3G4SN

Co-crystal structure of tiamulin bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb
total genus 33
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g4sN00
1OVYA 3CC4N 1YITN 3I56N 3CF5L 3CXCM 1M1KO 1VQ4N 1W2BM 4WF9L 1ILYA 4U67L 3CC2N 1VQ7N 1S72N 2OTJN 2ZJPL 1QVGM 2ZJQL 3CCQN 1Q81O 5H1SQ 5GAHP 1N8RO 1VQMN 1YJ9N 5DM6L 1YJWN 3G4SN 3CCSN 1YJNN 1QVFM 1M90O 3G6EN 3CCRN 3CCVN 5HL7L 1VQPN 1YIJN 3DLLL 3OW2M 3PIOL 4IOCL 1VQ8N 3PIPL 3CPWM 1VQ9N 4WFBL 4UY8O 2ZJRL 5JVGL 3CCUN 1K9MO 1KC8O 5DM7L 1K8AO 4WCEL 1Q82O 1Q86O 1KQSM 1VQ6N 3CMAN 1JJ2M 4IOAL 3CCEN 1VQLN 2QEXN 1YI2N 1VQ5N 3CCLN 1NJIO 1VQNN 5JVHL 4WFAL 4WFNL 3I55N 1Q7YO 5GADP 3CMEN 5GAGP 5MLCQ 3G71N 1VQKN 3CC7N 3CCJN 1K73O 2QA4N 3J7ZO 1YHQN 3CCMN 3CD6N 4IO9L 2OTLN 1KD1O 1VQON 5GAEP
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QB0A 3VQAA 5FPEA 3D2FA 1RBVA 1YITN 1T3VA 3L3UA 3CF5L 4B9VA 3MMVA 2QWQA 3RMCA 1T44A 3MCPA 1G15A 5CR4A 3WNEA 3OYMA 3V9ZA 5AQSA 4H0TB 3TTFA 4HCBA 4DHYA 1R59O 4Z4GA 2O8EB 5AQYA 4DF4A 2BE2A 4Y0WA 4BRMA 3O6WA 3ZT3A 4CZGA 4BRKA 4DTJA 2Q3SA 5LJWA 3ATUA 4FJMA 4CGGA 4K0KK 3E01A 2E2NA 4KHNA 3HBTA 4F9OA 3H3OB 3U9ZA 4CZKA 3QFUA 1QSSA 2QI2A 4JI6K 3H6EA 5BREA 1OH7A 3VMFB 2FXUA 4DSEA 1XI1A 4BRPA 2P51A 2HF3A 2E2QA 3J7AP 3K58A 4KI6A 4GV6A 1KC8O 2G8HA 4M63C 3B6OA 4BRIA 1ZBLA 3HM9A 1KQSM 4FLVA 1VQ6N 5FDLA 1JJ2M 2YNHA 3KTQA 3FFKB 4B9MA 1WN7A 4IG3A 3THXA 2CGLA 4C23A 5FROA 4LFAK 4FZXC 4DQSA 3MX5A 2VWBA 1RT4A 1TYQA 2WONA 4JD2A 2X74A 3U9DA 3KJVA 3QETA 4LF4K 1S1XA 3QFPA 1HR0K 1XMOK 2RKIA 4FJLA 1T7PA 3KLIA 1GLBG 2OPQA 4CECA 4DQQA 2Z1HA 2QA4N 3J7ZO 4KBOA 3CCMN 2YHBA 4YY3K 3CYMA 4IWVA 3L2QA 1I94K 4PWDA 2FBVA 2KFZA 4JK8A 1S1VA 4JNEA 3KLEA 4I9LA 3WQUA 4B1YB 3SQ1A 2F8TA 4G9ZA 3V1OA 1LV5A 2V7YA 1TVRA 1Z25A 3KK3A 4K8XA 4GKJK 4KRFA 1ILYA 2P5OA 5DK5A 3QLHA 3L2WA 5IT9O 4DG1A 5HP1A 1HYZA 2P9NA 4CIGA 4Z4CA 1RILA 4EHTA 5HLFA 4N76A 5F0XA 2OZMA 4HUGA 3QIPA 2F8SA 2P9KB 1C0UA 2GX9A 4A2BA 4F4KA 3HPHA 3E66A 1YJWN 1GLJO 1T6DA 1UOCA 3AVLA 3DLGA 3FR0A 3NH1A 2UUBK 4A5AA 1W9HA 4XH4A 1OH6A 3QDKA 1YIJN 