3GG4A

The crystal structure of glycerol kinase from yersinia pseudotuberculosis
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
542
structure length
537
Chain Sequence
LASYFIGVDVGTGSARAGVFDLQGRMVGQASREITMFKPKADFVEQSSENIWQAVCNAVRDAVNQADINPIQVKGLGFDATCSLVVLDKEGNPLTVSPSGRNEQNVIVWMDHRAITQAERINATKHPVLEFVGGVISPEMQTPKLLWLKQHMPNTWSNVGHLFDLPDFLTWRATKDETRSLCSTVCKWTYLGHEDRWDPSYVGLADLLDNNAAKIGATVKPMGAPLGHGLSQRAASEMGLIPGTAVSVSIIDAHAGTIGILGASGVENANFDRRIALIGGTSTAHMAMSRSAHFISGIWGPYYSAILPEYWLNEGGQSATGALIDHIIQSHPCYPALLEQAKNKGETIYEALNYILRQMAGEPENIAFLTNDIHMLPYFHGNRSPRANPNLTGIITGLKLSTTPEDMALRYLATIQALALGTRHIIETMNQNGYNIDTMMASGGGTKNPIFVQEHANATGCAMLLPEESEAMLLGSAMMGTVAAGVFESLPEAMAAMSRIGKTVTPQTNKIKAYYDRKYRVFHQMYHDHMRYQALMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords glycerol kinase
publication title The crystal structure of glycerol kinase from Yersinia pseudotuberculosis
rcsb
source organism Yersinia pseudotuberculosis
total genus 167
structure length 537
sequence length 542
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gg4A01
3.30.420.460 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3gg4A02
2VCPA 3GBTA 2ZGYA 4BRMA 1RGIA 1X9JA 1NGEA 3O80A 3HZ6A 5B8HA 4CZLA 3LDLA 2A5XA 3QFUA 3QICA 5BN9A 2ZWHA 3ID8A 2A40A 4BRCA 5AQHA 3D2FA 3WXIA 2V52B 4JD2A 3H45C 3CIPA 3UKUB 2I7NA 2P9PA 4K41A 4BRAA 3R8EA 5BRFA 4PKHA 4FWMA 2Q97A 2GEMA 3VETA 3SK3A 1QQMA 5LJWA 3DJCA 1BU6O 5EVZA 5FPMA 1ESVA 3VEOA 2FLOA 4YDUA 5JLHA 2P9LA 5KQ8A 4K43A 1NGGA 1HX1A 4BRLA 1KAYA 2E1ZA 4BR4A 4H5TA 1LCUA 2FSKA 3ZX0A 2Q31A 3GDQA 4PKGA 2V7YA 3ULEA 5KPZA 2ASMA 3AAPA 3DXKB 2CGJA 3ENOA 4B1ZA 3W3DA 5BR9A 5EY4A 2FSNA 3ULEB 3A8YA 3O1WA 1RFQA 2AA4A 3ZX3A 4BRQA 4CZEA 3LM9A 4XEIA 1HUXA 4BRHA 