3GH7A

Crystal structure of beta-hexosaminidase from paenibacillus sp. ts12 in complex with galnac
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
519
structure length
506
Chain Sequence
HHHHSSGLVPRGSHMATSQPSILPKPVSYTVGSGQFVLTKNASIFVAGNNVGETDELFNIGQALAKKLNASTGYTISVVKSNQPTAGSIYLTTVGGNAALGNEGYDLITTSNQVTLTANKPEGVFRGNQTLLQLLPAGIEKNTVVSGVQWVIPHSNISDKPEYEYRGLMLDVARHFFTVDEVKRQIDLASQYKINKFHMHLSDDQGWRIEIKSWPDLIEIGSKGQVGGGPGGYYTQEQFKDIVSYAAERYIEVIPEIDMPGHTNAALASYGELNPDGKRKAMRTDTAVGYSTLMPRAEITYQFVEDVISELAAISPSPYIHLGGDESNATSAADYDYFFGRVTAIANSYGKKVVGWDPSDTSSGATSDSVLQNWTCSASTGTAAKAKGMKVIVSPANAYLDMKYYSDSPIGLQWRGFVNTNRAYNWDPTDCIKGANIYGVESTLWTETFVTQDHLDYMLYPKLLSNAEVGWTARGDRNWDDFKERLIEHTPRLQNKGIKFFADPIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords beta-hexosaminidase
publication title Molecular cloning and crystal structural analysis of a novel beta-N-acetylhexosaminidase from Paenibacillus sp. TS12 capable of degrading glycosphingolipids
pubmed doi rcsb
source organism Paenibacillus sp.
total genus 194
structure length 506
sequence length 519
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2009-03-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3gh7A01
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 3gh7A02
4MAVA 2J7DA 4IPLA 2VJXA 4W89A 3DC0A 5A94A 3FW6A 3BCDA 4IISA 3EDFA 3OLEA 1G9HA 1H3GA 3WQVA 3VIOA 1V03A 4LGXA 1J0IA 3WEZA 1EDGA 1V0NA 3BAIA 3NDZA 4Q22A 2CPUA 2C8NA 4J3UA 2WC3A 2GDVA 1UD2A 3WDQA 2EPKX 2UY4A 1OB0A 1JZ4A 4L4OA 1D7FA 1CNVA 5CPQA 1BHGA 1OSEA 1ZBWA 3VUPA 3L4VA 2XFFA 4OOUA 2EPLX 1KB3A 2VT0A 1LG2A 3AMGA 1W9PA 4OBRA 3WF0A 1SR0A 1FFRA 1NH6A 1CGVA 3NCOA 4Z2HA 3WQ6A 1US2A 2J7BA 4RL3A 3VMNA 3AZSA 1G0CA 3W27A 1JYXA 3W0KA 3W6LA 2BVDA 5D8ZA 2O92A 3OZPA 5DO8A 2FH6A 3WNPA 1M7XA 1ZB5A 1GQJA 4AZBA 1CXFA 4CD6A 3ZJ8A 1J9YA 5M17A 3FAXA 2XYLA 1CPUA 1W1TA 4WSKA 3T08A 2WMGA 4B3KA 2YDSA 2HISA 4AZCA 2ZWZA 3VGBA 2WCGA 3IK2A 3VPLA 3RMEA 