The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
213
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structure length |
189
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Chain Sequence |
DIETIVNEFETRAGTLLRYYTGLLERSKVQPCCFKLYNDPFDMVYVMMNSKLFSHVYIKDCKVRQSFELASPKHTEGLIRSIEGHYVGYELHDGKQLSISDMMASQLFEDEYFMYGLQTYQSSNTDVIANIEMLYQLATGINEPVPELVEGLKLVTEFVQDENATQEDYKALERKLNDLKASYYSLSKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Unknown function
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| molecule keywords |
Pathogenicity island protein
|
| publication title |
Structural and functional studies of a pathogenicity island protein from Staphylococcus aureus
rcsb |
| source organism |
Staphylococcus aureus subsp. aureus
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| total genus |
58
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| structure length |
189
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| sequence length |
213
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-05-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF16560 | SAPI | Putative mobile pathogenicity island |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 | Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3HL6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3MAC A; 3RC8 A; 4MLK A; 2CMR A; 3LBX A; 5HWX A; 5L3F B; 2PJQ A; 2HH7 A; 4GKK T; 3PU8 A; 1HF8 A; 1SA0 E; 5LA6 E; 2BS2 A; 4KBM B; 1D0Y A; 2W4X A; 2YIN A; 4DR4 T; 3RIF A; 4I4T E; 2X3F A; 3RYH E; 3A5X A; 4DV2 T; 1YXR A; 5AQM B; 3AXJ B; 3UU8 A; 5ABH A; 2IDO B; 2EHO C; 5LGU B; 2VVS A; 1BR2 A; 3IOD A; 4PK4 A; 5ABE A; 4MUF A; 2M67 A; 2XAF B; 4HFH A; 3ZJ1 A; 2VQE T; 5F8P A; 4HN9 A; 5LG3 A; 4B6X A; 5M4Y A; 3PV0 F; 3AA0 B; 1OED C; 1IJ5 A; 4IL4 A; 4K0U A; 3KV6 A; 1VCT A; 2X9X A; 3I9W A; 5FXZ A; 5ADX L; 4MUG A; 2CA5 A; 5EZY E; 3P4S A; 2H3R A; 3N2G E; 3AVS A; 3UA0 A; 4JI5 T; 5CJ5 A; 2HPL A; 4ILC A; 1E7P A; 4M1P A; 1MIY A; 1HG5 A; 2VKH A; 3MZK B; 4UVB B; 1IAP A; 1DU2 A; 3N2O A; 2EHO D; 3R84 B; 3RRC A; 3M3Z B; 2I59 A; 5AQK B; 2JJ9 A; 5JDN A; 3RLF F; 4DBQ A; 4OK0 