3GFM | Genus

Total Genus 57

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	57
sequence length	141
structure length	141
Chain Sequence	ENRIQIMSTIAKIYRAMSRELNRRLGELNLSYLDFLVLRATSDGPKTMAYLANRYFVTQSAITASVDKLEEMGLVVRVRDREDRRAILIEITEKGLETFNKGIEIYKKLANEVTGDLSEDEVILVLDKISKILKRIEEISQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transcription
molecule keywords	146aa long hypothetical transcriptional regulator
publication title	ST1710-DNA complex crystal structure reveals the DNA binding mechanism of the MarR family of regulators. pubmed doi rcsb
source organism	Sulfolobus tokodaii
total genus	57
structure length	141
sequence length	141
ec nomenclature
pdb deposition date	2009-02-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13463	HTH_27	Winged helix DNA-binding domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain	3gfmA00

3HRTA 4LB5A 1ODDA 3MZYA 2XAJA 2IRFG 2A5YB 1WRJA 2P6SA 4ZZLA 4L9NA 4G94A 3KLOA 1XGSA 3WU1B 3DF8A 2FBKA 3M8EA 4KYWA 3WTSC 4CICA 3ZMDA 3WG9A 4UXNA 2CSOA 2IPQX 3L09A 2HFHA 1DDNA 5FGMA 2A61A 4RB0A 2E7XA 1F5TA 1LDDA 4YFXF 3DV8A 1ZGAA 2VT3A 3NRVA 3I64A 5DCFA 3J80Z 2CYYA 2MBFA 5DUIA 4BYYA 2KIUA 3JTGA 4Y15A 3U2RA 1UB9A 3WGGA 1U6GA 2G9WA 2VOPA 2CWEA 1QPMA 1J59A 2GXGA 1G3TA 1PDNC 3I71A 4EV0A 4ASNA 2VBWA 3LA3A 5ICGA 1P4XA 2EWNA 4UNOA 2OZ6A 4EJWA 3ZMZA 4XBFA 3RYPA 3BY6A 2GAUA 5CVRA 2RKHA 4M74A 1O3SA 4PDKA 3TOAA 4ENNA 4RGSA 3BPVA 5FFZA 2DFIA 4KMUX 1FBSA 5CVVA 4NB5A 4KT5C 4HDVA 3REOA 3GFLA 3GUDA 4M9XA 4KIFA 1DPRA 2FEZA 3EYYA 3HHHA 4R8HA 2WC2A 4FT8A 2RDPA 1BIAA 5LEKA 3P7NA 2RC4A 2VBXA 2QQAA 3WTVC 1F1ZA 5FD6A 4G8XA 4U0WA 4PGHA 1Q1HA 1IN5A 2E7WA 3H3UA 1IW7F 1O7FA 4A6DA 1ZYRF 4A5MA 2G7UA 1TQIA 2F2EA 2FXAA 2PLYA 2FNAA 5IT9Z 2A69F 5K5RA 2ETHA 1MD0A 3V4GA 2A68F 2M5WA 1PP7U 1OYWA 2D1HA 1Z05A 