The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA
|
| publication title |
U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
16
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| structure length |
95
|
| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-02-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CCR Q; 3CXC P; 3CCV Q; 1K8A R; 1VQ9 Q; 3CME Q; 1M90 R; 1K9M R; 1KC8 R; 3CCS Q; 1Q82 R; 1Q7Y R; 1QVG P; 1VQ6 Q; 3OW2 P; 1VQ5 Q; 1NJI R; 1N8R R; 1YJW Q; 3CMA Q; 1M1K R; 1S72 Q; 1VQ4 Q; 3I55 Q; 1VQ8 Q; 2OTJ Q; 3CCU Q; 3CCL Q; 1JJ2 P; 1VQP Q; 1YIJ Q; 1K73 R; 1VQK Q; 1W2B P; 1VQ7 Q; 1VQL Q; 2QA4 Q; 2OTL Q; 3CCE Q; 3G4S Q; 3G71 Q; 1VQO Q; 3CCQ Q; 1KD1 R; 1KQS P; 1YHQ Q; 1YJN Q; 3G6E Q; 3CCJ Q; 1VQM Q; 3CCM Q; 1Q81 R; 2QEX Q; 1Q86 R; 1YI2 Q; 3CC4 Q; 3CC2 Q; 1VQN Q; 3CC7 Q; 3CD6 Q; 3CPW P; 1YJ9 Q; 1QVF P; 3I56 Q; 1YIT Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 1AWW A; 1WDX A; 4BE2 A; 4FYV B; 5GAM h; 3M4G A; 4EMK C; 1SHG A; 1QP2 A; 4M78 F; 2EYQ A; 3CC7 T; 4HCB A; 5IHN A; 4FCY A; 3G6E Q; 4M78 A; 3I55 A; 2KRO A; 4M7A C; 1QW1 A; 5KYY A; 3CXC P; 4JJC A; 1LPL A; 2AKK A; 2AK5 A; 4PFZ A; 2LQ8 A; 2V8K A; 2QQA A; 1W1F A; 2HQH A; 1K0X A; 3E19 A; 2FB7 A; 4FYW B; 4BDY A; 2CUD A; 4AFU C; 1VQ7 Q; 4HKE A; 3VRY A; 3ZFJ A; 4M75 C; 1YJW A; 5HCK A; 4RCC A; 3J81 E; 4PKC C; 2KR3 A; 3RKW A; 2JM9 A; 4OB1 B; 2EFI A; 1YJ9 Q; 1K9M C; 1N9S A; 2EGA A; 2K7A A; 2EQK A; 5KYU A; 3FIF A; 1Q82 R; 2DA9 A; 1N5Z A; 3CC7 A; 4E2F B; 5IXF A; 5J26 A; 1NJI U; 3P8D A; 2BKD N; 3CC4 T; 3CD6 T; 1PWT A; 2RI5 A; 4KT0 E; 1MMN A; 2K57 A; 1MUZ A; 3OA6 A; 2EYZ A; 1VQO Q; 2XD0 A; 2K6D A; 3OS5 A; 2VUB A; 3I35 A; 2RB6 A; 2F5T X; 3MO8 A; 4ME7 A; 1RUW A; 2LT1 A; 3E9F A; 3JCM f; 3M0S A; 5CKD A; 2A36 A; 3M0U A; 2HAX A; 4PK4 A; 2V1R A; 1YJN T; 3BDL A; 5GAN 4; 2JS0 A; 1IRE B; 2CH4 W; 2JZ2 A; 1UB4 A; 1YIT T; 2P0P A; 5GAN d; 2YDL A; 4J9B A; 1U5S A; 2GF7 A; 1IGQ A; 3KBG A; 1D3B A; 