A; 4CN4 A; 4EGW A; 2QVA A; 2N9D A; 5KWV A; 5L4H A; 5HEJ A; 2W61 A; 3HI2 A; 5DAB A; 2V7J A; 3CQX C; 5AQR B; 2UXN B; 5L3G B; 4X64 T; 4MFR A; 2VKJ A; 3AE4 A; 4DND A; 2DWG A; 1D1C A; 3RYF E; 4CQI A; 5LJN A; 4HWF A; 2A52 A; 4JI8 T; 1S35 A; 4MQ6 A; 1KNZ A; 2EJC A; 5LBM A; 3JAD A; 2BKN A; 3HKD E; 3N9O A; 3VRA A; 4U31 A; 1WLX A; 3IOC A; 2A72 A; 4IDN A; 2VB6 A; 3UTK A; 2IIU A; 3EAB A; 4HGA A; 2E9X B; 3FZK B; 1QLB A; 2NR4 A; 4O2A E; 3OPC A; 3RKG A; 1IZN B; 2ACX A; 4PFP A; 2LME A; 4I43 B; 5LG4 A; 1J1J A; 3ZC1 A; 1YKH B; 1T72 A; 4IE7 A; 3I0Q A; 1Y01 A; 2XZE A; 2JMH A; 3H3A A; 3WAJ A; 2WY2 A; 4DR7 T; 1CUN A; 2WBL A; 3KVB A; 3ZN1 B; 3Q5D A; 3FZH B; 2LE8 A; 3RHW A; 3ZC0 A; 5IHY A; 4LFC T; 3UUL A; 4DV4 T; 3K8P C; 3K3N A; 4XZC A; 2CBJ A; 3O9X A; 5HG0 A; 5LCY A; 3FXD B; 3LK4 2; 4DMV A; 3LBX B; 2V6Y B; 3RYI E; 2YEV C; 4IIJ E; 2WZH A; 4ZI2 C; 3CFA L; 2CHO A; 3LK2 B; 3CX8 B; 1N36 T; 4EAH A; 1N34 T; 3S4U A; 3QK6 A; 4X66 T; 4TWH A; 5LBQ B; 3RYC E; 2E5V A; 3K3Q C; 1MIW A; 4ISS A; 4AQF A; 4H9S E; 3JAE A; 4H9P C; 3RC3 A; 5HWY A; 3TLW A; 2G16 A; 3N8H A; 4LML A; 2MPK A; 4CI1 B; 2X66 A; 2YDR A; 4QH4 A; 1BR1 A; 5L2L A; 4AKL A; 2IC9 A; 1D0X A; 4LF8 T; 5HXE A; 3PDY A; 5CB4 E; 2YU1 A; 3C4W A; 2VAS A; 4ZI2 D; 2VKD A; 3AAE B; 2BS4 A; 3N9L A; 2K48 A; 2CM0 A; 2V7M A; 1LVK A; 2UU9 T; 3ONL C; 1Z8U A; 3L39 A; 2JRK A; 3ZMS B; 1KK7 A; 1LKX A; 3TLS A; 2JQH A; 3IMC A; 3LK3 B; 4XBF B; 4K0K T; 5HXC A; 4NXN T; 5LOV E; 1W9R A; 3V5U A; 2FBW A; 2XQY A; 4A97 A; 4JLE A; 2XQ8 A; 4LF5 T; 2NW7 A; 3FHN A; 5HXR A; 2W66 A; 3UU4 A; 2V26 A; 3LDQ B; 3C64 A; 5F3J A; 3RGL A; 4B3S T; 3RPU A; 3COZ A; 3ZYM A; 3QTT A; 2LSK A; 4TNV A; 2CWY A; 5AQU B; 2XPK A; 2BBH A; 4CI3 B; 1IJ6 A; 1XMO T; 4ILU A; 4CN1 A; 3PU3 A; 3ONX A; 2YK0 A; 4HFC A; 4CN6 A; 4QXC B; 2Y6X A; 3NRX A; 2V7K A; 2FJD A; 2HN2 A; 3CKD A; 3ZLI A; 4IE4 A; 3KVA A; 4LMJ A; 4QXH B; 3ZKR A; 2BZB A; 2XAH B; 2BG9 E; 2D0U A; 1UUR A; 3LF4 A; 5LJM A; 4TUY E; 5EK3 A; 2L3L A; 4PJJ A; 2XSB A; 5HAX A; 2N2N A; 4EFK A; 3AE8 A; 4UVC B; 3AEC A; 1X9B A; 2YKS A; 4PAG A; 4MUL A; 4LF6 T; 1N2H A; 4IE0 A; 1ZEE A; 2BBJ A; 3JCF A; 4PNI A; 5LMN T; 3IVG A; 