2HTJA 4DNCA 1R1VA 1FP1D 5CYVA 5FD5A 2GZWA 2QLZA 2FE3A 4HLYA 1O3QA 2QWWA 4Q48A 4BAYA 4YG2F 3GYHX 2F5EA 4L9VA 5DD8A 2X4HA 4O3MA 4BHBA 2K86A 3K2ZA 3C7JA 4AVPA 4I98B 2P5KA 3O6BB 1S8NA 4Q5SF 3BPXA 3EETA 1K78A 1TW2A 1WKMA 1S7AA 2M87A 3PFIA 4PCQA 4BHPA 3KZZA 1HKQA 4AIKA 3K9TA 2DPDA 5AIQA 2YU3A 2YPRA 1IAWA 4I01A 2PI0A 2XKPA 4L5JA 4ESJA 1OYIA 2Z33A 1ZLJA 4I09A 2R3SA 4JQFA 2HQNA 2W57A 2GIVA 1ZH5A 5LGTA 1MZBA 1PUEE 4BXUA 2KKOA 2JPBA 1U5TB 2AXLA 4B09A 4RAZA 4WK8F 1FBQA 2O0YA 4G9YA 2TDXA 3M7GA 3Q5FA 4OIQF 5F1RA 3ML6A 1FZPB 4Y17A 2CO5A 2PQ8A 5D5VB 2DLLA 2P8TA 1ZRDA 4GCVA 3R4KA 3O2PE 2MA3A 3D0SA 2E1NA 1J2XA 1G3YA 5AONA 2C6YA 4LGWA 2WWYA 2PMHA 1R1UA 4FX4A 2W84A 3G73A 2XUBA 1R00A 3KP3A 3JSOA 2O8XA 1RIOH 4KN4X 5DEQA 1SD5A 4BH9A 1BI2A 3V7SA 3QPHA 1IN8A 5EEHA 4L9JA 3HRSA 3GFIA 4HX4A 1ZAOA 4IRGA 1EH7A 1ON2A 2P4WA 2Y75A 3KEOA 4LB6B 1IN6A 3KP4A 2ZCWA 3M9AA 2FF4A 5F6FA 5LBQA 1YS6A 1K7AA 2KJCA 4RGRA 1HQCA 1W4MA 3KP2A 1SD4A 5TJJA 4N9HA 2K27A 1UCRA 2XVCA 1FX7A 3BJOA 2QBYA 2PBIA 4M6XA 2L54A 3GO5A 4MEXF 3QP6A 4RAYA 1LDKB 3QPTA 2LKPA 2YX4A 3FM5A 1S6LA 3WE2A 3FF5A 4IF4A 3DQVC 3F22A 4U7BA 1H0MA 2UXXA 1TLHB 2HKXA 3TKYA 1J75A 1YW7A 2P7VB 3OV8A 1UHMA 1I1GA 1QZYA 2V6CA 2QBYB 2FRHA 4ETSA 3H92A 3HUGA 4A5NA 1SFXA 1IN4A 1Z6TA 1U5TC 4L5IA 2EB7A 4B8XA 1EH8A 1YQAA 2W25A 2P6TA 1G3WA 1W7PA 1Z7UA 1ZG5A 4IHSA 5LHHA 3SFZA 3ZMUA 1SAXA 3IWZA 1ZARA 4KA4A 1AOYA 1TNTA 3SQNA 1H9GA 4KNYA 2DI3A 1O3TA 3IWFA 1FPQA 2UWMA 4GYIA 1LNWA 1BM9A 1Z9CA 2EJRA 1MJBA 4Q47A 3MWMA 5DDGA 3F8FA 1KU2A 3GXOA 3E5QA 4A0XA 5CVIA 3ZQ7A 1I5ZA 2CW0F 5D5UB 2EV5A 3T8RA 2HR3A 1R7JA 2LSOA 4WWCA 1JXSA 2GQQA 2V1DA 3L2CA 4IJAA 5J8CA 4L9TA 3FXUA 2YR2A 4HA8A 1FYMA 2JPCA 4HDUA 4FX0A 2NNYA 2D45A 2MLGA 2YSRA 5ICCA 2EK5A 1G4DA 2V1XA 2V9VA 4M72A 3VODA 5D8KB 1QNTA 3LAJA 1HBXG 4PGGA 3R61A 4HX7A 2ZBKA 