3GE1A

2.7 angstrom crystal structure of glycerol kinase (glpk) from staphylococcus aureus in complex with adp and glycerol
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
AMEKYILSIDQGTTSSRAILFNQKGEIAGVAQREFKQYFPQSGWVEHDANEIWTSVLAVMTEVINENDVRADQIAGIGITNQRETTVVWDKHTGRPIYHAIVWQSRQTQSICSELKQQGYEQTFRDKTGLLLDPYFAGTKVKWILDNVEGAREKAENGDLLFGTIDTWLVWKLSGKAAHITDYSNASRTLMFNIHDLEWDDELLELLTVPKNMLPEVKASSEVYGKTIDYHFYGQEVPIAGVAGDQQAALFGQACFERGDVKNTYGTGGFMLMNTGDKAVKSESGLLTTIAYGIDGKVNYALEGSIFVSGSAIQWLRDGLRMINSAPQSESYATRVDSTEGVYVVPAFVGLGTPYWDSEARGAIFGLTRGTEKEHFIRATLESLCYQTRDVMEAMSKDSGIDVQSLRVDGGAVKNNFIMQFQADIVNTSVERPEIQETTALGAAFLAGLAVGFWESKDDIAKNWKLEEKFDPKMDEGEREKLYRGWKKAVEATQVFKTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title 2.7 Angstrom Crystal Structure of Glycerol Kinase (glpK) from Staphylococcus aureus in Complex with ADP and Glycerol
rcsb
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus col
total genus 170
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ge1A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ge1A01
4FOEA 4KBOA 1U2VB 3BF1A 3QDKA 3A8YA 3FZKA 4CZKA 1S22A 4BG9A 4PKIA 5ADXA 1NGEA 5F2RA 4DHYA 3MN7A 2ZGZA 4A2AA 4JHDB 2GWJA 1QQMA 3SMPA 2Q0RA 3A0IX 1T6CA 3WT0A 1YUWA 4NB4A 3MN9A 5AFUA 3DXMB 1E4GT 4FSVA 5AZIA 2I7PA 3QFPA 5BRFA 4B9QA 1YAGA 3KZBA 2P9PA 1D4XA 3QMLA 3SK3A 2IVNA 3BF3A 1SAZA 5KPRA 2PBDA 4XH1A 3LDPA 3VEYA 3JXUA 4H5NA 1NGGA 1OKJA 4FWNA 5AZJA 4BVOA 3MN5A 3A5MC 1HJOA 1K8KB 4CD1A 2VYPA 2V7YA 1GLAG 3CJCA 3CJBA 1NM1A 3EKUA 3VGKA 3R8EA 1IJJA 5AQIA 2UYTA 4B1YB 5ELZA 4FWQA 3LDLA 2P9NB 3O1BA 4XH4A 3WXIA 3ID8A 4F9OA 2D0PA 2QWNA 1X3NA 4BRGA 2FSKA 3UKRB 3P4IA 1MA9B 2QWRA 3U9DA 2P9PB 1ESVA 3EN9A 4H03B 1LCUA 