3H3OB

Glycerol kinase h232r with ethylene glycol
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EKNYVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYRFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVAATQTFKFKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Structural characterizations of glycerol kinase: unraveling phosphorylation-induced long-range activation
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus casseliflavus
total genus 166
structure length 499
sequence length 499
chains with identical sequence C, O, X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2009-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3oB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h3oB01
3M3ZA 4BQLA 2VCPA 3ULEB 3CJCA 5I9EB 2GELA 3GE1A 5AQPA 2P9LB 3HI0A 1GLEG 1JCGA 4CZLA 4FWMA 2GWJA 3A0IX 1NGBA 2YHYA 3A5NC 3VOVA 1DGKN 3FLCO 3ID8A 1YUWA 4I6MB 3VEXA 3FZLA 3FZKA 1TUYA 4JNEA 4QS8A 2QM1A 3CJ9A 1V4SA 3ATVA 5AZIA 4CZJA 3GL1A 2NLXA 5AR0A 1C0FA 4F9OA 5BPLA 1YXQA 4FPAA 4H0OA 3A5LC 4M63C 5EVZA 3LDPA 2OANA 1NGCA 1WUAA 1V4TA 4BR9A 1BG3A 4EHTA 5AQLA 4DB3A 4BRLA 3BUZB 5EX5A 1BO5O 1NGJA 4KBOA 4B1XB 2W41A 4H0YB 3D2EA 2E1YA 2P9NA 5AFUA 5AZJB 2CGJA 2QWQA 1GLCG 3RSEB 3VEYA 4XEIA 5AQSA 1MA9B 1ATNA 4BRGA 4CBUA 4FWQA 5F2RA 2ASOA 3HM8A 1SQKA 2FLOA 4O8KA 4FWPA 2V7YA 1BA0A 2QWLA 1GLDG 3A8YA 4M7XA 5E26A 3ENOA 4H0VB 3VF4A 1RFQA 5EXWA 5AQQA 3QFUA 1BOTO 1U2VB 2A5XA 2YI1A 4H0XB 5AQRA 3VESA 3MN6A 4BC3A 3HTVA 2VYPA 3O80A 1GLLO 2CGLA 4MLHA 3L4IA 3LL3A 2PAVA 4MO5A 2D0PA 4JHDA 2QWPA 3WQTA 3FR0A 4BREA 4FWKA 3ZEUA 2P9IA 4EFHA 2Q31A 4WQ4A 5ADXH 4H03B 1XUPO 2Q0RA 3ZETA 1TYQB 3VF2A 4LC9B 1T44A 2V7ZA 2WUSA 3F9MA 3EKSA 3QDKA 4BR7A 2QWRA 3VERA 4IJNA 1Q18A 2A3ZA 3VEZA 3LDNA 3UKRB 3EKUA 3WQUA 1X3MA 2KHOA 2J4RA 4A2AA 3H6EA 2W40A 1NGHA 3GG4A 3FZMA 5AQYA 3MK6A 4FO0A 2QXLA 3MCPA 4BRAA 3CIPA 3WXKA 5BN8A 4XH1A 4K25A 3BEXA 2P9PA 4IWVA 3C7NB 4BRCA 4CBWA 3WEEB 4CD1A 3MN9A 3O6WA 4ISGA 3DXKB 3FFKB 1NGFA 5EOYA 3VEVA 1K8KA 1T6DA 1GLJO 3VETA 3EN9A 3FGUA 4BVOA 4K41A 3CQYA 