3G1XA

Crystal structure of the mutant d70g of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with uridine 5'-monophosphate
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIAGFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 80
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g1xA00
3QW4B 3HJZA 3W7IA 3GYEA 3W3OA 1XI3A 3TX9A 2QDGA 1QOQA 1PCWA 3R89A 1H51A 3IVSA 4JTUA 2IQTA 1UUOA 4O1DA 1DQWA 4JDYA 4RZ6A 3TW7A 5MHBA 1BEUA 3DFSA 3RNDA 1FCVA 3L5AA 4MY8A 1TPH1 3LERA 1SW7A 4U28A 3E02A 3W88A 3EEGA 5AHIA 1B9BA 4YXGA 2ISVA 4AB4A 2FB3A 4JTSA 4IQLA 3U8GA 1ZNNA 3W70A 3P62A 3GDKA 2PURA 4MPQA 5F2IA 4XTIA 3ABRA 3GLCA 1KFBA 2VXNA 1H62A 2VOMA 3TFCA 4ORMA 3DFQA 4RX0A 2A4AA 4WOZA 4WXYA 3CEPA 3G1SA 4N9CA 2I9EA 4GUGA 4LS0A 3UPBA 1TRDA 5GVJA 5KITA 2RH9A 1FWSA 4O18A 1XKYA 1UASA 4M5PA 5BNKA 4RZ4A 3M44A 3OA3A 4OBTA 1I45A 3R5EA 5L9FA 3KRZA 1SQ7A 3QH2A 1ICSA 1TJRA 3T55A 2FJKA 3SGZA 4LV4A 4FNRA 1R30A 2EAWA 4KFOA 4C1KA 1FXQA 1VJIA 5D32A 5HUPA 3A22A 3L67A 1FY6A 2A85A 4EF8A 3G1VA 5LNVA 4OHQA 1A5BA 1MZHA 1SO5A 1LDCA 1HTIA 3NPWA 3TSMA 2JGYA 1OX4A 1W5NA 5IBXC 5F2GA 2F84A 3NQAA 3WK0A 1YYAA 3QPZA 4UFMA 3GAYA 3NPUA 3OVQA 3GDLA 1VYSX 1VLWA 4K7YA 2VELA 1FCQA 1KM6A 5J5DA 1S5VA 4GRSA 4WY0F 2WO5A 4ZL1A 1I2PA 3QEZA 4BI7A 1I8JA 5AC7A 4HNNA 2OCZA 3HPSA 3TQKA 2RDUA 4O1CA 4R7JA 3GX9A 3PVFA 1G69A 3W2JA 2QAPA 3GR7A 2VKZG 3PBVA 4LW7A 3W7JA 2Y7FA 7TIMA 3S42A 3V1PA 5LHFA 1TPWA 2BLEA 1SFLA 4UR8A 3M6YA 3W72A 4BWLC 3CLMA 1T96A 5FEWA 1JQVA 3PUOA 4X22A 4MVAA 5D33A 3E49A 4JNMA 3ANYA 5I3IA 3UPWA 1SFJA 1O95A 1R2RA 2WNQA 5AHLA 1KM2A 5IM51 1NSJA 4RR4A 1WX0A 3NQFA 2OZ0A 3PF3A 2TSYA 3I6RA 5CZJA 3P74A 5BMWA 1ZAJA 1JCLA 4BI6A 4O10A 3SIZA 2Y6ZA 4FX6M 5DY3A 1I2RA 4HNUA 2Y70A 3UXDA 2ZZ7A 3BLEA 1A5SA 1FUYA 4WX2A 3U6WA 3M47A 1K8YA 1S5TA 3W7HA 3EX2A 2VEIA 3S1XA 3LV5A 4TU1A 4RCXA 4K38A 4O53A 5G2IA 5J5RA 2ZRUA 3TA6A 3M5VA 3DFTA 1OF6A 3BW2A 3A5VA 5DY2A 4FNUA 1W56A 1OFPA 