4JAXA 1JCGA 4PKGA 2HF4A 2YHYA 4ISFA 1C0FA 1JCEA 4QS9A 1T44A 3HTVA 2E20A 4FL9A 4FWLA 4M7XA 2CGKA 3VOVA 1DEJA 3SLCA 3A5LC 5FPNA 2HMPA 3I33A 3H46O 4GY2B 1J6ZA 4RCHA 2IVPA 3WQTA 3GL1A 3IFRA 2Q0UA 4H5VA 5AQLA 2P9SB 5EX5A 4BRHA 4WYBA 2A40A 3BUZB 4ISGA 3ZETB 2W41A 2P9UB 1ZXOA 1T6DA 3R6MA 4BRCA 3QBXA 3WUHA 3ATUA 1NGHA 4ISEA 5BPLA 4H0VB 4M7YA 4BQZA 2ZWHA 3DAWA 2Q97A 2YHXA 3LDOA 4FWSA 4BRKA 4BRQA 1WUAA 5LJWA 4MLEA 1KAXA 3W0LA 5AQQA 3QB0A 2BUPA 4BRFA 5FPEA 1ATNA 3U4LA 1X9JA 3W3DA 4B1ZA 1KAYA 2W40A 3HSCA 4NO7A 5EY4A 4WQ5A 2QW9A 3VEOA 4BR2A 4CD3A 4DB3A 3EO3A 1QQNA 2BTFA 2P9LB 4FWRA 4H5WA 4K42A 2YJFA 5ADXH 5AR0A 4FWMA 4BRIA 3CQXA 2V52B 2YI1A 3ZEUB 3FZHA 3DXKA 4DCHA 4BC2A 1BA0A 2NRHA 3MN6A 4AM7A 4BR0A 2QM1A 1NGAA 3QBWA 4H0YB 5E84A 5AFUH 4MO5A 4J8FA 3VEXA 3JS6A 1NMDA 4CI6A 3EL2A 5KPZA 1HKCA 4PL8A 4CZIA 5B8HA 1BDGA 3D2EB 1NBWA 1XQSC 3GE1A 2D1KA 4EAHD 4EFHA 4BRAA 4FPAA 5AQXA 2OANA 3CJ7A 4I6MB 4IJNA 4L3QA 3MDQA 4IXCA 5AQUA 3VF4A 5BPNA 3CJ9A 3VESA 5BPMA 4AM6A 1HUXA 2FXUA 3HM8A 2E2PA 5EVZA 3WEEA 4EHUA 3C7NA 3DXKB 2Q36A 1Q18A 2DPNA 4XEIA 2IVOA 2VWBA 4H0TB 5FPDA 2Q1NA 4HWIA 4DQ8A 4BROA 3FFKB 3UE5A 1RGIA 2CH6A 1BA1A 2ASOA 2CGLA 3DWLA 3O8MA 4CZLA 5KPTA 3VETA 3WXLA 3CHWA 5JLFA 4XH5A 2J4RA 3QICA 1NGCA 2ASPA 1NGDA 2E1YA 3FZFA 4JD2A 3VENA 1DGKN 4HTLA 2E88A 2EWSA 2GUPA 5LJVA 5AZIB 3IUCA 4K25A 1HKGA 5AQKA 3FLCO 4BQLA 4CZJA 2A42A 4BREA 1G99A 1P8ZA 3M1FA 4CZMA 3LDQA 3U8XA 1MWKA 2GELA 4BGAA 5AZJB 3OHRA 2V51B 1SZ2A 2D0OA 1ATSA 1MWMA 3L4IA 3KVGA 2Q31A 3U9ZA 4BC4A 3FE1A 3VEVA 5CE3A 3LM9A 5JLHA 3H1QA 3CQYA 4JD2B 2H3GX 3DJCA 5I9EB 2E8AA 4MLHA 3EZWA 2FSNA 3IDHA 4FWPA 1ZC6A 1ATRA 5AQFA 5JMVA 1HX1A 3GG4A 1QZ5A 3D2FA 3ZX2A 2A41A 2FSJA 3O80A 1R59O 2P9IA 3VEWA 4FO0A 1V4SA 