The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxygen transport
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| molecule keywords |
HEMOGLOBIN (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
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| publication title |
The crystal structure of human deoxyhaemoglobin at 1.74 A resolution
pubmed doi rcsb |
| total genus |
56
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1984-03-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Y22 A; 1LA6 B; 1VWT A; 1R1Y A; 2G11 A; 4F6I A; 1ECA A; 4F6B A; 1Y0A B; 3ZJH A; 4XS0 B; 4KMW A; 2R4Y A; 2XKG A; 1HLB A; 2GKN A; 5E83 B; 2B7H A; 2OLP A; 3LB1 A; 3SDN A; 1SPG B; 4DWT A; 4IT8 A; 4NI1 A; 5CND A; 3MYM A; 1FDH G; 4U8U A; 3WFW A; 2BLJ M; 2G12 A; 1I3E A; 1A01 B; 1UX8 A; 1NS6 B; 1MLL A; 2QLS A; 5CN6 A; 4F4O A; 3UHD A; 1BZ0 B; 1YVQ A; 1GLI A; 1YGF A; 3UHU A; 2RAO B; 2D5Z B; 3ODQ B; 4ZVB A; 1HBB A; 3D4X A; 2GTL B; 3G46 A; 1NZ3 A; 4WJG A; 1GVH A; 1ABW A; 3ZJL A; 3GQR B; 2MGM A; 1Y31 B; 3WCV D; 1Y46 B; 1RVW B; 3SDH A; 3WHM B; 1BZZ A; 5CNG A; 2NX0 A; 3QJD A; 3A5G A; 3VRE B; 1JZL A; 3MJP A; 1MLK A; 4UIQ A; 2R80 A; 4MQI B; 2W72 A; 2ZS1 D; 1B0B A; 1XY0 B; 1HRM A; 2W6W A; 2HHD B; 3WCT A; 3CIU B; 5ILR A; 1Y7D B; 4X0L B; 3D1K B; 1DO7 A; 3UHG A; 5C6E B; 1AJ9 A; 3W4U B; 2QSP A; 2MYD A; 1V4W A; 1CO8 A; 1YEV A; 4G51 B; 2HCO A; 2O5M X; 3WR1 B; 1M9P B; 2HBE A; 1HAB A; 3PI8 B; 2WTG A; 3QQR A; 1S5X B; 1YOH A; 1HBR A; 2NSR A; 2QFN A; 1Y7G B; 4U8U D; 3A59 A; 1C7B B; 3ZOM A; 1CQ2 A; 4KMV A; 3NL7 A; 1ASH A; 3BA2 A; 4ZVA A; 1H1X A; 4HBI A; 1JL6 A; 1F5P A; 2G0R A; 2GKM A; 1JZK A; 2FAM A; 2VEB A; 2ZLU A; 3QM7 A; 2M6Z A; 3WFX A; 1Y8H A; 1BVC A; 1COH B; 1J3Z A; 3S1J A; 1G0B A; 1V75 B; 2DN1 A; 3HEN A; 1YHU A; 3R0G A; 1X9F C; 3R5I A; 4N8T B; 2GDM A; 3GOU A; 1Y0C A; 3P5Q B; 2G0S A; 2V1E A; 2DN2 A; 2W6X A; 1ABY A; 2DC3 A; 4N7N B; 1J7W B; 1MWB A; 1A6G A; 3KMF A; 3WCT D; 1V4U B; 1Y0T B; 1MNI A; 1L2K A; 3GKV B; 3B75 A; 1LHS A; 4IRO A; 1ECD A; 1DLY A; 2HBD A; 4L2M A; 1Z8U B; 4FWZ A; 4ROM A; 1XQ5 B; 1Y8I B; 3ZJI A; 3QM9 A; 5CNE A; 4O2G A; 1BZP A; 1DXD A; 2NSS A; 4MPM A; 1NXF A; 2XKH A; 1EWA A; 1NS9 B; 5HY8 B; 3HF4 B; 2Z6N A; 1O1O A; 