3H6EA

The crystal structure of a carbohydrate kinase from novosphingobium aromaticivorans
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
462
structure length
458
Chain Sequence
TIVIDLGKTLSKVSLWDLDGRMLDRQVRPSIPLEIDGIRRLDAPDTGRWLLDVLSRYADHPVTTIVPVGHGAGIAALTDGRLAFPPLDYEQSIPEAVMADYRSQRDPFARTGSPALPDGLNIGSQLWWLDQLHPDVMANATLLPWAQYWAWFLTGRAVSEVTSLGCHSDLWDPQDGDFSPMAKRLGWAARFAPIVRAGDTVGALLPAIAERTGLSPDVQVLAGLHDSNAALLAARGFAEIADNEATVLSTGTWFIAMRLPATPVDTATLPEARDCLVNVDVHGRPVPSARFMGGREIETLIEIDTRRVDIKPDQPALLAAVPEVLRHGRMILPTLMRGFGPYPHGRFAWINRPEDWFERRAAACLYAALVADTALDLIGSTGRILVEGRFAEADVFVRALASLRPDCAVYTANAHNDVSFGALRLIDPGLRPQGELVRIEPLDTDLDTYRNRWQAEVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Carbohydrate kinase, FGGY
publication title The crystal structure of carbohydrate kinase from Novosphingobium aromaticivorans
rcsb
source organism Novosphingobium aromaticivorans
total genus 122
structure length 458
sequence length 462
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h6eA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3h6eA03
3WXJA 5AFUA 5F1XA 4RWTA 3A5NC 3H1QA 2P9NA 3R9PA 2YHXA 2VWBA 4EHTA 5KQDA 2IVNA 2H3GX 4ISGA 5AQOA 2QWPA 4PL7A 5FPEA 1C0GA 3CJ1A 3O1WA 1Q18A 1P8ZA 2FSNA 4JNEA 4BR2A 5E26A 1BO5O 4YDUA 1X3MA 1BG3A 3VENA 4CJ7A 3AARA 3BP8A 4FWNA 4CD3A 1DGKN 2KHOA 4H5WA 4BRCA 1EQYA 1TYQB 4BRPA 3MN6A 5B8HA 5AQUA 3MMVA 3I33A 1E4FT 2V52B 3LDOA 1GLBG 4GY2B 4B1WB 4K42A 3MK6A 3L0QA 3ATVA 3VOVA 1DKGD 5EOYA 1T6DA 1HPMA 5KPZA 1Y64A 4IO8A 5BPMA 3VEZA 1HX1A 4E1JA 3CI5A 4JAXA 2ZWHA 3EKUA 4XH5A 4BRHA 3ZETA 1KAZA 2V7ZA 4BR5A 3FLCO 3CQYA 3KZBA 4DB3A 3MN7A 4MLHA 1U2VB 2A40A 4M7YA 1Z6RA 3CIPA 3UKUA 2YJFA 2ZF5O 3LDNA 5AR0A 3H3NO 3DAWA 4BRKA 4FWOA 1NGJA 4BC3A 2YHWA 5AQZA 3CJBA 4B1ZA 4BRDA 4FSVA 2A41A 5BR9A 2OANA 4MO4A 2NLXA 1K8KB 3HI0A 1S3XA 5AQSA 1V4SA 4BRLA 5AQNA 4ISEA 4PKHA 3SLCA 2I7NA 2HOEA 3JS6A 2IVOA 3EZWA 1J6ZA 2ASOA 4CBUA 1XQSC 4BR4A 4QS7A 2E1YA 3P4IA 1LCUA 4FOIA 1E4GT 3IMXA 3WQTA 1C0FA 1ZXOA 4K41A 3A5OC 3LDPA 3GG4A 3ZX3A 1MWMA 3D2FA 5KPTA 1NGEA 1RDWX 4XH4A 4BG8A 1JCEA 2GEMA 4H03B 3VEWA 4O5FA 3QMLA 2HMPA 4H0VB 1SQKA 4BRQA 4EIAA 1CZAN 2FSKA 