3P8H A; 3UA7 A; 5M9O A; 4C5E A; 5HKC A; 1QVF S; 2FZC B; 3H0I A; 3CC4 A; 3CD6 A; 2A3L A; 3OW2 P; 4AFZ C; 2X3X D; 1NYF A; 1UHF A; 2CP2 A; 1ZUY A; 1AVZ C; 2DMO A; 1JXO A; 4IIM A; 3I56 T; 3QJ6 A; 1VQ9 T; 2JW4 A; 5GAN g; 5KYX A; 2E3H A; 1SSH A; 2CZ0 B; 2LCS A; 1B34 B; 2VXF A; 3RUX A; 2B8A A; 1VYT A; 2QDL A; 2RI3 A; 5LJ3 j; 1KQ2 A; 1B7T A; 3H8Z A; 1YJN A; 3R6O A; 4E6R A; 2FPD A; 4C5H A; 1O75 A; 1C6V X; 3EG0 A; 2GCX A; 4M7D C; 2CDT A; 2EYX A; 1D1A A; 1YWP A; 3CCJ Q; 2QQB A; 3C94 A; 4LDY A; 1ZBX A; 3FC3 A; 2X9H A; 4IUU A; 2AKL A; 2HD0 A; 2RN8 A; 1AWX A; 5LL6 S; 3Q1J A; 1WYX A; 1RAI B; 1RAD B; 1WXB A; 1YN8 A; 4E7H A; 1JJ2 A; 1TS9 A; 2BZX A; 2NYS A; 4RG8 A; 1BCM A; 5FRM A; 1KQS P; 1FWZ A; 4C0Z A; 1LJO A; 4KRT A; 2OAU A; 4M75 F; 2A7Y A; 1N8R C; 3R6N A; 4KGX B; 4EIK A; 3GNF B; 4E7S A; 2DYB A; 2HQE A; 2K3Y A; 2PVO B; 2O2O A; 4AG1 C; 4M75 A; 3LWI A; 1G3Y A; 2LC4 A; 2H3J A; 3RNJ A; 2DEU A; 5GMK j; 1FMK A; 5A0L A; 4M77 A; 1VQ6 T; 1M8M A; 3LH5 A; 4FT4 A; 3BW1 A; 3MPU B; 3RIR A; 3EAE A; 4JRQ A; 1X6B A; 2DF6 A; 1BI3 A; 3SEM A; 1ZHI A; 3VS0 A; 1WX6 A; 2KYB A; 3JV3 A; 2JJ9 A; 3I9Q A; 4X34 A; 3H9N A; 4ZGJ B; 4BD3 A; 3OYI A; 4AFS C; 4BUG A; 3GP8 A; 1H92 A; 5IH2 A; 4JJD A; 5FLX E; 4XK8 E; 4J9F A; 4WTO B; 5CQX A; 4KH1 B; 1GCQ C; 2X4J A; 3P8B B; 3PTA A; 1N6A A; 2RQU A; 2RHU A; 1RL2 A; 4PLI A; 1D0Y A; 4DBQ A; 4V2S A; 1KC8 C; 2HSP A; 3NMZ C; 4EMH A; 3VS5 A; 2DIQ A; 4L59 A; 5IN1 A; 2F5K A; 2MIO A; 1QWF A; 4P5N A; 2LX7 A; 2MMP A; 2ZPE B; 4C5I A; 4AFQ C; 2K2M A; 1KD1 C; 2KRM A; 2DJQ A; 4HCK A; 1BI2 A; 4PJO F; 2QAS A; 1UEC A; 8AT1 B; 3CME T; 5LJ5 j; 1FMV A; 3FJ5 A; 5GAO l; 4M7D F; 4IUP A; 3CMA T; 4PJO A; 3RBB B; 3OBW A; 2JS2 A; 1K9M U; 2V1Q A; 2DIG A; 3GNG A; 2JTM A; 3L2W A; 3EFO A; 5IHK A; 3E1S A; 2DRM A; 2RK2 A; 2EIF A; 5GMK e; 1SF9 A; 4RTT A; 4FSX A; 3M4Y A; 4MZM A; 1JO8 A; 3G7Z A; 1VQP A; 3QBY A; 4HXJ A; 4OMO A; 4KUI A; 1JRI A; 3KUF A; 1I4K 1; 4R56 A; 5D6X A; 1PCX A; 1QKX