3VF2A 4FWOA 4FOIA 4CZHA 5BRHA 5E26A 3R9PA 1XC3A 5BN9A 1Z6RA 4WQ5C 3TU5A 4WQ4C 2PAVA 1V4TA 1U6ZA 3D7EO 2VCPA 3UKUA 1KXPA 2E2OA 3IMXA 2ASMA 4FWKA 4BG8A 1NLVA 2WUSA 1MDUB 5LY3A 1NWKA 4H5TA 4MO4A 2QXLA 1GLBG 4WQ4A 5AQRA 1GLFO 5AQWA 3I8BA 1TYQA 1RFQA 4JHDA 1RDWX 2P9IB 4IWVA 1TUUA 3CIPA 3HBTA 4JN4A 5AQOA 4Y0WA 4RTFD 3DXMA 4LC9B 4QS8A 1X3MA 4IJAA 3VGLA 1S3XA 2Q2RA 3FR0A 5EXWA 4O8KA 1NGIA 3UKUB 3HZ6A 1BUPA 1GLCG 4Z94A 5F1XA 3F9MA 1GLDG 4FPBA 2YHWA 3FZMA 2NZTA 4EIAA 3AARA 3MCPA 4YDUC 4RWTA 3ENHA 4BRNA 4BRLA 4E1JA 4A2BA 3A5NC 2F9TA 5AQHA 1K8KA 3CERA 1BWFO 4BR9A 3WXJA 3VGMA 3CJ1A 4CBWA 3H45C 1TYQB 1GLEG 1H1VA 2HF3A 2ZF5O 4BRDA 4PKHA 2A3ZA 5AQGA 2GWKA 4YDUA 1WOQA 3CETA 2D4WA 2P9NA 1YXQA 3AAPA 2QWPA 3ULEA 2CGJA 2FF3B 1HPMA 5AQNA 3MK6A 5AQZA 5TKYA 4BVPA 1EQYA 3O5BA 3J8AA 3UKRA 1SQKA 4H0PA 1JCFA 3B8AX 5BR9A 3VEZA 3GOIA 3VERA 5FPMA 2A6AA 2NLXA 3O6WA 4CZEA 5F0XA 1GLJO 4BC3A 1LOTB 2HOEA 1GLLO 3GDQA 3L6QA 2A5XA 3H1VX 3O08A 4IO8A 2F9WA 2P9KA 1HLUA 4BRMA 5KQ8A 2QWMA 3WEEB 2KHOA 3C7NB 4O5FA 4PL7A 1TUYA 3O4WA 2CH5A 1NGFA 3LDNA 2E2NA 3ULEB 3LM2A 2P9SA 3L0QA 3HI0A 3ZETA 2P9UA 4JNEA 3UB5A 2QWOA 3GBTA 3SJHA 1KAZA 4B1UB 3G25A 1CZAN 2IIRA 2QWQA 3FZLA 3C0BA 5AQTA 1DKGD 4BR5A 2QWLA 4H5RA 3CJAA 4A61A 3M6GA 3H3OB 3QFUA 4QS7A 3CI5A 3KHYA 5KQDA 3SMSA 3FGUA 3VF6A 1NGJA 4EHTA 2AP1A 1C0GA 4BC5A 5AQPA 2P9KB 3TPQA 4BRPA 3WXKA 4M63C 3H6EA 3VPZA 3RSEA 4B1VA 1XUPO 2ZGYA 2I7NA 5BN8A 3S41A 4CZFA 2ITMA 5BREA 4IZ9A 3LL3A 1BO5O 1Y64A 2P9LA 3BP8A 3ATVA 3AAQA 4CZGA 1IG8A 4B1XB 5BRDA 2FLOA 5AQSA 3H3NO 4BR7A 1U2VA 3ZEUA 1YVNA 4CBUA 3MMVA 2GTDA 1NGBA 3M3ZA 1E4FT 1QHAA 3O1WA 5AQVA 1BOTO 4GNIA 4CJ7A 2YJEA 3D2FB 1ZBSA 4K43A 5AQYA 4A62A 5EOYA 2E2QA 3WQUA 4B1WB 2YCHA 3RSEB 3BEXA 4H0XB 