2HF4A 3O8MA 2GELA 3IFRA 3LDQA 3I8BA 3M6GA 1NGHA 1NWKA 1U2VA 4BG9A 4FOEA 3H1VX 1G99A 3O1BA 4XEIA 2CGJA 4GNIA 4K43A 4DCHA 4FWSA 5ADXH 2FSJA 5AQXA 1TUUA 2ZGZA 5EX5A 4B1XB 3VEVA 3FR0A 4WQ5A 3SMSA 3QBWA 4WQ4A 1H1VA 1K8KA 2E88A 1LOTB 3ATUA 2P9UB 3M1FA 3U4LA 2GUPA 1NMDA 2A3ZA 2QW9A 3CHWA 3UKUB 3BF3A 4BRGA 2GWKA 1KAYA 1NBWA 4ISFA 3KHYA 2YJEA 4IXCA 4K25A 4CZMA 2CH6A 3U8XA 1Z05A 1HJOA 4MO5A 4NO7A 1T6CA 5AQTA 2W41A 3WXKA 2BTFA 1ZC6A 3HM8A 5EVZA 1ATNA 2NRHA 4FWKA 4PL8A 2FLOA 3UKRB 4CZHA 2AP1A 3CERA 1HKCA 3VESA 5EY4A 4H0TB 4QS8A 1R59O 2E8AA 4H0YB 3VEOA 3VF4A 1XUPO 3VGKA 4AM6A 4CZGA 3LDLA 2YHYA 2QWRA 2V51B 3D2FB 2D4WA 2P9IB 5AQKA 4YDUC 1JCGA 5AQYA 4FWQA 3VGLA 3WXIA 4BRAA 4I6MA 3HBTA 5AFUH 2P9PA 3VERA 4CZIA 2PAVA 4BROA 2DPNA 2P9UA 3U9ZA 4NB4A 3RSEB 2FF3B 2ITMA 3VGMA 4EAHD 1MWKA 2D0OA 1GLJO 5CE3A 5AQJA 2E2OA 3R8EA 4Y0WA 4H0OA 1IG8A 2P9LB 3H3OB 2AA4A 1U6ZA 3QICA 4PKGA 3QFUA 3M3ZA 5AQHA 2QWLA 3WEEA 4B9QA 2D0PA 3H6EA 2FXUA 3UB5A 3C7NB 3EN9A 5EXWA 3MDQA 5AQIA 4RTFD 2PBDA 2Q2RA 4B1VA 2GWJA 4CZFA 1YUWA 2QWQA 5AQQA 2CGLA 1BUPA 3UKRA 4PKIA 3ZEUB 4A61A 1DEJA 4QS9A 3CJAA 3B8AX 1NGDA 2NZTA 3LM9A 2QM1A 3FE1A 1WUAA 1ZBSA 3G25A 3A5LC 2QWNA 4B1YB 4FL9A 2P9IA 2W40A 2IVPA 2YCHA 4J8FA 4FPAA 5FPNA 2Q36A 1NLVA 3J8AA 4KBOA 1YAGA 5AQPA 3GE1A 2ASMA 1GLCG 5AQLA 4H5NA 3A5MC 3RSEA 1QQOA 3BEXA 2J4RA 5BRHA 4H5TA 5I9EB 2EWSA 2E2PA 4BVPA 1NGIA 3AAQA 4FWRA 4FWLA 1HKGA 3MN9A 3MCPA 4LC9B 4HWIA 2P9LA 2E2NA 4IWVA 1ESVA 2Q31A 4IJAA 1X3NA 1GLEG 1X9JA 2BUPA 5BN9A 3MN5A 5AQWA 3D2EB 2V7YA 3CJCA 3HZ6A 1MA9B 4I6MB 1YXQA 2P9PB 3C7NA 2VCPA 3GOIA 5AZJA 3AAPA 1BA1A 1BOTO 2QWOA 5TKYA 4JD2B 4H0XB 5AZIA 2A5XA 2Q0RA 1HLUA 3DXKB 1QZ6A 3KVGA 3QBXA 3ZEUA 2P9KA 4IZ9A 4WYBA 2UYTA 5E84A 4EFHA 2D1KA 1BA0A 5KPRA 5KQ8A 4A2BA 3WEEB 4FWMA 3HTVA 3C0BA 2E20A 1BWFO 4WQ5C 3ULEA 4B1UB 1SAZA 4CD1A 4WQ4C 4BC4A 4CZJA 3FZKA 3GDQA 2E1ZA 3FZHA 1MDUB 3F9MA 4L3QA 4BGBA 3WUHA 4BR7A 1NGBA 4CZLA 2Q0UA 4BREA 3FZMA 5AQMA 4BC5A 1QZ5A 3O80A 5JICA 1RFQA 1WOQA 3H46O 1OKJA 5AQGA 5LY3A 4BVOA 5LJWA 3DJCA 4DHYA 4Z94A 3S41A 3WQUA 3ZX0A 1JCFA 2FF6A 3U9DA 1V4TA 5BPLA 2A6AA 3D2EA 4CBXA 3A0IX 1NGAA 2ASPA 4CZKA 4A2AA 3R6MA 1GLDG 4BRFA 1KXPA 