3HL8A

Crystal structure of exonuclease i in complex with inhibitor bcbp
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
470
structure length
456
Chain Sequence
KQQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTANAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
publication title Small-molecule tools for dissecting the roles of SSB/protein interactions in genome maintenance
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 157
structure length 456
sequence length 470
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2009-05-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3hl8A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3hl8A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hl8A01
4HCBA 4N76A 1WSJA 1J9AA 1BIZA 1LWCA 1VSIA 4AHRA 4ZTJA 1X9MA 1RBTA 3LWMA 4FM1A 4JLHA 4E0DA 3PO4A 2HMIA 1NKBA 3ZSRA 4TSXA 4R5PA 1LW2A 3HL8A 1SL0A 3AV9A 1K6YA 4O5BA 4WE1A 2YNHA 2D0AA 4F2SA 3ZSYA 2QK9A 1Q9YA 2FBYA 3ZSXA 1LAVA 2RPIA 4FM0A 1X1PA 1I39A 2YHBA 2X6SA 3NH0A 4QOZB 4G1QA 4KHWA 2G8HA 1NK7A 2KZMA 4OKEA 3QLHA 1WAJA 2B6AA 4RW8A 3PY8A 4Z4IA 1ZBFA 2VWJA 3DLRA 3JYTA 1WSHA 3EY1A 3TABA 4MQ3A 4OJRA 1NK9A 2QKKA 4K8XA 4FK4A 1EX4A 3EYZA 4KTQA 5FRMA 1U04A 2BE2A 4OKJA 1TKZA 4CGIA 3M8RA 4E89A 3NAEA 1RTDA 3RR7A 4F4KA 1Y97A 4Q0BA 3M8QA 3I8DA 3NGIA 4BE0A 4B9VA 1C1CA 4FLVA 1WSIA 3K5LA 2EX3A 4DTRA 4B9LA 3P83D 1SL1A 3OYDA 3SNNA 1TAUA 4KREA 4O44A 5KRSA 2OZMA 3DRPA 4CGJA 4IBNA 4CJRA 3H08A 1CLQA 4CJLA 1ZBHA 5CYMA 3AA4A 3ZSQA 1KVCA 3ZSVA 2GBZA 3QIOA 4NYNA 4CF1A 4CJPA 3OYAA 3L2QA 2W42A 1NK4A 3DYAA 4CEQA 4DQRA 3TARA 2HHVA 3CM5A 3CFPA 1HRHA 1NOYA 4BDPA 1JLFA 3I0SA 3CYMA 4M3XA 4KI4A 5JS1A 4E1NA 4FJ7A 3IAYA 4E7HA 2IGIA 2XY6A 4ELUA 2JLEA 1LWFA 1NK8A 2IAJA 2Z1HA 3G10A 2XHBA 3KLFA 3PX6A 