A; 3URG A; 4OMP A; 4E7Z A; 1O9S A; 1Q86 C; 3V8J A; 1WA7 A; 3OSS C; 3CMA A; 4KBM B; 1K8A C; 4CRI A; 4MDX A; 1WHJ A; 1MNE A; 3LGF A; 5GAM f; 3MJX A; 4KUD K; 5I21 A; 5AT1 B; 1AWJ A; 2QQ9 A; 3BFM A; 3EFR A; 4F7U A; 3MEW A; 3DLL A; 1AZE A; 1N9R A; 3I55 Q; 1TUC A; 4AG2 C; 2ED0 A; 2VGN A; 1IHV A; 3CCV T; 3QO3 A; 1EIF A; 1UGV A; 2LCC A; 1RLP C; 1E7O A; 1WIE A; 4A4F A; 3QHS A; 1QCN A; 1D3B B; 1ZUU A; 1HD3 A; 2XG8 D; 1YIJ T; 2BTT A; 2IVW A; 3OS0 A; 4DEX A; 1WHM A; 4BY6 B; 4PFO A; 4QQG A; 1G2B A; 1YJW Q; 1H64 1; 1QVG S; 3WVD B; 4JLI A; 1ABQ A; 2KYM A; 2NUP A; 2WSF E; 2LTO A; 2RQT A; 3H6Z A; 2E4H A; 1I1J A; 2CKK A; 3M58 A; 1WHL A; 1QVF A; 5KYX B; 3CC7 Q; 2ZCF B; 1ABO A; 3EHR A; 1IHW A; 4ELZ C; 2M51 A; 5GAO n; 4CI0 C; 1OI1 A; 1YBY A; 3ER0 A; 2DZ9 A; 3EG9 B; 3MP1 A; 1K9A A; 1OQK A; 3KFV A; 1AZG B; 2E6N A; 1YIJ A; 4M7A E; 3OSV A; 1MV3 A; 1YCY A; 3OB9 A; 2L2P A; 1Y71 A; 2RJC A; 1XNI A; 1J3T A; 3NFC A; 1D1C A; 2QGG A; 2ZPH B; 2ESW A; 1XOV A; 4JPB W; 4WCI A; 5LJ3 h; 1JJ2 P; 1K73 U; 4Z89 A; 1UFF A; 1GL5 A; 5GAN h; 3FLG A; 2OTJ A; 2XID A; 3CC4 Q; 2YSQ A; 3S6W A; 3CD6 Q; 4D6W A; 2HKQ B; 3V7S A; 3N5B B; 3X28 B; 1VQK T; 1PNJ A; 3CC2 A; 1T3L A; 3O5Z A; 2PUK B; 2E64 A; 4II1 A; 3OMC A; 3CCM T; 4RCB A; 1UGR B; 4IKF A; 1YJN Q; 2KXD A; 1TXQ A; 4J7F A; 2MYS A; 5D6W A; 1Q81 U; 2DL3 A; 3C12 A; 3JCM P; 1WJQ A; 3M59 A; 2AHJ B; 3G4S A; 1YIT Q; 1G8X A; 3BDU A; 4MDW A; 4ZN1 A; 3CCE T; 2RNA A; 1NJI R; 3JCM J; 2AZS A; 1RAG B; 4L6V 5; 4HVW A; 4C0D B; 3LW5 E; 4J5Y A; 3HRT A; 3MCA B; 5GAO r; 2FYK A; 3CCS T; 3PIP A; 1VQK A; 3VS2 A; 3QZ5 B; 4FT2 A; 3JCM W; 2J6F A; 2I2L A; 1NEG A; 3SWN B; 4MZT A; 1VQ9 Q; 3QII A; 4IUT A; 2CS7 A; 4NS5 A; 3FB9 A; 1D09 B; 5CR2 A; 1JXM A; 3GPL A; 3V8L A; 2RMO A; 2F2V A; 2L89 A; 1I07 A; 2XMF A; 1WQW A; 3HRU A; 2L0A A; 2IIM A; 4F04 B; 2RJD A; 1VQ5 T; 2ZZD A; 4OGE A; 4FL6 A; 1VYV A; 3CCQ A; 1VQ8 T; 3JCM d; 3CPW S; 2DL8 A; 2DXB A; 4CC2 A; 3S3O A; 2CRE A; 1LCK A; 