4A56 A; 3MXZ A; 2HHH T; 3ZMU B; 4HWH A; 4L9I A; 4FI5 A; 3LG7 A; 5LHH B; 4DV5 T; 3ANW A; 4AQG A; 4DMW A; 4DR5 T; 1XDP A; 5GON E; 3EVY A; 2ZM2 A; 1QSD A; 5FMN A; 2BS3 A; 5AQI B; 3IME A; 3EAM A; 3RRW A; 5HCJ A; 2ZMA A; 3RF1 A; 2PTF A; 1IHO A; 2H7O A; 2NP9 A; 4GKJ T; 3EI0 A; 2G0U A; 4JUY A; 3KDS E; 2M6I A; 4YSX A; 4DVD A; 1V9D A; 4X1K E; 3I1A A; 3CVR A; 1MIV A; 1YKE B; 2BG9 C; 5JDM A; 4LF9 T; 5C2T A; 2A88 A; 2H7V C; 1L0V A; 3J7Y q; 4IE5 A; 4HEA A; 2WWV A; 3NBX X; 2XAG B; 1OED E; 2FUP A; 2OA5 A; 3C50 A; 5FNV E; 2Q9Q C; 1E2A A; 2V7L A; 4HFD A; 2KIN B; 5LMU T; 2Z6E A; 1BR4 A; 4ADZ A; 4JI0 T; 3RH3 A; 5HEH A; 4ZS3 A; 4IL9 A; 5HEU A; 3SWH A; 4EEB A; 1HX1 B; 3SFD A; 5BMV E; 3TLV A; 4OFZ A; 5L3E B; 2VUR A; 3KIN B; 4TZ4 C; 4CI2 B; 3ZT6 A; 5FVL A; 4PJN A; 3P4W A; 3INN A; 1XMQ T; 3SOL A; 3UFE A; 5F5W A; 2MBG A; 2WDQ A; 3N5L A; 4AQY T; 2I52 A; 2KWI B; 3PUS A; 1UX5 A; 3MUE A; 3Q5X A; 2I0M A; 1NEN A; 2LSG A; 4BHR A; 2H89 A; 2Q9Q D; 3PUV F; 2LSI A; 4AIU A; 4OYK A; 2X9Y A; 3C98 B; 4TX5 A; 2ZM6 T; 2I6H A; 4EV6 A; 3KBT A; 1HNX T; 3P8C D; 3N9M A; 4A5X A; 3PUW F; 5AQJ B; 4AKR B; 3J9X 1; 2WM9 A; 2KLQ A; 2X9W A; 2LLY A; 5JR9 A; 2XQ3 A; 1YQ3 A; 3LJC A; 3Q2M A; 1QUU A; 2MYS A; 1T8B A; 3CWZ B; 2WSS V; 1JNR A; 2XAS B; 2VQF T; 4QH1 A; 4YSY A; 3UT5 E; 2X68 A; 3O1J A; 4X1I E; 4IDO A; 4YJ3 E; 2MAW A; 4ANJ A; 2ZLY A; 4ILA A; 3FZL B; 5AQP B; 1KF6 A; 2XQ9 A; 2Y48 B; 5E0O A; 3Q5E A; 2K3W A; 3PUZ F; 3RQW A; 2BVM A; 1NWM X; 3PTR B; 4U2Y A; 2W0G A; 4P09 A; 4U2Z A; 3RKO A; 5C8Y E; 2IHR 1; 3FZF B; 2FJA A; 5FYM A; 3COY A; 4LF7 T; 1UCU A; 2J62 A; 4EYU A; 2VWA A; 3ANW B; 4JI4 T; 2UUA T; 4E7S A; 2EHO A; 2IML A; 2WU5 A; 4O2B E; 2W67 A; 4HTE A; 4WZX A; 3A8Y C; 1M7K A; 2V8S V; 3T1Y T; 2JQQ A; 4PK6 A; 3OJA A; 1Z0P A; 4F8H A; 2F4V T; 4FZJ A; 4MUK A; 4E7Z A; 4U33 A; 3PJA J; 2A54 A; 4U74 A; 4BJN A; 3UU6 A; 5A1L A; 5L3C B; 4QWN B; 4ZOL E; 3ZSS A; 4V1A v; 3EHZ A; 1M62 A; 2K24 A; 4TN7 B; 4UF0 A; 4HWD A; 3I9Y A; 3RX6 A; 5JDL A; 3RI5 A; 5JH7 E; 2BDE A; 4NUV A; 4UR9 A; 5ETW A; 3L09 A; 3TLT A; 4DR2 T; 4ZZB A; 1MOP A; 3GN5 A; 5LXT E; 2UXD T; 1N33 T; 1YW0 A; 2A53 A; 4YTM A; 2V6X A; 3ZPO A; 