1QSSA 4E3SA 4AHCA 2G8VA 4L8RB 2HHWA 4RW6A 3OYGA 2NUBA 5HBMA 3TAQA 1J5OA 4CJEA 4IFYA 4DFMA 1I3AA 3IRXA 3NF6A 2LSNA 1L5UA 1VSKA 3VQDA 1WN7A 1YT3A 3V9XA 2KFNA 4DQSA 3LANA 1S1UA 3VQBA 3SQ1A 2KZZA 1NK0A 1VSMA 2P51A 3HVTA 4C8NA 4CJVA 4CEAA 1KTQA 3NH1A 4EZ6A 3E01A 4O0IA 4BACA 3LP1A 4IG0A 4OVLA 4CHPA 4E19A 4E7JA 1BCMA 4FJJA 1U48A 3VQ4A 4CEDA 4HTUA 4FLUA 1NJWA 4B3OA 1SKRA 4FJLA 4DU3A 3AVBA 5CYQA 4CFAA 4CHQA 3OYJA 1ZBUA 1C0UA 1TL1A 3KK1A 3AVCA 1BGXT 3B6OA 3A2FA 3DRRA 4N47A 4CHOA 1C1AA 3KLIA 4CJKA 4F3OA 1Z25A 1NKCA 1S1TA 4B9TA 3LPTA 4B9UA 2RN2A 2VG6A 4CGFA 3WNHA 3RMCA 1L3TA 1D9FA 4YFUA 4EP4A 4PWDA 3KLGA 3RMBA 2BDPA 3NGYA 3KK3A 4RW4A 3KD1E 4J2BA 1CXUA 4N5SA 2HVHA 2DFHA 3AO3A 2HHQA 1RT3A 3VQPA 4CE9A 3V9SA 3SUNA 1TK0A 2YKNA 4RG8A 3AVGA 4W5QA 4Q5VA 3K5MA 4B9MA 4ELVA 1A5VA 4FJHA 4Z4EA 3F73A 1IH7A 2O4GA 3P1GA 2DFEA 3V1QA 3OYIA 4M3WA 1RILA 3G0ZA 2KFZA 1EXQA 1RT1A 3KKRA 3AVLA 3DI6A 4DSFA 1TKTA 4KHUA 1LV5A 5CY4A 4DFJA 4OKKA 3HO1A 1T03A 3VQ9A 3RRGA 3OYFA 1TGOA 2Y1IA 4FK0A 1NKEA 4HUFA 4FLYA 1BL3A 2I5JA 3O4NA 1IKXA 2ATQA 1VSLA 4DTNA 2JGUA 3TAEA 3CG7A 4ZHRA 4OGEA 4N56A 4JRPA 1FK9A 2YHAA 3VQEA 4RW7A 4GVMA 1QE1A 2OPRA 4B9NA 5CZ2A 4J2DA 3RWUA 3AVKA 3PO5A 1SKWA 1XWLA 1JXBA 5DK5A 4CHYA 3QO9A 1BI4B 3VQCA 5FDLA 4E7LA 4Z4FA 3HPHA 5CZ1A 3K57A 3HP6A 1R0AA 1TK8A 4DSJA 4BDYA 1SKSA 4YNQA 1RDAA 4H4MA 1VRTA 2YKMA 1N5YA 4DQIA 1HMVA 2YNGA 3KK2A 4DFPA 2AJQA 1JLEA 1GOCA 1QSLA 4W5TA 3CFOA 1CXQA 4DLEA 1HPZA 3K5OA 4OPKA 3NGZA 1FKOA 1TKDA 2G8IA 3O3GA 3OS1A 3AA5X 2IOCA 1FKPA 2IDOA 1HQUA 3ZSWA 5K14A 3OYBA 4CEEA 3LAMA 1LAWA 4O4GA 4EP5A 2P5GA 5JS2A 4CEZA 3QESA 1B92A 3VQAA 4W5OA 1LWEA 1RDBA 1GOBA 3L2RA 1D8YA 4F2RA 3ALYA 3VQQA 2HB5A 3DLBA 3OY9A 4FLWA 4PUOA 1W0HA 1RT5A 5KGXA 2PZSA 1X9SA 1ZYQA 4IKFA 4O0JA 1U45A 3OYMA 4LH4A 