3H08A

Crystal structure of the ribonuclease h1 from chlorobium tepidum
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
144
structure length
139
Chain Sequence
EKTITIYTDGAASGNPGKGGWGALLMYGSSRKEISGYDPATTNNRMELMAAIKGLEALKEPARVQLYSDSAYLVNAMNEGWLKRWVKNGWKKPVENIDLWQEILKLTTLHRVTFHKVKGSDNPYNSRADELARLAIKEN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Rnh (Ribonuclease H)
publication title Structure, stability, and folding of ribonuclease H1 from the moderately thermophilic chlorobium tepidum: comparison with thermophilic and mesophilic homologues.
pubmed doi rcsb
source organism Chlorobaculum tepidum
total genus 47
structure length 139
sequence length 144
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3h08A00
4CJLA 3ULDA 4DTOA 3LDSA 2LSNA 3KK1A 1Z25A 1JLFA 2RKIA 1NOYA 4PY5A 3DRRA 4BE2A 2OZSA 4F8RA 3E01A 4AHRA 3L3VA 3NGZA 3HM9A 2D0AA 1R0AA 4N76A 3QEIA 3DOKA 3SZ2A 3TR8A 4CK2A 1SL2A 4CJKA 4DG1A 5HRSA 3UIQA 1RTIA 5KI6A 1NKEA 4M3TA 2IAJA 4C8KA 3AVGA 2OPQA 3S3OA 1FK9A 1NJYA 3VA0A 3VQ6A 4C8OA 2FBTA 4B9NA 4CF2A 3HPGA 3ZT0A 3NF7A 3K57A 4HTUA 4FLZA 4KI4A 4QAGA 5KTQA 2OZMA 3QEPA 3LZIA 2B6AA 4QOZB 3EYZA 3NDKA 1KVAA 4E3SA 3VQ5A 4DLEA 4NCBA 1RT6A 1I39A 3TABA 4F3TA 3QIOA 3AVMA 4E7KA 4BDPA 4KHWA 2GUIA 3AA2A 4ZTFA 1D8YA 4PQUA 1HYSA 1NOZA 3IAYA 1LV5A 3V9ZA 1L3VA 1LAWA 3DLGA 1W0HA 3SUOA 4BACA 2HHVA 1CXUA 4Z4HA 3S3MA 4RW9A 4CHNA 3RR7A 1C1AA 1UWBA 5C25A 3SUNA 4KFBA 1DLOA 3L2VA 2Z1JA 3QNNA 3DLBA 1SKRA 4I9QA 2YKNA 3MXIA 4HCCA 3OS2A 3SJJA 1VSMA 2Q3SA 2GV9A 3SV4A 1EP4A 5HROA 2KTQA 2HHSA 3KLGA 2ZQBA 3P5JA 4DS5A 3AVJA 2R7YA 1TK0A 1C0MA 4FVMA 4IFYA 1TAUA 3WNEA 3MEDA 4ID5A 4XIUA 3RMBA 3MEEA 4BE0A 1Z26A 1B9DA 1ITGA 4EZ6A 4CF1A 1LW2A 3QINA 4I7FA 4PA1A 3CFRA 1LWEA 3JYTA 3OS0A 2HNYA 3EY1A 2W42A 