2ITMA 4BRPA 3O5BA 4BRNA 1IG8A 4BG8A 1BA1A 3UE5A 4IJNA 2FSJA 5AFUH 3VF4A 3WQTA 5CE3A 2QWOA 3EKUA 4H5RA 5E84A 4YDUC 4H0VB 2YJEA 3CI5A 3W0LA 4I6MA 5EOYA 3QDKA 4PL7A 3H6EA 3R9PA 2P9SB 3VGMA 1JCEA 2QM1A 4XH1A 2YJFA 4BR7A 2Q2RA 3CJCA 4BR9A 2PAVA 4BC2A 5AQLA 3QB0A 4H0YB 4F9OA 3IDHA 3BEXA 1BG3A 3MN7A 3GOIA 3U9DA 2PBDA 4BRKA 4BQLA 4O8KA 5E26A 1T6DA 2CGLA 3FZLA 5ELZA 4H0XB 3OHRA 3MN5A 4CZMA 1SAZA 1NGFA 1C0GA 1GLLO 1NGHA 3QBWA 2E20A 5AQSA 4JN4A 4ISFA 3VF6A 4H5WA 1KXPA 4RCHA 1RDWX 5AQJA 3FLCO 4BVPA 4CZGA 4XH4A 1TUYA 1NGDA 2FXUA 3G25A 3TU5A 4BC5A 3I33A 1HLUA 4K42A 4FPAA 5FPNA 4CD1A 4CBWA 4BR2A 3A5NC 3A0IX 3DXMA 3VPZA 3LL3A 2A41A 2DPNA 4FWSA 2IIRA 4BGAA 1GLEG 3GG4A 4JNEA 5BPLA 4JHDA 1DEJA 2GUPA 1V4SA 2D0OA 3AAQA 2F9WA 4FWLA 1NGBA 3UB5A 5AZIA 5F0XA 2NZTA 3O8MA 4LC9B 3ZEUB 2P9UA 2P9KB 3FZHA 1Z05A 3MK6A 3WQUA 1BWFO 2A42A 3CERA 4FL9A 4CZJA 3WXLA 3EN9A 3O1BA 2IVPA 2QWLA 3WUHA 3O6WA 1DKGD 4C23A 2BTFA 1MDUB 3SMSA 5F2RA 4WQ4A 2NLXA 3L4IA 5AZJA 4QS8A 3FE1A 4BR5A 4FWNA 3C0BA 2ZGZA 4BC4A 1YXQA 2A6AA 1BA0A 3GE1A 1YAGA 1ATRA 3M1FA 1NWKA 3U9ZA 5BREA 2YHWA 1NGIA 1NGJA 1NGAA 2QWNA 3D2FB 2E2OA 4FOIA 4JD2B 4IJAA 2ASPA 4B1UB 2P9PB 1C0FA 2BUPA 2QWMA 2GTDA 5AR0A 4AM6A 3BF1A 1GLFO 4FWRA 5AQGA 3CJAA 4FWQA 4EIAA 1Q18A 4BRFA 2H3GX 2P9LB 4GNIA 4DQ8A 3LDPA 4B1YB 3O4WA 3ZETA 2A3ZA 3CJBA 2YCHA 4A61A 5ADXH 1HPMA 5JLFA 2P9IA 3VGLA 4IWVA 4QS9A 3AY9A 1ZBSA 2GWKA 4B9QA 3VGKA 2QXLA 4FWKA 1GLAG 4E1JA 2EWSA 2J4RA 4H0TB 3LDNA 4PL8A 2HMPA 4CJ7A 4BC3A 5EXWA 4H0PA 3KZBA 3ATUA 4B1WB 3QMLA 5KPTA 2QWPA 1QQOA 2Q0UA 1S22A 1KAZA 4CZKA 4PKIA 3CQYA 1S3XA 1ZC6A 4FOEA 4DCHA 1XQSC 1T6CA 1U2VA 4JAXA 4KBOA 4Z94A 1BDGA 4NO7A 1HKBA 2CH6A 4RTFD 3VENA 4I6MB 3H46O 3TPQA 1LOTB 2D4WA 3L6QA 2E2NA 1BUPA 1D4XA 5AFUA 