3GDRA

Crystal structure of the d91n mutant of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from saccharomyces cerevisiae
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
260
structure length
260
Chain Sequence
KATYKERAATHPSPVAAKLFNIMHEKQTNLCASLDVRTTKELLELVEALGPKICLLKTHVDILTDFSMEGTVKPLKALSAKYNFLLFENRKFADIGNTVKLQYSAGVYRIAEWADITNAHGVVGPGIVSGLKQAAEEVTKEPRGLLMLAELSCKGSLATGEYTKGTVDIAKSDKDFVIGFIAQRDMGGRDEGYDWLIMTPGVGLDDKGDALGQQYRTVDDVVSTGSDIIIVGRGLFAKGRDAKVEGERYRKAGWEAYLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 102
structure length 260
sequence length 260
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3gdrA00
4JX6A 3W23A 1ME9A 2FB3A 3T78A 3QJAA 3WFAA 4DF1A 3W7HA 4AWTA 3NYZA 1WXJA 4PL1A 1VC4A 1QO5A 2QAPA 2QUUA 1KM3A 4BI5A 1OFAA 5EKYA 3W83A 5LHFA 5K9CA 3NL2A 4RXGA 3TX9A 3KVKA 2F84A 4HIBA 2BZNA 4WJEA 5HR7A 2BWGA 3F4WA 1LP6A 1T99A 3P60A 2NXGA 4GXMA 4I7VA 5HJLA 5C6MA 4A2RA 1EPXA 4PC8A 4AWSA 4E38A 3OVRA 4OV4A 1SR9A 3HJZA 1OFRA 4O1DA 1DHPA 1KV8A 1WDWA 3IVSA 1TPB1 2C6QA 3O07A 4JR5A 4MJMA 4K6AA 3UWYA 3WK1A 1S3HA 1ZNNA 3W7MA 5LHEA 1K02A 3MHGA 5C2XA 3C2FA 4NQ1A 1EWEA 2VFIA 2B4GA 2Y89A 1S5TA 4WZHA 4JTIA 6TIMA 4GRSA 1QPNA 3FJ6A 3LDVA 3O63A 1WBJA 1B9BA 3FYOA 1RQBA 4D2JA 1FWWA 3HG4A 3FIGA 3NDOA 3LHWA 2DZVA 3Q58A 3E0IA 3W7DA 3AJXA 3G1DA 1GOXA 4GC4A 1NAL1 3FFSA 5BRBA 1QOQA 3LCIA 4IX2A 4JGDA 3DXIA 2YX0A 4ORMA 1U5JA 3EWBX 2J88A 3P5ZA 5EA9A 3A24A 4BR1A 4MFDA 1JULA 4POCA 4YMZA 2CLFA 3BG5A 3QZEA 2AAMA 3EB2A 2DP3A 4Z0JA 1F74A 1ZAHA 3G0XA 3LCGA 2V30A 1EP3A 1KFCA 5BMXA 3QFEA 3WK2A 4UFIA 3G0UA 3MI3A 3BLIA 1JR1A 1W0MA 2QF7A 5D2WA 1IXPA 2WNZA 3DFPA 1SO3A 2E6DA 2X16A 1RV8A 1PHQA 3R5EA 4PCFA 1WA3A 5LNUA 2B0MA 3IIVA 4UTUA 5HWMA 3GAKA 3S1XA 3UD6A 4BI7A 3QMSA 1T96A 2DJXA 3U2OA 3TW6A 1YTEA 5GVJA 1T8XA 1LRNA 2O7QA 2QR6A 1V7YA 