1A 4JIPA 3S1XA 4FO4A 5G5IA 5HINA 3TQVA 1WOAA 3UWYA 4BWLA 2R14A 4DBEA 1I8JA 3GB6A 2VFEA 3RNDA 3QMRA 2ZRYA 3PSVA 2G97A 3SGZA 2OCZA 4WZHA 3B0PA 1VHNA 3OVRA 4L4MA 4HNNA 3G18A 4M6VA 2OMAA 3PBVA 5DXXA 1EX5A 4MYXA 4DELA 3WJSA 1NAL1 4IX0A 4XBKA 4GUHA 1JQVA 2RH9A 1K7XA 2A7PA 3ZR4A 3EKZA 4BF9A 3G1DA 4MY9A 4PTNA 3W7NA 3O15A 3NQ7A 1NEYA 5LHEA 4UR8A 4GUGA 4A22A 3PM6A 3TW6A 5BMXA 1B9BA 2BX7A 5AHMA 2EHHA 2Y63A 1F73A 3NR0A 4YCPA 3P67A 3BLIA 5G1YA 4JTTA 3TQKA 3DXIA 4IMEA 2YDAA 1TCDA 2E5CA 5CZJA 2YR1A 3BW2A 1D9EA 2ZFAA 4Z0SA 1MEWA 4JTKA 1TPH1 4FX7A 1HO4A 1ZALA 5A5WA 2WSRA 3ABRA 1D3HA 1QPNA 3NPXA 3NZRA 4Q32A 3WK1A 3GYEA 3D0CA 3EX3A 3ABOA 3CIXA 3SIZA 2JK2A 1G7VA 4LY8A 3BLFA 1LBLA 3FYOA 2B7PA 4EF9A 1L6YA 1W5NA 1WQ5A 5TQLA 4FF7A 3UWQA 2B7OA 3A5FA 4OV4A 2FB2A 4GNJA 3M5ZA 3OVQA 2O7SA 2CLLA 3V1PA 3HPSA 5IM51 1I2NA 3GR8A 4I7UA 3GNDA 1QAPA 1YADA 4ZQCA 3LGEA 3TH6A 1QR7A 2QJIA 2EKCA 2J24A 1SR9A 4WJEA 5TBOA 1XBZA 3I65A 1UUOA 3W7HA 3PG9A 3FJLA 1UUMA 1GVSA 3SGUA 3STEA 4M7SA 3CWOX 2CZEA 3LV6A 5G4EA 4K8HA 3LHWA 1O95A 4LU0A 3LCIA 1BEUA 1SSGA 3W7RA 1OX5A 3NQDA 1G4EA 3IGSA 5DLCA 1F7BA 3PG8A 3W22A 1JQXA 2KZHA 1XKYA 3KRZA 1VLWA 1KBIA 1N8FA 3QC3A 1F76A 4KKXA 4N9BA 3EKLA 3GDMA 3OG3A 1KM1A 4UTWA 4CCEA 3QEZA 5EL1A 3EEGA 4UTTA 3U6WA 3NVTA 5AC8A 2B0MA 3S5NA 3TSDA 3G8EA 1RD5A 1TRIA 3LTYA 4CNOA 1FCBA 1K03A 3QMTA 4LC6A 4A2RA 5HR7A 4IWWA 1L2UA 4E2BA 1JRCA 4M7TA 1S5TA 3LCHA 3W84A 1R2RA 2FQIA 2DJXA 2OT1A 2H3DA 3OA3A 1KM0A 5CGQA 3SFKA 5D2TA 4PFMA 1WDWA 3W70A 3IIVA 3UQNA 1KTCA 1R30A 3W1PA 1K7EA 1VLIA 1SZFA 2Z1BA 1O5XA 5BMWA 1VC4A 1LYXA 1EWEA 3O1NA 4PL2A 1Y0EA 2NZLA 2QAPA 3NAVA 3QPZA 3UYCA 4O1DA 3M9YA 3KVLA 1DL3A 4LVFA 2ZA3A 3F1QA 5BW6A 2GOUA 1JVNA 4UTLA 2Y88A 3M16A 4HNVA 4AB4A 3G0SA 4O57A 1S5VA 3W2JA 5F4XA 1KTNA 5D05A 3BW4A 4DXVA 2F7FA 1YTDA 1OG0A 5EMUA 3LBCA 1BWKA 4GXMA 3W7IA 2V2CA 1G67A 2YFNA 3M5VA 1WA3A 4N02A 