3G6EN

Co-crystal structure of homoharringtonine bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb
total genus 43
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3g6eN00
1VQKN 5JVHL 1W2BM 2OTJN 5GAEP 1ILYA 3PIPL 5JVGL 1YHQN 3CCMN 3CCEN 1YIJN 5GAGP 3CCJN 4IOAL 1QVGM 3I56N 1YJNN 3G6EN 3CC2N 1NJIO 1Q86O 1QVFM 3CC4N 1YJWN 3CMEN 1VQ8N 3CCVN 4WFAL 3J7ZO 1K73O 3CPWM 1KD1O 2ZJRL 3G71N 5DM6L 1S72N 1JJ2M 5DM7L 1YI2N 1VQ4N 1YITN 1Q81O 1VQ6N 4WFBL 3G4SN 3CMAN 3CC7N 1KC8O 3CCUN 3CCLN 3I55N 2OTLN 4WFNL 5GAHP 5H1SQ 1VQ5N 1VQ9N 4UY8O 2QEXN 1KQSM 3CD6N 1YJ9N 1M90O 2QA4N 3DLLL 3PIOL 1VQLN 3CXCM 5HL7L 1Q82O 5GADP 5MLCQ 1VQMN 2ZJQL 1N8RO 3CCRN 1K8AO 4IO9L 1VQ7N 4U67L 4IOCL 2ZJPL 1M1KO 1VQNN 3OW2M 1VQPN 3CF5L 4WF9L 1Q7YO 1OVYA 4WCEL 3CCQN 1VQON 1K9MO 3CCSN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G8UA 4JKFA 1HUXA 5AQMA 4CK2A 4J2EA 1Y97A 2NRTA 5GAGP 2IC3A 3IMXA 4U7BA 1NGIA 4CHOA 3EE8A 2P9KB 4X65K 3G6EN 3F73A 4PKIA 2DFHA 4IDHA 3D7EO 3NE6A 2P9NB 3I0SA 3U3YA 3M1FA 4NXNK 1NG9A 4BE2A 4RTFD 3CC4N 1NJWA 3W0LA 3P4IA 3MCAB 3MN6A 5AQTA 1VSMA 3PSIA 3VF6A 4CJWA 3IG1A 1VRTA 4C1NK 1S1WA 3JS6A 4BG8A 4FPAA 4CJ7A 5CHIA 3MEEA 3G71N 2E2PA 4E7JA 1WAFA 3LDSA 2R7YA 2WFBA 2Q36A 4H0VB 1IG8A 1NOYA 4BWJA 1JLBA 2CH5A 3MWTA 3OYAA 4BQLA 4RW7A 3ZT3A 3HZ6A 1YI2N 4EIAA 3E66A 1L5UA 1QQOA 1S9EA 2EHGA 3W3DA 3ZT2A 4QOZB 2QK9A 1RFQA 4IG3A 3LPTA 2WOMA 3KKRA 4CF8A 4QS7A 2FSJA 4B1VA 4MO5A 1Y64A 2OZSA 2OCEA 4IJNA 4WFNL 3WEEA 3LP2A 4UY8O 3NMUA 4Y1DA 4WQ4C 4JI2K 3NFAA 1NGGA 2OA8A 4L8RB 3C6HA 1Q82O 4DB3A 3S3OA 4KHWA 4DR3K 3ZYYX 1T7PA 4RW8A 3O4WA 1B92A 1RBTA 4DR2K 1D9DA 5D3GA 4JV5K 1BA0A 4DS4A 1H1VA 3QO9A 3WUHA 3R6MA 4B3OA 2XO7A 2IVPA 3K57A 2V52B 3ZT0A 3THWB 1BA1A 3AO5A 4CEEA 1U48A 4FJIA 1JXBA 1ZYQA 1NGDA 1VSLA 3LPUA 1NK4A 4FYDA 3VGMA 2NRVA 3VTIA 3OYCA 1NKEA 2I5JA 2HOEA 4DSEA 1ILYA 2Z1IA 4GW6A 3CJAA 3DXMB 4JKAA 4MDBA 4N41A 1NMNA 3CJ9A 5AQUA 1N36K 4IWVA 4F4KA 1QVFM 3ITHA 1K8KA 4NYNA 4PY5A 3DLRA 4BDYA 1MDUB 1CZBA 4CHZA 1KSPA 3FFIA 5HROA 1SKWA 4O5FA 4Z4HA 4C8OA 4JKHA 5C24A 3CFPA 4JD2A 