3EU1 A; 3DHR A; 2O5Q X; 5JDO E; 1LFL B; 1XYE A; 3WCU B; 2ZLV A; 3S66 B; 2MGL A; 2V1J A; 5E6E B; 1YG5 A; 3PIA B; 1A6M A; 3QZZ A; 1OBM A; 3FH9 B; 3HEP A; 1LA6 A; 4NI0 B; 1Y0A A; 4MQH B; 2D2M C; 4O35 A; 4XS0 A; 1ECN A; 3GDJ B; 3WFT A; 1YHU D; 2D2N B; 4NK1 A; 5E83 A; 4MQJ B; 2HBS B; 1LFV B; 2GL3 A; 4MXK A; 3AQ8 A; 1J41 B; 3EOK A; 1UX9 A; 2LH2 A; 1CMY B; 1NS6 A; 5EQM A; 1IRD B; 1SPE A; 2AA1 B; 2EKU A; 1DXV B; 2HZ3 A; 3K8B B; 1A00 B; 1V4X B; 3QMA A; 1YIE B; 4HSX A; 1RQA A; 1CBL A; 2RAO A; 2D5Z A; 1EMY A; 1NQP B; 2GTL A; 3HHB B; 1MLM A; 3GQG B; 1J40 B; 2EB9 A; 1Y85 A; 1Y5J B; 4ESA B; 1IDR A; 2O5T X; 1Y31 A; 1Y46 A; 1RVW A; 1MOH A; 3WHM A; 2MYE A; 1A6N A; 3VRE A; 3BJ3 B; 1FHJ B; 5JDO D; 4MQI A; 3VAU A; 1N9X A; 1B86 B; 1OFK A; 2R4Z A; 2HHD A; 2ZT3 A; 1Y5F B; 1Y7D A; 2V1G A; 4X0L A; 1MDN A; 3D1K A; 5C6E A; 3WTG B; 2MYC A; 1VXB A; 5CN4 A; 1FSX B; 1J7Y B; 1Y09 B; 2ZSP A; 1LUE A; 1QSI B; 3WR1 A; 2V1H A; 1M9P A; 3PI8 A; 1URV A; 2VRY A; 4B3W A; 1S5X A; 3TLD A; 1Y7G A; 3M38 A; 1DXT B; 1C7B A; 3CY5 B; 1K1K A; 3UBV A; 3ZH0 A; 4HRR A; 1LFY B; 5C6Y A; 1A6K A; 1IT2 A; 3UHI A; 2ZLW B; 3M3A A; 4WCH D; 1RTE A; 2GTL D; 1FAW B; 2ZFB B; 3FS4 B; 1SDK B; 3AT6 B; 4C0N A; 2R50 A; 1JF4 A; 1UFP A; 3QM5 A; 4B4Y A; 1COH A; 2ZLX B; 1V75 A; 1YH9 B; 4L7Y B; 1CH1 A; 4N8T A; 5E29 B; 1JY7 B; 1BJE A; 3P5Q A; 1VXH A; 3UH6 A; 2HBG A; 4N7N A; 1LH1 A; 1Y7Z B; 1J7W A; 1F63 A; 3UHT A; 3GKV A; 3A5B A; 1YE2 B; 3MVC A; 3WCW B; 1LH7 A; 1VXA A; 1YHR B; 3ZJR A; 1Y8I A; 1R1X B; 1Y01 B; 2ZS1 C; 4PQC A; 3UGZ A; 1NS9 A; 1MYM A; 5HY8 A; 3HF4 A; 6HBW B; 2G0Z A; 1N9I A; 4H2L B; 5IKS A; 1PBX B; 1LFL A; 1XZ7 B; 1RSE A; 1Y0D B; 3WCU A; 1XZ2 B; 2BK9 A; 1BIJ B; 3S66 A; 1QXD B; 4HRT B; 5E6E A; 3PIA A; 3GKT A; 3FH9 A; 1LJW B; 4U8U C; 1GZX B; 1BAB B; 4NI0 A; 1V07 A; 1S5Y A; 3E5O A; 3GDJ A; 4F6G A; 3OO4 B; 3QJC B; 2D2N A; 1Y0W B; 2VYY A; 1CLS B; 4TYX A; 3VRG B; 4MQJ A; 1YDZ B; 3UBC A; 3WI8 A; 2HBS A; 2YRS B; 3QJB B; 1BUW B; 2BMM A; 1J41 A; 1Y35 A; 3G4V A; 1YIH B; 4KN3 A; 2ZS0 B; 3D7O B; 1CMY A; 1MLQ A; 2GRH A; 1IRD A; 2AA1 A; 4AVD A; 3GK9 A; 2EVP A; 1DXV A; 3K8B A; 1V4X A; 2W72 C; 3WCV A; 2AUO A; 1GDL A; 1NQP A; 3PT8 B; 3WCT C; 3HHB A; 3GQG A; 1H97 A; 1J40 A; 1Y5J A; 1YHE