4CBXA 2V7ZA 1Z05A 4C23A 3ZX0A 4H0OA 4BGBA 1HKBA 3ZX3A 1BU6O 2E1ZA 4BR4A 3D2EA 1BG3A 3EKSA 3ENOA 4K41A 3A5OC 2AA4A 1QZ6A 2GEMA 5JICA 1QQOA 4I6MA 5AQJA 2FF6A 3AY9A 5AQMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1U2VB 4PY5A 4DFJA 4CK1A 2B6AA 1QHTA 3MWPA 5ADXA 1NGEA 3TR8A 3P83D 1HQEA 3MCAB 5CZ1A 3SMPA 2Q0RA 5JS2A 3MN9A 4NYNA 2WTUA 3OYBA 4EZ6A 4G9ZA 4YOWA 5AZIA 3ZT1A 5J2QA 4Z4IA 3QFPA 3MXIA 2A1RA 3AO4A 4OGEA 4DU3A 1BHLA 1Q9XA 2IVNA 4FK4A 1SAZA 4XH1A 4KHYA 3VEYA 4YOVA 2PY5A 2W42A 4CGGA 5AZJA 3TAGA 3MN5A 3J7YP 3A5MC 4CD1A 5C12A 4JEPA 4E7HA 1GLAG 1NM1A 2G8WA 4FLUA 2DFFA 4BE2A 4FWQA 3QERA 3O1BA 5LMUK 4F9OA 1TAQA 2D0PA 2Y1JA 2QWNA 2FBXA 3DLEA 2FSKA 2QEXN 4Z4EA 3Q7BA 2KKZA 3U9DA 4FJMA 3AVNA 2KW4A 2D0CA 4H03B 1Q7YO 4DQPA 1LCUA 1WSIA 2HF4A 1C0FA 4QS9A 1N8RO 4Q0BA 4OX9K 1Q82O 4Z4GA 3AGRA 3P1GA 2E20A 4FWLA 3VOVA 4FJKA 2CGKA 2XY5A 1KLNA 3A5LC 1RBUA 3PIOL 3H46O 4WE1A 4KRFA 2IVPA 3GL1A 4CF2A 1U45A 4NXNK 3TSPA 4ZTJA 1C1BA 4WYBA 1JJ2M 3CFRA 3MECA 3ZETB 1OH8A 3QBXA 3WUHA 3ATUA 3TTFA 4EP5A 5BPLA 4H0VB 5T7BA 4M7YA 4LF6K 2ITGA 1SKRA 4JKEA 3DLBA 2Q97A 4RW9A 2QI2A 4BRQA 4KHUA 3T3FA 4MLEA 1KFDA 4BRFA 2D5RA 2XRIA 4W5QA 1C0TA 4OKKA 3SI6A 4M3WA 2G8IA 3ITHA 3KK2A 4NO7A 4BR2A 4WQ5A 4YOUA 4HHTA 1K8AO 3HO1A 4CGIA 4JK9A 1VQ4N 1KVBA 1W9HA 1X1PA 2RF2A 4KHPK 4BRIA 4OLAA 4G1QA 3AVHA 4DCHA 2UXDK 4CHNA 1IH7A 1SL1A 4DR5K 4H0YB 5J2PA 4E0DA 4FJ8A 4J8FA 3O9RA 3RMAA 3OYLA 5JVHL 3SNNA 5KPZA 2JWKA 4NYFA 4E19A 4FM2A 2F4VK 4OLBA 3MXJA 5B8HA 1BDGA 3NAEA 3UIQA 3OJSA 4EAHD 4EFHA 1C0MA 5AQXA 2VG6A 3MDQA 4IXCA 4EP4A 1Z25A 4B3OA 1B9DA 1HYZA 4X64K 3C7NA 4OJRA 3ZSXA 2DPNA 3KD1E 2VWBA 5DM6L 1RGIA 2CH6A 1S1UA 5KPTA 1VQ5N 4O5BA 1TL3A 4XH5A 3QICA 4KB0A 2D0AA 3FZFA 3QNNA 1DGKN 