3GNOA

Crystal structure of a rice os3bglu6 beta-glucosidase
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
GLTRGSFPEGFVFGTASAAYQYEGAVKEDGRGQTIWDTFAHTFGKITDFSNADVAVDQYHRFEEDIQLMADMGMDAYRFSIAWSRIYPNGVGQVNQAGIDHYNKLIDALLAKGIQPYVTLYHWDLPQALEDKYKGWLDRQIVDDFAAYAETCFREFGDRVKHWITLNEPHTVAIQGYDAGLQAPGRCSVLLHLYCKAGNSGTEPYVVAHHFILAHAAAASIYRTKYKATQNGQLGIAFDVMWFEPMSNTTIDIEAAKRAQEFQLGWFADPFFFGDYPATMRARVGERLPRFTADEAAVVKGALDFVGINHYTTYYTRHNNTNIIGTLLNNTLADTGTVSLPFKNGKPIGDRANSIWLYIVPRGMRSLMNYVKERYNSPPVYITENGMDDSNNPFISIKDALKDSKRIKYHNDYLTNLAASIKEDGCDVRGYFAWSLLDNWEWAAGYSSRFGLYFVDYKDNLKRYPKNSVQWFKALLKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Os03g0212800 protein
publication title Structural and enzymatic characterization of Os3BGlu6, a rice {beta}-glucosidase hydrolyzing hydrophobic glycosides and (1->3)- and (1->2)-linked disaccharides.
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa subsp. japonica
total genus 193
structure length 478
sequence length 478
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2009-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3gnoA00
2WVUA 4AD3A 4DUWA 1E9LA 3CLWA 1W32A 1XH2A 3RPMA 3IK2A 5AC4A 1K9TA 4IISA 3A6OA 2IXVA 5E0FA 1E1FA 1LL7A 2XPKA 5I24A 2WMGA 4GI8A 4AZGA 1XH1A 1BSIA 4CU8A 3T2PA 3DYOA 2CEQA 3AMLA 4HPGA 1U33A 3GYCA 1W9DM 2ZUUA 3T0DA 4GQRA 4MB1A 4D6CA 1DTUA 2ZX6A 2YL5A 1KBKA 1WAWA 4LYPA 1JZ3A 1R87A 3FXYA 1V3JA 3PZMA 1GVYA 3W29A 1J0ZA 3ARYA 4P7OA 1BYDA 3WD2A 1VEPA 2UY5A 4F9DA 4C7GA 1E73M 3EDDA 3AIVA 4U5IA 4MTVA 1E3ZA 1EDGA 1X1NA 3UERA 3CMJA 1MWOA 4V27A 3OB8A 3VIFA 2ZWZA 2ZXDA 3AXXA 2X2YA 1OT1A 2G41A 3N9KA 3AMKA 2UWFA 4KGJA 1OIFA 1JAKA 1E0VA 1WZKA 2WXDM 1FP8A 2JF7A 1HKMA 1HT6A 3DECA 3QHMA 3WNOA 4W84A 4UFHA 3CUHA 1M03A 2CHNA 4Y7EA 2ZWYA 3ZJ6A 1BLIA 7CGTA 3F5LA 1XGZA 2J74A 1ODUA 2D3LA 3PBGA 4QDMA 1TA3A 4FLSA 3II1A 3W53A 4H8VA 1EOKA 3GBEA 3W27A 3WQ8A 5LA0A 4D6EA 1E70M 