5AFUH 4CJQA 3DRSA 2FSJA 3QNNA 3CM5A 4LD0A 4YFUA 1EWRA 3UKRB 3SCXA 1BI4A 2NRTA 4EIAA 1BWFO 4H0OA 3CJ9A 3J81O 4JAXA 4KFBA 3T7ZA 5AQWA 3DM2A 3L8BA 2XHBA 1Z05A 3ENBA 4O0JA 1U45A 2BANA 5FLXO 3BP8A 3OYJA 2O8DB 4DLEA 3TABA 4Z4HA 4K8ZA 4B1UB 2QKBA 3R6MA 3BY5A 3LDQA 4E1MA 2Y1JA 3HM8A 3IMXA 1S6PA 3AGKA 4ILHA 1Q7YO 3ZT4A 4W5QA 2O8BA 1VQKN 2I7NA 4W5TA 4ILGB 1TKDA 1JLBA 4CEDA 5AQTA 4FPAA 4Q5VA 3FZLA 4DFPA 1HX1A 1DGKN 2YX6A 1NK7A 3CJ7A 4EZ9A 3D45A 1WAJA 2ASMA 4DSJA 4RTFD 3ZSQA 3VEZA 5BN9A 3VQBA 4M3TA 2KZMA 3T69A 3RMAA 3QMLA 1NG9A 2O8CA 3VQQA 3NMUA 1N32K 3OJUA 1HNWK 4DU1A 4U67L 4DSIA 1C1CA 1WUAA 3CI5A 3VQ8A 1J6ZA 3B6PA 4LSLA 1NK9A 2GELA 3LDNA 3A5NC 3BZCA 2XO7A 1N8RO 3AVBA 3PUFA 4YOVA 3M5RA 3QBWA 1CZAN 4GMJB 3WNHA 3WXKA 4RG8A 3ZX2A 3H46O 4J2EA 3G4SN 3ZLJA 4H03B 1IH7A 1GLEG 3V1QA 4JI1K 2QWNA 5AZIB 4LF8K 2H3GX 3HSCA 1N36K 1QZ6A 3L4IA 4FWRA 2YJFA 3C94A 1NM1A 4E89A 3O80A 2PBDA 4AF1A 1XUPO 4CFBA 4BROA 3QO9A 2GWJA 3ZSXA 4BACA 5BPMA 4BE1A 3ULDA 2QWOA 3JS6A 5JS2A 2D4WA 2ATQA 4I2QA 4MDAA 2GUIA 3KD5E 1TAQA 3TSUA 3LP2A 4EAHD 4FWOA 3CMAN 4BDZA 3KVGA 4CHPA 3CHWA 4DWIA 4BR2A 4KH5A 3O4QA 3LDOA 3OHRA 1VK0A 1GLAG 3DLEA 3KK1A 2EWSA 2IVOA 4CGHA 5J2NA 2IGIA 3VEWA 4B3TK 2DFFA 5JVHL 3OYKA 2UYTA 3PV8A 4ID5A 3EE8A 5AQOA 3PX0A 4DU4A 3CCJN 1HMVA 3VGKA 4F2RA 2QXLA 5AQMA 1TL1A 3NBPA 4FWSA 4DR5K 3VQ9A 1BCMA 1TUYA 3C6UA 2G8KA 4ISEA 5EOYA 2NRRA 3MX2A 4KV8A 3WXMB 3HVTA 3DRRA 2HBLA 3T1HK 1NJWA 2D5RA 3WXJA 3N4QA 4WF9L 3QEIA 4DS5A 4J2DA 4H5TA 3CC2N 4JHDB 1BDGA 3DLKA 1X9MA 4H0YB 1O1WA 2FBTA 1S72N 1ESVA 2OTJN 4FM0A 4FOEA 4CJVA 3OYLA 4I6MA 3THWB 1Q81O 4WQ4C 1FK9A 2DFHA 3EKSA 5C25A 3ID8A 3VQ6A 1S6QA 2ASPA 2Q0UA 3OS2A 3P5JA 3OYGA 3TAPA 2GUPA 1DT9A 4JKCA 1RT2A 1M90O 1C1BA 4E7JA 3KKRA 4FLUA 3O8MA 3ZSOA 3T1AA 3S41A 3D6RA 3S3NA 2FSKA 1HJRA 3ENOA 3K5OA 1WNSA 4FWQA 4WQ5A 2W41A 4PQUA 3NGIA 4DTSA 3MXMA 1L3VA 4IXCA 4C1NI 1IBLK 1VSIA 3J8AA 4Z4EA 3GL1A 4RCHA 4FJ8A 4HTUA 3DRPA 1U2VB 4KHUA 4FWKA 1Q8IA 2YHXA 4XIUA 3ZX3A 3MDQA 1DTQA 1NGFA 3QEVA 2IDOA 4FJ7A 1WSGA 3MN5A 4DQPA 3FE1A 3CCLN 5DMRA 3F5TA 4JI5K 