3HI0A

Crystal structure of putative exopolyphosphatase (17739545) from agrobacterium tumefaciens str. c58 (dupont) at 2.30 a resolution
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
505
structure length
501
Chain Sequence
RSEAQGRLTGLAPVSVIDIGSNSVRLVVYEGLSRAPAVLFNEKVLCGLGKGLALTGRMHEEGVTRALMALRRFHVLSEQAQAQKLYVLATAAAREAENGPDFIREAEAILGCEIEVLSGEKEALYSAYGVISGFYQPDGIAGDLGGGSLELIDIKDKSCGEGITLPLGGLRLSEQSDGSLEKAATIARKHVKSFAKLLAAGEGRTFYAVGGTWRNIAKLHMEISGYPLHMMQGYELPLEEMLNFLEEVIVSRDAWQAVSKNRRSLLPFGAIAMREVLRAMKPAKIAFSAQGVREGYLYSLLTEAERESDPLLVAADELAILRARSPEHARELADWSGRTFPVFGIDETEEESRYRQAACLLADISWRAHPDYRGLQALNIIAHSSFVAITHPGRAYIALANYYRFEGLNDNGTTEPLAAMAGERLQELGKLLGGLLRVVYLFSASMPGVVDHLKFRKSDNPDIDLEFVVPHDYCDFAGERLDGRLQQLAKLTGKRLAFVFE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Putative exopolyphosphatase
publication title Crystal structure of Putative exopolyphosphatase (17739545) from AGROBACTERIUM TUMEFACIENS str. C58 (Dupont) at 2.30 A resolution
rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens str.
total genus 168
structure length 501
sequence length 505
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02541 Ppx-GppA Ppx/GppA phosphatase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.3210.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Hypothetical protein af1432 Hypothetical protein af1432 3hi0A03
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3hi0A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3hi0A02
5BR9A 3MMVA 3O80A 5TK6A 4N71A 2PAUA 1RFQA 1QQNA 5ADXA 2YHWA 3EO3A 3G25A 5KPZA 5BN8A 2ZGYA 2FXUA 4DMBA 3BEXA 4B9QA 1YVNA 4XEIA 5KPRA 1HPMA 2Q97A 1U2VB 5KQDA 1U2VA 4FOIA 4MO5A 3IMXA 4B1UB 2P9UA 4JD2A 1NGHA 2A5XA 4QFYA 4BROA 1QHAA 2O08A 3CJAA 4PL7A 4QS8A 3DXKB 1V4TA 3DXKA 5JICA 2D0OA 2GWJA 2E8AA 1IG8A 3WT0A 4BRAA 3LDNA 2OGIA 1Z6RA 3UKUB 3CERA 3WXKA 1YOYA 3KH1A 3VEXA 4ISGA 2VCPA 1RGIA 4L7WA 4BRPA 3VGMA 4L7EA 2E20A 3MN9A 2A6AA 2HEKA 3HI0A 4PKHA 2PGSA 4TO5A 4FWPA 4YDUA 2ITMA 1QZ5A 3QBWA 1T44A 4CZMA 5ELZA 3FZFA 2NLXA 3A5OC 2YJEA 1K8KB 5AQUA 3VEWA 4H5VA 1K8KA 1T6DA 1J6ZA 5ADXH 3D7EO 2W41A 1BWFO 3ATUA 