1JZ7A 4P7QA 5ABGA 4N42A 1UG6A 3GZAA 5A95A 4J3WA 2FDMA 5IDIA 1VIWA 3VIGA 1ZJBA 1KQYA 5A6SA 4GIAA 4F9JA 2E4TA 1CENA 5A8NA 4HU8A 3SCOA 2VX4A 1ZBWA 1H1NA 1VAHA 3MUZ1 1RP8A 4CN6A 3WBEA 3QR3A 5BXTA 3J7HA 5IFPA 3RCNA 2X1IA 4BA0A 2DQXA 1HVXA 5E0CA 5I0DA 2VVNA 4D6JA 2XIBA 5CPSA 3VM5A 1QNRA 1XHGA 1WB0A 2NT0A 1ZL1A 4JFSA 4P7RA 4JKLA 3BSHA 4PEEA 1EXPA 2EQDA 3WMSA 2VJXA 2BXZA 1E4MM 2BFGA 3UR8A 1QNOA 2YJQA 4N0RA 2CBIA 3VGGA 3I3EA 1TA3B 3FN9A 1JZ6A 1KXVA 4LYRA 5BCAA 2OWXA 3NSXA 2WVVB 1PZ2A 4UZSA 5I77A 3WF1A 3IJ8A 4CVUA 2X05A 1JYNA 1KR0A 4EE9A 2XJ7A 4H8UA 1UH4A 4E2OA 4OOUA 5GQBA 5A2AA 4IUGA 1JL8A 4W8AA 3GNPA 3THDA 1EO7A 4DUXA 1FFQA 3AROA 2E8ZA 1FP9A 3WFZA 4CCCA 3PZOA 5CLTA 4J3SA 2EBNA 3AS2A 1ZU8A 3EDFA 2XVGA 4ZXOA 1GQIA 3GXMA 3VOCA 4M81A 2VX6A 2XSBA 4LQ1A 4PMZA 2F61A 3VX1A 1ODZA 1VFMA 4UFKA 3GH4A 1VEMA 1WPCA 1BYCA 2D0GA 1SYTA 4EAMA 3K8LA 4J3TA 2F2HA 3WH5A 1LQ0A 3MV11 1LLOA 2J7BA 3CZ8A 4KRTA 4UFMA 4TVUA 2VZUA 3APGA 3KE0A 1AVAA 3F5JA 1EOMA 4JCLA 3RM9A 3POCA 3PZ9A 4EANA 4JIEA 1WZLA 1VBUA 3SUUA 1PPIA 4OOZA 1SR0A 2YL9A 3VGHA 2FH6A 1R85A 3BMVA 3RMEA 3AHVA 3AIEA 5HOSA 1JXKA 4WSJA 3AS3A 4PTVA 4HOWA 1VFUA 1UA7A 3WNPA 1JFHA 1G5AA 2DH3A 1ISZA 1LG2A 2GJXA 8CGTA 1E1EA 1ITCA 8A3HA 1NQ6A 1MW1A 2RGMA 4CD8A 4TXEA 1C8YA 1C93A 4AD1A 4P8VA 3ALGA 1M04A 4FK9A 4PCTA 2G3MA 2ZUTA 2EPKX 4B9ZA 4QLJA 2J79A 2VVSA 5BXSA 1CGYA 4V28A 5E9AA 1DWGM 5LA2A 3WFLA 4UTFA 3ZJ7A 1E0XA 5LYRA 2J7FA 3GM8A 3D3AA 3WENA 3NUKA 3B9DA 4W88A 1E6NA 1VFOA 4PBGA 4M29A 2D1ZA 4CN1A 4JHZA 1DP0A 1XSJA 2DSKA 1H41A 3WDJA 3W4RA 2WW5A 1NOFA 3WNNA 1QPKA 1UQZA 3SUTA 4CCEA 3KL5A 4P8XA 2DGAA 2VCBA 5CSYA 3N17A 2DSWA 1ESWA 4PMXA 3BC9A 2VT0A 2GJXB 5FD0A 3EMQA 2QF8A 1UD8A 3SCNA 2CESA 1KGUA 3NIYA 4QAWA 3NSMA 2FHBA 1MW3A 1CXHA 3L4YA 3ZR6A 5EBAA 1D2KA 4M24A 3TTSA 4R5EA 3ARUA 1OGBA 4URIA 1P6WA 2UY2A 4JFVA 2BS9A 4CVWA 4C7FA 4MDPA 1KB3A 3VNZA 1M7XA 2XM1A 1R8LA 5A6AA 4ATLA 4BCEA 2E3ZA 1UR2A 3ARTA 2W5FA 3AIBA 