4JTLA 2WNNA 3OVPA 2V0TA 4RJEA 3RLUA 3TC7A 3IIOA 2I14A 2VEKA 3THAA 3P61A 3DKJA 4O15A 2O7SA 2NXHA 1IIHA 4RKAA 1X1ZA 2A2IA 1OX5A 1IXPA 4LRSA 3UYCA 1C9DA 4NJJA 3P8JA 4XTDA 4ZQCA 2QKFA 1P0NA 3TQ0A 1YXYA 2EHHA 2YPIA 1CX9A 4P2VA 3HBLA 1PS9A 4QQ3A 3RU6A 1LYXA 2ZZ1A 3C2RA 2A21A 1OK4A 3C6CA 2BWGA 2P10A 1JJKA 4B5NA 1Q6QA 1KFJA 2J24A 5FF7A 3NQVA 3LRMA 3O15A 3HMJG 4KFPA 1TREA 4A29A 1OFBA 2A7PA 2Y89A 2DZTA 2ZRVA 1OG0A 1VS1A 5F4XA 4N4QA 2ATSA 1XBYA 4EF9A 5LZLA 2V81A 4QNEA 3NPXA 1XUZA 1Q45A 4O17A 4UIOA 3GZ3A 1A5AA 3PUDA 1GYNA 1EIXA 1W5QA 3MP5A 2C3ZA 1ZJIA 2CZ5A 3IIVA 4LVFA 3W1TA 2NX1A 4R53A 3KVKA 1W3IA 1OFDA 2H3DA 2Z6IA 3HG4A 3S1VA 3NG3A 3Q94A 3G3MA 3HGRA 1ZCOA 5AYYA 3ELFA 3AO0A 3HQ1A 3L21A 3A5FA 4A2RA 1KLZA 4Y9AA 3FIGA 4JTEA 3L2IA 3W23A 3O07A 4JX6A 4UTJA 2EGZA 4WZHA 2ZRXA 4NUWA 5EMUA 4DEFA 5K9XA 1XXXA 1MEIA 1RQBA 3BW3A 3JR2A 2DZVA 1PCKA 4O50A 3TQVA 1H5YA 3G3DA 3UWUA 3KFTA 3ZWSA 4I7VA 3HPZA 2NX9A 2OT0A 1TSIA 1L6SA 3FKKA 4K8HA 3EWZA 3KRUA 4O1AA 4FO4A 3NQMA 2QCCA 3VNDA 5FF4A 5U4NA 1G4EA 4FX8A 3G1XA 1T0OA 4GWEA 1Q6RA 1IXOA 3HIJA 4UXDA 3G0XA 3INPA 1JCJA 1DORA 1Z42A 4FNPA 3MW7A 3UWYA 1O60A 5AN7A 3G0SA 1F73A 4LV9A 4NXKA 2DORA 1ZAHA 3W7RA 2PC4A 2ZYFA 1GT8A 5K3VA 1K8ZA 4BK9A 3UXAA 5CGQA 2OJPA 3TXVA 4DXVA 1TQXA 1ADOA 2C0AA 4PL1A 4A22A 1A50A 3OBKA 3DHDA 1K7XA 2E6YA 4AWUA 4O52A 3O6YX 4ORIA 3LCHA 2YW4A 3NL5A 4S1FA 4JTTA 3TFXA 1B3OA 1D3HA 4O0KA 3LI0A 2E5BA 2ZZ5A 1VCVA 4OWGA 2V2HA 3EX3A 4NNCA 2FDSA 4MYAA 4OV9A 5DCEA 1TPUA 2Y7EA 5F4SA 5D2YA 5CG7A 4P61A 1AL7A 1UCWA 3NGJA 1XBZA 1KFEA 3EXRA 3NZ1A 4MOZA 3B0VC 3NQGA 1W5OA 2DP3A 1DKWA 1Z41A 3PAJA 4K6AA 1R47A 3QQ0A 4NQ1A 3MJYA 4A21A 4Q33A 3TW6A 1THFD 1Q6LA 1WBHA 2YXGA 2VFIA 3M5XA 3M16A 3ZFHA 1GVFA 4Z1CA 2WNZA 2TRSA 2CLFA 4G1KA 5BRBA 4UTHA 5AYZA 3EX1A 4O8RA 4MZ8A 4HNVA 2BX7A 2WPBA 1NFBA 1TTPA 2RDWA 2E77A 2Y88A 1P1XA 1YDVA 5DCDA 3H55A 1G67A 1Z44A 3EXSA 3C3NA 2ZZ3A 1G4TA 1TPDA 4XBKA 3NL2A 2NZLA 1WXJA 