3MI6A 1N7KA 1OF6A 1OX4B 3P8JA 2ZZ3A 4LV9A 5LNUA 1OX4A 2EF9A 3NZ1A 4O11A 4LUIA 4UIOA 4PL1A 3NG3A 1VYRA 3PUOA 2A21A 1KFEA 1CX9A 4O52A 1YTKA 4LS1A 3W7JA 3HGRA 3KVMA 4TO8A 4IQLA 3O6CA 3P80A 3R89A 3W1RA 3W88A 4ZQPA 1PVNA 4AHOA 3QYQA 3ZWSA 3T55A 4AF0A 3W85A 4JYFA 4K6AA 2YZRA 2JKAA 5CZ0A 3UWVA 3SJ3A 3KVJA 2A85A 1EUAA 2NXGA 3A24A 3G24A 4HHPA 4XWUA 3MHGA 4UR7A 3DFNA 3W1UA 1MSSA 1TJRA 4NJHA 4BI7A 3W75A 1LLZA 1G4SA 1AL8A 1DQXA 3B06A 1ADOA 3G1SA 3UZ5A 3UZJA 1JUKA 1MEIA 4JS3A 1TPUA 1VHCA 2HTMA 1B57A 3HPXA 3G1FA 4LVDA 3NQ2A 5K2ZA 4JTFA 4BK9A 1WV2A 1OABA 4O15A 3O16A 3W74A 1NF7A 1PHWA 1LZOA 2ZZ1A 5EBUA 1EB3A 2H8ZA 4NQ1A 1GYNA 4O1BA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ZWZ A;  3EWD A;  2PTX A;  5M5D A;  4X22 A;  4FA3 A;  1ZBV A;  3THQ A;  3CWH A;  4NAS A;  1TV7 A;  3EA2 A;  3VIJ A;  3WNL A;  5DFA A;  2DZV A;  2OYL A;  4NNC A;  4ZQR A;  3IUI A;  4INF A;  4LRS A;  3UPM A;  1YDN A;  1TTP A;  1UZD A;  4UFK A;  3QHN A;  4P8W A;  4NNB A;  2PAJ A;  3XIN A;  4XIS A;  5AC4 A;  2DIJ A;  3VKK A;  4EE9 A;  5F1V A;  3U2O A;  1Z3N A;  4MAV A;  4MWA C;  4JIE A;  5AVH A;  3P62 A;  1AH3 A;  4DY1 A;  1F05 A;  3O63 A;  4NJJ A;  3PZU A;  2WVV B;  2QCG A;  3M0Z A;  3U0H A;  2Q6Z A;  4WF7 A;  2XIB A;  4HVX A;  5C70 A;  3W26 A;  2OT0 A;  2PDC A;  3LEN A;  3ZT7 A;  2DEP A;  2OKT A;  4I7V A;  4TV5 A;  1ZCC A;  3GH7 A;  1M03 A;  4NZJ A;  3U4A A;  3R0D A;  3VD5 A;  1UB3 A;  3L65 A;  2KX9 A;  1HL2 A;  2XIM A;  1PKM A;  4Q4Q A;  4UUI A;  2D23 A;  3RO6 A;  1TEL A;  3MMW A;  1O68 A;  3M0V A;  3CIV A;  3ANY A;  2XGI A;  1JPH A;  1LUC A;  2WZT A;  1DXE A;  2IS7 A;  1F4A A;  2FHC A;  3LLF A;  5CG0 A;  3L4U A;  3PVF A;  2ZRW A;  4A21 A;  1XLC A;  1T0O A;  1ALD A;  4HT3 A;  1BXC A;  1I0B A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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