3G1VA

Crystal structure of the mutant d70g of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 5-fluorouridine 5'-monophosphate
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIAGFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 80
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g1vA00
3W7IA 2E6DA 4LC8A 3LTSA 3TW7A 4O8RA 3UNDA 1Q6LA 1R47A 3DKJA 4OU1A 3N2XA 3W7EA 3LHZA 3QSRA 1NEYA 3LTYA 3WK0A 4CNNA 1KTCA 4ORMA 5TBOA 3HGSA 5HR7A 1H62A 2E5BA 2A7PA 4UTUA 3GDTA 1H7NA 4FNRA 1SQ7A 4MKNA 2ZFAA 1M7PA 1VHNA 5J5DA 4JYEA 1PV8A 4PCFA 4Z08A 1TJRA 3S5NA 4LS0A 1TPUA 4WXYA 2C15A 2NUXA 4DF2A 3MP3A 5E0KA 1EP2A 4P2VA 3UY8A 4ALDA 3PUOA 1VS1A 3W1MA 1LLZA 3LI1A 4LNYA 5DXXA 2WV8A 4CNPA 1GPWA 1HO1A 3A24A 1EUAA 1DQXA 3HJZA 1H7PA 2EHHA 2ZA2A 3B03A 4UXDA 1OFQA 1RZMA 2WNZA 4I9AA 1H50A 3IRDA 4RX0A 3LXCA 2RDWA 4JN6A 2G96A 3NA8A 5DCEA 4UFIA 3T7VA 1XFBA 3UWZA 2Y85A 1SUXA 2Y70A 3C0JA 1QO5A 3TFXA 2QJIA 3TJXA 4FIQA 3SW6A 1OFPA 4LTSA 3PBUA 3E0IA 2RDTA 4ONVA 5CPOA 3SJ3A 3OVRA 3WJXA 1ZJIA 4QM1A 4LWWA 1GVSA 2QCMA 3P7YA 2J9YA 3LBCA 4TIMA 2GJLA 2RH9A 1LBMA 1ZALA 3CB8A 3UZ5A 1TPWA 1XM3A 3AO0A 2BZNA 3M7WA 3DI0A 3BGGA 4IMFA 1DVJA 1J5TA 4UTLA 3W7PA 1AG1O 4XKYA 4HIBA 1FCVA 2Z6IA 3LI0A 2E6AA 4UMBA 2F84A 4XKYB 1IF2A 1JCYA 3GLCA 3A21A 1VPXA 3IGUA 1YLVA 3N19B 1Q45A 4JTIA 3WJWA 4RZ6A 1JCNA 2OZ0A 3IGSA 4N02A 3TQ0A 1W8SA 5I3FA 4O0KA 5IBXC 3DFNA 5I3IA 3S9YA 3LCWA 3DFOA 4O17A 1GTHA 4R7JA 3SGZA 2E09A 4XQ6A 1X8FA 3CU2A 5DN1A 4MJZA 5C5YA 2R8WA 2CLKA 3PB2A 1M6JA 4PTNA 1KFLA 3C2OA 3B0UX 5K9CA 2Q8ZA 4IWWA 3FJ6A 4A2SA 3PSWA 3NQAA 3O8AA 5FEWA 1ZHAA 3USBA 4IMEA 2I14A 3FOKA 3W7MA 1R2TA 3HG4A 4GE8A 5FF3A 5EBUA 2NLIA 2XN2A 1Z42A 3EX1A 3L9CA 3G8RA 4YCPA 2QCCA 1KM6A 3TAKA 2XN0A 4ORIA 5AHNA 2A1YA 1R2SA 4KKXA 3NQFA 1Z44A 4OQVA 2ZDRA 4JX4A 2CZ5A 3H55A 3NOEA 5HR6A 3TSMA 4GUGA 3WFAA 1L6WA 3C2EA 1TTIA 1LBLA 4S2BA 1KM1A 3QW3A 3DI1A 4UNLA 3W72A 3TSBA 3EEGA 4XBKA 3STGA 