3G3MA

Crystal structure of human orotidine 5'-monophosphate decarboxylase covalently modified by 5-fluoro-6-iodo-ump
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
257
structure length
256
Chain Sequence
KELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Uridine 5'-monophosphate synthase
publication title Structure-activity relationships of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase inhibitors as anticancer agents.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 97
structure length 256
sequence length 257
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2009-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3g3mA00
3S6DA 3THAA 3DXIA 5KMYA 4IXXA 3O05A 4U4MA 4X2RA 2WSQA 2A0NA 4HNNA 2NWRA 4X9SA 1XL9A 1VYSX 1KW1A 1OFOA 3QQ1A 5AHNA 3A24A 5TIMA 2WNZA 1QPNA 3HJZA 5DBTA 3W1AA 4OT7A 4P2VA 2OCZA 1TJRA 3MWAA 1TSIA 3LX9A 1BEUA 5C5YA 5LGXA 3S1UA 1H50A 2Y7GA 4K39A 1G4PA 4IMEA 3UYCA 2H6RA 4P61A 5IM51 4E38A 3ELFA 3OVRA 3L5AA 3S42A 4LUJA 4LS0A 2CZ5A 3HGOA 4N4PA 4O57A 3CU2A 2DJXA 3LCWA 2BWGA 1KM1A 1A53A 2CZDA 4N4QA 1KFBA 4AVFA 3GDTA 1OFQA 4QQ3A 3HGJA 5CSRA 5FESA 2FTPA 2JK2A 4CCEA 3NXFA 4UR8A 1XBVA 3LHZA 2GJNA 1W3NA 4JTSA 5D2YA 1GQNA 2J9ZA 4R34A 5DLCA 4RR4A 4UR7A 3LBMA 2BLEA 4NX5A 5H2ZA 3O06A 3DZ1A 1VLIA 4MIMA 4GRSA 3TROA 4O0KA 2FPYA 4K38A 4FXRA 4JGDA 3CLMA 3Q2DA 1LROA 3GKFA 4JIPA 3STEA 1GG1A 4N9EA 1ZAIA 1TB3A 3ZS4A 2GVJA 2QEZA 5F1VA 3PWAA 1JUEA 4A2RA 5IBXA 3G22A 2TSYA 4NQ1A 3W23A 4GBUA 4ONVA 3EX2A 3HMJG 2QCDA 1GVFA 3QQ0A 3PF3A 5AOUA 4IGHA 2JBMA 1WYIA 1ICPA 1XUUA 1JQXA 4UMCA 2VEPA 2WSYA 3LHUA 4EF9A 3PB0A 3W1XA 3TE9A 3P67A 4NJGA 3G8EA 1VJIA 3NPWA 3F03K 3LTPA 3T55A 2E68A 3QM3A 1JVNA 3FYOA 2DZSA 1FCVA 1XBYA 3C8FA 1ONRA 2Y63A 5LGZA 4TO8A 1FDYA 2A21A 5G4EA 3E96A 4JX5A 4LVGA 4N9DA 2OMAA 5BRBA 3A5FA 3H55A 4WXZA 3O07A 