4LGXA 1CIUA 4CKQA 4PTXA 2JALA 1XC6A 2Z1KA 3K8KA 2DEPA 4HZ6A 4AZIA 5IXEA 2VURA 2J7HA 1W2PA 5AC5A 3T0AA 2WWCA 1UKSA 1UWIA 3IAPA 3VM7A 4B16A 1HX0A 3SUVA 4UQEA 1NOWA 3WF4A 1V6VA 2D22A 1CGTA 1QHZA 3EDKA 1E4IA 1MQQA 1UZ4A 3T0BA 4GZEA 4D6DA 2XVPA 1XSKA 3VD7A 2OLHA 3CPUA 3TTYA 3AXIA 3WF0A 3L4WA 2A3HA 4K68A 4Z2HA 1G1YA 1E5JA 3WUFA 4ML4A 1US3A 1KFWA 4AZ6A 1ZB5A 2JE8A 1W1TA 4FMVA 1VB9A 2Q8XA 2EEXA 2VX5A 3OG2A 1PJ9A 5A69A 2HISA 1HJXA 4L4PA 1V02A 3EDJA 5BROA 1QW9A 3OZOA 1MW2A 1HN1A 3VDAA 4AZHA 2C8NA 3KEHA 4EK7A 3JUGA 3VIKA 1R86A 1W3LA 1WZMA 1OT2A 3W81A 3OLIA 1F4HA 1QVBA 4A3HA 1UH2A 3N13A 1WNOA 3PTQA 3TTOA 1OCQA 4D6HA 3VNYA 2E8YA 3WDHA 3CBWA 2VQUA 2JF6A 1R7AA 2WCGA 1FHDA 4GI6A 1GW1A 1M53A 2BXYA 2WWDA 3T08A 1BYBA 1LJYA 2J25A 5BXRA 1K9EA 3ZT5A 6A3HA 4AIEA 2WMFA 4D72A 3EDEA 2Y8KA 3FNDA 4H41A 3PZIA 3MMWA 3EBVA 2ZX5A 1E5NA 4BQ5A 5M3WA 5A6BD 2ZE0A 4MB5A 5LA1A 1QI4A 2WMIA 4ATWA 1V6UA 2YIHA 2F8QA 4HMDA 5I79A 3VILA 4A3YA 4AD5A 4U33A 2EO7A 3WD0A 3L4XA 1GVIA 2ZICA 3IJ7A 1UWRA 1XV8A 4YPJA 3RILA 5CJ5A 3WDIA 3AHYA 3PN8A 4MJ4A 2OSWA 1HJVA 3ZJ8A 3GXIA 3CTTA 4BF7A 3ARXA 3DYPA 1BFNA 4RL3A 4PUEA 2GDUA 2J78A 1DWHM 1E6XM 4TVCA 1E0WA 3DHUA 3CUJA 1X6LA 3MKKA 3VIMA 3AZTA 1B0IA 1QNSA 3LMYA 1UOKA 3UG3A 2A3CA 5I6SA 2D24A 2J7DA 1UD5A 3WF3A 1J0YA 1QW8A 3CUGA 4W8BA 1W3JA 5A6BA 2EJ1A 3WF2A 1CYGA 1E55A 2J62A 1JZ2A 2DSZA 2DT1A 4B3KA 2EPMX 1JI1A 5CXPA 1VFFA 2J4GA 1RP9A 4AC1X 2YLAA 4TX6A 1KXTA 2XSAA 3WDRA 3WSUA 3KZSA 1QNPA 2UY3A 3RO8A 2YA1A 3VKKA 3VDBA 4CU6A 5ABEA 1B90A 1JDDA 4XB3A 3SCQA 2C0HA 3DHPA 4AZCA 2GFTA 4UQAA 1TFVA 2WMIB 3AHZA 3ARPA 2BHUA 5F7UA 3A4WA 3CMGA 4QP0A 1PX3A 5JBFA 1GNXA 5JIPA 1W9PA 1MW0A 4QCFA 5HDRA 2WB5A 5CPQA 5EMYA 1W9XA 4PMRA 1CNVA 2XWEA 5M03A 4TTGA 4UQBA 3QGVA 1UKOA 2XIIA 3S2CA 3WH9A 4PTWA 3OGSA 1SMDA 4AMCA 4MADA 2VZVA 2VX7A 4XZWA 2WC7A 2XGIA 4W7WA 1LWHA 3PZNA 4HOZA 1W9UA 1GHSA 4AEEA 1JGIA 1JDCA 5E6YA 4W5ZA 5A8MA 5A6MA 3PHAA 2G3JA 2CBUA 