B; 4ESA A; 1O1K B; 1MNK A; 2FRJ X; 2BNL A; 3ZJN A; 3D1A B; 1LH2 A; 2H35 B; 3MYN A; 3WCU D; 3MOU A; 1FHJ A; 2ZFO A; 2Z6T A; 1HGA A; 1Y5F A; 4KJT A; 2ZLT B; 1OR4 A; 1SI4 B; 1Y4P B; 1IOP A; 2ZSZ A; 3QM6 A; 3RGK A; 3WTG A; 2HHB B; 1YFF B; 1FN3 B; 2D2N D; 1FSX A; 1Y09 A; 2FRK X; 1QSI A; 3DUT B; 3U3E A; 1HBG A; 1YEQ B; 3IC2 B; 2GNV A; 4SDH A; 1DXT A; 1IT3 A; 3CY5 A; 1MBN A; 1UFJ A; 1CO9 A; 1CIK A; 1G0A B; 1LFY A; 1YHU C; 2IN4 A; 1HCO B; 3ARK A; 1C7D B; 1T1N B; 1UIW B; 2HBF B; 3BJ2 A; 3LB3 A; 2ZLW A; 5CHQ A; 2JHO A; 1Y4G A; 1HDB B; 3KMF C; 1FAW A; 2ZFB A; 1Y5K B; 1SDK A; 1Y8W B; 3AT6 A; 4DWU A; 1MLU A; 2MGD A; 2BLH A; 2ZLX A; 1NPF A; 1YH9 A; 4ILZ A; 4L7Y A; 1AZI A; 3LR9 A; 3EDA A; 1D8U A; 3DR9 A; 1JY7 A; 2D5X B; 1FDH A; 2ZFO D; 4MBA A; 1HBI A; 4MQC B; 2SPL A; 1HHO B; 1CG8 B; 1Y7Z A; 3AQ6 A; 1MBS A; 1UMO A; 1A3O B; 3WFU A; 2ZST A; 3OO5 B; 2HZ1 A; 2LHB A; 5CN8 A; 1YE2 A; 3WCW A; 1YHR A; 1YVT A; 5CN5 A; 3HYU B; 5JDO C; 1HDS A; 1J7S B; 1RPS B; 1SHR B; 3QZX A; 1A3N A; 1R1X A; 3PI9 B; 1Y4F B; 1KD2 B; 1QXE B; 1IWH B; 6HBW A; 1DKE B; 1BZ1 B; 1YMC A; 1I3D A; 1PBX A; 106M A; 1MYZ A; 2D2M B; 5HLQ A; 1VHB A; 4AVE A; 1XZ7 A; 3AQ5 A; 1G09 B; 4FH6 A; 1Y0D A; 3RJN B; 3UHE A; 1YEU B; 5HAV A; 1XZ2 A; 1BIJ A; 2AV0 A; 1QXD A; 4HRT A; 3E55 A; 2VLZ A; 3OZV A; 2O5S X; 3UHB A; 1XZ5 B; 3O7N A; 1U7R A; 1MLF A; 1DO1 A; 4M4B B; 3S65 B; 4N7O B; 5JGG B; 3NFE B; 2V1K A; 1A0Z A; 2WY4 A; 2H8D B; 3NML A; 1Y83 B; 1O1L B; 4MQK B; 3OO4 A; 3ZOL A; 3QJC A; 1Y0W A; 1QPW B; 3BCQ B; 1CLS A; 1C7C B; 3IC0 B; 3UHW A; 2OHB A; 4F69 A; 3VRG A; 1YDZ A; 2YRS A; 2GTL C; 4OF9 A; 1BUW A; 1FSL A; 1YIH A; 2ZS0 A; 3DHT B; 3QJE B; 1DUK A; 4TWU A; 2KSC A; 1WLA A; 3WCW D; 104M A; 1CH7 A; 4ROL B; 1NWI A; 3K3U A; 3MJU B; 4FWX A; 1PMB A; 3M3B A; 2G10 A; 1O1P B; 1DLW A; 3PT8 A; 2H8F B; 1RQ4 B; 1Y7C B; 1O1K A; 2MGB A; 2QU0 B; 5EU2 A; 3D1A A; 4MU5 A; 1CH4 A; 107M A; 1JP9 A; 1QSH A; 2GLN A; 1HGC B; 3ORD A; 2D60 B; 3AG0 A; 6HBI A; 5KDQ B; 2Z85 A; 2ZLT A; 1JPB A; 1SI4 A; 1Y4P A; 1A9W A; 3UHZ A; 1SPG A; 2HHB A; 3V2V A; 2R4W A; 2MYB A; 1FN3 A; 5M3S A; 3DUT A; 2MHB B; 1G08 B; 2LH6 A; 1YEQ A; 1A01 A; 3IC2 A; 3LHB A; 2RI4 B; 5EE4 D; 2HBC B; 3K9Z A; 2GRF A; 4M4A B; 1YE0 B; 1BZ0 A; 