3GK0A

Crystal structure of pyridoxal phosphate biosynthetic protein from burkholderia pseudomallei
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
FFLTTPAAIDLGVNIDHVATLRNARGTAYPDPVRAALAAEDAGADAITLHLREDRRHIVDADVRTLRPRVKTRMNLECAVTPEMLDIACEIRPHDACLVPEKRSELTTEGGLDVVGHFDAVRAACKQLADAGVRVSLFIDPDEAQIRAAHETGAPVIELHTGRYADAHDAAEQQREFERIATGVDAGIALGLKVNAGHGLHYTNVQAIAALPGIAELNIGHAIVAHAVFVGWDNAVREMKAIMVAARVAALH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Pyridoxine 5'-phosphate synthase
publication title Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia pseudomallei
total genus 103
structure length 252
sequence length 252
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.6.99.2: Pyridoxine 5'-phosphate synthase.
pdb deposition date 2009-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03740 PdxJ Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxJ
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3gk0A00
3TA6A 1VH7A 1YDOA 3DXIA 5AC7A 1XCFA 4NQ1A 3EX1A 3S5ZA 3DAQA 4MYXA 4NJIA 2WSRA 3QFEA 1PV8A 3ATZA 2BXVA 3SR7A 5KZMA 1F7BA 3A24A 3P8IA 3DENA 3G1XA 5G2WA 4LVDA 2V8ZA 5BW6A 3CT7A 5FF4A 2EAWA 3TQKA 2A7RA 5D04C 2RHGA 2JBMA 3JS3A 4PEKA 5U7SA 4FNPA 3W73A 3T7VA 3MWAA 4AAJA 1JCYA 2ZZ1A 2YZRA 1AL8A 3DKLA 3QPZA 4UTLA 1EWEA 3N9SA 3MYPA 1KM3A 1L9WA 1AW1A 1NF0A 4K38A 4MZYA 3P67A 4E2BA 1I2OA 2Y6ZA 3DFPA 2WNQA 4JIPA 4XBKA 3KFTA 4FNUA 1A50A 3NQ8A 5DCBA 3L0NA 1JCLA 3G3DA 1W3IA 3MI6A 3EWBX 1KLZA 5HINA 2OX1A 3NDOA 5FEPA 1TV5A 3EEGA 3ABOA 3CEPA 1QDSA 4CNNA 3P80A 1YADA 1TPB1 2Y70A 1M5WA 4HSOA 2JK2A 4LVAA 3IV3A 5CSRA 2V5BA 3STFA 2EKCA 4QNWA 1Q45A 4KFPA 3TU9A 3BGGA 4UNKA 1XI3A 1MZHA 1WDWA 3W7RA 1DOSA 4FNTA 3ZFHA 5AC6A 3EX2A 4AWTA 1ML1A 3G1HA 2OJPA 4ALDA 1VPXA 1FCUA 4LC6A 2YPIA 2QKFA 5E1QA 4UMCA 2CLOA 1OFAA 5CSSA 1GQNA 4OU1A 3K30A 3W84A 1I2RA 1I45A 4AF0B 3O6CA 3Q58A 3RMJA 1IGSA 3R12A 4CCEA 3L67A 2DZPA 1GEQA 3E96A 4PFMA 1PCWA 1SW0A 3IGSA 3SW6A 1KBJA 1LRQA 3O15A 2CFFA 1QPRA 1X8FA 2P10A 4LOCA 1JR1A 4HKPA 3GDTA 3BPWA 3WJZA 1IIGA 2TSYA 4O28A 3P81A 4FNSA 2YDAA 3JR2A 3LCFA 2PRMA 2G95A 