1G7VA 4CCCA 4HPXA 4UTWC 3G1HA 3OBKA 4FNTA 3L2IA 1RQEA 1GWJA 1GVOA 1H5YA 2B0MA 1XI3A 4HNVA 3ABOA 3CWNA 4M6VA 3TV8A 4MPQA 3TROA 3G1FA 3LCFA 2FQIA 1G6CA 4FIRA 3UPBA 2KZHA 2J27A 3MI2A 2VFIA 3CEPA 2FFCA 2A5HA 3O06A 2W6RA 4O1DA 4LT9A 2FPVA 2PE4A 4PL2A 2QEZA 3A23A 3L0GA 4TO8A 2DJLA 3BPWA 4JEQA 3ABSA 2WOQA 1UBSA 3KOFA 1W37A 4JIPA 5HUOA 3KRZA 5D2TA 1B57A 2E5CA 5AC8A 4UFJA 1I45A 3V1PA 1Q6OA 3GXTA 2QF7A 1CW2A 1FWTA 3NL5A 1H63A 2Y62A 2ISVA 4EWND 3BLIA 4IPIA 4FNUA 3G8EA 5T26A 5CKSA 3PBWA 3L66A 3S1XA 3ZR4A 5FI8A 5I3JA 2TPSA 3TDFA 4MOZA 3LGEA 5LHEA 4FNPA 4H4IA 1CX9A 1I4NA 3RMJA 1B4KA 4UMAA 3FFSA 3TMLA 1H1YA 4HKPA 2JKEA 2Z6JA 1MEIA 1W5PA 1KV8A 1FDZA 4HNUA 2ZZ2A 2WJZA 3GKAA 4Y8FA 3GK0A 5KMYA 1KM4A 1R2RA 1ALDA 5C55A 1B9BA 3W1QA 1EP1A 1X1ZA 3NL2A 1SFJA 2V81A 3TU9A 1KBIA 1WXJA 4IJBA 5BMXA 2ABAA 1GVRA 4K39A 3FS2A 3EXSA 3BARA 3C2VA 3W1LA 3LLFA 2AQWA 4M6QA 1W5MA 1QFEA 5F1UA 1C9DA 1S5VA 1UASA 4XWUA 4DEFA 1U83A 2G97A 3EXTA 3TJLA 3KVLA 3S42A 3BW3A 1MEHA 3IV3A 3QFEA 3W7DA 3FKRA 1IXQA 1VH7A 1TYGA 2OX1A 3P60A 4BF9A 4QNEA 5DBUA 1OK4A 4MUZA 1OX6A 5MHBA 1F6PA 5LNVA 4UTMA 3ANYA 3L5LA 1LOQA 4DPQA 5C6MA 1QOPA 3LHTA 1FCBA 5F4WA 2CLMA 2DU2A 3O07A 3L5AA 3JR2A 2FPYA 4X2RA 5AHFA 1IXOA 4O0ZA 1AW5A 3OEXA 4WX2A 3WK1A 3TAOA 2YFOA 3C2RA 3TKFA 2BSLA 2VFHA 2C6QA 3EXRA 3UWUA 1OF6A 4NNAA 3G0SA 3VE7A 3T55A 1DV7A 3GB6A 1A5SA 3G0UA 1W54A 2VC6A 5DBTA 3OHIA 1LDCA 2H90A 1LYXA 3HPZA 1SW0A 3DFQA 5AHMA 4ML9A 4JY9A 1XUUA 3NAVA 3AJXA 2ISWA 4JY8A 4AMAA 4JX6A 1B4EA 3ABQA 3KVJA 4IGHA 3THQA 1PHQA 1SFLA 3HGRA 3F1QA 4OV4A 4GJ1A 4O50A 4Z1DA 2A6NA 5L6UA 4E38A 4O28A 2R94A 5H91A 4HPJA 3QMTA 3GDKA 3FA5A 5KZDA 1XXXA 3GVGA 3PWAA 5J5RA 1I2QA 1K8XA 3GYEA 4RXFA 3N73A 1O94A 1W5QA 5LZLA 4ZQMA 4QISA 1KW1A 4JS3A 2EGZA 2B7PA 2ISSA 3KVMA 5BNKA 3B04A 4BI7A 3W2LA 3G1XA 4NX0A 5F4XA 2NX1A 5K2ZA 3PBYA 3U8GA 1SPQA 3W74A 4JD4A 2P1FA 4IQLA 3CQ0A 1EWEA 3S1UA 3IVUA 4MZ1A 1UUOA 1FCQA 4CQ9A 3I65A 4O10A 1FWNA 