5BREA 3LM9A 3WEEB 3DWLA 4FWQA 3WEEA 5AQQA 3VEZA 3D2FB 4FWSA 1ZXOA 2IIRA 3MK6A 1DKGD 3VGLA 4IO8A 4CD1A 4EFHA 4MZ7A 1MWKA 3C0BA 3LDQA 4CZJA 3HC1A 4BVPA 5AQGA 3S41A 4BR4A 5JMVA 2P9IA 5AO1A 4H0TB 2A41A 4BRHA 4M63C 4H03B 2P9KB 3I8BA 2P9KA 3WXIA 5E84A 5AQLA 2P9LA 2Q36A 4FOEA 2YHYA 3QDKA 1S22A 4H0YB 3LL3A 4FWLA 3LDLA 2AA4A 3D2EB 2V52B 3AY9A 1GLEG 5AQHA 3D2EA 3QICA 5FPMA 3SK3A 4TNYA 1T6CA 3UKRA 3UE5A 5F2RA 1ESVA 2V7ZA 1BG3A 2YHXA 4RXRA 3SJHA 2FSJA 3EN9A 3H45C 1YUWA 2P9NB 4ME4A 1BA0A 1BU6O 5KQ8A 4FWOA 2IVPA 3GOIA 2Q1NA 4XH1A 4H5WA 3R8EA 3SLCA 2D0PA 4J8FA 4RXQA 2NZTA 4BR0A 3BF1A 4DB3A 4ZWGA 3VGKA 3EKSA 3OHRA 3WQUA 3C7NB 3C7NA 3KZBA 5AQKA 2E88A 2HF3A 2P9PA 1HKGA 3H1VX 4DCHA 4BRGA 2FSNA 5AR0A 4BRKA 3HM8A 3DAWA 2ZWHA 2A42A 3L6QA 4GNIA 5EY4A 4BZBA 5AQTA 2E2NA 3VPZA 4BC4A 2I7NA 4BGBA 2FF6A 1NGJA 1NLVA 4BRNA 4WQ5A 3AARA 4NB4A 2QWQA 5AFUA 3JXUA 3HZ6A 3NQWA 2O6IA 4O5FA 4CZGA 1C0GA 4H5NA 1X9JA 1NGGA 1YXQA 2QWOA 4AM6A 1HJOA 4A2AA 2I7PA 2NRHA 4JHDB 4FO0A 4JHDA 4A62A 4XH5A 5LJWA 2WUSA 3O4WA 3CIPA 2YCHA 4TO1A 3ZX2A 4BGAA 3CJ9A 3M6GA 2F9TA 4K41A 4PKGA 2P9UB 4I6MB 4BVOA 4QS7A 4JD2B 4I6MA 3ZETB 4L1JB 4M7YA 4RCHA 3MEMA 3ZETA 4L1JA 4FSVA 1HX1A 1NGDA 2UYTA 2QWNA 5AQOA 2H3GX 1QQMA 4B1VA 4YDUC 4BC2A 3VERA 1RDWX 5AO3A 3HBTA 1X3NA 2Q0UA 1JCFA 4BQLA 1R59O 2YJFA 3QMLA 3U9ZA 2IVNA 4A61A 5AFUH 4CZFA 4BRMA 5AQWA 3CI5A 3LDOA 1JCEA 4QG2A 4CZLA 3SMPA 5FPNA 3JS6A 3RSEA 3HTVA 4BRFA 1NM1A 1ATNA 3I7AA 3QFPA 4MLEA 3M1TA 2OANA 1TUUA 2Q0RA 2FSKA 2HMPA 4Y0WA 5BN9A 2CGKA 3ZX0A 1S3XA 4BC5A 3U4LA 2DPNA 4FWMA 1Z05A 4BC3A 4BRQA 2DQBA 2D4WA 3FLCO 3A5NC 4PKIA 5CE3A 1DGKN 3ATVA 4H0XB 1OKJA 4JNEA 3CETA 4WYBA 3DJCA 3VEVA 2P9IB 4MDZA 4XH4A 5BRFA 3CJ7A 1QZ6A 4FL9A 3ENHA 4TO6A 1G99A 2P9LB 3H6EA 3F9MA 1GLFO 5JLHA 4EAHD 2E1YA 3U9DA 4ISFA 2BUPA 3H3OB 1GLCG 4B1ZA 1GLAG 2YI1A 1P8ZA 4CZIA 3BP8A 1CZAN 1YAGA 4EHTA 3WXLA 3EKUA 4WQ4A 2FLOA 3UKRB 4RTFD 3QB0A 4FPBA 4Z94A 1QQOA 1C0FA 3MN7A 1KAXA 5AQMA 1Q18A 1XC3A 5FPEA 5JLFA 1KXPA 4FPAA 4H5RA 1BDGA 3FZHA 3FZMA 3DXMA 2GUPA 4MO4A 4DHYA 1BUPA 1HKCA 4H0PA 4NO7A 2F9WA 4RXPA 1U6ZA 1BO5O 3L4IA 4CZHA 5AQFA 3IDHA 5AQNA 4K25A 4ZWEA 3IFRA 3CQYA 4WQ5C 2P9PB 4TNXA 