3HRCA

Crystal structure of a mutant of human pdk1 kinase domain in complex with atp
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
284
structure length
279
Chain Sequence
KKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLSPARANFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEGLIFAKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
publication title Structure and allosteric effects of low-molecular-weight activators on the protein kinase PDK1.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 84
structure length 279
sequence length 284
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2009-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3hrcA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3hrcA01
1T45A 5HQ0A 2BAQA 4A9UA 2WTWA 2R3PA 2VGPA 2ITQA 5M06A 1U4DA 1KOBA 4RQVA 2CNQA 2R3NA 2OIQA 3HRFA 4FIEA 5KO1A 3CQEA 4F9WA 3Q04A 1ZOEA 5AV4A 4FT9A 3A99A 3NCZA 4GS6A 3EN9A 5E1SA 3LW0A 3GB2A 4IW0A 2O5KA 5HD7A 4MQ2A 5KUPA 4J1RA 3FEGA 3R8UA 3V04A 1UU7A 5IEVA 3KVXA 2XK4A 5M56A 5G1XA 2GNLA 2OG8A 2VX1A 2X4ZA 4FSMA 5LARA 5LWNA 4A06A 4B8LA 4WNOA 4RIOA 3W18A 5KKRB 4GG5A 2BZKB 5K9IA 2XIZA 1F3MC 2X0GA 4Y83A 4KD1A 2XUUA 4R78A 5E91A 5JGAA 4O81A 3CY3A 5D7VA 1YI3A 1ZY4A 4TYHB 3BQRA 4I5CA 1PKDA 3F3ZA 4BHNA 4F99A 1GY3A 2WAJA 5AM6A 5K4IA 2O8YA 2UW0A 3RNIA 4UBAA 1FINA 3KCFA 3RHKA 4EUTA 2WIHA 3NGAA 4L53A 4DG2E 4CFNA 3BV2A 5J79A 4YU2A 3GC7A 4MNFA 3ELJA 4QOXA 3GU8A 3SLSA 1J1BA 3C4EA 3MY1A 5T6KA 2CPKE 2R3OA 4WG5A 5IQDA 5F94A 3ODZX 4N57A 3HECA 4AW5A 4OW8A 5DH3A 4E20A 2OIBA 5J1WA 2OZAB 3EZRA 4O2ZA 2JDOA 3BHUA 4MH7A 3AD5A 4FGRA 2CGWA 3OWPA 4HOKA 4O1PA 3PRIA 5EQEA 2IJMA 4XLIA 3SC1A 2YA9A 3D7TA 5HBHA 3DNDA 2X4FA 4QQTA 3BWFA 4RT7A 4HPUE 4BCFA 3VS2A 5C8KA 1QPJA 2O3PA 4E4NA 2WU7A 4M0ZA 4OTWA 4TPTA 2QLUA 3GVUA 4FUYA 1W83A 5HVJA 5K5NA 3FJQE 4WO5A 4CCBA 4DH5A 3DJ7A 3KULA 2XYNA 4GJ3A 5J95A 2OH4A 3DS6A 3OTVA 5DWRA 4FEQA 3E8DA 4CMOA 4PUZA 1W84A 2F9GA 3TZ8A 3ZFMA 4D0WA 4FV5A 5HO7A 3HA6A 4FV7A 2W05A 3LCSA 3ZFYA 4BTKA 2B9HA 1Q41A 5A14A 