4CJRA 1JCEA 4JEPA 5AQLA 1CXUA 4E1JA 1QSYA 1BL3A 4FL9A 4FJ9A 1C0FA 4Z4CA 1JLCA 1E4GT 4IKFA 4BG9A 4FJLA 4MLHA 4DV6K 3OYJA 2X78A 4B1ZA 3NF6A 1ZBUA 2XHBA 2X6NA 3CQYA 1EP4A 2PFUA 3C65A 4BREA 4UQGA 3CHWA 3HOTA 2Q2RA 4CGJA 1NBWA 3T19A 4JI4K 4CF1A 2OTLN 4CCHA 1VAZA 2NRZA 3FZLA 1U49A 2D0AA 2IAJA 3AA5X 3CYMA 2ZGZA 3SLCA 3ZSWA 5HRNA 4QS8A 5MLCQ 3AA4A 4FO0A 3THWA 1X9MA 4YOVA 1XUPO 2Q3SA 4LF6K 1O1WA 2VQFK 4DFPA 3NH2A 3MCPA 5FPMA 4DFJA 1CLQA 3EKUA 4CF0A 3H08A 3ZT1A 4CD3A 1NK6A 3F9KA 1XHXA 3HP9A 3QEWA 1Q7YO 2PAVA 1OVYA 1WUAA 2Q0RA 4WE1A 1K9MO 3DXMA 1HYSA 3H6EA 2ITGA 4FVUA 2GEMA 3TU5A 5AZJB 2OTJN 1EXQA 2O4GA 5F1XA 4K43A 3BF3A 4B9MA 3R3LA 4B3TK 3SPYA 1UAXA 2P1JA 3QICA 3V9XA 3TARA 2FBXA 1RILA 2P5GA 3MN7A 3SAGA 4JS4A 3NHGA 1N5YA 3AO1A 3AVLA 3DXKA 4CEBA 1GLJO 1EWQA 3JAMO 3L2VA 2XRIA 1D4XA 4K42A 3LDQA 4DUZK 5I42A 4DTJA 3A8YA 5AQZA 3HRGA 4BRIA 3RWUA 4B1YB 2G8IA 3TAGA 2X74A 1WOQA 5M1PA 1RNHA 2W42A 1KTQA 1BHLA 1HNXK 3WXKA 1TK0A 4H5TA 4ID1A 4PUOA 2G8VA 1RDAA 1XC9A 4NLBA 1X3MA 1WLJA 3WT0A 1HR0K 3TAMA 3HPGA 2QKBA 3NF9A 4DQQA 1HNWK 3QERA 3CIPA 4FLZA 4NO7A 3AAPA 1KXPA 4FWMA 3WQUA 4GVMA 2ZM6K 3CFOA 3QEIA 4CZMA 1NK8A 3CCUN 3HI0A 2D0OA 2HF3A 1S6PA 3K5OA 4NCBA 4A5AA 3KK2A 4KPYA 1YT3A 2G8HA 3SQ0A 3U6FA 3CI5A 3RRGA 1S1VA 1C0UA 5FRNA 2YJEA 2YHXA 3VMFB 1CZAN 3D45A 4IFVA 2E2QA 1BDGA 1S22A 4DR1K 4X66K 3D6RA 4PL8A 3O5BA 3O9TA 1A5VA 5FDLA 4JI8K 1SZ2A 1VSJA 1TKTA 3ULEA 5LJWA 3V9SA 4BC5A 4A61A 1X9SA 4OLAA 1KFSA 4KRFA 5AJ3K 2FXUA 5KPRA 3VQ9A 4DQPA 2VGMA 4I6MB 4CFCA 4CE9A 1V4SA 3OS2A 1YHQN 1KAYA 3T1YK 2Q31A 1E3MA 4YNQA 3DAWA 3P31A 3ZCMA 4CJTA 1T3VA 4LF9K 1Z25A 5JMVA 1JLFA 2O8FA 2FF6A 4DHYA 1XMOK 4YOWA 5TKWA 3V1RA 4G1QA 4GV9A 2VYPA 1MWKA 3PSFA 1J5EK 1HPMA 3FFKB 3OYHA 3M8SA 5M1QA 3WXMB 1SKRA 3MN9A 4E1MA 3TAQA 2RF2A 4WQ5C 3D0PA 1NJXA 4CFAA 4B9UA 2E5LK 1RTIA 3LDNA 2HMIA 1Q8IA 2VG5A 3PO5A 4FJNA 4BQZA 4E89A 4KFBA 2IS3A 2F7TA 1QHAA 1A5XA 3SAHA 5E84A 3O1BA 2HHWA 1L3TA 3C95A 1ATSA 4B1UB 2Q1NA 4ILJA 1SL1A 3QFPA 4ISGA 5J2NA 3KK7A 5HL7L 3CXCM 2PYJA 2UXDK 3L3VA 2AA4A 5J2MA 3ZETA 3CQXA 2KFZA 