4TNZA 2Q2RA 3TU5A 2QW9A 5BRDA 1ZC6A 4BR9A 3EZWA 4CD3A 4C23A 3A8YA 1ZBSA 2HOEA 2J4RA 3CQXA 3FR0A 2EWSA 5AZJB 3VESA 4IJNA 5AZJA 5FPDA 4EHUA 2PAVA 3TMDA 1GLDG 1NWKA 2ASMA 5EX5A 1D4XA 3LDPA 3GDQA 3AAQA 4RXSA 3EL2A 2P9SA 1SAZA 4CBXA 4Q7HA 4HWIA 4MLHA 2ZGZA 2PQ7A 3VEOA 5F0XA 2HF4A 4K42A 3GL1A 5AQRA 4QFXA 2E2QA 4JAXA 2A40A 2QXLA 5AQSA 4CBUA 5AQZA 5AQXA 4KBOA 3WXJA 1NGIA 2AP1A 3ZEUB 3O8MA 3H46O 3O1BA 3ZEUA 3TPQA 3FZLA 4B1XB 5BPMA 3QFUA 1H1VA 1ATRA 2CH5A 5AO2A 3VETA 1LCUA 5AQYA 3B8AX 4CJ7A 4BG9A 3KHYA 4QG1A 3CJBA 1XQSC 3I33A 3A0IX 2ZF5O 3CHWA 4X9EA 3MZOA 1MA9B 3MN5A 1GLLO 3W3DA 4RWTA 3A5MC 4QG4A 3TMBA 1EQYA 2CQZA 3VF2A 1KAYA 3H1QA 4BREA 5TKAA 1XUPO 3BUZB 2FF3B 3MN6A 1HUXA 4CZEA 1LOTB 3HSCA 1HKBA 5TK7A 5TK9A 2QM1A 1V4SA 3CJ1A 5EOYA 4TO4A 5BRHA 4BG8A 4BR7A 3FE1A 2V51B 3IRHA 3LM2A 4A2BA 5KPTA 3P3QA 5EVZA 4BRCA 4F9OA 3KVGA 3O08A 3L0QA 3GG4A 3RSEB 3AAPA 4PL8A 4CBWA 5BPNA 3O5BA 1NGFA 3ULEB 2PARA 3ULEA 3WQTA 4M7XA 2PAQA 2GZ4A 3QBXA 4MCWA 4FWRA 3A5LC 4BRLA 1DEJA 4JN4A 4R8ZA 3CCGA 2ASOA 1MDUB 3UKUA 1XX7A 4FWKA 4TNPA 5I9EB 2GEMA 1WOQA 3ENOA 1IJJA 4H0OA 3VENA 3R6MA 4CZKA 4ISEA 4WQ4C 3GE1A 4BRIA 2Q31A 4EIAA 2ASPA 4BZCA 3BG2A 4IXCA 4QFZA 4TO2A 4FWNA 3WUHA 4LRLA 2BTFA 1VJ7A 2V7YA 3W0LA 1WUAA 4RXOA 1GLBG 1TUYA 4IZ9A 2A3ZA 3RF0A 1ATSA 5LY3A 2QWLA 3ID8A 3D2FA 4TNQA 4O8KA 1NGEA 2QWRA 1NBWA 4XDSA 3DXMB 3P4IA 4TO0A 5LJVA 4CI6A 3FZKA 4QG0A 3U8XA 1BA1A 2IVOA 2QWMA 2CGJA 2E2OA 4LC9B 1HLUA 3J8AA 3CJCA 3M3ZA 2GWKA 2VYPA 3VEYA 3VF6A 5F1XA 3U1NA 2D1KA 3IUCA 3FGUA 3TMCA 1KAZA 2W40A 3FFKB 4BQZA 4IJAA 5AO4A 3UB5A 3LJXA 5AQIA 1VQRA 1GLJO 3NR1A 2P9NA 4MLNA 4MLMA 2GTDA 3R9PA 4K43A 5TKYA 4N6WA 1NGCA 1SZ2A 1NGBA 4GY2B 4L3QA 1NMDA 3SMSA 2GELA 2P9SB 2E1ZA 3M1FA 3MCPA 3H3NO 3MDQA 2KHOA 5AZIB 5AZIA 2CGLA 5AO0A 5AQPA 2E2PA 5EXWA 3GBTA 4AM7A 1X3MA 5B8HA 2Q14A 1SQKA 4BR5A 4B1YB 2PBDA 3BF3A 5TK8A 3ZX3A 2CH6A 4DQ8A 1Y64A 4BR2A 2QWPA 4IWVA 1JCGA 4H5TA 1E4FT 2VWBA 4TO3A 1E4GT 1MWMA 5AQJA 5AQVA 4B1WB 3VF4A 3VOVA 4HTLA 1BOTO 3O1WA 4BRDA 1YNBA 4QS9A 4E1JA 4TNRA 1NGAA 3O6WA 1TYQB 5E26A 4H0VB 1TYQA 5BPLA 3TM8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JGUA 4F2SA 3O80A 5TK6A 4N71A 