4GNJA 3DFSA 1Q6LA 3IGXA 2OJPA 4CLMA 3EXRA 3I7QA 4K36A 3NQ8A 4FIQA 5C6MA 3T4CA 3KVJA 3QYQA 1I2OA 1SR9A 5F4XA 2QUVA 3QC3A 4TR9A 4Y96A 3IIOA 2CW6A 1CX9A 1GVQA 3HG3A 1P1XA 1ME7A 2V0TA 3QMSA 5EMUA 3DFQA 2ALDA 5FF0A 3BG9A 4FNRA 2NV1A 4WY0B 3LV6A 1FCUA 2A6NA 3EEGA 3SFKA 2A7NA 4GC4A 3SJ3A 3G24A 3H54A 2EKCA 1TPVA 2G96A 2R14A 2YFNA 4UC5A 5IBXC 1R30A 3G1YA 2F7FA 4MYXA 3EX1A 3W07A 5D2XA 4M6VA 3NDOA 3PUOA 3RK8A 1OFAA 1OF6A 1W5NA 5DY3A 3QW3A 4JTIA 1ZCOA 3M0ZA 1DVJA 4O4VA 3P80A 1I2NA 3MYPA 1WDWA 1OF8A 4ZMGA 1SW7A 3LLDA 3MI2A 5DXXA 5D04C 2NWSA 3G1AA 3NPVA 5AC6A 5C54A 3UWUA 3SR7A 3TFCA 4ZQPA 3C56A 3W2LA 1SZEA 3S5NA 3UWYA 3S5OA 3SW6A 3R8RA 3GDKA 3B06A 1RQBA 2V5LA 3S5ZA 4JDYA 4N6FA 4NJJA 1G7VA 3TMQA 2YR1A 1WXJA 2YXGA 5LNRA 5T26A 5EL1A 1G69A 2E5DA 1JCNA 1F76A 1SO4A 2I14A 3M1ZA 1H62A 1SO5A 2QCCA 1WOAA 3GR8A 1A5SA 2V9DA 3FKKA 4KFOA 4EOUA 2HTMA 2ZZ3A 1K8ZA 2ISSA 5C55A 3PB2A 1KBIA 5K7JA 4YCOA 1LYXA 1VYPX 1F5ZA 3CQ0A 4LRSA 3RMJA 3BG3A 3N19B 3WJYA 2HS8A 3I68A 3FS2A 4IUOA 1GVOA 1XM3A 3HG5A 4ORMA 3QSTA 4UMAA 1TPB1 3D0CA 3GYEA 1QDSA 2V2CA 3PSVA 1IIGA 1VC4A 1H5YA 1YADA 5AYYA 5DCEA 2NV2A 3NQDA 2F84A 3B0PA 4DF1A 3SSJA 3BK0A 1XBXA 3W22A 5FF3A 1RQEA 4O50A 3HO8A 4GWEA 2DU2A 2YCEA 4W9TA 3ANYA 4PEKA 5KZDA 2NXHA 1XXXA 1TPFA 4ZQCA 3G1SA 5D2WA 1UB3A 3T44A 5KSWA 5AHLA 3W1PA 1QWGA 5DCDA 4UTWC 4UFMA 4MFDA 3UZ5A 4L4MA 1F6PA 1SFJA 2V81A 3NQ6A 5AHIA 3IV3A 1SZGA 4DELA 5E93A 3KFTA 3C2FA 1PHQA 1OK6A 3JS3A 4XWUA 2PRHA 5KINA 3L21A 3L0KA 1EUAA 5CG7A 4IMGA 3PULA 2E5CA 2P10A 2R94A 4JR5A 3PY2A 2GPTA 1XDMA 4HSNA 3O6YX 4UCGA 3W9ZA 4LUIA 4AWSA 2B7QA 3LRLA 1WOBA 4LOCA 4RZ4A 3LTSA 4FF7A 3BG5A 1IXPA 3NPXA 4Z0SA 1SZNA 3CIWA 3QRHA 4DXVA 5CSSA 3G1HA 5FEZA 3UPBA 3NL3A 3OHIA 3GDRA 2QCHA 3TW6A 3W1UA 3BPWA 1R2TA 3HGSA 3GXPA 3P62A 1TREA 4OE7A 4LU0A 3GAKA 2NUWA 4MZ1A 3G1FA 3W7NA 3QMTA 2NX3A 4TX9A 