5CEPA 1XWSA 5H8BA 4AZEA 4C02A 4EOQA 3M11A 4R7IA 4L9IA 5AUTA 4AZWA 2UW3A 4QPSA 3QCQA 3MH1A 4IE9A 4LRMA 4QYFA 4BDEA 4XMOA 4ZP5A 3P7CA 1IR3A 3MYGA 3K5VA 4QP7A 4K77A 2PUNA 2VTQA 4ZMEA 5BX0A 2JDTA 2WGJA 3BIZA 4PTCA 3MY0A 4XG3A 4FT7A 2C6EA 2UW8A 2Q0BA 3GT8A 3CQUA 4FTCA 3NWWA 3HV3A 3QXOA 4F64A 3F7ZA 4BCHA 4JI9A 2QOBA 3PJ2A 2ITXA 1KE8A 2FUMA 3NZ0A 2EU9A 3R9DA 3W16A 4O7SA 2VTIA 3NUUA 3O7LB 3NW5A 3AMBA 3ZH8A 4NEUA 4EBWA 4AZFA 3HX4A 5B7VA 2LGCA 4LGGA 4IWQA 3OROA 4QYHA 2R0IA 3NYOA 4U0IA 4J8NA 3BWJA 4PY1A 2XK8A 3R0TA 2G9XA 4MQ1A 2RFSA 3OCSA 3PXKA 3AT4A 2X81A 5L6PA 2ZYBA 3FZRA 3RINA 3U6HA 5GJGA 2F7XE 4F63A 1SVHA 2J9MA 3KULB 3ORPA 2HW7A 3C51A 5L2WA 1SNUA 1KV2A 4AT5A 2XS0A 4LMUA 3TNPC 1ZRZA 2OJIA 3EYHA 4WSYA 1J91A 3ZOSA 3CTQA 4ZTNA 3CPBA 4OAUC 1V0OA 4CCUA 3BLRA 4EK5A 4XP3A 3H0ZA 5D1JA 3DCVA 2UZUE 4FUXA 4GK4A 4IX4A 5C03A 5EW3A 3UIBA 4F9CA 3FKLA 4Y85A 4F1TA 3BEGA 3FXZA 4O96A 2WQBA 1MRVA 4W4WA 4M69A 4M66A 4EL9A 2PVHA 5CWZA 2J50A 3BU5A 4QMSA 3GNIB 5CAVA 2ZMDA 2PWLA 1YXTA 4XOZA 3SAYA 2ITVA 4DN5A 1UU3A 3D94A 4I93A 4AA4A 4LOQA 4JQ7A 4A4LA 5KMLA 5M53A 3HV7A 3U87A 1Q99A 3L8VA 3GP0A 3NR9A 3COIA 1K3AA 2FYSA 2R5TA 3KN6A 4FL3A 5CSHA 3VUTA 5J1VA 4NCTA 4E8AA 2XNOA 4R77A 4RIWA 2P2IA 4FVRA 1UNLA 3LVPA 4XG7A 1TVOA 1FQ1B 3DK6A 3Q6WA 3UNJA 2LAVA 3EQHA 5E9EA 4IZYA 1WBWA 4OLIA 4II5A 2FSMX 2F2UA 1P4OA 2E9OA 4XUFA 3KEXA 3TV7A 1UNHA 3E93A 4QMPA 5DR6A 3MFUA 5CNOA 2Z8CA 5DEYA 5FQDC 4N6YA 4QD6A 5I5ZA 1JBPE 5JFSA 4BCKA 2WQEA 1WMKA 3LFNA 4KIKA 4F7JA 1RW8A 2YAAA 3PUPA 1JAMA 4UV0A 3SXFA 1XH5A 3O17A 4AE9A 3ORNA 4EJ7A 2EB2A 3HMOA 3S3IA 4U97A 1BI7A 4NIFB 5E4HA 3UYSA 2Z7LA 3BU3A 2JIIA 3MB7A 4A4XA 3JVSA 1F0QA 4KRDA 3GOPA 5GHVA 1OVEA 5BYZA 5HLNA 3K5UA 3DY7A 5HVYA 4YUQA 3HAVA 5HE1A 1PMUA 4IVCA 1QL6A 3TWJA 4DFZE 4YURA 4HVGA 5J9ZA 3D14A 4FYOA 5F20A 2Z02A 2R3KA 5A4LA 2W1HA 4DA5A 2RL5A 1QPEA 3WYYA 4CFWA 3A4PA 5ITAA 5AX9A 2UZDA 3F82A 4IJPA 4O22A 4HVIA 4F0FA 4Z9LA 3MB6A 1YXXA 4G6NA 4I41A 4RA5A 4WNKA 3C5IA 4I94A 1Y57A 2W1EA 5K5XA 4M69B 3GCSA 4R7BA 5IQGA 5IA4A 3KXGA 4BDBA 4BDDA 4EQCA 