4R0K A; 2FHD A; 5GAN 5; 3REA B; 4F14 A; 1LOJ A; 2BZY A; 1K0S A; 1KQ1 A; 3JCM Q; 2ABL A; 1UTI A; 1WLP B; 2MK5 A; 4TVR A; 4A4E A; 4J9I A; 2CT3 A; 2A28 A; 4RG2 A; 1U3O A; 1RI9 A; 2XU8 A; 1TOV A; 1OZ2 A; 1VQ4 T; 4DBF A; 4N0A A; 1R77 A; 5FRN A; 3JCM g; 3X25 B; 3GIB A; 1OOT A; 1IB8 A; 2Y90 A; 2E5K A; 3EFO B; 4LDX A; 4OMM A; 1M30 A; 2GNC A; 1RAE B; 3FEO A; 1VQ5 A; 2QAZ A; 2K2V A; 4PLL A; 3WXM B; 2JM8 A; 1VQ8 A; 1X6O A; 2MOX A; 2EKO A; 5CK9 A; 2JNG A; 3OYG A; 5LJ5 h; 1OU8 A; 1VQ6 Q; 1H8K A; 1GRI A; 4D8D A; 1OX8 A; 2ZPB B; 1QMC A; 1EX4 A; 3AT1 B; 2DFU A; 4C8Q B; 2E10 A; 1VQ4 A; 4FYX B; 1N27 A; 3EFS A; 2CP5 A; 1M3A A; 2GQV A; 1QWE A; 5FWC A; 4F7U B; 2R57 A; 2KRN A; 4OGC A; 4XTU A; 1KJW A; 1SRL A; 2DM1 A; 2F2W A; 3SB2 A; 1UGQ B; 3EHQ A; 2HKN A; 3HKS A; 3FDR A; 4M78 G; 4MZP A; 5GJV B; 1UE9 A; 4OMF B; 1B3Q A; 4QQD A; 1BB9 A; 4JDS A; 1X27 A; 3OS2 A; 1QVP A; 2K5F A; 4FU6 A; 3ZL7 C; 3OYY A; 4JRI A; 1M1K U; 2DXC A; 3FRN A; 3JCM b; 1ZSZ A; 2YLC A; 1WHG A; 5D7U A; 2P4T A; 5CKB A; 1OEB A; 2CP6 A; 2OTL A; 1QVF P; 2CUB A; 3DKM A; 2PTK A; 3CME Q; 1QVG A; 2RHY A; 5KYW A; 4OP0 A; 4JJB A; 1M27 C; 3SWN C; 3LX7 A; 4ESR A; 3CMA Q; 1FX7 A; 4HT9 A; 3JB9 J; 2HEQ A; 2EQI A; 2RQV A; 2BIV A; 2KBT A; 4M78 D; 2O9V A; 2DER A; 2KVQ G; 4RUG A; 4X1V A; 4A54 A; 9ATC B; 2B86 A; 2YWW A; 2MAM A; 3S3M A; 2QEX T; 5GAN j; 1VQN T; 3H0F A; 3OYF A; 2LT4 A; 3FJP A; 4RTU A; 4XTW A; 1TUG B; 2Z0W A; 2P84 A; 3OYE A; 2EGC A; 3M0Q A; 1S72 T; 1Q7Y C; 3QUI A; 4EMK A; 4QQ6 A; 1K9M R; 3L2U A; 2GGR A; 2FVU A; 1WNL A; 4M7A F; 4FSS A; 2PQW A; 1GFD A; 2KNB B; 5ECA A; 4R55 A; 1M2V A; 1R8O B; 2KEA A; 2L3P A; 4XTX A; 2E6Z A; 3NGP A; 3OMG A; 4M7A A; 4UC4 A; 2QXF A; 3VS7 A; 2D9T A; 2ENM A; 3X26 B; 4HA8 A; 3CCV Q; 5GAO q; 4DOV A; 2LCL A; 2QEX A; 1VQN A; 2QQR A; 2VV5 A; 2ZPF B; 4ZTF A; 4C0G A; 4PJJ A; 5FRO A; 3JAM E; 3EGX A; 1YIJ Q; 4JZ4 A; 4NL3 A; 3OYD A; 3M54 A; 3JCM V; 1PG5 B; 1KQS S; 1S72 A; 1M90 C; 4LD6 A; 1UDL