4AQF C; 4MUI A; 4O8S A; 4ERR A; 1MND A; 2YOE A; 5FP3 A; 5H6Q B; 4TWF A; 3CFF L; 3ABV A; 3WAK A; 5LYJ E; 4PJL A; 3AE6 A; 2ES0 A; 4JV5 T; 3QUJ A; 2CXD A; 2JMK A; 4Z91 A; 1HG2 A; 1GQE A; 4DDK A; 3N9P A; 4GOU A; 3N2K E; 3AE3 A; 4FJO A; 3E0Z A; 4EB6 E; 2QGS A; 3AVR A; 1R8I A; 3EDU A; 3CK6 A; 3O1H A; 2M6B A; 3CML A; 4DV3 T; 4G63 A; 4MUH A; 4H63 V; 5FKY A; 1VRB A; 4JI6 T; 4MUJ A; 3IVC A; 4JI1 T; 3U78 A; 2RET A; 3F2E A; 5EXC A; 2W00 A; 3IBP A; 1W0A A; 3NZQ A; 5AQN B; 3ZYL A; 4CXX A; 4F6R C; 3AA7 B; 5CA1 E; 2XQ4 A; 2B1E A; 1N32 T; 4B3M T; 2C5K T; 3CFH L; 4H63 H; 4TV9 E; 1U4Q A; 2XM1 A; 2GK9 A; 2XQ7 A; 3OKQ A; 1S94 A; 3CIR A; 1ZHC A; 3T8O A; 4EXT A; 5JR9 B; 3ESL A; 3ZCI A; 2RA1 A; 4BA9 A; 4QX8 B; 2G2S A; 4TV8 E; 4L5G A; 4DBR A; 2X0L B; 3ZCJ A; 3SRZ A; 3FB2 A; 5LP6 E; 5H6R B; 2H88 A; 4HFB A; 2XQ5 A; 1E1H B; 3O1I A; 3HA4 A; 2LT3 A; 2ODV A; 4UEM A; 4X62 T; 4YSZ A; 3DP7 A; 5TAO A; 3PUA A; 2IUB A; 3LFM A; 3AG5 A; 2X67 A; 2UXC T; 3ZST A; 1N2O A; 5AQT B; 2C5I T; 1W09 A; 3EUH A; 5HYA A; 2DLR A; 4COF A; 2J1D G; 3Q12 A; 5AQH B; 4WBO A; 4KHZ F; 1FMW A; 2CHN A; 4EYY R; 4ILB A; 4EZH A; 3B13 A; 2LKH A; 2UXX B; 2QRX A; 1UUS A; 2XQ6 A; 3K3O A; 1O3X A; 2NWB A; 2A7X A; 1HNZ T; 2EHO B; 4HWC A; 5J2T E; 2W2U A; 4YHJ A; 4NUU A; 3V5S A; 3HL6 A; 3KBU A; 2OV9 A; 3AEA A; 3Q5W A; 3ZT7 A; 4GK5 E; 3HKB E; 5EK2 A; 1KNR A; 2KMF A; 5G2F A; 3UU5 A; 3LSV A; 3AED A; 4UF0 B; 5LHG B; 3ZMZ B; 4GYS A; 1UGO A; 5C3J A; 3PE0 A; 5KMG P; 3BQK A; 1J5W A; 3VR8 A; 1WCR A; 5L3D B; 4G5F A; 2YN6 A; 4DR1 T; 4O4L E; 3GN5 B; 1MMG A; 4C91 A; 4IDQ A; 3IMG A; 4IHJ E; 3SFE A; 3UFG A; 1AJ3 A; 3VRB A; 2E2A A; 4EOZ B; 2E9X C; 1US7 B; 1WR0 A; 1KEY A; 5FXW A; 4MUN A; 3IUE A; 5AQL B; 1SUM B; 2D0T A; 4LMK A; 1VOM A; 3RIU C; 2XQA A; 4I50 E; 2JIW A; 3B57 A; 3MKD A; 5FY0 A; 2QYW A; 4N78 D; 2VL8 A; 4AKI A; 2X0Y A; 2NW8 A; 2KND A; 5AQF B; 5CGM A; 2WMN A; 2XHE B; 4P0B A; 5AQG B; 1N2J A; 5BR8 T; 3P4R A; 4H9R C; 4MAL A; 2G5Z A; 3KV9 A; 3E22 E; 5AQV B; 3CQC B; 4JEU B; 1J5E T; 4EIW A; 2CPT A; 3IOB A; 3E08 A; 3ETU A; 2V5D A; 3NKZ A; 4YHH T; 3GMI A; 4DR3 T; 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