5BPMA 4BRKA 1NGDA 4BRMA 4RCHA 2D0OA 2NZTA 4J8FA 1QZ5A 3LDOA 1S22A 4EIAA 4CI6A 4CZEA 3FZHA 5FPDA 1QQOA 3D2FA 2IIRA 2HF3A 1H1VA 1HKBA 1NM1A 4EAHD 2IVOA 3U9DA 4BR2A 4IZ9A 2Q0UA 3DXMB 1KAZA 5FPNA 2ITMA 4BRNA 2QWOA 2BUPA 1LCUA 4FWNA 3UE5A 4B1ZA 4JHDB 3UKUA 5LY3A 2DPNA 2ZF5O 4QS7A 3IDHA 3ZEUB 1EQYA 1P8ZA 3TU5A 3O1BA 2FXUA 3R8EA 3L6QA 3VGMA 1YAGA 2AP1A 3EL2A 4PL8A 3A5OC 5JLFA 5B8HA 3SLCA 1GLAG 4DQ8A 4BRIA 2UYTA 3QICA 4GNIA 3S41A 1HLUA 5EY4A 3CJ1A 3H45C 3DJCA 2QWNA 2V52B 4FPBA 4BC2A 3MDQA 5BN9A 2YJEA 4BR5A 4JD2B 3I33A 5AQJA 1RDWX 2P9KB 2P9SB 5LJWA 2GUPA 1HX1A 1SZ2A 4BC5A 4FSVA 4ISEA 5AQMA 5AQIA 2ZGZA 3U9ZA 5AQWA 4E1JA 4H5VA 3LDLA 2YJFA 3CJBA 3P4IA 4CD3A 3WT0A 3QBWA 3W3DA 4BG8A 4DHYA 2P9UB 3GBTA 3HZ6A 4B1WB 1NGAA 4HTLA 4H5TA 2E8AA 2D4WA 1ATRA 5TKYA 5AQZA 2ZGYA 3WXJA 4WQ5C 4CZMA 1ESVA 2E2PA 3SJHA 2Q2RA 1HKCA 2YCHA 2GTDA 3FE1A 2GEMA 3ULEA 4MLEA 3VPZA 1HUXA 5KPRA 1E4FT 2P9LA 5AFUH 4H5WA 5AZIB 3M1FA 4BRPA 3IMXA 3CHWA 1NLVA 3VF6A 3ZX2A 3KHYA 4L3QA 4H5NA 4I6MA 3DWLA 1DKGD 3DAWA 4H0TB 1X9JA 3AARA 3AAPA 1ATSA 1TUUA 1LOTB 1XQSC 1JCFA 3D2EB 3OHRA 2P9NB 5AQUA 2A6AA 3VEOA 4CZKA 4FOIA 5AQGA 4BROA 2FSKA 3HSCA 4RTFD 3C0BA 4JAXA 2CH6A 5AQOA 5AQNA 3O08A 1E4GT 4BG9A 1QZ6A 1KAXA 3MMVA 4BRQA 1NMDA 5AQHA 4CZGA 5AZJA 4PKHA 2BTFA 2F9TA 4BQZA 1YVNA 4B1VA 2AA4A 4BR0A 3LM9A 2QW9A 3KVGA 4A61A 1BUPA 1ZBSA 3D7EO 3RSEA 2FF3B 4ISFA 4FWSA 4AM7A 4A2BA 1MDUB 4IO8A 4CBXA 1HKGA 4XH5A 5BR9A 3U8XA 5AQVA 3O8MA 3SMSA 4BGBA 4BVPA 1JCEA 5AQTA 2HF4A 3QB0A 5KQ8A 5AQKA 3O1WA 3H3NO 3R6MA 5KPZA 5BRHA 1U2VA 3VEWA 1GLBG 4FWOA 3CJ7A 3CI5A 1HPMA 1NWKA 2H3GX 3IUCA 2P9IB 1GLFO 2FSNA 3ZETB 1BWFO 3LDQA 4B9QA 1D4XA 2A41A 2EWSA 1C0GA 4K43A 3MN7A 3FZFA 2F9WA 2VWBA 3LM2A 3CETA 1DEJA 3ENHA 5KQDA 2Q97A 3GDQA 2YHXA 3U4LA 5JLHA 4NO7A 5ELZA 4A62A 1ZC6A 3WUHA 2ASPA 4K42A 3HBTA 4BC4A 3O4WA 5BREA 1MWMA 1NGEA 1TYQA 4XH4A 4WQ5A 1Y64A 1WOQA 2PBDA 4YDUC 3UKRA 4O5FA 3M6GA 4HWIA 5BRFA 1QQMA 2QWMA 1CZAN 2FF6A 2IVNA 3ATUA 2P9PB 5ADXA 1XC3A 3H1VX 1BDGA 3BP8A 1ZXOA 1IG8A 2HMPA 1K8KB 1S3XA 4BGAA 3IFRA 3WXIA 2HOEA 5JICA 3WXLA 