3FLUA 2QKFA 3ABSA 2Y7GA 3NQMA 4N6EA 5L9FA 1HO1A 3O06A 3L0NA 4K39A 2ZCGA 4IMDA 2EAWA 3NG3A 3THQA 1PS9A 4LNYA 1SSGA 3EEGA 3EX6A 3GLCA 2UV8G 5CG7A 3TQ0A 3GNDA 3BK0A 4ZQOA 3CWNA 3M1ZA 2GVLA 4BWLC 1W31A 2ZZ1A 2E6FA 1EWDA 3NO5A 1H7XA 1N8FA 3NZ1A 1KFKA 3P61A 4RK8A 3W1TA 1SZGA 3LXBA 4A22A 4JIPA 5CSRA 4TX9A 4QISA 4HNNA 4A2SA 2YZRA 2ZRYA 5AHLA 4RZ4A 1NF7A 4FO4A 3GDMA 5LNVA 2E5CA 2A7RA 3L5AA 4LS0A 3H55A 2GUUA 3NQAA 3DU0A 1FCUA 2YR1A 2J9ZA 1VS1A 3M5ZA 4O1BA 1GG0A 2QUTA 3QMTA 3TW7A 2WOQA 5H2ZA 5TBOA 1OABA 3LM7A 3N9RA 2I9EA 3HOJA 5CPOA 3NQGA 1NVMA 3MI2A 4Y9AA 1JCXA 3OBKA 3WJWA 3QRHA 1KBJA 4CNPA 3N14A 1G7VA 5CSSA 1RQHA 4O17A 4ICNA 1F73A 1K7EA 2FJKA 2X1TA 4Y8FA 1L2UA 4PODA 1FCBA 2V2HA 2TPSA 4FB7A 4RX0A 3OA3A 1CW2A 4FIRA 4DPPA 4BK9A 3NQ6A 3FKRA 4NVTA 1WOBA 4DEFA 1FBAA 5HULA 4ALDA 4N9CA 3LTPA 4TR9A 4OGZA 2QJHA 4LVGA 2Z6JA 3FKKA 3Q2DA 2Y7DA 1XKYA 3HG3A 3S42A 4N4QA 4RJEA 1SO6A 1ZAJA 4GE8A 4XUGA 4S2BA 4UMBA 1I2QA 1FXPA 4OQVA 3UNDA 3W2UA 5HMSA 3PAJA 3PY2A 4MLRA 1JRCA 4LV9A 3RLVA 3EXSA 1GJPA 1TJRA 3H54A 1Q45A 3LV5A 3T4CA 3TXVA 4ADSA 2A5HA 4JY8A 2EKCA 3S9YA 3NQ2A 1MO0A 1G7UA 3PB0A 3GXPA 1OFPA 3EWXA 1S5VA 1GVQA 2DZWA 2FPYA 3A5VA 1A50A 3OG3A 4MVAA 4CQAA 3HGJA 1QWGA 3R2GA 5D03A 1XUUA 2HSAA 3NQFA 3STFA 1VCFA 3DI0A 3HO8A 3KVMA 4NUWA 3C0JA 4UFKA 3WJYA 2FB2A 2WJZA 4I9AA 4WY0A 3ANYA 3TQVA 4CCDA 2DU2A 3SGZA 4WXZA 1L6WA 4UTLA 1FDZA 1TPEA 3W74A 2JBMA 4ZL1A 4FNQA 2ZZ4A 4M6QA 3B0UX 1CX9A 3NPXA 2CLOA 3NPVA 2Y6ZA 2G5WA 3TKFA 2H8XA 1I2PA 1TIMA 3G18A 2E68A 3QF0A 2WSRA 3TJLA 3TR2A 3PUDA 1C29A 2OX1A 5D30A 4FNUA 3W22A 3ABOA 3A21A 3GR8A 4FNRA 3INPA 1VYRA 3R89A 3W7KA 4RKAA 3W7OA 4LV4A 3W85A 4IPJA 2TSYA 1ZALA 4QSHA 4ONVA 1ZFJA 4IOTA 4JTLA 1XBXA 2G96A 1JQVA 3PUOA 3G1AA 4O11A 1GT8A 4GUFA 4U4MA 5CZJA 3G1SA 4JYEA 2H6RA 2VOMA 3W7LA 4UR7A 1M7OA 3GB6A 4O15A 1G69A 1JJKA 