3W2LA 4OGZA 4AH7A 4LVGA 2C1HA 2G97A 4M6QA 3UY8A 2CLEA 3IEBA 4JEQA 1KBJA 4LNYA 1D3GA 3FEMA 4LVBA 4TR9A 1TPVA 2E6DA 3KRSA 4OE7A 1I2OA 4OT7A 3W7OA 4DF2A 3MMTA 1OFQA 2Z2UA 3I7QA 2H8ZA 1ZHAA 3F4NA 1K02A 4H3DA 1QWGA 1W5MA 3OIXA 2WOQA 3M43A 2CFFA 3THQA 5HNRA 3NOEA 1RPXA 3QSTA 3P82A 1MSSA 1TV7A 4UUIA 3BG3A 1ML1A 4DPQA 1DOSA 3M5ZA 4N6EA 1PHWA 5EY5A 3HG2A 1VR6A 4UTLA 1JUBA 1OVDA 4RXGA 2VFDA 1WA3A 1QDSA 4MLJA 3W7MA 1VCGA 2RHGA 5AHEA 2QEZA 3MP3A 3QSRA 3G24A 4AAJA 4M19A 2XN2A 4UFKA 1LCOA 4O19A 4NU7A 5HJLA 3O8AA 3BK0A 2X16A 3S5YA 4AEOA 1H7XA 4DELA 1HG3A 4O0ZA 4O57A 2OT1A 4UTTA 2A0NA 1VQTA 5T26A 3W83A 5HMSA 4NJKA 1VYPX 1OHLA 2VC6A 3DHFA 4GXMA 1FWRA 4HKPA 5C55A 2PRLA 3W84A 1W3TA 1LROA 2ZZ4A 4RLIA 1KFCA 4JX4A 2V30A 3GKFA 3W7GA 2DZXA 5TQLA 1GG1A 2J9YA 4L4MA 1M7OA 4JYEA 1LRQA 1TIMA 4IMCA 3WJYA 1R2SA 3FOKA 1F74A 4PL2A 4Z1BA 3ATYA 1KTBA 4AHQA 4HSOA 4NVTA 3SR7A 3LI1A 2R91A 1H63A 1KM0A 5I3GA 2ZZ6A 1DQXA 2C14A 3PWAA 2XN0A 4GUJA 3G1HA 3W1LA 1JCMP 3C2EA 4JY8A 1IF2A 2PCQA 4JD4A 2ABAA 1SO3A 3IV3A 1DBTA 1FWTA 3QQ1A 4CQAA 2HS6A 3WJSA 2Y7DA 1EEPA 1SR9A 2ABBA 1DL3A 4XZ9A 4KKXA 1JULA 5FEPA 1ZALA 4Q32A 1XFBA 4D2JA 3G1YA 1Z48A 1ICQA 1QO5A 5SWUA 3QJAA 1IXQA 3CB8A 3W86A 2ZCGA 4ZQOA 1TQJA 3OG3A 3V75A 1W54A 1H7NA 5CSSA 3BV4A 1H1ZA 1VH7A 2E68A 3I68A 3GK0A 3L66A 2CU0A 3VI2A 4JYFA 3EWUA 3W1RA 3USBA 3RFAA 3QM3A 2DZPA 5EL1A 3AJXA 3WFAA 3NNTA 3VKJA 3LBCA 5I3HA 1AW1A 1ONRA 1RV8A 3L5MA 2KZHA 3QMRA 2Y62A 4N02A 4I7UA 1QMLA 4EOUA 2YX0A 3LCGA 3N2XA 4BI5A 4N6FA 3W1AA 2NV2A 1QPNA 3R2GA 2RFGA 1MXSA 1OYAA 3LXAA 5BOOA 3PBWA 5EBUA 1SW0A 3DZ1A 1WDWA 4LS2A 3IVTA 2VENA 3LHTA 5HQEA 3BW4A 3JRKA 3C2FA 3CU2A 2B7PA 1SO6A 3SI9A 1DJQA 1L2UA 1NF0A 2HSAA 3L0KA 3YPIA 4HSNA 3EXTA 4MJZA 5L6UA 3MUXA 4GUFA 4TIMA 4CQ8A 1WQ5A 3TNOA 4Y96A 1A5CA 3FJLA 5DCBA 5AC8A 1ZAIA 3LCXA 3QZEA 3WJXA 3B0PA 1LM1A 2GQ8A 2C6QA 1GTHA 5D2WA 2GJLA 4FXRA 2DZUA 2VEPA 2NUWA 3EX6A 4NZFA 1CI1A 3F03K 4PC8A 3EKZA 1YADA 