4JYEA 3WK3A 3O6DA 4UFLA 1FDZA 3HMJG 1TJRA 2ABBA 3C2VA 4M6PA 1OJXA 1FWWA 4JYFA 1WQ5A 1W56A 2V2CA 1R30A 3C6CA 5D05A 3TMLA 1JUEA 2Y7EA 3M16A 4MZ8A 4DEFA 1W5NA 1G69A 4UTWC 3M6YA 3VNDA 4E38A 4LC8A 2QAFA 3TE9A 3R89A 3U6WA 2H90A 1YPFA 2G97A 1FDYA 4CCCA 2HSAA 4R53A 2PE4A 4BF9A 2QCFA 3THQA 3WJXA 3NQEA 5D33A 3DU0A 2GOUA 4RV8A 4O1AA 4WXZA 4IMCA 1SO5A 3M44A 5TQLA 3HO8A 3PB2A 3D0CA 3GYEA 4FO4A 5FF7A 3DBPA 1SU5A 3W7IA 3IVTA 3IIVA 3W7QA 2PRHA 2DP3A 4FX8A 3S8HA 2JGYA 2X16A 2VFEA 1AG1O 4PH6A 5MHBA 3STEA 3SJ3A 3EKZA 2XN0A 3M1ZA 3QJAA 4FNQA 3N19B 1OFEA 3PC0A 1XC4A 2BSLA 2ZZ7A 3NL5A 4BWLA 4N9DA 3NPWA 2ZRUA 4YL2A 3W1PA 1G4PA 3LHTA 3NZ1A 2XFWA 1TREA 1LROA 1KBIA 1FCBA 3NM3A 4GFSA 4RZ5A 1LBFA 5FEXA 1H1YA 2CLMA 3NAVA 3G0XA 1AMKA 4JTKA 4UFHA 2FDSA 2C3ZA 3GB6A 3MO7A 4L4MA 1YTDA 1YXCA 2GVJA 4NNBA 3W9ZA 2BX7A 1Z42A 2YFNA 1TRDA 3BV4A 4RZ6A 4UTUA 3C8FA 3LM7A 2NXIA 4QAIA 3YPIA 3PUOA 1AK5A 1KM6A 2DZSA 4AMAA 4LU0A 1H63A 1VQTA 1L6SA 4FX6M 3B04A 4ZMGA 4JY8A 2CU0A 4I7UA 2FJKA 4NNAA 2VELA 1W0MA 3TJLA 3TJXA 1BKSA 3STCA 1RV8A 4Q4KA 3BW2A 3LI1A 1KFCA 4JS3A 1H62A 3S1UA 3TAKA 4HHPA 1GYLA 1WOBA 4GUJA 4JTEA 4P61A 1Z41A 2CLKA 1SO3A 3EWYA 3M47A 1VS1A 3KOFA 2VOMA 1YXDA 2CLHA 3NQDA 4JIQA 4N4QA 5K3VA 1HFBA 4Y90A 3LCLA 1T0OA 3W71A 1XXXA 3NQ2A 4G1KA 1PCKA 2NV2A 2QDGA 3OIXA 5CZJA 3TSBA 4DO6A 1L6YA 4A21A 3WK1A 2I9EA 4X2RA 3W1AA 2A7NA 1OHLA 4LTSA 2A5HA 2B7QA 1K02A 1KFLA 1OX4A 2I1OA 4UTWA 4UXDA 3ZS4A 1MO0A 3NA8A 2NWRA 1F74A 4KFNA 3G3MA 2QCLA 3USBA 4WX2A 4JXCA 1H7NA 2ZRZA 4O18A 5EMUA 1D3HA 3GDRA 3W1LA 3ATYA 1YTKA 3UY8A 3EXTA 1KTNA 1RPXA 3LOTA 3M5ZA 4UTTC 4O0ZA 3ABQA 2NX3A 1VC4A 2E09A 4JTIA 3CC1A 3E02A 1R46A 1UB3A 1VJIA 4NXSA 3W86A 1I2PA 4JTHA 4MLRA 1NF7A 2ISVA 3DFTA 5D30A 1FX6A 3DGRA 1LLWA 4O53A 1UJPA 4JDBA 1TV8A 3W1TA 3I65A 1F2JA 1VYPX 3PUEA 3L66A 4MY1A 2FLIA 3VE7A 4ZVJA 4O11A 5E93A 3DI0A 1R2RA 3LHZA 4HPXA 3GDLA 5CPOA 3GDKA 1XDLA 5CZ0A 2VXNA 2H3BA 1I8JA 3QRHA 3S5YA 4MFDA 1SPQA 1TJPA 3MJYA 3MI3A 5EYWA 3QZEA 3BO9A 2QJHA 3FS2A 5CPLA 4UFJA 3EKLA 5U4NA 3B03A 4N6EA 3PBVA 1WYIA 4GUGA 3HG3A 3W1QA 2ZCGA 3O05A 4B5NA 1KW1A 4O4VA 2ISSA 