1D3HA 2VKZG 2J24A 5HWMA 2ZZ4A 3E0IA 4TMCA 2QJGA 3LTYA 3A23A 5K9CA 1PHWA 4IPIA 4PL1A 2DZUA 1CW2A 3N2MA 1OX4A 3CTLA 1W54A 1TPH1 2A7RA 3VE7A 3TJLA 4HT3A 3UWVA 2NLIA 4DO4A 3M9YA 4BI7A 1Q6RA 3FLUA 3WK1A 4OGZA 4FB7A 3P81A 5D38A 3A22A 3M6YA 4GUHA 2E6AA 4AEOA 2FB2A 1OVDA 3TH6A 3UZJA 1DOSA 3ATZA 3GNNA 5CZTA 4QISA 2WKJA 2TPSA 3BLEA 1W37A 2H90A 1K7FA 4POCA 1SUXA 1XBZA 7TIMA 3WJXA 2VELA 4MPQA 4FX6M 2V30A 3PS7A 4O18A 1QPQA 3QF0A 4LV4A 5K3VA 3W1TA 4MY1A 1B9BA 5AYZA 4Z1AA 2RDUA 4TU1A 2QAPA 5I3GA 3ZFHA 1SZFA 3MP3A 1AW1A 2ZZ7A 1GVRA 3PM6A 1SW0A 2HMCA 3B4UA 5K9DA 4UTUA 5KZEA 3P84A 1HL2A 3ABSA 2DZPA 4LVDA 4QM1A 4Z08A 4O15A 3B03A 2QKFA 3M5VA 3DFPA 5TQLA 3W74A 1MEIA 1ZFJA 3STCA 4UTLA 4JTKA 2B7NA 2PE4A 1KFLA 3U6WA 3W72A 3W1RA 1O5XA 1Z41A 4EVZA 1EP1A 1G67A 4I7UA 1KM5A 1PIIA 1TPDA 3GLCA 3TXVA 1TO3A 4R7JA 1OFRA 4UTJA 3SI9A 1JRBA 3W7DA 4QAIA 3GAYA 3M41A 3TFXA 2VOMA 4JTFA 5AB3A 1GG0A 3KX6A 3KHJA 1KA9F 4KKXA 2Z6JA 3C2VA 3M5ZA 4A2SA 2Y7FA 1RV8A 2YPIA 2VFFA 4GFSA 4IPJA 3LCIA 1AL7A 1HTIA 4WY0A 4MZYA 5K9XA 1X1ZA 1TTJA 2X1SA 1FCQA 2ZRZA 3ABRA 2YW4A 3ABQA 5E1QA 8TIMA 1PL9A 5G2WA 2ZTKA 3ZWSA 1F6KA 2BTMA 3MP4A 3S0CA 1THFD 5LNUA 3RFAA 1ZHAA 1VZWA 5DXYA 2EGZA 1FX6A 3RF9A 1W1ZA 3CB8A 4AF0A 3O63A 1KM6A 2VEKA 1VYRA 4PFMA 3HF3A 4ADSA 2FLIA 4LT9A 5LNWA 2AQWA 3PR2A 1MSSA 3KVMA 1W5QA 4OQVA 1QR7A 3RLVA 4K7VA 1ML1A 3IVSA 4UNLA 3T7VA 2DZXA 1M7OA 1FCBA 4UFIA 5L6UA 4M19A 1RZMA 1JUKA 1T99A 3NNTA 3VE9A 4GUGA 2O7SA 1Z44A 1R47A 2HSAA 1NFBA 3BGGA 1ZJIA 4AAJA 5DN1A 2WJZA 3L0NA 4AHPA 4UFHA 5HINA 3LCLA 1YDOA 4HN4A 1R2RA 2ZCGA 1YTDA 1H7RA 1YYAA 2YYUA 5F2MA 4FEZA 2ZFAA 3LCGA 4J9JA 4IMFA 1EP3A 3EKZA 1I45A 1KTBA 1ZALA 2QUTA 4PTNA 1WBJA 3SIZA 4WJEA 3KAOA 5K4XA 1XKYA 4CNPA 2ABAA 1MZHA 4DO6A 1D3GA 3L5MA 3NEVA 3DI0A 4Y9AA 5FF4A 1FWWA 5G2HA 2GQ9A 2NXGA 4DBDA 2DZWA 5LKYA 4YXGA 2FFCA 3WFAA 1RPXA 