4HMEA 1BGGA 1VFMA 3RO8A 1TMQA 5AYIA 3ZT6A 2CKSA 1GORA 2BY3A 3N15A 3CH9A 3SURA 1B0IA 1E0VA 1KCKA 2Y8VA 3IJ7A 1JYWA 3DHPA 4H7VA 3GH5A 2YLLA 4GINA 1GOMA 1BYBA 2IXVA 4Z2KA 3K4DA 4CU8A 1KR1A 1MQQA 4QAWA 3VM7A 2QLYA 4CD8A 2CBVA 1FA2A 2AMGA 3WY1A 4DUVA 2W62A 5A8MA 2VI0A 1J12A 4TTGA 2JE8A 3AS1A 3AIQA 4JHOA 4AD3A 1RD6A 1O6IA 1UD4A 3CO4A 3A4XA 4LXFA 3WIJA 3AMCA 2WANA 1W1PA 1DP0A 3WUEA 2RGLA 2DIJA 2CBIA 1CWYA 2O9RA 1W9BM 3WL0A 1E6PA 2JF7A 1E70M 2GJXB 2WVVB 7TAAA 3VMOA 1GJUA 2G3NA 3VIHA 3WD0A 1B3ZA 3N17A 4M56A 3N12A 1DEDA 4DWSA 2ZUNA 1R7AA 1UOKA 4WSJA 4JCMA 4EK7A 3LPFA 2XPKA 1Q6CA 1WO2A 4GQRA 2GUYA 4PRWA 3ARZA 1WAWA 4HMCA 2PBOA 5A6LA 5GPRA 2Y5EA 2OLHA 3VGFA 4D6EA 4R5EA 3VGGA 1V3JA 5EFDA 1JL8A 4PTVA 4P8UA 1DHKA 1E4NA 3VIKA 2A3BA 2VX4A 1ITCA 2Q8XA 4ZXOA 1K9DA 4AZHA 1UWUA 2GK1B 2ZWYA 3NDYA 1NOUA 3VIMA 1QHZA 4HOWA 1K9EA 1PPIA 1VENA 2EXOA 4GZEA 4UQEA 2VCCA 2WMHA 1JXJA 3OGSA 4WK9A 4D6DA 3WD1A 5IFTA 1E4LA 5IDIA 4EKJA 1BQCA 2D3LA 2ZX5A 4IM4A 4KMQA 1KWKA 3MANA 2DEPA 3IAPA 1B9ZA 2E0PA 5A6AA 2XUCA 2ZUTA 4E2OA 3QGVA 5EFFA 5BXSA 3T09A 4K68A 4UZUA 1H1NA 2BHZA 5A6KA 3MSDA 1J01A 3SCUA 3WD3A 2GDUA 1UWQA 5JBEA 1QNRA 4U31A 4AD4A 1D3CA 4CN4A 1W3HA 5D9NA 1V6WA 1ZBCA 3CUJA 5GQBA 5DT5A 1XH1A 3MUAA 4JKKA 3GYCA 3GXIA 1JZ3A 5FCZA 5TD4A 2XVKA 1HL8A 4H2CA 2OWCA 3ARXA 2D24A 2MANA 3DYMA 3MUZ1 3VIFA 5JBFA 5AYBA 3WUFA 1Y7VA 3EDDA 4TX8A 3ARUA 1GOQA 1J0ZA 2E40A 1GNXA 2DSWA 4CGTA 3MUY1 3GBEA 3WF3A 3PZNA 2ZE0A 1JAEA 1HP4A 1V0KA 3WUGA 4CKQA 2YJQA 3WNKA 3VD5A 1V3IA 3WNOA 3LPGA 1VFUA 1VBRA 4KGLA 1JFXA 4UFLA 2XIBA 1QNPA 1C7SA 3AHTA 3AFBA 2NT1A 2O9TA 4H04A 3F4VA 4BF7A 3PBGA 2YIHA 1XC6A 4JKLA 2WYSA 1BLIA 3U7VA 2GJRA 3CHCA 3L2MA 2QV4A 3M46A 3L4WA 3GH4A 4X0VA 1FH9A 1YHTA 1XH2A 3OZOA 4AY1A 5FIPA 2OSWA 3FHAA 4XZWA 2WMIA 1SYTA 5A8OA 1NQ6A 1LWJA 2EQDA 2YBUA 3QHMA 3AS2A 2WHMA 2E9LA 1GQLA 1P6WA 1E40A 3RM4A 1XCWA 1ITXA 2ZOXA 1HKKA 1V02A 1TE1A 2Y2WA 3MV11 2J7CA 2DH2A 3VNZA 5KEZA 4AYSA 1EO5A 4PTMA 1W1VA 2JF6A 