2E88A 5C0YA 5LJVA 5AZIB 4CZJA 3K59A 3F9KA 4B9SA 3BGRA 3CPEA 1P8ZA 3LDQA 3S9HA 2GELA 3PX0A 4CJRA 5AZJB 4FLYA 3RMBA 1SS6A 4MFBA 3V1OA 1VQ7N 1MWMA 2HB5A 3NCIA 4I2PA 1TKZA 3U9ZA 4FJ7A 3VEVA 1N34K 5JLHA 3KK3A 3NF6A 3RVCA 4JD2B 4AHRA 5I9EB 3OYHA 3VQDA 4DLEA 3NDKA 1ZC6A 4B8CA 4CHQA 1IBKK 3D2FA 1RT6A 3WNHA 5I3UA 1S1VA 1V4SA 4DTUA 3VF2A 4FWOA 3CC2N 4CZHA 1TKXA 5BRHA 3AGKA 1HNWK 1RTIA 3VQBA 1Z6RA 3M8RA 3CFPA 4WF9L 1TK5A 4GV3A 3D7EO 3UKUA 2E2OA 2JWLA 4FWKA 3LWMA 1MDUB 4CEFA 5LY3A 3D0PA 3V1RA 3NGIA 3NVKA 1T3VA 2Y1IA 4FJHA 4DV1K 1YF5L 4CEDA 4DR4K 5AQWA 1WSFA 3I8BA 1TYQA 4H4OA 3HPGA 3L2WA 4CVNE 4Q5VA 3CIPA 3HBTA 4JN4A 3OS2A 3L2UA 3QESA 5AQOA 4B9LA 4QS8A 3RRHA 4IJAA 2Q2RA 4OVLA 2P5GA 4KHNA 3HK2A 2XY8A 4LF8K 2DFHA 4Z94A 2HBLA 1WBBA 3AARA 1RDUA 4PQUA 4YDUC 2VQEK 1IV0A 4CJ5A 3NMUA 1JLCA 4DTPA 1EP4A 4E1JA 4A2BA 2F9TA 1K73O 5AQHA 3CERA 1NU0A 1BCOA 3SUNA 2QA4N 1GLEG 4PKHA 2A3ZA 5D3GA 2GWKA 4YDUA 2KZMA 3TAMA 1VQ9N 1VSMA 2YNFA 3QNOA 2D4WA 5CYMA 1U48A 1YXQA 2Z1JA 2CGJA 2FF3B 3VTHA 5AQZA 4BVPA 3UKRA 3HVRA 4FLVA 5BR9A 3TAFA 3VERA 2X6NA 3LAKA 4CF8A 1NNEA 4LFCK 1IKVA 3ENBA 2DY4A 1Y97A 3H1VX 1RDCA 2ZJRL 2PYLA 1C1AA 3OY9A 3CM6A 4F8RA 1X9MA 1RT1A 4W5RA 2P9KA 1EO1A 2QWMA 2KHOA 3C7NB 1SL2A 5H1SQ 1S6PA 4O5FA 3DM2A 1QTMA 3LDNA 1NGFA 2E2NA 1RT3A 1O13A 3ULEB 3LM2A 2P9SA 4OPAA 2HHTA 2UUCK 4JI1K 3AVIA 5C42A 1UA1A 3SJHA 4A5BA 4DTOA 3C0BA 5HP1A 3E9OA 5FDLA 4YOTA 4ID1A 2QWLA 3CJAA 3QEPA 1W7AA 2YKMA 1KVAA 3BDPA 4QS7A 4EZ9A 5KQDA 3KHYA 4DQQA 2HBMA 5HBMA 2QKBA 4EHTA 1RBVA 2OZSA 3ZSQA 4BC5A 1N6QA 1ZYQA 1YITN 3TPQA 3HOTA 2O8DA 3H6EA 1KQSM 2ZGYA 4XIUA 3ASMA 5BREA 3U3GA 3I0RA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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