4S2CA 1R30A 4FX6M 1VLIA 3H54A 3EWYA 3KRUA 2V0TA 4ICNA 1DOSA 1GVQA 1I2PA 3W7HA 3TQKA 1GYNA 4OE7A 3S6DA 3WK2A 4I7WA 4RLIA 1Q6RA 2ZRWA 3BVJA 1X7FA 3NZ1A 1RD5A 1G7UA 1TQJA 5G4WA 3I6RA 1EUNA 3IIZA 1QWGA 3A9IA 3O15A 3Q58A 2PC4A 3SR7A 3O6YX 4MFEA 1LRTA 2NX9A 1KTNA 2Z2UA 1SZNA 4MY9A 3M41A 4XUGA 5G1TA 1KFEA 4NQ1A 2G5WA 4MLRA 1MZHA 3MI3A 1K3UA 3NGJA 3M43A 3CIXA 4IX0A 3P82A 1TPB1 5D38A 1FDYA 2E68A 2B7OA 8TIMA 4O52A 1UB3A 5D2WA 1KTBA 4ADSA 4R33A 1X1OA 3UWVA 2C19A 3GNDA 2C18A 4N6EA 3MYOA 5E93A 4N4QA 4DBDA 1VJIA 4DO6A 5A8GA 5HMSA 5K9DA 4UIOA 3SECA 2VKZG 4EOUA 2Y7EA 4DF0A 3O63A 4EF8A 5KINA 3KXQA 1P0NA 2CLHA 2PURA 1KM2A 3EKLA 3B05A 1TREA 1RR2A 5CSRA 4ZQPA 4CCDA 1HG3A 2B7QA 2ZZ3A 4IX2A 3C56A 2WQPA 3P67A 2V2DA 2NWRA 3E49A 2XFWA 3T4CA 6TIMA 1Z48A 1FWRA 1XBZA 2TRSA 5HULA 4A3UA 5CG7A 2C16A 1ADOA 2YW3A 3LHYA 4YWIA 2X2GA 3QQ1A 1ONRA 4K7YA 1Y0EA 2FLIA 3GIYA 3IIPA 2FB2A 3NPWA 1I8JA 3RFAA 5K4XA 3MHGA 1GTEA 2Y63A 3HGOA 3W2KA 1K8YA 1OFAA 4Y6GA 4GUJA 4Z0SA 5F2MA 3M0ZA 3B0VC 3LRLA 1P1XA 3S5OA 3JRKA 4MIMA 4R34A 4GFSA 5G2HA 3DBPA 3GAYA 2EF9A 2JK2A 4LOCA 3VKJA 5DLCA 4ADUA 5D02A 5AN7A 1MEWA 3TSDA 4DO5A 2BTMA 4P61A 3FKKA 3MUXA 1O5XA 3MWAA 5DCBA 3W1UA 5F4SA 1OVDA 3STEA 3PB0A 1GT8A 3NXFA 3ZS4A 1WX0A 2YCEA 3L65A 1H1ZA 4PODA 3T44A 1FWSA 2CLFA 2GQ8A 3LX9A 4LS1A 3OA3A 3QQ0A 2ZRUA 2W79A 2CW6A 2JKPA 1W3NA 3R2GA 3CLMA 1NF0A 3VCRA 3IGXA 5I3GA 2V82A 4LVFA 2ATSA 4Z1BA 3NQ2A 3PVFA 4Z1AA 4NNBA 4JGDA 2NUWA 3NM3A 3T78A 1V5XA 4MLJA 3DFPA 1QPNA 3P74A 3WJZA 1NFBA 4S1FA 4Y96A 3EWZA 3OG3A 4AWUA 1T0OA 3TXVA 5CPLA 4C1LA 3TE9A 3M9YA 1SO5A 3G1AA 1OFBA 1J2WA 1PL9A 1YPIA 1K8ZA 1KV5A 3A5VA 3NQVA 2I9EA 5F1VA 1BTMA 2CLLA 5AYXA 1LTDA 3I7QA 2A7NA 3MYPA 3LDVA 2A2IA 1ICSA 3NR0A 3ABRA 2ZRZA 3PAJA 2WNNA 4LC6A 3W7GA 4NU7A 4UTKA 4LVDA 2CZDA 1GYLA 4TX9A 1ZFJA 3LTPA 1BWKA 3R89A 1B3OA 2DJXA 4DXVA 3W7OA 3W1RA 2V9DA 4FB7A 5KSWA 2QCGA 4Y9AA 3UWQA 2FPTA 4RZ4A 2YPIA 1W3TA 2X30A 2GOUA 3N3MA 1GG1A 