4H5VA 1BU6O 4JD2A 5BRDA 2VYPA 4CZEA 3DXKA 5AQRA 3FFKB 3VF6A 4MLEA 1BDGA 3EL2A 3IUCA 3QB0A 3SJHA 1GLAG 3AY9A 4H0PA 3LL3A 2E2QA 3VEXA 3O5BA 3CQXA 3SMPA 3L4IA 1NGCA 1GLLO 2YI1A 3CETA 4BC2A 2I7PA 3DXMB 5AZJB 4M63C 4BRIA 4BR0A 4HTLA 5AQFA 2P9SB 2F9WA 4AM7A 2Q1NA 1QHAA 3CJ9A 3O4WA 5AZIB 4F9OA 1D4XA 3QDKA 2QXLA 3VPZA 2P9KB 3JXUA 1NGGA 1XC3A 4FPBA 3SK3A 3WT0A 3DWLA 5JMVA 5BN8A 1S22A 4EHUA 4H5RA 1KAXA 4XH1A 5ADXA 4C23A 3D7EO 2A42A 3ID8A 3W0LA 3ENHA 3ULEB 3CJ7A 4FO0A 4JN4A 3H45C 3FZFA 4JHDB 3OHRA 3TPQA 1TYQA 1TUYA 4RCHA 4BRMA 5JLHA 2P9NB 3IDHA 3TU5A 2F9TA 3W3DA 4BRNA 1T44A 4M7XA 3LM2A 2HF3A 3O6WA 5F0XA 4BGAA 4IJNA 3UE5A 4BQZA 1ATSA 3FGUA 2QWMA 5BPNA 3VETA 1YVNA 1HUXA 1NGFA 3GBTA 1QQMA 1SZ2A 3BUZB 1ATRA 3VEYA 2GTDA 1NM1A 4BQLA 4CI6A 2Q97A 5AQVA 1HKBA 3WXLA 1RGIA 3FZLA 3HSCA 3DXMA 5ELZA 2WUSA 2CH5A 1IJJA 2P9SA 4FWPA 3O08A 4A62A 4DQ8A 4O8KA 3QFPA 4BR9A 5FPDA 5BRFA 1QQNA 5JLFA 3VF2A 3BF1A 5F2RA 3EKSA 3GL1A 2IIRA 2CGKA 5FPMA 3L6QA 1GLFO 3ENOA 5BREA 3EO3A 3ZX2A 4CBWA 5LJVA 3ZETB 3A8YA 2ZGYA 4JHDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FLYA 3WXJA 3SQ1A 4FZYA 5F1XA 1ZBFA 3A5NC 3H1QA 3R9PA 4EHTA 3NE6A 3NVKA 2D5RA 3ZSOA 1BGXT 2QWPA 5CHIA 2YX6A 4CEDA 2HVIA 4FLVA 2O8DB 1UOCA 4H5WA 3VQCA 4ZTJA 1TYQB 2X6SA 2YHBA 4LFAK 3MN6A 1N34K 2YNGA 3MMVA 1HYSA 3AA2A 3K5OA 1E4FT 3E66A 4GY2B 2NRRA 4B1WB 2QKKA 3RMDA 2Z1JA 1WAJA 3QEWA 4E1MA 5EOYA 1T6DA 3NCIA 3NGZA 3IRXA 3HVTA 3LPTA 4IEIA 5LMUK 4UQGA 3L2UA 1HX1A 3CI5A 3V81A 4H4MA 1TK0A 3ZETA 4DB3A 4HCCA 3MN7A 3AO1A 1TV6A 4KHYA 2XY8A 3UKUA 3LANA 1RBTA 2ZF5O 3KLGA 4FZZA 3JAMO 1S9GA 4MFBA 4W5NA 3AVHA 3O4NA 4ELTA 3ULDA 5BR9A 1EKEA 1S1UA 3VQEA 3HI0A 3PIPL 2YNHA 3HXMA 2OPRA 3WNHA 4BRLA 3TSUA 4ISEA 4E3SA 1IBKK 2I5JA 3WNGA 4CHPA 3EZWA 4B9MA 1N32K 1XQSC 1IH7A 4PHTX 4YOXA 1RILA 2E1YA 1CXUA 4HUFA 1BI4A 4K41A 2NUBA 4LF6K 1BCOA 3LDPA 3GG4A 1MWMA 3C6UA 4LH5A 5KPTA 1T7PA 1IKWA 3T19A 1JCEA 1FKOA 1N8RO 1C1CA 2FSKA 4CJLA 3O8MA 3JYTA 5JVHL 4IOXA 3I8BA 1NG9A 3M6GA 2BGGA 1U2VA 3HP6A 4JYAK 3O3FA 3TTDA 4FJLA 2HHWA 2CGJA 1HNXK 4JLHA 4K43A 2WTUA 2FSJA 4CJPA 3SJJA 1W2BM 3DLHA 1ZBUA 1VHXA 2RHKA 3SAGA 4CF8A 4FJJA 4W5QA 3PX0A 1B9FA 1H1VA 