4ZSEA 5J9LA 3W55A 4BDGA 3G0FA 2XCKA 3RCDA 4UWYA 4LM5A 2XJ0A 2BIKB 3WF7A 3MPMA 3KF4A 5DVRA 2XRWA 2PK9A 1MQ4A 3ZMMA 4NSTA 4NKSA 3LMIA 4EK3A 3UPZA 3QTIA 2IG7A 2C3LA 4RIWB 1V1KA 2GSFA 3EIDA 3LOKA 4HNIA 4F1MA 3UOJA 2HWOA 5KHXA 3BU6A 3R8ZA 3WF6A 4BTMA 2XKEA 4ID7A 4KBKA 2QLQA 3AD6A 4E73A 4XG4A 3DQWA 3U9NA 1SVGA 1Y8YA 5CQWA 3RK7A 3S0OA 3LFDA 5L8LA 2Z2WA 5FP6A 4AW1A 1PMNA 1WBOA 4AXAA 1GZ8A 4EJNA 3F5PA 4QPAA 4JX3A 3VS6A 2E9PA 3FPQA 4F6WA 2NNWB 3MV5A 2E9VA 4EZ5A 2PZPA 4E3CA 2XIXA 2J0LA 1NXKA 4YHTA 4BYIA 4TWOA 3FL5A 4ZXTA 4XV9A 4PDSA 3TNIA 4FNZA 2CKPA 1OUKA 3QC4A 3BGQA 3ATSA 2OXDA 1GJOA 1ZOHA 1A9UA 4RZWA 3THBA 5HEZA 4DEIA 5TOZA 1CKPA 5I9YA 4RMZA 2GQGA 2ZB1A 4UALA 1U54A 1URCA 2DQ7X 3EL7A 1H25A 2J7TA 3OEZA 1Q4LA 3F3TA 4Z3VA 5EOLA 1VYZA 4BICA 2OJJA 3UJGA 3KA0A 4C2VA 4K11A 3BYVA 3TV4A 5J8IA 3FE3A 4DCAA 4FSUA 3CD3A 1H27A 4K18A 4O0RA 2GHGA 4ONAA 4XEYA 4K0YA 1OPJA 1EH4A 1M17A 2UVYA 4L42A 2CDZA 1PXPA 2PUIA 1TKIA 4E1ZA 1VR2A 3QZHA 4O0WA 3VF9A 5AJQA 3P78A 2BMCA 4D4VA 3HMMA 4IVDA 4MBIA 4F7NA 2PUPA 4XP0A 2QR8A 3W2SA 4ARKA 2XNMA 3L9MA 3NNXA 4BBEA 3UIMA 5LMAA 4PRJA 4C4JA 4DH7A 4JXFA 4U42A 5DR9A 4F7LA 3HMPA 2BVAA 3U51A 1GAGA 1AD5A 5JZJA 4IB3A 5D7AA 5CVGA 1OBGA 2BCJA 4WSQA 5KMOA 3LCDA 3COHA 4CTCA 1GZOA 4JDKA 4RGJA 3ZC6A 4CQGA 3COKA 4NUSA 4IFGA 2VRXA 3CC6A 4UMTA 4CRLA 2WTIA 2B1PA 4O7WA 3L9NA 3ZLYA 4GYGA 1XH9A 2Z7SA 3OC1A 3OBJA 5FBOA 4F9AA 4HVDA 3DAEA 3QUDA 4M68A 3Q60A 3V8SA 1BYGA 5HNBA 4ZAUA 1IA9A 3FI4A 4DG0E 3MBLA 3IO7A 4FZ6A 2WMVA 4Z16A 4FSNA 4JOAA 4NZWB 3C0HA 4ALWA 1M2RA 1M2PA 5EDRA 5CF8A 4QT1A 3D0EA 5CF5A 1E1VA 1HCLA 1OMWA 3O71A 3UO5A 4EH3A 5GZ9A 3RZFA 4BTFA 3ORMA 5GZAA 4O2PA 3CGOA 3EYGA 3TL8A 4L01A 2GU8A 4TYIA 4EWHA 1UA2A 3HP5A 5IQEA 3UOHA 3PPZA 3DBCA 5AMNA 3RMFA 3UC4A 4G3FA 1P2AA 4C4FA 2WPAA 4UX9A 4FEWA 4U40A 1M7NA 2PU8A 1PW2A 5IZFA 4YO6A 4X6RA 3ZFXA 2DWBA 2JKMA 2PY3A 3C0IA 4HYSA 5E8YA 4O1OA 1FBNA 5CXZA 1K2PA 5DA3A 3QD4A 3QALE 4DF3A 1UWJA 4FV3A 1LR4A 2BDJA 3F5XA 3GC8A 1M52A 3KF7A 3MVHA 3BBTB 5CEQA 3DXNA 2Y0AA 2O0UA 1ND4A 3PDTA 1KOAA 3CXWA 