3TPQA 3SK3A 3JS6A 2Q1NA 4NB4A 3C7NA 3WEEA 2E88A 1Z05A 3AAQA 3DXKA 1T6CA 4CJ7A 3D2FB 3EO3A 3BF1A 4CZIA 4RWTA 4M7YA 1BA1A 2D1KA 2GWKA 3W0LA 4QS9A 4H0PA 1OKJA 4Y0WA 4BRHA 3VGLA 4EHUA 5LJVA 2E2QA 3UKUB 3ZX3A 2ASMA 1Z6RA 2IVPA 4IXCA 1G99A 4FL9A 4IJAA 1NBWA 5FPMA 3VENA 1QQNA 5AQXA 4CZHA 3B8AX 3H3OB 5JMVA 4WYBA 3ZX0A 1KAYA 4FWLA 4AM6A 3DXMA 4H5RA 2Q36A 3JXUA 3O5BA 3I8BA 3UB5A 5CE3A 3A5MC 5F0XA 3CJAA 1SAZA 2I7PA 5E84A 4C23A 4PKIA 2E2NA 3VGKA 1U6ZA 2CH5A 2V51B 2E20A 4CZFA 1X3NA 4BRDA 2A40A 1NGIA 3QFPA 3G25A 3SMPA 4B1YB 5AQFA 4GY2B 1KXPA 3R9PA 2CGKA 2NRHA 3BF3A 1R59O 1RGIA 1IJJA 4PL7A 2A42A 1J6ZA 2YHWA 3MN5A 4PKGA 4JN4A 3AY9A 3QMLA 4JD2A 2P9KA 4BR4A 4Z94A 2E1ZA 3CQXA 2P9SA 3EZWA 2ZWHA 3GOIA 3QBXA 5KPTA 4DCHA 5BPNA 1BU6O 4FOEA 2I7NA 3J8AA 4WQ4C 3H1QA 4B1UB 3KZBA 1NGGA 3H46O 5FPEA 2FSJA 3CERA 1QHAA 2P9UA 1MWKA 4MO4A 4BRFA 1HJOA 4FWRA 2E2OA 5BRDA 3L0QA 4YDUA 5F1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HYFA 2VCPA 1SKRA 1FXXA 3TANA 3NMUA 3U3GA 3NH1A 3HI0A 4FWMA 3MEGA 1L3SA 2QTDA 3A5NC 5HRRA 3VOVA 3FLCO 2HBMA 3ID8A 3CCVN 1YUWA 3AVKA 3E01A 3VEXA 4ELTA 1TUYA 1NMNA 1VQ9N 1Z25A 4QS8A 4Z4FA 3ATVA 2NLXA 3CFPA 4FW2A 5KI6A 4IDHA 1VSMA 4F9OA 5BPLA 4B9VA 4NXMK 1J5EK 1YXQA 2E4LA 4JI6K 4M63C 4DS4A 2Z1IA 1NGCA 4DQPA 1ASUA 4BRLA 3PX6A 1BO5O 1RTIA 3O9UA 1NOYA 1C0MA 5AFUA 5HL7L 3ZT3A 3AO2A 3HPHA 2F96A 2QWQA 4RW7A 3VEYA 3MEEA 3MXJA 3DRPA 4YOUA 1SQKA 1HRHA 2V7YA 4DV7K 4C1NI 1GLDG 1SV5A 3AVLA 1REVA 3ENOA 2BANA 1RFQA 3EE8A 3LDSA 1BOTO 3ZSWA 3CFRA 3VESA 3TI0A 3MN6A 2KFZA 2VYPA 4EZ9A 1WB9A 1GLLO 2CGLA 3VQQA 5KTQA 4Y1DA 4CW7B 1YJWN 1NKBA 3WQTA 1ASVA 3SUNA 4N41A 1BI4A 4JEPA 1EXQA 4EFHA 3QERA 1DT9A 2Q0RA 4IFEA 3VF2A 3CFOA 1T44A 3THXA 2QWRA 3VERA 4W5QA 4IJNA 3NF7A 4JLHA 3C65A 4IEEA 5M1OA 4CJFA 3RWUA 1OVQA 1RBTA 3H6EA 1HNXK 4FK4A 4HUEA 3V9WA 1KD1O 4ZTFA 4AH9A 4LF6K 4FJMA 2DTUA 4DR1K 1XNRK 4QCLA 3C7NB 1XI1A 1RDBA 1XNQK 4ISGA 3ZSRA 3K57A 1NGFA 4Z4GA 3E1YA 3HOSA 4C8NA 4OLAA 4CGIA 3LPUA 4FM0A 5BPMA 3CPEA 4RCHA 4BRMA 2NZTA 1QS4A 3LDOA 1S22A 3PIOL 4CI6A 2G8FA 4CE9A 4M3RA 4JI7K 