4RE2A 3VUPA 1VJZA 2WK2A 5D4YA 1NH6A 1JIBA 5E6ZA 3T2OA 4CD7A 2V3EA 2OSXA 3KL0A 1OSEA 3AI0A 1QBBA 2O9OA 1NOUA 3CZKA 2CPUA 1UWUA 5FKYA 2RGLA 3MO4A 4PMUA 4UZUA 2VUYA 4AZCB 5A6KA 1E40A 3TTQA 2WVVA 4E8CA 4JKKA 1H2JA 1C7SA 2DT3A 1GQJA 3A47A 1MQRA 1UWSA 1CXIA 2TAAA 2YL8A 4GINA 1H5VA 2WKLA 1OM0A 2CETA 1U30A 2Y24A 3QOMA 2XVLA 2FGZA 1E6RA 1OGGA 1CLXA 4GZIA 1C8QA 1ZJAA 3FY1A 4CU7A 1WDRA 4UR9A 1GQKA 3WMCA 2XUCA 3WDQA 1CLVA 3VD5A 4JCMA 3FHAA 1HJWA 1ISVA 1B3XA 1JNEA 5A6LA 1B3WA 3L2MA 3BAKA 4NZCA 3WUEA 1CGXA 4NI3A 1PX4A 3TP4A 2XTKA 2NW0A 2O92A 1IT0A 4BZYA 2JIEA 4BQ3A 1UR0A 2VZTA 1E4NA 1J18A 2XM2A 3AJ7A 3GBDA 5C71A 1WE5A 3VDHA 2PWHA 1CWYA 2VZSA 2G8ZA 4X0VA 2PC8A 1ISWA 1W91A 3ZOAA 2YLLA 3OIHA 3O2LA 3FW6A 1JI2A 5FIPA 1A3HA 1BG9A 1NWTA 1PAMA 1WDQA 3GH5A 1D7FA 1WP6A 4MNMA 4UQDA 3VDCA 2ZX9A 3MV01 1J9YA 1QI5A 3AMDA 1V3MA 2WMHA 1ZBKA 2WNWA 1UKTA 1FFRA 3AS1A 4PCSA 3CUIA 4XV0A 1EGZA 3CGTA 2C7FA 3UG5A 3FAWA 3WQ6A 1UR8A 2GSJA 1HNYA 3CUFA 1IV8A 1PBGA 1UR4A 3PZQA 2DDXA 4AD0A 3I3DA 1GUVA 4L4OA 2CIPA 1JD9A 2DSUA 4JL1A 5ECUA 3ZT7A 2ZXBA 4PN2A 3AIRA 3ZMRA 3UESA 3MUAA 5DFAA 2D0HA 4JFTA 3WQ5A 4EKJA 4W93A 3B9AA 2CCRA 4ZXLA 5DO8A 1GORA 1BYAA 3A4AA 3RM8A 3N15A 3MU7A 3CH9A 4B9YA 2JIWA 4X0NA 4CUCA 3ZJKA 5I23A 3O9NA 2HVMA 4HMCA 1E6ZA 3SCVA 1Y7VA 2XG9A 1VEOA 2J7GA 3ZR5A 3QOKA 4PYSA 1FH9A 1RPKA 4UQCA 2Z1SA 1BF2A 4GI9A 2XFYA 4HU0A 2VO5A 3L4TA 2AAAA 3LPPA 3M46A 3U5YA 4F8XA 3ZO9A 4LPCA 3WH6A 1GJUA 2PBOA 4Q7NA 2PWGA 1CXEA 2ZUMA 4PMDA 1PEZA 2CBJA 1MFVA 4U31A 3WD4A 3SCWA 3W28A 4BS0A 2WHJA 2D0FA 1GOIA 2OYLA 1E15A 5AYBA 1V0KA 4AZBA 4ACZA 1B3YA 5FOOA 3WQWA 2QLYA 1EDQA 3VPLA 2AMGA 1UWTA 7TAAA 3DYMA 4WKFA 3D5HA 1UD3A 2YBUA 1CTNA 1KXHA 3W24A 5BRQA 1HKKA 2DIJA 3ZM8A 4Z2GA 2DT0A 4RE3A 4UFJA 1Q4NX 3KL3A 2ZX7A 1HL9A 2V3DA 5CPTA 3TA9A 2V5CA 2G3NA 1BGAA 4KGLA 4E4PA 1WKYA 1GOOA 4ATDA 4V2XA 2A3BA 2D20A 1K6AA 1BAGA 5ABFA 4XZBA 4M1RA 4PTMA 1C3FA 3SCSA 3GXDA 4J3XA 2E40A 4P8WA 5DT7A 