3H3NO

Glycerol kinase h232r with glycerol
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
501
structure length
501
Chain Sequence
AEKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYRFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
total genus 185
structure length 501
sequence length 501
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3nO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3nO01
2VWBA 2ZGYA 2Q1NA 4M7XA 1X3MA 3HM8A 1X3NA 4ISEA 1IJJA 2YCHA 2WUSA 3GE1A 1C0GA 3A0IX 1QZ6A 5F1XA 2J4RA 3O1BA 3VEVA 5BPLA 3GOIA 4H0TB 4B9QA 5JMVA 3GDQA 1NWKA 4FPBA 5BREA 3IUCA 3CIPA 4PL8A 2NLXA 5ELZA 3I33A 4MO5A 2P9UB 3JS6A 4IJAA 4IZ9A 3AAQA 4H5WA 3SK3A 1HPMA 2ASOA 3SMSA 3CJ7A 1GLFO 2P9NA 4BRHA 2AA4A 3L0QA 4H5VA 3D2FA 2F9TA 2YJFA 2FSJA 3H45C 4WQ5C 4H0XB 5KQ8A 3WXLA 3DXKA 1RDWX 2W40A 5LY3A 3FZLA 4JNEA 1P8ZA 3O8MA 3CJCA 1IG8A 3DJCA 3ULEB 1MWKA 3ZEUA 4BR9A 3HTVA 1S3XA 4FPAA 1K8KA 2BUPA 4EHUA 3GG4A 1QHAA 4BGBA 3MN6A 3WT0A 4NB4A 1HJOA 4BRCA 5EVZA 1XQSC 4BRNA 4BC2A 4GNIA 3DXMA 1GLCG 3S41A 4CZLA 4YDUC 3KZBA 4FOEA 3R6MA 5E26A 4CZJA 2YHXA 3CI5A 3AY9A 2ZF5O 3WUHA 3U9ZA 1MDUB 2D0OA 3CJ1A 2CH6A 2CH5A 1E4GT 2A6AA 3MK6A 3SJHA 1GLAG 1ATSA 1YAGA 1WOQA 1NGDA 1QZ5A 3LM9A 4JAXA 4O8KA 3WXJA 4F9OA 5F0XA 3VEOA 3C0BA 3VENA 3DAWA 1GLEG 4IJNA 2E20A 2CGJA 4DHYA 2GWJA 1XC3A 2QWOA 2UYTA 3BP8A 5AQQA 5BPNA 2P9PA 3VETA 3UKUB 4H0YB 4XH5A 4BC4A 3U8XA 4CZKA 4Z94A 1ZXOA 4E1JA 2Q31A 1LOTB 3M6GA 4H0VB 4WYBA 4CZHA 4FWKA 2ZGZA 4RTFD 4MLHA 3MN9A 3BF3A 4BROA 2D0PA 4Y0WA 5KPZA 1RGIA 4PKHA 5BRHA 1YUWA 3FR0A 4CZIA 5AQSA 2IVNA 1SZ2A 4FSVA 4JHDA 3VF4A 3D2EB 1ZC6A 5AZJB 1U2VA 3CJ9A 4EIAA 4BR5A 5EY4A 5AQPA 3WEEB 1JCFA 3M3ZA 4MLEA 1RFQA 4B1XB 3A5LC 3QFPA 2QW9A 4BRQA 3A5MC 3VESA 3VEXA 1BA1A 1QQOA 3ZETA 2P9SB 2HMPA 3QMLA 4FWLA 4XH1A 5AQIA 3QDKA 5AQUA 3J8AA 5JLFA 1T6DA 4AM6A 3A5NC 4B1UB 5FPNA 3KHYA 3UKRB 3GL1A 5AZIB 4K41A 2IIRA 3FE1A 4CZEA 3CQXA 2IVOA 4FO0A 1WUAA 2GWKA 2P9UA 5TKYA 2E2PA 4BVPA 3EN9A 4BRAA 3D7EO 1YXQA 