4EP4A 4DLEA 3IRXA 4A57A 3QEVA 3OJSA 1ZYQA 3EO3A 3DLRA 4IFYA 2ZGYA 4I7FA 1YVNA 1WAFA 1U2VA 4FOIA 1HR0K 3LZJA 3IMXA 4YOXA 4DSKA 5KI6A 1S72N 2E8AA 1IG8A 3L2RA 2OYQA 4ILHA 4CIFA 4GKJK 1VSKA 3WXKA 1T7PA 1YOYA 3DLLL 4DR4K 3C6HA 1C0UA 2A6AA 1WNSA 3P5JA 4YOTA 3DI6A 3K9KA 4W5RA 4TO5A 4FWPA 3EE9A 2ITMA 5GIOA 1L3SA 2ZD1A 4MDBA 5SZTA 2HBKA 1RT1A 2NLXA 3U3GA 5KGXA 4L8RB 4B8CA 5IT9O 4JRPA 3ATUA 3S3OA 3DWLA 3GW7A 3DRSA 3HM9A 3VEZA 4AQYK 3C6UA 4ICLA 1DKGD 3O4NA 4IO8A 4CF8A 4FLUA 4BVPA 3S4LA 4BRHA 2PZSA 2HBJA 2P9LA 3LP1A 4CEQA 4FOEA 2YHYA 4H0YB 1BIZA 3TR8A 5M1FA 2W6LA 3NVMA 2Z1IA 4N56A 1NK0A 1T6CA 3V1RA 5F2RA 1ESVA 4I2QA 1BA0A 1BU6O 4FWOA 3NH0A 3GOIA 2Q1NA 2NZTA 1YT3A 2VWKA 4FLYA 3VGKA 3EKSA 4YFUA 3RWUA 1VK0A 3C7NB 3SUQA 5AQKA 1HKGA 4CEEA 3CM6A 4BRGA 2FSNA 4PA1A 4DSJA 1WLJA 4BRKA 4LF4K 4BE1A 2G8VA 4KTZA 3L6QA 4RW7A 2Y1IA 1ZBHA 1WAJA 4CHYA 2FF6A 4JKGB 2OPPA 2QK9A 4BRNA 3QEWA 2HBMA 4WQ5A 4CFCA 3K5OA 4KH6A 4GKKK 5JVHL 1HYSA 3HP9A 4LSLA 3KD1E 4CZGA 4H5NA 2G8UA 1X9JA 1RT5A 3VQ8A 4BWJA 3KIOA 4FVMA 4DTPA 1YXQA 3DRPA 1RTDA 1RT3A 4FM1A 4IO9L 5HLFA 2G8IA 4JHDB 1DTTA 4FO0A 2HHQA 4QQWA 1JKHA 3O4WA 4FJ5A 2YCHA 2Z1JA 3KKSA 1WSHA 3ZX2A 4CK1A 5J2MA 4JI7K 4PKGA 3ZETB 3J7ZO 2AJQA 3NVKA 1NGDA 2UYTA 1T05A 3AVJA 2H3GX 4CFDA 1RDBA 3AA3A 1W97L 3T19A 5FLXO 1X3NA 3L3VA 3CD6N 1MU2A 3NDKA 1LAWA 4OKJA 1NU0A 4CERA 1R59O 3U9ZA 4A61A 4CZFA 3DMJA 5AQWA 1SUQA 4BRMA 3J81O 3LDOA 4CW7B 5AJ3K 3SMPA 5FPNA 4GVMA 1NM1A 3QFPA 1VSEA 1TUUA 2Q0RA 4IEEA 4WFNL 5CYMA 2HMPA 3BGRA 5BN9A 3U4LA 2DPNA 4CGFA 3RMCA 2IDOA 3LWMA 4YORA 3ZSQA 3VTIA 4DQIA 2D4WA 1N32K 3FLCO 3SPYA 4PKIA 4J2AA 5HRNA 3ATVA 4UQGA 3DLGA 4WYBA 3NHGA 4ILJA 4FM0A 4BY9C 3O3GA 5CHIA 2P9LB 3CCLN 3F9MA 4CIEA 4EAHD 2VQFK 2UUCK 2Y1JA 3CMAN 4CZIA 3KTQA 3K5MA 5J2QA 1YAGA 3OBYA 4CGGA 3EKUA 4GVEA 4CHNA 3QERA 4RTFD 5C24A 1NK7A 1QQOA 1VQ8N 4FPAA 3I0SA 2GX9A 1JLGA 4H0PA 2F9WA 4RXPA 4C8OA 1U6ZA 1BO5O 1I39A 3IDHA 1RT7A 4Z4CA 2YNGA 1YF5L 4WQ5C 4DFKA 2NNWA 4TNXA 4OPJA 1RBSA 2Q2RA 2NRRA 2QW9A 3RRHA 3EZWA 4B9UA 4DFPA 4C23A 3A8YA 4QCLA 1BCOA 3T7ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5BR9 A;  3MMV A;  3O80 A;  5TK6 A;  4N71 A;  2PAU