5G2HA 1LRTA 1I4NA 2Y63A 1WX0A 4UTHA 3C2OA 3QC3A 3P74A 1OHLA 4K36A 3C3NA 3EX1A 1VCGA 4H4IA 3RLUA 3HGRA 2Z6IA 3M5YA 5J5DA 3L67A 2FPTA 5DCEA 4AHQA 2C18A 3EWYA 1SFLA 3Q94A 3MP3A 3MBDA 1TPFA 3NQCA 4JD4A 1KTNA 2GQ9A 4QJ1A 2CLLA 3RMJA 4E0CA 3UWWA 3G8EA 3NQ8A 1FX6A 2NXIA 1YDVA 4DF2A 4FHAA 1KFLA 3W9ZA 2ZBTA 1NF0A 2PE4A 3QMRA 2RDWA 1D3GA 2JK2A 4JYFA 1BTMA 3O8AA 1H63A 1GG1A 2GVJA 1D3HA 1OK6A 2XN2A 5SWUA 2CLMA 4P61A 2QCMA 5D04C 3W7JA 2YSWA 4M7TA 1OFEA 1PIIA 1OJXA 4S2CA 2PRMA 4N9EA 5A5WA 3BG3A 3W7NA 3ABRA 2VFGA 1OFDA 3FS2A 4K7YA 4JTGA 3HMJG 1Q3NA 4O16A 3W86A 3LI1A 1OYBA 3T40A 4JY9A 5LGZA 3LERA 2HS8A 2ZRXA 1IIGA 2PURA 4IMEA 2FIQA 5FF4A 5CPNA 3SY5A 3BARA 1SZFA 2ZA1A 4HNTA 3GZ3A 2JKEA 1VR6A 3PUEA 3A9IA 5AYXA 4QIUA 5EYWA 2QJIA 1UUOA 3BG9A 3GAYA 3NA8A 3L0GA 2DZSA 3IGSA 3HG5A 2FQIA 5G2WA 1KM5A 3C61A 4AVFA 3O6DA 3VCRA 5AHFA 4CQ8A 5F1UA 4YXGA 3F1QA 1LLWA 3NOEA 5HUOA 2C1HA 3NR0A 5AFDA 4BWLA 1TCDA 1B4KA 4X2RA 1O94A 4U28A 2PRHA 4GUJA 2OT0A 2ZZ7A 4RR4A 4CQ9A 3I7SA 4NNCA 4O52A 3RFAA 3W72A 5FF2A 3GDLA 2ZQ0A 3NVTA 3G1HA 5G4WA 5DN1A 3WJSA 2HS6A 1K3UA 1UB3A 3F03K 3PM6A 3MI6A 1RQEA 3P7YA 6ALDA 3PR2A 3GKAA 1SZEA 4ZQCA 1V5XA 3F4NA 4JICA 3VFLA 3IVTA 1OK4A 4KWVA 1IXOA 4PL2A 3UPWA 1R2TA 4AAJA 3S0CA 1GVFA 3NL3A 3KAOA 4MPQA 4Q33A 4LT9A 3L66A 4A3UA 3W1PA 5E1QA 1SO5A 1SZNA 1TV5A 2DORA 2RH9A 3EKZA 3W84A 3I68A 5AOUA 3DKJA 3NQEA 3NNTA 3DHDA 1KA9F 3VE9A 1TV8A 3TC7A 1VLIA 1KM2A 3BLFA 3FOKA 3L5MA 4NU7A 1KW1A 5G1TA 5BW6A 1LORA 4NJKA 3C56A 4QQ3A 1Z44A 3PBWA 5AHNA 3B0VC 4HHPA 4O53A 5HNRA 4K8HA 5EBUA 3TFCA 2ZRZA 4PTNA 4NX0A 2ATSA 4ADUA 2V0TA 3HIJA 3DHFA 2P1FA 2FLIA 2NZLA 5F4XA 5IBXA 4YCPA 4XQ6A 2Z1BA 2J27A 3P5YA 2J9YA 1KLYA 2NUYA 4OWGA 3SJ3A 2Y61A 5EY5A 5FESA 5F2IA 4JXCA 4O13A 3M41A 5C5YA 4N9BA 4JIQA 1G6CA 1I8JA 1JUEA 4KKXA 1PHWA 2OMAA 3PC0A 4X9SA 2R14A 2Q8ZA 