4FHAA 2DZPA 2FTPA 1BKSA 5I3HA 1EIXA 1EPXA 2C14A 3CIWA 4NZFA 4X22A 1JQVA 1NVMA 2A0NA 5AHLA 4IOTA 3NQ7A 4I7UA 2ZYFA 1ZAHA 2A85A 2QAPA 1YYAA 4PA8A 2H8XA 4TR9A 3U2OA 5CZ0A 4CNOA 5HQEA 3C52A 3N14A 1LROA 5AFDA 3NL6A 5EL1A 3FYPA 3MP4A 2QCDA 1EX5A 1QOQA 2EAWA 2VELA 5H2ZA 3EWXA 2O7QA 4QIUA 2QCDB 3W85A 1W5NA 2QUTA 3RLVA 4GUHA 4W9TA 1GJPA 2CZFA 3DENA 1VC4A 3M1ZA 5I3KA 5D30A 4JYFA 3PUDA 1DL3A 1TO3A 1F76A 3LCHA 3SSJA 2ZZ1A 5F2GA 1HL2A 5D37A 3MI6A 3K30A 4IXHA 1G67A 1MXSA 4A21A 3W83A 4IMGA 3VE9A 1S3HA 1TQXA 1OHLA 1SO6A 1XDMA 1KM5A 3QYQA 3STCA 1QMLA 4ZQRA 3MMTA 1DQWA 2TMDA 2Y7FA 1VCGA 5K4ZA 4HHPA 2Y7GA 2CFFA 4O18A 2H8ZA 5CSSA 3LOTA 3UD6A 1JCJA 5AYZA 5C2XA 2GVLA 3NQGA 3HBLA 2VEKA 4AWSA 4Z0JA 4JXCA 3NEVA 1OX4A 3CM4A 3E9AA 2YR1A 2DZXA 4CQAA 3W7KA 4NUWA 4AHPA 3QW4B 3GZ3A 4NJGA 4XBSA 1N7KA 1F7BA 5U7SA 2YXGA 5LNUA 3THAA 2DORA 2V2CA 2C3ZA 3NM1A 4PL1A 4XZ9A 4M5PA 4QNWA 3B06A 1RQBA 1JVNA 3M47A 4MFDA 2HTMA 4YL2A 5HWMA 5FF2A 4GUFA 4QITA 2DP3A 3N9SA 3CEUA 3HQ1A 3M6YA 2YYUA 2LLEA 3DKLA 1TTPA 1D3GA 1C8VA 3HO8A 4QAIA 2YW4A 3NQMA 1OK6A 1JCLA 4UTIA 3M5YA 1LLWA 5LGXA 5LNSA 2V30A 3LV5A 4CCEA 1A53A 1FWWA 3L68A 3NNTA 1TJPA 3P8IA 3NPVA 1BWLA 1A5AA 1AW1A 2QUUA 4OGZA 1H51A 4YMZA 3HG2A 3W23A 1VHCA 3ZFHA 3STFA 4BWLC 3DZ1A 2HS8A 2V2HA 3OVPA 1TV8A 3GDLA 1QO2A 3IIXA 3W7LA 3T40A 1SW3A 3F03K 3MHUA 5HNRA 2HSAA 4M7SA 1SU5A 3O16A 2ZRVA 3BG3A 3W71A 1U5JA 1ZCOA 1XUZA 3PM6A 2ABBA 3VI2A 4OBTA 3W6YA 4X9SA 5AC7A 3PBVA 5HJLA 2CLIA 4IXXA 5FEPA 3SY5A 4QJ1A 1RVGA 4CQ8A 5TQLA 3SI9A 3M16A 3S1VA 2PCQA 3U6WA 3TQVA 3Q2DA 1XBYA 5CZJA 1OFRA 2A6LA 2R91A 2E1DA 3E96A 1LBFA 1FXPA 1WAUA 2A4AA 1ZAJA 2R14A 3NQ6A 4NXSA 3NYZA 1AK5A 3W1PA 3TNOA 4NJIA 4NNCA 2QCFA 4EVZA 3D0CA 1O4UA 3UY7A 5FF7A 4DPPA 1W1ZA 3ELFA 1M5WA 4Y90A 1OABA 4AAJA 2OT0A 4O57A 1GZGA 3LB0A 4AF0A 4BI6A 1D3HA 4OV9A 4JTJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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