3SCXA 2IS3A 4FK2A 1ASVA 4J2EA 2B5JA 4Y1DA 4GW6A 4HVJA 1NJXA 2HHXA 4M3TA 2RF2A 4I7FA 1HYZA 2XRIA 2F8TA 3VQ5A 3SPYA 1NJZA 4Z4CA 4M3YA 2QXFA 3HPGA 1QHTA 1REVA 2VWKA 3LZJA 4DTXA 3L3VA 1IG9A 4AILC 2OZSA 3V81A 1BISA 3SQ0A 1N6QA 3HJFA 4F3TA 4CGGA 4KTWA 1WNSA 2EHGA 1D9DA 1S9GA 4DS5A 1S1WA 4DSKA 4CF8A 3IS9A 3L3UA 3L8BA 4FZYA 1VSFA 1XHXA 3S3OA 3P5JA 1RBUA 5HRSA 2P1JA 4KV8A 4UQGA 2OPQA 3TAPA 4CK3A 1RCHA 4KRFA 1RBRA 2HHSA 3VA3A 4E7KA 4PQUA 3WNEA 4FM2A 4CIFA 2ETJA 1KLNA 3MAQA 1IKVA 3AVJA 3NBPA 5SWMA 2XY7A 4FJ9A 2HHUA 3WNFA 1NJYA 3QNOA 4NCBA 4DLGA 1T05A 2D0CA 1UAXA 1YVUA 1VK0A 3QINA 3VN5A 2HNDA 3PX0A 2FBTA 4B9SA 3TAGA 1EKEA 4DWIA 4DSEA 1KCFA 1U4BA 3T19A 4QCLA 2HNYA 3K5NA 4KHNA 1HYVA 1G15A 3HK2A 2GUIA 3KLHA 3ZSOA 3JSMA 1RBSA 2X6NA 1XI1A 4JRQA 1LW0A 1RBVA 3CFRA 2G8FA 1RDCA 1S1VA 3OVNA 4FLZA 1CZ9A 1S6QA 1VRUA 3AVHA 3HSTB 2ZE2A 4KKOA 5FROA 3AA3A 4QAGA 5EU7A 3V1OA 1RT2A 4HHTA 4FVMA 4DF8A 1YTUA 5HRNA 4OPJA 4NCAA 4M41A 1GOAA 2IC3A 5I42A 2RKIA 2OYQA 1UA1A 1HNVA 4JS5A 1JLCA 4LY7A 5J2MA 1SL2A 5KTQA 3HVRA 5J2NA 2O4IA 4IDKA 4CJFA 3OS0A 3V9WA 1UA0A 3KLEA 1QS4A 4HUEA 2BGGA 3CQ8A 4AH9A 2E6MA 4M3ZA 1RT6A 3SUQA 4CIEA 3SQ2A 1WAFA 3ASMA 2OPSA 3MECA 3OJSA 1C6VA 3FFIA 4FW2A 3S3NA 1KRPA 3LZIA 3HYFA 3DLHA 2P5OA 4LSLA 2B4JA 4M3RA 4B8CA 3U3YA 3RMAA 4I2QA 4Z4GA 4CJ5A 4DSIA 1TV6A 3AVAA 3VQ8A 1VSDA 3AO5A 1W9HA 4GMJB 1MU2A 4KO0A 4DQPA 4DTMA 2GV9A 5HRPA 3V9UA 1B9DA 2WOMA 3SV3A 5HLFA 1XHZA 1NK6A 4KAZA 3EZ5A 1U49A 2ITGA 4CEFA 3ZCMA 3ZT0A 1IO2A 4CHNA 1DLOA 1S1XA 4CEOA 3ULDA 4FLXA 5T7BA 3QEIA 3SI6A 4FZZA 4PA1A 3ZT1A 5HROA 3T3FA 2A1SA 1KVBA 1KFDA 3KIOA 4DQQA 3V6DA 1CZBA 4H8KA 4CESA 3TAMA 4ZTFA 2G8UA 3MEGA 1BCOA 1JLAA 1S6PA 3ZSZA 4CECA 4I9QA 5DMRA 4FJKA 4ID5A 4BE1A 4KB0A 3KJVA 4N41A 3AVFA 4B08A 3DRSA 1U47A 4KTZA 4LH5A 2XO7A 