1YDOA 2CLEA 2GVGA 5AC8A 3M47A 1QDSA 1N55A 4AHPA 1HUVA 1R47A 3LCLA 4LTSA 1GEQA 1FY6A 3GDRA 5D33A 5E0KA 4E2DA 3KVJA 3B06A 3CIXA 3PF3A 4MZ1A 5AC7A 5K4ZA 5I3JA 3U8GA 3TQKA 4DPQA 4PH6A 3W2JA 3IGUA 4IXXA 3DENA 4IXHA 1QPOA 2ZYFA 2H3DA 3LRMA 2P0OA 1ALDA 4IMGA 2A21A 1FQ0A 3LHVA 3CIWA 3S1UA 1AL8A 4ADTA 1JCJA 3G24A 1IIHA 2GOUA 3OHIA 1W37A 2OJPA 1YDNA 2QUVA 2V2CA 3T7VA 4A29A 2NWRA 1YPFA 1QNVA 5CGQA 3JS3A 1Q6OA 1VJIA 2XN0A 4O18A 3RU6A 5G2IA 3U6WA 1LOLA 3WJXA 3M43A 3GR7A 1SW7A 2ZFAA 2VFDA 1NSJA 3S5ZA 3QPZA 4QITA 5DXXA 2VELA 1H7NA 4XKYA 5KINA 1OX6A 3TMLA 2C3ZA 4UMCA 4JTEA 4NJIA 1WOAA 4HNUA 3UZ5A 1LBFA 3EWWA 3S5NA 4Z1BA 3PWAA 1FXQA 3A5FA 1ICPA 3G1FA 1JCLA 1TB3A 3B4UA 4UFMA 4JTJA 4NJJA 2YFNA 2YYTA 5LNRA 1DOSA 3G3MA 3NL6A 1VLWA 1HFBA 3DKLA 2PRLA 1LOSA 3A22A 2RKXA 2WNQA 2ZZ6A 3HQ1A 4MZYA 2NWSA 3M6YA 3I65A 2ZZ2A 4RZ5A 3KRSA 3LCXA 2B7QA 3SFKA 1GVSA 3GDKA 2F7FA 5DXYA 3SSJA 3CM4A 5CZTA 1LBMA 4QAIA 4TO8A 2V8ZA 1XBYA 3V1PA 4ZMGA 5LSMA 1ML1A 4ZZ9A 1SFJA 3TJXA 3PVFA 3BW4A 2NV2A 2CZEA 5I3GA 2RDUA 2NX1A 1DQWA 2CW6A 5FF0A 4Q4KA 3T44A 4XTIA 1VRDA 1W5NA 3GIYA 1H7PA 2QCFA 1X1ZA 2VENA 4NXKA 1GTHA 3KRUA 3S5OA 1TTJA 5CZSA 1EA0A 2A85A 4S1FA 4OE7A 4N9DA 3T55A 1TMHA 4O1CA 2YGYA 1XUZA 1SUXA 2AGKA 2Z2UA 1Y0EA 1TPWA 3UZJA 2LLEA 3KFTA 1VHCA 4R33A 4GUIA 4DXVA 1OFBA 3OIXA 1MZHA 5U7SA 3LXAA 2TYSA 1XC4A 1GYLA 1P0KA 2QCNA 2WQPA 5D2YA 3HB9A 3UWZA 2C16A 4AF0A 4BFAA 4DO4A 1F6KA 5CKSA 3TU9A 3SIZA 3NM1A 4JTFA 3W7RA 3PG9A 2V9DA 4Y90A 1J4EA 4LRTA 2FFCA 2RHGA 4EVZA 8TIMA 1SO4A 3TAOA 1K8YA 3NM3A 1H7OA 2ISVA 2W79A 5FEPA 3C2VA 1F5ZA 1AMKA 3O6CA 3M5VA 1QMLA 2VFHA 4LVBA 3ABQA 3LTSA 4JTUA 2X2GA 3CC1A 5IBXC 1AW2A 4FNPA 2ZRUA 5F2MA 4UFJA 3SW6A 4EF8A 3DAQA 2C13A 3UXDA 3LBCA 3EXRA 3G22A 3W7PA 5K9XA 3O15A 4RLIA 1H61A 2PC4A 2KZHA 1AW1A 4XKYB 4HSNA 1XXXA 3HF3A 1R30A 1T0OA 1KFEA 1I2OA 