1TUUA 2E2PA 5AQWA 4CZIA 3WT0A 4FWOA 2ZF5O 3ENHA 2CH5A 1V4TA 2AP1A 3SMPA 3WXJA 2YHYA 2HF3A 5AQFA 3H1VX 1BO5O 1HKGA 4BR0A 2GELA 3FGUA 4HTLA 3P4IA 5LJVA 2QWQA 1DGKN 5AQXA 4M63C 4WYBA 3WEEA 5KPRA 3MN6A 4B1XB 3D2EA 3MDQA 3HTVA 2QWRA 3S41A 4H5NA 4DHYA 3VEWA 3FZKA 5AQMA 3C7NA 3EO3A 2E88A 4MO5A 1X3MA 3WEEB 3DWLA 1XUPO 3J8AA 3HSCA 4BRDA 4CBXA 5AQTA 1YUWA 1OKJA 3DXMB 3U8XA 2Q0RA 3FZFA 3LDQA 1GLJO 3VF2A 3H1QA 3VESA 3RSEA 4JHDB 1ATNA 3EKSA 1ATSA 3JS6A 5AQIA 2W41A 3VEZA 1G99A 3SJHA 3HBTA 5AZIB 1GLBG 4EFHA 3IMXA 3KVGA 4M7XA 1TYQA 4CBUA 4XH5A 2P9UB 4EAHD 4J8FA 5AQPA 3VOVA 4A2AA 1IJJA 1K8KA 4M7YA 4BG9A 1NGCA 3VEVA 1ZXOA 4NB4A 1SQKA 3DAWA 4ISGA 1XC3A 3BUZB 3IFRA 1MWKA 1R59O 2HOEA 1T44A 5AZJB 4BGBA 5I9EB 3M6GA 5BRHA 3U4LA 4O5FA 4ISEA 3MCPA 2IVNA 4H5VA 3M3ZA 3ATVA 4WQ5A 1E4FT 4H0OA 2GWJA 2I7PA 2QW9A 3QFPA 3UKUA 4BVOA 2UYTA 4HWIA 4GY2B 3MN9A 1U6ZA 4QS7A 3JXUA 3B8AX 2E1YA 5AQQA 2P9NA 4CZFA 1X3NA 3VERA 4CD3A 4IXCA 5EX5A 3O08A 4A2BA 1HKCA 2FF3B 4CI6A 3FR0A 5AQOA 4DB3A 2KHOA 2P9NB 2E2QA 4WQ4C 3CHWA 3R6MA 1JCFA 3ZETB 1J6ZA 5LY3A 2P9IB 2ASOA 4FWPA 4MLHA 3DXKA 3EL2A 4K25A 1GLDG 4A62A 5JICA 5TKYA 2WUSA 1JCGA 1P8ZA 3GL1A 1GLCG 4WQ5C 2YHXA 5ADXA 1HJOA 4BQZA 4B1VA 3CJ7A 3A5OC 5AQRA 2OANA 3H3OB 5AQNA 3WXKA 1QHAA 1NLVA 1QZ6A 2D0PA 3A5MC 3CJ9A 1NMDA 1EQYA 1MWMA 4BROA 1E4GT 1WUAA 1U2VB 3L0QA 4EHTA 3KHYA 2P9SA 3UKRA 1BOTO 4H03B 3SLCA 5AQYA 5AQVA 2IVOA 2Q36A 2V51B 3BF3A 2E8AA 3QBXA 1KAXA 3UKRB 3LDOA 3CETA 2VWBA 3MMVA 3VEYA 1NBWA 1NM1A 1QQNA 3CQXA 4IZ9A 3IUCA 2FF6A 2W40A 4BRIA 4EHUA 1H1VA 3HI0A 3LM2A 1YVNA 5FPDA 5F1XA 2YI1A 4Y0WA 3FZMA 4MLEA 5AQZA 3D2EB 2D1KA 1SZ2A 4L3QA 3D7EO 4MO4A 5BPMA 2V7ZA 4FSVA 3C7NB 5BN8A 4RWTA 3BP8A 2HF4A 3HM8A 2F9TA 3A5LC 5BPNA 1QZ5A 3EZWA 2CGKA 3ZX2A 