4PKIA 2IVPA 5KPTA 3FGUA 5AQNA 3EKSA 3HSCA 4BR2A 1NGGA 2NRHA 3R9PA 2A41A 1NGBA 3KVGA 3ID8A 4FWRA 1HKGA 3WQUA 2GELA 4BRIA 2A40A 3ZX3A 2I7PA 4BRPA 3ULEA 3IFRA 3MN5A 4ISFA 3QB0A 3ENHA 4HTLA 3AAPA 2CGKA 4LC9B 4XH4A 1NLVA 3L6QA 4K42A 3MN7A 2P9NB 4CBWA 5ADXA 2P9KB 5AQVA 3QFUA 2Q0RA 2E8AA 5BN9A 3ZX0A 2A42A 1HKBA 3O1WA 1KXPA 3W3DA 4BG9A 5BN8A 5AQRA 1J6ZA 2FSKA 5AQHA 4PKGA 2HOEA 3RSEB 3ATUA 3MMVA 3EKUA 3VF6A 3SMPA 3VEWA 5CE3A 1MA9B 4JD2B 3EO3A 4CBXA 4B1YB 1ATNA 2A3ZA 3DXMB 3H1VX 2P9LB 2PAVA 2ZWHA 4BQZA 1V4SA 4DB3A 5BPMA 2AP1A 3UKUA 2P9IA 4FWQA 3WQTA 4EHTA 1Z6RA 3LDOA 4BGAA 2V51B 4CZMA 3BEXA 3CQYA 3QBXA 3U9DA 1X9JA 4BRDA 5F2RA 1HUXA 3VGLA 5AQLA 1JCGA 3C7NB 1YVNA 3UB5A 3IMXA 2E2NA 3OHRA 1NGCA 1DEJA 2D4WA 4DCHA 4IXCA 1T6CA 5ADXH 1BO5O 5AQMA 3O08A 1GLDG 2NZTA 4BRMA 4IWVA 4B1VA 5AZJA 3L4IA 1KAZA 4KBOA 2FLOA 1BU6O 1U6ZA 1Z05A 4I6MA 2FF3B 3HBTA 5KQDA 4CD3A 1TYQB 4A2BA 1E4FT 5AQJA 3I8BA 3VGMA 4ISGA 2DPNA 4NO7A 2Q97A 3WXIA 1HLUA 2P9SA 3R8EA 4RWTA 3A8YA 2ASMA 1NGEA 1NBWA 1G99A 1XUPO 3CHWA 5FPEA 5FPMA 4JHDB 3MDQA 4HWIA 3QICA 3F9MA 3H6EA 3WXKA 3FZKA 3G25A 5AR0A 1HKCA 2V7ZA 4JN4A 2V7YA 3UKRA 4C23A 4CZGA 4H0OA 3ENOA 4M63C 5E84A 5AQZA 4BREA 2ASPA 2E2QA 2FSNA 4QS9A 4BRLA 5EOYA 4BR0A 3ZETB 2QWLA 2ITMA 2HF4A 4WQ4A 4M7YA 2QM1A 4DQ8A 1S22A 4K43A 2E1ZA 1NGIA 3VF2A 4FWSA 5BR9A 4CD1A 1NGFA 5BRDA 1GLLO 3CJBA 5BRFA 1BA0A 4H5TA 3A5OC 1NGAA 2E1YA 1BUPA 4PL7A 2GTDA 5LJVA 3FLCO 1H1VA 4BG8A 5AQWA 1KAXA 4A61A 1MWMA 1LCUA 2QWNA 4QS7A 5AFUA 4H03B 4BC3A 3AARA 4QS8A 5AQXA 2GUPA 4FOIA 4FWNA 4BRGA 5KPRA 2CGLA 1C0FA 1GLJO 3LDLA 3SLCA 4CJ7A 3BF1A 5I9EB 1GLBG 4MO4A 2A5XA 4L3QA 2P9KA 3D2FB 3LDPA 4EAHD 2BTFA 1BOTO 1ZBSA 4CBUA 3O5BA 3VGKA 1HX1A 2GEMA 1NGJA 2QWRA 3O80A 5EX5A 2I7NA 2H3GX 3DXKB 1SQKA 5AQTA 3FZHA 3VPZA 1BWFO 4BRKA 1JCEA 2Q0UA 2YI1A 4BVOA 2QWMA 2QWQA 5LJWA 3RSEA 3LL3A 3VERA 4CZFA 4WQ5A 2Q36A 2D1KA 4FWPA 3ZEUB 4BR7A 5JLHA 3DWLA 3EL2A 4J8FA 4BC5A 1NM1A 1K8KB 1NMDA 2E2OA 3H1QA 4H5RA 4A62A 3VEZA 3LM2A 3FFKB 1DKGD 4JD2A 1TUUA 