4LVBA 2FB3A 3CB8A 2ISWA 3IIZA 1W5PA 4UTHA 3O1NA 4WZHA 4JICA 4Z1AA 5DXXA 3WFAA 2ZZ2A 4QQ3A 4QIUA 3BW4A 3PBWA 4FXSA 2Z0IA 3LCWA 1ICPA 2E5BA 5I3FA 3TUUA 2CZFA 3HPSA 3LXCA 3NZRA 2OCZA 3M43A 2ZA3A 3UD6A 2QCHA 4UTJA 5FI8A 5AHNA 1WXJA 5I3GA 3PG8A 3RU6A 2BZNA 4M7TA 3W85A 6TIMA 5HULA 3NNTA 3CPRA 3MYOA 5C2XA 5L9FA 5EKYA 1B57A 3OHIA 4ADTA 3ANYA 3UPBA 1H7RA 3VFLA 3MI2A 1P5BA 2PC4A 2J9YA 4X9SA 3NPVA 4UMAA 1JUBA 5LHFA 3V1PA 1EP3A 2NV1A 4TU1A 5K4XA 3C2OA 4TX9A 5HNRA 1MEIA 2CLFA 1H7OA 3G0SA 4LUIA 4OBTA 1T96A 5BMWA 3GLCA 1FWTA 3EWZA 2RDWA 2VFIA 1YDVA 3P5YA 4AVFA 5EA9A 4QISA 2RH9A 2YSWA 2AQWA 4HSNA 3TCEA 2J9ZA 3WJYA 1IIHA 2TMDA 4UMBA 4I7WA 1Q6QA 4XZ9A 3HGOA 2NUYA 3R5EA 1VZWA 1F05A 1KM2A 3NQVA 3NO5A 5C6MA 2X1TA 4UTTA 4BK9A 2HS6A 5HUOA 3NEVA 2NUXA 1ZENA 4IWWA 5G4WA 4NJJA 2WPBA 4JY9A 4M6VA 2O7QA 4AHPA 4TIMA 3KHJA 2GUUA 1UUMA 2PCQA 2VENA 4AHOA 5C54A 2B0MA 5K7JA 1DKWA 1QO5A 2OMAA 4DO4A 1DJQA 3THAA 3B06A 2H8ZA 3DH7A 1P0KA 5T26A 1BWLA 2V0TA 3TX9A 1K03A 2E1DA 3QQ0A 4DELA 3W2UA 2ALDA 2DJXA 5HQEA 3NQGA 4UTIA 1H7WA 3W7PA 1SW7A 1JRCA 5G1TA 3LLDA 3M9YA 1O5KA 3EXSA 4JX5A 3S5NA 3LI0A 3IVSA 5AHLA 3P60A 3RNDA 3PY2A 1H1ZA 1OFRA 3CIXA 4LW7A 4O54A 1P1XA 1TQJA 2R94A 2H6RA 2FFCA 4GRSA 8TIMA 2OT0A 3OBKA 1QO2A 1CX9A 3LBCA 2NXGA 3BARA 1W3TA 4RZ4A 4O52A 4ORIA 3S42A 4XUGA 1W1ZA 3LHWA 3HPXA 3TFCA 1ZALA 1A53A 1DL3A 3UWUA 4TMCA 3PWAA 2Q8ZA 3HQ1A 4IMFA 4M6QA 4O14A 1LOQA 1G7VA 3L5MA 4A22A 3G24A 4DF2A 1XDMA 3LB0A 1QAPA 2A1YA 5FEWA 3EWWA 2QUUA 4OV9A 3GZ3A 1B4KA 3CU2A 5FF2A 2YXGA 1EX5A 4ADSA 3ZWTA 4NZJA 2CZ5A 4MVAA 3LRKA 1FY6A 2ABAA 4CNPA 3MMTA 4MZ1A 1TTJA 4UFKA 3TAOA 5IBXC 2C1HA 5LNRA 3CWOX 3UXDA 1LBMA 1JRBA 5AHIA 4FIRA 5DCDA 1A5SA 1EB3A 3PULA 2A21A 4WOQA 5J5DA 4ZQOA 4RX0A 2Z6IA 3VE9A 4UIOA 1GZGA 2WV8A 4ZQNA 4QJ1A 3SGZA 2Q3OA 3UWYA 1LYXA 4U28A 3C61A 2IQTA 4BWLC 5D02A 1DHPA 3N9RA 4YMZA 2QCNA 4CNOA 1G6CA 1TTIA 1ZAJA 3W1UA 4MJMA 1QCWA 4N9CA 3NYZA 4BI5A 4EIVA 3O06A 3CIWA 5FF3A 1G7UA 3QMSA 1I2NA 5D2YA 1NVMA 2Y61A 3GR7A 3W7GA 1QOQA 4CQAA 3DFSA 3W7NA 2TRSA 5KITA 2YYTA 3PBYA 3MW7A 3P74A 4MOZA 5LNWA 3SFKA 1W37A 2XN1A 2J9XA 