4B9SA 4WQ4A 1VSKA 4IO9L 4H5WA 3VQQA 3OS1A 1U2VA 3WQTA 3T3FA 2E6LA 1J53A 3Q7BA 2DFFA 4AHRA 1JKHA 2NRWA 2XY5A 4OKJA 4IZ9A 2NLXA 3ISNC 1VQKN 1EWRA 4CZKA 1YVUA 1RDUA 2E6MA 5FROA 4CGIA 1N33K 4B9VA 4XIUA 3JSMA 4KB0A 1ZBIA 3L2QA 3G0ZA 4JKGB 1L3VA 1TV6A 1ATRA 1EX4A 4LF8K 4DR4K 1RBUA 1YUWA 3AVNA 5C42A 4JLHA 3O9SA 3D2EB 5C0YA 2X6SA 4FW1A 3ZSQA 1N34K 4K25A 4JS5A 5JS1A 2LSNA 1K73O 4JKEA 3SYZA 4Z4FA 4CHQA 2NRXA 3MXIA 4YOTA 1JJ2M 2F9WA 3CG7A 4M3ZA 2HSTA 3J7AP 4C8KA 2BE2A 3L2UA 3NCIA 3OJUA 3OYFA 1GLAG 3K59A 4I9LA 2W6LA 4FZXC 4A5BA 4GVEA 4M3XA 3KIOA 4OGCA 3PUFA 1RCHA 3OVNA 3V9WA 3AVKA 4FM1A 4NLCA 4FLTA 2YI1A 4DV3K 3V6DA 1OH8A 3QNNA 3VN5A 4Z4IA 1X9JA 3AA2A 3LANA 3PIOL 3OTOK 1LCUA 5FPNA 4N47A 1TYQA 4BR5A 5HLFA 2QWPA 4O0IA 4BRNA 5AQGA 3O9UA 4MFBA 1GLBG 1RTHA 5DMRA 3VA3A 1C1BA 1QHTA 4OLBA 4J2DA 3CJ1A 4M7YA 3THVA 5AQJA 4CFDA 3A5MC 4JI6K 1HYVA 4CZEA 3SUPA 4LFCK 3CJCA 3CERA 4A59A 4DU4A 3R9PA 1NGCA 4CD1A 1HKCA 3AGRA 3OHRA 4BC4A 3OYGA 2G8FA 5KQ8A 3WEEB 4FJXA 1KRPA 1QE1A 3EO3A 4HTUA 3V9ZA 2NNWA 2WUSA 3E9OA 5BPNA 3QETA 3L0QA 1YJNN 2FLOA 4RW9A 3TSUA 4CZIA 1HNZK 3VQ7A 4CJUA 4DSFA 4DV0K 1RT7A 1YAGA 2BANA 4M3UA 4KI4A 4CZJA 4QAGA 3J7ZO 1O13A 2FBTA 3BGRA 3S41A 3K58A 2UXCK 3AVFA 3DLKA 4DFKA 5DM6L 2BUPA 4GY2B 3EL2A 2A6AA 1IH7A 3DRSA 1RT1A 3MDQA 4NXMK 5F0XA 3SUQA 1HYZA 4X62K 4KHSA 2ZWHA 1C1CA 3C6UA 1HMVA 2WTUA 4N56A 3VQ6A 4A57A 4O55A 4LF5K 4F9OA 2P9PA 2D0BA 3AVBA 5BR9A 2KZZA 3DRRA 4JN4A 1R0AA 4BGAA 1EQYA 2A1RA 1ZBHA 2QI2A 3T69A 3H1VX 4DF4A 1RTDA 1WSHA 2Z1GA 4K8XA 1K8KB 3IDHA 2I7PA 1SV5A 3SUNA 3NVMA 1YTUA 3C6AA 3ENBA 3ULDA 1J9AA 3VQ8A 5GAHP 1VQ5N 4M42A 3SZ2A 1KQSM 5CR4A 5BPMA 2EX3A 4JI7K 3AAQA 4FW2A 4JD2B 4HTLA 4HCCA 5GADP 4J2BA 1RGIA 3AVJA 4OKKA 5CY4A 1U47A 3KLHA 4AHVA 3E9LA 1NJZA 2BDPA 4CJ3A 4U67L 5BRFA 4FZYA 5CZ2A 3VEVA 1D8YA 2HW3A 1BGXT 3AVHA 2HMPA 1LWEA 2D5RA 1NGBA 5E41A 3LDLA 2D1KA 3SMSA 5AQOA 1W7AA 3SBTA 1OH5A 2FF3B 3SUOA 3NGYA 1UA1A 1W2BM 4DV4K 1NK5A 3QEVA 3SBGA 4FWLA 2QW9A 3CCMN 4ELUA 4W5NA 1X3NA 1RDWX 1S3XA 2NUBA 3CCJN 2JWKA 4IOAL 5C25A 2IDOA 4IXCA 3PV8A 1HRHA 4DFMA 