3RR8A 1RDAA 2XY6A 3L2QA 3OYCA 4LH4A 3DLRA 2YHAA 2BDPA 3MXJA 4G1QA 4M42A 1SL0A 3V1QA 4FZXC 2IGIA 3EZ5A 5JS1A 5KGXA 3OYMA 3LZJA 4CEAA 1I3AA 3LAKA 4MFBA 2JGUA 4J2BA 2EX3A 4TSXA 1X1PA 3L2RA 1X9MA 1YT3A 4B8AB 2QXFA 3ZSYA 4FJ8A 1UAXA 3P1GA 5I42A 3MAQA 1TKXA 1LWCA 4CK3A 4CJ4A 1JXEA 3VQDA 3S3NA 3DMJA 2IOCA 1BQMA 1VSIA 3AO5A 3NGYA 4KHSA 4NCAA 2KZZA 5HLFA 1C1BA 3ZSOA 4CECA 4BWJA 2YKMA 4O0IA 1ZBLA 3NFAA 2QK9A 1T03A 1BHLA 4AHCA 4M3ZA 3VQBA 4E19A 1KVCA 3CQ8A 1LWFA 3U3GA 4DQRA 3M8QA 5J2QA 4I2PA 1BIUA 1BCOA 2HVHA 3AVHA 3ZT2A 3KJVA 3V9XA 1NJZA 3IRXA 4DWIA 4CJ5A 3PV8A 4F2SA 1UA1A 3VA3A 1JXBA 1WSJA 3ITHA 4ID1A 4HVJA 3NH0A 3SQ0A 4FLTA 3PO4A 2VG5A 3AVKA 4KAZA 1JLCA 1WAFA 2KW4A 4CEEA 4CF9A 3SPYA 4KPYA 3LP2A 4CIGA 3TAPA 3L8BA 2X74A 3QEXA 3HT3A 3TARA 3CFOA 1VRTA 4CF0A 1JKHA 4ZHRA 4W5TA 1G15A 4FLXA 3TAQA 2HHQA 3K5OA 4ELVA 4FZYA 1HYVA 3OYFA 4J2DA 1GOCA 5C24A 3K5MA 5CYMA 3BDPA 4RW7A 4IKFA 2D0CA 1CZBA 3HYFA 1TK5A 1IKWA 4Z0UA 4B9MA 3LPTA 4CIFA 1RT4A 2DY4A 1XI1A 2RN2A 3SPZA 4OLBA 4WE1A 3F73A 5EU7A 2HMIA 3C95A 3HVTA 3LAMA 4RW4A 1CXQA 4DSLA 2F8TA 4KRFA 1RBVA 5SWMA 2RF2A 4OLAA 2G8UA 1BIZA 1XWLA 3KKRA 4FLWA 3DM2A 3AA4A 2B5JA 4FJHA 4KV8A 3AA3A 1NK7A 4LH5A 3D0PA 3OYAA 4FLUA 1UA0A 1S6PA 3I0RA 3NHGA 1YVUA 1RBTA 3K2PA 3QEVA 2G8VA 3RWUA 4FLVA 4OPJA 2O4GA 1SUQA 3AO3A 4F4KA 4DTSA 1RDDA 4FM2A 4DF4A 1RILA 1S9GA 1KCFA 4KO0A 1VK0A 3WNGA 4CEZA 2Z1HA 4CEOA 1L3SA 4N47A 4QCLA 4FK0A 3ZSZA 4HUEA 2HNZA 3AVLA 4CGIA 3DLEA 2OPPA 3V1OA 2XY8A 3WNHA 1N5YA 4OJRA 4I2QA 3QO9A 1WSEA 1S5JA 4LSNA 4W5OA 3C94A 3NGIA 1WSFA 1ZBUA 2Z1IA 5HBMA 3U3YA 2Y1IA 4DQPA 3AO2A 1JL1A 2DFHA 2YHBA 3ALYA 3M8RA 1ZYQA 2G8WA 4CHYA 1KLNA 2E6MA 4E1MA 4JS5A 1GOBA 4C8LA 1HNVA 4AH9A 3AV9A 4LD0A 1RBSA 1KFSA 3C6UA 1Q8IA 4OGCA 1QSYA 1UOCA 2YNHA 4I9LA 3V81A 3F9KA 