2DT0A 2AOSA 3QR3A 5A1AA 5A8QA 1EXPA 3T2QA 3LPOA 4PMYA 4X9YA 3O2LA 1MXGA 5FL0A 2X2YA 4D1JA 5DT7A 2DIEA 3SCPA 4AD1A 1JI1A 1VAHA 1M04A 4YN5A 1DWFM 2PWEA 1V6XA 3VILA 2DH3A 1JI2A 1WB0A 1BPLB 5DEZA 2QF8A 4BQ3A 1V6VA 1RP8A 3WELA 3ZR5A 4JZ5A 4U5KA 1E4MM 3OGVA 2F2HA 1Q4NX 3GXDA 7A3HA 3M6DA 1TUXA 2EO7A 5HBFA 2ZXQA 2VX6A 3FNDA 1WKYA 3MO4A 2UY3A 1BYCA 4HA3A 2DSUA 1PX4A 2Z1SA 1JZ8A 5CPSA 2PF0A 3EDEA 4JHZA 3NIYA 1VEPA 4TOQA 4B9YA 4TVUA 5BXPA 3T0DA 4WJXA 1UWTA 4GQQA 2J62A 2BS9A 4AIEA 1KBKA 2G41A 3VU2A 3B9EA 1HVXA 1M03A 4AZ7A 1NOFA 3MSGA 5DF0A 3UESA 1UUQA 1W9XA 4PUEA 1UHVA 1GHRA 1CGWA 1H2JA 4BZYA 4GKLA 1B3XA 3J7HA 3AXXA 1JFHA 3CTTA 4DUXA 2BY0A 1HKMA 1B31A 2E3ZA 2G3MA 1JDDA 3AIUA 1W32A 4QDMA 4Z2JA 1C8YA 4J3XA 1QHOA 5M03A 3D5HA 2J79A 5CGMA 1E6RA 1ISYA 1MFUA 1Z32X 3N18A 2V3GA 3W24A 2VMFA 1LG1A 4JFSA 1BFNA 2DSZA 4HPHA 5GNYA 3TA9A 3I3BA 4B3LA 4GZJA 5I23A 2ZX8A 3SIMA 4PMVA 4H8HA 1BF2A 2YKKA 3AI0A 4B16A 3W25A 4MB1A 4AZCB 1UD8A 2FHCA 5D9MA 2QPSA 1G5AA 5A8NA 3GNRA 3CZ8A 3L4TA 1UWIA 1WCGA 4NZCA 4XB3A 4AZGA 4OJYA 3WH9A 2WPGA 4KRTA 3CUHA 2VZOA 4F9DA 4JCLA 3A6OA 4D6IA 4M24A 2PWDA 4TTUA 2YL6A 4UOQA 3SCSA 1GZJA 1QI0A 4MJ2A 3WFLA 4CD4A 2YL8A 1BVZA 1UWSA 2ZUUA 3PZIA 5CSUA 3S6TA 1U33A 1UR8A 1GW1A 2VUYA 1PJ9A 1C3FA 1JG9A 2W67A 2VC9A 1GJWA 1UR2A 4J7RA 1VFOA 5CG0A 4MAZA 4QCEA 1WNOA 1QNOA 2W91A 1RPKA 3W26A 1RP9A 1K9FA 2WMKA 4NI3A 1KQZA 2BNJA 3QOKA 2GSJA 3CZKA 4UOZA 4YPJA 1CGYA 3ARYA 4Z2LA 1ZBVA 2V5DA 4F8XA 1ZJAA 3AS0A 3K1DA 1OCQA 3AMKA 2ZXDA 3SUTA 3IANA 6TAAA 2WSPA 3SCWA 3PZVA 3WH5A 2VVNA 4CN1A 5CLTA 3RDKA 3QHOA 3SCTA 1UH4A 4DWSB 1CXKA 5LA0A 1G1YA 1UH2A 1UKSA 5JUVA 4JIEA 1ZL1A 3T2OA 4UQ9A 5CJ5A 4BS0A 4W5ZA 4TVDA 5E6ZA 5AY7A 1CGUA 1XSJA 3VX1A 5CSYA 2B31A 4OOZA 3N1AA 4AZ6A 3WQ4A 3B8SA 2WBKA 3F5KA 3GZAA 2X09A 5IHSA 1NWTA 3VKKA 3EMQA 3WKZA 2WVUA 5ABEA 3B9DA 4B15A 2WVTA 1NM9A 3OLGA 1WDSA 3BCFA 2GVYA 3VM5A 1RH9A 1J0HA 1S46A 3AIBA 3FAWA 5GNXA 3WL1A 5M5DA 5CQ1A 2UWFA 1C92A 2VX5A 4P8VA 