4ZFMA 1TG7A 5A2CA 5HPOA 1PIFA 1V0NA 1EQPA 2VL4A 2BHYA 1N82A 3FHQA 3B8SA 3AICA 3CHCA 3SEPA 3BXWA 2BNJA 1J11A 2W61A 1G0CA 1W3HA 3A3HA 4ACZB 2VCAA 2JEQA 4MDOA 1J0HA 1KWGA 2WAGA 3W6LA 3AHXA 4OKDA 1NARA 3U57A 4WF7A 4D1JA 3UEQA 1JZ8A 4QCEA 5GNXA 1QI3A 1SFSA 1I1WA 4U5KA 3W26A 2BY0A 4HTYA 3THCA 4GQQA 5FCZA 4OZOA 1LF1A 5AYIA 1C91A 1R7OA 3VD9A 5JUVA 2WANA 2X0HA 3G6MA 2WLZA 4MB3A 5ABFB 4MJ2A 4XX6A 3WUGA 3NJ3A 2JFEX 1J0JA 3G6LA 4PRWA 3VIOA 1G9HA 2W62A 2J7CA 5E09A 3MS8A 2PBGA 3SUWA 3OGRA 4J7RA 2V5DA 2VTFA 1E4LA 4DWSD 1IZKA 1AQ0A 1CDGA 4DM2A 4U2ZA 2Y2WA 3AQUA 4NF7A 3K46A 4F66A 2XFFA 1BG4A 3BMWA 1F4AA 3SCTA 5BRPA 4JAWA 4M82A 3WL1A 4HOXA 1G94A 4J3VA 1UUQA 4C7DA 5A3HA 5HNNA 3W37A 4KMQA 1C8XA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WVU A;  4AD3 A;  4DUW A;  1E9L A;  3CLW A;  1W32 A;  1XH2 A;  3RPM A;  3IK2 A;  5AC4 A;  1K9T A;  4IIS A;  3A6O A;  2IXV A;  5E0F A;  1E1F A;  1LL7 A;  2XPK A;  5I24 A;  2WMG A;  4GI8 A;  4AZG A;  1XH1 A;  1BSI A;  4CU8 A;  3T2P A;  3DYO A;  2CEQ A;  3AML A;  4HPG A;  1U33 A;  3GYC A;  1W9D M;  2ZUU A;  3T0D A;  4GQR A;  4MB1 A;  4D6C A;  1DTU A;  2ZX6 A;  2YL5 A;  1KBK A;  1WAW A;  4LYP A;  1JZ3 A;  1R87 A;  3FXY A;  1V3J A;  3PZM A;  1GVY A;  3W29 A;  1J0Z A;  3ARY A;  4P7O A;  1BYD A;  3WD2 A;  1VEP A;  2UY5 A;  4F9D A;  4C7G A;  1E73 M;  3EDD A;  3AIV A;  4U5I A;  4MTV A;  1E3Z A;  1EDG A;  1X1N A;  3UER A;  3CMJ A;  1MWO A;  4V27 A;  3OB8 A;  3VIF A;  2ZWZ A;  2ZXD A;  3AXX A;  2X2Y A;  1OT1 A;  2G41 A;  3N9K A;  3AMK A;  2UWF A;  4KGJ A;  1OIF A;  1JAK A;  1E0V A;  1WZK A;  2WXD M;  1FP8 A;  2JF7 A;  1HKM A;  1HT6 A;  3DEC A;  3QHM A;  3WNO A;  4W84 A;  4UFH A;  3CUH A;  1M03 A;  2CHN A;  4Y7E A;  2ZWY A;  3ZJ6 A;  1BLI A;  7CGT A;  3F5L A;  1XGZ A;  2J74 A;  1ODU A;  2D3L A;  3PBG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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