1S5JA 5K14A 4J2BA 2HF3A 1O1WA 2HHVA 1H1VA 3ZSZA 1VRTA 3KIOA 2IVOA 1UA0A 3DXMB 5FPNA 4DUYK 2QWOA 3NF6A 4B3MK 1LCUA 3C6TA 3I0SA 2WONA 3DLGA 4JHDB 1KFSA 3EYZA 3C6UA 3PIPL 3ZCMA 4QS7A 3IDHA 2NRTA 3TU5A 4YNQA 1VQ6N 3CCQN 4DR7K 4DFKA 1RBSA 3TSQA 5M1QA 2O4IA 2F7TA 4PL8A 4DR2K 1QQCA 4DF4A 4LSNA 3SAFA 4BRIA 2O8FA 2YHAA 4Y1CA 3H45C 2V52B 4FPBA 4BC2A 4E1NA 1RDAA 2X78A 5BN9A 4BR5A 4JKDA 3WNHA 2O8CB 1NK8A 3HSTB 2GUPA 1HX1A 4ISEA 1VSIA 2X6NA 3S9HA 3U9ZA 3KK3A 4JI5K 4H5VA 4LF9K 1IKWA 3CJBA 3WT0A 1C0UA 4E7KA 1XHXA 1W0HA 4GW6A 4DHYA 3HRGA 1SKWA 4NLBA 1NGAA 1KRPA 2E8AA 4AQYK 2IS3A 2D4WA 2VG6A 1RBRA 5TKYA 1HNZK 4WQ5C 4CZMA 3NF8A 4FVMA 3CM5A 1HKCA 2X6SA 4OGEA 4MLEA 2O4GA 1LWCA 5HRSA 1UA1A 3CCLN 3OYJA 1HUXA 4CF8A 1TKXA 5AZIB 1LWFA 4C8MA 1RTDA 1BIZA 2WOMA 3ZX2A 3U3YA 1ZBUA 1N6QA 5C0YA 3OYKA 3DAWA 4H0TB 1NKCA 1ATSA 1BISA 1DLOA 3L4QA 4FJNA 3OY9A 2A6AA 2HNYA 3SQ1A 1S1XA 1YTAA 3MCAB 3HSCA 4RTFD 3C0BA 5AQOA 2CH6A 4UQGA 4JI2K 1E4GT 3IKMA 1VQ4N 2HBKA 1KAXA 4AHCA 4CGHA 3AVHA 2F9TA 1KLNA 2FBVA 2XO7A 3LM9A 1DTQA 5CZ2A 3D7EO 3L2RA 4CJ4A 4KI6A 3J7ZO 4ISFA 1IKVA 3OBWA 3LWLA 2HHQA 4JK9A 1NK9A 4DQQA 4M3YA 4E89A 1SL0A 3J7AP 3L2WA 3O8MA 1VQ7N 2G8VA 2FBXA 3L3UA 2B4JA 4BVPA 5C10A 1JCEA 5AQTA 5I3UA 3QB0A 5AQKA 3VQPA 1OH7A 5KPZA 4BWMA 2Z1JA 1QE1A 4CJSA 1U2VA 2HHXA 1HPMA 4J2AA 2RHKA 2FSNA 4KKOA 3TR8A 5FRMA 2KZZA 3FZFA 5J2QA 4DR6K 1HR0K 1X9WA 1DEJA 3CCSN 4NO7A 2YNHA 5MLCQ 4BDZA 1B9DA 2BH1A 4BC4A 3I56N 2Q3SA 3VTHA 3MWPA 3NCIA 3F9KA 4AF1A 1Y64A 3DLBA 3TWHA 4JKEA 4CJQA 3VQBA 1RTHA 4FJKA 3UKRA 4O5FA 3ZSYA 5BRFA 2PYLA 2O8BA 3T1AA 2QA4N 5C2DA 1A5XA 2XHBA 1K8KB 3WNEA 4LSLA 3QNNA 3WXIA 2HOEA 4BE0A 3OA9A 3P1GA 3SK3A 4PY5A 4NB4A 3WEEA 2E88A 3T19A 1T6CA 4CJ7A 3D2FB 1VQLN 4CZIA 3M8QA 2HB5A 2GWKA 1SKSA 4YORA 2O8EB 1KLMA 4EHUA 5LJVA 2E2QA 3ZX3A 2WTUA 4AILC 1KVCA 1NBWA 4GKJK 4JI4K 1SUQA 3ZX0A 4OKJA 2Q36A 3JXUA 3I8BA 3UB5A 3NBPA 1D9FA 2VWJA 3CJAA 3SPZA 1FJGK 5JS2A 4ELVA 4PKIA 3NVMA 3VGKA 2CH5A 4DSLA 5J2NA 1S72N 2RPIA 4ICLA 4BWJA 3QEVA 5DMRA 1N8RO 4AHTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3RSE