2ZXBA 4FLOA 4HA1A 3AOFA 2WCAA 2XJ7A 1BAGA 4J27A 3F5LA 3G6MA 1MQRA 1H0GA 3VVGA 5I77A 2DGAA 1B1YA 1GQKA 4GI8A 1PZ2A 1FFQA 4CCDA 1EH9A 4MDPA 3GNOA 1OGBA 2YL5A 1CXLA 2YA2A 4P7QA 4AW7A 1UR4A 3K8MA 1E4IA 2WWDA 5E9AA 2ZUWA 1E0XA 4Z2GA 2A3EA 5DMYA 2XVGA 4MADA 3VO0A 4P7OA 4LYQA 3AJ7A 1HXJA 3W6MA 2J77A 2F61A 2XWEA 3PTMA 2WHJA 5ECUA 2WHKA 2BVYA 3W53A 5I2UA 2WXDM 4J3WA 1XD0A 1UD3A 2W4XA 3ARWA 5IFPA 1JF5A 4UQCA 1H49A 1R7OA 4BQ5A 1IV8A 4DM2A 4OKDA 2OYMA 4FK9A 4HU0A 4BA0A 2WC4A 4UR9A 1E6ZA 3MUIA 3K8KA 4MTVA 3EMCA 2EPMX 4CCEA 3OG2A 3FN9A 3E1F1 4FLQA 1B2YA 2W92A 4AC1X 2WMJA 4Z2IA 1W2PA 4DM1A 3BAXA 2TAAA 3VIGA 2VZTA 1TR1A 2V38A 2ZIDA 4HOXA 2D0FA 1DWAM 1BTCA 2DQXA 2J25A 4M81A 3CHDA 3NYDA 3TTOA 2FH8A 3CMJA 4PMXA 5JIPA 3EDJA 1MW3A 1EIBA 3BMWA 4CVUA 5A8PA 1EOKA 1KWGA 7CGTA 1QI3A 3SUWA 3VD7A 1M01A 1JZ2A 1QHPA 3SCRA 3L4YA 4W8LA 2YBTA 2Y24A 4NRRA 4AD5A 4E8DA 3OB8A 4QP0A 1ODUA 1DWHM 2VR5A 4HTYA 2WW5A 4UNIA 1K9TA 3MMUA 1EGZA 1JDCA 5FKYA 1F4HA 3CIVA 1LJYA 1MQPA 1XYFA 4JAWA 4UFJA 1WZAA 2XSAA 1DWGM 2D0HA 1UKOA 1C8XA 4AD2A 2GFTA 3A4WA 3UG4A 3I3EA 4CN6A 1C91A 1V3KA 4UFMA 5C70A 3DECA 3EMZA 5CZKA 2WKLA 1SMDA 2ZX6A 1MFVA 3TTYA 1VJZA 3VNYA 2YDRA 2OSYA 2FGLA 3OIHA 4GI9A 4YHEA 1TA3A 3WDRA 1CEOA 2FHBA 2ZX7A 4GIAA 1D2KA 4MJ4A 5M3WA 3UETA 2G3IA 1PX3A 2EBNA 3WUBA 1CBGA 3WBAA 3VIPA 4B9ZA 4ACZA 1IT0A 2VTFA 1W9UA 4FLRA 2G4FA 5HPOA 3HN3A 2FGZA 4AEEA 5D4YA 3PN8A 1O7AA 4W7UA 1I75A 1MWOA 1C93A 2PBGA 2W66A 1V0LA 2VL4A 4P7RA 1W1YA 4UQDA 4ZXLA 1I1WA 4QLJA 2FDMA 2XTKA 3W82A 3RM9A 1OT2A 1CZ1A 1NP2A 4RE2A 4U2ZA 1HP5A 3I3DA 1KGWA 2VO5A 2XFRA 5HOSA 4UQBA 2WHLA 4FMVA 2GJXA 2WVVA 1HKIA 2WLZA 4AZ5A 4C90A 3ZMRA 1EHAA 1J0KA 4A3YA 2X1IA 2VZUA 4AD0A 2J8GA 2WC7A 3T0AA 3FXYA 1H11A 4D6FA 1HVQA 1EOMA 3WF4A 1JNEA 3VD9A 1MW2A 1UA3A 2CHOA 1H09A 4PMRA 1PEZA 5C71A 3EBVA 1SMAA 2CETA 3CPUA 4PUDA 2DT3A 3KWXA 2EPOA 1ISVA 4WKAA 3MKKA 3ZO9A 5IXEA 4AMCA 1ODZA 5BXTA 3AIEA 1CTNA 5BWFA 4PMNA 3II1A 2VCBA 1UD6A 3THDA 4S3JA 2IXUA 