4IO8A 4A2AA 1BG3A 3W0LA 2P9LA 4FWMA 3M1FA 2YHWA 1TUYA 3LDNA 4XEIA 1V4TA 1EQYA 4H5NA 4CI6A 4B1ZA 5AQOA 4FWOA 4YDUA 3EZWA 5AQFA 2VYPA 5AFUH 4GY2B 3U4LA 3C7NA 2Q2RA 3HI0A 3MCPA 4BR4A 1T44A 5AQKA 2W41A 4RCHA 5AQGA 4BRFA 5B8HA 2QWPA 3QBWA 3IDHA 2FF6A 3BUZB 2V52B 3D2EA 4H0PA 2P9PB 2P9IB 2PBDA 3H3OB 1DGKN 1BDGA 1R59O 3GBTA 3O6WA 3CETA 1TYQA 3WEEA 3TPQA 3CJAA 4BQLA 1ESVA 1D4XA 2F9WA 3VOVA 1NGHA 2OANA 3HZ6A 4K25A 2EWSA 1SAZA 3TU5A 5FPDA 5EXWA 4AM7A 1QQNA 3ZX2A 3CERA 2QXLA 3LDQA 2YHYA 1CZAN 3H3NO 3P4IA 3FZMA 1ATRA 1KAYA 1Y64A 2KHOA 2E88A 3FZFA 3JXUA 5AQYA 1U2VB 2HF3A 3ATVA 4O5FA 4I6MB 5AZIA 4WQ4C 3H46O 2FXUA 4FL9A 1QQMA 1Q18A 4EFHA 3VEYA 4B1WB 5JICA 2VCPA 3UE5A 3B8AX 1OKJA 3O4WA 2YJEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q1NA 4KI4A 4ISEA 3HM8A 4CJEA 1C0GA 2IDOA 3A0IX 4FLYA 3CQ8A 4KHPK 3IAYA 1JL1A 4CJQA 5C42A 3NGYA 1YITN 1NWKA 4A57A 4AHTA 3CIPA 4JKGA 4DR2K 3I33A 4MO5A 3JS6A 2FBXA 4H5WA 3CJ7A 4JI0K 2P5GA 4BE1A 3AO1A 2F9TA 4CJUA 4LD0A 3NF9A 1YJNN 1ASWA 3DXKA 3PUFA 3CCJN 5LY3A 4K8ZA 2BANA 3O9RA 4JNEA 3K0SA 4YOYA 3E9PA 5M1QA 4TSXA 1J54A 3ZEUA 3D6RA 3MCAB 5DMRA 4B3SK 1Q8IA 4CK3A 4FJNA 3MN6A 1XQSC 4FZZA 1RT1A 4CJLA 4CZLA 4LFCK 2HNDA 3AVFA 3QETA 1QQCA 2YHXA 5C12A 3CXCM 3TANA 3NGZA 4KB1A 1KFDA 3CJ1A 3AO5A 4A59A 3E1YA 1E4GT 1WSHA 1LWCA 3RTVA 4Z4FA 2UU9K 1YAGA 4CJRA 1QZ5A 1IKVA 1T3VA 3WXJA 1DTQA 3NFAA 4B3RK 2JLEA 3C0BA 3T1YK 1GLEG 4DQQA 1LAWA 1NU0A 1C1CA 1HYZA 3BP8A 5BPNA 2P9PA 4Z4HA 1FK9A 4LFAK 4H0YB 4BC4A 3T1HK 3U8XA 2NRXA 4Z94A 1ZXOA 3KTQA 1LOTB 3M6GA 3I0SA 2GUIA 3SBGA 1U45A 1WSJA 1A5WA 4FJMA 3K57A 1NKBA 3OBYA 4DSEA 4HHTA 1VAZA 4PKHA 4YY3K 4DV0K 1SZ2A 3VF4A 3VQ5A 1VSKA 4E3SA 3D0PA 4OKEA 3P83D 5JS2A 2Q3SA 4EIAA 5EY4A 5AQPA 3M3ZA 1U47A 1QSYA 3VESA 1D9DA 4B8CA 2WBNA 1QQOA 5I42A 3ZETA 1EKEA 2X78A 4N47A 2P9SB 2HMPA 4O8UA 3E9LA 2ZJRL 4I9QA 2OTLN 4XH1A 5AQIA 5AQUA 5JLFA 3ZSZA 3J80O 3LDSA 4B1UB 5A2QO 1ITGA 4ILGB 1F21A 3GL1A 4CJ4A 1FW6A 1JLEA 3G0ZA 3FE1A 1VRUA 4CZEA 4Z4GA 2HNZA 4MDBA 1DTTA 4BVPA 