3NQOA 3ZMSA 4P9FA 5LRRA 5LEJA 1P6RA 2HYGD 1MDMA 1GXQA 1IUYA 1HSJA 2GXBA 2E1CA 1FSEA 2COMA 2ISYA 2H94A 4YFNF 3T0YA 3JSPA 2NNNA 4KN7X 3ELKA 4RB3C 1P2FA 3WTWC 4KIBA 1YIOA 3SHFA 2GA1A 1R5GA 2FQ3A 3GF2A 3GFJA 3I58A 3U1DA 1MDMB 4KMFA 3LQQA 1O57A 3CUOA 1S29A 2IA2A 3KP7A 5HDNA 3M8FA 4ON0A 4U88A 3V8JA 1A04A 3ZMTA 2V1UA 3K69A 1TBXA 2W24A 3C3WA 3RPUA 2WV0A 1UFMA 2MLKA 2Q8KA 5KVRA 1XCVA 1D8JA 3F8BA 2XKOA 5KK1A 4EM2A 4IVNA 4A0ZA 4HBLA 5HS9A 3F21A 4OIRF 2VN2A 2HTSA 1HSTA 2A6EF 4HLXA 2ELHA 4ENKA 4A2UA 4ESFA 4M6YA 4OMZA 4UVCA 2UZKA 1KQ9A 1KU9A 3NEUA 3Q9SA 2BYVE 4EGYA 1XD7A 4BQAA 3IRQA 4K2EA 3FX3A 2H27A 5K5QA 1J9IA 4S04A 5K5OA 1GXPA 2IVMA 2PJPA 2IA1A 1JGSA 2V79A 2HOEA 2VC0A 3R0AA 1WI9A 1FNNA 2D2WA 5L3CA 3H3ZA 3HYIA 4CHUA 2FBHA 2XGXA 2WTEA 2XHKA 1D8KA 2H09A 2OD5A 4G7OF 4HYEA 1F4KA 2M30A 4EM0B 4KDPA 4UVBA 1XGNA 1QZZA 3S2WA 4EMSA 4AWXB 4RB1A 1ONVA 4A6EA 3E6BA 2XAQA 1T38A 5BPDA 2XRNA 1U78A 5DV5A 4G6DA 4KUMA 1LDJA 1HKTA 3HIFA 5H6RA 1XB4A 2ZKZA 1KQ0A 2L02A 3RJPA 1XSXA 3JAMK 2K4BA 2PG4A 1IXSB 3M1EA 4Y13A 1YTYA 5L3BA 1BOAA 2HZTA 1P92A 5CJ9A 5D4RA 1T2KA 2BBYA 3ZMVA 1LEAA 1EV7A 5ED4A 2EA2A 1MKMA 3TDZC 3TO9A 1ZGJA 4LMYA 1FYKA 2XAGA 2ZXJA 3CUQB 2ZNZA 3P9KA 2HWVA 1FP2A 5HDKA 4XSXF 4UHTA 4GGGA 4I0BA 4LD5A 4KICA 3GX4X 3E6DA 4WF2A 2PN6A 4PZJA 3GFMA 4P9UA 1ZHFA 2FU4A 2K7LA 1ULYA 2XAFA 2MD5A 5ERIA 3HOTA 3U9GA 2F5DA 1P4WA 1U5TA 3DPTA 2AS5F 1V4RA 3WTXC 3L7WA 2KJBA 3B73A 1SFUA 3J81K 1W5SA 1QQIA 1IF1A 2OQRA 3DKWA 3LA7A 5HVQC 2CGPA 4HV5A 4DQ2A 2QENA 3COAC 3F8CA 1UHWA 2ESHA 3PQJA 4A0YA 1O3RA 4HV6A 1EH6A 3ERED 1KYZA 4HZFA 3EUHA 5D5XB 5FLXK 3CO6C 2DQRA 2IP2A 1YYVA 2ZO4A 3WU0A 1HKSA 4XLPF 3HTSB 1BI3A 3TGNA 3K1NA 2ISZA 3VEPA 1T39A 3O3KA 4L0YB 2MC3A 1ZG1A 5K1YA 4ZYGA 1ZN2A 3EDPA 1FWZA 4HQMA 1FC3A 3QU3A 1PP8F 4TV7A 2A07F 2ZFWA 3LFKA 1XSVA 2DW4A 4XLNF 1BIBA 