A;  4DFJ A;  4FWS A;  3PLA A;  3L2V A;  5J2M A;  3KLE A;  3ENB A;  4XH5 A;  4G1Q A;  3U8X A;  1RTJ A;  1TAQ A;  3SMS A;  4DSK A;  3HPG A;  1SS6 A;  4CEZ A;  1ZBH A;  3O1W A;  1TKZ A;  1VQO N;  1NOZ A;  4KHN A;  1I39 A;  4FWO A;  2HHH K;  1NWK A;  2H3G X;  2P9I B;  3RR8 A;  4JI0 K;  4DTM A;  1R0A A;  4FM2 A;  2QI2 A;  1N36 K;  3N4Q A;  3ZET B;  1BWF O;  2A41 A;  2RE2 A;  3PY8 A;  2F9W A;  3LM2 A;  3ENH A;  5KQD A;  3GDQ A;  1HJR A;  1ZC6 A;  1N5Y A;  3HBT A;  5BRE A;  4YOV A;  3VQ9 A;  1TYQ A;  3ASM A;  3NVK A;  3H08 A;  3PSF A;  5EU7 A;  2PBD A;  4YDU C;  2KKZ A;  5GAG P;  2D0A A;  1U47 A;  1TK5 A;  4W5N A;  4O0J A;  3AV9 A;  4KFB A;  1CZA N;  2FF6 A;  3OVN A;  3QIN A;  4C8O A;  2P9P B;  3V81 A;  5ADX A;  1XC3 A;  3G10 A;  2WFB A;  2ZQB A;  4DMN A;  2HMP A;  3HM9 A;  4BGA A;  1XMQ K;  3IFR A;  1HQE A;  4BE2 A;  3VA0 A;  2NNW A;  3J80 O;  1Z05 A;  2NRX A;  3QIO A;  4ELU A;  3AAQ A;  4IG0 A;  4HUF A;  2XY6 A;  3K59 A;  4J2E A;  3EO3 A;  1JLC A;  1T05 A;  1VRU A;  4M7Y A;  2ZJR L;  2D1K A;  3W0L A;  4QS9 A;  4DSE A;  4KHW A;  1S1V A;  2XY8 A;  4E1M A;  2JWK A;  3VGL A;  1W2B M;  1EKE A;  1Z6R A;  4JKG B;  2IVP A;  3PUF A;  4IXC A;  1G99 A;  4FL9 A;  4CHQ A;  4K8Z A;  4OPA A;  2DFF A;  1QQN A;  3O9S A;  3H3O B;  1FKO A;  4KB1 A;  4WFA L;  4FWL A;  1VSL A;  1NJI O;  3O5B A;  4I2Q A;  3HK2 A;  2G8H A;  1I94 K;  2I7P A;  4O5B A;  3MX5 A;  3DLE A;  2FBT A;  2E2N A;  2YNG A;  4A57 A;  4CZF A;  4BRD A;  1UWB A;  4C8K A;  1NGI A;  3QFP A;  5AJ3 K;  3G0Z A;  4B1Y B;  1XMO K;  4NCA A;  3R9P A;  2CGK A;  3V1Q A;  3ZT4 A;  2YHW A;  4U7B A;  4KHU A;  4JN4 A;  3AY9 A;  5FDL A;  4CK1 A;  2DY4 A;  4BR4 A;  4E7L A;  2E1Z A;  3CQX A;  3P5J A;  5KPT A;  1FK9 A;  4GVM A;  3CCU N;  1WSF A;  3DLK A;  3OYA A;  3K5L A;  4V19 S;  3H1Q A;  2OPR A;  3TAB A;  3KZB A;  3SUQ A;  1NGG A;  4DTR A;  3H46 O;  1HPZ A;  5FPE A;  4JRP A;  3CER A;  2P9U A;  1EWR A;  1K6Y A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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