A; 3G1J A; 3U23 A; 1G83 A; 1VIE A; 2RHI A; 5LJ3 f; 2HBP A; 2F1L A; 2O4X A; 1HXD A; 3V8K A; 3M53 A; 3UT1 A; 2OTJ Q; 2VYT A; 3VKI A; 3RR6 A; 2DAQ A; 2HDA A; 2IG0 A; 5DY9 A; 2DD4 A; 3A8G B; 5LJ3 e; 2KT1 A; 3M0P A; 2CYZ B; 5GAM d; 5I11 A; 1VQL T; 1SRM A; 1VQM A; 5GAN e; 3TVT A; 1MND A; 1BIB A; 4RMO A; 3BY7 A; 1FXX A; 3M56 A; 3OYA A; 2NUT A; 4J7I A; 5KH6 A; 2LQW A; 1MMD A; 4XU0 A; 4M77 G; 1W70 A; 4C92 B; 3CPW A; 3CCL A; 1K1Z A; 7AT1 B; 1VQP T; 2D1X A; 2FG0 A; 4J6W A; 4Q5W A; 5GMK m; 3ULR B; 4F17 A; 4ZGE B; 5GAM g; 3OYC A; 4CC7 A; 4QT7 A; 2Y4Y A; 3GBQ A; 1VQK Q; 2X4W A; 4N4H A; 5CKF A; 3CCM Q; 4M78 B; 4QVZ A; 1VQL A; 3JSC A; 1FMW A; 3HL8 A; 3QWY A; 5KYY B; 5D6Y A; 3LYI A; 2P0K A; 3PVL A; 1YJ9 A; 5GAN 7; 3PT9 A; 1MV0 B; 2LMJ A; 4M7D A; 4X9D A; 1K73 R; 2RQW A; 1RAF B; 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1ZX6 A; 2V26 A; 4OB0 B; 4B9W A; 4NL2 A; 3TQ7 P; 1NM7 A; 1HK9 A; 3M55 A; 3TEE A; 2XK0 A; 2JN0 A; 2OAW A; 1V1C A; 4C92 C; 1UHC A; 3NTK A; 1AD5 A; 3G4S T; 1GCP A; 2JTF A; 1N8R U; 2H3E B; 2FZK B; 1TUD A; 3VS6 A; 4JS5 A; 1YI2 T; 3UPU A; 1KFZ A; 4HT8 A; 2A0F B; 3L2Z A; 1V76 A; 1BYM A; 1OPK A; 2M1H A; 1G3S A; 4JUV A; 2LQK A; 1W2B S; 2QQS A; 1D0X A; 4C8Q D; 3JB9 G; 3QSU A; 1NZ9 A; 4M78 C; 2COY A; 4NOY A; 1M90 U; 3PMI A; 2XDP A; 2BE9 B; 2LQN A; 1BIA A; 2RD1 A; 2XDB A; 3C0C A; 1VA7 A; 1NLP C; 3ME9 A; 2HL5 C; 4M75 B; 1TU0 B; 4QW2 A; 2QTV A; 3EG1 A; 2P0Q A; 3HFN A; 2F2X A; 1M9S A; 1QQJ A; 4M77 B; 5IAY A; 1SEM A; 3MP8 A; 3A8H B; 2CP7 A; 2DBK A; 2KT8 A; 1YI2 A; 3CCQ T; 5KE2 A; 4PJL A; 1AWO A; 2V8J A; 1S1N A; 2CSI A; 1KQS A; 3H0H A; 5GAN 3; 3CCR T; 4LD9 K; 2X3W D; 2D6F A; 1KG1 A; 1MGQ A; 3X20 B; 2EKH A; 4IUV A; 5CO7 A; 2KQW A; 3JB9 D; 4A63 B; 2RO0 A; 3ZBD A; 2JVV A; 5DM7 R; 2M02 A; 2G6F X; 1KC8 U; 2BUD A; 2LJ3 A; 3M0T A; 3M57 A; 4K11 A; 4OF1 A; 1M1K R; 2LNH B; 1VOM A; 3RDV A; 5A0D A; 2VXE A; 2DE0 X; 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