1TVPA 1MW0A 3WNMA 1NP0A 2GK1A 4PSPA 4V2XA 3RM8A 3U57A 3ARQA 2EEXA 2BY1A 1E9LA 3WD4A 5HXMA 1B3WA 3NSNA 2WMFA 3AZRA 3GXFA 1PAMA 2JALA 3T2PA 2VX7A 1F4AA 1FH8A 2V3DA 2VQTA 3AHXA 1TG7A 3N04A 3WQ5A 3SEPA 1CGXA 1H0IA 4U33A 3K4AA 1HX0A 1XH0A 1E73M 1V08A 4CVWA 5FL1A 4MDOA 1W9DM 1CXHA 4LQ1A 2V3FA 1LLOA 3PZUA 1E71M 3L4UA 2G3JA 2QHAA 1FHDA 3WH6A 2JEPA 9CGTA 5A6JA 1E6QM 1OT1A 2FHFA 2NW0A 3AIWA 3GBDA 4HP5A 4C7DA 2WLYA 2JIEA 3AQUA 6A3HA 1AMYA 5E6YA 2X05A 2J7FA 4J28A 3VGHA 5C8BB 5BRPA 3OLIA 4WF7A 2YDQA 2XFYA 4PEEA 5I3DA 5BYWA 3VD3A 1A3HA 4OUEA 4MNMA 3K46A 2ZUVA 3O9NA 1OD8A 3WH7A 4MB4A 5LYRA 1GOIA 4M1RA 4UTFA 2VRJA 2WCSA 4LYPA 1GCYA 3BXWA 4L4PA 1QW9A 2WM0A 1JYNA 1R87A 1U30A 1Q6FA 1VRXA 2E8ZA 1XCXA 1C90A 3WN6A 1NARA 1VF8A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4MAV A;  2J7D A;  4IPL A;  2VJX A;  4W89 A;  3DC0 A;  5A94 A;  3FW6 A;  3BCD A;  4IIS A;  3EDF A;  3OLE A;  1G9H A;  1H3G A;  3WQV A;  3VIO A;  1V03 A;  4LGX A;  1J0I A;  3WEZ A;  1EDG A;  1V0N A;  3BAI A;  3NDZ A;  4Q22 A;  2CPU A;  2C8N A;  4J3U A;  2WC3 A;  2GDV A;  1UD2 A;  3WDQ A;  2EPK X;  2UY4 A;  1OB0 A;  1JZ4 A;  4L4O A;  1D7F A;  1CNV A;  5CPQ A;  1BHG A;  1OSE A;  1ZBW A;  3VUP A;  3L4V A;  2XFF A;  4OOU A;  2EPL X;  1KB3 A;  2VT0 A;  1LG2 A;  3AMG A;  1W9P A;  4OBR A;  3WF0 A;  1SR0 A;  1FFR A;  1NH6 A;  1CGV A;  3NCO A;  4Z2H A;  3WQ6 A;  1US2 A;  2J7B A;  4RL3 A;  3VMN A;  3AZS A;  1G0C A;  3W27 A;  1JYX A;  3W0K A;  3W6L A;  2BVD A;  5D8Z A;  2O92 A;  3OZP A;  5DO8 A;  2FH6 A;  3WNP A;  1M7X A;  1ZB5 A;  1GQJ A;  4AZB A;  1CXF A;  4CD6 A;  3ZJ8 A;  1J9Y A;  5M17 A;  3FAX A;  2XYL A;  1CPU A;  1W1T A;  4WSK A;  3T08 A;  2WMG A;  4B3K A;  2YDS A;  2HIS A;  4AZC A;  2ZWZ A;  3VGB A;  2WCG A;  3IK2 A;  3VPL A;  3RME A;  4HME A;  1BGG A;  1VFM A;  3RO8 A;  1TMQ A;  5AYI A;  3ZT6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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