4DFKA 4F3OA 3B6PA 1KSPA 3HP6A 1WSGA 2PYLA 4CHQA 3OYJA 2DFEA 3TI0A 4CF8A 4N5SA 3HPOA 4DSJA 1IKVA 3V9SA 1NKBA 4IG0A 1C1CA 2FBYA 2P51A 3DOLA 4W5RA 1X9WA 4EZ9A 4FJ9A 3RTVA 4CEFA 4PWDA 2ZE2A 4EP5A 2G8FA 4CJQA 4DTPA 4O44A 2YNIA 4H4MA 4CEQA 4DFJA 3VN5A 3RRHA 1RT3A 4DMNA 3MXMA 5KGWA 4GMJB 3VQ9A 1ASUA 2BE2A 3OYNA 4FK2A 4C8MA 4HCBA 1TK8A 1GOAA 1D5AA 3OYLA 4KHUA 5CY4A 4K8ZA 2HHWA 3OYGA 4DTUA 3ZT1A 4CJFA 1RT5A 2IDOA 2QKKA 2B4JA 3HVRA 2O4IA 1DTQA 1HYZA 3AVBA 2YNFA 1A5WA 1NKCA 2PZSA 3CG7A 3O3HA 3SV3A 2A1RA 1SKWA 4CCHA 3QESA 5D3GA 2XHBA 1JLAA 2HB5A 3ZCMA 5K14A 4CEDA 4CK1A 1U48A 4KHYA 4OGEA 4DU3A 4NCGA 1CLQA 3K5LA 1J5OA 4KTQA 1D9DA 2ATQA 1W9HA 2XY7A 1Q9XA 2RPIA 2HW3A 3OYHA 1YTAA 1RT1A 1EXQA 3BGRA 2HVIA 4R5PA 2ETJA 4PUOA 1HQEA 1WSIA 3OYEA 4DQSA 3TANA 4ZTJA 2AJQA 3T1AA 2E4LA 3LANA 4CHZA 4CJVA 4DLGA 4FYDA 1RDCA 1HJRA 1NJXA 1WLJA 1RBUA 1RDBA 2YV0X 5CZ2A 4Q5VA 3NF8A 3HXMA 4W5QA 1YTUA 1X9SA 1N6QA 4KTZA 4JRQA 3KLHA 3RMCA 4N56A 5HRRA 3TAFA 4FW2A 4B8CA 3VQ4A 1WSHA 1KRPA 2OA8A 4GW6A 2VG7A 3JSMA 3V6DA 2G8KA 1ASVA 4Z4FA 4Y1CA 1JLBA 1TL1A 4L8RB 3ZT4A 4FJJA 2F8SA 3TAMA 3OJSA 4FZZA 2VWJA 2WOMA 4Z4CA 4NYNA 4KKOA 1QSLA 4OVLA 2XO7A 4Z4GA 4CFAA 3LP1A 5J2PA 3TAGA 4FCYA 4JS4A 1RCHA 4OPKA 3RRGA 3NF9A 1T8EA 1BI4A 4FJIA 4BDYA 4J2AA 5J2MA 1ZBHA 3NH1A 3THVA 4Y1DA 3OY9A 5DMRA 4FJXA 3QETA 1A5XA 5T7BA 4CJ3A 2DTUA 1TKZA 1IO2A 1VSHA 4H8KA 4HUGA 1BI4B 1TGOA 4CHPA 4AILC 5J1EA 1U47A 2G8IA 4DTMA 1ASWA 2HNDA 4FW1A 4DTRA 2YNGA 4GVMA 3LP3A 4YFUA 4CGHA 4B9TA 1SL1A 4DS4A 1VSKA 2X78A 3L2UA 3P83D 3LWMA 3IS9A 2P5GA 3AVFA 2BANA 4RW8A 4IG3A 1ZBFA 3ZT3A 1JL2A 4CHOA 4W5NA 2IS3A 5E41A 4CGDA 2ITGA 3U6FA 5DK5A 1LW0A 3NBPA 4KTWA 4OKEA 4IBNA 2HHTA 3HJFA 3CM6A 3KD1E 3B6OA 4DQIA 4AHUA 4E89A 4DSIA 4CJUA 3DI6A 3SI6A 1RBRA 1U04A 4FK4A 1KFDA 3M8SA 