A;  1RFQ A;  1QQN A;  5ADX A;  2YHW A;  3EO3 A;  3G25 A;  5KPZ A;  5BN8 A;  2ZGY A;  2FXU A;  4DMB A;  3BEX A;  4B9Q A;  1YVN A;  4XEI A;  5KPR A;  1HPM A;  2Q97 A;  1U2V B;  5KQD A;  1U2V A;  4FOI A;  4MO5 A;  3IMX A;  4B1U B;  2P9U A;  4JD2 A;  1NGH A;  2A5X A;  4QFY A;  4BRO A;  1QHA A;  2O08 A;  3CJA A;  4PL7 A;  4QS8 A;  3DXK B;  1V4T A;  3DXK A;  5JIC A;  2D0O A;  2GWJ A;  2E8A A;  1IG8 A;  3WT0 A;  4BRA A;  3LDN A;  2OGI A;  1Z6R A;  3UKU B;  3CER A;  3WXK A;  1YOY A;  3KH1 A;  3VEX A;  4ISG A;  2VCP A;  1RGI A;  4L7W A;  4BRP A;  3VGM A;  4L7E A;  2E20 A;  3MN9 A;  2A6A A;  2HEK A;  3HI0 A;  4PKH A;  2PGS A;  4TO5 A;  4FWP A;  4YDU A;  2ITM A;  1QZ5 A;  3QBW A;  1T44 A;  4CZM A;  5ELZ A;  3FZF A;  2NLX A;  3A5O C;  2YJE A;  1K8K B;  5AQU A;  3VEW A;  4H5V A;  1K8K A;  1T6D A;  1J6Z A;  5ADX H;  3D7E O;  2W41 A;  1BWF O;  3ATU A;  5BRE A;  3LM9 A;  3WEE B;  3DWL A;  4FWQ A;  3WEE A;  5AQQ A;  3VEZ A;  3D2F B;  4FWS A;  1ZXO A;  2IIR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2JGU A;  4F2S A;  3O80 A;  5TK6 A;  4N71 A;  4EP4 A;  4DLE A;  3IRX A;  4A57 A;  3QEV A;  3OJS A;  1ZYQ A;  3EO3 A;  3DLR A;  4IFY A;  2ZGY A;  4I7F A;  1YVN A;  1WAF A;  1U2V A;  4FOI A;  1HR0 K;  3LZJ A;  3IMX A;  4YOX A;  4DSK A;  5KI6 A;  1S72 N;  2E8A A;  1IG8 A;  3L2R A;  2OYQ A;  4ILH A;  4CIF A;  4GKJ K;  1VSK A;  3WXK A;  1T7P A;  1YOY A;  3DLL L;  4DR4 K;  3C6H A;  1C0U A;  2A6A A;  1WNS A;  3P5J A;  4YOT A;  3DI6 A;  3K9K A;  4W5R A;  4TO5 A;  4FWP A;  3EE9 A;  2ITM A;  5GIO A;  1L3S A;  2ZD1 A;  4MDB A;  5SZT A;  2HBK A;  1RT1 A;  2NLX A;  3U3G A;  5KGX A;  4L8R B;  4B8C A;  5IT9 O;  4JRP A;  3ATU A;  3S3O A;  3DWL A;  3GW7 A;  3DRS A;  3HM9 A;  3VEZ A;  4AQY K;  3C6U A;  4ICL A;  1DKG D;  3O4N A;  4IO8 A;  4CF8 A;  4FLU A;  4BVP A;  3S4L A;  4BRH A;  2PZS A;  2HBJ A;  2P9L A;  3LP1 A;  4CEQ A;  4FOE A;  2YHY A;  4H0Y B;  1BIZ A;  3TR8 A;  5M1F A;  2W6L A;  3NVM A;  2Z1I A;  4N56 A;  1NK0 A;  1T6C A;  3V1R A;  5F2R A;  1ESV A;  4I2Q A;  1BA0 A;  1BU6 O;  4FWO A;  3NH0 A;  3GOI A; 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