4EP4A 1LOTB 3HJFA 4IKFA 5KTQA 3KKSA 1VQPN 1KVCA 1OH6A 1N6QA 3HK2A 1WB9A 2HHSA 2KFNA 2GUPA 5CR4A 2A3ZA 3OS0A 2YKNA 4DQQA 3UKUB 4CHOA 1N36K 4DR2K 5C42A 3TSQA 1J54A 5KGXA 4DMNA 3MXIA 3ALYA 1Z05A 4KAZA 3ZSZA 1YT3A 1K9MO 1YHQN 4Z4IA 3HM8A 3RRGA 5EVZA 3HSTB 1BQNA 2GUIA 4PL8A 4JI0K 3VQ4A 1VQ5N 1R0AA 1JLAA 1HKCA 4DR3K 1RT5A 4H0YB 5H1SQ 1BI4B 3VEOA 1XUPO 1SKSA 3OS1A 1RTIA 1J5EK 4LSLA 2IOCA 3OY9A 3NMUA 2RE2A 4CEOA 3VGLA 4FK2A 4KTZA 3HBTA 4OLAA 3FFIA 5AFUH 4DV3K 3OYCA 5JS1A 3RSEB 4CECA 4KHPK 2IC3A 4KTQA 2E2OA 3HPGA 2UU9K 4IG0A 4EZ9A 3SNNA 2AA4A 3OVNA 3C65A 3QICA 4I2PA 4H4OA 3SZ2A 3ZSQA 5AQHA 4C1NI 2D0PA 3H6EA 2FXUA 3ZSVA 1XI1A 3DMJA 3OYMA 3L2QA 2G8KA 3EN9A 1VAZA 3MDQA 1RDBA 4RTFD 4B1VA 4LF5K 3TWHA 4CEFA 2CGLA 4M3XA 4PKIA 1DEJA 4QS9A 1S1XA 4YOTA 1NMNA 3FE1A 4MDBA 1W97L 3G6EN 1WSEA 2R7YA 1RDCA 3M8PA 4J8FA 5FROA 3AVNA 4FJGA 4OPKA 4X62K 2Q3SA 4AHVA 4KI6A 4KHSA 3BEXA 4GKKK 3KD1E 2VWKA 1TAUA 2EWSA 2VG5A 4NXMK 4AH9A 3AAQA 3KWGA 1J9AA 2B5JA 1HYZA 3MN9A 2XY5A 4B9TA 5C2DA 2FBXA 2O4GA 2VWJA 2P9LA 4IWVA 2Q31A 4RW4A 4N56A 1GLEG 4CJEA 1HNIA 3MN5A 3D2EB 5DMRA 1TKDA 4AHCA 2VCPA 1O1WA 1BOTO 2HHTA 5TKYA 4ID1A 4JD2B 5HOOA 1QS4A 2G8VA 3KVGA 4WYBA 2UYTA 1TL3A 3T1HK 2KW4A 4GVMA 1RNHA 4CJKA 1F21A 1BA0A 1Q86O 2EX3A 4LFBK 3NFAA 4H8KA 1BWFO 3VQDA 4B1UB 3L3VA 4WQ4C 4FYDA 5TKWA 4CZJA 3SBTA 4LY7A 3VA3A 4CFAA 3RR8A 1K6YA 4AHTA 4BGBA 3WUHA 4BR7A 4CZLA 2RKIA 4CJTA 4FM1A 3V6DA 1YJ9N 1QZ5A 4DF4A 1WOQA 4DF8A 4ICLA 2PY5A 5LJWA 1UWBA 4DHYA 4Z94A 3ZX0A 2FF6A 4JI7K 4CBXA 1NGAA 2ASPA 3V1OA 2NRVA 1DTQA 5C2FA 1TKTA 4CVNE 4CZEA 3U6FA 3VF6A 3J7ZO 1IKYA 1GLAG 3AY9A 2E2QA 3CCMN 1T03A 4F2SA 5CZ2A 1NGCA 4JKGB 3SQ2A 3OBYA 2I7PA 3QEIA 4HHTA 2O8BB 4WE1A 4IDHA 4BR0A 1E3MA 3TARA 1JXEA 5AQFA 4DTRA 4AM7A 1QHAA 3VTIA 1WNSA 4CGJA 3I55N 2QXLA 3IS9A 1NGGA 4FPBA 2X78A 3DWLA 4W5TA 2E5LK 2O8CA 4FW2A 4KH6A 4KH4A 3D7EO 3ID8A 2OA8A 4V19S 4JN4A 3NH2A 1NK8A 3OHRA 1JXBA 1IV0A 3WXMB 1TUYA 4RCHA 3PX6A 3HVRA 1S5JA 2B6AA 4CEQA 2HF3A 3CCUN 1OH5A 1KC8O 3UE5A 2IGIA 3NF9A 4F2RA 3VQQA 3K57A 1ATRA 4DV1K 2GTDA 3P5JA 3NH0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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