1FKPA 4C8NA 3S9HA 1K6YA 4FJ5A 1B92A 4DTXA 3ZSWA 1VSEA 4OKKA 3QNOA 1NK8A 1IKYA 4BWMA 2PYJA 4KB1A 5CYQA 1L5UA 4DTJA 1JLEA 1KTQA 3PUFA 3QERA 3CYMA 1QE1A 1JLGA 1EETA 3VQAA 4M3YA 3AVNA 3HP9A 4MQ3A 4KB0A 2Y1JA 3HSTB 3SQ1A 4N41A 4DFPA 1SKSA 3KTQA 1WN7A 2P5OA 4DSKA 3OYBA 3SNNA 1REVA 4DU4A 1J54A 4RG8A 3T19A 4Z4IA 3H08A 4ICLA 1RNHA 4JRPA 1U45A 2WONA 4E7JA 4KHQA 3PY8A 2VWKA 4B9UA 3DRSA 2QKBA 3AVCA 3PX6A 3SQ2A 4Q0BA 4B08A 4O55A 4YNQA 3OJUA 4DU1A 1TKDA 4B9VA 1HMVA 4E0DA 2KZMA 3AO1A 3LALA 3ZSVA 5KRTA 1LAVA 3VQ8A 3SCXA 1Q9YA 4M3RA 1BQNA 4FM0A 3DYAA 4FJKA 2HHXA 4BE1A 3NCIA 2XRIA 2NUBA 4M3XA 1U49A 1WNSA 4FLYA 4CIEA 1VSFA 4E1NA 3SYZA 4M3UA 1S1VA 3HPHA 4CJTA 3O4NA 4FM1A 4B9LA 5C42A 4KREA 3HL8A 4CJWA 1TAQA 2E6LA 3L2WA 4FJMA 3LPUA 3HK2A 4NYFA 2IC3A 1XHZA 4FJ7A 1TL3A 3OVNA 4CFDA 4CE9A 1JLQA 1QHTA 3KLEA 1J9AA 1IG9A 3KLIA 4LSLA 2X6NA 1T7PA 3O3FA 5FROA 2OPRA 4UQGA 4CJEA 4KHNA 2P1JA 4CGFA 2G8HA 4AHTA 2EHGA 2VG6A 3V1RA 4CFCA 1D9FA 1F21A 4FJLA 5KRSA 1QS4A 3OS1A 1VSJA 1L3TA 3DLHA 4O0JA 2FC0A 4H4OA 5HRPA 3K59A 1VSLA 4CEBA 4CGGA 4J2EA 4O4GA 2KFNA 3MEGA 1BISA 3QEWA 1B9FA 4LY7A 1QTMA 3TWHA 3HO1A 4DQQA 3NE6A 1CZ9A 2GBZA 3G0ZA 4B9SA 4E7HA 3WNFA 5CZ1A 4KI6A 1HPZA 3ISNC 4M41A 3PX0A 3KD5E 3I0SA 1NK4A 3K58A 2XY5A 1HNIA 4E7IA 1EKEA 1SV5A 4M45A 1C6VA 3A2FA 1QQCA 2DFFA 2KQ2A 4ELUA 3AVAA 1J53A 3AVIA 4HUFA 1RTDA 3PO5A 4M3WA 1RTHA 3L3UA 3DLKA 1L3UA 3V9WA 4DSEA 3TAEA 3KK3A 3KKSA 3NAEA 3CFPA 3AO4A 3SUPA 4E7LA 5HP1A 3NF6A 5FRMA 1NK0A 2OPSA 1O1WA 4B3OA 3IG1A 1Y97A 3CM5A 5JS2A 3LP0A 4AHVA 4FJGA 4Z4EA 2OYQA 4EP4A 1DTTA 2ZD1A 3ASMA 1U4BA 2X6SA 1WAJA 2FBVA 3ZSXA 1TKTA 4FJNA 3M8PA 5SZTA 1EX4A 1HRHA 4RW6A 4FXDA 4CFBA 4ELTA 1FXXA 1VRUA 1QSSA 3VQEA 4F2RA 3VQ7A 1XHXA 3I8DA 5HRNA 4DFMA 4CJRA 4O5BA 3G10A 1KVBA 4OKJA 4CGJA 3KIOA 