2LH1 A; 1VXG A; 2ZS0 D; 1MBO A; 1XZV B; 1G0A A; 3PI3 A; 3ODQ A; 1HCO A; 3ZJJ A; 3OZW A; 5MBN A; 5D5R A; 3MN0 A; 1Y8K B; 4FC3 B; 1C7D A; 1T1N A; 2BLI A; 1UIW A; 2HBF A; 2MGH A; 3GQR A; 1CH3 A; 5EOH A; 1LH5 A; 4MAX A; 3BJ1 B; 1EBT A; 3ED9 A; 3MBA A; 2MBW A; 1HDB A; 2QSS B; 1Y5K A; 4O1T A; 2ZWJ A; 4MQG B; 1Y8W A; 1DTI A; 1O1M B; 1XY0 A; 1VXD A; 3ZJS A; 3BOM B; 2G0V A; 3CIU A; 3UHH A; 1J3Y B; 2D5X A; 4MQC A; 1CG8 A; 4GZG A; 1Y22 B; 3W4U A; 1VWT B; 1XXT B; 2VM0 A; 1A3O A; 1CH5 A; 3OO5 A; 4G51 A; 1C40 B; 1MLO A; 4PQ6 A; 1CG5 B; 1MBD A; 1HLM A; 3WCU C; 2BKM A; 4UZV A; 3UH5 A; 3HYU A; 1IRC A; 1SHR A; 2MYA A; 1JF3 A; 1X46 A; 1XCH A; 1MNJ A; 1Y4F A; 1JZM A; 4F6D A; 3UHR A; 2OHA A; 1KD2 A; 2LH3 A; 3IXF A; 1QXE A; 2AV3 A; 1BZ1 A; 3A9M A; 1YEO B; 5ILM A; 3LQD B; 4F4O B; 3ONZ B; 2HHE B; 5CHR A; 2D2N C; 1G09 A; 1YEU A; 5AZR A; 1XZ5 A; 4NZI A; 3S65 A; 1JP6 A; 4MBN A; 1TES A; 3KUO A; 2O5L X; 5JDO F; 3NFE A; 3HC9 A; 1UVX A; 4N7P B; 2H8D A; 1Y83 A; 4G1B A; 1O1L A; 4MQK A; 4G1V A; 1CP0 A; 1Y4Q B; 3BCQ A; 3OK5 A; 5EUI B; 3ZJO A; 1C7C A; 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1DM1 A; 1O1M A; 3HRW B; 1S61 A; 3BOM A; 1M6M A; 1J3Y A; 1LFT B; 4DC8 A; 3AQ7 A; 5MBA A; 2SPN A; 5B85 A; 1XXT A; 5HLU A; 1J7Y A; 1C40 A; 1MNO A; 1HBA B; 1CG5 A; 1DUO A; 1OR6 A; 3KUN A; 1FCS A; 4QAU A; 2HZ2 A; 3ZHW A; 1BIN A; 1A0U B; 1G9V B; 3A0G B; 3EOK B; 1WVP A; 1X9F B; 3ZJM A; 1JDO A; 1YEO A; 3A5A A; 3LQD A; 3ONZ A; 1BZR A; 3UHV A; 1NZ4 A; 2HHE A; 4H07 A; 2O5O X; 1BVD A; 1URY A; 1VXC A; 3NMM B; 2V1F A; 3FS4 A; 2O5B X; 1RQA B; 1WMU B; 5EE4 C; 2W6Y A; 1VRE A; 3WCP B; 1Y85 B; 3UH3 A; 1GBU B; 2ZS0 C; 5AB8 A; 4YU4 B; 2PEG B; 5E29 A; 4N7P A; 3SZK B; 2EKT A; 1O16 A; 5JOM A; 4DC7 A; 1Y4Q A; 2ZSO A; 5EUI A; 5HU6 B; 1K0Y A; 103M A; 3HXN B; 4VHB A; 1S0H A; 4XDI A; 108M A; 1NZ5 A; 1O1J A; 3D17 A; 4YU3 B; 3UI0 A; 1HBS B; 1MWD A; 112M A; 1Y4V A; 3UH7 A; 1DWR A; 1A4F A; 3AT5 B; 2WTH A; 1OJ6 A; 3M39 A; 1M6C A; 4ODC B; 2DHB B; 1YGD B; 1ITH A; 1HAC B; 4H2L A; 2W31 A; 1O1N A; 3NG6 B; 101M A; 1K1K B; 4LPI A; 3PT7 B; 1DO4 A; 3TM9 A; 3PEL B; 4NS2 A; 4HRR B; 3ECZ A; 3V2Z A; 3ECL A; 1MLJ A; 2DN3 A; 1HV4 A; 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