5HROA 2RE2A 1BISA 4B9QA 1VQNN 4WFAL 5I9EB 1U48A 1U4BA 2AJQA 4CHQA 5KI6A 4PL8A 3TI0A 4CJWA 3SAFA 4QAGA 5KTQA 1Q9XA 1WAFA 4BRHA 1KTQA 4XH5A 2G8UA 3BGRA 4CERA 3CC4N 4E7KA 4BC5A 3VERA 3SZ2A 4FZZA 1NGJA 3ALYA 1EQYA 4QOZB 4DFMA 1RT3A 4DV6K 3DMJA 3I8DA 2PYLA 3AY9A 2WTUA 1NJXA 4DV7K 2WOMA 1YVNA 3O4WA 4BWMA 5KPTA 1FW6A 4LH4A 2RPIA 1ATSA 4IDHA 4AILC 3LL3A 4LFCK 3CCQN 1S3XA 4FO0A 4M3RA 3EKUA 4DUYK 2O8EA 2VYPA 3MEGA 2P1JA 4EZ6A 3EL2A 4DS4A 4OGEA 4BC3A 4MO5A 5BRDA 3A8YA 5FPNA 3AA5X 1S22A 3SPYA 3KD1E 4X66K 2Q31A 5KQDA 2F9WA 4IEIA 4JKGB 4KAZA 4YDUA 3VF4A 5HL7L 2F96A 3QINA 2IIRA 3PIOL 3UE5A 4YOWA 1JLFA 1U49A 3CPWM 2UXBK 3JSMA 2BDPA 1VSHA 2E6LA 1TUUA 4DFKA 3AO5A 3MN7A 1HPZA 4CF0A 3PO4A 5HRPA 1Q86O 1W7AA 1QHTA 4BGAA 3U8XA 2UU9K 1FXXA 2FBXA 4BRCA 5EX5A 3H3NO 4BR4A 1LAWA 3FZKA 4DQIA 3SBGA 3W0LA 4JI8K 4DSKA 4KTQA 4DTRA 4CFCA 4X62K 2V7ZA 4BDPA 3LM2A 2FC0A 2QM1A 4IKFA 1RCHA 1RBUA 3N4PA 2KHOA 4M3YA 3LP0A 3HSTB 3DXKB 3O1WA 4CGDA 2A41A 4E1JA 5ELZA 1Z26A 1T8EA 2W6LA 1ASUA 2FSNA 4QS8A 5MLCQ 4BR9A 4FOIA 3VA0A 2O4IA 4ZTFA 1KFDA 3CFOA 2VQEK 3V9UA 1HRHA 4NO7A 4OPKA 1TKTA 4CZEA 4B8AB 4LF6K 5IWAK 1M1KO 3SV3A 3DOKA 3PY8A 3SAHA 2W42A 4DKWA 1NJYA 3DLHA 3SJJA 1WOQA 3LDLA 2VQFK 1HNZK 1QVGM 3V9SA 3MXIA 4MLEA 1NKEA 3AVHA 4KTWA 4CF2A 3FGUA 2P9KA 3RMDA 1J5EK 3H1VX 3VTHA 4DTNA 2JWKA 4PA1A 3C6HA 1UAXA 3CFRA 1ZBFA 5ADXH 3SK3A 5LL6Z 3CCRN 4Z4IA 1SL0A 1JLGA 3ZCMA 3DOLA 3I0RA 3ZEUB 4IOCL 2WFBA 4EFHA 1RFQA 5KGXA 4HTLA 3ULEA 4DU3A 2R7YA 4FJ9A 5JVGL 1XHXA 3LAMA 4CE9A 2HHWA 3UKRA 3WEEB 1D8YA 3HRGA 2UXCK 1Q82O 4X64K 1WSIA 4CJRA 4DR2K 4JI4K 4CEOA 2I7PA 3BZKA 3VQPA 4HCCA 2OPRA 3TR8A 4DV3K 4LF5K 3R1XA 4N41A 3WXIA 5C0YA 1YI2N 4GVEA 2P9PB 1SL2A 4CHOA 1J54A 1GOCA 1NGBA 4C8LA 2V51B 3AVGA 4EHUA 4CK3A 1JCEA 2E2OA 1HYVA 4CI6A 3WQTA 4AHVA 3VTIA 1ASVA 1KAXA 4CJTA 2FLOA 2VGNA 1A5WA 3PX4A 3L0QA 4ICLA 3NE6A 4H5NA 5AQVA 2E1ZA 3KWGA 1OVYA 1KVAA 2A42A 1YXQA 1SQKA 1CZ9A 1YVUA 4AM7A 3CJ1A 1D9DA 4IJNA 4JEPA 4B3RK 4LC9B 3L6QA 1BIUA 3AA2A 4CJPA 1L3SA 2P9IA 3HT3A 4WYBA 4M3UA 1Q9YA 1RTIA 4G1QA 2HMPA 2ZJPL 4TSXA 