3SECA 2X30A 2FDSA 4X22A 1QR7A 2GQAA 3C4UA 2Q8LA 3CPRA 3QYQA 4CCEA 3N73A 2HTMA 3QSRA 3W88A 3GVGA 4FNSA 1Z42A 2WV8A 5AHEA 3LX9A 2EF9A 3UWVA 3YPIA 1XM3A 2QCHA 1KTCA 3FJLA 3JR2A 1HL2A 2VEIA 4WXYA 2NLIA 5LGXA 3BGJA 4LC6A 1KM4A 2A6NA 3LXCA 2XN1A 3S8HA 1WV2A 4OHQA 4JNMA 2Q3RA 2YPIA 4UNKA 4HPJA 3RK8A 3EX2A 3TH6A 1AG1O 1L6YA 4FF7A 3W6YA 4YL2A 1TQXA 3PB2A 4MZ8A 4B5NA 3CU2A 2CWNA 1BKSA 3L65A 4GWEA 1RR2A 3STGA 4MYXA 4JEQA 1WYIA 3BPWA 3KOFA 2FPVA 5D37A 1ZY9A 3EKLA 3LLDA 3TMQA 1FWRA 1EEPA 5HR6A 3THAA 1L9WA 4IJBA 3LV6A 5DLCA 1Q6LA 1W5QA 4LVAA 1LCOA 3CT7A 2BSLA 3W7IA 3P62A 3ELFA 4IGHA 1O4UA 1L6SA 5KSWA 2QCGA 1J5TA 5K4XA 4JTSA 4O28A 3BVJA 3MJYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SN0 A;  1ME9 A;  1U22 A;  3F5J A;  3QJA A;  4DF1 A;  5KET A;  4AWT A;  3RPD A;  4H7Z A;  1XYL A;  1Z69 A;  2QUU A;  1KM3 A;  3TCS A;  4Q7I A;  1V3K A;  3T42 A;  3XIM A;  1OFA A;  5EKY A;  2W63 A;  4JHM A;  3RDK A;  3W83 A;  3K4A A;  4O8A A;  5K9C A;  4Z2K A;  4C1N A;  1DJZ A;  4PUK A;  2QLY A;  1OCJ A;  2BWG A;  1T99 A;  3P60 A;  2NXG A;  4GXM A;  1A3X A;  4AWS A;  4OV4 A;  3RG6 A;  1SR9 A;  4DAF A;  1QAS A;  2PLC A;  4GNK B;  3WK1 A;  1S3H A;  1ZNN A;  3W7M A;  2OO6 A;  5C2X A;  4JKK A;  3E3H A;  2D0H A;  4GI9 A;  2I5G A;  5FOO A;  4YYC A;  4AD2 A;  6TIM A;  1SMD A;  1XIN A;  1QPN A;  2PGF A;  3SJN A;  1LWI A;  2QDD A;  3HMC A;  4IL2 A;  5JMU A;  1B9B A;  1PKN A;  3E1F 1;  3H26 A;  4GCA A;  3NDO A;  4B5S A;  7TAA A;  4MWA A;  1LQA A;  3UZX A;  4RE0 A;  3UR2 A;  2PD9 A;  3AIQ A;  1JZ4 A;  1E5J A;  3ENL A;  2O56 A;  2VDH A;  3MAN A;  2XM2 A;  3N04 A;  5D4Y A;  4MAV A;  3C0S A;  4U2Y A;  4P5U A;  4I5X A;  2R24 A;  2ZE0 A;  1MWO A;  2VC9 A;  4AZC A;  2J88 A;  3P5Z A;  1PX4 A;  3UT0 A;  2PPG A; 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