3H3NO 1WOQA 3AARA 3RSEB 4IO8A 5AQKA 1Y64A 4AM7A 5BRDA 3F9MA 5KQDA 2VYPA 3CJ1A 3I8BA 3ZEUA 2P9KA 1TYQB 4FPBA 2NRHA 1CZAN 4CZHA 4FO0A 1MA9B 5AQUA 3FFKB 3VEXA 4BRGA 5FPEA 5JMVA 1K8KB 1Z6RA 2Q1NA 4BREA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GBTA 3I0SA 1S6QA 3V6DA 1TL1A 5B8HA 1NJXA 4YY3K 4FZZA 1YVUA 2W42A 2ZWHA 3PX6A 1RT4A 3QETA 4E3SA 4KB0A 5C10A 1B92A 1RTJA 3V9XA 5BRFA 3R8EA 1UA1A 1JXBA 2VG7A 4PKHA 5JVGL 1NKCA 4FWMA 1QQMA 1JKHA 5FPMA 5EVZA 4G1QA 1VQ5N 1NGGA 4BRLA 2UXCK 4IKFA 4IEEA 2KFNA 4PKGA 2NRTA 4FM0A 2D0AA 3ULEA 1RT3A 1UOCA 2G8FA 3AAPA 2OPPA 3ENOA 1ITGA 5BR9A 3NFAA 5EY4A 5LMNK 4B9VA 3ZX3A 4CF1A 4UQGA 1SUQA 3LM9A 4GW6A 3EY1A 4BRHA 5FLXO 3O5BA 2XY5A 1YTAA 4IJNA 4ZTFA 3M8PA 4JI3K 3EKUA 1VK0A 4YDUC 4OLAA 4CE9A 3CI5A 3O9TA 1J9AA 3SNNA 2ZM6K 4CHYA 3VGMA 1JCEA 2QM1A 4CGGA 4BWMA 5SWMA 4XH1A 4LF7K 1TAQA 2YJFA 1QSYA 2Q2RA 3CJCA 2QEXN 3F2KA 4BR9A 1FKPA 3QB0A 5AQLA 3TAMA 3AVLA 2JWKA 3E9LA 3IDHA 1X9MA 3BEXA 1BG3A 1ILYA 3CCRN 4WE1A 4OPHA 1RBUA 3AVMA 2HHSA 3FZLA 3TSPA 1WSEA 1QVFM 5LMUK 1HYSA 5KGXA 1GLLO 1NGHA 4IFEA 2XO7A 4DS4A 1ZBUA 4ISFA 4CJPA 3VF6A 3T1AA 1KXPA 5AQJA 3FLCO 3E9OA 4N5SA 3AVAA 3TU5A 5DK5A 4BC5A 1W7AA 3T7ZA 1OH8A 4DSJA 5FPNA 3QEVA 3LL3A 2A41A 1JL1A 4JNEA 5BPLA 3NGZA 4EP4A 2BGGA 2KQ2A 2GUPA 4IG3A 3UB5A 2G8UA 1NGBA 3HK2A 2O8FA 1Z26A 1Q82O 3O8MA 4CZJA 2ITGA 2A42A 2EX3A 4K0KK 3WUHA 1DKGD 4RG8A 4C23A 3OYDA 3SMSA 4WQ4A 3CCLN 3FE1A 5CY4A 4FWNA 4FLXA 3C6AA 4KO0A 4BC4A 4YOUA 1YAGA 1SKWA 3RR7A 1NGJA 2QWNA 4FJ9A 4OJRA 3OBYA 4M3UA 1W97L 3V1QA 2E5LK 5AR0A 4Z4HA 3LP0A 4M42A 1VQLN 3O9UA 3QO9A 2P9LB 4IFVA 1NJIO 1RBRA 1A5VA 3ZETA 5ADXH 1U4BA 1RNHA 4ELTA 4QS9A 1ZBSA 3P83D 4BDYA 4IOXA 4CHQA 1JLQA 4O0IA 4F3OA 1KVBA 2KTQA 4H0TB 1N6QA 1RDDA 4BC3A 5TKWA 