3ISNC 5J2PA 2PYLA 4ID1A 3TAFA 1BQMA 3NDKA 2Z1JA 1T7PA 2YNFA 4RW9A 3NHGA 3K59A 3NCIA 4FJ5A 1RT4A 4O55A 5SZTA 4FJMA 1Q8IA 4E7IA 2VG5A 3QERA 4LSNA 4CF2A 3K2PA 3NF8A 3U3GA 4CK1A 4CERA 3ZT4A 3DOKA 3LP3A 1EETA 3TR8A 1RT7A 4FJGA 1DTTA 5C25A 1C0MA 4FCYA 4KPYA 2YNIA 1JKHA 4CJQA 3F9KA 4DS4A 3LPUA 3UIQA 3AVMA 1KLMA 1EP4A 1ZBIA 1WSGA 2E6LA 3L2UA 1RTJA 1TAQA 4E1MA 3OYNA 3TI0A 1QSYA 3O3FA 2VG7A 4FJ8A 4I9LA 3K58A 4DTUA 1BQNA 3ZT3A 5FRNA 1YTAA 2F96A 3O4QA 2OA8A 4CJTA 3CM6A 5J2QA 3QNNA 2R7YA 3QEXA 4OGCA 1L3VA 3DMJA 4BWMA 1F21A 3OYKA 3TWHA 2XY5A 4CK2A 3L2VA 3WNGA 1XC9A 3DOLA 3NFAA 4OLBA 3VQ6A 2PY5A 3ZT2A 2FBXA 5D3GA 2Q3SA 3HT3A 1FXXA 1HQEA 4XIUA 3OYEA 2E4LA 3QEWA 4KI6A 3HPOA 4DSLA 4C8KA 3QEPA 4DTJA 4CHZA 4NCGA 5I3UA 3L2WA 4DFKA 4C8MA 5HRRA 2BANA 4IG3A 3OYHA 3HM9A 3MXMA 4J2AA 1RNHA 3SPZA 3AVIA 2OPPA 1HJRA 1D5AA 4ELTA 3S3MA 3B6PA 2HW3A 3M8SA 3C95A 3LDSA 2G8WA 4DU1A 3AO4A 2HNZA 3BGRA 4DG1A 3KKSA 3LWLA 1NOZA 2KW4A 4KFBA 1KFSA 1SV5A 3THVA 1WSFA 2A1RA 3QETA 4KHYA 3DM2A 4CJWA 3SJJA 4PY5A 2XY8A 4I2PA 4FLTA 2FC0A 3RR8A 1A5XA 3TANA 5KI6A 4KHSA 2HVIA 1X9WA 4Y1CA 3OYCA 3RTVA 3OS2A 1NK5A 4Z4HA 1TKXA 1Z26A 3AVNA 4FXDA 3PX4A 4FJNA 4AHTA 2DTUA 2HHTA 3HXMA 3V9ZA 1RTIA 1JLQA 3BDPA 1L3SA 1O1WA 2DFFA 4EZ9A 3MEEA 1SUQA 1KSPA 1ASUA 3SV4A 4C8OA 1C1BA 1JLBA 1BHLA 3PUFA 4IFVA 3V1RA 4CJ4A 3I0RA 1ITGA 4K8ZA 2WONA 3C6TA 4M45A 5E41A 1TL3A 4BE2A 3LP0A 3MXIA 4AHUA 2PYJA 4H4OA 3NE6A 1C0TA 2X74A 4FYDA 4Z0UA 3S9HA 4DTPA 3VA0A 3SZ2A 3SQ4A 3QEVA 3O3HA 5C24A 4AHSA 1ASWA 4BWJA 4CEBA 4DF4A 4CGHA 2Y1JA 3V4IA 2DY4A 1IKYA 4W5RA 4DTOA 2FBVA 2QKBA 4CCHA 2ZD1A 4F8RA 5HP1A 1BIUA 4JS4A 1BI4A 1RDDA 3SUOA 3OJUA 3SYZA 3LP2A 4CF9A 1HNIA 1IKWA 4ICLA 3RRHA 4M3UA 4LD0A 3RMDA 1HYSA 1QQCA 3C94A 4C8LA 1TVRA 1JLGA 4CFDA 1KVAA 1L3UA 4CJSA 1S5JA 