4IPIA 4LWWA 3TV8A 1H51A 3VI2A 1ZJIA 5DXYA 1V7YA 4RJEA 1K8ZA 4HNNA 4LT9A 3C0JA 1S5TA 2W0UA 4TO8A 4LV9A 4Y6GA 3H55A 3HBLA 3NQCA 3OG3A 1O60A 3OVRA 3TQ0A 3H53A 1VCVA 2FPTA 3FIGA 5AHFA 2PURA 3M5VA 3TW7A 2D73A 4I7VA 4RKAA 4XWUA 2EGZA 2WKJA 4MY8A 1D3GA 1TPC1 4DPQA 4O1CA 2QAPA 1VGAA 1EIXA 4LRSA 2DZWA 2B4GA 4ZQRA 1SSDA 2FPYA 1F5ZA 1QWGA 1F6PA 3W22A 4POCA 4FEZA 4BI7A 4AF0A 2J24A 3ELFA 4ONVA 3VCRA 5LSMA 3QEZA 5LGZA 2ZA1A 2JGQA 3NQFA 2C13A 2ZFAA 4XKYB 3LRMA 3LTYA 5F4XA 1TPH1 1Q6OA 2ZRXA 2GJLA 5EY5A 3UNDA 4L4LA 1FXQA 4AB4A 2QDHA 3W74A 1LDCA 3GK0A 3HG4A 3GR8A 1SUXA 3EX6A 3LV5A 2C6QA 3TC6A 4JTLA 5AN7A 1TPDA 3QMTA 3SECA 2GJNA 4IMDA 4UTKA 4J9JA 2JKPA 3M0ZA 1K7XA 1FCVA 1P0NA 2V9DA 3B8DA 3RLUA 3LCGA 1G4EA 1EWDA 1QFEA 3F03K 1Z44A 4BFAA 1GG1A 4K39A 5HR6A 3EXRA 3HOJA 3NL2A 2YW3A 2GQAA 1X6UA 3G1AA 2GQ8A 3FKKA 3LLFA 5IBXA 4DBDA 3MP5A 1OYAA 2DU2A 4LY8A 3CWNA 1XBVA 4DF1A 1HG3A 1K7FA 3M5YA 5D32A 1EP1A 1EP2A 3W7MA 4WUIA 3L0KA 1W5MA 4KKXA 3DI1A 1ALDA 3TH6A 5HR7A 2W79A 3KRSA 4YLWA 1KTBA 4MFEA 3TW6A 1TPEA 4K37A 1LZOA 5D03A 3HGJA 3LX9A 3L5LA 4JYDA 4MJZA 2NLIA 5CPNA 1GTHA 2A0NA 3UWQA 4ZL1A 2UV8G 2NXHA 1OX6A 4LV4A 4H4IA 5LNUA 4MPQA 1VHCA 3LTSA 3TXVA 1JJKA 5H2ZA 3LHYA 1A5AA 1F76A 3JRKA 4DF0A 2YX0A 5FESA 4NUWA 3KX6A 2GVGA 4O16A 1RR2A 4WJEA 4RXGA 5KZDA 1FCQA 1UCWA 1UASA 4WQ6A 4NX0A 3UPWA 3UZ5A 1TSIA 3G18A 1K7EA 2KZHA 3S1VA 1RVGA 3OVQA 2VEPA 1W5QA 3EX3A 1JULA 4M7SA 1TYGA 1OX5A 4K8HA 2R91A 4U4MA 4GWEA 4S1FA 1N7KA 1TPWA 4ML9A 2FIQA 3IVUA 1NSJA 3C2EA 3MP4A 3TC7A 3OA3A 2HMCA 4XTDA 3MUXA 2C16A 5FEZA 1J5TA 3A5VA 3W3OA 5TBOA 3QH2A 4KFOA 3WK2A 2H8XA 1H7PA 3QF0A 2CZDA 5EL1A 1OABA 1L2UA 3KVKA 1GVRA 4RXFA 5LHEA 3MBFA 1XBZA 3P82A 1HUVA 3PAJA 1GVSA 4OE7A 2ZDRA 3NVTA 3IEBA 3W1MA 1ICSA 4EF8A 3STGA 2I14A 2R8WA 2DJLA 4LS1A 4OGZA 1PVNA 4HNUA 5D2VA 3FLUA 1QOPA 1LM1A 3BK0A 1ZFJA 3LBMA 2X2GA 5I3KA 4HNTA 4UNLA 1LRNA 1DV7A 3GXPA 3HG5A 1TPUA 3W1XA 1NFBA 4O57A 2WNNA 1X1ZA 1W8SA 3OVPA 2QCDB 3DFOA 3GAKA 1V5XA 2NX1A 3W2MA 4BR1A 2EHHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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