2CHLA 5EW8A 1IAJA 3FC1X 4RWKA 1TQMA 2J5FA 2JITA 2VWXA 3KK9A 4FZAB 4H3BA 2UZLA 1U59A 3QRKA 5DIAA 3A2CA 2WO6A 2AUHA 2XEZA 4EOMA 5A6OA 2HK5A 3Q4ZA 3VC4A 3MWUA 2XNGA 2OGVA 4KB8A 4FV9A 3R28A 3NYVA 3O51A 4DC2A 4UYAA 4FG7A 4QQCA 3RHXA 3NW6A 4M67A 4IAFA 1OITA 2JAVA 5AX3A 3QUEA 1NW1A 4C37A 4BDFA 1GIIA 1YWNA 2OFVA 1KE7A 5KE0A 1SM2A 4C61A 2C5XA 4YJRA 1JSTA 5M57A 3HDNA 4FTLA 3QRUA 3UQFA 1NY3A 4MD9E 4NL0A 3CCNA 4W9WA 1Z57A 3QGWA 3OXZA 4XNEA 3D2IA 2B7AA 4IWOA 4L7FA 2QCSA 3W1FA 1PYEA 3B8QA 4K6ZA 1H4LA 4OTPA 5F1ZA 2HW6A 4F6UA 3CY2A 3UP2A 4AOTA 4A9SA 4F65A 1MRYA 3R73A 4YJVA 3AMYA 4O7YA 2ZOQA 4M0YA 5KKRC 4S32A 5DI1A 5K0KA 2QQ7A 4UWBA 2H96A 4LFIA 4H39A 1URWA 2WEVA 4XX9A 4FTAA 3N4TA 2IZRA 2XBAA 3LXLA 2P0CA 4NKAA 5HTBA 4JJRA 4YGAA 4EC8A 4TYJA 2XNPA 4QMWA 5A4TA 5C8NA 1F5QA 3QUPA 4ZY4A 3IW4A 2BALA 3NYNA 4TT7A 4Q9ZA 4X2NA 2VTJA 2R0UA 4QTEA 3OXIA 5HU9A 1M2QA 4C4EA 5IEXA 2VO7A 4KS7A 5CY3A 2WMBA 2C6OA 2G2HA 2J0MB 4N6ZA 3DTCA 2PMLX 1J7LA 2W1ZA 3D7ZA 4FOBA 4J71A 1BI8A 3KMUA 2QR7A 3IW8A 3PPKA 3Q5ZA 4WA9A 5LWMA 4LQMA 4MK0A 4BZOA 3I60A 1ZYDA 4GU9A 3A7HA 3IW5A 5EK7A 1OM1A 3QX4A 2X6EA 4C35A 4UMPA 3IONA 4YLLA 4B4LA 3ZLSA 4G3EA 4PMPA 3PJ3A 4DE4A 2I6LA 1GZNA 4PDPA 4PP9A 3ZM4A 5CSXA 2IPXA 4Q9SA 4ZZOA 2VWVA 4FIJA 1U46A 2GMXA 3FC2A 4XG2A 4C4HA 3TIZA 3OBGA 2R3FA 4YHJA 5L3AA 2I0VA 5AUZA 4C58A 5AP7A 1XBCA 3L1SA 4CD0A 5LVPA 5AR5A 4IWPA 2DUVA 4JL9A 5AM7A 3NLBA 4IEBA 3MESA 3CTHA 2UVXA 1ZMWA 2CN5A 4MD8E 4AGCA 3KCKA 5CQUA 3TNHA 4YMJA 2ZM1A 3RM6A 4YP8A 4DEHA 4G6OA 3OZ6A 3MH2A 2JBOA 3QTQA 4BCIA 5CYIA 4DTKA 2JDSA 4GKHA 2OSCA 4I21A 3RCJA 4BZNA 4EOJA 5E8TA 3I5ZA 3PSBA 1ZAOA 2GNIA 3KMWA 5IQBA 5IA0A 3UGCA 2C5NA 2YLEA 5CAQA 4WBOA 3TZ7A 4A9TA 4KKEA 4DEBA 3LMHA 4BN1A 5AR4A 2XF0A 5HX8A 1VYWA 4LOOA 5CS6A 5ANIA 1QPDA 2XIYA 4RIYB 5C9CA 3V8WA 3ALOA 3NSZA 3QRTA 4EYMA 4RX5A 3DK7A 3QCSA 4TTHB 2BPMA 4EC9A 2YISA 4DFXE 4S33A 5IA3A 5M09A 4FV6A 4ZTLA 3EFWA 4U45A 1SYKA 4FVQA 4K1BA 4C36A 4GFMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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