1WLJA 2KQ2A 4KB1A 1UOCA 1T8EA 4MFBA 3C6UA 4OLAA 1A5WA 4AHVA 4FZXC 3NF9A 1UWBA 2KTQA 1TK5A 4CFCA 4W5NA 4BDZA 1VSJA 3T1AA 1RTHA 1J54A 4HUGA 4KHQA 3AA2A 3DLGA 3LAKA 5C42A 2G8KA 4DTSA 3D0PA 3HP9A 2X78A 4M42A 3DLKA 3M8PA 3PV8A 2Z1IA 1QTMA 4CIGA 1VSEA 3AO2A 4B8AB 3VQ7A 3MXJA 4NYFA 3NF7A 1J53A 1DTQA 1JL1A 3QIPA 3ITHA 1S9EA 5KGWA 3SUPA 2F8SA 4CFBA 3D45A 3MEDA 1VSHA 3LALA 3OYLA 4FJIA 2Z1GA 4CGDA 1WSEA 4DMNA 1B9FA 2D0BA 5KRTA 3NH2A 5J1EA 3DLEA 1JL2A 1Q9XA 3KTQA 4CF0A 4HCCA 4FW1A 4CJUA 3AO1A 4DU4A 3U6FA 2YV0X 2ZQBA 4CJ3A 4FJXA 3KD5E 1JXEA 2D5RA 1ZBLA 3IG1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O80A 3UA6A 2QXLA 1SF9A 1WSJA 3A8HB 4JI6K 4AHRA 1T3SA 2DL5A 2VXEA 3A8MB 5GAN6 5LJ3d 2YUPA 1RBTA 1LJOA 1N9SA 2YLCA 5I2MA 4H5RA 3ZSRA 3E66A 3A5MC 1YNZA 2LQNA 2FG0A 4F2SA 3VYHB 1UFFA 3UDCA 1HNWK 1KK7A 4QOZB 4RCCA 1NK7A 2KZMA 4OKEA 1AOJA 3EE9A 1NLPC 2K79A 5FPEA 2D8HA 4CBXA 3TABA 1EFNA 3T1YK 2QA4Q 4FK4A 3RNJA 4H5WA 4AFQC 4OJRA 3P8HA 5GAMj 4H0OA 3EYZA 2UUBK 2DEBA 1JQQA 2ZJQL 2BE2A 4OKJA 1TKZA 3M8RA 3NAEA 2KNBB 2DRMA 2EQUA 5GAOl 2FW3A 4BRPA 1RTDA 2VIXA 4AKGA 4BE0A 1VQ5T 1NWKA 4IDHA 3MN7A 1QLYA 1WSIA 4FLVA 4DTRA 1NZ9A 4J9IA 2EX3A 4B9LA 1MTYG 1XTDA 4CGJA 4CJRA 1CLQA 5BPNA 3H3NO 1N6AA 1TYQB 1ZXOA 4CJLA 2CSIA 3L2QA 5LJ3e 3ZSVA 6AT1B 3CCJN 3VOVA 3LDBA 3DYAA 4DQRA 1OH6A 4ADNA 2OTJA 2CGLA 3MN6A 3CFPA 1KQ2A 1HRHA 3THYB 4M3XA 1Q86U 1VQ4N 1BIBA 3BZCA 3DLMA 2AK5A 3M3ZA 2MW2A 5GANd 2IGIA 1TXQA 3NHNA 1IZ6A 1OQKA 2QK0A 3CC7T 2QAZA 3R6NA 2GTDA 1NK8A 4ISEA 5FU7B 3KLFA 4ADOA 1S72Q 1OKJA 3CJBA 4LF4K 2V8KA 2RQTA 4F16A 1KFZA 5EXWA 2KROA 4DQ8A 2G8VA 1VQ9Q 2E3HA 2CP3A 2HHWA 3ZYYX 2YXYA 1J5OA 4BQZA 2SRCA 2OTLQ 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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