3L9FA 1K6OA 3RDIA 3HRUA 1H9TA 3ECOA 2K02A 3VOEA 1BC8C 2OBPA 2QQBA 3E3VA 1RUNA 2EFWA 1OKRA 4ENJA 5LGNA 1TNSA 1ON1A 1LQ1A 5DCMA 3Q9VA 5JVTA 3CUQC 3F6OA 3DEUA 1ZLKA 3ZP5A 5TRDA 1IN7A 2GWRA 3GEZA 5HLIA 3OOPA 3V7RA 4ZYDA 4JK1X 1Z1DA 5D6EA 4F7ZA 3GZ6A 2O3FA 3FWEA 5CLSA 3RPQA 3EQLF 1R23A 5DCMB 4YFKF 3LWFA 4WXCA 1BI1A 3D5LA 3V8LA 5ILVA 2FA5A 4I2OA 4L0ZB 2ZNYA 2VODA 5ICFA 2QZ8A 2ESNA 3E6CC 1MJAA 3R0JA 4LLNA 2ZMEA 1T6SA 3AAFA 1R1TA 1QBJA 2ADUA 1LVAA 3ZN1A 4LFUA 3ZPLA 2KIFA 4UV8A 2Q0OA 2JSCA 2GA2A 4GO1A 3E6MA 1Z91A 1SD7A 3F6VA 3BOQA 4Z2YA 4WXHA 5DD4A 2OU2A 4HQEA 3P9CA 1U8RA 1STZA 4P96A 2ZMEB 1SMYF 2IT0A 3I4PA 2P5VA 3E97A 1BN5A 1T98A 5L3FA 2RQPA 3W6JB 2Q2EA 3BJ6A 5AIPA 3MEXA 4HX8A 5ILSA 1XDSA 4U0YA 3HSEA 4D0PA 4MTDA 4RS8A 4R1HA 3CTAA 4ENMA 5A2QK 1U3EM 2DK5A 4FHTA 4HW0A 3RIRA 2M45A 5JFRA 2XIGA 2DU9A 2VBZA 2BEOA 2NYXA 1YFHA 4CO8A 4HF1A 3HRMA 2QUFA 3CDHA 3N4MA 1FLIA 2QVOA 4IPAA 2MH9A 2IJLA 4OOIA 1OYYA 1TW3A 2CQKA 2HYFA 1O7LA 1U2WA 4KIGA 2Z99A 3SXYA 3BDDA 2HDCA 2HS5A 3ABTA 3IKVA 4ZYHA 2ZJ2A 3F3XA 3WTTC 1J7KA 3IL2A 4WX9A 5L3EA 2STWA 5HLHA 3ECHA 2LDUA 4N0BA 3PQKA 4MTEA 1YS7A 3K0LA 4MGRA 5JR3A 2EV6A 3BWGA 3FXRA 3R6SA 3DFGA 1LB2A 1YG2A 2VE8A 3V8KA 2Z9OA 3KE2A 4Q4ZF 1DUXC 3E5UA 1MJ9A 2PMUA 4HAMA 3WGHA 2NS0A 3LA2A 1USTA 5E20A 4ZH4F 5BPIA 5EEGA 3BROA 1L0OC 1KGSA 3TQNA 4GYGA 1HW2A 3G3ZA 3BJAA 2XV4S 3MZHA 1USSA 2RNJA 4E70A 1D5VA 1OMIA 3MAJA 4IHTA 3ISPA 4ZZDA 4S05A 4N9IA 2DTRA 4IRIA 1FY7A 1X3UA 1KU7A 1FSHA 3HSFA 5LLQA 4AIJA 5BOXA 4YIFA 4M73A 4EM1A 2H6CA 3JW4A 3FZVA 2MH2A 3TO7A 4UV9A 2QQ9A 5J8FA 2F5FA 3QU6A 2VXZA 1G6NA 2NRAC 3VFZA 2DQLA 5LHIA 3K1PA 3IRRA 1FYLA 2BE5F 5JI6A 3CJNA 3WGIA 4YIIA 2Y48A 1HXDA 5ICEA 2O03A 2PEXA 4EJUA 2XAHA 5F64A 2RVCA 4HF2A 3T5XA 1GVJA 4IXAA 1R22A 1JHFA 3FMQA 3I53A 3QRFF 2DT5A 3JAMZ 1OR7A 1GHCA 2L4MA 4OINF 