2C19A 4JICA 4GBUA 2GPTA 3LDVA 3B03A 2DZWA 3NQEA 5FEXA 2YSWA 1F05A 4UTIA 4DO4A 1DV7A 2YR1A 4DO5A 1EWDA 3VFLA 6TIMA 1WAUA 4XBSA 3LTYA 2CLLA 1LTDA 5G1TA 5D38A 1I2NA 1G4SA 1LLWA 1TTQA 1JUEA 4JIPA 4JR5A 4QIUA 4CLMA 3CTLA 3UNDA 3LCIA 1TPB1 4PTNA 3I7RA 3A23A 3LCWA 5FF3A 2J6XA 2Y7GA 2JKAA 2FPVA 1O94A 3L0GA 4FNTA 3UD6A 5EKYA 4N2YA 2VFEA 2XFWA 1N8FA 3OEXA 4JY9A 2JBMA 3S5ZA 5EYWA 4CNOA 4Y8FA 5D04C 4GUIA 1B57A 6ALDA 5G4WA 3LXBA 3PY2A 3GXPA 4UFHA 2J9XA 3G8EA 1S5WA 2UV8G 3STGA 2FPYA 3IGXA 1H61A 3LTSA 3VE7A 2A7NA 5FESA 1NEYA 1QOPA 4JTIA 1SPQA 3OVRA 1UUMA 2QCMA 3T7VA 4A3UA 2XN1A 4C1LA 3NQ8A 5TBOA 2YFOA 3W07A 3DFNA 1HO4A 4LTSA 4RXFA 4ADSA 3O6CA 3PBYA 2QCEA 2ZRWA 1G7UA 3CWOX 4JTGA 2GVJA 5CPLA 4NX5A 4X9SA 1KV8A 4UTKA 5D30A 1LP6A 2FQIA 1OFOA 2FTPA 1F5ZA 1W5PA 2A1YA 1GTEA 1SO4A 4AF0B 3G1FA 4X3ZA 4TMBA 3FYPA 3ATZA 4FNQA 3O05A 2X30A 3BG9A 2Q3OA 3LLDA 4M6VA 1T8XA 3L68A 4LU0A 4LVAA 4N9DA 2G95A 3LM7A 1D9EA 1G6CA 4HNTA 3N3MA 3QW3A 5K4XA 1VLIA 3G0UA 3DI0A 4KFNA 1YTEA 2NV1A 2QJHA 1JQXA 2YW3A 3W7LA 5D03A 5CKSA 4LT9A 2W79A 3W7EA 4FIQA 2GUUA 1O5KA 1XL9A 1TMHA 1X7FA 2X1SA 3S1WA 2ALDA 2E6FA 5A8GA 1W8SA 1SSDA 3LXCA 2Q8ZA 4UTWA 2R94A 2C16A 3E0IA 3GNNA 4FXSA 3DENA 2FFCA 4JN6A 3O1NA 3U2OA 4RK8A 5K7JA 4E2DA 4JTJA 1GVQA 3LOTA 3FKRA 4CQ9A 4DF0A 3W7NA 3TMLA 3NM1A 2E1DA 3LHUA 3LCFA 1HO1A 1RZMA 3OHIA 3F4WA 3TSBA 3HPXA 1OYCA 1FBAA 4MZYA 2H8XA 2RKXA 3C4UA 2QCFA 4S2BA 5DELA 1K03A 4K39A 3NQ6A 4EIVA 2VFGA 1OFRA 1W31A 3T40A 4A2SA 5K9DA 1H1YA 4OV4A 3PC0A 4GC4A 3E12A 3TMQA 2ATMA 5HWJA 3NDOA 5F1VA 4QITA 1H50A 5FF2A 3A9IA 1TTJA 4JDBA 2CZDA 2E5CA 2CZFA 1VHNA 3BG5A 3MI2A 3W7CA 3ZS4A 3N9RA 4WD0A 5KSWA 3C8FA 5TIMA 3W74A 4Z1AA 3NQCA 3CIWA 1TRIA 1JCXA 1UJPA 2BXVA 1PE1A 3UWQA 3LRLA 3BLFA 4FHAA 1AMKA 3C56A 4JTHA 3P67A 2NWSA 3W1QA 3G1DA 3KXQA 3N2MA 4PH6A 3EWBX 5I3FA 2QDHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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