3MO7A 1T8XA 3W75A 2A85A 1XI3A 2EHHA 4MLRA 4ZQNA 5K2ZA 5FEWA 3DFNA 4XZ9A 2ZZ5A 2ZA3A 2Q8LA 3UWWA 1J2WA 1EA0A 1LDCA 3EXSA 4BR1A 2ZA1A 2A4AA 2E6YA 1DQWA 2VFDA 3R13A 2DZTA 1N7KA 2ISWA 4YLWA 5G1YA 3UWQA 1LTDA 1EX5A 2CLEA 2I1OA 3FJ6A 2GUUA 4AWTA 1YPFA 2ZA2A 5L9FA 4PH6A 4WY0F 1Z48A 4RCXA 1L6YA 5G2IA 5E0KA 2FPVA 1FY6A 1NEYA 3MP5A 4DPPA 3C4UA 5CZJA 4ZQRA 5TBOA 3TKFA 4IX0A 3A9IA 1EWDA 3IGUA 2TRSA 3HBLA 2E6DA 4ADUA 2ZDRA 4RK8A 3R2GA 2Y70A 4RKAA 2J9XA 3W6YA 2Z1BA 4Y8FA 3PVFA 3NOEA 4U28A 5FEPA 3BVJA 2VEMA 4XTIA 1KM3A 3W7QA 3ZR4A 5F4SA 2Y7DA 5D2VA 2C14A 3MW7A 3W87A 4FX7A 1G4TA 1H7XA 1C9DA 3NVTA 3HPSA 2BXVA 1G4EA 1KM2A 2WNQA 3G0UA 4MVAA 3SGUA 3IIXA 2TYSA 3QPZA 4O17A 1L9WA 3W86A 3G0XA 2JKAA 2Y88A 4RLIA 3GB6A 2VC6A 1AW5A 4CQ8A 3M47A 2ZYFA 2ISVA 4FO4A 1EIXA 1G4SA 4Z1DA 2P1FA 1GJPA 4WOQA 3L66A 3W1QA 1LBLA 3NL2A 4KWVA 3Q94A 3LXAA 1O94A 3UY8A 3G1DA 2J9YA 3JR2A 4NNAA 3BW2A 1BKSA 4NX0A 3L5LA 1TTIA 2ZRUA 4MFEA 3LOTA 4KFPA 2ZRVA 4GUFA 3TJXA 4CQAA 3LCHA 3FEMA 3WJSA 1AL8A 4O11A 2VFEA 2C16A 3LI1A 4JY9A 2Y61A 1B4EA 5G4WA 2JGQA 4UFJA 4O10A 5AFDA 3TX9A 4PCFA 4RXFA 4AH7A 3R89A 3LRMA 1VR6A 3P61A 3UY7A 3M43A 3THQA 4JYEA 4WX2A 4AB4A 3OVQA 1B4KA 4NXKA 3UD6A 4UTWA 3KRSA 4JDBA 1KLYA 3FFSA 3KVKA 4HPJA 2C0AA 1O95A 3HPZA 4MKNA 4OBTA 1YTKA 1EB3A 1SSDA 2E1DA 1S5TA 2YYTA 3L2IA 3B0UX 5AYXA 4EF8A 5HMSA 1OFPA 5F2GA 1FXQA 1DL3A 3CEPA 4WZHA 3SY5A 3TUUA 5I3JA 1TCDA 1H63A 3VKJA 2X30A 3NPUA 2FPTA 4LS1A 4LY8A 1VS1A 4LC6A 4JTHA 2KZHA 4FXSA 2XN1A 2YDAA 4NJKA 4N9BA 1IF2A 4O16A 4OV4A 3MI3A 5HR7A 1NSJA 1YDVA 3VNDA 4O1BA 2BX7A 2H8XA 1VHCA 3DFTA 5BMWA 3PUEA 4M7SA 4RXGA 1TQJA 3W2NA 3PUDA 2GQAA 1Q45A 3TSDA 1K03A 4H3DA 1O4UA 3P82A 3NQVA 3MMTA 5AHFA 1K7EA 4TMBA 3PAJA 1PS9A 2VXNA 3C3NA 2WV8A 3MJYA 5D37A 3MBDA 3TA6A 4FIRA 4QNWA 1H7NA 1NVMA 1QPRA 1JCLA 3T40A 3LI0A 2B0MA 4ZQMA 3FJLA 3TAKA 2FQIA 