2EFQA 3F8NA 2VONA 2J5PA 1W7PD 1R36A 4RGUA 4LLGF 2O6GE 2HEOA 6PAXA 3KP6A 4AD9A 1SMTA 3HSRA 2P5LC 4U0VA 1W5TA 1NHAA 1QO0D 3CO7C 1Z6RA 3I59A 3RKXA 1LJ9A 1VTNC 1E17A 4UUVA 5DYMA 2KIMA 1YW8A 2D1VA 3DP7A 2B0LA 1B9NA 3HOSA 3ULQB 3J7AO 2EFNA 5D8LB 3WTZA 4G7ZF 3KZYA 4I7HA 1SD6A 5HS7A 4UVAA 1F9NA 3LSTA 3I59B 1P4AA 3LQRA 1KU3A 1BJAA 4BNCA 3C18A 3GVAA 4LK1F 5IT3A 3SZTA 1ZG3A 3J81Z 1B6AA 4CXFA 5JHUA 1B1BA 1AWCA 1WSUA 3SZPA 1FBUA 3CUQA 5DUKA 3TOBA 3F8MA 1WQ2A 5FO5A 4I0AA 1SFEA 1KA8A 4OMYA 2EFPA 4EJVA 3I5UA 3J80K 3RKYA 2P7CB 5E1WA 5FLXZ 3VB2A 2DAOA 4CZZA 4A12A 3WTUC 5J6XA 1XCBA 3FM3A 4G6QA 4EVIA 5HDGA 4WCGA 4CYDA 2FMLA 5L3DA 3F72A 3B02A 3KEQA 2FSWA 1TQMA 5ILUA 2FBIA 2ACJA 4EQQA 1YW9A 2FMYA 1ZRCA 3E5XA 3CLOA 5HS8A 3WODF 2XROA 1REPC 4NHJA 1KYWA 1XMAA 4WXDA 3FMRA 5E8GA 2BGCA 3N97A 2JZYA 3KP5A 3KFWX 3GZ5A 1FT9A 1ZRFA 1KQ8A 2NAZA 2STTA 3DPLC 1BC7C 1S7OA 1J0RA 2EA4A 3T1BA 1LEBA 1V3FA 3MQ0A 1RNLA 4AIHA 4QLCU 5H20A 3QOPA 1D3YA 4LK0F 5H6QA 1K78B 5E1ZB 1HW1A 1WWXA 1YO5C 2OZUA 2IW5A 3JTHA 2X0LA 3W6KB 1QGPA 2CFXA 1E2XA 3LAPA 3IHUA 5CVUA 2KRFA 5IT9K 2RGVA 3T8TA 3RYRA 2A3SA 4OU0A 2K4JA 4KFCA 4BHCA 2FNPA 4EJTA 2HGCA 2VC1A 3KCCA 4MEYF 4U7DA 3GWZA 3WTYC 4NQWA 3BZ6A 2QM3A 1TQPA 1RI7A 2L4AA 5HOOA 1I1SA 5FB2A 2DPUA 4ZYEA 4RB2C 1IZ1A 3ABUA 5E18F 3WE3A 1B59A 1BI0A 5LRSA 3ROUA 2O61A 4LG0A 1YLFA 1OPCA 4I02A 5A2QZ 2OAZA 2F5CA 1BBYA 4XRFA 3MCZA 4MNUA 1ZREA 1MGTA 4O5VA 3TDUC 2LF8A 1B4AA 3KLNA 5HLGA 1TTYA 2JT1A 3RI4A 1C0WA 1I27A 1IXCA 5E17F 4LG0B 4P5OA 4CGZA 3L00A 2DK8A 3IC7A 4H0EA 3FXQA 1XSDA 1XMKA 5CVJA 3QP5A 1RZ4A 3HHGA 2HQRA 3FHZA 1XN7A 1XDUA 3TO6A 2R7FA 2PFBA 5D6FA 3K1MA 2LF7A 2JRTA 5D4SA 3ZN0A 1CF7A 2QYOA 4EGZA 2L01A 5E1XA 5LGUA 4MHGA 3IKTA 1I6XA 3I54A 1S3JA 4P55A 3DXJF 2Z3YA 4L18B 4QWQA 1IRGA 2XASA 2VOOA 2UXNA 2RN7A 5BQTA 5LHGA 3P9IA 1Y0UA 1CF7B 