2DFEA 3DOLA 5AQHA 2F9TA 1VSDA 4CEZA 2W40A 3VESA 4EHUA 1CXQA 4KTQA 1G15A 3V9UA 4CGFA 2Y1IA 2B6AA 3IKMA 5A2QO 4FLVA 4Z94A 5JICA 4BRLA 4CFBA 3SJJA 3O08A 4LF7K 1Q81O 3KKSA 1T6CA 5KI6A 2A42A 4CGGA 3LL3A 1S1TA 3JYTA 3VF4A 5CZ1A 4WFBL 4FWPA 1NLVA 5BREA 4FXDA 2OPQA 2HF4A 4BRDA 1WB9A 4BE1A 3O8MA 4AILC 3DXKB 4DU3A 3J8AA 3CCLN 3ZX0A 4IO8A 1WSGA 3VF2A 4CZGA 4DV1K 3C7NA 5EX5A 1TAQA 2GUPA 3S3MA 2FSNA 1YTAA 5AFUA 3RMCA 1YXQA 2QA4N 3DLLL 2O8DA 3EKSA 1NKCA 1D9FA 4XH4A 4CEAA 1BO5O 1RBVA 5C2FA 3LAKA 3BDPA 4DMNA 4M3RA 1VQPN 2XY6A 2NRRA 4E0DA 2HHQA 4BWMA 5KRTA 3MEDA 4FK4A 2V7ZA 3T1AA 4CHYA 4FJ5A 1TGOA 2O8EA 3KD1E 3U3GA 3DI6A 3ALYA 1NK0A 5AZIB 2KFNA 4M3TA 2YHWA 3VEWA 4H5NA 3I56N 1SS6A 2I7NA 5C10A 5ADXH 1Q86O 4I2PA 4BR9A 4PWDA 1TK5A 5C2DA 3UIQA 1KLNA 4C23A 2HHVA 5FPDA 4CZFA 3CMEN 4CJ5A 1BQNA 3CCVN 3PX4A 3ULEB 4WFAL 4JKBA 3ZSYA 1KVBA 3KWIA 4NB4A 1S9GA 4CJFA 4HCBA 2P9SA 4KTZA 1GLCG 1SL2A 5KPTA 4ZTJA 3K0SA 3LP0A 5KPZA 4XEIA 2VWJA 3DJCA 3WNHA 2PYLA 2VCPA 5EXWA 4B3SK 1IKWA 2GELA 4CJSA 3NH0A 2E1YA 3U4LA 4LSLA 3KLFA 3K9KA 4KH5A 3VEYA 3MX2A 4CI6A 1ZBSA 3ASMA 5I3UA 1XNRK 1IJJA 2D0CA 4JNEA 2ETJA 2O8FB 4FJ7A 3Q7CA 4BRGA 1JL2A 1JL1A 3C94A 3I55N 4BR0A 2A1SA 2E4LA 2E88A 4FJGA 1HNIA 4FPBA 4N76A 3GDQA 1QQNA 4MO4A 1NNEA 2E20A 3M8PA 3V4IA 4FOEA 5AQYA 3RR7A 3AO4A 3I0RA 4JI0K 2HBLA 3GOIA 2O8CB 4JHDA 4V19S 4C8MA 3TI0A 4B8AB 3C0BA 5T7BA 2Q0UA 3LM2A 4IOXA 3CETA 1QQCA 1XI1A 1Z6RA 1U04A 4Q5VA 1NKBA 4CGDA 4BR7A 4HWIA 1NMDA 3I33A 3HM8A 3O80A 4K0KK 1EO1A 2FC0A 3NF8A 3CPEA 4B9QA 1MA9B 4BC2A 1RDBA 2CGLA 3J7YP 4IJAA 3VPZA 3ZX3A 4CIEA 5EVZA 5AZIA 3AA3A 3EZ5A 3LZJA 2OANA 4B9TA 3H3NO 2GX9A 1QS4A 4CJQA 1LW0A 2J4RA 4H0TB 3SJHA 1B9DA 4H4MA 4Y0WA 3V1OA 4CJKA 3OYEA 3P5JA 4CEFA 4AHUA 1GOCA 1S1UA 4ICLA 1S6QA 4ISEA 3ZETB 2VGNA 3PY8A 1T05A 3QINA 4IEEA 5M1OA 4CBWA 2IVOA 1RT5A 4FLXA 1D5AA 1U2VB 2QM1A 4AHSA 4JKCA 4OJRA 4Z4EA 1WSFA 4JYAK 3EY1A 3CPWM 1LOTB 2ZJRL 2OYQA 3VERA 1HKBA 1WN7A 3DM2A 5FLXO 2FBVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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