2QAFA 3W7GA 5HWJA 1GZGA 3IIVA 3B04A 3M16A 3GK0A 4NNCA 5F2IA 1XFBA 4JYFA 3B0VC 2PRLA 3W83A 3NO5A 4RZ5A 1QPOA 5FF2A 4PL2A 1X1OA 3OBKA 2ZRYA 5DELA 1TJPA 4FX8A 2RKXA 2QCDB 3NQ7A 2ZZ1A 2Y85A 1W5OA 1H51A 2QCLA 1I2RA 4ORIA 5AHEA 4O0ZA 3JRKA 3BGJA 3P5ZA 4E2BA 3QEZA 1FQ0A 4LS2A 2DZVA 3S9YA 1V5XA 4UTTA 3V75A 4S2BA 4HPXA 3CPRA 3TC6A 2C15A 3WK2A 2Q8ZA 3DHDA 4KFNA 1TPUA 5F4WA 3I7RA 2NUYA 4JTLA 4K7YA 3QMRA 1EPXA 3AO0A 1X8FA 3G1VA 5A8GA 3NL5A 1O5KA 2ZRXA 2QR6A 2V2DA 3PSWA 4R33A 4XUGA 1KV5A 1L6WA 2NZLA 1YTEA 4H6KA 2O7QA 3DU0A 2J27A 2QJIA 3DFOA 2CLOA 3NZRA 1VGAA 3W2KA 2OX1A 3M44A 2YGYA 3GKAA 3QFEA 3QH2A 3DHFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ITC A;  2GK1 B;  5KMY A;  5TF0 A;  1UIP A;  3KTS A;  4JBR A;  4X2R A;  2QV4 A;  3FGC A;  4PUD A;  1NP0 A;  2NWR A;  3QR3 A;  4X9S A;  3WEN A;  1JYX A;  4H41 A;  2PDC A;  4PB5 A;  1KW1 A;  5E0C A;  1WKF A;  4LBU A;  1IWB A;  5E09 A;  2PDK A;  1QPN A;  3HJZ A;  5DBT A;  2OCZ A;  1BEU A;  2HQA A;  1Q85 A;  1H50 A;  2Y7G A;  4K39 A;  3VD4 A;  3RIT A;  4BHY A;  1J0H A;  3E3H A;  1DWG M;  1NOF A;  2VGF A;  2IKH A;  3HGO A;  4IP7 A;  3LS9 A;  4IID A;  4HYV A;  2GUY A;  3ZJ8 A;  1EXP A;  2JFE X;  3LCW A;  3OLE A;  4N4Q A;  1F4A A;  5FJR A;  5FES A;  2FTP A;  5I79 A;  3WD4 A;  1K4H A;  2JK2 A;  4D72 A;  3AIB A;  4G9P A;  5ENL A;  4D6F A;  1UWU A;  1W3N A;  2J9Z A;  1WUF A;  4QP0 A;  2XGB A;  3APT A;  4UR7 A;  3D5H A;  1E71 M;  3VX1 A;  3CUZ A;  1EC7 A;  1E4I A;  3TRO A;  1LQA A;  3BMW A;  4O0K A;  2FPY A;  4FXR A;  4JGD A;  3NZQ A;  3GG1 A;  2WSK A;  4V1X A;  1LRO A;  3GKF A;  4JIP A;  3STE A;  1HX0 A;  1JUE A;  5IBX A;  3WBX A;  1UOK A;  1V77 A;  5JMU A;  3HMJ G;  2QCD A;  4C6J A;  2ZX6 A;  2PPG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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