5EXWA 3ATUA 3E66A 1BIUA 2QWPA 4JKCA 1S22A 2OZSA 3L2QA 2GUIA 3P5JA 1K73O 1ZC6A 1JLEA 1M90O 3CC4N 1XQSC 3QIPA 3MXIA 4Z94A 1HYVA 4Y1CA 1KTQA 2HNYA 4CFBA 3K58A 1YI2N 2IDOA 4JK7A 1BI4A 1WN7A 1BUPA 1D4XA 4CJSA 3ZT2A 3AVKA 1TUUA 4CZIA 4FWOA 1NOZA 4CJWA 1V4TA 3RMCA 2FBXA 2RE2A 4BR0A 3FGUA 4HTLA 4OO1J 3O9SA 5LJVA 5JS1A 2QWQA 1SL2A 3OYIA 5AQXA 4WYBA 3WEEA 3MDQA 3ZSRA 3F9KA 5HOOA 3I56N 3AVCA 3FZKA 5SZTA 1VSDA 3EO3A 4MO5A 3PX4A 3CM6A 2NRWA 3RTVA 1T8EA 5AQTA 1YUWA 3NH2A 3DXMB 3U8XA 2Q0RA 1Q9XA 4OLBA 3VMFB 4CIGA 3RSEA 4LF8K 2ZJRL 4I2PA 3JS6A 3OYFA 1G99A 3HBTA 2VG6A 2VGMA 4M7XA 1TYQA 4CBUA 4LH5A 1TKTA 3QNNA 2P9UB 4EAHD 1ASVA 4J8FA 4C8MA 1CLQA 1L3UA 2PZSA 1NGCA 1ZXOA 1R0AA 1XNRK 1SQKA 3T69A 1XC3A 1MWKA 4BGBA 2R7YA 3C65A 1RTDA 5I9EB 3M6GA 1RILA 1VSLA 3LDSA 4O5FA 3OW2M 2IVNA 3EE9A 1QE1A 4WQ5A 3I8DA 3VQPA 1E4FT 5C2DA 4FJLA 3QFPA 2QW9A 1S5JA 3G10A 3KTQA 4DTJA 3B6OA 3MN9A 3J80O 1JLBA 1U6ZA 4JI7K 4IEIA 4M3XA 3KWIA 3TTFA 4YFUA 2P9NA 3VERA 4CD3A 1KQSM 5AQOA 3C6TA 4HTUA 2X78A 3LZIA 3R6MA 1JCFA 4DV7K 1IBMK 5LY3A 3DOLA 5M1QA 2ASOA 2E6LA 4LD0A 4HVJA 4K25A 4B9UA 1GLDG 4A62A 4FZYA 2HBJA 3RRHA 3L2VA 1N32K 4B1VA 2YV0X 3AO2A 3OS2A 3Q7CA 1XHXA 4F2SA 3WNEA 3NCIA 4E7KA 3HT3A 1ASUA 1FK9A 5J2PA 4CHOA 1D8YA 4FJJA 3K57A 3MXJA 2XY6A 4FYDA 3QEWA 4KPYA 3QIOA 1WSJA 2P9SA 2YNGA 5AQYA 2Q36A 3QLHA 1KAXA 2RPIA 1LWEA 3LDOA 4DSEA 4I2QA 1FW6A 3MMVA 3K2PA 4OX9K 4YOTA 1T3VA 3IUCA 2FF6A 2W40A 4HHTA 3PIPL 3OTOK 3SUQA 4OPKA 1K9MO 4CESA 1TKZA 4KAZA 1HYZA 3ITHA 3AO5A 3VQ5A 2YI1A 4BE1A 4KV8A 5M1PA 3HVRA 4DU4A 2D1KA 2KZMA 4L3QA 2O8DB 4OGEA 4N76A 4FSVA 3ID6A 4JKHA 2RKIA 5GAEP 1EWRA 2HF4A 2IGIA 5HRPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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