1GLCG 3CETA 3TPQA 2P9SB 5JLHA 4BG8A 5AQIA 3SMSA 4NXMK 4MDBA 4JRPA 2CH5A 1QVFM 3O3GA 3CM6A 3KLGA 1ASWA 3THYB 4FXDA 4FYDA 3TARA 2BUPA 1VQPN 4OX9K 1JLEA 1C1AA 1TL3A 4DTXA 3SNNA 1HNIA 5CYQA 3NF6A 4JI2K 2YHWA 1L5UA 2KLAA 2ZM6K 3Q7BA 4IDKA 1WSEA 4FVUA 2D0BA 1NGCA 2P9LB 3QEXA 4YOTA 4O5FA 3NHGA 4C1NK 1XWLA 3NH2A 3TAQA 3G10A 5EU7A 3E1YA 3VQCA 3OYHA 1SZ2A 5D3GA 4HVJA 1VQLN 4L3QA 5BRFA 3D2FB 3GBTA 2B6AA 3IAYA 3VF2A 1IKXA 3P1GA 4K25A 3VETA 3F2KA 4CJKA 5AZJA 3AO2A 4ELTA 4FWLA 4M42A 1X9JA 3C65A 1BA0A 4IFYA 1IG8A 4H0XB 1MA9B 4NYFA 4FPBA 5AQGA 2A40A 5AQLA 4BC2A 2JWLA 4CJUA 4CHZA 3O4NA 2OPPA 2GV9A 2VCPA 4CBXA 3C6TA 1KAZA 3QIOA 4BQLA 3PSIA 1YHQN 3NVKA 3KZBA 4O0IA 3OA9A 3A0IX 4J2BA 3O3FA 3E9OA 4NLBA 4FW1A 4N47A 1ZYQA 5GAEP 4C8OA 2XRIA 3SQ4A 1RBSA 3AV9A 5CZ2A 3I56N 4M7XA 3DJCA 4JS4A 3VF6A 4KPYA 3ATVA 1TV6A 3C7NB 4CF8A 3F73A 1QTMA 1NGEA 1DLOA 5HBMA 2XY7A 4M45A 1TKXA 1Z6RA 3R9PA 4BR0A 5BRHA 2YJEA 1A5XA 1KLNA 3OY9A 4NCAA 3SV4A 3NVMA 1N33K 4OJRA 1VSJA 3VQ7A 1TGOA 3IS9A 5H1SQ 3KHYA 5M1QA 4CFAA 5GAHP 3V6DA 4GKKK 2HNZA 3CQYA 5J1EA 4A57A 3SUOA 3TWHA 1RDUA 5CY4A 3LDSA 3V9WA 3EZWA 3AO3A 4LH5A 4W5RA 4FLTA 2NRVA 4CJFA 3RWUA 5CZ1A 1RDAA 1F21A 4MQ3A 4DSFA 5C15A 3IFRA 1N5YA 1X9WA 3P4IA 3PO5A 5LY3A 4OKJA 1JCFA 4ZHRA 3LP3A 4FJJA 3IUCA 4BRNA 4CJ7A 4BDYA 4FM1A 2NRXA 2ZJRL 3RR8A 1XNRK 3VEXA 3CCUN 1UWBA 3EY1A 2OZSA 4FJHA 5J2PA 3O9UA 4CFDA 4KH6A 3OYDA 3K0SA 2QK9A 3F9MA 4JV5K 4FWMA 1KRPA 1U6ZA 5AR0A 3HP9A 3LALA 3RVCA 1RTDA 3L2UA 4RW7A 1DEJA 3LDPA 1D5AA 5C42A 1W97L 4U7BA 3AVJA 1KVBA 4KKOA 1TKZA 3AVAA 1BHLA 3VOVA 2A1RA 4L8RB 1YT3A 4BRFA 3I55N 2IC3A 2P9NB 2O8FB 3TAFA 2W6KA 4M7YA 4HHTA 2ITMA 3M1FA 5EXWA 4CBUA 1HQEA 3ISNC 4I2PA 3NDKA 1VAZA 4CGIA 4M41A 3OBWA 1RBTA 3MN9A 2QWRA 3CFPA 4W5NA 4CF9A 3O08A 3KKSA 4DQ8A 3A5OC 1D9FA 5HRRA 1VQ4N 3TTDA 3CJCA 1JKHA 4H5RA 1NOYA 3RSEB 2HHTA 3OS1A 3VEOA 4CVNE 2E20A 3VN5A 1G99A 1VQ7N 4JKAA 1IO2A 4CHNA 3VGLA 1NU0A 1ITGA 5M1KA 2HVHA 3DYAA 5HRNA 1SKSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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