3KWIA 3ZSQA 3D7EO 4IOCL 5KPTA 2IVPA 1NGGA 3PX4A 3HJFA 3R9PA 2PFUA 3DRSA 1NGBA 3OYNA 4YOXA 2I7PA 1J5EK 3DLGA 3IRXA 3HOSA 4W5QA 4ISFA 4HTLA 4DWIA 4JI1K 3NCIA 4ELTA 3CCEN 3L6QA 1EXQA 3QNOA 1YHQN 4CF0A 2E6LA 5AQVA 4F2SA 2HW3A 4O5BA 1W97L 3ZX0A 3ALYA 3F2KA 4DF4A 1KXPA 3VQPA 4PKGA 4CJWA 2NRZA 3ATUA 4M3UA 5FLXO 3K5OA 3VEWA 2XY5A 4FJLA 3OYBA 1RILA 2KFZA 1ATNA 3DXMB 2NUBA 4B8AB 2GV9A 4OKJA 3SQ2A 4DB3A 2AP1A 3AVGA 2FBYA 3L8BA 1K8AO 3UKUA 5GADP 3CC7N 4EHTA 2BH1A 2RKIA 4DV7K 2ZJPL 1VSLA 3LDOA 3VQBA 3SQ1A 1S1VA 4OJRA 3B6OA 4GKJK 3VGLA 4OO1J 1RT7A 3C7NB 3UB5A 4BDZA 4CFBA 1TKTA 3CMAN 1Q9YA 4BWJA 4CHPA 4DCHA 3F5TA 2HMIA 1GLDG 2O8EB 2OPSA 1LV5A 2F8SA 5AZJA 1NOYA 3C65A 4JKAA 3V9UA 2IS3A 5GINA 1LW2A 3L4IA 3QEIA 4KBOA 4JV5K 1BU6O 3AVAA 3LP0A 3HBTA 3LWLA 3OA9A 1CZ9A 3VN5A 5AQJA 4ISGA 1OH6A 1NKCA 4RWTA 4NXMK 2E4LA 4M41A 1X9SA 4B08A 3LZIA 4DTPA 4KI6A 5FPEA 3T69A 3F9MA 3H6EA 4DSKA 4E0DA 4C1NK 4C23A 1KQSM 1NK7A 2D0BA 3OYEA 3J7ZO 1SKSA 4H0OA 1YTAA 4JI7K 4M63C 1P90A 4DG1A 5KTQA 5IT9O 2KKZA 3WXMB 2ASPA 4FJ9A 2QWLA 2LSNA 5GAHP 4IOXA 2ITMA 3K2PA 2HF4A 4WQ4A 4EP4A 4DQ8A 3DMJA 1GOBA 2B6AA 4KH5A 1VSHA 3I56N 4CEQA 1CXUA 3C6TA 4KKOA 3CC4N 1TL1A 3R1XA 3PO5A 3HVRA 2E1YA 2UXBK 3FLCO 5AQWA 3V1QA 4JKGB 1MWMA 3J81O 5J2MA 2QWNA 4OVLA 4R5PA 4M45A 3AARA 4QS8A 1RBVA 4ILJA 4FOIA 1RT6A 1GLJO 3LDLA 4CJ7A 1GLBG 3SPYA 4L3QA 1RTHA 2BTFA 1R0AA 3S3NA 3KLHA 4M3TA 3VGKA 2QWRA 4AHVA 4KHSA 3DXKB 2H3GX 2QKKA 2O8BB 4OLBA 4I9LA 3VPZA 5HRSA 3SAHA 3RSEA 2I5JA 2PY5A 4KB0A 3HK2A 3ZEUB 4BR7A 3HYFA 1NM1A 1W2BM 2A1SA 3FFKB 1XI1A 4LH4A 4JD2A 1JLQA 1TUUA 1X1PA 2QEXN 2P9LA 4FWMA 4FJKA 1SL2A 1M1KO 4C8OA 4JI8K 3ZT4A 4CEEA 3HP9A 2VYPA 1RDAA 5AFUH 1WN7A 2D5RA 1ZBIA 4KTWA 2Q2RA 1LWEA 2YV0X 3C6UA 3MCPA 2HHQA 4DV2K 1RT4A 1YF5L 3E66A 5AQKA 3LPUA 1W9HA 4W5RA 3LWMA 2O8CB 5B8HA 4CK1A 1XMOK 3NBPA 4JKDA 3QBWA 3WNGA 3IDHA 4AHCA 2HHVA 2P9PB 1VQ9N 1IKXA 1UAXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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