3OYIA 3AA5X 3DRPA 1NJWA 1RTJA 3K5NA 3V4IA 3V9UA 2PY5A 3ZSQA 5FDLA 1S1UA 4CERA 4BDZA 4DTNA 1MU2A 3PX4A 3C6TA 3LWLA 5FRNA 1A5VA 1NK5A 3SUQA 3VQCA 1RT2A 3RMAA 3MECA 1ZBIA 3QIPA 4JLHA 1NK9A 1S9EA 1VSDA 1C0TA 4DF8A 3RMDA 2FBXA 4DSFA 2HHUA 2KFZA 1IKXA 1BL3A 3NH2A 3KK2A 2BGGA 1FKOA 3FFIA 3VQQA 3KLFA 4HHTA 1TV6A 4IFVA 1C0UA 4CJPA 5I3UA 1NK6A 2F96A 4K8XA 1XC9A 1KLMA 4CJSA 3O3GA 2D5RA 4AHSA 5J2NA 2A1SA 2JLEA 4CESA 3OYKA 3ZSRA 1BCMA 1S1XA 2D0BA 3OYDA 1HQUA 2Z1GA 3T3FA 1S1TA 1IH7A 1BGXT 3VQPA 1S6QA 4IDKA 1S1WA 3SQ4A 1T05A 1TVRA 1RT7A 3QLHA 3D45A 3O4QA 2I5JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJLA 3ULDA 4DTOA 2LSNA 3KK1A 4AM6A 2RKIA 4DQ8A 4PY5A 2OZSA 4BR4A 4F8RA 4YY3K 2Q0UA 3NGZA 3OBWA 3DOKA 3TR8A 1U2VB 4CJKA 4DG1A 4JKGA 1RTIA 1KAXA 4C8KA 3S3OA 4NLCA 3VA0A 4C8OA 4CF2A 3CCMN 4KH6A 2ZM6K 2OZMA 2GELA 3LZIA 3VQ5A 4DLEA 4NCBA 1RT6A 4EHTA 3TABA 3QIOA 4FWRA 3RVCA 3VEXA 4DV4K 4DR7K 1OH8A 3AA2A 1D8YA 1NOZA 5LMUK 1L3VA 2P9IA 4GV9A 1CXUA 2P9KB 3ENHA 3GBTA 1C1AA 3BP8A 4KFBA 2Z1JA 3DLBA 4A5AA 3MXIA 3OS2A 2Q3SA 5HROA 3P5JA 1TK0A 1C0MA 4IFYA 3WQTA 1TAUA 4ID5A 4XIUA 3G25A 1Z26A 1ITGA 4CF1A 3AAQA 2HNYA 2O8BA 4B3SK 3RR8A 4M42A 1YI2N 3ZX0A 5CHIA 4JI4K 3LZJA 1HNZK 4CEAA 3LAKA 5M1PA 3IKMA 4J2BA 5M1NA 1X1PA 4KBOA 1YT3A 3UE5A 4FJ8A 4JV5K 4QS7A 3MAQA 1MWKA 4AM7A 2IOCA 4KHSA 3AO5A 4NCAA 3VERA 1C1BA 3ZSOA 2E20A 4O0IA 3QFPA 1BHLA 5C10A 2ZJRL 3O80A 3VQBA 1KVCA 3O8MA 3M8QA 5J2QA 4I2PA 1NGDA 1BIUA 1BCOA 3AVHA 3ZT2A 4DWIA 4F2SA 3ZYYX 3IRXA 4DUYK 1NGIA 1JXBA 4ID1A 3PO4A 2VG5A 4B3RK 1WAFA 3R9PA 3WEEA 2RHKA 3ATUA 4CIGA 2X74A 3CFOA 2F9WA 1VRTA 5A2QO 3CJ9A 4ZHRA 4W5TA 3TAQA 3K5OA 2PBDA 3K5MA 1EQYA 3J81O 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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