1G3SA 4G7HF 2OQGA 5E8IA 3KETA 1JHHA 3R60A 4XSZF 2Y0MA 3GLXA 1R5HA 4IRHA 1FOKA 2RV8A 2A6HF 2OA4A 2EFOA 2W85A 1XGMA 2G7HA 1IRFA 4LLLA 5D5WB 4HF0A 3MFKA 1XGOA 1CGPA 1W7PB 4O6JA 1J5YA 2BV6A 3HTUA 2J5OA 4M9ZA 1DPUA 4HOBA 3RKWA 3V7CA 2LNBA 2JTVA 4JBAA 2VBYA 2M8EA 2DO7A 3FMSA 2YX7A 2HKOA 4EJOA 3I0TA 2DBBA 4M71A 4RGXA 4LJZF 1B9MA 3RTRA 3EYIA 1RUOA 4MQVA 2EV0A 4R79A 2R7DA 2H6BA 4CDGA 2M1BA 2IA0A 1K79A 3QAHA 1R58A 1DP7P 5BS6A 5BMZA 1IXRC 4MQ9F 2VT2A 4ESBA 2L3DA 1HW5A 4GXOA 2VE9A 1T0FA 2CG4A 1L3LA 4OIOF 3BP8A 3GW2A 4M9SA 5L3GA 2Z5UA 2FOKA 3C1DA 1JE8A 4OIPF 5FFXA 3F23A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HRT A;  4LB5 A;  1ODD A;  3MZY A;  2XAJ A;  2IRF G;  2A5Y B;  1WRJ A;  2P6S A;  4ZZL A;  4L9N A;  4G94 A;  3KLO A;  1XGS A;  3WU1 B;  3DF8 A;  2FBK A;  3M8E A;  4KYW A;  3WTS C;  4CIC A;  3ZMD A;  3WG9 A;  4UXN A;  2CSO A;  2IPQ X;  3L09 A;  2HFH A;  1DDN A;  5FGM A;  2A61 A;  4RB0 A;  2E7X A;  1F5T A;  1LDD A;  4YFX F;  3DV8 A;  1ZGA A;  2VT3 A;  3NRV A;  3I64 A;  5DCF A;  3J80 Z;  2CYY A;  2MBF A;  5DUI A;  4BYY A;  2KIU A;  3JTG A;  4Y15 A;  3U2R A;  1UB9 A;  3WGG A;  1U6G A;  2G9W A;  2VOP A;  2CWE A;  1QPM A;  1J59 A;  2GXG A;  1G3T A;  1PDN C;  3I71 A;  4EV0 A;  4ASN A;  2VBW A;  3LA3 A;  5ICG A;  1P4X A;  2EWN A;  4UNO A;  2OZ6 A;  4EJW A;  3ZMZ A;  4XBF A;  3RYP A;  3BY6 A;  2GAU A;  5CVR A;  2RKH A;  4M74 A;  1O3S A;  4PDK A;  3TOA A;  4ENN A;  4RGS A;  3BPV A;  5FFZ A;  2DFI A;  4KMU X;  1FBS A;  5CVV A;  4NB5 A;  4KT5 C;  4HDV A;  3REO A;  3GFL A;  3GUD A;  4M9X A;  4KIF A;  1DPR A;  2FEZ A;  3EYY A;  3HHH A;  4R8H A;  2WC2 A;  4FT8 A;  2RDP A;  1BIA A;  5LEK A;  3P7N A;  2RC4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3GFMA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations